单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 921 - 940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2024-09-14 |
Human ureteric bud organoids recapitulate branching morphogenesis and differentiate into functional collecting duct cell types
2023-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01429-5
PMID:36038632
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研究论文 | 本文描述了从人类多能干细胞（hPSCs）高效、无血清分化为输尿管芽（UB）类器官和功能性集合管细胞的方法 | 本文首次展示了从hPSCs高效分化为UB类器官和功能性集合管细胞，并展示了其在三维基质中形成分支形态发生的能力 | NA | 研究旨在开发一种高效的方法，将人类多能干细胞分化为功能性输尿管和集合管上皮细胞，以促进肾脏再生医学 | 人类多能干细胞（hPSCs）及其分化产物输尿管芽（UB）类器官和集合管细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 922 | 2024-09-14 |
Statistical Power Analysis for Designing Bulk, Single-Cell, and Spatial Transcriptomics Experiments: Review, Tutorial, and Perspectives
2023-01-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020221
PMID:36830591
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综述 | 本文综述了批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学实验设计中的统计功效分析 | 本文首次系统地讨论了三种基因表达谱技术（批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学）的统计功效分析，并提供了现有工具的综述和建议 | 目前尚无针对高通量空间转录组学的统计功效分析工具，因此本文仅探讨了影响功效分析的因素 | 探讨不同基因表达谱技术在实验设计中的统计功效分析 | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 923 | 2024-09-14 |
Fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-Jan-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2485985/v1
PMID:36747625
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型方法，用于标准化和整合单细胞转录组数据 | MASI通过细胞类型标记而非模型推断进行整合，能够在个人笔记本电脑上注释约一百万个细胞，为单细胞研究提供了一种廉价的计算替代方案 | NA | 开发一种快速且计算成本低的工具，用于标准化细胞类型注释和整合单细胞转录组数据 | 单细胞转录组数据的标准化和整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 无模型方法 | 基因表达矩阵 | 约一百万个细胞 |
| 924 | 2024-09-14 |
Multimodal mapping of cell types and projections in the central nucleus of the amygdala
2023-01-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.84262
PMID:36661218
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，系统地分析了中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 开发了新的方法将EASI-FISH与5-plex逆行轴突标记结合，揭示了中央杏仁核的空间分子组织结构和远距离轴突投射网络 | NA | 系统地研究中央杏仁核中的细胞类型及其投射，揭示其空间分子组织结构和功能 | 中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 荧光原位杂交 (EASI-FISH), 逆行轴突标记 | NA | 基因表达数据 | 约30,000个分子定义的中央杏仁核神经元 |
| 925 | 2024-09-14 |
Marker-free characterization of full-length transcriptomes of single live circulating tumor cells
2023-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276600.122
PMID:36414416
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研究论文 | 本文介绍了一种名为unCTC的R包，用于从单细胞转录组数据中无偏倚地识别和表征循环肿瘤细胞 | 提出了名为DDLK的深度字典学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类，以及基于表达的拷贝数变异推断和组合标记验证恶性表型的方法 | NA | 开发一种无偏倚的方法来识别和表征循环肿瘤细胞，以更好地理解转移性癌症的生物学特性、监测疾病进展和疾病管理 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名患者的循环肿瘤细胞 |
| 926 | 2024-09-13 |
Gestational ozone inhalation elicits maternal cardiac dysfunction and transcriptional changes to placental pericytes and endothelial cells
2023-11-28, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfad092
PMID:37695302
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研究论文 | 研究了孕期臭氧吸入对母体心脏功能和胎盘细胞转录变化的影响 | 首次揭示了孕期臭氧暴露对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的显著影响 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨孕期臭氧暴露对母体心血管功能和胎盘发育的影响 | 孕期吸入臭氧对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 孕期第10.5天暴露于1PPM臭氧或过滤空气的小鼠样本 |
| 927 | 2024-09-13 |
Human-specific genetics: new tools to explore the molecular and cellular basis of human evolution
2023-10, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-022-00568-4
PMID:36737647
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综述 | 本文综述了利用现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组测序数据，以及新兴的单细胞测序、基因操作和干细胞培养技术，来探索人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响 | 本文介绍了利用单细胞测序、基因操作和干细胞培养等新兴技术，结合基因组测序数据，来研究人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响 | 由于大量低效应大小的遗传变化、细胞类型水平上发育差异的有限描述以及缺乏实验模型，将人类特异性遗传变化与物种差异联系起来一直具有挑战性 | 理解人类特异性遗传变化如何影响人类的形态、认知和代谢变化，从而揭示人类进化的分子和细胞基础 | 现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组，以及人类特异性遗传变化对人类进化分子和细胞基础的影响 | 基因组学 | NA | 单细胞测序、基因操作、干细胞培养 | NA | 基因组数据 | 现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组样本 |
| 928 | 2024-09-13 |
Batch alignment of single-cell transcriptomics data using deep metric learning
2023-02-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36635-5
PMID:36810607
|
研究论文 | 本文开发了一种基于深度度量学习的scRNA-seq数据批次对齐模型scDML | scDML能够去除批次效应，提高聚类性能，准确恢复真实细胞类型，并在不同物种和组织中表现优于现有方法 | NA | 解决scRNA-seq数据中的批次效应问题，提高细胞类型检测的准确性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 深度度量学习 | 深度度量学习模型 | 转录组数据 | 涉及不同物种和组织的多个数据集 |
| 929 | 2024-09-13 |
Spatial transcriptomics analysis of zone-dependent hepatic ischemia-reperfusion injury murine model
2023-02-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04564-0
PMID:36804628
|
研究论文 | 本研究结合组织病理学检查与空间转录组学，分析了小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型的区域依赖性损伤模式及其相关分子变化 | 揭示了肝组织中对缺血再灌注损伤最敏感的区域，并预测了celastrol通过诱导缺血预处理来保护肝脏免受缺血再灌注损伤的机制 | NA | 探讨缺血再灌注损伤与肝脏异质性之间的关系 | 小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 930 | 2024-09-13 |
Single-cell pair-wise relationships untangled by composite embedding model
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106025
PMID:36824286
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SPRUCE的可扩展机器学习方法，用于解析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通信模式 | 本文提出的SPRUCE方法能够系统地确定单细胞RNA-seq数据中的常见细胞间通信模式，并揭示了肿瘤异质性的一部分可以通过差异交互模式而非静态标记基因表达来更好地理解 | NA | 研究肿瘤微环境中的细胞间通信模式 | 乳腺癌数据集中的细胞间通信模式 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 复合嵌入模型 | RNA-seq数据 | 多个乳腺癌数据集 |
| 931 | 2024-09-13 |
Genomic and microenvironmental heterogeneity shaping epithelial-to-mesenchymal trajectories in cancer
2023-02-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36439-7
PMID:36774358
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录组信号评估单个肿瘤中EMT转变的方法，并应用于7180个上皮来源的肿瘤，识别出具有预后和治疗价值的三种宏观状态 | 本文创新性地提出了评估EMT转变的方法，并结合空间转录组学和单细胞数据集，深入探讨了EMT转变的空间异质性和与肿瘤微环境中细胞的相互作用模式 | 本文主要基于转录组数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对EMT转变机制的全面理解 | 研究EMT转变的分子标志物及其在癌症进展中的作用 | 上皮来源的肿瘤及其EMT转变过程 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 7180个上皮来源的肿瘤样本 |
| 932 | 2024-09-13 |
SampleQC: robust multivariate, multi-cell type, multi-sample quality control for single-cell data
2023-02-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02859-3
PMID:36765378
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研究论文 | 介绍了一种名为SampleQC的单细胞RNA测序数据质量控制方法，该方法通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差 | 引入了一种新的质量控制方法SampleQC，通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，相比现有方法提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据质量控制方法，以提高对稀有细胞类型的检测敏感性并减少偏差 | 单细胞RNA测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 867,000个细胞，172个样本 |
| 933 | 2024-09-13 |
ZBTB12 is a molecular barrier to dedifferentiation in human pluripotent stem cells
2023-02-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36178-9
PMID:36759523
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研究论文 | 本文报道了ZBTB12作为人类多能干细胞去分化分子屏障的作用 | 首次揭示了ZBTB12在防止人类多能干细胞去分化中的关键作用，并阐明了其通过调节HERVH和lncRNAs表达的机制 | NA | 探讨细胞命运单向转变的分子机制 | 人类多能干细胞及其去分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 934 | 2024-09-13 |
Common molecular features of H3K27M DMGs and PFA ependymomas map to hindbrain developmental pathways
2023-02-09, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01514-z
PMID:36759899
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研究论文 | 本文研究了H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征，并将其映射到后脑发育途径 | 通过比较基因组、整体转录组、染色质相关特征和单细胞RNA测序数据，发现了两种肿瘤类别的共同分子特征 | NA | 探讨H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征及其与后脑发育途径的关系 | H3K27M DMG和PFA室管膜瘤 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、染色质相关数据 | NA |
| 935 | 2024-09-13 |
In vivo imaging of inflammatory response in cancer research
2023-Feb-07, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-023-00261-x
PMID:36750856
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综述 | 本文综述了使用双光子激发显微镜（2P-IVM）进行活体成像技术，以揭示癌症微环境中细胞间相互作用的研究现状 | 讨论了红移指示剂和光遗传学工具在2P-IVM中的潜在应用，并强调了2P-IVM在单细胞转录组学和数据驱动研究时代中的关键作用 | 体外重现肿瘤微环境中的动态事件尚未实现 | 总结2P-IVM在癌症研究中的应用，并探讨其未来发展方向 | 癌症微环境中的炎症反应和细胞间相互作用 | 数字病理学 | 癌症 | 双光子激发显微镜（2P-IVM） | NA | 图像 | NA |
| 936 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptome analysis reveals liver injury induced by glyphosate in mice
2023-Feb-04, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-023-00426-z
PMID:36739397
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了草甘膦对小鼠肝脏的损伤效应 | 首次生成了草甘膦暴露小鼠肝脏的单细胞RNA测序图谱，揭示了草甘膦引起的细胞组成变化、转录改变以及细胞间通讯失调 | NA | 探讨草甘膦对肝脏的毒性及其分子机制 | 草甘膦处理和未处理的小鼠肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 草甘膦处理和未处理的小鼠肝脏组织样本 |
| 937 | 2024-09-13 |
ScRNA-seq and ST-seq in liver research
2023-Feb-03, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-022-00152-5
PMID:36732412
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST-seq）在肝脏研究中的应用及其对肝脏发育、再生和疾病研究的贡献 | 探讨了scRNA-seq和ST-seq，特别是ST-seq，在肝脏研究中的新机遇 | 讨论了ST-seq在肝脏研究中的局限性，包括敏感性、获取精确单细胞信息的能力有限以及数据处理方法等问题 | 探索scRNA-seq和ST-seq在肝脏研究中的进展及其对基础问题的研究潜力 | 肝脏发育、再生和疾病 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 938 | 2024-09-13 |
Integrated Single-Cell (Phospho-)Protein and RNA Detection Uncovers Phenotypic Characteristics and Active Signal Transduction of Human Antibody-Secreting Cells
2023-02, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2023.100492
PMID:36623694
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研究论文 | 本文结合体外分化B细胞为抗体分泌细胞（ASCs）的方法与多组学单细胞测序技术，检测和量化免疫球蛋白亚类特异性表面标记、转录组和信号转导通路成分 | 本文创新性地整合了mRNA、蛋白质表达和磷酸化蛋白质检测，形成了一个综合数据集，并揭示了不同ASCs在分泌不同抗体时的差异特征 | NA | 深入理解人类抗体分泌细胞的表型特征和活性信号转导 | 人类抗体分泌细胞（ASCs） | NA | NA | 多组学单细胞测序技术 | NA | mRNA、蛋白质表达、磷酸化蛋白质 | NA |
| 939 | 2024-09-13 |
A topographic atlas defines developmental origins of cell heterogeneity in the human embryonic lung
2023-02, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-01064-x
PMID:36646791
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研究论文 | 本文创建了一个早期人类肺发育的综合地形图谱，揭示了细胞异质性的发育起源 | 本文首次整合了单细胞RNA测序和空间转录组学，创建了一个交互式网络平台，展示了细胞分化和成熟的基因表达程序 | NA | 阐明人类胚胎肺中细胞异质性的起源和生成机制 | 早期人类肺发育中的83种细胞状态及其空间发育轨迹 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 940 | 2024-09-13 |
The Single-Cell Landscape of Intratumoral Heterogeneity and The Immunosuppressive Microenvironment in Liver and Brain Metastases of Breast Cancer
2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202203699
PMID:36529697
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研究论文 | 研究描述了乳腺癌肝和脑转移瘤的单细胞景观，揭示了免疫抑制微环境的复杂性 | 首次全面解析了乳腺癌肝和脑转移瘤的肿瘤内异质性和免疫抑制微环境 | NA | 探讨抗PD-1/L1耐药的潜在机制，并为这些患者开发更有效的免疫治疗策略 | 乳腺癌肝和脑转移瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 44,473个细胞 |