单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 941 - 960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 941 | 2024-10-19 |
Consensus scHPF Identifies Cell Type-Specific Drug Responses in Glioma by Integrating Large-Scale scRNA-seq
2023-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.05.570193
PMID:38105955
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研究论文 | 本文介绍了一种名为共识scHPF的贝叶斯矩阵分解算法，用于整合大规模单细胞RNA测序数据，以识别胶质瘤中特定细胞类型的药物反应 | 提出了共识scHPF算法，通过分析多个随机初始化的scHPF模型，识别最稳健的基因特征并自动确定给定数据集的因子数量 | NA | 开发一种新的算法来整合复杂的单细胞RNA测序数据，以识别特定细胞类型的药物反应 | 胶质瘤切片培养样本，包括19名患者、10种药物治疗条件和52个样本 | 单细胞RNA测序 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯矩阵分解 | 基因表达数据 | 19名患者，10种药物治疗条件，52个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 942 | 2024-10-19 |
Spatial transcriptomic analysis of the mouse brain following chronic social defeat stress
2023-Dec, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20220133
PMID:38264685
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研究论文 | 研究使用空间转录组学分析慢性社会挫败应激对小鼠大脑的影响 | 首次全面比较了慢性社会挫败应激在多个脑区的转录变化，并揭示了不同脑区基因表达的空间差异 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨慢性社会挫败应激对小鼠大脑多个脑区的转录变化 | 小鼠大脑在慢性社会挫败应激下的基因表达 | 空间转录组学 | 抑郁症 | 空间转录组学 (ST) | NA | 基因表达数据 | 控制组、抗压组 (RES) 和易感组 (SUS) 的小鼠大脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 943 | 2024-10-19 |
Identification of monocyte-associated pathways participated in the pathogenesis of pulmonary arterial hypertension based on omics-data
2023-Oct, Pulmonary circulation
IF:2.2Q3
DOI:10.1002/pul2.12319
PMID:38130888
|
研究论文 | 本研究基于组学数据，探讨了单核细胞相关通路在肺动脉高压发病机制中的作用 | 首次结合微阵列数据和单细胞RNA测序数据，分析了单核细胞在肺动脉高压中的浸润情况及其相关信号通路 | 研究主要基于现有数据库中的数据，缺乏体内实验验证 | 评估免疫细胞浸润在肺动脉高压发病机制中的作用 | 肺动脉高压患者中的单核细胞及其相关信号通路 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 微阵列数据分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于GEO数据库中的微阵列数据集和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 944 | 2024-10-19 |
Amphiregulin couples IL1RL1+ regulatory T cells and cancer-associated fibroblasts to impede antitumor immunity
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add7399
PMID:37611111
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研究论文 | 研究揭示了IL1RL1+调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞通过AREG/EGFR轴相互作用，阻碍抗肿瘤免疫 | 首次揭示了AREG/EGFR轴在调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞之间的相互作用，控制成纤维细胞功能状态的分叉 | NA | 探讨调节性T细胞和癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其分子机制 | 调节性T细胞、癌症相关成纤维细胞、肿瘤微环境 | 肿瘤学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 945 | 2024-10-19 |
Synergism Between IL21 and Anti-PD-1 Combination Therapy is Underpinned by the Coordinated Reprogramming of the Immune Cellular Network in the Tumor Microenvironment
2023-08, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0012
PMID:37546701
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研究论文 | 通过综合分析多个单细胞RNA测序数据集，研究了IL21与抗PD-1联合治疗在肿瘤微环境中通过协调重编程免疫细胞网络的协同机制 | 揭示了IL21在肿瘤微环境中通过增强CD4 T细胞的辅助功能，促进CD8 T细胞介导的免疫反应，并与抗PD-1阻断剂协同驱动肿瘤抗原特异性CD8 T细胞的克隆扩增和功能状态分化 | NA | 探讨IL21与抗PD-1联合治疗在肿瘤微环境中的协同机制 | 肿瘤微环境中的免疫细胞网络 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 946 | 2024-10-19 |
Application of single-cell RNA sequencing methods to develop B cell targeted treatments for autoimmunity
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1103690
PMID:37520578
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞RNA测序方法开发针对自身免疫病的B细胞靶向治疗 | 本文提出利用单细胞RNA测序技术识别自身免疫病中的致病性自身反应性B细胞，以开发更精确的靶向治疗 | NA | 开发针对自身免疫病的B细胞靶向治疗 | 自身反应性B细胞 | 数字病理学 | 自身免疫病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 947 | 2024-10-17 |
Transcription factors in fibroblast plasticity and CAF heterogeneity
2023-Dec-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02934-4
PMID:38124183
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综述 | 本文综述了转录因子在癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性和可塑性中的作用 | 强调了单细胞RNA测序技术在揭示转录因子在不同癌症类型中将正常成纤维细胞转化为不同CAF亚型中的作用 | 目前尚未形成统一的CAF亚群功能分类，这为临床上开发靶向CAF疗法带来了挑战 | 揭示CAF的异质性，并识别不同肿瘤中的共性，以更有效地靶向肿瘤微环境中的促肿瘤基质 | 癌症相关成纤维细胞（CAF）及其异质性和可塑性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 948 | 2024-10-17 |
scNAT: a deep learning method for integrating paired single-cell RNA and T cell receptor sequencing profiles
2023-12-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03129-y
PMID:38111007
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scNAT的深度学习方法，用于整合配对的单细胞RNA和T细胞受体测序数据 | scNAT方法能够将配对的scRNA-seq和scTCR-seq数据整合到一个统一的潜在空间中，用于下游分析 | NA | 开发一种能够整合单细胞RNA和T细胞受体测序数据的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据和T细胞受体测序数据 | 机器学习 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | 深度学习 | 单细胞RNA和T细胞受体测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 949 | 2024-10-17 |
Challenges and opportunities to computationally deconvolve heterogeneous tissue with varying cell sizes using single-cell RNA-sequencing datasets
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03123-4
PMID:38098055
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研究论文 | 本文讨论了使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的挑战和机遇 | 提出了使用正交的“黄金标准”数据集来评估解卷积方法 | 现有方法可能量化总mRNA而非细胞类型比例，缺乏细胞参考图谱和单细胞与空间转录组数据整合的标准 | 探讨如何解决使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的关键挑战 | 异质组织中的细胞混合物 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 950 | 2024-10-17 |
STAT4 facilitates PD-L1 level via IL-12R/JAK2/STAT3 axis and predicts immunotherapy response in breast cancer
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.464
PMID:38107057
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研究论文 | 研究STAT4在乳腺癌中的作用及其通过IL-12R/JAK2/STAT3轴调节PD-L1水平的机制，并探讨其作为免疫治疗反应预测因子的潜力 | 揭示了STAT4通过STAT4/IL-12R/JAK2-STAT3-STAT4轴间接调节PD-L1表达的新分子机制，并提出其作为预测抗PD-1免疫治疗反应的潜在应用 | NA | 探讨STAT4在乳腺癌中的功能及其在免疫治疗中的作用 | STAT4在乳腺癌中的表达及其对PD-L1水平的影响 | NA | 乳腺癌 | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个临床乳腺癌队列 | NA | NA | NA | NA |
| 951 | 2024-10-17 |
Identification of RP11-770J1.4 as immune-related lncRNA regulating the CTXN1-cGAS-STING axis in histologically lower-grade glioma
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.458
PMID:38116063
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研究论文 | 本文研究了长非编码RNA RP11-770J1.4在低级别胶质瘤中的免疫调节作用 | 揭示了RP11-770J1.4-CTXN1作为潜在的免疫调节轴，具有治疗低级别胶质瘤的潜力 | NA | 探讨长非编码RNA在低级别胶质瘤中的免疫调节机制 | 长非编码RNA RP11-770J1.4及其在低级别胶质瘤中的作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括胶质母细胞瘤干细胞模型和患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 952 | 2024-10-17 |
Genetic Insights of Schizophrenia via Single Cell RNA-Sequencing Analyses
2023-07-04, Schizophrenia bulletin
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/schbul/sbad002
PMID:36805283
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了精神分裂症的遗传机制 | 本文首次使用单细胞RNA测序数据识别出54个精神分裂症风险基因，其中三分之二未在传统组织测序数据中被发现 | 本文的研究结果依赖于单细胞RNA测序数据，未来需要更多研究来进一步验证这些发现 | 揭示精神分裂症的遗传机制 | 精神分裂症风险基因及其在特定脑细胞类型中的表达 | 基因组学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 54个精神分裂症风险基因 | NA | NA | NA | NA |
| 953 | 2024-10-17 |
Adversarial training improves model interpretability in single-cell RNA-seq analysis
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad166
PMID:38099262
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研究论文 | 本文探讨了通过对抗训练提高单细胞RNA测序数据分析中模型鲁棒性和可解释性的方法 | 本文首次展示了对抗训练不仅提高了模型的鲁棒性，还增强了模型的可解释性 | 本文仅在一个特定任务上验证了方法的有效性，需要在更多任务上进行评估 | 提高预测计算模型在生物学和医学领域的鲁棒性和可解释性 | 单细胞RNA测序数据的细胞类型预测 | 机器学习 | NA | 对抗训练 | 深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 954 | 2024-10-16 |
Acute ischemia induces spatially and transcriptionally distinct microglial subclusters
2023-12-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01257-5
PMID:38082331
|
研究论文 | 研究急性缺血诱导的微胶质亚群及其转录特征 | 发现了与中风相关的微胶质亚群，并定义了它们的空间分布和功能特征 | NA | 探讨中风后微胶质细胞的异质性及其机制 | 中风后小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、RNAscope、免疫荧光、基因集变异分析（GSVA）、上游调控分析（IPA）、RT-qPCR、shRNA介导的敲低、靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | MCAO小鼠的三个时间点样本 | NA | NA | NA | NA |
| 955 | 2024-10-16 |
Dynamic profiling of immune microenvironment during anti-PD-1 immunotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: the IPRICE study
2023-Dec-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11672-x
PMID:38066522
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研究论文 | 研究旨在通过动态分析免疫微环境，识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 采用多学科方法，包括空间转录组学和单细胞RNA测序，以深入了解免疫疗法的抗性和反应机制 | 研究为单中心、前瞻性、非随机、开放标签的干预性临床试验，样本量有限 | 识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 54名接受PD-1免疫疗法的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、医学影像 | 54名复发/转移性头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 956 | 2024-10-16 |
Quartets enable statistically consistent estimation of cell lineage trees under an unbiased error and missingness model
2023-Dec-01, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-023-00248-w
PMID:38041123
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研究论文 | 研究了在肿瘤细胞进化历史重建中，基于四元组（quartets）的方法在面对无偏误差和缺失数据模型时的统计一致性 | 提出了基于四元组的方法，证明了其在高度未解析的模型树和定义为假阴性分支数量的误差情况下的统计一致性 | 文章主要集中在理论分析，未详细讨论实际应用中的具体实施和效果 | 研究肿瘤进化历史的重建方法，特别是在面对单细胞测序数据中的稀疏性和错误时的有效性 | 肿瘤细胞的进化树重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 四元组（quartets） | 分子序列 | 四细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 957 | 2024-10-16 |
Single-Cell Profiling of Premature Neonate Airways Reveals a Continuum of Myeloid Differentiation
2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0293OC
PMID:37643399
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析极早产新生儿气道中的细胞类型，揭示了髓系分化的连续性 | 首次在极早产新生儿气道中进行单细胞RNA测序，识别出髓系细胞的不同分化轨迹 | 研究样本量较小，仅限于极早产新生儿，且依赖于临床干预的采样方法 | 探索单细胞RNA测序在极早产新生儿气道细胞类型分析中的应用 | 极早产新生儿气道中的细胞类型及其髓系分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名极早产新生儿 | NA | NA | NA | NA |
| 958 | 2024-10-16 |
A SELECTIVE REVIEW OF RECENT DEVELOPMENTS IN SPATIALLY VARIABLE GENE DETECTION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Nov-23, ArXiv
PMID:38045476
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综述 | 本文综述了近年来在空间转录组学中检测空间变异基因（SVG）的最新进展 | 本文总结了多种新方法和创新概念，用于检测空间变异基因 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中空间变异基因检测的重要性 | 空间变异基因（SVG） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 959 | 2024-10-16 |
Latent feature extraction with a prior-based self-attention framework for spatial transcriptomics
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277891.123
PMID:37903634
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研究论文 | 本文提出了一种基于先验的自注意力框架PAST，用于空间转录组学中的潜在特征提取 | PAST是首个集成参考数据分析空间转录组数据的方法，通过贝叶斯神经网络整合先验信息，自注意力机制捕捉空间模式，并采用涟漪行走采样策略实现可扩展应用 | NA | 开发一种有效的方法来表征空间转录组数据中的空间域，以促进下游分析和生物学解释 | 空间转录组数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 贝叶斯神经网络 | 变分图卷积自编码器 | 转录组数据 | 多个技术生成的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 960 | 2024-10-16 |
Mapping oto-pharyngeal development in a human inner ear organoid model
2023-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201871
PMID:37796037
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研究论文 | 研究使用人类内耳类器官模型绘制耳咽发育的时间线 | 开发了一种使用多能干细胞的三维培养模型，用于研究人类内耳发育，并建立了内耳类器官发育图谱（IODA） | 研究中仍有许多细胞类型未被定义，且类器官模型与体内发育存在潜在差异 | 旨在绘制内耳类器官的体外发育时间线，以理解其发育机制 | 人类内耳类器官的发育过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在分化过程的前36天内，对10个阶段的样本进行了单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA |