单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2024-08-05	Tppp3+ synovial/tendon sheath progenitor cells contribute to heterotopic bone after trauma 2023-Jul-21, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-023-00272-x PMID:37479686	研究论文	这篇文章研究了滑膜/腱鞘祖细胞在创伤后异位骨形成中的作用	首次揭示了Tppp3+祖细胞在创伤后异位骨形成中的异常成骨分化	目前尚未完全理解特定细胞表型和驱动机制的复杂性	探讨滑膜/腱鞘祖细胞对异位骨形成的贡献及其机制	使用Tppp3诱导报告小鼠等模型研究滑膜/腱鞘祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞样本	使用了Tppp3报告小鼠及其他相关小鼠模型
802	2024-08-05	Automated time-lapse data segmentation reveals in vivo cell state dynamics 2023-06-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adf1814 PMID:37267354	研究论文	本文探讨了胚胎发育中的细胞状态动态和群体细胞行为。	创新点在于结合单细胞RNA测序数据和活体时间推移细胞追踪数据，定量映射细胞状态到胚胎上，并分析了细胞运动状态的时间平均模式。	限制在于个体胚胎的瞬时偏差可能影响整体细胞运动的对称性，未深入探讨这些偏差的具体影响。	研究胚胎发育过程中的细胞状态转变及其叠加效应。	以斑马鱼尾芽为研究对象，通过分析细胞基因表达和运动状态。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	时间推移数据	多个斑马鱼胚胎
803	2024-08-05	Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition 2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.03.535302 PMID:37066136	研究论文	本研究展示了脂肪细胞向形成瘢痕的成纤维细胞的转变在伤口纤维化中的作用	揭示了机械感应和脂肪细胞到成纤维细胞的转变对伤口愈合的影响，并提出脂肪细胞向成纤维细胞转变作为治疗靶点	该研究的结果主要基于小鼠模型，可能还需要在人类临床中验证	探讨脂肪细胞在瘢痕形成中的作用以及针对这一过程的治疗策略	主要研究脂肪细胞和成纤维细胞在伤口愈合中的转变及其机制	数字病理学	瘢痕	scRNA-seq，Visium，CODEX	NA	NA	使用小鼠伤口模型和人类异种移植伤口模型进行研究
804	2024-08-05	Robust segregation of donor and recipient cells from single-cell RNA-sequencing of transplant samples 2023, Frontiers in transplantation DOI:10.3389/frtra.2023.1161146 PMID:38993922	研究论文	本文提出了一种新方法，通过单细胞RNA测序准确区分供体和受体细胞。	创新性地开发了一种新的两阶段基因型发现方法，对移植样本具有较强的鲁棒性，能够在更低的基因型比例下更准确地区分供体和受体细胞。	尚未提及文章的具体限制	旨在开发用于移植生物学背景下的单细胞RNA测序的生物信息学工具。	研究对象为移植样本中的单细胞，包括供体和受体细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	包括虚拟数据及实际的器官移植的单细胞RNA测序数据
805	2024-08-05	A structured evaluation of cryopreservation in generating single-cell transcriptomes from cerebrospinal fluid 2023-07-24, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100533 PMID:37533636	研究论文	该文章报告了一种适用于单细胞RNA测序的脑脊液细胞冷冻保存协议	创新点在于提供了一种稳健的冷冻保存方案，使得脆弱的脑脊液细胞在中到大规模研究中得以有效表征	限制在于未提及其他潜在的影响因素，如冷冻时间对细胞质量的长远影响	研究脑脊液细胞特征化的冷冻保存方法	脑脊液细胞来自21名参与者的样本	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	细胞类型数据	21个脑脊液样本
806	2024-08-05	Macrophage-mediated extracellular matrix remodeling controls host Staphylococcus aureus susceptibility in the skin 2023-07-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.06.006 PMID:37402364	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞在皮肤中如何影响金黄色葡萄球菌的感染易感性	发现了巨噬细胞在调节透明质酸方面的新功能，从而影响感染结果	未提及具体的临床试验阶段或人类数据	研究巨噬细胞如何影响宿主对金黄色葡萄球菌感染的易感性	研究皮下巨噬细胞及其在感染中的作用	数字病理学	皮肤感染	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
807	2024-08-04	ASCC3 promotes the immunosuppression and progression of non-small cell lung cancer by impairing the type I interferon response via CAND1-mediated ubiquitination inhibition of STAT3 2023-12-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007766 PMID:38148115	研究论文	本研究探讨了ASCC3在非小细胞肺癌进展中的分子机制	发现ASCC3通过CAND1介导的STAT3泛素化抑制，稳定STAT3信号通路，从而影响肿瘤微环境	尚需进一步验证ASCC3在人体中的具体作用及机制	研究ASCC3在非小细胞肺癌中的角色及其对免疫反应的影响	探讨ASCC3在非小细胞肺癌细胞和小鼠模型中的生物学功能	数字病理学	肺癌	单细胞测序, RNA测序, 免疫沉淀, 质谱分析, 免疫荧光, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
808	2024-08-04	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Human Skin Delineates Intercellular Communication and Pathogenic Cells 2023-11, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.02.040 PMID:37142187	研究论文	这篇文章探讨了人类皮肤的单细胞转录组和空间转录组分析，揭示了细胞间的通信和致病细胞	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，改善了人类皮肤细胞类型分类，并识别了独特的人类角质形成细胞亚群体	本研究主要集中于人类与小鼠之间的比较，可能未能涵盖所有物种的机制差异	旨在揭示皮肤细胞之间的相互作用及其在皮肤疾病中的作用机制	人类皮肤和小鼠皮肤的细胞类型及其功能	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序，空间转录组	NA	转录组数据	人类皮肤和小鼠皮肤的细胞样本
809	2024-08-04	Spatial transcriptomics analysis of neoadjuvant cabozantinib and nivolumab in advanced hepatocellular carcinoma identifies independent mechanisms of resistance and recurrence 2023-09-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01218-y PMID:37723590	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，探讨了肝细胞癌中新辅助cabozantinib和nivolumab的免疫疗法组合的肿瘤微环境	研究揭示了不同细胞信号网络在肝细胞癌肿瘤微环境中的异质性，并确定了抵抗和复发的独立机制	仅对少数患者进行了分析，且样本量有限，研究结果需要更大规模的数据验证	研究肝细胞癌患者对现代系统治疗的反应与肿瘤微环境的分子和细胞特征之间的关系	研究对象为接受新辅助cabozantinib和nivolumab治疗的晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	空间转录组学	NA	组织样本	15名患者的切除标本
810	2024-08-05	Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single-cell RNA sequencing 2023-Sep-07, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.00776-23 PMID:37676044	研究论文	本研究比较了不同单细胞RNA测序文库制备方法对SARS-CoV-2亚基因组mRNA的检测能力	开发了一种新的文库制备和数据处理工作流程，提高了对SARS-CoV-2亚基因组mRNA的检测和定量能力	研究仅集中在SARS-CoV-2，不适用于其他病毒或病原体	研究不同单细胞RNA测序方法检测SARS-CoV-2 RNA的能力	SARS-CoV-2及其亚基因组mRNA	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	RNA序列数据	涉及数量不明的感染细胞样本
811	2024-08-04	Patient-Derived iPSCs Faithfully Represent the Genetic Diversity and Cellular Architecture of Human Acute Myeloid Leukemia 2023-07-05, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-22-0167 PMID:37067914	研究论文	该论文探讨了从人类急性髓性白血病（AML）细胞重编程获得的诱导多能干细胞（iPSC）模型	提出了一种专门针对癌细胞的重编程方法，并成功从15名患者生成AML-iPSC，保持遗传一致性	重编程成功率较低，且关于iPSC衍生细胞是否与原始细胞相似仍有不确定性	研究人类急性髓性白血病的基因模型	15名急性髓性白血病患者的细胞	数字病理学	急性髓性白血病	诱导多能干细胞重编程	NA	单细胞转录组数据	15个急性髓性白血病患者的细胞
812	2024-08-04	stAPAminer: Mining Spatial Patterns of Alternative Polyadenylation for Spatially Resolved Transcriptomic Studies 2023-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2023.01.003 PMID:36669641	研究论文	本文开发了一种工具stAPAminer，用于从空间条形码ST数据中挖掘替代聚腺苷酸化的空间模式	提出了一种基于k-最近邻算法的插补模型，以恢复APA信号并识别具有空间APA使用变化模式的基因	虽然本研究提供了空间APA模式的详细视图，但尚未探索所有细胞类型的APA信号	研究替代聚腺苷酸化在空间转录组学中的角色和模式	主要分析小鼠嗅球的空间转录组数据来识别和量化APA位点	数字病理学	NA	空间转录组学	k最近邻算法	转录组数据	分析了小鼠嗅球的空间转录组数据及其两个附加副本
813	2024-08-04	Effective Rapid Blood Perfusion in Xenopus 2023-May-16, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65287 PMID:37318240	研究论文	本文定义了一种快速血液灌注的协议，以大幅减少蛙类组织中的血液.	该研究创新性地提出了一种通过直接在心脏腔室内插入针头进行快速灌注的方法.	该协议在本研究中可能未考虑不同个体间的生理差异.	研究致力于标准化蛙类组织采样的实践.	研究对象包括不同性别、年龄和健康状态的非洲爪蟾（Xenopus laevis 和 Xenopus tropicalis）.	数字病理学	NA	生理盐水灌注	NA	NA	每只动物大约需要10分钟的误差.
814	2024-08-05	Identifying high-impact variants and genes in exomes of Ashkenazi Jewish inflammatory bowel disease patients 2023-04-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37849-3 PMID:37080976	研究论文	本文鉴定了犹太人在炎症性肠病（IBD）中高影响的变异和基因	识别出8个新型且合理的导致IBD的基因，展现了与早发IBD遗传学的显著重叠	遗传病因尚不完全清楚，未展示病例对照组的详细特征	研究Ashkenazi犹太人中IBD的遗传影响	4453名经过基因鉴定的Ashkenazi犹太人IBD患者及对照者	数字病理学	炎症性肠病	大规模和单细胞RNA测序	NA	基因组数据	4453名样本（1734名IBD患者和2719名对照者）
815	2024-08-04	Compressed phenotypic screens for complex multicellular models and high-content assays 2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.23.525189 PMID:36747859	研究论文	本文提出了一种通过压缩筛选法来提高复杂多细胞模型的高通量表型筛选效率	文章创新性在于通过对生化干预进行汇总并运用计算解卷积，建立了压缩筛选的专门方法	未明确提及具体的局限性	研究旨在提高复杂多细胞模型中的表型筛选效率，以促进药物发现	研究对象为患者衍生的胰腺癌类器官以及与肿瘤微环境（TME）相关的重组蛋白配体库	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	高内容成像	使用了高度生物活性的化合物库进行受控基准测试
816	2024-08-05	Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth 2023, Frontiers in ophthalmology DOI:10.3389/fopht.2023.1245891 PMID:38390290	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了参与视觉引导眼睛生长的不同脉络膜细胞群体	首次提供了主要脉络膜细胞类型及其在调节眼睛生长中的基因表达变化的全面概况	大部分显著的基因表达变化相对较小，并且仅在一种罕见细胞群体中观察到最高的变化	阐明脉络膜在后天眼球生长中的作用	小鸡脉络膜细胞群体及其基因表达变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鸡脉络膜的24个细胞群体
817	2024-08-05	RNA-binding proteins that are highly expressed and enriched in healthy cartilage but suppressed in osteoarthritis 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1208315 PMID:37457300	研究论文	本研究揭示了在健康软骨中高度表达且富集的RNA结合蛋白在骨关节炎中的表达变化。	研究首次绘制了健康软骨中RNA结合蛋白的全球表达图谱，并发现TIPARP作为骨关节炎的新型介导因子和潜在治疗靶点。	本研究主要依赖于已有的RNA测序数据，缺乏临床样本的验证。	探讨RNA结合蛋白在健康软骨与骨关节炎中的表达及其潜在作用。	主要集中在健康 cartilage 和骨关节炎 cartilage 中的RNA结合蛋白。	数字病理学	骨关节炎	RNA测序	NA	基因组数据	健康和骨关节炎人类软骨的RNA测序数据，包含1542个RNA结合蛋白
818	2024-08-04	SARS-CoV-2 mRNA vaccination-induced immunological memory in human nonlymphoid and lymphoid tissues 2023-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI171797 PMID:37815874	研究论文	本研究分析了人类非淋巴组织和淋巴组织中针对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫记忆	首次全面分析了人类对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的T细胞反应，揭示了组织记忆和驻留特征	研究仅基于手术样本和血液样本，样本量和患者的多样性可能有限	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗诱导的特定T细胞在不同组织中的生成和功能	主要研究肾脏、肝脏、肺、骨髓和脾脏中的SARS-CoV-2疫苗特异性T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	组织样本和血液样本	未明确说明样本数量和种类
819	2024-08-04	Ghrelin deletion and conditional ghrelin cell ablation increase pancreatic islet size in mice 2023-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169349 PMID:38099492	研究论文	本研究探讨了削减生长激素在小鼠胰岛大小和β细胞质量方面的影响	首次系统研究了生长激素缺失如何增加胰岛大小和β细胞数量，并揭示了相关基因表达变化	研究主要在小鼠模型中进行，结果的临床转化仍需进一步验证	研究生长激素对胰岛大小和β细胞质量的影响	小鼠胰岛及其β细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	多只小鼠，包括10-到12周龄和4周龄的小鼠
820	2024-08-04	Activation of the pentose phosphate pathway in macrophages is crucial for granuloma formation in sarcoidosis 2023-12-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI171088 PMID:38038136	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞中戊糖磷酸途径的激活如何促进颗粒肿瘤在沙其多病中的形成	首次揭示了在沙其多病的颗粒肿瘤形成过程中戊糖磷酸途径的关键作用	本研究主要集中在沙其多病患者的特定模型上，需进一步研究其他类型的模型以验证结果	探讨沙其多病中颗粒肿瘤形成的机制	沙其多病患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	沙其多病	单细胞RNA测序	小鼠颗粒肿瘤模型	基因表达数据	来自沙其多病患者的样本