单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 861 - 880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2024-09-17 |
Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534295
PMID:37034711
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研究论文 | 研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育病因学的细胞模型 | 首次比较了从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系与中鼻甲活检样本的单细胞RNA测序数据，并将其与嗅觉神经上皮的数据进行了比较 | 研究仅限于特定的细胞系和样本，可能无法完全代表精神分裂症的复杂性 | 探讨精神分裂症神经发育分子机制的生物模型 | 从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系和中鼻甲活检样本 | 细胞生物学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个CNON细胞系和两个中鼻甲活检样本 |
| 862 | 2024-09-17 |
Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527053
PMID:36993340
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研究论文 | 本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于优化已知细胞类型的基因选择，以实现目标空间转录组学 | 提出了一种新的计算方法gpsFISH，通过建模和调整平台效应来优化基因选择，超越了现有方法 | 现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术之间的平台效应 | 开发一种新的基因选择方法，以优化目标空间转录组学中的基因检测 | 基因面板的选择，以优化已知细胞类型的检测 | 空间转录组学 | NA | 计算方法 | NA | 转录组数据 | NA |
| 863 | 2024-09-17 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533713
PMID:36993544
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因 | BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够处理二维和三维空间转录组数据，具有更高的准确性、鲁棒性和效率 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在空间转录组数据中识别空间变异基因 | 二维和三维空间转录组数据中的空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 非参数模型 | 基因表达数据 | NA |
| 864 | 2024-09-17 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification
2023-Mar-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2687726/v1
PMID:36993309
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于从二维和三维空间转录组数据中识别空间变异基因 | BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从二维和三维空间转录组数据中有效识别空间变异基因 | 空间变异基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非参数模型 | 转录组数据 | 多种类型的空间转录组技术在癌症、神经科学、类风湿性关节炎和肾脏研究中的应用 |
| 865 | 2024-09-17 |
Pioneer factor ASCL1 cooperates with the mSWI/SNF complex at distal regulatory elements to regulate human neural differentiation
2023-03-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.350269.122
PMID:36931659
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研究论文 | 研究了先驱转录因子ASCL1与mSWI/SNF复合物在远端调控元件上的相互作用，以调节人类神经分化 | 揭示了ASCL1在人类神经发生中激活长程调控元件的新机制，并发现了其染色质重塑功能依赖于合作伙伴ATPase活性 | NA | 探讨先驱转录因子ASCL1在人类神经分化中的作用及其与mSWI/SNF复合物的相互作用 | ASCL1在人类神经分化中的功能及其与mSWI/SNF复合物的相互作用 | 基因表达调控 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 866 | 2024-09-17 |
Diabetes mellitus induces a novel inflammatory network involving cancer progression: Insights from bioinformatic analysis and in vitro validation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1149810
PMID:37033970
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研究论文 | 研究探讨了糖尿病与癌症之间的关联，构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，并通过生物信息学分析和体外实验验证了其机制 | 首次构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，揭示了糖尿病如何增加肿瘤发生和发展的机制 | 需要进一步的研究来验证和扩展这些发现 | 探讨糖尿病与癌症之间的分子机制 | 糖尿病相关基因与癌症相关基因的关联 | 生物信息学 | 糖尿病 | 生物信息学分析、单细胞测序、体外实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 包括结肠腺癌在内的多种肿瘤样本 |
| 867 | 2024-09-17 |
Monoacylglycerol lipase regulates macrophage polarization and cancer progression in uveal melanoma and pan-cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1161960
PMID:37033945
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研究论文 | 研究探讨了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤和泛癌中的作用及其对巨噬细胞极化和癌症进展的影响 | 首次揭示了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并提出了基于脂质代谢的风险模型 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨脂质代谢在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并开发基于脂质代谢的风险模型 | 葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 共识聚类分析、ESTIMATE分析、TIMER分析、ssGSEA分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、单细胞测序分析 | 风险模型 | 基因表达数据 | 80名葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者的数据 |
| 868 | 2024-09-17 |
Single-cell and long-read sequencing to enhance modelling of splicing and cell-fate determination
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.03.023
PMID:37066125
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综述 | 本文综述了单细胞和长读长测序技术在剪接和细胞命运决定建模中的最新进展 | 结合单细胞和长读长测序技术，提供了新的机会来建模细胞命运决定 | NA | 探讨单细胞和长读长测序技术在细胞命运决定和剪接建模中的应用 | 单细胞和长读长测序数据，以及相关的计算算法和数学模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序，长读长测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 869 | 2024-09-16 |
Mechanical stimuli-induced CCL2 restores adult mouse cells to regenerate hair follicles
2023-Jun-13, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2023.03.002
PMID:37020681
|
研究论文 | 研究机械刺激如何通过CCL2介导的微环境调控机制促进成年小鼠毛囊再生 | 首次揭示了机械刺激通过CCL2介导的化学信号通路促进毛囊再生的机制 | NA | 探讨机械刺激诱导毛囊再生的机制 | 成年小鼠的皮肤细胞和毛囊 | NA | NA | RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及多个时间点的皮肤细胞样本和毛囊移植实验 |
| 870 | 2024-09-16 |
Age or lifestyle-induced accumulation of genotoxicity is associated with a length-dependent decrease in gene expression
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106368
PMID:37013186
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研究论文 | 研究探讨了基因长度与基因表达在衰老过程中的关系 | 发现了基因长度依赖的基因表达下降与衰老相关的普遍现象，并揭示了紫外线辐射和吸烟暴露对基因表达的影响 | 研究主要基于小鼠和人类的数据，可能需要更多物种和数据来验证结论 | 探讨DNA损伤积累与基因表达变化在衰老中的作用 | 基因长度与基因表达的关系 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类的多个组织和细胞类型 |
| 871 | 2024-09-16 |
Clinical, genetic, epidemiologic, evolutionary, and functional delineation of TSPEAR-related autosomal recessive ectodermal dysplasia 14
2023-04-13, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2023.100186
PMID:37009414
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研究论文 | 本文详细描述了TSPEAR相关常染色体隐性外胚层发育不良14型的临床特征、遗传变异、流行病学、进化历史和功能机制 | 首次结合AlphaFold预测结构分析和单细胞RNA测序数据，揭示了TSPEAR蛋白在牙釉质结中的作用及其与wnt10a的相互作用 | 研究主要基于基因数据和模型动物，缺乏直接的人体功能验证 | 探讨TSPEAR在胚层发育中的作用及其相关疾病的机制 | TSPEAR基因及其相关的外胚层发育不良14型 | 遗传学 | 外胚层发育不良 | AlphaFold结构预测、单细胞RNA测序、基因组数据分析 | NA | 基因组数据、RNA测序数据 | 100000个基因组项目数据、多个群体的创始变异分析 |
| 872 | 2024-09-16 |
Unraveling Psychiatric Disorders through Neural Single-Cell Transcriptomics Approaches
2023-03-22, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14030771
PMID:36981041
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综述 | 本文综述了通过单细胞和单核转录组技术揭示精神障碍分子和细胞异质性的最新进展 | 强调了非神经元细胞在精神障碍病理中的重要作用 | NA | 更新当前关于大脑转录组的发现，并探讨在抑郁症、压力、神经退行性疾病、精神分裂症、阿片类药物使用障碍以及酒精和精神兴奋剂滥用中识别的转录组改变的分子研究 | 人类和动物模型中的精神障碍 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞和单核转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 873 | 2024-09-16 |
The cell type composition of the adult mouse brain revealed by single cell and spatial genomics
2023-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531307
PMID:36945580
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研究论文 | 本文通过结合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱 | 首次全面揭示了成年小鼠大脑中各神经解剖结构的细胞类型组成，并开发了一个用于遗传访问每种细胞类型的框架 | NA | 构建成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱 | 成年小鼠大脑中的细胞类型及其在神经解剖结构中的位置 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 整个小鼠大脑 |
| 874 | 2024-09-16 |
Sensitive cluster-free differential expression testing
2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.08.531744
PMID:36945506
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研究论文 | 本文介绍了一种无聚类的差异表达测试框架miloDE，用于单细胞RNA测序数据 | 提出了miloDE框架，通过利用单细胞数据的图表示法，将相对同质的相邻细胞分配到重叠的邻域中，从而避免了传统聚类方法的局限性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中差异表达测试的敏感性和特异性 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据和真实数据，真实数据涉及缺乏Tal1的嵌合小鼠胚胎和特发性肺纤维化患者中的巨噬细胞 |
| 875 | 2024-09-16 |
Integrative network-based analysis on multiple Gene Expression Omnibus datasets identifies novel immune molecular markers implicated in non-alcoholic steatohepatitis
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1115890
PMID:37008925
|
研究论文 | 本研究通过整合多个GEO数据集，利用网络生物学方法识别与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新型免疫分子标记 | 首次通过整合多个GEO数据集，利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与NASH相关的免疫响应模块，并验证了关键基因在临床样本和NASH小鼠模型中的表达 | 研究依赖于公开的GEO数据集，可能存在数据质量和样本代表性的局限性 | 探索与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新基因 | 非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的基因和免疫分子标记 | 生物信息学 | 肝病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 五个独立的GEO数据集 |
| 876 | 2024-09-15 |
BK Channels Function in Nematocyst Discharge from Vibration-Sensitive Cnidocyte Supporting Cell Complexes of the Sea Anemone Diadumene lineata
2023-10, The Biological bulletin
DOI:10.1086/730702
PMID:38976849
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研究论文 | 研究了海葵Diadumene lineata中BK通道在振动敏感型刺细胞支持细胞复合体中的功能 | 首次在非两侧对称动物中证明了BK通道的功能 | NA | 验证BK通道在海葵刺细胞释放中的作用 | 海葵Diadumene lineata的刺细胞支持细胞复合体 | 生物学 | NA | RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 877 | 2024-09-15 |
Single-cell RNA sequencing reveals maturation trajectory in human pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes in engineered tissues
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106302
PMID:36950112
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研究论文 | 研究了人类多能干细胞衍生的心肌细胞在不同工程化心脏组织配置中的成熟轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序比较了不同工程化心脏组织中心肌细胞的基因表达和功能特征，揭示了心肌细胞成熟与组织复杂性之间的关系 | 研究仅限于特定的工程化心脏组织配置，未涵盖所有可能的组织类型 | 探讨人类多能干细胞衍生的心肌细胞在不同工程化心脏组织中的成熟过程 | 人类多能干细胞衍生的心肌细胞及其在不同工程化心脏组织中的成熟情况 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三种工程化心脏组织配置和一种对照组 |
| 878 | 2024-09-15 |
Increased RTN3 phenocopies nonalcoholic fatty liver disease by inhibiting the AMPK-IDH2 pathway
2023-Apr, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.226
PMID:36925557
|
研究论文 | 研究探讨了RTN3在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的作用及其机制 | 首次描述了RTN3在肝脏组织中的作用，并揭示了其通过抑制AMPK-IDH2途径影响NAFLD的机制 | 研究主要基于公共数据集、患者样本和动物模型，缺乏大规模临床试验验证 | 探索RTN3在非酒精性脂肪肝病中的作用及其分子机制 | RTN3在NAFLD患者、高脂饮食小鼠和氧化低密度脂蛋白处理的L02细胞中的表达及作用 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括NAFLD患者、高脂饮食小鼠和L02细胞 |
| 879 | 2024-09-15 |
A comprehensive benchmarking with practical guidelines for cellular deconvolution of spatial transcriptomics
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37168-7
PMID:36941264
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研究论文 | 本文对18种现有的细胞反卷积方法进行了全面的基准测试，并提供了实用的选择指南 | 本文通过评估准确性、鲁棒性和可用性，对18种方法进行了全面的比较，并提供了决策树风格的指南和推荐 | NA | 评估和比较现有的细胞反卷积方法，并提供选择指南 | 18种细胞反卷积方法和50个真实世界及模拟数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 50个真实世界和模拟数据集 |
| 880 | 2024-09-15 |
Benchmarking integration of single-cell differential expression
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37126-3
PMID:36944632
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研究论文 | 本文对46种单细胞差异表达分析工作流程进行了基准测试，评估了批次效应、测序深度和数据稀疏性对其性能的影响 | 首次系统性地评估了多种单细胞差异表达分析方法在不同条件下的表现，并提出了在特定条件下表现优异的方法 | 研究主要集中在模拟数据和真实数据上的表现，未涉及实际临床应用中的验证 | 评估不同单细胞差异表达分析方法在处理批次效应、测序深度和数据稀疏性方面的性能 | 46种单细胞差异表达分析工作流程 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个批次的数据 |