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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 81 | 2026-02-20 |
Perivascular cells induce microglial phagocytic states and synaptic engulfment via SPP1 in mouse models of Alzheimer's disease
2023-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01257-z
PMID:36747024
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研究论文 | 本研究揭示了在阿尔茨海默病小鼠模型中，血管周围细胞通过分泌SPP1诱导小胶质细胞的吞噬状态并促进突触吞噬的机制 | 首次发现血管周围细胞分泌的SPP1是驱动小胶质细胞异常吞噬突触的关键信号分子，并阐明了其在AD病理中的作用机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类AD患者中得到验证 | 探究阿尔茨海默病中驱动小胶质细胞异常吞噬突触的分子信号 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的血管周围细胞、小胶质细胞和突触 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、细胞间相互作用分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-02-15 |
Tuning hyperparameters of doublet-detection methods for single-cell RNA sequencing data
2023-Sep, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.15302/J-QB-022-0324
PMID:41675246
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研究论文 | 本研究探索了单细胞RNA测序数据中双联体检测方法scDblFinder的最优超参数设置 | 采用全因子设计、响应面模型和16个真实scRNA-seq数据集来优化双联体检测方法的超参数，提升了检测性能 | 研究仅针对scDblFinder方法，且基于有限的数据集，可能不适用于所有生物条件 | 优化单细胞RNA测序数据分析中双联体检测方法的超参数设置 | 单细胞RNA测序数据中的双联体检测方法scDblFinder | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 响应面模型 | 单细胞RNA测序数据 | 16个真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-02-15 |
A cell marker-based clustering strategy (cmCluster) for precise cell type identification of scRNA-seq data
2023-Jun, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.15302/J-QB-022-0311
PMID:41675663
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研究论文 | 本文提出了一种基于细胞标记的聚类策略（cmCluster），用于单细胞RNA测序数据的精确细胞类型识别 | cmCluster结合遗传算法和网格搜索优化Louvain聚类方法，平衡聚类准确性和生物学解释，即使在细胞类型信息不完整或多数据源情况下也能有效识别细胞群体 | 未明确说明策略在大型数据集上的计算效率或与其他先进方法的全面比较 | 开发一种精确且高效的单细胞转录组数据分析策略，以改善细胞聚类和注释的准确性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Louvain聚类方法、遗传算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-02-14 |
Integrated multi-omics single cell atlas of the human retina
2023-Nov-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3471275/v1
PMID:38014002
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研究论文 | 本文构建了一个综合多模态的人类视网膜细胞图谱，整合了转录组和染色质可及性数据 | 首次整合了大规模多模态单细胞数据，揭示了超过110种细胞类型，并精细映射了GWAS和eQTL变异 | NA | 创建全面的人类视网膜细胞图谱以促进对视网膜功能和病理的理解 | 人类视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和染色质可及性数据 | 约240万个细胞，来自55名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-02-13 |
Deep learning in spatial transcriptomics: Learning from the next next-generation sequencing
2023-Mar, Biophysics reviews
IF:2.9Q2
DOI:10.1063/5.0091135
PMID:38505815
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综述 | 本文综述了空间转录组学中深度学习模型的应用，探讨了现有工具、挑战及未来方向 | 深入探讨深度学习在空间转录组学数据分析中的新兴应用，包括对齐、空间重建和空间聚类等前沿模型 | 深度学习模型在空间转录组学分析中仍处于早期阶段，应用范围有限且未充分探索 | 综述空间转录组学数据分析的现有工具，特别关注深度学习方法的进展与潜力 | 空间转录组学数据，包括基因表达谱和组织结构信息 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 多模态数据（包括组织学图像、计数矩阵等） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2026-02-11 |
Olfactomedin-4 + neutrophils exacerbate intestinal epithelial damage and worsen host survival after Clostridioides difficile infection
2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.21.553751
PMID:37662327
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研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞在艰难梭菌感染（CDI）中加剧肠道上皮细胞损伤的作用，并首次通过单细胞转录组学图谱识别了OLFM4+中性粒细胞的致病角色 | 首次建立了CDI后骨髓、血液和结肠中性粒细胞的转录组学图谱，并发现OLFM4作为关键标志物与感染严重程度相关 | 研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证有限，且OLFM4的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究中性粒细胞在CDI中的功能角色及其对肠道上皮损伤的影响 | 中性粒细胞（特别是OLFM4+亚型）、肠道上皮细胞、CDI感染的小鼠模型和人类样本 | 数字病理学 | 肠道感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据、蛋白质表达数据 | 包括小鼠模型和人类样本，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-02-10 |
Marine Invertebrates One Cell at A Time: Insights from Single-Cell Analysis
2023-12-12, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icad034
PMID:37188638
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在海洋无脊椎动物研究中的应用、关键发现及未来挑战 | 首次系统性地综合了海洋无脊椎动物单细胞RNA测序研究的文献，提供了关于细胞类型组成、动态过程响应及细胞类型进化等方面的关键见解，并讨论了跨实验和跨物种数据比较的挑战 | 本文为综述性文章，不涉及原始数据分析，主要基于现有文献进行综合评述，未提出新的实验方法或模型 | 综述海洋无脊椎动物单细胞RNA测序研究的现状、关键发现、挑战及未来方向 | 海洋无脊椎动物 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-02-10 |
The developmental hierarchy and scarcity of replicative slender trypanosomes in blood challenges their role in infection maintenance
2023-10-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2306848120
PMID:37824530
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研究论文 | 本文通过实验证明，在小鼠急性和慢性感染中，布氏锥虫的发育性细胞周期停滞是不可逆的，并揭示了细胞周期停滞和可逆性粗短样转录组出现的时间层次，同时发现感染建立后血液中增殖寄生虫异常稀少 | 首次实验证实布氏锥虫发育性细胞周期停滞在血液中不可逆，揭示细胞周期停滞与转录组变化的时间层次，并挑战了血液中增殖寄生虫在维持感染中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类或其他哺乳动物宿主中的情况；单细胞转录组分析可能受技术限制影响 | 探究布氏锥虫在哺乳动物宿主中的发育动态、细胞周期停滞的不可逆性及其在感染维持中的作用 | 布氏锥虫（Trypanosoma brucei）在血液中的不同形态阶段（细长型和粗短型） | 寄生虫学 | 锥虫病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠感染模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-02-10 |
Profiling the bloodstream form and procyclic form Trypanosoma brucei cell cycle using single-cell transcriptomics
2023-05-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86325
PMID:37166108
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，对布氏锥虫的血液期和原循环期细胞周期进行了高分辨率转录组分析 | 首次在无需细胞分选或同步化的情况下，通过单细胞转录组学获得了两种生命形式的高分辨率细胞周期调控转录组；开发了适用于冷冻保存样本的高效冻融方案 | 研究主要基于转录组层面，蛋白质功能验证和调控机制研究有待深入 | 解析布氏锥虫不同生命阶段的细胞周期调控机制 | 布氏锥虫的血液期和原循环期细胞 | 单细胞组学 | 寄生虫感染（锥虫病） | 单细胞转录组学 | 周期性伪时间推断计算模型 | 单细胞转录组数据 | 未同步化的细胞群体（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-02-06 |
Integrative multiomics analysis of neointima proliferation in human saphenous vein: implications for bypass graft disease
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.14.567053
PMID:38014255
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，探讨了人类隐静脉在冠状动脉搭桥手术中因新内膜增生导致的移植失败机制 | 首次在人类隐静脉体外组织培养模型中整合RNA测序、蛋白质组学和空间转录组学，揭示了新内膜增生过程中的基因和蛋白质动态变化，并识别了新的细胞亚群 | 研究基于体外组织培养模型，可能无法完全模拟体内生理环境；样本量相对有限（73例患者），且未涉及长期临床随访数据 | 探究人类隐静脉新内膜增生的分子和细胞机制，以改善冠状动脉搭桥手术的移植成功率 | 人类隐静脉组织样本，取自冠状动脉搭桥手术患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序, 蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据, 空间转录组数据 | 73例患者的人类隐静脉组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-02-05 |
Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Nov-17, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02572-6
PMID:37978501
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）肺部不同病理区域（如正常外观肺实质、过渡区和致密纤维化区）在基因表达上的空间特异性分子模式 | 首次在IPF中应用空间转录组学平台（GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling）对FFPE组织进行高分辨率空间分析，比较了不同病理区域的转录组差异，并发现了组织学正常外观区域已存在显著的转录组改变 | 研究样本量相对有限（32例IPF和12例对照），且为横断面研究，无法确定观察到的转录组变化与疾病进展的因果关系 | 阐明IPF肺部不同病理区域之间的转录组差异，以理解纤维化肺病的分布和程度，并识别潜在的治疗靶点 | 特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 32例IPF患者和12例对照者，共鉴定出231个感兴趣区域（ROIs） | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling平台，用于FFPE组织的空间转录组分析 |
| 92 | 2026-02-05 |
Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies
2023-08, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-023-00785-7
PMID:37079217
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研究论文 | 本研究通过生物材料纤维化模型开发了体内衰老特征，并利用迁移学习识别了跨物种和多种病理中的衰老细胞异质性及其在血管化和基质生产中的作用 | 开发了体内来源的衰老特征（SenSig），并应用迁移学习在多种病理的单细胞RNA测序数据中识别衰老细胞，揭示了IL34-CSF1R-TGFβR信号轴介导的衰老细胞与髓系细胞间的串扰 | NA | 识别体内衰老细胞的表型异质性及其在组织修复和病理过程中的作用 | 小鼠和人类单细胞RNA测序数据集，涵盖多种病理状态 | 数字病理学 | 组织纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 迁移学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2026-02-05 |
Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data
2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad004
PMID:36626328
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研究论文 | 本研究对11种单细胞RNA测序数据计算网络推断方法进行了扩展性基准测试，评估其在人类、小鼠和酵母数据集上的性能 | 首次在多个scRNA-seq数据集上系统比较了11种网络推断方法，并评估了先验知识、转录因子活性估计及数据插补对推断准确性的影响 | 黄金标准网络和评估指标存在局限性，且方法性能仍有提升空间 | 评估单细胞RNA测序数据中转录基因调控网络推断方法的性能 | 人类、小鼠和酵母的单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多种网络推断方法（如SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation, Inferelator） | 单细胞RNA测序数据 | 七个已发表数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-02-03 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
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研究论文 | 本文对九种单细胞多组学数据整合方法进行了基准测试，评估了多组学数据在分析单模态数据中的指导作用以及从单模态数据中揭示峰-基因关联的能力 | 首次系统性地比较了现有单细胞多组学数据整合方法在整合未配对和配对的scRNA-seq与snATAC-seq数据方面的性能，并强调了多组学数据中足够细胞核数量对准确细胞类型注释的重要性 | 研究仅基于现有九种方法进行基准测试，可能未涵盖所有新兴整合方法；同时，结论可能受特定数据集和评估指标的限制 | 评估单细胞多组学数据整合方法在整合未配对和配对的scRNA-seq与snATAC-seq数据时的性能，以提供全面的细胞复杂性视图 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据、单核ATAC测序（snATAC-seq）数据以及配对的多组学数据 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq）、多组学测序 | NA | 单细胞基因表达数据、染色质可及性数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 95 | 2026-01-29 |
ExAD-GNN: Explainable Graph Neural Network for Alzheimer's Disease State Prediction from Single-cell Data
2023-Dec-06, APSIPA Transactions on Signal and Information Processing
DOI:10.1561/116.00000239
PMID:41584071
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研究论文 | 本文提出了一种名为ExAD-GNN的可解释图神经网络，用于从单细胞测序数据预测阿尔茨海默病状态 | 通过结合KNN图结构分析单细胞表达谱，ExAD-GNN不仅能预测AD病理状态，还能识别细胞类型特异性标记基因，提供分子层面的疾病机制洞察 | 方法依赖于单细胞测序数据的质量和可用性，可能未完全解决大脑复杂异质性的所有方面 | 开发一种可解释的机器学习方法，以从单细胞数据中准确预测阿尔茨海默病状态并识别相关风险基因 | 阿尔茨海默病患者和对照组的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 单细胞表达谱数据 | 大规模单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-01-13 |
Toll-Like Receptor 4 Agonist Injection With Concurrent Radiotherapy in Patients With Metastatic Soft Tissue Sarcoma: A Phase 1 Nonrandomized Controlled Trial
2023-12-01, JAMA oncology
IF:22.5Q1
DOI:10.1001/jamaoncol.2023.4015
PMID:37824131
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研究论文 | 本研究是一项I期非随机对照试验，评估了瘤内注射TLR4激动剂GLA-SE联合放疗在转移性软组织肉瘤患者中的安全性、疗效和免疫调节作用 | 首次在转移性软组织肉瘤患者中评估瘤内注射TLR4激动剂GLA-SE联合放疗的协同作用，并利用T细胞受体测序和单细胞测序技术揭示了治疗诱导的T细胞克隆扩增和表型变化 | 这是一项I期非随机对照试验，样本量较小（12例患者），且为单中心研究，需要更大规模的随机对照试验来验证疗效 | 评估瘤内注射TLR4激动剂GLA-SE联合放疗在转移性软组织肉瘤患者中的安全性、疗效和免疫调节作用 | 转移性软组织肉瘤患者，具有可注射病灶 | 肿瘤免疫治疗 | 软组织肉瘤 | T细胞受体测序，单细胞测序，免疫组织化学 | NA | 临床数据，测序数据，病理数据 | 12例患者 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2026-01-10 |
Genome-wide identification and expression analysis of heat shock protein gene family in cassava
2023-12, The plant genome
DOI:10.1002/tpg2.20407
PMID:37899677
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研究论文 | 本研究通过全基因组分析，识别了木薯中的225个热休克蛋白基因，并利用转录组和单细胞转录组数据分析了它们的表达模式 | 首次在木薯中系统鉴定热休克蛋白基因家族，结合单细胞转录组数据揭示基因表达特异性 | 研究主要基于生物信息学预测和表达分析，缺乏直接的实验功能验证 | 探究木薯热休克蛋白基因家族的功能特征和进化关系 | 木薯（Manihot esculenta）中的热休克蛋白基因家族 | 植物分子生物学 | NA | 全基因组鉴定、转录组分析、单细胞转录组测序、qRT-PCR | NA | 基因组序列、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-01-10 |
Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rubber tree response to early powdery mildew infection
2023-07, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.14585
PMID:36929646
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，首次构建了橡胶树叶片在早期白粉病感染下的单细胞转录组图谱，揭示了细胞类型特异性基因表达模式，并鉴定了关键抗病基因HbCNL2的功能 | 首次构建橡胶树叶片的单细胞转录组图谱，系统揭示了白粉病感染下不同细胞类型的基因表达动态，并鉴定出HbCNL2基因通过调控防御反应在抗病中发挥关键作用 | 研究仅关注早期感染阶段，未涵盖整个病程；样本量相对有限；功能验证主要在模式植物烟草中进行，在橡胶树中的直接证据有待加强 | 探究橡胶树在病原体感染下的细胞水平转录响应机制，鉴定关键抗病基因 | 橡胶树（Hevea brasiliensis）叶片在白粉病感染下的细胞 | 植物病理学与单细胞组学 | 植物真菌病害（白粉病） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及橡胶树叶片在感染条件下的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-01-09 |
Deep analysis of CD4 T cells in the rhesus CNS during SIV infection
2023-12, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011844
PMID:38060615
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了SIV感染期间恒河猴中枢神经系统中CD4 T细胞的分布、反应及病毒存在情况 | 首次在SIV感染模型中详细描述了CCR5+ CD4 T细胞在中枢神经系统多个组织中的分布，并揭示了其在急性感染期的高病毒载量和免疫激活状态 | 研究样本量较小（仅10只恒河猴），且ART模拟方案为非最优依从性，可能无法完全反映人类HIV感染情况 | 探究SIV感染期间中枢神经系统中CD4 T细胞的分布、对感染的反应以及ART启动后的潜在恢复情况 | SIVmac251感染的恒河猴中枢神经系统组织 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 10只SIV感染的恒河猴（4只急性期，6只慢性期） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-01-09 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals rich pituitary-Immune interactions under systemic inflammation
2023-12, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002403
PMID:38109308
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了系统性炎症下小鼠垂体内分泌细胞与免疫系统之间广泛的相互作用 | 首次在单细胞分辨率上揭示了系统性炎症如何调控垂体内分泌细胞的转录组谱，并发现了非经典生物活性分子（如Nptx2）在调节免疫稳态中的作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证；单细胞测序技术本身存在技术限制，如基因捕获效率等 | 探究系统性炎症对垂体内分泌细胞转录组谱的调控机制及其与免疫系统的相互作用 | 小鼠垂体组织 | 单细胞组学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠垂体组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |