单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 781 - 800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 781 | 2024-08-05 |
Graphene oxide elicits microbiome-dependent type 2 immune responses via the aryl hydrocarbon receptor
2023-01, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-022-01260-8
PMID:36509925
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研究论文 | 这项研究展示了石墨烯氧化物通过芳香烃受体影响微生物组和免疫反应 | 本研究揭示了石墨烯氧化物对肠道微生物组的调节作用及其通过芳香烃受体介导的免疫反应 | 未提及特定的实验条件或样本的长期效果 | 探索石墨烯氧化物与肠道微生物组及免疫系统相互作用的机制 | 成年斑马鱼及其无菌幼体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 成年斑马鱼和无菌幼体的细胞样本 |
| 782 | 2024-08-05 |
Prediction of HLA genotypes from single-cell transcriptome data
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1146826
PMID:37180102
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研究论文 | 本文探讨如何从单细胞转录组数据中预测HLA基因型。 | 开发了多个计算HLA分型工具并展示了高准确性的基因型预测模型。 | 尚不清楚从单细胞数据直接预测HLA基因型的可行性。 | 评估和扩展现有HLA基因型预测工具的性能。 | 人类单细胞数据与标准分子基因分型的比较。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 组合模型 | 转录组数据 | NA |
| 783 | 2024-08-05 |
Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies
2023-08, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-023-00785-7
PMID:37079217
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研究论文 | 本文开发了一种体内衍生的衰老标志，以识别细胞衰老的异质性及其对血管化和基质生产的贡献 | 提出了一种新的衰老签名和计算方法，可以广泛用于识别细胞衰老转录组特征和分泌因子 | 在衰老细胞的表型定义方面仍然不够完善 | 研究细胞衰老在伤口愈合、组织纤维化和肿瘤抑制中的作用 | 针对小鼠模型中的周细胞和类软骨成纤维细胞的衰老表型进行研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含来自不同病理的新的和公开可用的鼠类和人类单细胞RNA测序数据集 |
| 784 | 2024-08-04 |
BayesTME: An end-to-end method for multiscale spatial transcriptional profiling of the tissue microenvironment
2023-07-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.06.003
PMID:37473731
|
研究论文 | BayesTME是一种用于分析空间转录组数据的端到端贝叶斯方法 | BayesTME将多个以前独立的分析目标统一在一个整体的生成模型下，避免了对配对的单细胞RNA-seq的需求 | NA | 本研究的目的是分析肿瘤微环境中的空间转录组数据 | 人类和斑马鱼黑色素瘤组织 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 贝叶斯生成模型 | 组织样本 | 人类和斑马鱼的黑色素瘤组织 |
| 785 | 2024-08-05 |
SiftCell: A robust framework to detect and isolate cell-containing droplets from single-cell RNA sequence reads
2023-07-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.06.002
PMID:37473732
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研究论文 | 本研究提出了SiftCell，一个用于检测和隔离含细胞液滴的鲁棒框架 | SiftCell通过随机化和分类方法提供了一种全面且准确的细胞液滴质量控制新方式 | 文章未提及具体的限制 | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞液滴的质量控制 | 研究对象为各类单细胞平台获得的数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个单细胞平台获得的数据集 |
| 786 | 2024-08-04 |
Startle: A star homoplasy approach for CRISPR-Cas9 lineage tracing
2023-12-20, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.11.005
PMID:38128483
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研究论文 | 提出了一种新颖的星形同义性进化模型，用于CRISPR-Cas9细胞系追踪 | 开发了专门的星形同义性模型以描述CRISPR-Cas9诱导突变的进化特点 | 未提及具体的应用限制 | 旨在改进CRISPR-Cas9诱导突变的细胞谱系追踪方法 | 研究CRISPR-Cas9诱导突变的细胞系谱系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | CRISPR-Cas9 | 星形同义性模型 | 模拟细胞谱系追踪数据，鼠类转移性肺腺癌数据 | NA |
| 787 | 2024-08-05 |
Adenomyosis: single-cell transcriptomic analysis reveals a paracrine mesenchymal-epithelial interaction involving the WNT/SFRP pathway
2023-05, Fertility and sterility
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.fertnstert.2023.01.041
PMID:36736810
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组分析评估了腺肌症的细胞和分子景观 | 揭示了腺肌症中与WNT/SFRP通路相关的间充质-上皮相互作用的独特特征 | 样本量较小，仅包括3名患者 | 评估腺肌症的细胞和分子特点 | 分析来自腺肌症、内膜和肌层的匹配组织的单细胞RNA表达 | 数字病理学 | 腺肌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 3名患者的匹配组织样本 |
| 788 | 2024-08-05 |
Femtosecond laser microdissection for isolation of regenerating C. elegans neurons for single-cell RNA sequencing
2023-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01804-3
PMID:36928074
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞分离方法，以便对再生C. elegans神经元进行单细胞RNA测序 | 提出了飞秒激光微切割技术（fs-LM），可直接从活组织中分离特定再生表型的神经元 | 现有细胞分离技术无法满足特定再生表型神经元的分离需求 | 探讨神经再生的分子机制，以单神经元分辨率理解神经再生 | 再生的C. elegans神经元 | 数字病理学 | NA | 飞秒激光微切割（fs-LM） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 789 | 2024-08-04 |
Integration of spatial and single-cell data across modalities with weak linkage
2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.12.523851
PMID:36711792
|
研究论文 | 本文提出了一种新的跨模态数据集成方法MaxFuse，以解决单细胞和空间组学数据之间的弱链接问题 | MaxFuse方法通过迭代共同嵌入、数据平滑和细胞匹配来实现高质量的数据集成，即使在信息关联性较弱的情况下也能保持高鲁棒性和准确性 | 目前的方法依赖于高度相关的先验“链接”特征，当相关特征稀少或缺乏信息时，现有方法会失败 | 研究目的在于提升单细胞和空间组学数据的跨模态集成能力 | 研究对象主要是单细胞测序和空间蛋白组学数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序, 空间条形码技术 | NA | 多组学数据 | 通过对单细胞和空间真实多组学数据集的基准测试进行验证 |
| 790 | 2024-08-05 |
Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis
2023-08-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000
PMID:37097719
|
研究论文 | 这篇文章研究了人类肿瘤发生风险相关的营养环境对小鼠肠道干细胞塑性和谱系重塑的影响 | 揭示了新型西方饮食如何通过重编程肠道干细胞和谱系来影响肿瘤发生机制 | 尚未提供人类临床数据以验证小鼠模型的结果 | 探索营养环境对肠道干细胞塑性和谱系重塑的影响及其与肿瘤发生的关系 | 小鼠肠道干细胞及其谱系 | 数字病理学 | 肠道癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞可及转座酶检测, 功能基因组学, 成像 | NA | NA | 小鼠模型 |
| 791 | 2024-08-05 |
Transcriptomic profiling of retinal cells reveals a subpopulation of microglia/macrophages expressing Rbpms marker of retinal ganglion cells (RGCs) that confound identification of RGCs
2023-07-15, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2023.148377
PMID:37121423
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了一种表达Rbpms标记的视网膜小胶质细胞/巨噬细胞亚群，并指出其可能会干扰视网膜神经节细胞（RGCs）的识别 | 首次发现Rbpms+视网膜小胶质细胞/巨噬细胞亚群可能导致对RGC的错误识别，并提供了避免此问题的解决方案 | 研究集中在特定条件下，可能无法完全代表所有视网膜细胞类型的复杂性 | 探讨RGCs的生物学和亚型，以及神经保护和轴突再生的机制 | 视网膜小胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 792 | 2024-08-05 |
Transcriptomic profiling of retinal cells reveals a subpopulation of microglia/macrophages expressing Rbpms and Spp1 markers of retinal ganglion cells (RGCs) that confound identification of RGCs
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525216
PMID:36747805
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研究论文 | 本文分析了小鼠视网膜的微胶质细胞和巨噬细胞，发现其中特定亚群可能导致对视网膜神经节细胞的误识别 | 揭示了Rbpms+和Spp1+微胶质细胞/巨噬细胞在视网膜神经节细胞鉴定中的潜在混淆作用 | 仅分析了小鼠的视网膜细胞，无法推广到其他物种 | 研究视网膜神经节细胞的生物学及其亚型 | 视网膜微胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理 | NA | scRNA-seq | NA | 细胞数据 | 视网膜细胞亚群体 |
| 793 | 2024-08-04 |
Artificial intelligence-based pathology as a biomarker of sensitivity to atezolizumab-bevacizumab in patients with hepatocellular carcinoma: a multicentre retrospective study
2023-12, The Lancet. Oncology
DOI:10.1016/S1470-2045(23)00468-0
PMID:37951222
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研究论文 | 本研究开发了一种人工智能模型，以直接从组织切片中估计ABRS表达，并评估其与无进展生存期的相关性。 | 采用人工智能技术分析肝细胞癌数字切片作为无进展生存期的生物标志物，提供了新的治疗策略。 | 本研究为回顾性研究，可能会受到样本选择偏差的影响。 | 研究旨在开发一种人工智能模型来估计肝细胞癌患者对治疗的反应。 | 研究对象为接受了手术切除及活检的肝细胞癌患者。 | 数字病理学 | 肝癌 | 分子生物学分析，空间转录组学 | 聚类约束的注意力多实例学习模型（CLAM） | 组织切片图像 | 840名患者 |
| 794 | 2024-08-05 |
Inflammatory Activity of Epithelial Stem Cell Variants from Cystic Fibrosis Lungs Is Not Resolved by CFTR Modulators
2023-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202305-0818OC
PMID:37695863
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研究论文 | 这篇文章探讨了囊性纤维化(CF)肺部上皮干细胞变体的炎症活性，并评估了CFTR调节剂的影响 | 首次识别了CF肺部的三种促炎干细胞变体，并证明CFTR调节剂未能抑制其促炎功能 | 研究仅限于终末期CF患者的样本，结果可能不适用于早期CF患者 | 确定CF肺部是否存在与正常肺干细胞不同的促病干细胞变体 | 研究CF患者的终末期肺部干细胞，重点关注促炎性变体 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序、RNA测序、异种移植 | NA | 组织样本 | 四名接受治疗的囊性纤维化患者 |
| 795 | 2024-08-04 |
N4-acetylcytidine of Nop2 mRNA is required for the transition of morula-to-blastocyst
2023-Sep-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04955-w
PMID:37768430
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研究论文 | 本研究探讨了Nop2 mRNA的N4-乙酰胞苷修饰在小鼠早期胚胎发育中的作用 | 首次揭示了NAT10介导的N4-乙酰胞苷修饰在小鼠前植入期胚胎中对mRNA稳定性和翻译效率的重要性 | 研究主要集中在小鼠胚胎中，结果可能无法直接推广到其他哺乳动物 | 旨在了解N4-乙酰胞苷修饰在小鼠早期胚胎发育中的功能 | 小鼠早期胚胎，包括缺乏NAT10的小鼠胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序, RNA-seq, 乙酰化RNA免疫沉淀结合PCR(acRIP-PCR) | NA | NA | NA |
| 796 | 2024-08-05 |
Stem cell antigen-1+cell-derived fibroblasts are crucial for cardiac fibrosis during heart failure
2023-Sep-23, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-04957-8
PMID:37740736
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研究论文 | 本研究探讨了干细胞抗原-1+细胞来源的成纤维细胞在心力衰竭中的关键作用 | 揭示了非骨髓来源的Sca1+细胞通过Wnt4-PDGFRα通路转化为成纤维细胞并促进心脏纤维化的机制 | 研究主要基于小鼠模型，可能在应用到人类时存在差异 | 探讨干细胞在心力衰竭中的作用及机制 | 小鼠和人类心脏中的干细胞抗原-1+细胞及其转化的成纤维细胞 | 数字病理学 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 小鼠的非心肌细胞和人类心力衰竭患者的样本 |
| 797 | 2024-08-05 |
CNS Repopulation by Hematopoietic-Derived Microglia-Like Cells Corrects Progranulin deficiency
2023-Sep-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3263412/v1
PMID:37790525
|
研究论文 | 这篇文章探讨了通过造血干细胞移植来纠正Progranulin缺乏症的方法 | 提出了一种基于Busulfan和 PLX3397的高效条件处理方案，以增强微胶质细胞的再生 | 尚未提及该方法在临床应用中的具体限制 | 研究造血干细胞移植在CNS中替代微胶质细胞的能力 | 主要研究对象为骨髓来源的微胶质细胞及其在小鼠模型中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和高维CyTOF质谱细胞计数 | NA | 细胞 | 小鼠模型，具体样本大小未详细说明 |
| 798 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveal a hyperacute cytokine and immune checkpoint axis after cardiac arrest in patients with poor neurological outcome
2023-Jul-14, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.05.003
PMID:37257452
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研究论文 | 本文探讨了心脏骤停后患者的单细胞转录组特征及其与神经预后不良的联系 | 首次在单细胞水平上揭示心脏骤停后超急性细胞因子和免疫检查点轴 | 样本量可能有限，可能影响研究结果的广泛适用性 | 研究心脏骤停后系统性炎症反应与神经损伤之间的关系 | 心脏骤停患者的单细胞免疫网络 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 血液样本 | 心脏骤停患者的外周血细胞 |
| 799 | 2024-08-05 |
The meningeal transcriptional response to traumatic brain injury and aging
2023-01-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81154
PMID:36594818
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研究论文 | 本研究利用高通量RNA测序技术探讨了脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应 | 该研究揭示了年轻和衰老小鼠在轻微脑损伤后的脑膜转录组动态变化 | 研究对脑膜生物学的基本认识仍然不足 | 探讨脑膜对创伤性脑损伤和衰老的转录反应 | 研究对象为年轻和衰老小鼠的脑膜 | 数字病理学 | 神经疾病 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 年轻小鼠和衰老小鼠 |
| 800 | 2024-08-05 |
Lymphoid tissues contribute to plasma viral clonotypes early after antiretroviral therapy interruption in SIV-infected rhesus macaques
2023-12-13, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adi9867
PMID:38091409
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研究论文 | 该研究探讨了淋巴组织在抗逆转录病毒治疗中断后早期对血浆病毒克隆类型的贡献 | 此研究首次揭示了淋巴组织在抗逆转录病毒治疗中断后，如何作为病毒来源对血浆病毒克隆类型的影响 | 样本量较小，仅有七只动物被研究，可能限制了结果的普遍性 | 更好地理解在抗逆转录病毒治疗中断后，病毒弹回的细胞和组织来源 | 研究对象为被感染的恒河猕猴 | 数字病理学 | HIV感染 | 病毒条形码测序、完整前病毒DNA测定、单细胞RNA测序、CODEX与RNAscope原位杂交 | NA | 组织和血液样本 | 七只恒河猕猴 |