单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-11-08	Combined inactivation of RB and Hippo converts differentiating Drosophila photoreceptors into eye progenitor cells through derepression of homothorax 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.003 PMID:37848027	研究论文	研究了RB和Hippo通路在果蝇光感受器细胞分化中的相互作用	揭示了RB和Hippo通路通过抑制homothorax表达来维持光感受器细胞分化的机制	NA	探讨RB和Hippo通路在细胞增殖和分化中的相互作用机制	果蝇光感受器细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
82	2024-11-08	Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses 2023-Oct-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3384541/v1 PMID:37886581	研究论文	本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架用于单细胞RNA测序分析	本文的创新点在于提出了贝叶斯-频率主义混合框架，以提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	本文的局限性在于仅在一个特例（特发性肺纤维化）中进行了验证，尚未在其他疾病或数据集中进行广泛验证	本文的研究目的是提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	肺部疾病	单细胞RNA测序	贝叶斯-频率主义混合框架	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
83	2024-11-08	Single-nucleus chromatin accessibility identifies a critical role for TWIST1 in idiopathic pulmonary fibrosis myofibroblast activity 2023-07, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00474-2022 PMID:37142338	研究论文	研究通过单核染色质可及性分析，揭示了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的关键作用	首次通过单核染色质可及性分析结合单细胞RNA测序数据，精确识别了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞中的关键转录因子活性	研究样本量较小，仅包括3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照	探讨TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的调控作用	特发性肺纤维化患者的肺组织和肌成纤维细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、单核染色质可及性测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照的肺组织，以及10例特发性肺纤维化和8例对照的单细胞RNA测序数据
84	2024-11-08	Single-cell transcriptomics reveals that tumor-infiltrating natural killer cells are activated by localized ablative immunotherapy and share anti-tumor signatures induced by immune checkpoint inhibitors 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.02.539163 PMID:37205468	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示肿瘤浸润自然杀伤细胞在局部消融免疫疗法激活下与免疫检查点抑制剂诱导的抗肿瘤特征共享	首次揭示局部消融免疫疗法激活自然杀伤细胞的细胞毒性，并发现上调基因与癌症患者的有益临床结果正相关	NA	探讨自然杀伤细胞在癌症治疗中的激活基因特征和通路	自然杀伤细胞在肿瘤微环境中的转录变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用MMTV-PyMT小鼠模型和人类样本进行分析
85	2024-11-07	Genomic and immune signatures predict clinical outcome in newly diagnosed multiple myeloma treated with immunotherapy regimens 2023-Dec, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00657-1 PMID:37945755	研究论文	研究通过整合肿瘤全基因组和微环境单细胞RNA测序数据，探讨了新诊断的多发性骨髓瘤患者在接受包含达雷妥尤单抗的免疫治疗方案后的临床结果预测因素	首次通过整合肿瘤全基因组和微环境单细胞RNA测序数据，揭示了特定的基因驱动因素和免疫细胞变化对临床结果的影响	研究仅基于前瞻性2期试验数据，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨新诊断的多发性骨髓瘤患者在接受包含达雷妥尤单抗的免疫治疗方案后的临床结果预测因素	新诊断的多发性骨髓瘤患者及其在接受免疫治疗后的临床结果	数字病理学	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	NA
86	2024-11-07	Transcriptional Landscape of Cotton Roots in Response to Salt Stress at Single-cell Resolution 2023-Oct-27, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2023.100740 PMID:39492159	研究论文	本研究通过单细胞转录组技术系统分析了棉花根系对盐胁迫的响应	首次在单细胞分辨率下描绘了盐胁迫下棉花根系的转录图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹	NA	探究盐胁迫下棉花根系的分子机制	棉花根系在盐胁迫下的响应	NA	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	从自然生长和不同盐处理条件下的5天龄侧根尖中获得了56,281个高质量细胞
87	2024-11-07	SOX9 Modulates the Transformation of Gastric Stem Cells Through Biased Symmetric Cell Division 2023-06, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2023.01.037 PMID:36740200	研究论文	研究探讨了SOX9基因在胃干细胞通过偏向性对称细胞分裂进行恶性转化中的作用	提出了SOX9+SOX2+细胞在胃癌发生中的重要作用，并开发了一种新的鼠模型来研究这一过程	研究主要基于鼠模型和胃癌患者样本，可能无法完全反映人类胃癌的复杂性	研究胃干细胞在胃癌发生初期的行为，并探讨SOX9基因在这一过程中的作用	胃干细胞和胃癌	NA	胃癌	单细胞RNA测序、免疫染色、CRISPR/Cas9基因编辑	NA	组织样本	鼠模型和胃癌患者样本
88	2024-11-06	ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway in breast cancer 2023-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2313693120 PMID:38117852	研究论文	研究探讨了ENPP1在乳腺癌中作为cGAMP-STING通路的固有免疫检查点的机制	首次揭示了ENPP1通过抑制cGAMP-STING信号通路促进乳腺癌生长和转移的机制	研究主要集中在ENPP1的功能和其在乳腺癌中的作用，未涉及其他癌症类型的验证	探讨ENPP1在乳腺癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	ENPP1在乳腺癌中的表达及其对cGAMP-STING通路的影响	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及癌症和正常组织的单细胞RNA测序数据
89	2024-11-06	Temporal recording of mammalian development and precancer 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572260 PMID:38187699	研究论文	本文利用NSC-seq平台记录哺乳动物发育和癌前病变中的细胞事件时间顺序	开发了一种新的分子时钟方法，结合细胞状态和谱系信息，记录细胞事件的时间和克隆性	NA	研究哺乳动物胚胎发育和癌前病变中细胞事件的时间顺序	小鼠胚胎发育中的组织特异性细胞扩张和人类癌前病变中的多祖先起源	数字病理学	NA	NSC-seq	NA	单细胞多组学数据	116个scRNA-seq数据集和418个人类息肉样本
90	2024-11-06	STGNNks: Identifying cell types in spatial transcriptomics data based on graph neural network, denoising auto-encoder, and k-sums clustering 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107440 PMID:37738898	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类的空间转录组数据细胞类型识别方法STGNNks	首次将图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类结合用于空间转录组数据的细胞类型识别	NA	开发一种创新的空间聚类方法，以提高空间转录组数据分析的效率	空间转录组数据中的细胞类型识别	机器学习	NA	图神经网络、去噪自编码器、k-sums聚类	图卷积网络	转录组数据	六个10x Genomics Visium数据集
91	2024-11-06	Microdissection of cancer-associated fibroblast infiltration subtypes unveils the secreted SERPINE2 contributing to immunosuppressive microenvironment and immuotherapeutic resistance in gastric cancer: A large-scale study integrating bulk and single-cell transcriptome profiling 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107406 PMID:37729702	研究论文	本研究通过大规模整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用	首次通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了CAFs在胃癌中的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的关键作用	研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证SERPINE2的具体作用机制	探讨CAFs及其分泌因子在胃癌免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用，寻找新的免疫治疗靶点	胃癌患者样本及其肿瘤微环境中的CAFs和免疫细胞	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	2148名胃癌患者样本，涵盖11个独立数据集
92	2024-11-06	Identification of urinary extracellular vesicles differentially expressed RNAs in diabetic nephropathy via whole-transcriptome integrated analysis 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107480 PMID:37738894	研究论文	本研究通过全转录组整合分析，识别了糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA	首次报道了糖尿病肾病患者尿液外泌体中的全转录组遗传资源	NA	研究糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA及其作为潜在诊断生物标志物的可能性	糖尿病肾病患者的尿液外泌体	数字病理学	糖尿病	微阵列分析、下一代测序	机器学习模型	RNA	24名参与者，包括12名糖尿病肾病患者和12名2型糖尿病患者
93	2024-11-06	Identification of cell-type-specific genes in multimodal single-cell data using deep neural network algorithm 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107498 PMID:37738895	研究论文	本文利用深度神经网络算法在多模态单细胞数据中识别细胞类型特异性基因	本文创新性地使用深度神经网络模型分析CITE-seq数据，成功识别出红细胞祖细胞中的细胞类型特异性基因	本文仅使用了Kaggle数据库中的一个CITE-seq数据集，样本量和细胞类型有限	旨在通过多模态单细胞数据识别细胞类型特异性基因	骨髓干细胞分化过程中的七种细胞类型的CITE-seq数据	机器学习	血液相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度神经网络（DNN）	RNA和表面蛋白表达数据	七种细胞类型的CITE-seq数据集
94	2024-11-06	Treatment of HCC with claudin-1-specific antibodies suppresses carcinogenic signaling and reprograms the tumor microenvironment 2023-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.10.011 PMID:36309131	研究论文	研究探讨了靶向非连接区Claudin-1（CLDN1）的单克隆抗体在肝细胞癌（HCC）治疗中的作用	首次探索了非连接区CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力，并展示了其在抑制肿瘤生长和重编程肿瘤微环境中的显著效果	研究主要基于细胞系和动物模型，尚未进行临床试验	研究CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力及其在抑制肿瘤生长和重编程肿瘤微环境中的作用	肝细胞癌（HCC）患者来源的细胞系和动物模型	NA	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	大量患者来源的细胞系和动物模型
95	2024-11-04	Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2023-10-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03073-x PMID:37875977	研究论文	本文评估了九种现有的单细胞多组学数据整合方法，探讨了多组学数据在分析现有单模态数据中的作用	本文首次系统地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并强调了多组学数据在细胞类型注释中的重要性	本文指出，多组学数据集中的细胞核数量不足可能会影响注释的可靠性	评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，并探讨其在单模态数据分析中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	多组学数据集中的细胞核数量
96	2024-11-04	SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning 2023-04-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04761-x PMID:37029267	研究论文	本文介绍了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积	SpaDecon结合了基因表达、空间位置和组织学信息，显著提高了细胞类型反卷积的准确性	NA	旨在提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性	空间转录组学数据中的细胞类型分布	数字病理学	NA	空间转录组学	半监督学习	基因表达数据	四个真实空间转录组学数据集和四个伪空间转录组学数据集
97	2024-11-02	IL-21-producing effector Tfh cells promote B cell alloimmunity in lymph nodes and kidney allografts 2023-Oct-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169793 PMID:37870962	研究论文	研究IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用及其对B细胞克隆动力学的影响	首次揭示了IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的具体亚群、起源和功能	研究基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用	IL-21产生效应Tfh细胞及其在肾移植排斥中的功能	免疫学	肾移植	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
98	2024-10-30	Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401 2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235 PMID:37463058	研究论文	本文评估了在自体造血干细胞移植后使用树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗与来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者临床反应率和特异性免疫诱导的影响	本文首次在多发性骨髓瘤患者中评估了树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗与来那度胺维持治疗的联合应用效果，并展示了个性化细胞疗法在多中心合作研究中的成功实施	尽管疫苗接种显著增加了多发性骨髓瘤特异性淋巴细胞的扩增，但在1年后的完全缓解率上并未显示出统计学上的显著增加	评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗与来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者临床反应率和特异性免疫诱导的影响	多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗	NA	NA	203名患者，其中140名在移植后随机分配
99	2024-10-30	Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer 2023-Nov-02, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad159 PMID:37897495	研究论文	本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以识别可能的治疗脆弱性	本研究首次开发了两种长期雌激素剥夺的细胞系，并结合全基因组测序和单细胞RNA测序，揭示了HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的分子机制和代谢重塑	本研究仅限于体外模型，尚未在临床环境中验证其发现	识别HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的潜在治疗靶点	HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其内分泌治疗耐药变异体	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	两种HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺变异体
100	2024-10-30	A hybrid machine learning and regression method for cell type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data 2023-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.24.554722 PMID:37662370	研究论文	本文介绍了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积	SDePER方法通过机器学习去除ST和scRNA-seq数据之间的系统差异（平台效应），并考虑了细胞类型的稀疏性和空间相关性	NA	开发一种新的方法来提高空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积的准确性和鲁棒性	空间条形码转录组数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	混合机器学习和回归模型	转录组数据	四个真实数据集和模拟数据