单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 841 - 860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 841 | 2024-08-05 |
Border-associated macrophages mediate the neuroinflammatory response in an alpha-synuclein model of Parkinson disease
2023-06-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39060-w
PMID:37365181
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研究论文 | 这篇文章探讨了边界相关巨噬细胞在帕金森病α-突触核蛋白模型中的神经炎症反应中的作用 | 揭示了边界相关巨噬细胞在神经炎症反应中的关键作用，尤其是在抗原呈递和CD4 T细胞反应中的独特地位 | 尚不清楚边界相关巨噬细胞在其他神经退行性疾病中的作用 | 研究边界相关巨噬细胞在帕金森病神经炎症中的作用 | 边界相关巨噬细胞以及它们在α-突触核蛋白引发的神经炎症中的角色 | 数字病理 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 从后期死亡的帕金森病大脑中关于巨噬细胞和T细胞的位置特征进行的研究 |
| 842 | 2024-08-04 |
ENGEP: advancing spatial transcriptomics with accurate unmeasured gene expression prediction
2023-12-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03139-w
PMID:38129866
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研究论文 | 本研究介绍了ENGEP，这是一个基于集成学习的工具，用于在空间转录组数据中预测未测量的基因表达 | ENGEP能够通过多个单细胞RNA测序数据集作为参考，准确预测未测量的基因表达，超越了当前的先进工具 | 本文未提及具体的限制 | 旨在提高空间转录组技术的基因表达预测能力 | 研究对象为空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 843 | 2024-08-05 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
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研究论文 | 本文分析了不同T细胞群体在激活过程中的时间模式，以开发共识基因特征 | 本研究首次描述了不同T细胞群体的时间解析基因表达模式 | 研究未提及样本的具体来源和数量限制 | 本研究旨在识别和验证用于评估T细胞激活的生物标志物特征 | 研究对象为不同类型的激活T细胞 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | 包括521个基因和最多10个不同时间点的激活样本 |
| 844 | 2024-08-04 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
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研究论文 | 本文开发了一种可重复的准确的CyTOF数据模拟算法Cytomulate | Cytomulate在捕捉CyTOF数据特性和学习数据分布上优于现有方法 | 缺乏对现有分析工具的客观评估 | 为CyTOF数据的未来方法开发和评估提供基础 | CyTOF数据及其分析方法 | 数字病理学 | NA | CyTOF | NA | 数据分布 | NA |
| 845 | 2024-08-05 |
Autophagy contributes to homeostasis in esophageal epithelium where high autophagic vesicle content marks basal cells with limited proliferation and enhanced self-renewal potential
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558614
PMID:37781581
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研究论文 | 本研究旨在定义自噬在食管上皮中的作用，特别是在稳态条件下。 | 揭示了高自噬小泡含量的食管基底细胞与有限的增殖能力和增强的自我更新潜力之间的关联。 | 本研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类生理状态。 | 探讨自噬在食管上皮稳态中的作用。 | 主要研究对象为食管基底细胞，特别是自噬小泡含量对其增殖和自我更新能力的影响。 | 数字病理学 | 食管疾病 | RNA测序，电子显微镜，流式细胞术 | NA | 组织样本，RNA | 使用了转基因小鼠及单细胞（sc）RNA测序分析 |
| 846 | 2024-08-05 |
Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad449
PMID:37498558
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研究论文 | 本研究提出了SCISSORS框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的亚簇。 | SCISSORS通过轮廓评分评估簇的异质性，并通过多步骤半监督重聚类过程揭示异质簇中的稀有细胞，提供了一种高特异性标记基因的识别方法。 | 本研究可能受到现有聚类方法的局限，尤其是在分析和参数选择上可能影响结果的稳定性。 | 研究的目的是通过改进的聚类方法来提升稀有细胞类型的识别能力。 | 研究对象为使用单细胞RNA测序技术获得的生物异质样本中的细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督聚类 | 基因表达数据 | 数千到数百万个细胞 |
| 847 | 2024-08-04 |
An information theoretic approach to detecting spatially varying genes
2023-06-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100507
PMID:37426750
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研究论文 | 本文采用信息论方法检测空间变异基因的表达模式 | 提出了一种新的算法Maxspin，以提高空间转录组技术的准确性和可扩展性 | 未提及具体的局限性 | 识别具有空间变异表达模式的基因 | 肾细胞癌样本中的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 空间转录组技术 | Maxspin | 空间转录组数据 | 肾细胞癌样本的空间转录组数据 |
| 848 | 2024-08-05 |
Intracellular pH dynamics regulates intestinal stem cell lineage specification
2023-06-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39312-9
PMID:37353491
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研究论文 | 本文报告了细胞内pH动态对成人干细胞谱系特征的调节作用 | 发现细胞内pH梯度在小鼠小肠隐窝中存在，并与干细胞谱系特征关联 | 实验主要基于小鼠模型，可能对人类的适用性存在局限性 | 探讨细胞内pH动态在成人干细胞谱系特征中的作用 | 小鼠小肠中的隐窝干细胞及其谱系特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 849 | 2024-08-05 |
ITGA3 acts as a purity-independent biomarker of both immunotherapy and chemotherapy resistance in pancreatic cancer: bioinformatics and experimental analysis
2023-Jun-04, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01122-z
PMID:37270717
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研究论文 | 该文章研究了ITGA3在胰腺癌中作为化疗和免疫治疗抗药性的生物标志物的作用 | 提出ITGA3作为与胰腺癌化疗和免疫治疗抗药性相关的独立生物标志物 | 不同癌症类型之间的异质性可能影响结果的普遍适用性 | 探讨整合素超家族基因在胰腺癌治疗抗药性中的作用 | 胰腺癌患者的整合素超家族基因及其与治疗抗药性的关联 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序、机器学习 | Cox回归模型 | 多组学数据 | 30个整合素超家族基因的组分析数据 |
| 850 | 2024-08-04 |
Neuronal types in the mouse amygdala and their transcriptional response to fear conditioning
2023-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01469-3
PMID:37884748
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研究论文 | 本文探讨了小鼠杏仁核中的神经元类型及其对恐惧条件反射的转录响应 | 提供了小鼠杏仁核细胞类型的详细分类，并识别出130种神经元类型及其在恐惧学习中的转录响应 | 研究主要集中在小鼠模型，结果可能无法完全适用于其他物种 | 研究小鼠杏仁核中神经元类型及其在恐惧学习和记忆巩固中的转录变化 | 采用了基因标记和单细胞转录组学对小鼠进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 对野生型和经过恐惧条件训练的小鼠进行了研究 |
| 851 | 2024-08-05 |
VarID2 quantifies gene expression noise dynamics and unveils functional heterogeneity of ageing hematopoietic stem cells
2023-06-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02974-1
PMID:37353813
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研究论文 | VarID2量化了基因表达噪声动态，并揭示了衰老造血干细胞的功能异质性 | 开发了VarID2工具以单细胞分辨率量化生物噪声，揭示了传统分析方法无法识别的噪声动态 | 未在摘要中提及具体限制 | 研究基因表达噪声如何影响造血干细胞的衰老与功能 | 衰老小鼠的造血干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 衰老小鼠中的造血干细胞 |
| 852 | 2024-08-05 |
Synergising single-cell resolution and 4sU labelling boosts inference of transcriptional bursting
2023-06-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02977-y
PMID:37328900
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研究论文 | 本研究提出了一种数学模型和贝叶斯推断方法，旨在提高转录突发的分析能力 | 提出了一种结合单细胞分辨率和4sU标记的新方法，能够同时估计基因组范围内的参数 | 缺乏足够的实验数据支持该方法的全面验证 | 探索利用单细胞分辨率和4sU标记分析转录突发的有效方法 | 应用于已发布的4sU scRNA-seq数据及其与ChIP-seq数据的关联分析 | 数字病理学 | NA | 4sU标记 | 贝叶斯推断模型 | 基因组数据 | 利用已发布的4sU scRNA-seq数据 |
| 853 | 2024-08-05 |
A novel oxidative stress-related gene signature as an indicator of prognosis and immunotherapy responses in HNSCC
2023-12-28, Aging
DOI:10.18632/aging.205323
PMID:38157249
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研究论文 | 本文识别了头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中与氧化应激相关的基因亚型，并构建了一个氧化应激相关基因评分模型 | 首次在HNSCC中筛选出九个预测总体生存的基因，提出了一种新的预后风险指示模型 | 研究主要基于现有数据集，未进行更广泛的临床验证 | 探讨与氧化应激相关的基因在HNSCC中的作用及其预测功能 | 重点研究头颈部鳞状细胞癌患者的氧化应激相关基因 | 数字病理学 | 头颈癌 | scRNA-seq 和 bulk RNA-seq | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 使用了TCGA-HNSCC数据集及其他多个数据集进行验证 |
| 854 | 2024-08-05 |
Analysis of cancer-associated fibroblasts in cervical cancer by single-cell RNA sequencing
2023-12-28, Aging
DOI:10.18632/aging.205353
PMID:38157264
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了宫颈癌中肿瘤相关成纤维细胞的生物功能 | 该研究通过scRNA-seq揭示了宫颈癌病人个体细胞层面的异质性，并细分了CAF的三种亚型 | 样本数量相对较少，仅涉及3个宫颈癌标本 | 研究宫颈癌组织中肿瘤相关成纤维细胞的作用及其在微环境异质性中的地位 | 3例宫颈癌标本的单细胞数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 3个宫颈癌标本 |
| 855 | 2024-08-05 |
Identification and validation of key biomarkers associated with macrophages in nonalcoholic fatty liver disease based on hdWGCNA and machine learning
2023-12-21, Aging
DOI:10.18632/aging.205374
PMID:38147020
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研究论文 | 本文通过hdWGCNA和机器学习识别和验证与非酒精性脂肪肝病相关的关键生物标志物 | 本文创新性地识别了一种特定的巨噬细胞群体NASH-巨噬细胞，并筛选出两个与NAFLD高度相关的标志基因 | 仅使用了小鼠模型进行验证，可能不足以完全代表人类NAFLD的复杂性 | 探究非酒精性脂肪肝病的根本原因和分子标志物 | 本文研究的对象是巨噬细胞及其在非酒精性脂肪肝病中的作用 | 机器学习 | 非酒精性脂肪肝病 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 多个正常和NAFLD肝脏样本的scRNA-seq和RNA-seq数据 |
| 856 | 2024-08-05 |
Integrative transcriptome and single-cell sequencing technology analysis of the potential therapeutic benefits of oleanolic acid in liver injury and liver cancer
2023-12-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205349
PMID:38127054
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研究论文 | 本研究探讨了oleanolic acid在肝损伤和肝癌中的潜在治疗作用机制 | 发现oleanolic acid通过提高HMOX1的表达来抑制肝损伤并促进肝再生 | 没有提及具体的临床试验或动物实验数据 | 调查oleanolic acid在肝损伤和肝癌中抑制作用的机制 | oleanolic acid及其在肝损伤和肝癌中的靶点 | 数字病理学 | 肝癌 | 分子对接技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 857 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq reveals the function of pyrocytosis in the pathogenesis of abdominal aortic aneurysm
2023-12-18, Aging
DOI:10.18632/aging.205350
PMID:38112597
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研究论文 | 本研究探讨了细胞凋亡在腹主动脉瘤(AAA)发病机制中的作用 | 首次整合了大宗RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了与细胞凋亡相关的中心基因及其在AAA中的诊断模型 | 该研究仅基于两个公共RNA-seq数据集，样本量可能不足以代表所有AAA患者 | 研究细胞凋亡在腹主动脉瘤发病机制中的具体功能 | 识别与细胞凋亡相关的关键基因和免疫细胞 | 数字病理学 | 腹主动脉瘤 | RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | 基因表达数据 | 2个RNA-seq数据集，共计24个与细胞凋亡相关的差异表达基因 |
| 858 | 2024-08-05 |
Machine learning algorithm integrates bulk and single-cell transcriptome sequencing to reveal immune-related personalized therapy prediction features for pancreatic cancer
2023-12-12, Aging
DOI:10.18632/aging.205293
PMID:38095640
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研究论文 | 本研究揭示了与免疫相关的个性化疗法预测特征，用于胰腺癌的治疗 | 首次结合了整体和单细胞转录组测序，以识别胰腺癌的免疫相关分类器 | 样本规模和临床验证可能会限制研究的广泛应用 | 探讨肿瘤免疫环境(TIME)在胰腺癌个性化治疗中的作用 | 胰腺癌患者，特别是不同免疫亚型的患者 | 机器学习 | 胰腺癌 | 转录组测序 | 共识聚类 | 基因表达数据 | 1612免疫相关基因的分析样本 |
| 859 | 2024-08-05 |
Conjoint research of WGCNA, single-cell transcriptome and structural biology reveals the potential targets of IDD development and treatment and JAK3 involvement
2023-12-12, Aging
DOI:10.18632/aging.205289
PMID:38095643
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研究论文 | 本研究通过整合多种技术，探索椎间盘退变（IDD）的关键基因及JAK3的作用 | 首次结合WGCNA、单细胞转录组学和结构生物学分析，识别出与IDD相关的新型天然化合物 | 研究的样本规模和自然化合物的临床验证仍需进一步拓展 | 揭示椎间盘退变的关键基因及JAK3在治疗中的潜在靶点 | 主要研究IDD的4个关键基因及天然化合物对JAK3的影响 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | WGCNA, 单细胞RNA测序, 结构生物学方法 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 860 | 2024-08-05 |
Integrative analysis of single-cell and bulk RNA seq to reveal the prognostic model and tumor microenvironment remodeling mechanisms of cuproptosis-related genes in colorectal cancer
2023-12-08, Aging
DOI:10.18632/aging.205324
PMID:38078879
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研究论文 | 该论文结合单细胞和大规模RNA测序分析铜死亡相关基因在结直肠癌中的预后模型和肿瘤微环境重塑机制 | 本研究提出了一个通过铜死亡相关基因预测结直肠癌预后的新框架，并揭示了COX17在T细胞疲惫中的新角色 | 尚未深入探讨铜死亡相关基因对结直肠癌发展的具体影响机制 | 探讨铜死亡相关基因在结直肠癌发展中的作用及其对预后的影响 | 61个铜死亡相关基因及其在结直肠癌患者中的表达 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq, scRNA-seq, IHC, qPCR | Lasso-Cox模型 | RNA数据 | 使用了结直肠癌患者的样本进行分析 |