单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2024-08-04	Bone-derived PDGF-BB drives brain vascular calcification in male mice 2023-12-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI168447 PMID:37815871	研究论文	本研究报告了骨源性血小板衍生生长因子BB（PDGF-BB）在雄性小鼠中造成脑血管钙化的作用	揭示了PDGF-BB通过激活p-PDGFRβ/p-ERK/RUNX2信号通路引起脑血管钙化的机制	未详细探讨微血管钙化的其他潜在机制	探讨骨源性PDGF-BB对脑血管钙化的影响及其机制	雄性小鼠及其脑血管细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	转基因小鼠模型	血清样本及脑微血管培养系统	雄性小鼠，包括年轻小鼠和老年小鼠
822	2024-08-05	Intragraft B cell differentiation during the development of tolerance to kidney allografts is associated with a regulatory B cell signature revealed by single cell transcriptomics 2023-09, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2023.05.036 PMID:37295719	研究论文	该文章探讨了在肾移植物耐受的发展过程中，肾移植物内B细胞的分化与调节B细胞特征的关联	首次展示了在肾移植物中B细胞的比例随时间变化，并揭示了调节B细胞在移植物耐受中的潜在作用	该研究主要基于小鼠模型，可能在临床转化方面存在局限	研究肾移植物接受过程中B细胞的分化和功能	小鼠肾移植物及其免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞基因表达数据	接受和拒绝的肾移植物样本，研究涉及的时间范围为1周至6个月
823	2024-08-04	Human endogenous retrovirus K contributes to a stem cell niche in glioblastoma 2023-07-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI167929 PMID:37395282	研究论文	本研究报告了HML-2在人类恶性胶质瘤中的病理性表达及其与癌症干细胞表型和不良预后的相关性	该研究首次揭示了HML-2在胶质母细胞瘤中的重要作用，并且展示了其在维护肿瘤干性和促进肿瘤生成中的关键性	未提及具体的临床试验数据或长期跟踪观察结果	探究HERV-K（HML-2）在胶质母细胞瘤干细胞小环境中的作用	恶性胶质瘤细胞，特定的神经前体样细胞群体	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序，CRISPR干扰	小鼠肿瘤模型	组织样本，细胞样本	涉及的样本数量和类型在摘要中未明确说明
824	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal cancer-associated fibroblasts in glioblastoma with protumoral effects 2023-03-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI147087 PMID:36856115	研究论文	该研究揭示了在胶质母细胞瘤中与癌症相关的成纤维细胞的肿瘤促进作用	首次在胶质母细胞瘤中识别与癌症相关的成纤维细胞及其与肿瘤干细胞的相互作用	研究未提及样本的时间跨度或CAF与其他细胞类型交互详细信息	旨在探讨胶质母细胞瘤中的CAFs及其与肿瘤干细胞的相互作用	研究对象为12名患者的胶质母细胞瘤样本中的CAFs	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	细胞样本	12名患者的胶质母细胞瘤
825	2024-08-05	De novo identification of expressed cancer somatic mutations from single-cell RNA sequencing data 2023-12-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01269-1 PMID:38111063	研究论文	提出了一种计算框架RESA用于从单细胞RNA测序数据中识别表达的肿瘤体细胞突变	RESA提供了一种新的方法来进行表达的肿瘤体细胞突变分析，并在现有方法中表现优异	没有提及具体的局限性	旨在提高从单细胞RNA测序数据中识别表达肿瘤突变的准确性	针对黑色素瘤药物耐药性数据集分析肿瘤内突变异质性	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	数据集	19个数据集
826	2024-08-05	A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution 2023-Aug-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02514-2 PMID:37635251	研究论文	本研究比较了人类气道上皮的体外气液界面培养模型，评估细胞异质性和单细胞分辨率的基因表达	首次全面表征BCi-NS1.1衍生的HAE培养和原代衍生的HAE培养在基因表达和先天免疫功能上的异同	研究中只包含3个独立的BCi-NS1.1衍生和3个不同供体的原代HAE培养的样本，样本数量有限	旨在评估BCi-NS1.1衍生的HAE培养与原代来源的HAE培养在形态和功能上的相似性	比较BCi-NS1.1衍生和原代衍生的HAE培养的细胞组成和基因表达	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞样本	6（3个BCi-NS1.1衍生和3个原代衍生的HAE培养）
827	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in pulmonary post-acute sequelae of SARS-CoV-2 2023-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.31.551349 PMID:37577518	研究论文	本文揭示了SARS-CoV-2后肺病症状患者中骨髓来源细胞的特征。	通过单细胞RNA测序，首次详细描绘了与COVID-19后急性并发症相关的免疫细胞特征和代谢变化。	样本大小和控制组的选择可能限制了结果的普遍适用性。	研究COVID-19后急性并发症患者中免疫反应的特点。	与SARS-CoV-2病毒感染后的慢性肺部症状相关的外周血单核细胞。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了34,139个外周血单核细胞样本
828	2024-08-05	Cross-species scRNA-seq reveals the cellular landscape of retina and early alterations in type 2 diabetes mice 2023-07, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110644 PMID:37279838	研究论文	本研究揭示了2型糖尿病小鼠视网膜的细胞景观和早期病理变化	首次通过跨物种的单细胞RNA测序详细描述了视网膜细胞图谱，并发现了新的视网膜双极细胞亚型	该研究仅基于小鼠和人类的数据，未涵盖其他物种的视网膜变化	探索2型糖尿病对视网膜的早期影响	人类和小鼠的视网膜细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	276,402个细胞
829	2024-08-05	Activation of Angiopoietin-Tie2 Signaling Protects the Kidney from Ischemic Injury by Modulation of Endothelial-Specific Pathways 2023-06-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000098 PMID:36787763	研究论文	本研究探讨了激活Angiopoietin-Tie2信号通路如何通过调节内皮特异性途径来保护肾脏免受缺血损伤。	引入了Hepta-ANG1作为一种新的治疗生物药物，并提供了Tie2激活保护肾脏的分子机制依据。	本研究的局限性未在摘要中提到	研究缺血再灌注急性肾损伤（IR-AKI）中Tie2信号的激活及其保护作用。	使用VE-PTP小鼠和C57BL/6J小鼠进行实验，研究其在肾脏缺血再灌注损伤中的作用。	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	组织活检, RNA测序	使用VE-PTP野生型和敲除小鼠及C57BL/6J小鼠的样本
830	2024-08-04	Accurate integration of multiple heterogeneous single-cell RNA-seq data sets by learning contrastive biological variation 2023-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277522.122 PMID:37308294	研究论文	本文介绍了一个新的单细胞RNA测序数据集整合方法 scInt	scInt通过构建精确、稳健的细胞间相似性并学习统一的对比生物变异，从多个数据集中进行有效整合，超越了现有的十种 cutting-edge 方法	针对复杂实验设计的整合效果仍需进一步验证	实现多种异质单细胞RNA测序数据集的有效整合	不同生物条件下的单细胞异质样本及其功能性亚群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	涉及多种生物条件的多个模拟和真实数据集
831	2024-08-04	Glioblastoma-instructed microglia transition to heterogeneous phenotypic states with phagocytic and dendritic cell-like features in patient tumors and patient-derived orthotopic xenografts 2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.05.531162 PMID:36945572	研究论文	本研究系统表征了胶质母细胞瘤在患者肿瘤和患者衍生的肿瘤异种移植中的肿瘤微环境	本研究揭示了教育后的小胶质细胞在不同胶质母细胞瘤环境和肿瘤腔室中转变为多样的表型状态，并显示其在支持胶质母细胞瘤生长和治疗反应中的关键作用	关于胶质母细胞瘤生态系统及其在临床前模型中的再现性尚不充分，导致结果不准确和临床试验失败	深入理解胶质母细胞瘤驱动的肿瘤微环境及其在临床前模型中的再现	以胶质母细胞瘤（GBM）患者的肿瘤和患者衍生的肿瘤异种移植为研究对象	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、多色流式细胞术、免疫组化及功能研究	NA	细胞	不同肿瘤表型的胶质母细胞瘤PDOXs与胶质瘤小鼠GL261同源模型和患者肿瘤进行比较
832	2024-08-05	Personalized tumor combination therapy optimization using the single-cell transcriptome 2023-12-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01256-6 PMID:38041202	研究论文	该文章提出了一种利用单细胞转录组优化个性化肿瘤联合治疗的方法	介绍了一种名为comboSC的计算原型，能够基于单细胞转录组评估个别患者的免疫微环境并优化联合治疗	该研究的具体临床应用和实验验证尚需进一步探索	推动个性化癌症治疗的方法和工具的发展	119个来自15种癌症类型的肿瘤样本的单细胞转录组数据	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	119个肿瘤样本
833	2024-08-05	Complementary and countervailing actions of Jak2 and Ikk2 in hematopoiesis in mice 2023-12, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2023.08.005 PMID:37611729	研究论文	本研究探讨了Jak2和Ikk2在小鼠造血中的互补和相对作用	提出了Jak2和Ikk2在促进造血干细胞自我更新与髓系分化之间的相互作用机制	研究局限于小鼠模型，临床应用尚需进一步验证	探讨NFκB通路的高活性如何与Jak2 V617F突变相互作用影响造血过程	使用含有Jak2 V617F突变和Ikk2-CA的小鼠模型进行实验	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因数据	包含多个小鼠模型，具体样本大小未明确提及
834	2024-08-04	Loss of p53-DREAM-mediated repression of cell cycle genes as a driver of lymph node metastasis in head and neck cancer 2023-11-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01236-w PMID:37978395	研究论文	本研究探索了p53-DREAM介导的细胞周期基因抑制的丧失如何驱动头颈癌的淋巴结转移	本文揭示了淋巴结转移相关基因与癌细胞的上皮去分化及细胞周期调节之间的新的联系	未具体讨论治疗选项或干预措施的有效性	识别驱动头颈癌转移及进展的分子通路	2074个头颈癌组织活检样本及其基因表达数据	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序和整体RNA测序	NA	基因表达数据	2074个头颈癌活检样本
835	2024-08-04	An ANXA11 P93S variant dysregulates TDP-43 and causes corticobasal syndrome 2023-Oct-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3462973/v1 PMID:37886540	研究论文	本研究识别了ANXA11中的一个新型变异P93S，其导致TDP-43的异常调控，并与皮质基底综合征相关。	首次将ANXA11 P93S变异与皮质基底综合征联系起来，拓展了ANXA11突变所致临床综合征的范围。	关于ANXA11 P93S变异对神经元功能的影响尚未全面理解，且样本规模可能有限。	探讨ANXA11突变在皮质基底综合征中的致病作用及其相关生物学机制。	针对携带ANXA11 P93S突变的个体进行的表型分析和细胞功能研究。	数字病理学	神经退行性疾病	多组学评估	iPSC衍生神经元	单细胞测序和蛋白组学分析	涉及对应突变的个体样本及其iPSC衍生的神经元和小胶质细胞
836	2024-08-04	scDrugPrio: A framework for the analysis of single-cell transcriptomics to address multiple problems in precision medicine in immune-mediated inflammatory diseases 2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.08.566249 PMID:38014022	研究论文	提出了一种名为scDrugPrio的计算框架，旨在基于单细胞转录组学分析免疫介导的炎症性疾病中的药物优先顺序	scDrugPrio通过构建网络模型，整合细胞类型特异性表达变化、细胞间相互作用和药理特性，提供了一种系统的药物优先级和重定位的解决方案	相较于小鼠模型，患者在相同诊断下的细胞和基因表达存在显著差异，这可能影响药物反应的预测	研究免疫介导的炎症性疾病中的药物优先级和个性化治疗	研究对象包括小鼠抗原诱导性关节炎模型及多名克罗恩病患者	数字病理学	免疫介导的炎症性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	网络模型	基因表达数据	研究涉及多个小鼠样本以及十一名克罗恩病患者的单细胞RNA测序数据
837	2024-08-05	Anti-PD-1 immunotherapy with androgen deprivation therapy induces robust immune infiltration in metastatic castration-sensitive prostate cancer 2023-11-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.006 PMID:37922910	研究论文	这项研究探讨了抗PD-1免疫疗法与雄激素剥夺治疗（ADT）联合使用对转移性去势敏感前列腺癌的免疫浸润影响	本研究通过单细胞RNA测序全面评估转移性去势敏感前列腺癌的肿瘤微环境，并发现治疗反应与临床结果之间的相关性	关于研究的影响因素和样本的多样性缺乏深度讨论	评估治疗方法对转移性去势敏感前列腺癌中免疫微环境的影响	转移性去势敏感前列腺癌患者的转移部位	数字病理	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	参与者来自第二阶段临床试验，具体样本量NA
838	2024-08-05	scRNA-Seq and imaging mass cytometry analyses unveil iNKT cells-mediated anti-tumor immunity in pancreatic cancer liver metastasis 2023-05-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216149 PMID:36990268	研究论文	本研究探讨了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	利用单细胞RNA测序分析不同处理下的免疫细胞群体，并揭示了激活的iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的保护作用	该研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的临床情况	探讨iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的功能	采用小鼠模型模拟胰腺癌肝转移的情况，分析免疫细胞的变化	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和成像质谱细胞分析	NA	免疫细胞	超过30,000个免疫细胞
839	2024-08-05	The shaky foundations of simulating single-cell RNA sequencing data 2023-03-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02904-1 PMID:36991470	研究论文	本文评估了合成单细胞RNA测序数据生成方法的能力	提出了对不同模拟器在检验数据相似性以及对现有工具影响的全面评估	大多数模拟器无法处理复杂设计，且引入了人工效应	探讨合成单细胞RNA测序数据生成方法的有效性	合成单细胞RNA测序数据生成方法及其与实验数据的比较	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	合成数据	NA
840	2024-08-04	Generation and Functional Analysis of Defective Viral Genomes during SARS-CoV-2 Infection 2023-06-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00250-23 PMID:37074178	研究论文	本研究阐明了SARS-CoV-2中的缺陷病毒基因组（DVGs）的产生及其与宿主抗病毒免疫反应的关系	首次提供了DVGs与SARS-CoV-2持续病毒感染之间的关联，并揭示了DVGs在调节宿主IFN反应和症状发展中的重要角色	尚需进一步研究DVGs的形成机制以及它们如何调节宿主反应和感染结果	旨在探索SARS-CoV-2感染过程中DVGs的生成及其功能	研究对象为感染SARS-CoV-2的患者及其肺组织样本	数字病理学	新型冠状病毒肺炎	RNA-seq、次世代测序（NGS）	NA	基因组数据	涉及COVID-19患者的转录组测序数据和尸检肺组织