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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 901 - 920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2024-11-08 |
Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses
2023-Oct-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3384541/v1
PMID:37886581
|
研究论文 | 本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架用于单细胞RNA测序分析 | 本文的创新点在于提出了贝叶斯-频率主义混合框架，以提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 本文的局限性在于仅在一个特例（特发性肺纤维化）中进行了验证，尚未在其他疾病或数据集中进行广泛验证 | 本文的研究目的是提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯-频率主义混合框架 | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 902 | 2024-11-08 |
Single-nucleus chromatin accessibility identifies a critical role for TWIST1 in idiopathic pulmonary fibrosis myofibroblast activity
2023-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00474-2022
PMID:37142338
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研究论文 | 研究通过单核染色质可及性分析，揭示了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的关键作用 | 首次通过单核染色质可及性分析结合单细胞RNA测序数据，精确识别了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞中的关键转录因子活性 | 研究样本量较小，仅包括3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照 | 探讨TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的调控作用 | 特发性肺纤维化患者的肺组织和肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、单核染色质可及性测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照的肺组织，以及10例特发性肺纤维化和8例对照的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 903 | 2024-11-08 |
Single-cell transcriptomics reveals that tumor-infiltrating natural killer cells are activated by localized ablative immunotherapy and share anti-tumor signatures induced by immune checkpoint inhibitors
2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.02.539163
PMID:37205468
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学揭示肿瘤浸润自然杀伤细胞在局部消融免疫疗法激活下与免疫检查点抑制剂诱导的抗肿瘤特征共享 | 首次揭示局部消融免疫疗法激活自然杀伤细胞的细胞毒性，并发现上调基因与癌症患者的有益临床结果正相关 | NA | 探讨自然杀伤细胞在癌症治疗中的激活基因特征和通路 | 自然杀伤细胞在肿瘤微环境中的转录变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用MMTV-PyMT小鼠模型和人类样本进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 904 | 2024-11-07 |
Transcriptional Landscape of Cotton Roots in Response to Salt Stress at Single-cell Resolution
2023-Oct-27, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100740
PMID:39492159
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组技术系统分析了棉花根系对盐胁迫的响应 | 首次在单细胞分辨率下描绘了盐胁迫下棉花根系的转录图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹 | NA | 探究盐胁迫下棉花根系的分子机制 | 棉花根系在盐胁迫下的响应 | NA | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | 从自然生长和不同盐处理条件下的5天龄侧根尖中获得了56,281个高质量细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 905 | 2024-11-07 |
SOX9 Modulates the Transformation of Gastric Stem Cells Through Biased Symmetric Cell Division
2023-06, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.01.037
PMID:36740200
|
研究论文 | 研究探讨了SOX9基因在胃干细胞通过偏向性对称细胞分裂进行恶性转化中的作用 | 提出了SOX9+SOX2+细胞在胃癌发生中的重要作用，并开发了一种新的鼠模型来研究这一过程 | 研究主要基于鼠模型和胃癌患者样本，可能无法完全反映人类胃癌的复杂性 | 研究胃干细胞在胃癌发生初期的行为，并探讨SOX9基因在这一过程中的作用 | 胃干细胞和胃癌 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序、免疫染色、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 组织样本 | 鼠模型和胃癌患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 906 | 2024-11-06 |
Temporal recording of mammalian development and precancer
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572260
PMID:38187699
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研究论文 | 本文利用NSC-seq平台记录哺乳动物发育和癌前病变中的细胞事件时间顺序 | 开发了一种新的分子时钟方法，结合细胞状态和谱系信息，记录细胞事件的时间和克隆性 | NA | 研究哺乳动物胚胎发育和癌前病变中细胞事件的时间顺序 | 小鼠胚胎发育中的组织特异性细胞扩张和人类癌前病变中的多祖先起源 | 数字病理学 | NA | NSC-seq | NA | 单细胞多组学数据 | 116个scRNA-seq数据集和418个人类息肉样本 | NA | NA | NA | NA |
| 907 | 2024-11-06 |
STGNNks: Identifying cell types in spatial transcriptomics data based on graph neural network, denoising auto-encoder, and k-sums clustering
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107440
PMID:37738898
|
研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类的空间转录组数据细胞类型识别方法STGNNks | 首次将图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类结合用于空间转录组数据的细胞类型识别 | NA | 开发一种创新的空间聚类方法，以提高空间转录组数据分析的效率 | 空间转录组数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | 图神经网络、去噪自编码器、k-sums聚类 | 图卷积网络 | 转录组数据 | 六个10x Genomics Visium数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 908 | 2024-11-06 |
Microdissection of cancer-associated fibroblast infiltration subtypes unveils the secreted SERPINE2 contributing to immunosuppressive microenvironment and immuotherapeutic resistance in gastric cancer: A large-scale study integrating bulk and single-cell transcriptome profiling
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107406
PMID:37729702
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研究论文 | 本研究通过大规模整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用 | 首次通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了CAFs在胃癌中的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的关键作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证SERPINE2的具体作用机制 | 探讨CAFs及其分泌因子在胃癌免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用，寻找新的免疫治疗靶点 | 胃癌患者样本及其肿瘤微环境中的CAFs和免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 2148名胃癌患者样本，涵盖11个独立数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 909 | 2024-11-06 |
Identification of urinary extracellular vesicles differentially expressed RNAs in diabetic nephropathy via whole-transcriptome integrated analysis
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107480
PMID:37738894
|
研究论文 | 本研究通过全转录组整合分析，识别了糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA | 首次报道了糖尿病肾病患者尿液外泌体中的全转录组遗传资源 | NA | 研究糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA及其作为潜在诊断生物标志物的可能性 | 糖尿病肾病患者的尿液外泌体 | 数字病理学 | 糖尿病 | 微阵列分析、下一代测序 | 机器学习模型 | RNA | 24名参与者，包括12名糖尿病肾病患者和12名2型糖尿病患者 | NA | NA | NA | NA |
| 910 | 2024-11-06 |
Identification of cell-type-specific genes in multimodal single-cell data using deep neural network algorithm
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107498
PMID:37738895
|
研究论文 | 本文利用深度神经网络算法在多模态单细胞数据中识别细胞类型特异性基因 | 本文创新性地使用深度神经网络模型分析CITE-seq数据，成功识别出红细胞祖细胞中的细胞类型特异性基因 | 本文仅使用了Kaggle数据库中的一个CITE-seq数据集，样本量和细胞类型有限 | 旨在通过多模态单细胞数据识别细胞类型特异性基因 | 骨髓干细胞分化过程中的七种细胞类型的CITE-seq数据 | 机器学习 | 血液相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度神经网络（DNN） | RNA和表面蛋白表达数据 | 七种细胞类型的CITE-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 911 | 2024-10-30 |
A hybrid machine learning and regression method for cell type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2023-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554722
PMID:37662370
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研究论文 | 本文介绍了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积 | SDePER方法通过机器学习去除ST和scRNA-seq数据之间的系统差异（平台效应），并考虑了细胞类型的稀疏性和空间相关性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积的准确性和鲁棒性 | 空间条形码转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合机器学习和回归模型 | 转录组数据 | 四个真实数据集和模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 912 | 2024-10-30 |
Systems biological assessment of the temporal dynamics of immunity to a viral infection in the first weeks and months of life
2023-Jan-31, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.01.28.23285133
PMID:36778389
|
研究论文 | 本文通过多组学方法，对婴儿和幼儿在生命早期几周和几个月内对SARS-CoV-2感染的免疫动态进行了纵向分析 | 首次提供了生命早期几周和几个月内对病毒感染的免疫动态的快照 | NA | 研究婴儿和幼儿在生命早期对SARS-CoV-2感染的免疫动态 | 婴儿和幼儿对SARS-CoV-2感染的先天性和适应性免疫反应 | NA | NA | 多组学分析 | NA | 血液样本 | 感染前、感染期间和感染后收集的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 913 | 2024-10-30 |
Targeting Immune-Fibroblast Crosstalk in Myocardial Infarction and Cardiac Fibrosis
2023-Jan-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2402606/v1
PMID:36747878
|
研究论文 | 研究心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞之间的相互作用 | 首次揭示了人类心脏疾病中免疫细胞与成纤维细胞之间的分子机制，并展示了通过靶向炎症治疗组织纤维化的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类心脏样本，可能存在种属差异 | 探讨心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞的相互作用机制 | 心肌梗死和心脏纤维化中的免疫细胞与成纤维细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞基因表达分析、表位映射、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据 | 38名急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 914 | 2024-10-28 |
Liquid-biopsy proteomics combined with AI identifies cellular drivers of eye aging and disease in vivo
2023-10-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.09.012
PMID:37863056
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研究论文 | 本文通过结合液体活检蛋白质组学和单细胞转录组学，追踪了5953种蛋白质在房水中的细胞来源，并开发了人工智能模型评估个体细胞的衰老情况 | 本文首次将液体活检蛋白质组学与单细胞转录组学结合，用于追踪非再生器官如眼睛和大脑的疾病机制，并揭示了帕金森病中的视网膜退化现象 | 本文的研究主要集中在眼睛，尚未扩展到其他器官系统 | 研究眼睛衰老和疾病的细胞驱动因素，并开发新的分子诊断和预后方法 | 眼睛中的5953种蛋白质及其细胞来源，以及个体细胞的衰老情况 | 生物信息学 | 眼科疾病 | 液体活检蛋白质组学，单细胞转录组学 | 人工智能模型 | 蛋白质组学数据，转录组学数据 | 5953种蛋白质 | NA | NA | NA | NA |
| 915 | 2024-10-27 |
Neural stem cell metabolism revisited: a critical role for mitochondria
2023-08, Trends in endocrinology and metabolism: TEM
DOI:10.1016/j.tem.2023.05.008
PMID:37380501
|
综述 | 本文综述了线粒体代谢在鼠和人类神经干细胞（NSCs）胚胎和成年大脑中的作用 | 本文重新审视了线粒体在神经干细胞代谢中的关键作用，并探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据在成年NSCs代谢特征中的应用 | NA | 探讨线粒体代谢在神经干细胞维持和命运决定中的作用 | 鼠和人类神经干细胞（NSCs） | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 916 | 2024-10-27 |
Cloning a profibrotic stem cell variant in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-04-26, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abp9528
PMID:37099633
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研究论文 | 研究通过单细胞克隆技术在特发性肺纤维化患者中鉴定出一种促纤维化干细胞变异体 | 首次通过单细胞克隆技术鉴定出特发性肺纤维化中的一种主要干细胞变异体，并发现其在体外能将正常肺成纤维细胞转化为病理性肌成纤维细胞，在体内能激活和招募肌成纤维细胞 | 研究样本量较小，且仅限于特发性肺纤维化患者和对照组，未涵盖其他肺部疾病 | 探讨特发性肺纤维化中干细胞变异体的特征及其在疾病发展中的作用 | 特发性肺纤维化患者的远端肺部基底干细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16名特发性肺纤维化患者和10名对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 917 | 2024-10-26 |
Microfluidic single-cell migration chip reveals insights into the impact of extracellular matrices on cell movement
2023-10-24, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d3lc00651d
PMID:37750357
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研究论文 | 开发了一种高通量微流控细胞迁移芯片，结合机器人液体处理和计算机视觉技术，监测3200个单细胞的运动，研究细胞外基质对细胞迁移的影响 | 开发了高通量微流控细胞迁移芯片，提供前所未有的单细胞分辨率，研究不同细胞外基质对三阴性乳腺癌细胞迁移的影响 | 研究主要集中在三阴性乳腺癌细胞，未涵盖所有类型的细胞和疾病 | 研究细胞外基质对细胞迁移的影响，为开发治疗与细胞迁移相关疾病的新策略提供见解 | 三阴性乳腺癌细胞在不同细胞外基质中的迁移行为 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 微流控技术 | NA | 图像 | 3200个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 918 | 2024-10-25 |
The C-type lectin COLEC10 is predominantly produced by hepatic stellate cells and involved in the pathogenesis of liver fibrosis
2023-11-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06324-8
PMID:38036508
|
研究论文 | 研究了C型凝集素COLEC10在肝星状细胞中的表达及其在肝纤维化发病机制中的作用 | 首次发现COLEC10主要由肝星状细胞产生，并在肝纤维化过程中表达下调，揭示了其在肝纤维化发病机制中的新作用 | 研究主要基于小鼠和人类肝脏样本，缺乏更广泛的物种验证；体外实验结果需要体内实验进一步验证 | 探讨COLEC10在肝纤维化发病机制中的作用 | 肝星状细胞、肝纤维化患者和健康捐赠者的血清 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | RNA | 小鼠肝脏样本、人类肝脏样本、慢性肝病患者和健康捐赠者的血清 | NA | NA | NA | NA |
| 919 | 2024-10-21 |
CellBiAge: Improved single-cell age classification using data binarization
2023-12-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113500
PMID:38032797
|
研究论文 | 本文开发了一种名为CellBiAge的机器学习管道，用于通过单细胞转录组学对小鼠脑细胞的年龄进行分类 | 通过基因表达值的二值化显著提高了不同模型、技术和脑区的测试性能，并识别了潜在的与年龄相关的基因 | NA | 开发一种准确的方法来预测特定细胞类型的年龄，以理解衰老的异质性和评估 rejuvenation 策略 | 小鼠脑细胞的年龄分类 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 920 | 2024-10-21 |
INVADEseq to identify cell-adherent or invasive bacteria and the associated host transcriptome at single-cell-level resolution
2023-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00888-7
PMID:37789194
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INVADEseq的新方法，用于在单细胞水平分辨率下识别细胞粘附或侵袭性细菌及其相关宿主转录组 | INVADEseq方法通过引入针对细菌16S rRNA基因的引物，克服了传统scRNAseq技术无法捕获细菌RNA的局限性 | NA | 开发一种能够在单细胞水平上同时分析宿主和细菌转录组的新技术 | 人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本中的细菌及其相关宿主转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |