单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 961 - 980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 961 | 2024-08-04 |
Epicardioid single-cell genomics uncovers principles of human epicardium biology in heart development and disease
2023-Dec, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01718-7
PMID:37012447
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研究论文 | 这篇论文探讨了人类心包生物学在心脏发育和疾病中的原则 | 该研究首次生成了具有自我组织能力的人类多能干细胞衍生的心包内体，揭示了心包和心肌的形态、分子和功能模式 | 该研究未明确提及限制因素 | 了解心包在心脏发育和疾病过程中的功能及其机制 | 研究对象为人类胚胎发育中心包细胞系和心肌细胞类型 | 数字病理学 | 先天性疾病 | 单细胞转录组学 | 自我组织体 | NA | NA |
| 962 | 2024-08-04 |
SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from single-cell genomics data
2023-Dec, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01716-9
PMID:36973557
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研究论文 | 本文提出了一种算法SEACells，用于从单细胞基因组数据推断转录组和表观基因组细胞状态 | SEACells通过克服单细胞数据的稀疏性，识别细胞状态的分类，而保留传统细胞聚类所掩盖的异质性 | NA | 探索单细胞数据的细胞状态及其在相关疾病研究中的应用 | 单细胞基因组数据中的细胞状态 | 计算生物学 | COVID-19 | 单细胞测序 | 聚类算法 | 基因组数据 | 分析了多个数据集中的单细胞样本，包括COVID-19患者队列 |
| 963 | 2024-08-05 |
Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development
2023-Dec, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01747-2
PMID:37156914
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研究论文 | 本研究生成了人类视网膜类器官发展的多模态时空表型 | 开发了一种工具包，用于可视化前体细胞和神经元的位置以及细胞外和亚细胞组分的空间排列 | 缺乏不同空间尺度和分子模式的定量测量 | 研究人类视网膜类器官的发育和疾病 | 人类多能干细胞生成的视网膜类器官和主要成年的视网膜组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据和空间分割的细胞核数据 | 时间序列数据集和主要成人视网膜组织 |
| 964 | 2024-08-04 |
IL-33 Expression Is Lower in Current Smokers at both Transcriptomic and Protein Levels
2023-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202210-1881OC
PMID:37708400
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研究论文 | 这项研究探讨吸烟状态对IL-33表达的影响。 | 本研究首次显示吸烟会导致IL-33在转录组和蛋白水平上的减少，特别是在当前吸烟者中。 | 研究主要集中在COPD患者身上，可能不适用于其他疾病。 | 了解吸烟状态如何影响IL-33的表达情况。 | 研究对象为肺气道中的IL-33表达水平和吸烟状态。 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | RNA-seq, 西方印迹分析, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 生物组织样本 | 涉及八个独立的转录组研究和来自COPD患者的肺组织样本 |
| 965 | 2024-08-04 |
Spatiotemporal mapping of immune and stem cell dysregulation after volumetric muscle loss
2023-04-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.162835
PMID:36821376
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研究论文 | 本研究探讨了体积肌肉损失后免疫细胞和干细胞失调的时空分布 | 创新点在于使用空间转录组学揭示了在VML反应中纤维化与炎性巨噬细胞与间充质来源细胞之间的细胞间相互作用 | 未提及具体的限制 | 研究体积肌肉损失后细胞间的通讯及其对肌肉修复的影响 | 以小鼠模型为对象，研究VML后的细胞行为 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 小鼠模型 | NA | NA |
| 966 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals unique monocyte-derived interstitial macrophage subsets during lipopolysaccharide-induced acute lung inflammation
2023-04-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00223.2022
PMID:36852927
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研究论文 | 本研究揭示了在脂多糖诱导的急性肺炎症期间独特的单核细胞源间质巨噬细胞亚群 | 研究深入探讨了间质巨噬细胞的起源、亚群及转录组特征，并提出了其特定功能的可能性 | 缺乏对IMs在不同类型炎症中的作用的全面理解 | 特征化间质巨噬细胞在稳态和急性肺炎症中的起源及亚群 | 研究对象为小鼠肺中的间质巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了小鼠模型及其肺组织样本 |
| 967 | 2024-08-05 |
A comprehensive assessment of hurdle and zero-inflated models for single cell RNA-sequencing analysis
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad272
PMID:37507115
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研究论文 | 本文全面评估了单细胞RNA测序分析中的障碍和零膨胀模型 | 提出了一个基于TensorFlow的Python包TensorZINB，解决了零膨胀负二项式模型的数值稳定性问题，并结合了混合模型来提高性能 | 未提及特定的局限性 | 提高单细胞RNA测序数据分析中的统计模型的准确性和计算速度 | 障碍和零膨胀模型的性能评估及其对单细胞RNA测序数据的应用 | 数字病理 | NA | RNA-seq | 零膨胀负二项式（ZINB）模型 | 文本 | 使用真实的单细胞RNA测序数据集进行评估 |
| 968 | 2024-08-05 |
A wound-induced differentiation trajectory for neurons
2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.10.540286
PMID:37214981
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研究论文 | 本研究探讨了伤口诱导的神经元分化轨迹 | 揭示了NFY转录因子在伤口诱导神经元分化中的关键作用 | 尚未详细阐明其它可能影响神经元分化的转录调控机制 | 研究伤口诱导过程中的转录调控事件及其对神经元产生的影响 | 聚焦于再生能力强的无脊椎动物acoel worm及其神经细胞的分化 | 数字病理学 | NA | 染色质可及性数据分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及了多个不同神经亚型的干细胞 |
| 969 | 2024-08-05 |
Stationary-to-migratory transition in glioblastoma stem-like cells driven by a fatty acid-binding protein 7-RXRα neurogenic pathway
2023-12-08, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad134
PMID:37499046
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研究论文 | 本研究揭示了脂肪酸结合蛋白7（FABP7）驱动的胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞的迁移机制 | 首次将FABP7的作用与胶质母细胞瘤干样细胞的迁移联系起来，阐明了PUFA-FABP7-RXRα神经基因途径的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能在人类GBM中存在不同的表现 | 本研究旨在深入了解胶质母细胞瘤干样细胞的迁移机制及其在肿瘤进展中的作用 | 胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞以及相应的小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序、基因报告酶实验 | NA | 细胞系、患者衍生的样本 | 使用了多个GBM细胞系和来源于患者的胶质母细胞瘤干样细胞 |
| 970 | 2024-08-05 |
Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability
2023-Dec-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278144.123
PMID:37973195
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研究论文 | 本研究探讨了细胞年龄如何解释不同细胞之间与年龄相关的转录组变异性 | 提出了一种新颖的启发式模型，解释了细胞类型之间衰老速率差异的原因 | 仅基于小鼠的单细胞转录组数据，可能不适用于其他物种 | 研究细胞特定差异如何影响转录组的衰老表现 | 不同细胞类型在多种组织和年龄下的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | 启发式模型 | 转录组 | 小鼠的多样化组织和年龄的单细胞数据 |
| 971 | 2024-08-04 |
PPARγ agonist treatment reduces fibroadipose tissue in secondary lymphedema by exhausting fibroadipogenic PDGFRα+ mesenchymal cells
2023-Dec-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.165324
PMID:38131378
|
研究论文 | 本研究探讨了PPARγ激动剂rosiglitazone如何通过耗尽PDGFRα+间充质细胞来减少继发性淋巴水肿中的纤维脂肪组织 | 首次提出PPARγ激动剂可以通过减少PDGFRα+细胞的数量来治疗继发性淋巴水肿导致的纤维化和脂肪组织沉积 | 本研究主要在小鼠模型中进行，缺乏长期的人体临床研究数据 | 研究rosiglitazone治疗继发性淋巴水肿的潜力，特别是其对纤维化和脂肪沉积的影响 | 小鼠模型和人类组织样本中的PDGFRα+间充质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学评估 | NA | 组织样本 | 人类和小鼠组织样本 |
| 972 | 2024-08-05 |
Global and cell type-specific immunological hallmarks of severe dengue progression identified via a systems immunology approach
2023-Dec, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01654-3
PMID:37872316
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研究论文 | 本研究通过系统免疫学方法识别出重症登革热进展的全球和细胞类型特异性免疫特征 | 首次揭示了重症登革热在儿童血液中的DENV靶细胞及其免疫学特征 | 该研究主要集中在儿童群体，未考虑成年人病例的免疫变化 | 定义重症登革热进展中的DENV靶细胞和免疫学特征 | 研究对象为儿童的血液样本及其中的免疫细胞 | 数字病理学 | 登革热 | 病毒包涵单细胞RNA测序（viscRNA-Seq 2）和靶向蛋白组学 | NA | 血液样本 | NA |
| 973 | 2024-08-05 |
Genome-wide identification and functional prediction of BYPASS1-related (BPS1) homologs in soybean
2023-Aug, Molecular breeding : new strategies in plant improvement
IF:2.6Q2
DOI:10.1007/s11032-023-01403-2
PMID:37496826
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研究论文 | 本文系统研究了大豆中的BYPASS1相关基因家族及其功能预测 | 首次全面识别并分类了大豆中的BYPASS1相关基因，并探讨了其与根结表型的潜在关联 | 未能详细阐明BYPASS1相关基因的具体功能和机制 | 研究大豆中BYPASS1相关基因家族及其在植物生长发育中的作用 | 大豆及其野生种中的BYPASS1相关基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 遗传变异数据、表型变异数据、转录组数据 | 涉及23个大豆基因和20个野生大豆基因 |
| 974 | 2024-08-04 |
COVID-19 of differing severity: from bulk to single-cell expression data analysis
2023 Jul-Aug, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2023.2239620
PMID:37486005
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研究论文 | 本研究分析了COVID-19不同严重程度的关键模块和基因。 | 确定了轻型和重型COVID-19的关键基因和免疫细胞浸润的差异。 | 研究样本数量相对较小，可能限制了对结果的推广性。 | 研究COVID-19不同严重程度的生物标志物和潜在靶向药物。 | 轻型COVID-19（mCOVID-19）与重型COVID-19（sCOVID-19）患者的基因表达。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | WGCNA | 基因表达数据 | 16个关键基因来自轻型COVID-19，10个关键基因来自重型COVID-19，另外分析了8个健康对照和8个轻型COVID-19患者的外周血单核细胞 |
| 975 | 2024-08-05 |
Coexpression enhances cross-species integration of scRNA-seq across diverse plant species
2023-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.28.569145
PMID:38076991
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研究论文 | 本文展示了共表达如何增强不同植物物种之间单细胞RNA测序的整合 | 提出使用共表达来识别具有代理表达谱的非正交基因对，从而改善传统整合方法的性能 | 未提及具体的实验限制或样本限制 | 研究植物物种之间基因表达和细胞类型组成的跨物种差异 | 不同植物物种的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 976 | 2024-08-05 |
Single Cell Transcriptome of Stress Vulnerability Network in mouse Prefrontal Cortex
2023-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.14.540705
PMID:37662266
|
研究论文 | 该文章探讨了小鼠前额皮层中与压力脆弱性网络相关的单细胞转录组。 | 首次结合单细胞RNA测序和电脑网络测量，揭示压力脆弱性脑状态下的基因表达架构。 | 研究主要集中于小鼠模型，可能不完全适用于人类情绪障碍的理解。 | 探讨与压力脆弱性相关的基因表达和电脑网络活动之间的关系。 | 主要对象为小鼠，特别关注于小鼠前额皮层中不同细胞类型的转录组。 | 数字病理学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多只小鼠，具体样本数量未在摘要中提供 |
| 977 | 2024-08-04 |
Spatial single cell analysis of tumor microenvironment remodeling pattern in primary central nervous system lymphoma
2023-07, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-023-01908-x
PMID:37120690
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研究论文 | 本研究探讨了原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤微环境重塑模式及其机制 | 提出了一种免疫压力感知模型，揭示了肿瘤细胞如何根据免疫压力重塑肿瘤微环境 | NA | 确定原发性中枢神经系统淋巴瘤的肿瘤微环境特性及转变机制 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤患者的肿瘤细胞和微环境 | 数字病理学 | 中枢神经系统淋巴瘤 | 空间转录组学，单细胞测序 | NA | NA | PCNSL患者的匹配单细胞测序数据 |
| 978 | 2024-08-04 |
Clinical molecular subtyping reveals intrinsic mesenchymal reprogramming in gastric cancer cells
2023-05, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-00989-z
PMID:37121972
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研究论文 | 本研究揭示了胃癌细胞内在间充质重编程的分子亚型 | 本研究首次将TGF-β信号通路作为胃癌内在间充质表型的驱动通路和潜在治疗靶点 | 研究未详细探讨TGF-β信号通路在不同胃癌亚型中的机制差异 | 探讨胃癌细胞的间充质表型及其与肿瘤微环境的关联 | 547个胃癌患者的转录组数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 转录组测序，空间转录组学，免疫组织化学 | 小鼠异种移植模型 | 转录组数据 | 547个胃癌样本 |
| 979 | 2024-08-05 |
Murine skin-derived multipotent papillary dermal fibroblast progenitors show germline potential in vitro
2023-02-03, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-023-03243-5
PMID:36737797
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研究论文 | 这篇文章描述了从小鼠皮肤中分离的多能乳头真皮成纤维细胞前体，首次展示了其在体外诱导生成雄性生殖细胞的能力 | 揭示了多能乳头真皮成纤维细胞前体具有生殖细胞潜力，并展示了其在体外形成雄性生殖细胞的能力 | 该研究主要基于实验室条件，具体的体内功能验证尚未完成 | 探索小鼠皮肤衍生的多能细胞的起源及其生成雄性生殖细胞的能力 | 研究对象为从新生小鼠皮肤中获取的多能乳头真皮成纤维细胞前体 | 组织工程 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA转录组数据 | 7543个单细胞转录组 |
| 980 | 2024-08-05 |
Single-cell multiomic analysis identifies a HOX-PBX gene network regulating the survival of lymphangioleiomyomatosis cells
2023-05-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf8549
PMID:37163604
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研究论文 | 本文通过单细胞多组学分析，识别了一种HOX-PBX基因网络，调控淋巴管平滑肌瘤细胞的生存。 | 研究揭示了HOX-PBX转录程序在肺淋巴管平滑肌瘤细胞中的激活及其对细胞生存的调控机制。 | 需要进行长期的药物管理以维持疗效，且部分患者无法耐受治疗或对疗法反应不佳 | 探索淋巴管平滑肌瘤细胞的致病机制以及潜在的治疗靶点。 | 淋巴管平滑肌瘤（LAM）细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和单核ATAC-seq | NA | RNA数据 | NA |