单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 921 - 940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2024-10-21 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis
2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.18.537253
PMID:37131694
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组学和空间转录组学技术，识别与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群体 | 发现了六个新的巨噬细胞集群，这些集群与传统的M1或M2巨噬细胞激活定义不符，并揭示了spp1在肌营养不良中调节基质祖细胞和巨噬细胞相互作用的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型和人类肌肉活检样本上，可能无法完全代表所有肌肉退行性疾病的情况 | 探讨巨噬细胞在肌肉退行性疾病中的作用，特别是其在肌肉纤维化中的作用 | 骨骼肌中的巨噬细胞及其在肌肉退行性疾病中的分子特征 | 数字病理学 | 肌肉退行性疾病 | 单细胞转录组学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和人类肌肉活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 922 | 2024-10-21 |
Virus infection pattern imprinted and diversified the differentiation of T-cell memory in transcription and function
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1334597
PMID:38264657
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研究论文 | 研究比较了由不同病毒（CMV、EBV和SARS-CoV-2）诱导的记忆T细胞的转录组和功能差异 | 发现CD28和CTLA4可作为评估T细胞抗病毒能力的连续指标，并提出REL是CMV特异性T细胞产生细胞因子的主要调控因子 | NA | 理解不同病毒特异性记忆T细胞的差异，为开发新的抗病毒治疗策略提供基础 | 由CMV、EBV和SARS-CoV-2诱导的记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 由CMV、EBV和SARS-CoV-2诱导的记忆T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 923 | 2024-10-21 |
ATF5 promotes malignant T cell survival through the PI3K/AKT/mTOR pathway in cutaneous T cell lymphoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1282996
PMID:38223508
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研究论文 | 研究探讨了转录因子ATF5在皮肤T细胞淋巴瘤中的作用及其通过PI3K/AKT/mTOR通路促进恶性T细胞生存的机制 | 首次揭示了ATF5在皮肤T细胞淋巴瘤中的肿瘤特异性高表达及其促进肿瘤生存的机制 | 研究仅限于两个CTCL细胞系，可能需要进一步的临床验证 | 识别皮肤T细胞淋巴瘤中肿瘤特异性的转录因子 | 皮肤T细胞淋巴瘤中的恶性T细胞 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 两个CTCL细胞系Myla和H9 | NA | NA | NA | NA |
| 924 | 2024-10-21 |
Comprehensive analysis of senescence-associated genes in sepsis based on bulk and single-cell sequencing data
2023, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2023.1322221
PMID:38259686
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞测序数据分析了与脓毒症相关的衰老相关基因，并开发了一种基于关键基因的脓毒症诊断模型 | 本文首次通过综合分析批量和单细胞测序数据，揭示了衰老相关基因与脓毒症之间的关联，并开发了一种高可靠性的诊断模型 | 本文仅使用了两个RNA表达数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 探讨衰老相关基因与脓毒症之间的关系，并开发一种新的脓毒症诊断模型 | 衰老相关基因、脓毒症患者、健康对照组 | 数字病理学 | 脓毒症 | RNA测序 | 无监督聚类分析、加权基因共表达网络分析 | RNA表达数据、单细胞RNA测序数据 | 两个RNA表达数据集（GSE28750和GSE57065），具体样本量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 925 | 2024-10-21 |
Single-cell sequencing reveals an important role of SPP1 and microglial activation in age-related macular degeneration
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1322451
PMID:38259505
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研究论文 | 研究衰老相关细胞因子在年龄相关性黄斑变性中的作用 | 揭示了SPP1和微胶质细胞激活在年龄相关性黄斑变性中的重要作用，并提出SPP1可能成为潜在的治疗靶点 | 需要更多的体外和体内研究来验证结果和治疗效果 | 探讨衰老相关细胞因子在年龄相关性黄斑变性病理生理中的作用 | 人类视网膜神经节细胞和年龄相关性黄斑变性患者 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 118例人类黄斑神经视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 926 | 2024-10-21 |
Application progress of single-cell sequencing technology in mesenchymal stem cells research
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1336482
PMID:38264356
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在间充质干细胞研究中的应用进展 | 单细胞测序技术揭示了间充质干细胞在基因表达异质性、分化过程中的动态转录变化以及调控因子在关键过程中的作用 | NA | 探讨单细胞测序技术在间充质干细胞研究中的应用 | 间充质干细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 927 | 2024-10-21 |
Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in post-acute sequelae of SARS-CoV-2 patients with persistent respiratory symptoms
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268510
PMID:38259488
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研究论文 | 研究了COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的髓系细胞特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19后遗症患者中髓系细胞的转录组特征 | 样本量较小，仅包括3名患者和1名对照组 | 探讨COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的免疫反应和细胞特征 | COVID-19后遗症患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 3名COVID-19后遗症患者和1名对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 928 | 2024-10-21 |
nPCA: a linear dimensionality reduction method using a multilayer perceptron
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1290447
PMID:38259616
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研究论文 | 提出了一种使用多层感知器的线性降维方法nPCA，旨在保留原始数据的线性投影并生成更好的降维结果 | nPCA方法结合了深度学习和线性投影，能够在降维过程中保留更多原始数据的信息，是对传统PCA方法的改进 | 文章未详细讨论nPCA方法在处理大规模数据时的性能和计算效率 | 开发一种新的线性降维方法，能够在保留线性投影的同时生成更好的降维结果 | nPCA算法在10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集上的性能 | 机器学习 | NA | 多层感知器 | 多层感知器 | 数据集 | 10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 929 | 2024-10-20 |
Insect Insights at the Single-Cell Level: Technologies and Applications
2023-12-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13010091
PMID:38201295
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在昆虫研究中的应用，重点介绍了其在生物学应用中的进展、当前挑战及未来机遇 | scRNA-seq技术在昆虫研究中揭示了细胞类型的复杂性和异质性，发现了新的细胞类型及其相互关系 | 当前挑战包括技术复杂性和数据分析的难度 | 探讨单细胞RNA测序技术在昆虫研究中的应用及其未来发展 | 昆虫细胞类型及其功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 930 | 2024-10-20 |
Human disease-specific cell signatures in non-lesional tissue in Multiple Sclerosis detected by single-cell and spatial transcriptomics
2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.20.572491
PMID:38187779
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术，分析多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化 | 首次在多发性硬化症患者的非病变组织中检测到细胞类型特异性变化，并验证了这些变化与疾病病理过程的相关性 | 样本量相对较小，且仅限于特定脑区的研究 | 探讨多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化及其与疾病病理过程的关系 | 多发性硬化症患者的非病变脑组织 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 共78个样本，包括15个对照个体、8个多发性硬化症患者和5个其他伴有脱髓鞘病理的个体 | NA | NA | NA | NA |
| 931 | 2024-10-20 |
SpaceWalker enables interactive gradient exploration for spatial transcriptomics data
2023-12-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100645
PMID:37972590
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研究论文 | 介绍了一种名为SpaceWalker的视觉分析工具，用于探索空间转录组学数据的局部梯度结构 | SpaceWalker能够实时识别转录组学相似的细胞，并通过空间投影突出组织结构特征，支持多种空间转录组学协议 | NA | 开发一种工具，帮助研究人员在空间转录组学数据中发现生物学相关的特征 | 空间转录组学数据的局部梯度结构 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多切片3D全脑数据 | NA | NA | NA | NA |
| 932 | 2024-10-20 |
Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina
2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.11.570629
PMID:38168320
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研究论文 | 研究了蛋白磷酸酶在鸡视网膜中调节Müller胶质细胞向Müller胶质细胞来源的前体细胞转化的作用 | 首次探讨了蛋白磷酸酶在Müller胶质细胞转化过程中的作用，并发现DUSP1/6和PP2C磷酸酶的抑制促进了前体细胞的形成，而PP2B磷酸酶的抑制则抑制了这一过程 | 研究主要集中在鸡视网膜，未涉及其他物种或组织 | 探讨蛋白磷酸酶在视网膜中Müller胶质细胞向前体细胞转化过程中的作用 | 鸡视网膜中的Müller胶质细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鸡视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 933 | 2024-10-20 |
Scaling up single-cell RNA-seq data analysis with CellBridge workflow
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad760
PMID:38113416
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellBridge的自动化工作流程，旨在简化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的标准流程 | CellBridge通过集成先进的计算方法，简化了scRNA-seq数据分析流程，无需专业计算知识，加速了大规模scRNA-seq数据的发现 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程，使其适用于高容量环境和应用 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 934 | 2024-10-20 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals That Adaptation of Human Aortic Endothelial Cells to Antiproliferative Therapies Is Modulated by Flow-Induced Shear Stress
2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319283
PMID:37732484
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了人类主动脉内皮细胞在抗增殖疗法中的适应性受到流体剪切应力的调节 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了流体剪切应力对内皮细胞在抗增殖疗法中适应性的调节作用 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证 | 探讨内皮细胞在不同应激条件下的转录组变化及其对药物治疗的响应 | 人类主动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类主动脉内皮细胞在不同流体剪切应力和药物刺激下的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 935 | 2024-10-20 |
Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data
2023-10-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.08.004
PMID:37751736
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review | 本文综述了单细胞基因组学数据在细胞随机系统生物学中的应用 | 提出了一个统一的数学框架，用于整合单分子生物随机性和基因组学技术变异 | NA | 探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用 | RNA转录过程和微流控单细胞RNA测序的封装及文库构建步骤 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 936 | 2024-10-20 |
A distal lung organoid model to study interstitial lung disease, viral infection and human lung development
2023-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00827-6
PMID:37165073
|
研究论文 | 本文描述了一种将人类多能干细胞定向分化为远端肺类器官的策略 | 该方法能够重现肺发育过程，并生成具有分支形态、几乎无非肺内胚层谱系、含有间质且能重现间质性肺疾病的类器官 | NA | 研究间质性肺疾病、病毒感染和人类肺发育 | 人类多能干细胞定向分化为远端肺类器官 | 干细胞研究 | 间质性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 类器官生成时间约40天，可维持超过180天 | NA | NA | NA | NA |
| 937 | 2024-10-20 |
A guidebook of spatial transcriptomic technologies, data resources and analysis approaches
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.01.016
PMID:38213887
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review | 本文详细介绍了空间转录组技术的开发、数据资源和分析方法 | 本文整合了大量空间转录组数据，并介绍了多种计算方法来分析空间转录组数据，为研究人员提供了全面的指导 | NA | 帮助研究人员选择最适合其目标的空间转录组技术，并整合数据以促进数据的可访问性和可用性 | 空间转录组技术、数据资源和分析方法 | 基因组学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 938 | 2024-10-19 |
Comprehensive analysis of the potential biological significance of cuproptosis-related gene LIPT2 in pan-cancer prognosis and immunotherapy
2023-12-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-50039-x
PMID:38129565
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研究论文 | 本文分析了铜死亡相关基因LIPT2在泛癌预后和免疫治疗中的潜在生物学意义 | 首次全面评估了LIPT2基因在多种癌症中的表达水平及其对预后的影响，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用 | 研究主要基于生物信息学方法，缺乏实验验证 | 探讨LIPT2在泛癌中的生物学功能及其在预后和免疫治疗中的潜在意义 | LIPT2基因在多种癌症中的表达及其对预后和免疫治疗的影响 | NA | NA | 生物信息学方法，单细胞测序 | NA | 基因表达数据，突变数据，甲基化数据，免疫状态数据 | 涉及多种癌症类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 939 | 2024-10-19 |
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2023-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.16.537094
PMID:37131626
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研究论文 | 评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的性能 | 利用GPT-4这一强大的大型语言模型，自动且准确地通过标准单细胞RNA测序分析管道生成的标记基因信息进行细胞类型注释 | NA | 评估GPT-4在细胞类型注释中的应用潜力，并开发相应的开源软件包 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 基因表达数据 | 数百种组织类型和细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 940 | 2024-10-19 |
Fishing Innate Immune System Properties through the Transcriptomic Single-Cell Data of Teleostei
2023-Dec-12, Biology
DOI:10.3390/biology12121516
PMID:38132342
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研究论文 | 本文总结了与鱼类先天免疫系统（IIS）相关的单细胞RNA测序（scRNAseq）和空间转录组学实验数据 | 本文首次系统地总结了鱼类先天免疫系统的单细胞RNA测序数据，并提出了对非模式鱼类进行新实验的必要性 | 目前只有少数scRNAseq数据可用于其他鱼类，且缺乏对非模式鱼类的研究 | 研究鱼类先天免疫系统的特性和多样性 | 鱼类的先天免疫系统 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 涉及多种鱼类器官和发育阶段的多个scRNAseq实验数据 | NA | NA | NA | NA |