单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 841 - 860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 841 | 2024-09-19 |
Structured Illumination Microscopy Improves Spot Detection Performance in Spatial Transcriptomics
2023-05-04, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12091310
PMID:37174710
|
研究论文 | 研究了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中单基因转录检测性能的提升效果 | 首次探讨了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中的应用，显著提高了基因转录点的检测效率 | 检测效率的提升依赖于基因转录密度和物镜的数值孔径，尤其是密集聚集的点 | 评估结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学实验中对单基因转录检测性能的影响 | 小鼠冠状脑组织切片中的多个基因 | 数字病理学 | NA | 结构化照明显微镜（SIM） | NA | 图像 | 小鼠冠状脑组织切片 |
| 842 | 2024-09-19 |
FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad183
PMID:37039825
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研究论文 | 本文提出了一种名为FISHFactor的概率因子模型，用于处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据 | FISHFactor结合了空间非负因子分析和泊松点过程似然，能够直接处理单分子分辨率数据，并共享多个细胞的权重矩阵，提高了潜在变量的估计 | NA | 开发一种新的方法来处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组数据，特别是单分子分辨率数据 | 生物信息学 | NA | 因子分析 | 概率因子模型 | 空间转录组数据 | NA |
| 843 | 2024-09-19 |
LogBTF: gene regulatory network inference using Boolean threshold network model from single-cell gene expression data
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad256
PMID:37079737
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研究论文 | 本文提出了一种名为LogBTF的新型嵌入式布尔阈值网络方法，用于从单细胞基因表达数据中推断基因调控网络 | 该方法结合了正则化逻辑回归和布尔阈值函数，有效解决了现有方法在处理时间序列数据噪声和过拟合问题上的不足 | NA | 从高吞吐量的单细胞RNA测序数据中推断和分析基因调控网络 | 基因调控网络的动态更新逻辑规则 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 布尔阈值网络模型 | 基因表达数据 | 包括一个模拟布尔值数据集、数十个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 844 | 2024-09-19 |
Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data
2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523995
PMID:36712140
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研究论文 | 本文介绍了一种结合变分自编码器框架和双变量模型的生物物理建模方法，用于处理双模态单细胞RNA测序数据 | 本文提出的方法考虑了测量之间的因果关系，通过模拟基准测试证明了其在低维空间中捕捉细胞类型结构的能力，并能准确重现参数值和拷贝数分布 | NA | 开发一种可扩展的方法，用于识别基因表达背后的生物物理机制，并适用于处理由高通量单细胞基因组测序产生的多模态数据集 | 双模态单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | RNA测序数据 | NA |
| 845 | 2024-09-19 |
Overlap of Genetic Loci for Central Serous Chorioretinopathy With Age-Related Macular Degeneration
2023-05-01, JAMA ophthalmology
IF:7.8Q1
DOI:10.1001/jamaophthalmol.2023.0706
PMID:37079300
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研究论文 | 研究探讨了中心性浆液性脉络膜视网膜病变（CSC）与年龄相关性黄斑变性（AMD）之间的遗传重叠 | 发现了三个新的CSC风险位点，并验证了两个先前报道的CSC风险位点 | 研究仅限于三个队列，样本量相对较小 | 识别CSC的新遗传风险因素，并比较CSC和AMD的遗传风险因素 | 中心性浆液性脉络膜视网膜病变（CSC）和年龄相关性黄斑变性（AMD） | NA | NA | 全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因表达数据 | 共包括1176名CSC患者和526,787名对照组 |
| 846 | 2024-09-19 |
Anti-Cancer Activity of Verteporfin in Cholangiocarcinoma
2023-Apr-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15092454
PMID:37173920
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研究论文 | 研究了verteporfin在胆管癌中的抗癌活性及其对YAP1/AKT通路的影响 | 首次探讨了verteporfin在胆管癌中的抗癌作用，并分析了其对免疫细胞和恶性细胞干性的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨verteporfin在胆管癌中的抗癌机制 | 胆管癌中的YAP1/AKT通路及其对免疫细胞和恶性细胞干性的影响 | NA | 胆管癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | YAP1/AKT尾静脉注射的小鼠模型 |
| 847 | 2024-09-19 |
The covariance environment defines cellular niches for spatial inference
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.18.537375
PMID:37131616
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研究论文 | 本文开发了一种名为协方差环境（COVET）的表示方法，用于捕捉细胞微环境的丰富多变性，并通过环境变分推断（ENVI）模型将空间和单细胞RNA-seq数据联合嵌入到潜在空间中 | 提出了协方差环境（COVET）表示方法，能够捕捉细胞微环境中的基因-基因协变结构，并开发了基于最优传输的距离度量和计算高效的近似方法 | 未提及 | 开发新的计算方法以利用多重空间分析技术进行生物学发现 | 细胞微环境的特征表示和空间推断 | 生物信息学 | NA | 最优传输 | 条件变分自编码器 | 空间数据和单细胞RNA-seq数据 | 数百万个细胞 |
| 848 | 2024-09-19 |
Precise diagnosis and targeted therapy of nodal T-follicular helper cell lymphoma (T-FHCL)
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1163190
PMID:37188182
|
研究论文 | 本文探讨了T-滤泡辅助细胞淋巴瘤（T-FHCL）的精确诊断和靶向治疗 | 利用单细胞测序和下一代测序技术发现T-FHCL的特异性基因异常，为精确分子诊断和新药研究提供依据 | 需要进一步研究CAR-T细胞免疫疗法和造血干细胞移植等潜在治疗方法 | 改善T-FHCL的预后，寻找有效的靶向治疗方案 | T-滤泡辅助细胞淋巴瘤（T-FHCL） | NA | 淋巴瘤 | 单细胞测序、下一代测序 | NA | 基因数据 | NA |
| 849 | 2024-09-19 |
Single-cell and spatial transcriptomics: Advances in heart development and disease applications
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.04.007
PMID:37181659
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在心脏发育和疾病应用中的进展 | 介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在心脏发育和疾病研究中的应用，提供了对基因表达时空动态的新见解 | NA | 总结单细胞和空间转录组学技术在心脏领域的应用，并探讨其在转化研究和精准医学中的潜力 | 心脏发育和心脏疾病，包括先天性心脏病、冠心病、瓣膜病、心肌病和心力衰竭 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 850 | 2024-09-19 |
Deciphering pathological behavior of pediatric medullary thyroid cancer from single-cell perspective
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15546
PMID:37744240
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术研究了儿童髓样甲状腺癌的病理行为 | 首次对儿童髓样甲状腺癌进行单细胞转录组测序，揭示了肿瘤细胞与其微环境之间的相互作用 | 仅基于一个患者的样本进行研究，可能存在样本量不足的问题 | 揭示儿童髓样甲状腺癌的病理机制 | 儿童髓样甲状腺癌的肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 一个患者的原发肿瘤和转移淋巴结样本 |
| 851 | 2024-09-19 |
Ion channel gene GJB2 influences the intercellular communication by Up-regulating the SPP1 signaling pathway identified by the single-cell RNA sequencing in lung adenocarcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1146976
PMID:37188183
|
研究论文 | 研究GJB2基因在肺腺癌中的预后意义及其通过单细胞RNA测序揭示的细胞间通讯作用 | 首次揭示GJB2基因通过上调SPP1信号通路影响肺腺癌中的细胞间通讯 | 研究主要基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探讨GJB2基因在肺腺癌中的预后意义及其在细胞间通讯中的作用 | GJB2基因在肺腺癌中的表达及其生物学功能 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未提及 |
| 852 | 2024-09-19 |
Application of single-cell RNA sequencing on human testicular samples: a comprehensive review
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.82191
PMID:37151874
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类睾丸样本中的应用 | 首次系统性地综述了scRNA-seq在人类睾丸整个生命周期（从胚胎到老年男性）中的应用 | NA | 总结scRNA-seq在人类睾丸生物样本中的应用，揭示睾丸发育和变化的机制 | 人类睾丸样本，包括从胚胎到老年男性的不同阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 81项研究 |
| 853 | 2024-09-17 |
The heterogeneity of tumour immune microenvironment revealing the CRABP2/CD69 signature discriminates distinct clinical outcomes in breast cancer
2023-11, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-023-02432-6
PMID:37715025
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研究论文 | 研究揭示了肿瘤免疫微环境异质性，并通过CRABP2/CD69特征区分乳腺癌的不同临床结局 | 首次建立了基于CRABP2和CD69表达的CRABP2/CD69特征，并验证了其在预测临床结局和辅助化疗反应中的价值 | NA | 识别肿瘤免疫微环境特征，指导乳腺癌的治疗和预后评估 | 乳腺癌的肿瘤免疫微环境及其与临床结局的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个队列的乳腺癌样本 |
| 854 | 2024-09-17 |
Identification of genetic variants that impact gene co-expression relationships using large-scale single-cell data
2023-04-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02897-x
PMID:37072791
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞数据识别影响基因共表达关系的遗传变异 | 本文提出了一种新的过滤策略和基于排列的多重检验方法，用于跨四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集的co-eQTL元分析 | 本文的研究主要基于外周血单核细胞数据，可能无法完全代表所有细胞类型的共表达关系 | 研究遗传变异如何影响基因共表达关系，并揭示其对疾病相关变异的调控网络的影响 | 基因共表达关系和影响这些关系的遗传变异 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集，涉及72个独立SNP和946个基因对 |
| 855 | 2024-09-17 |
A tumor microenvironment-based prognostic index for osteosarcoma
2023-Apr-13, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-023-00917-3
PMID:37055822
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研究论文 | 本研究基于肿瘤微环境（TME）构建了一个针对骨肉瘤的预后指数（TMEindex），并验证了其在预测患者生存和免疫检查点抑制剂（ICI）治疗反应中的作用 | 首次基于肿瘤微环境构建了骨肉瘤的预后指数，并探讨了其与免疫治疗反应的关系 | NA | 建立一个基于肿瘤微环境的预后指数，用于预测骨肉瘤患者的生存和免疫检查点抑制剂治疗反应 | 骨肉瘤患者的肿瘤微环境及其与预后和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | scRNA-Seq分析 | NA | 基因表达数据 | 基于TARGET数据库的骨肉瘤样本，并在三个独立数据集中验证 |
| 856 | 2024-09-17 |
TREM2+ and interstitial-like macrophages orchestrate airway inflammation in SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques
2023-04-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37425-9
PMID:37024448
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研究论文 | 研究利用恒河猴模型探讨SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中免疫细胞的作用 | 首次在恒河猴模型中详细描述了SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中巨噬细胞亚群的作用，并评估了JAK1/2抑制剂baricitinib的治疗效果 | 研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨SARS-CoV-2感染引起的严重COVID-19的免疫病理机制 | SARS-CoV-2感染的恒河猴模型中的气道炎症和巨噬细胞亚群 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 恒河猴模型中的气道细胞 |
| 857 | 2024-09-17 |
Cellcano: supervised cell type identification for single cell ATAC-seq data
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37439-3
PMID:37012226
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研究论文 | 开发了一种名为Cellcano的计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的细胞类型识别 | 提出了基于两轮监督学习算法的Cellcano方法，解决了参考数据与目标数据之间的分布偏移问题，提高了预测性能 | 未提及 | 开发适用于单细胞ATAC-seq数据的监督细胞类型识别方法 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 监督学习算法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 50个精心设计的细胞类型识别任务 |
| 858 | 2024-09-17 |
STGRNS: an interpretable transformer-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data
2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad165
PMID:37004161
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的可解释方法STGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 提出了基因表达基序技术，将基因对转换为连续子向量，作为Transformer编码器的输入，避免了网络中缺失的相位特异性调控，提高了不同类型单细胞转录组数据中基因调控网络推断的准确性 | NA | 解决从单细胞转录组数据中推断基因调控网络时面临的细胞异质性问题 | 单细胞转录组数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 21个静态和27个时间序列单细胞转录组数据集 |
| 859 | 2024-09-17 |
Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review
2023-Apr, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475
PMID:37034356
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤患者肿瘤内异质性方面的应用 | 利用单细胞RNA测序技术分析了18个不同阶段的骨肉瘤病变，揭示了肿瘤内存在的不同细胞群和基因特征 | NA | 探讨单细胞RNA测序在骨肉瘤治疗中的潜在应用 | 骨肉瘤患者的肿瘤内异质性 | 数字病理学 | 骨癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 150,000个细胞，来自18个病变 |
| 860 | 2024-09-17 |
Machine Learning for Uncovering Biological Insights in Spatial Transcriptomics Data
2023-Mar-29, ArXiv
PMID:37033464
|
研究论文 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文未具体提及研究中的局限性 | 探讨机器学习在空间转录组学数据中揭示生物学见解的应用 | 空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 深度学习 | 空间转录组学数据 | NA |