单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5352 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-02-13 |
Combined multidimensional single-cell protein and RNA profiling dissects the cellular and functional heterogeneity of thymic epithelial cells
2023-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39722-9
PMID:37429879
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研究论文 | 本文通过结合多维单细胞蛋白质和RNA分析，解析了胸腺上皮细胞（TEC）的细胞和功能异质性 | 利用大规模并行流式细胞术和机器学习，将已知的TEC表型分解为新的亚群，并通过CITEseq将这些表型与细胞RNA谱定义的TEC亚型相关联 | 目前仅有极少数细胞标记物可用于TEC的表型识别 | 解析胸腺基质细胞的复杂性和TEC亚型的功能 | 胸腺上皮细胞（TEC） | 单细胞分析 | NA | 大规模并行流式细胞术、CITEseq、机器学习 | NA | 蛋白质和RNA数据 | NA |
| 82 | 2025-02-13 |
Tissue-Resident Memory T Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Coexpress PD-1 and TIGIT and Functional Inhibition Is Reversible by Dual Antibody Blockade
2023-04-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0121
PMID:36689623
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研究论文 | 本文通过飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序技术，对胰腺导管腺癌（PDAC）患者肿瘤浸润T细胞群进行了表征，发现大量CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）共表达PD-1和TIGIT，并证明双抗体阻断可逆转其功能抑制 | 首次详细描述了PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征，特别是TRM细胞的PD-1和TIGIT共表达现象，并验证了双抗体阻断策略的有效性 | 研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且样本量有限 | 探究PDAC肿瘤免疫微环境中T细胞的特征及其对免疫检查点阻断的反应 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤浸润T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | PDAC患者的肿瘤样本 |
| 83 | 2025-02-13 |
Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport
2023-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01728-4
PMID:36690742
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研究论文 | 本文介绍了一种名为COMMOT的新方法，用于在空间转录组学中推断细胞间通讯（CCC），考虑了配体和受体之间的竞争以及细胞间的空间距离 | 开发了一种集体最优传输方法，以处理复杂的分子相互作用和空间约束，并引入了下游分析工具来推断空间信号方向性和受信号调控的基因 | NA | 研究空间转录组学中的细胞间通讯（CCC） | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 机器学习模型 | 空间转录组数据 | 八个空间数据集，使用五种不同技术获取 |
| 84 | 2025-02-12 |
Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.06.548027
PMID:38076913
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研究论文 | 本文探讨了阿尔茨海默病（AD）中tau病理选择性脆弱性的细胞基础，通过单细胞RNA测序（scRNAseq）数据和转基因小鼠模型，揭示了不同细胞类型对tau病理的脆弱性和抗性 | 首次在全脑水平上探索了细胞类型对tau病理选择性脆弱性的影响，并发现细胞类型分布比区域基因表达更能预测tau病理 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类AD的复杂性 | 揭示阿尔茨海默病中tau病理选择性脆弱性的细胞基础 | 小鼠脑中的神经元和非神经元细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 12种不同的PS19小鼠模型 |
| 85 | 2025-02-11 |
Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179
2023-Jun-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1
PMID:37333134
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研究论文 | 本研究探讨了小分子OLIG2抑制剂CT-179在预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发中的抗肿瘤潜力 | 首次使用CT-179靶向治疗耐药性髓母细胞瘤干细胞，结合CDK4/6抑制剂palbociclib，显著延缓复发 | 研究主要基于体外器官模型和动物模型，尚未进行临床试验 | 预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤的复发 | Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤患者来源的器官模型、异种移植肿瘤模型和基因工程小鼠 | 癌症研究 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 患者来源的器官模型、异种移植肿瘤模型和基因工程小鼠 |
| 86 | 2025-02-11 |
Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells
2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.27.534442
PMID:37034703
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，旨在量化磷酸化的细胞内和核内蛋白质，并将其活性与顺式调控元件和转录目标联系起来 | Phospho-seq是一种创新的集成方法，能够同时分析蛋白质和scATAC-seq，并与scRNA-seq数据集整合，从而定义细胞状态和轨迹，重建基因调控关系，并表征神经发育中异质细胞信号传导的原因和后果 | NA | 研究细胞内蛋白质动态的多模态分析，以更好地理解细胞信号传导在细胞行为和命运调控中的作用 | 细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq, 抗体偶联方法 | NA | 蛋白质数据、基因表达数据、染色质可及性数据 | 细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官 |
| 87 | 2025-02-09 |
M2 macrophages drive leukemic transformation by imposing resistance to phagocytosis and improving mitochondrial metabolism
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf8522
PMID:37058562
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组织化学研究，揭示了急性髓性白血病（AML）患者骨髓中先天免疫区室向支持肿瘤的M2极化巨噬细胞景观转变，并探讨了这些巨噬细胞如何通过减少吞噬活性和增强线粒体代谢促进白血病转化 | 研究发现AML相关的M2极化巨噬细胞通过减少吞噬活性和增强线粒体代谢促进白血病转化，揭示了免疫景观在白血病发展中的作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨急性髓性白血病（AML）患者骨髓中M2极化巨噬细胞在白血病转化中的作用 | 急性髓性白血病（AML）患者骨髓中的M2极化巨噬细胞和白血病原始细胞 | 肿瘤免疫学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学 | NA | RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据 | AML患者的骨髓样本 |
| 88 | 2025-02-09 |
Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535302
PMID:37066136
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研究论文 | 本文研究了脂肪细胞在瘢痕形成中的作用，发现脂肪细胞通过机械感应转化为成纤维细胞，从而驱动伤口纤维化 | 首次揭示了脂肪细胞通过机械感应转化为成纤维细胞的机制，并提出了通过抑制Piezo来预防和修复瘢痕的新方法 | 研究主要基于小鼠模型和人类异种移植伤口模型，尚未在更广泛的人类临床环境中验证 | 探讨脂肪细胞在瘢痕形成中的作用，并寻找减少纤维化的治疗方法 | 脂肪细胞和成纤维细胞 | 生物医学 | 瘢痕形成 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Visium、CODEX | 小鼠伤口模型和人类异种移植伤口模型 | 基因表达数据、空间转录组数据 | 小鼠和人类异种移植伤口模型 |
| 89 | 2025-02-08 |
Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen
2023-May-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1
PMID:37292825
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系 | 首次利用单细胞RNA测序技术对iSGS患者的近端气道瘢痕进行无偏倚的细胞亚群表征，并详细描述了其分子表型，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系 | 疾病罕见性和患者地理分布广泛限制了iSGS发病机制的实质性机制研究 | 研究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制 | 特发性声门下狭窄（iSGS）患者的近端气道瘢痕组织 | 生物医学 | 特发性声门下狭窄 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 国际iSGS患者队列的致病性黏膜样本 |
| 90 | 2025-02-08 |
Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both tendon fibrosis and regeneration following acute injury
2023-Feb-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.30.526242
PMID:36778469
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研究论文 | 本文通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，识别了一种源自腱外膜的双向祖细胞群，该细胞群在急性肌腱损伤后既参与腱周纤维化，也参与肌腱的再生愈合 | 首次识别出一种源自腱外膜的双向祖细胞群，并揭示了其在肌腱损伤愈合过程中的双重作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展 | 探索肌腱损伤愈合过程中细胞群的作用，以改善肌腱愈合的治疗方法 | 小鼠和人类的腱外膜细胞及腱周纤维化组织 | 生物医学 | 肌腱损伤 | 遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及人类腱周纤维化组织样本 |
| 91 | 2025-02-07 |
Disruption of cortical cell type composition and function underlies diabetes-associated cognitive decline
2023-08, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-023-05935-2
PMID:37351595
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了2型糖尿病引起的大脑皮层细胞类型组成和功能的破坏，从而解释了糖尿病相关的认知衰退的病理基础 | 首次使用单细胞转录组测序技术系统地分析了2型糖尿病小鼠模型大脑皮层的细胞类型组成和功能变化，并在人类样本中进行了验证 | 研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中进行了验证，但样本量相对较小，且未涉及长期干预效果的评估 | 揭示2型糖尿病引起认知衰退的分子机制，并探索潜在的治疗靶点 | 2型糖尿病小鼠模型（db/db小鼠）和人类2型糖尿病患者的脑组织样本 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫组化、代谢评估 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据 | 小鼠模型和人类样本（年龄分别为74.3 ± 5.5岁和87.0 ± 8.5岁） |
| 92 | 2025-02-07 |
T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function
2023-07-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI162530
PMID:37279078
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研究论文 | 本文研究了T-BET和EOMES在成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的持续作用 | 揭示了T-BET和EOMES在维持成熟NK细胞表型和抑制替代ILC谱系中的意外作用 | 研究仅限于人类NK细胞，未涉及其他物种或细胞类型 | 探讨T-BET和EOMES在成熟NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求 | 未扩增的原代人类NK细胞 | 免疫学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未扩增的原代人类NK细胞 |
| 93 | 2025-02-06 |
Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics
2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.21.23295864
PMID:37790472
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素 | 首次结合孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别出与前列腺癌风险相关的20种蛋白质，其中多数为新发现并得到验证 | 研究主要基于欧洲和非洲血统的GWAS数据，可能限制了结果的普适性 | 揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点 | 前列腺癌患者，特别是侵袭性和早发性前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 孟德尔随机化（MR）、空间转录组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据 | 基于两个独立的癌症GWAS数据集，分别来自欧洲和非洲血统 |
| 94 | 2025-02-06 |
MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1260
PMID:36631981
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研究论文 | 本文介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析 | MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成的RNA测序数据的单细胞剪接分析工具，填补了该领域计算工具的空白 | NA | 开发一个综合工具来分析单细胞RNA测序数据中的剪接动态 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个公开数据集中的多种细胞类型 |
| 95 | 2025-02-06 |
Targeting Epsins to Inhibit Fibroblast Growth Factor Signaling While Potentiating Transforming Growth Factor-β Signaling Constrains Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis
2023-02-21, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了epsin内吞适配蛋白在动脉粥样硬化中促进内皮-间质转化（EndoMT）的分子机制，并评估了一种治疗性肽在动脉粥样硬化临床前模型中的疗效 | 揭示了epsin通过增加转化生长因子-β信号传导促进动脉粥样硬化中的EndoMT，并提出了一种通过减少epsin-成纤维细胞生长因子受体-1相互作用来抑制EndoMT的新型治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨epsin在动脉粥样硬化中促进EndoMT的分子机制，并评估治疗性肽的疗效 | Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子、细胞和生化分析 | NA | RNA测序数据、分子和细胞数据 | Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型 |
| 96 | 2025-02-06 |
Spatial transcriptomic characterization of COVID-19 pneumonitis identifies immune circuits related to tissue injury
2023-Jan-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.157837
PMID:36472908
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法，描述了COVID-19肺炎中不同组织损伤区域的细胞、通路和基因，揭示了免疫细胞信号回路与组织损伤的关系 | 首次使用空间转录组学方法在COVID-19肺炎中识别出与组织损伤相关的免疫细胞信号回路，并验证了这些发现在其他患者队列中的普遍性 | 样本量较小，仅包括3名患者的肺组织样本，可能存在一定的异质性 | 研究COVID-19肺炎中免疫细胞与基质细胞之间的复杂相互作用，揭示组织损伤的免疫机制 | COVID-19患者的肺组织样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 3名患者的46个感兴趣区域，覆盖超过62,000个细胞 |
| 97 | 2025-02-06 |
Epsin Nanotherapy Regulates Cholesterol Transport to Fortify Atheroma Regression
2023-01-06, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321723
PMID:36444722
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研究论文 | 本研究探讨了Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发了一种创新的纳米疗法，通过靶向巨噬细胞Epsins来治疗动脉粥样硬化 | 开发了一种新型的S2P共轭脂质纳米颗粒，用于封装小干扰RNA以抑制Epsins，并揭示了Epsins通过结合CD36促进脂质摄取和通过溶酶体促进ABCG1降解的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 研究Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发针对Epsins的纳米疗法以治疗动脉粥样硬化 | 巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、MEBOCOST算法、纳米颗粒技术 | LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型 | RNA测序数据、生物医学数据 | 使用LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型进行研究 |
| 98 | 2025-02-06 |
Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts
2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041
PMID:36239989
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络 | 首次详细描述了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用及其在免疫抑制中的作用 | 研究主要关注微卫星稳定的结直肠癌肝转移，可能不适用于其他类型的结直肠癌 | 研究结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞变化及其对肿瘤生长的影响 | 结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织、正常肝组织和外周血单核细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重空间成像、细胞去卷积 | NA | RNA测序数据、空间成像数据 | 一系列微卫星稳定的结直肠癌肝转移样本及其配对的正常肝组织和外周血单核细胞 |
| 99 | 2025-02-04 |
Post-ischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis
2023-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.03.560700
PMID:37873349
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研究论文 | 本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）的作用及其对肾脏修复的影响 | 发现了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的联合失活促进不良肾脏修复的机制，并提出了通过抑制MCT4来恢复适应性肾脏修复的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的研究仍需进一步验证 | 探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞中PHD酶的作用及其对肾脏修复的影响 | 小鼠和人类肾脏内皮细胞 | 生物医学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类肾脏样本 |
| 100 | 2025-02-02 |
A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers
2023-Dec, Neuropathology and applied neurobiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1111/nan.12942
PMID:37812061
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研究论文 | 本文介绍了一种高通量单细胞RNA表达谱分析方法，用于识别人类周细胞标记物 | 使用了一种名为EasySci的高通量、低成本单细胞转录组测序方法，识别了人类周细胞的特异性基因标记物，并验证了这些标记物在人类脑组织中的表达 | 在其他人类器官（如肾脏、肺、肝脏、肌肉）中，免疫组织化学未显示出相同的周细胞样染色模式 | 识别和优化一种普遍可用的组织学标记物，用于人类脑中的周细胞 | 人类和小鼠脑组织中的周细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组织化学 | NA | RNA表达谱、免疫组织化学图像 | 人类和小鼠脑组织样本，以及其他人类器官（肾脏、肺、肝脏、肌肉）的探索性样本 |