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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 781 | 2025-10-07 |
Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors
2023-09-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169314
PMID:37655659
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫检查点阻断对脑转移瘤和胶质母细胞瘤微环境的不同影响 | 首次在单细胞水平比较ICB对原发性和转移性脑肿瘤免疫微环境的差异影响,发现ICB在脑转移瘤中诱导更显著的T细胞浸润和独特的血管周巨噬细胞变化 | 样本量相对有限(28个脑转移瘤样本),且为观察性研究 | 探究免疫检查点阻断对脑肿瘤微环境的调控机制 | 脑转移瘤患者肿瘤组织 | 单细胞组学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 28个脑转移瘤样本(19个ICB初治,9个ICB治疗) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 782 | 2025-10-07 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间表达分析定义了小脑核兴奋性神经元的分子亚域,并揭示了Engrailed转录因子在神经元多样性和存活中的关键作用 | 首次在胚胎发育过程中定义小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域,并发现EN1/2转录因子在小脑兴奋性神经元谱系中的保守功能 | 研究主要关注胚胎发育阶段,对成年后神经元功能的长期影响需要进一步验证 | 探究小脑核兴奋性神经元多样性发育机制及转录因子调控作用 | 小鼠小脑核兴奋性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 胚胎期小鼠小脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 783 | 2025-10-07 |
Steatosis drives monocyte-derived macrophage accumulation in human metabolic dysfunction-associated fatty liver disease
2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100877
PMID:37869071
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研究论文 | 本研究探讨了代谢功能障碍相关脂肪肝病中巨噬细胞异质性与肝脏脂肪变性的关系 | 首次在人类MAFLD中系统描述巨噬细胞亚群组成,发现单核细胞源性巨噬细胞与肝脏脂肪变性程度相关,并揭示其在脂质摄取中的独特作用 | 样本量较小(n=21),单细胞RNA测序仅对3个样本进行,缺乏长期随访数据 | 研究人类MAFLD早期阶段巨噬细胞异质性及其与肝脏脂肪变性的关系 | 接受减重手术的21名参与者的肝组织样本及小鼠肝脂肪变性模型 | 单细胞生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪肝病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光,H&E显微镜,MRI,电子显微镜 | NA | 基因表达数据,图像数据,临床数据 | 21名人类参与者,其中3个样本进行单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 784 | 2025-10-07 |
Spatial and single-nucleus transcriptomic analysis of genetic and sporadic forms of Alzheimer's Disease
2023-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.24.550282
PMID:37546983
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研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞核RNA测序分析阿尔茨海默病的遗传性和散发性形式 | 首次结合空间转录组学和单细胞核RNA测序技术,同时研究散发性AD和唐氏综合征相关AD,并进行跨物种比较 | 样本数量未明确说明,研究主要聚焦于早期和晚期AD阶段 | 探索阿尔茨海默病的转录组特征及其在空间和细胞类型水平的变化 | 人类皮质样本(早期AD、晚期AD、唐氏综合征相关AD)和5xFAD转基因小鼠模型 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,单细胞核RNA测序,淀粉样斑块成像 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,影像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 785 | 2025-10-07 |
SEC-seq: association of molecular signatures with antibody secretion in thousands of single human plasma cells
2023-06-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39367-8
PMID:37322036
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研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法,能够在单细胞水平上将抗体分泌量与表面标志物和转录组信息关联 | 利用含腔水凝胶纳米小瓶捕获细胞分泌物,首次实现了在数千个单个人类浆细胞中同时分析IgG分泌量、表面标志物和转录组 | NA | 建立分泌功能与分子特征关联的分析方法 | 人类B细胞和浆细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,成像流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质分泌数据,表面标志物数据 | 数千个单个人类浆细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | SEC-seq(分泌组关联单细胞测序) |
| 786 | 2025-10-07 |
High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays
2023-12-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65715
PMID:38189499
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研究论文 | 本文介绍了用于10X Genomics多组学测序流程的大脑和骨髓样本高质量细胞核制备方法 | 开发了针对大脑和骨髓组织的标准化细胞核制备方案,确保产生高质量的单细胞核悬浮液 | 仅针对大脑和骨髓两种特定组织类型,未验证其他组织类型的适用性 | 建立优化的单细胞核制备流程以提高多组学测序数据质量 | 大脑组织和骨髓组织样本 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 基因组学数据,表观遗传学数据 | NA | 10x Genomics | single-cell multi-omics, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | 10x Chromium | 10X Genomics droplet-based single-cell profiling platform for multiome assays |
| 787 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides)
2023-03-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 788 | 2025-10-07 |
Gut Isolation from Zebrafish Larvae for Single-cell RNA Sequencing
2023-11-10, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65876
PMID:38009742
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研究论文 | 开发了一种从斑马鱼幼体中分离肠道细胞用于单细胞RNA测序的方法 | 建立了斑马鱼幼体肠道活细胞分离和单细胞RNA测序的完整实验方案 | 方法依赖于手动解剖,可能受操作者技术水平影响 | 研究胃肠道发育和功能障碍的分子机制 | 斑马鱼幼体(受精后5天)的肠道细胞 | 单细胞组学 | 肠道神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 斑马鱼幼体肠道细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 789 | 2025-10-07 |
Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558301
PMID:37786685
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研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示纤维化肺病患者外周血中共同和特异性的免疫异常 | 首次系统性比较IPF和FHP两种纤维化肺病的外周血免疫细胞异常,发现单核细胞变化为共同特征而淋巴细胞异常具有疾病特异性 | 样本量相对有限(83个样本),需要更大规模研究验证发现 | 鉴定特发性肺纤维化和纤维化过敏性肺炎患者的共同和特异性免疫异常 | IPF和FHP患者及健康对照的外周血和支气管肺泡灌洗样本 | 单细胞组学 | 肺纤维化疾病 | 单细胞RNA测序,V(D)J谱分析,RNA速度分析,伪时间分析 | Seurat, Monocle3, Velocyto, scVelo, CellRank, Connectome, CellRanger, Immcantation | 单细胞转录组数据,免疫受体序列数据 | 83个样本中的327,990个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序 | 10x Chromium | 10x Genomics 5'基因表达和V(D)J谱分析 |
| 790 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals distinct subtypes of MAFLD based on N1-methyladenosine regulator expression
2023-Jun, Liver research
IF:2.0Q3
DOI:10.1016/j.livres.2023.06.001
PMID:39958950
|
研究论文 | 通过整合分析bulk和单细胞RNA测序数据,基于m1A调控因子表达将MAFLD分为不同分子亚型 | 首次揭示m1A甲基化修饰在MAFLD异质性中的作用,并识别出关键的m1A调控基因 | 样本量相对有限,需要进一步实验验证 | 探究m1A甲基化修饰在MAFLD发病机制和异质性中的作用 | MAFLD患者肝脏组织 | 生物信息学 | 代谢相关脂肪性肝病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | WGCNA, 细胞通讯网络分析 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 6个肝脏样本的33,168个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 791 | 2025-10-07 |
Nanoparticle stereochemistry-dependent endocytic processing improves in vivo mRNA delivery
2023-04, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-023-01138-9
PMID:36864143
|
研究论文 | 本研究探讨了脂质纳米颗粒中立体化学对mRNA体内递送效率的影响 | 首次证明多组分胶体系统中单一化合物的立体化学能够显著影响纳米颗粒在体内的mRNA递送效率 | 研究主要聚焦于肝脏细胞,对其他组织器官的适用性尚需验证 | 探究立体化学对脂质纳米颗粒mRNA递送效率的影响机制 | 含有不同立体化学构型羟基胆固醇的脂质纳米颗粒 | 纳米医学 | NA | 单细胞RNA测序,成像技术 | NA | 基因表达数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 792 | 2025-10-07 |
A novel Bayesian framework for harmonizing information across tissues and studies to increase cell type deconvolution accuracy
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac616
PMID:36631398
|
研究论文 | 提出一种新颖的贝叶斯框架tranSig,通过整合跨组织和研究的信息来提高细胞类型反卷积的准确性 | 开发了首个利用跨组织和研究的共享细胞类型特异性表达模式的贝叶斯框架来改进scRNA-seq签名矩阵推断 | NA | 提高从单细胞RNA测序数据推断细胞类型签名矩阵的准确性,以改进细胞类型反卷积分析 | 外周血、支气管肺泡灌洗液和主动脉的批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 793 | 2025-10-07 |
Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis
2023-08-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000
PMID:37097719
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研究论文 | 本研究通过新型西式饮食NWD1探究营养环境对肠道干细胞可塑性和谱系重塑的影响及其与肿瘤发生风险的关系 | 首次揭示营养环境通过表观遗传调控Ppargc1a表达,改变线粒体结构和功能,从而重编程Lgr5hi干细胞功能并动员替代干细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类肠道黏膜的实际响应机制需要进一步验证 | 阐明营养环境如何影响肠道干细胞可塑性和谱系重塑,及其在肿瘤发生中的作用机制 | 小鼠肠道干细胞和肠道组织 | 功能基因组学 | 肠道肿瘤 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, scATAC-seq, 功能基因组学, 成像技术 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 794 | 2025-10-07 |
Intestinal stem cell aging at single-cell resolution: Transcriptional perturbations alter cell developmental trajectory reversed by gerotherapeutics
2023-05, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13802
PMID:36864750
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究肠道干细胞衰老过程中的转录重编程及其对细胞发育轨迹的影响,并探索老年保护药物的逆转作用 | 首次在单细胞分辨率下揭示衰老导致的Lgr5肠道干细胞转录重编程如何改变细胞发育轨迹,并发现二甲双胍和雷帕霉素可逆转这些衰老效应 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究衰老对肠道干细胞功能及其子代细胞成熟过程的影响,以及老年保护药物的干预效果 | 小鼠肠道Lgr5阳性肠道干细胞及其子代细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肠道细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 795 | 2025-10-07 |
Multiplex Immunohistochemistry Staining for Paraffin-embedded Lung Cancer Tissue
2023-11-21, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65850
PMID:38078595
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研究论文 | 本文开发了用于石蜡包埋肺癌组织的多重免疫组化染色实验方案 | 通过优化实验方案解决了肺组织自发荧光和通道串扰问题,实现了标记靶细胞和蛋白的多重免疫组化染色 | NA | 开发有效的多重免疫组化染色方法以解析肺癌肿瘤微环境中细胞间关系 | 临床来源的肺鳞状细胞癌石蜡包埋组织切片 | 数字病理学 | 肺癌 | 多重免疫组化,酪胺信号放大技术 | NA | 图像 | NA | NA | 多重免疫组化染色 | NA | 基于酪胺信号放大技术的多重免疫组化染色方法 |
| 796 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in submandibular gland and blood in IgG4-related disease
2023-10, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-224363
PMID:37474274
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了IgG4相关疾病中颌下腺和血液的细胞与分子改变 | 发现了三种新型组织驻留免疫细胞亚群,揭示了TOP2A_B细胞和TOP2A_T细胞的分化轨迹,以及ICOS_PD-1_B细胞在B细胞向IgG4+浆细胞分化中的中间状态 | 样本量有限,需要在更大队列中验证发现 | 解析IgG4相关疾病的细胞种群和免疫细胞与非免疫细胞间的相互作用 | IgG4相关疾病患者和匹配对照的颌下腺组织和外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多重免疫荧光染色 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据, 免疫组库数据, 图像数据 | IgG4相关疾病患者和匹配对照的颌下腺和PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 797 | 2025-10-07 |
The covariance environment defines cellular niches for spatial inference
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.18.537375
PMID:37131616
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研究论文 | 开发了一种名为COVET的细胞生态位表示方法和ENVI空间推断算法,用于整合空间转录组和单细胞RNA-seq数据 | 提出协方差环境(COVET)表示法捕捉细胞生态位的连续多变量性质,并开发基于最优传输的距离度量和环境变分推断(ENVI)算法 | NA | 解决多路空间分析技术中的计算挑战,开发细胞生态位的合适表示方法 | 细胞生态位和空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器 | 空间转录组数据,单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 798 | 2025-10-07 |
Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury
2023-09-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121
PMID:37715952
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研究论文 | 本研究揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新,在损伤后通过毛囊来源的替代干细胞再生的双重机制 | 首次发现皮脂腺损伤后可通过毛囊 bulge 区的替代干细胞实现再生,且该过程依赖 FGFR2 信号通路并可被毛发生长加速 | 研究主要集中于小鼠背部皮肤模型,尚未验证其他部位或其他物种的适用性 | 探究皮脂腺在稳态维持和损伤应答中的细胞机制 | 小鼠皮脂腺及其干细胞 | 细胞生物学 | 皮肤损伤 | 靶向单细胞 RNA 测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | NA |
| 799 | 2025-10-07 |
Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport
2023-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01728-4
PMID:36690742
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研究论文 | 开发了一种名为COMMOT的计算方法,通过集体最优传输技术分析空间转录组数据中的细胞间通讯 | 提出了考虑不同配体-受体物种竞争和细胞间空间距离的集体最优传输方法,能够处理复杂分子相互作用和空间约束 | NA | 推断空间转录组中的细胞间通讯 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术,单细胞RNA测序 | 最优传输模型,机器学习模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和8个空间数据集,涉及5种不同技术 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 800 | 2025-10-07 |
M2 macrophages drive leukemic transformation by imposing resistance to phagocytosis and improving mitochondrial metabolism
2023-04-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf8522
PMID:37058562
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研究论文 | 本研究揭示了M2巨噬细胞通过降低吞噬活性和增强线粒体代谢促进急性髓系白血病转化的机制 | 首次发现M2巨噬细胞通过线粒体转移和代谢重编程保护白血病原始细胞免受吞噬,增强其体内转化潜能 | 研究样本量有限,机制研究仍需进一步深入 | 探究肿瘤微环境中免疫细胞如何促进急性髓系白血病的恶性进展 | 急性髓系白血病患者的骨髓样本和白血病原始细胞 | 肿瘤免疫学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,细胞表型数据 | 急性髓系白血病患者骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |