单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5350 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-11-15 |
High-resolution alignment of single-cell and spatial transcriptomes with CytoSPACE
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01697-9
PMID:36879008
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CytoSPACE的优化方法，用于将单细胞RNA测序图谱中的单个细胞映射到空间表达谱 | 开发了能够以单细胞分辨率进行组织图谱绘制的新方法，在噪声容忍度和准确性方面优于先前方法 | NA | 解决空间转录组学中基因恢复有限和空间分辨率低的问题 | 单细胞RNA测序图谱和空间表达谱 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 优化方法 | 基因表达数据，空间表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2025-11-15 |
Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01686-y
PMID:36797491
|
研究论文 | 本研究通过构建单细胞表达图谱，开发了一种使用逻辑门识别CAR开关组合靶抗原的方法 | 首次在单细胞水平构建整合140万细胞的表达图谱，并应用随机森林和卷积神经网络筛选最优基因对，开发AND、OR和NOT逻辑门评估肿瘤覆盖率和特异性 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证靶抗原的蛋白表达和功能有效性 | 解决CAR细胞疗法中区分癌细胞与正常组织细胞的最佳靶抗原识别难题 | 412个肿瘤和12个正常器官的肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌,结直肠癌 | 单细胞RNA测序,表位分析 | 随机森林,卷积神经网络 | 单细胞转录组数据 | 约140万个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2025-11-15 |
scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01663-5
PMID:36849830
|
研究论文 | 提出一种名为scPrisma的光谱计算方法，用于解耦、增强和过滤单细胞数据中的不同类别生物信号 | 使用拓扑先验知识解耦单细胞数据中交叉干扰的生物学信号，能够推断拓扑信息基因并推广到多样化的模板和系统 | NA | 开发能够分离和增强单细胞数据中特定生物信号的计算方法 | HeLa细胞、肝脏小叶、衣藻、视交叉上核 | 单细胞数据分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 光谱计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2024-08-07 |
The next generation of single-cell sequencing methods can be microfluidics-free
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01710-1
PMID:36879009
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2025-11-15 |
A lamprey neural cell type atlas illuminates the origins of the vertebrate brain
2023-10, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02170-1
PMID:37710042
|
研究论文 | 通过构建七鳃鳗全脑空间细胞类型图谱，揭示脊椎动物大脑的细胞和分子起源 | 首次建立无颌类脊椎动物七鳃鳗的全脑空间细胞类型图谱，通过跨物种比较重建了祖先脊椎动物大脑的细胞类型和基因表达程序 | 研究主要基于七鳃鳗与有颌脊椎动物的比较，可能无法完全代表所有脊椎动物祖先特征 | 系统追溯脊椎动物大脑的细胞和分子进化起源 | 七鳃鳗全脑组织及与其他脊椎动物（如小鼠）的神经数据比较 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,原位测序 | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据 | 七鳃鳗全脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 86 | 2025-11-15 |
Integrating spatial transcriptomics data across different conditions, technologies and developmental stages
2023-10, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00528-w
PMID:38177758
|
研究论文 | 提出了一种名为STAligner的图注意力神经网络，用于整合和分析来自不同条件、技术和发育阶段的空间转录组数据 | 开发了首个能够同时实现空间感知数据整合、空间域识别和下游比较分析的图注意力神经网络方法 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率限制 | 开发空间转录组数据的整合分析方法，实现跨条件、技术和发育阶段的比较研究 | 人类大脑皮层切片、小鼠嗅球切片、正常与阿尔茨海默病条件下的小鼠海马组织切片、小鼠器官发生时空图谱 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 图注意力神经网络(GAT) | 空间转录组数据 | 多个物种和条件的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 87 | 2024-08-07 |
STAligner enables the integration and alignment of multiple spatial transcriptomics datasets
2023-10, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00543-x
PMID:38177765
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2025-11-15 |
Cell-intrinsic effects of clonal hematopoiesis in heart failure
2023-09, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00322-x
PMID:39196061
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研究论文 | 本研究通过改进的单细胞测序技术探究了克隆性造血在心力衰竭中的细胞内在效应 | 开发了改进的单细胞测序流程MutDetect-Seq，首次在心力衰竭患者中揭示了CHIP突变细胞的细胞内在基因表达改变 | 研究样本量未明确说明，且仅关注了DNMT3A突变类型 | 探究克隆性造血突变细胞在心力衰竭中的细胞内在效应机制 | 心力衰竭患者中携带DNMT3A突变的单核细胞、CD4+ T细胞和NK细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | MutDetect-Seq（改进的单细胞测序流程） |
| 89 | 2025-11-15 |
Single-cell meta-analysis of inflammatory bowel disease with scIBD
2023-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00464-9
PMID:38177426
|
研究论文 | 开发了一个用于炎症性肠病单细胞元分析的交互式可视化平台scIBD | 首次提供了炎症性肠病单细胞RNA测序数据集的综合集成分析平台，能够识别罕见细胞类型并解析溃疡性结肠炎与克罗恩病的异同 | 未提及具体的数据集规模限制或分析灵敏度限制 | 揭示炎症性肠病的异质性肠道微环境发病机制 | 炎症性肠病患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2025-11-15 |
Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice
2023-Jan-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.523241
PMID:36711968
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了凋亡识别受体在小鼠皮肤组织修复中的调控机制 | 首次在皮肤伤口炎症期间系统描绘细胞动态图谱，发现Axl和Timd4两种凋亡清除受体在组织修复中具有不同作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类糖尿病足伤口数据相对有限 | 探究凋亡细胞识别和清除机制如何调控组织修复过程 | 小鼠皮肤伤口模型和人类糖尿病足伤口 | 单细胞组学 | 皮肤创伤/糖尿病足 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 91 | 2025-11-14 |
Clonally expanded memory CD8+ T cells accumulate in atherosclerotic plaques and are pro-atherogenic in aged mice
2023-12, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00515-w
PMID:37996758
|
研究论文 | 本研究揭示了衰老过程中记忆CD8+ T细胞在动脉粥样硬化斑块中的克隆性扩增及其促动脉粥样硬化作用 | 首次发现衰老相关的记忆CD8+ T细胞亚群在动脉粥样硬化斑块中克隆性扩增并具有促动脉粥样硬化功能 | 研究仅使用雌性小鼠，未涉及雄性动物模型 | 探究衰老对CD8 T细胞在动脉粥样硬化发生过程中的作用机制 | 年轻和年老雌性小鼠的CD8 T细胞及动脉粥样硬化斑块 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，适应性转移实验，细胞清除实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老雌性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 92 | 2025-11-14 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
|
研究论文 | 开发了scDiffCom工具和scAgeCom图谱，用于分析细胞间通讯的年龄相关变化 | 提供了首个覆盖23个小鼠组织的细胞间通讯衰老变化图谱，基于约5000个配体-受体相互作用 | 仅基于小鼠单细胞转录组数据，尚未在人类数据中验证 | 量化并探索细胞间通讯在衰老过程中的变化 | 小鼠23个组织的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2025-11-14 |
Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00513-y
PMID:37946043
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学结合单细胞多组学技术揭示了小鼠肝脏中不同区域细胞随年龄变化的代谢、表观遗传和转录组特征 | 首次整合空间转录组学、单细胞ATAC-seq和RNA-seq、脂质组学及功能分析，揭示肝脏微环境对细胞衰老轨迹的空间依赖性影响 | 研究仅针对雄性小鼠肝脏，未涉及雌性个体或其他组织类型 | 探究组织微环境变化如何影响不同空间位置细胞的表观遗传、代谢和表型特征随年龄的变化 | 雄性小鼠肝脏中的肝细胞 | 空间生物学,单细胞多组学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学,功能分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞表观基因组数据,单细胞转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq,脂质组学 | NA | NA |
| 94 | 2025-11-14 |
CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice
2023-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
PMID:37946040
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学鉴定出CD133+骨髓源性内皮样细胞，证明其能恢复衰老小鼠的新血管形成并延长寿命 | 首次鉴定CD133+内皮样干细胞作为潜在内皮祖细胞，并发现法尼基二磷酸合酶(FDPS)在衰老过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需验证 | 探索干细胞衰老机制及治疗早衰症和年龄相关疾病的策略 | 早衰模型小鼠和自然衰老小鼠 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 早衰和自然衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2025-11-14 |
Targeting lymphoid-derived IL-17 signaling to delay skin aging
2023-06, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00431-z
PMID:37291218
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现皮肤老化与淋巴源性IL-17信号通路相关，并证明阻断该通路可延缓皮肤衰老特征 | 首次揭示皮肤衰老过程中T细胞、γδ T细胞和先天淋巴样细胞向IL-17表达表型的倾斜，并证明靶向IL-17信号可延缓皮肤老化 | 研究基于小鼠模型，尚未在人类皮肤中得到验证 | 探究皮肤衰老的炎症机制及干预策略 | 小鼠皮肤真皮层细胞 | 单细胞组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2025-11-12 |
Structural and functional properties of mSWI/SNF chromatin remodeling complexes revealed through single-cell perturbation screens
2023-04-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2023.03.013
PMID:37028419
|
研究论文 | 通过单细胞扰动筛选揭示mSWI/SNF染色质重塑复合物的结构和功能特性 | 首次结合Perturb-seq、CRISPR-Cas9敲除和单细胞多组学技术系统解析mSWI/SNF亚基功能 | NA | 解析mSWI/SNF染色质重塑复合物各亚基对基因表达的贡献 | 哺乳动物SWI/SNF染色质重塑复合物亚基 | 表观遗传学 | 癌症 | Perturb-seq, CRISPR-Cas9敲除, 单细胞RNA-seq, SHARE-seq | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 97 | 2025-11-09 |
Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype
2023-06-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05027-2
PMID:37353538
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示白质小胶质细胞在衰老过程中发生细胞衰老，并加剧神经炎症表型 | 首次发现白质小胶质细胞在衰老和疾病模型中发生细胞衰老，并证实共生细菌促进衰老小胶质细胞积累 | 研究主要基于小鼠模型，人类中枢神经系统中的相关性尚需进一步验证 | 探讨中枢神经系统细胞衰老特征及其在神经功能障碍中的作用 | 小鼠脑部和脊髓中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2025-11-06 |
ScRNA analysis and ferroptosis-related ceRNA regulatory network investigation in microglia cells at different time points after spinal cord injury
2023-Sep-19, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-023-04195-5
PMID:37726826
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞，并研究铁死亡相关的ceRNA调控网络 | 首次在单细胞水平揭示脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞的铁死亡相关ceRNA调控网络，鉴定出关键基因Stmn1和Fgfbr1 | 研究基于小鼠模型数据，尚未进行实验验证 | 探究脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞的免疫炎症生物标志物和调控机制 | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2025-11-05 |
Early events marking lung fibroblast transition to profibrotic state in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Apr-21, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02419-0
PMID:37085855
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学识别了特发性肺纤维化中成纤维细胞向促纤维化状态转变的早期事件 | 首次发现核糖体蛋白全局下调和铜结合蛋白显著上调标志着IPF转变，并识别了新的过渡性成纤维细胞亚群 | 研究样本量有限，且主要关注成纤维细胞而忽略了其他细胞类型在疾病进展中的作用 | 探究特发性肺纤维化中成纤维细胞从正常向促纤维化状态转变的早期分子事件 | 健康对照和IPF患者肺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序，免疫荧光检测 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像 | 健康对照和IPF患者肺组织样本（上下肺叶） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2025-10-23 |
Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution
2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.532820
PMID:36993280
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研究论文 | 提出一种名为HiDecon的分层反卷积方法，用于从组织组学数据中准确估计稀有细胞类型的比例 | 使用单细胞RNA测序参考和分层细胞类型树来建模细胞类型间的相似性和分化关系，通过跨层级协调细胞比例来校正估计偏差 | 需要单细胞RNA测序参考数据，且在细胞类型高度相关或极稀有情况下仍可能存在估计挑战 | 开发能够准确估计组织中细胞类型比例的方法，特别是针对稀有细胞类型 | 组织样本中的细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，分层反卷积 | 分层反卷积模型 | 批量转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |