单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2024-09-10	Pevonedistat, a Nedd8-activating enzyme inhibitor, in combination with ibrutinib in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2023-01-11, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-022-00763-w PMID:36631449	研究论文	研究了Pevonedistat（一种Nedd8激活酶抑制剂）与Ibrutinib联合治疗复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病的安全性与初步疗效	首次评估了Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效，并使用scRNA-Seq分析了Pevonedistat对NFκB信号通路的下调作用	研究样本量较小，且仅限于复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者	评估Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者	NA	非霍奇金淋巴瘤	scRNA-Seq	NA	NA	18名患者，包括8名套细胞淋巴瘤患者和4名慢性淋巴细胞白血病患者
862	2024-09-10	Protocol for Classification Single-Cell PBMC Types from Pathological Samples Using Supervised Machine Learning 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3239-0_4 PMID:37258906	研究论文	本文描述了一种使用监督机器学习方法对来自病理样本的单细胞PBMC类型进行分类的协议	本文提出了一种使用监督机器学习方法对单细胞转录组数据进行分类的新协议，相比传统的无监督聚类或结合无监督和监督方法的手动校正，该方法具有更高的准确性和效率	本文的示例主要集中在10× Genomics技术上，尽管适用于其他单细胞转录组平台的数据，但可能需要针对不同平台进行调整	开发一种高效准确的监督机器学习方法，用于对病理样本中的单细胞PBMC类型进行分类	单细胞外周血单核细胞（PBMC）及其在病理状态下的分类	机器学习	NA	单细胞转录组学（SCT）	监督机器学习模型	基因表达数据	NA
863	2024-09-10	Concordance of MERFISH spatial transcriptomics with bulk and single-cell RNA sequencing 2023-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201701 PMID:36526371	研究论文	本文比较了MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性	MERFISH技术在单细胞分辨率下直接将单细胞身份映射到空间位置，并能独立解析不同的细胞类型和空间结构	计算整合Tabula Muris Senis图谱并未增强MERFISH的结果	评估MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性	小鼠肝脏和肾脏的细胞类型和空间结构	空间转录组学	NA	MERFISH	NA	RNA	小鼠肝脏和肾脏样本
864	2024-09-08	Single-cell transcriptomics supports presence of cryptic species and reveals low levels of population genetic diversity in two testate amoebae morphospecies with large population sizes 2023-11-02, Evolution; international journal of organic evolution DOI:10.1093/evolut/qpad158 PMID:37672006	研究论文	研究分析了两种形态种的单细胞转录组数据，评估了其种群遗传多样性	首次使用单细胞转录组数据研究不可培养的异养原生生物的种群遗传学，揭示了隐秘物种的存在	研究样本仅来自新英格兰沼泽，可能无法代表所有种群	评估两种形态种的种群遗传多样性，揭示隐秘物种的存在	两种形态种的单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	72个单细胞转录组数据，来自两种形态种
865	2024-09-08	Loss of autism-candidate CHD8 perturbs neural crest development and intestinal homeostatic balance 2023-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201456 PMID:36375841	研究论文	本文研究了CHD8基因突变对神经嵴发育和肠道稳态平衡的影响	首次揭示了CHD8基因突变与神经嵴发育、肠道稳态以及自闭症相关胃肠道症状之间的因果关系	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在人类中验证	探讨CHD8基因突变对神经嵴发育和肠道稳态的影响及其与自闭症相关胃肠道症状的关系	CHD8基因突变对神经嵴细胞、肠道神经和胶质前体细胞、肠道稳态以及免疫平衡的影响	发育生物学	自闭症	单细胞测序	NA	转录组数据	斑马鱼模型
866	2024-09-08	Single-cell RNA-seq analysis to identify potential biomarkers for diagnosis, and prognosis of non-small cell lung cancer by using comprehensive bioinformatics approaches 2023-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2022.101571 PMID:36401966	研究论文	通过单细胞RNA测序数据和生物信息学方法，识别非小细胞肺癌的潜在生物标志物	利用单细胞RNA测序数据和生物信息学技术，识别了12个关键基因及其相关的转录因子和miRNA，这些基因在非小细胞肺癌的诊断和预后中具有潜在作用	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	识别非小细胞肺癌的诊断和预后生物标志物	非小细胞肺癌的基因生物标志物及其调控因子和信号通路	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据
867	2024-09-07	Remodeling of the osteoimmune microenvironment after biomaterials implantation in murine tibia: Single-cell transcriptome analysis 2023-Apr, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2022.10.009 PMID:36311047	研究论文	研究了在小鼠胫骨中植入生物材料后骨免疫微环境的重组，通过单细胞转录组分析揭示了不同细胞群的异质性和动态变化	首次通过单细胞转录组分析揭示了植入材料对骨免疫微环境的影响，并探讨了中性粒细胞在骨整合中的作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	探讨生物材料植入后骨免疫微环境的重组及其对骨整合的影响	小鼠胫骨中植入不锈钢和钛合金生物材料后的骨免疫微环境	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	40043个细胞，分为五个不同组
868	2024-09-07	Correspondence analysis for dimension reduction, batch integration, and visualization of single-cell RNA-seq data 2023-01-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-26434-1 PMID:36681709	研究论文	本文介绍了一种基于对应分析（CA）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维、批次整合和可视化方法	提出了一种基于对应分析（CA）的替代PCA的方法，避免了log转换对数据的扭曲，并提出了五种CA的适应性改进，这些改进在计算细胞嵌入时表现更好或与标准CA和glmPCA相当	NA	改进单细胞RNA测序数据的降维和批次整合方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	对应分析（CA）	基因表达数据	9个数据集
869	2024-09-06	Radiotherapy-Induced Neurocognitive Impairment Is Driven by Heightened Apoptotic Priming in Early Life and Prevented by Blocking BAX 2023-10-13, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1337 PMID:37470810	研究论文	本文研究了放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并发现通过阻断BAX可以预防这种损伤	开发了一种新的放射治疗诱导神经认知功能障碍的小鼠模型，并发现BAX在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并寻找预防方法	放射治疗对不同年龄段小鼠神经认知功能的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
870	2024-09-06	Transcriptomic profiling of cardiac tissues from SARS-CoV-2 patients identifies DNA damage 2023-03, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13577 PMID:36107637	研究论文	研究分析了SARS-CoV-2患者心脏组织的转录组图谱，发现DNA损伤相关基因的上调	首次揭示了SARS-CoV-2感染患者心脏组织中DNA损伤和修复相关基因的上调，并通过γ-H2Ax免疫组化进一步验证	样本量较小，且仅包括SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者，可能影响结果的普适性	探讨SARS-CoV-2感染对心脏组织的分子影响	SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	7例SARS-CoV-2患者、2例pH1N1患者和6例对照组患者的心脏组织
871	2024-09-06	Differential cell composition and split epidermal differentiation in human palm, sole, and hip skin 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.111994 PMID:36732947	研究论文	研究通过批量和单细胞RNA测序分析了人类手掌、脚底和臀部皮肤的细胞组成和表皮分化差异	揭示了手掌和脚底皮肤中免疫环境的改变，以及特定成纤维细胞在细胞间通信中的关键作用	NA	探讨手掌和脚底皮肤的转录程序及其独特性	人类手掌、脚底和臀部皮肤	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及手掌、脚底和臀部皮肤的多个样本
872	2024-09-05	Mast-Cell Expressed Membrane Protein-1 (MCEMP1) is expressed in classical monocytes and alveolar macrophages in Idiopathic Pulmonary Fibrosis and regulates cell chemotaxis, adhesion, and migration in a TGFβ dependent manner 2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.07.561349 PMID:37873485	研究论文	本文研究了MCEMP1在特发性肺纤维化中的表达及其对细胞趋化、粘附和迁移的调控作用	首次揭示了MCEMP1在特发性肺纤维化中通过TGFβ依赖的方式调控单核细胞的趋化、粘附和迁移	NA	探究MCEMP1在特发性肺纤维化中的机制作用	MCEMP1在特发性肺纤维化患者中的表达及其功能	NA	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、染色质免疫沉淀、邻近连接分析、RNA干扰、慢病毒转导、批量RNA测序、活性RHO下拉实验	NA	RNA	来自特发性肺纤维化患者和对照组的PBMC和肺组织样本，以及THP-1细胞
873	2024-09-05	ER stress mediates Angiotensin II-augmented innate immunity memory and facilitates distinct susceptibilities of thoracic from abdominal aorta to aneurysm development 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1268916 PMID:37731512	研究论文	研究通过转录组分析探讨了内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤模型中的作用，发现Ang II在腹部主动脉（AA）中诱导更强的炎症反应和基因上调，以及ER应激在不同主动脉中的不同作用。	首次聚焦于内质网应激的转录组分析，揭示了内质网作为感知多种DAMPs并启动ER应激的免疫细胞器的作用，以及其在Ang II加速训练免疫和不同主动脉对疾病易感性差异中的作用。	NA	确定内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤发展中的作用	胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA）	数字病理学	心血管疾病	转录组分析	NA	转录组数据	胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA）样本
874	2024-09-04	Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology 2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.17.572084 PMID:38187541	研究论文	本文提出了一种名为STIE的EM算法，通过将空间转录组数据与基于组织学图像的核形态对齐，实现了单细胞水平的空间转录组解卷积、卷积和聚类。	STIE算法通过核形态相似性和邻域信息，填补了高达70%的间隙区域，实现了真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积/卷积和聚类。	NA	实现单细胞水平的空间转录组分析，提高空间转录组数据的分辨率和准确性。	空间转录组数据与组织学图像的核形态对齐，以及单细胞水平的解卷积、卷积和聚类。	空间转录组学	NA	空间转录组学	EM算法	空间转录组数据	NA
875	2024-09-04	Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer 2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.07.553268 PMID:37905029	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和分子病理学方法，探讨了MYC驱动的肿瘤微环境在人类和小鼠前列腺癌中的变化	首次在MYC驱动的肿瘤微环境中，通过单细胞RNA测序技术揭示了人类和小鼠前列腺癌中细胞状态的保守性	研究主要依赖于基因工程小鼠模型，可能与人类前列腺癌的实际情况存在差异	探究MYC信号激活在前列腺癌肿瘤微环境变化中的作用	人类和小鼠的前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	RNA	涉及人类和小鼠的前列腺癌组织样本
876	2024-09-04	Single-cell RNA sequencing deciphers the mechanism of sepsis-induced liver injury and the therapeutic effects of artesunate 2023-Sep, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-023-01065-y PMID:37041228	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了脓毒症诱导的肝脏损伤机制及青蒿琥酯的治疗效果	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了脓毒症对肝脏细胞的具体影响，并评估了青蒿琥酯的肝保护作用	研究仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验验证	探讨脓毒症对肝脏的影响及青蒿琥酯的肝保护机制	小鼠肝脏在脓毒症感染后的细胞反应及青蒿琥酯的治疗效果	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
877	2024-09-01	Cell-intrinsic effects of clonal hematopoiesis in heart failure 2023-Sep, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-023-00322-x PMID:39196061	研究论文	本文研究了克隆性造血（CHIP）在心力衰竭患者中的细胞内在效应	使用改进的单细胞测序流程（MutDetect-Seq）展示了DNMT3A突变型单核细胞、CD4+ T细胞和NK细胞的基因表达谱改变，并验证了突变型与野生型单核细胞和T细胞之间的旁分泌信号通路	NA	探讨CHIP在心力衰竭患者中的细胞内在效应及其对预后的影响	心力衰竭患者中的CHIP突变细胞	NA	心力衰竭	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
878	2024-09-01	Stress resilience-enhancing drugs preserve tissue structure and function in degenerating retina via phosphodiesterase inhibition 2023-05-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2221045120 PMID:37126699	研究论文	本文通过系统药理学平台，利用单细胞转录组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学，研究了通过选择性抑制环核苷酸磷酸二酯酶（PDEs）来增强退化视网膜的应激抵抗能力，从而保护组织结构和功能。	本文首次报道了通过靶向抑制PDEs来稳定转录组、蛋白质组和磷酸蛋白质组，激活保护机制并协同抑制退化过程，从而增强视网膜对急性及慢性应激的抵抗能力。	NA	开发新的治疗策略，以应对慢性进行性视网膜疾病，如年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变和视网膜色素变性。	年龄相关性和遗传性视网膜退化模型。	系统药理学	视网膜疾病	单细胞转录组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学	NA	转录组、蛋白质组和磷酸蛋白质组数据	多种年龄相关性和遗传性视网膜退化模型的细胞样本
879	2024-08-31	Antigen-specific CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph node and blood following vaccination in humans 2023-Sep-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3304466/v1 PMID:37790414	研究论文	本研究评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后人类血液和引流淋巴结中刺突特异性CD4 T细胞的单细胞转录组学特征	本研究定义了新的克隆型，并使用基于深度学习的反向表位映射方法Trex来预测抗原特异性	NA	研究SARS-CoV-2感染和mRNA疫苗接种诱导的CD4 T细胞反应及其在保护性免疫中的作用	人类血液和引流淋巴结中的刺突特异性CD4 T细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学	深度学习	转录组数据	多个刺突特异性CD4 T细胞克隆型
880	2024-08-29	SPASCER: spatial transcriptomics annotation at single-cell resolution 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac889 PMID:36243975	研究论文	本文构建了一个名为SPASCER的新型空间转录组数据库，旨在帮助理解组织结构的异质性、区域特异性微环境及跨组织结构的多层次细胞间相互作用	SPASCER数据库整合了来自43项研究的1082个子数据集，涵盖四种物种的16种器官类型，并结合scRNA-seq数据进行空间转录组的解卷积/映射，以及空间细胞间相互作用、基因模式和通路富集分析	NA	研究目的是通过构建SPASCER数据库，深入理解健康和疾病组织中的生物学过程机制	研究对象包括组织结构异质性、区域特异性微环境及细胞间相互作用	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	43项研究的1082个子数据集，涵盖16种器官类型，涉及四种物种