单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-15	Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539 PMID:37659082	研究论文	本文提出了一种通过单细胞RNA测序识别人类胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上免疫检查点的协议	开发了一种从胰腺导管腺癌肝转移患者中分离循环肿瘤细胞并进行单细胞RNA测序以识别免疫检查点的协议	协议的具体执行细节需要参考Liu等人（2023）的完整说明	建立有效的免疫疗法以预防肿瘤转移	人类胰腺导管腺癌的循环肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞
62	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491 PMID:37581982	研究论文	本文提供了一种使用单细胞RNA测序技术分析啮齿动物血液阶段疟原虫基因表达调控的协议	采用单细胞RNA测序技术，克服了传统批量RNA测序无法区分疟原虫发育阶段特异性基因调控的局限性	仅针对啮齿动物疟原虫（Plasmodium chabaudi chabaudi AS）进行研究，未涉及人类疟原虫	开发一种能够表征疟疾血液阶段发育特异性基因表达调控的方法	感染疟原虫的红细胞（iRBCs）	基因组学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	NA	RNA测序数据	感染疟原虫的小鼠红细胞
63	2025-05-15	Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13 PMID:36255703	研究论文	详细介绍从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法	提供了针对基质细胞分离优化的组织解离方案，适用于高通量单细胞分析技术	未提及该方法在临床应用中的具体效果或限制	研究胸腺基质细胞的分离方法以支持T细胞分化的研究	人类和小鼠的胸腺基质细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞数据	未明确提及样本数量
64	2025-05-14	Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447 PMID:37453069	研究论文	本文提出了一种用于空间注释单细胞测序的协议，旨在通过深度单细胞RNA测序和单细胞分辨率来剖析肿瘤内异质性	结合活细胞成像和光图案化照明技术，实现对体外肿瘤模型中感兴趣区域的细胞进行标记和单细胞RNA测序	该协议目前主要应用于体外肿瘤模型，尚未在临床组织样本中广泛验证	开发一种空间注释单细胞测序技术，用于研究肿瘤内异质性	体外肿瘤模型中的细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序(scRNAseq), 活细胞成像, 光图案化照明	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	适用于多种细胞系，未来可扩展至组织切片
65	2025-05-14	Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387 PMID:37379219	研究论文	提出一种计算工作流程，用于研究单细胞RNA测序数据中跨多个时间点和细胞类型的高度可变基因	开发了一种新的计算框架，用于分析跨多个时间点和细胞类型的单细胞RNA测序数据中的高度可变基因	未提及具体的技术限制或数据局限性	研究单细胞RNA测序数据中高度可变基因的动态表达水平	登革热病毒和COVID-19数据集中的免疫细胞类型	生物信息学	登革热和COVID-19	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据集中的多个免疫细胞类型
66	2025-05-14	Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383 PMID:37393609	研究论文	提出了一种从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离和剖析活肿瘤细胞的单细胞转录组学方案	开发了一种全面的方法，包括手术组织收集、培养、荧光细胞分选和群体富集的单细胞RNA测序，用于单细胞水平的脑肿瘤生物学研究	未提及具体样本量或实验验证的局限性	深入理解脑肿瘤生物学在单细胞水平上的特征	人源体外胶质母细胞瘤培养物中的活肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光细胞分选	NA	转录组数据	NA
67	2025-05-14	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	改进了单细胞标记逆转录协议，优化了逆转录和cDNA扩增的酶、裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清理步骤	未提及具体的技术局限性	研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	哺乳动物植入前发育中的单细胞或数十至数百个细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	手选单细胞或数十至数百个细胞
68	2025-05-14	Optimized protocol for mouse footpad immune cell isolation for single-cell RNA sequencing and flow cytometry 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102409 PMID:37402171	research paper	本文提出了一种用于小鼠足垫免疫细胞分离的优化方案，以支持单细胞RNA测序和流式细胞术	提供了一种维持高细胞存活率的小鼠足垫白细胞分离方案，并详细描述了从组织解离到数据分析的全过程	NA	开发一种优化的细胞分离方案，以支持单细胞水平上的分子图谱构建	小鼠足垫白细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
69	2025-05-14	Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449 PMID:37459235	研究论文	本文提出了一种从人肝母细胞瘤组织中分离高活性肝细胞和免疫细胞的实验方案	开发了一种通过Percoll密度梯度离心法从人肝母细胞瘤组织中分离单细胞的标准化流程	未明确说明该方案对不同亚型肝母细胞瘤样本的适用性差异	建立人肝母细胞瘤单细胞悬液制备标准流程	人肝母细胞瘤组织中的肝细胞和免疫细胞	单细胞测序	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq), Percoll密度梯度离心	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（人肝母细胞瘤组织）
70	2025-05-14	Protocol to isolate human normal and neoplastic pancreatic cells for single-cell omic analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102464 PMID:37480562	research paper	介绍了一种从正常和肿瘤人类胰腺中分离单细胞的协议	提供了一种适用于单细胞组学分析的高质量样本制备协议	需要参考Peng et al. (2019)和Li et al. (2021)以获取完整执行细节	开发适用于单细胞组学分析的样本制备方法	人类正常和肿瘤胰腺细胞	单细胞组学	胰腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq, 10× Genomics平台	NA	单细胞组学数据	100-10,000个细胞，存活率至少80%-90%
71	2025-05-14	exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data 2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.24.533888 PMID:37034624	research paper	介绍了一种名为exFINDER的方法，用于识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	exFINDER能够识别由外部系统发送的信号，并推断外部信号-靶标信号网络（exSigNet），进行定量分析	未提及具体局限性	开发一种计算工具，用于推断单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号	单细胞转录组数据中的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	不同物种的scRNA-seq数据集
72	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.523391 PMID:36747870	research paper	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	解决单细胞组学数据稀疏性带来的挑战，识别调控细胞状态的隐藏驱动因子	单细胞RNA-seq数据中的转录和信号驱动因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	互信息（MI）框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
73	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1 PMID:36747874	研究论文	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	开发一种计算框架，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于互信息(MI)的框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本量
74	2025-05-14	Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation 2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016 PMID:36400027	研究论文	该研究通过改进人类胚胎干细胞（hESC）分化为功能性中脑多巴胺能神经元的方法，揭示了中脑发育的关键因素	发现了层粘连蛋白-511、双重WNT激活、GSK3β抑制和FGF8b等新因子对中脑模式化的改善作用，以及肝X受体激活和成纤维细胞生长因子信号抑制对神经发生和分化的增强作用	未提及具体样本量，且研究结果尚未在临床中验证	探索人类中脑发育的关键因素并提高hESC分化为功能性mDA神经元的效率	人类胚胎干细胞（hESC）及其分化的中脑多巴胺能神经元	干细胞研究	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
75	2025-05-13	Genomic and immune signatures predict clinical outcome in newly diagnosed multiple myeloma treated with immunotherapy regimens 2023-Dec, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00657-1 PMID:37945755	研究论文	通过整合肿瘤全基因组和微环境单细胞RNA测序数据，研究基因组和免疫特征对新诊断多发性骨髓瘤患者免疫治疗方案的临床结果的预测作用	揭示了APOBEC突变活性、IKZF3和RPL5缺失以及8q增益等基因组驱动因素对临床结果的影响，并发现治疗前后免疫微环境的变化与持续微小残留病阴性相关	样本来源于特定的临床试验（NCT03290950），可能限制了结果的普遍适用性	预测新诊断多发性骨髓瘤患者在接受含抗CD38抗体的免疫治疗方案后的临床结果和治疗反应深度	新诊断的多发性骨髓瘤患者	基因组学与免疫治疗	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	来自NCT03290950临床试验的患者样本
76	2025-05-13	Epigenomic landscape exhibits interferon signaling suppression in the patient of myocarditis after BNT162b2 vaccination 2023-06-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-36070-y PMID:37264110	research paper	该研究追踪了BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎患者外周血单个核细胞（PBMCs）的染色质动态变化	首次研究了BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者PBMCs的染色质可及性和RNA测序变化，揭示了干扰素信号传导的下调和RUNX2/3活性的上调	研究样本量较小，仅针对单一疫苗接种后的心肌炎患者	探究BNT162b2疫苗接种后心肌炎的潜在机制	BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎的患者	基因组学	心肌炎	单细胞ATAC-seq和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和转录组数据	一名BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎的患者
77	2025-05-12	Vascular mechanisms of post-COVID-19 conditions: Rho-kinase is a novel target for therapy 2023-06-02, European heart journal. Cardiovascular pharmacotherapy DOI:10.1093/ehjcvp/pvad025 PMID:37019821	research paper	该研究探讨了COVID-19后遗症（长期COVID）中的血管功能障碍机制，并提出Rho激酶作为新的治疗靶点	研究发现Rho激酶激活是COVID-19后遗症患者血管纤维化和肌球蛋白轻链磷酸化的关键机制，并提出了fasudil作为潜在治疗药物	研究样本量较小（37例患者），且仅针对住院后康复的COVID-19患者	探究COVID-19后遗症中血管功能障碍的机制并寻找潜在治疗靶点	COVID-19康复患者（27例）和风险因素匹配的对照组（10例）	心血管疾病研究	COVID-19后遗症	wire myography, histopathology, immunohistochemistry, spatial transcriptomics	NA	生物标志物、影像学数据、组织活检	37例（27例COVID-19康复患者和10例对照组）
78	2025-05-11	The pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for PGC and male germline development 2023-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.23.529824 PMID:36865339	研究论文	本文探讨了Tex10在原始生殖细胞（PGC）规范和精子发生中的晚期发育作用，揭示了其通过调节Wnt信号通路在这些过程中的关键作用	首次发现Tex10通过结合Wnt负调控基因来精细调节Wnt信号通路，从而影响PGC规范和精子发生	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人类系统中验证	研究Tex10在PGC规范和精子发生中的作用机制	原始生殖细胞（PGC）和雄性生殖细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
79	2025-05-10	SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43220-3 PMID:37990022	研究论文	介绍了一种基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL，用于分析空间转录组数据	SPACEL结合了多层感知机、图卷积网络和对抗学习算法，能够对多个ST切片进行联合分析并构建组织的3D架构	未提及具体的技术限制或应用范围限制	解决空间转录组数据中多个切片的联合分析和3D堆叠构建的挑战	空间转录组(ST)数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	多层感知机(MLP)、图卷积网络(GCN)、对抗学习算法	空间转录组数据	模拟和真实ST数据集，来自多种组织和ST技术
80	2025-05-10	Brain-to-gut trafficking of alpha-synuclein by CD11c+ cells in a mouse model of Parkinson's disease 2023-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43224-z PMID:37981650	研究论文	该研究通过小鼠模型揭示了帕金森病中α-突触核蛋白从大脑到肠道的运输机制	首次证明了CD11c+细胞在α-突触核蛋白从大脑到肠道运输中的作用，并发现肠道CD11c+细胞具有类似小胶质细胞的特性	研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性个体	探索帕金森病中α-突触核蛋白聚集体的传播机制	帕金森病小鼠模型中的α-突触核蛋白和CD11c+细胞	神经科学	帕金森病	免疫组织化学、单细胞RNA测序、光转换蛋白标记	PD小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量