单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-10	Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment 2023-11-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43038-z PMID:37978291	research paper	介绍了一种名为INSPIRE-seq的新方法，用于在复杂环境中筛选纳米抗体	提出INSPIRE-seq技术，能够并行富集穿透肿瘤微环境的免疫细胞结合纳米抗体	未明确提及具体样本量或实验规模的限制	开发用于发现治疗性生物制剂靶向分子的技术	肿瘤微环境中的免疫细胞	synthetic biology	肿瘤	next-generation sequencing, single-cell RNA sequencing, immunofluorescence, structural modeling and docking	NA	sequencing data, imaging data	NA
82	2025-05-09	scDREAMER for atlas-level integration of single-cell datasets using deep generative model paired with adversarial classifier 2023-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43590-8 PMID:38012145	研究论文	介绍了一种名为scDREAMER的数据集成框架，用于整合异质性单细胞测序数据集	结合深度生成模型和对抗训练，支持无监督和有监督的数据集成，能够处理批次效应、细胞类型分布不均等问题	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	开发一个高效的框架来整合跨组织、时间和条件的单细胞测序数据集	单细胞测序数据集	生物信息学	NA	单细胞测序	深度生成模型与对抗分类器	单细胞测序数据	六个真实基准数据集和一个包含100万细胞的数据集
83	2025-05-09	Detection of isoforms and genomic alterations by high-throughput full-length single-cell RNA sequencing in ovarian cancer 2023-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43387-9 PMID:38012143	研究论文	通过高通量全长单细胞RNA测序在卵巢癌中检测异构体和基因组改变	使用长读长单细胞RNA测序技术，提高了PacBio测序深度至每个细胞12,000读长，捕获了152,000个异构体，其中52,000个是先前未报道的	研究样本仅来自三名卵巢癌患者，样本量较小	理解癌症的复杂背景，提供单细胞分辨率的基因型-表型信息	卵巢癌患者的临床样本	数字病理学	卵巢癌	长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq），PacBio测序	NA	RNA测序数据	三名卵巢癌患者的临床样本
84	2025-05-09	Robust mapping of spatiotemporal trajectories and cell-cell interactions in healthy and diseased tissues 2023-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43120-6 PMID:38007580	研究论文	开发了三种计算统计算法，整合空间转录组学的多种数据类型，以增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解	提出了基于空间图的方法PSTS、空间约束的两级置换测试SCTP以及基于神经网络的插补方法stSME，用于建模细胞间相互作用和纠正技术噪声	NA	增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解	细胞过程、细胞间相互作用	空间转录组学	癌症、脑损伤	空间转录组学	神经网络、基于图的方法	基因表达数据、物理距离数据、组织形态数据	NA
85	2025-05-09	The extrafollicular B cell response is a hallmark of childhood idiopathic nephrotic syndrome 2023-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43504-8 PMID:37996443	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了儿童特发性肾病综合征（INS）中B细胞的异常反应特征	首次在儿童INS中发现了以非滤泡性B细胞反应为主的免疫扰动，并识别了特定的B细胞亚群扩增	样本量较小（13名INS患儿和24名健康对照），且仅分析了血液样本	探究儿童特发性肾病综合征的免疫发病机制	儿童特发性肾病综合征患者和健康对照的B细胞	免疫学	肾病综合征	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	13名INS患儿和24名健康对照的血液样本
86	2025-05-09	Mouse models of pediatric high-grade gliomas with MYCN amplification reveal intratumoral heterogeneity and lineage signatures 2023-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43564-w PMID:38001143	research paper	该研究通过构建基因工程小鼠模型，模拟人类MYCN扩增的儿童高级别胶质瘤，揭示了肿瘤的分子特征和潜在治疗选项	首次构建了模拟人类HGG-MYCN的小鼠模型，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤内异质性和谱系特征	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索MYCN扩增的儿童高级别胶质瘤的肿瘤发生机制和分子特征，寻找潜在治疗选项	基因工程小鼠模型和人类肿瘤细胞	肿瘤生物学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序，高通量药物筛选	基因工程小鼠模型	基因表达数据，药物反应数据	未明确说明小鼠数量，但使用了小鼠和人类肿瘤细胞进行实验
87	2025-05-09	Vector-borne Trypanosoma brucei parasites develop in artificial human skin and persist as skin tissue forms 2023-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43437-2 PMID:37996412	研究论文	该研究通过人工人类皮肤模型和采采蝇自然感染，详细描述了布氏锥虫在皮肤中的发育过程及其进入可逆静止状态的特性	首次使用先进的人工人类皮肤模型和单细胞RNA测序技术，揭示了布氏锥虫在皮肤中的发育时序及其可逆静止状态	研究依赖于人工皮肤模型，可能无法完全模拟自然感染环境	探究布氏锥虫在人类皮肤中的发育过程及其持久感染机制	布氏锥虫及其在人工人类皮肤中的发育	寄生虫学	锥虫病	单细胞RNA测序	人工人类皮肤模型	RNA序列数据	NA
88	2025-05-09	Single-cell epigenomics and spatiotemporal transcriptomics reveal human cerebellar development 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43568-6 PMID:37993461	研究论文	通过单细胞表观基因组学和时空转录组学揭示人类小脑发育的分子调控网络	结合单细胞转录组学、空间转录组学和单细胞染色质可及性状态，系统描绘了人类胎儿小脑发育的时空景观	研究主要关注人类胎儿小脑发育，可能不适用于其他物种或成体小脑	揭示人类小脑发育的分子调控机制及其与神经精神疾病的关联	人类胎儿小脑	基因组学	神经精神疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞染色质可及性分析	NA	单细胞RNA-seq数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	人类胎儿小脑样本
89	2025-05-09	Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a novel gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke 2023-Feb-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2557290/v1 PMID:36824976	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，识别出Ifi27l2a作为调控小胶质细胞炎症反应的新基因，特别是在衰老和中风背景下	首次发现Ifi27l2a基因在小胶质细胞炎症反应中的调控作用，并证实其在中风后神经炎症中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外培养的小胶质细胞，人类样本验证有限	探索调控小胶质细胞功能的基因，以寻找针对中风等炎症性疾病的治疗新靶点	衰老小鼠脑组织、中风模型、体外培养的小胶质细胞及人类尸检样本	神经科学	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
90	2025-05-08	SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43498-3 PMID:38040699	研究论文	研究SMARCB1基因缺失如何激活恶性横纹肌样瘤(MRT)中患者特异性的远端致癌增强子	揭示了SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成环状结构的机制	研究主要基于患者来源的类器官模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	阐明SMARCB1缺失在MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制	恶性横纹肌样瘤(MRT)患者来源的类器官组织和患者MRT组织	癌症表观遗传学	恶性横纹肌样瘤	多组学分析、染色体构象捕获实验、单细胞RNA-seq和ATAC-seq	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	患者来源的MRT类器官和患者MRT组织样本
91	2025-05-08	PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43381-1 PMID:38030622	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了接受atezo/bev治疗的晚期肝细胞癌患者的肿瘤内和周围免疫环境，揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	首次在单细胞水平上揭示了atezo/bev治疗反应的免疫机制，发现了PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性	样本量有限，需要更大规模的验证研究	探索atezo/bev在晚期肝细胞癌中产生持久治疗反应的免疫机制	晚期肝细胞癌患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（晚期肝细胞癌患者）
92	2025-05-08	Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43629-w PMID:38030617	research paper	提出了一种名为SpatialScope的深度生成模型方法，用于整合空间转录组学和单细胞转录组学数据	通过创新的模型和算法设计，SpatialScope能够将基于测序的空间转录组数据提升至单细胞分辨率，并为基于图像的空间转录组数据准确推断全转录组表达水平	未明确提及具体局限性	解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性	空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据	digital pathology	NA	next-generation sequencing, fluorescence in situ hybridization, scRNA-seq	deep generative models	spatial transcriptomics data, single-cell transcriptomics data	NA
93	2025-05-08	Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease 2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.548027 PMID:38076913	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞基础	首次在全脑水平上揭示了细胞类型组成与tau病理选择性易损性的关系，并发现其与风险基因的贡献不同	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	揭示阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞机制	小鼠大脑中的神经元和非神经元细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	Matrix Inversion and Subset Selection (MISS)分析流程	基因表达数据	12种不同的PS19转基因小鼠模型中的5项研究数据
94	2025-05-08	Impact of Memory T Cells on SARS-COV-2 Vaccine Response in Hematopoietic Stem Cell Transplant 2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.26.564259 PMID:37961434	研究论文	研究造血干细胞移植（HSCT）受者中记忆T细胞对SARS-COV-2疫苗反应的影响	揭示了HSCT受者在接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后记忆T细胞群的缺陷及其与T细胞反应缺失的关联	样本量较小（42名HSCT受者和5名健康对照）	评估HSCT受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的体液和适应性免疫反应	造血干细胞移植（HSCT）受者和健康对照	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、TCR和BCR测序	NA	血清、外周血单核细胞	42名HSCT受者和5名健康对照
95	2025-05-08	Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics 2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.17.524455 PMID:36789425	研究论文	研究通过血液免疫单细胞转录组学预测头颈癌患者的肿瘤免疫微环境和检查点治疗反应	首次展示通过外周血单核细胞的单细胞RNA测序推断肿瘤免疫状态，并预测免疫治疗反应的能力	需要更大规模的测试验证方法的普适性	探索通过血液免疫状态预测肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的可行性	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者	数字病理学	头颈癌	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	两个HNSCC患者数据集
96	2025-05-07	Construction of monocyte-related prognosis model based on comprehensive analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq in high-grade serous ovarian cancer 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036548 PMID:38115318	research paper	该研究通过综合分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，构建了与单核细胞相关的高级别浆液性卵巢癌预后模型	识别了37个单核细胞差异表达标记基因，并筛选出A2M、CD163和FPR1作为枢纽基因构建风险模型，揭示了这些基因在肿瘤发展中的作用机制	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	寻找高级别浆液性卵巢癌的新生物标志物并构建预后模型	高级别浆液性卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	risk model	RNA-seq data	来自TCGA和GEO数据库的数据
97	2025-05-07	Identification of central genes for endometriosis through integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing analysis 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036707 PMID:38115253	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别子宫内膜异位症的核心基因并构建预测模型	结合单细胞细胞通讯方法、WGCNA分析和LASSO模型，识别出与子宫内膜异位症组织干细胞标记物相关的关键基因	未提及样本量是否足够大或是否进行了实验验证	识别子宫内膜异位症的关键基因并构建诊断和治疗的新方向	子宫内膜异位症相关基因	生物信息学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA分析、LASSO模型	LASSO	RNA测序数据	NA
98	2025-05-07	Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell-cell interactions in metastatic niches 2023-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43855-2 PMID:38052804	研究论文	本文通过改进基于分裂绿色荧光蛋白（GFP）的遗传编码系统，开发了一种名为sGRAPHIC的技术，用于高效荧光标记与癌细胞在深层组织中相邻并可能相互作用的组织驻留细胞	开发了sGRAPHIC系统，能够高效标记并分离转移灶相关组织驻留细胞，结合单细胞RNA测序平台揭示其基因表达模式	研究仅在小鼠肝脏转移模型中进行，尚未在人类或其他癌症类型中验证	探究转移灶中细胞间相互作用的机制	转移灶相关的组织驻留细胞（如肝细胞）	癌症生物学	癌症转移	分裂GFP系统、单细胞RNA测序	小鼠肝脏转移模型	基因表达数据	NA
99	2025-05-07	Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43420-x PMID:38042809	研究论文	该研究通过整合恒河猴对mRNA-1273疫苗接种的先天和适应性免疫反应，扩展了对SARS-CoV-2疫苗免疫机制的理解	首次在非人灵长类动物模型中整合先天和适应性免疫反应，揭示了S特异性T细胞与先天免疫细胞之间的双向信号传导机制	研究仅针对mRNA-1273疫苗在恒河猴中的反应，结果可能不能完全推广到人类或其他疫苗	研究SARS-CoV-2疫苗接种后先天免疫和适应性免疫细胞之间的相互作用动态	恒河猴	免疫学	COVID-19	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点的先天免疫细胞和抗原特异性B、T细胞
100	2025-05-07	Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43758-2 PMID:38042900	research paper	该研究分析了两个月大婴儿在接种疫苗前后的免疫反应，揭示了抗体反应的异质性以及转录组的显著变化	首次在婴儿群体中详细描述了疫苗接种后的血清学反应和转录组变化，并发现了干扰素刺激基因(ISGs)的显著过表达	研究样本量有限，且仅观察了短期免疫反应	了解婴儿对常规疫苗的免疫反应机制	两个月大的婴儿	免疫学	感染性疾病	全血转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个队列的2月龄婴儿