单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-12-12 |
Single-cell mapping reveals several immune subsets associated with liver metastasis of pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-10-13, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.07.010
PMID:37633269
|
研究论文 | 本研究通过单细胞质谱流式技术绘制了胰腺导管腺癌（PDAC）的免疫图谱，揭示了与肝转移相关的特定免疫细胞亚群 | 首次在PDAC中结合多部位（原发灶、血液、淋巴结）样本进行高维单细胞分析，并识别出与肝转移潜能相关的CD103+PD-1+CD39+ T细胞减少和CD73+巨噬细胞增加的免疫特征 | 样本量相对较小（26个样本来自11名患者），且为观察性研究，需要更大队列验证 | 探究晚期PDAC肿瘤微环境中与转移相关的免疫细胞动态变化，以寻找免疫治疗新策略 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的不同阶段组织样本（原发肿瘤、血液、淋巴结） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞质谱流式技术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重荧光免疫组化 | NA | 单细胞蛋白质表达数据、单细胞转录组数据、组织图像数据 | 26个样本（11个原发肿瘤组织、10个血液样本、5个淋巴结样本），来自11名PDAC患者 | NA | 单细胞蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-12-12 |
Single-cell transcriptomics reveal a hyperacute cytokine and immune checkpoint axis after cardiac arrest in patients with poor neurological outcome
2023-07-14, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.05.003
PMID:37257452
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了心脏骤停后神经系统预后不良患者中存在的超急性细胞因子和免疫检查点轴 | 首次在单细胞分辨率下定义了临床心脏骤停诱导的先天免疫网络，并识别了与不良预后相关的Nectin-2+单核细胞和Tim-3+自然杀伤细胞亚群 | 研究样本量未明确说明，且结论主要基于观察性数据，需要进一步实验验证 | 探究心脏骤停后系统性炎症反应与神经系统损伤之间的关联 | 心脏骤停住院患者 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-12-11 |
MLKL deficiency alleviates neuroinflammation and motor deficits in the α-synuclein transgenic mouse model of Parkinson's disease
2023-12-01, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-023-00686-5
PMID:38041169
|
研究论文 | 本研究探讨了MLKL蛋白在帕金森病中的神经保护作用，通过基因敲除小鼠模型和单细胞RNA-seq分析，发现MLKL缺乏能减轻神经炎症和运动缺陷 | 首次在α-synuclein转基因小鼠模型中揭示MLKL缺乏对帕金森病神经炎症和运动症状的改善作用，并结合单细胞RNA-seq技术提供了细胞类型特异的转录组证据 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类患者中进行验证，且长期效应和具体分子机制需进一步探索 | 探究MLKL蛋白在帕金森病中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠模型（Tg-Mlkl）、原代神经元细胞、人iPSC来源的中脑类器官 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞RNA-seq | 转基因小鼠模型、基因敲除模型 | 基因表达数据、行为数据 | 未明确指定样本数量，但涉及转基因小鼠、原代细胞和类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-12-11 |
TALKIEN: crossTALK IntEraction Network. A web-based tool for deciphering molecular communication through ligand-receptor interactions
2023-10-30, Molecular omics
IF:3.0Q3
DOI:10.1039/d3mo00049d
PMID:37403821
|
研究论文 | 介绍了一个名为TALKIEN的在线R/Shiny应用，用于通过构建和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络可视化分子对话信息 | 开发了一个简单直观的在线工具，整合了配体-受体相互作用网络构建、系统生物学分析和下游通路展示，支持药物靶点信息 | NA | 旨在帮助研究人员解释分子通信，特别是通过配体-受体相互作用来预测细胞间通信 | 基因或蛋白质列表，代表细胞谱系 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | 基因或蛋白质列表 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-12-11 |
A novel mutation in intron 1 of Wnt1 causes developmental loss of dopaminergic neurons in midbrain and ASD-like behaviors in rats
2023-09, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-023-02223-8
PMID:37658228
|
研究论文 | 本研究通过大规模筛选自闭症谱系障碍（ASD）风险/致病基因，发现Wnt1内含子1中的一种新型突变，该突变导致WNT1表达降低，并在人源化大鼠模型中引发ASD样行为和中脑多巴胺能神经元发育性缺失 | 首次报道中脑多巴胺能神经元的发育性缺失是ASD的发病机制，并揭示异常祖细胞模式是这种发育性多巴胺能神经元缺失的细胞基础 | 研究基于大鼠模型，结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 探索ASD的潜在致病机制，特别是遗传突变对神经发育的影响 | 人源化大鼠模型，重点关注中脑多巴胺能神经元 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因序列数据，行为数据 | 未明确指定样本数量，但涉及大规模基因筛查和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-12-10 |
Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration
2023-11, Iranian journal of kidney diseases
IF:0.8Q4
DOI:10.52547/ijkd.7858
PMID:38043109
|
研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞测序数据分析，鉴定出PHACTR4作为糖尿病肾病的新型生物标志物，并揭示了其与肾小球内皮功能障碍和免疫浸润的关联 | 首次将PHACTR4鉴定为糖尿病肾病中与肾小球内皮细胞功能障碍相关的关键生物标志物，并利用单细胞测序数据揭示了其在炎症反应中的调控作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏动物模型或临床样本的体内验证 | 鉴定与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物 | 糖尿病肾病患者的基因表达数据、人肾小球内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 微阵列测序, 单细胞RNA-seq, RT-PCR | LASSO逻辑回归, WGCNA, ssGSEA | 基因表达数据 | GSE30528和GSE131882数据集（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 67 | 2025-12-07 |
Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts
2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041
PMID:36239989
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移微环境中SPP1+巨噬细胞与成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络 | 首次在结直肠癌肝转移微环境中鉴定出具有代谢改变和泡沫细胞特征的SPP1+巨噬细胞，并发现其与成纤维细胞通过配体-受体对形成空间邻近的互作网络，共同促进免疫抑制 | 研究主要基于微卫星稳定型结直肠癌肝转移样本，可能不适用于其他亚型；样本量相对有限，需要更大队列验证 | 表征结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞组成和相互作用，以理解免疫抑制机制 | 结直肠癌肝转移组织、配对正常肝组织及外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、多重空间成像、批量基因表达与细胞反卷积分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间成像数据、批量基因表达数据 | 一系列微卫星稳定型结直肠癌肝转移样本及配对组织 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2025-12-06 |
CellNeighborEX: deciphering neighbor-dependent gene expression from spatial transcriptomics data
2023-11-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202311670
PMID:37815040
|
研究论文 | 提出一种名为CellNeighborEX的新方法，用于从空间转录组学数据中解析细胞邻居依赖的基因表达 | 开发了一种能有效捕获不同微环境影响的新方法，通过直接细胞定位或多细胞转录组混合来分类细胞，识别与伙伴细胞类型相关的多样化基因集 | NA | 研究细胞邻居依赖的基因表达，以理解细胞间相互作用 | 小鼠胚胎、大脑和肝癌组织中的细胞 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2025-12-06 |
Imprinted genes and the manipulation of parenting in mammals
2023-11, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-023-00644-3
PMID:37714957
|
综述 | 本文探讨了基因组印记在哺乳动物亲代抚育行为中的角色及其进化意义 | 利用单细胞RNA测序数据，揭示了印记基因与亲代抚育质量之间的双向、迭代关系 | NA | 研究基因组印记如何影响哺乳动物的亲代抚育行为及其进化背景 | 哺乳动物中的印记基因及其在亲代抚育中的作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2025-12-06 |
Spatiotemporal, optogenetic control of gene expression in organoids
2023-10, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01986-w
PMID:37735569
|
研究论文 | 本研究结合光遗传学和基因扰动技术，在类器官中实现了目标基因表达的可编程时空控制 | 首次将光遗传学与基因扰动技术结合，用于控制类器官中基因表达的时空模式，并通过空间和单细胞转录组分析揭示了SHH信号在神经发育中的新调控机制 | 未明确说明技术适用范围、效率或潜在脱靶效应，且可能仅限于特定类器官模型 | 开发控制类器官中基因表达时空模式的方法，以研究人类发育和疾病建模 | 干细胞衍生的类器官，特别是人类神经发育类器官模型 | 生物医学工程 | NA | 光遗传学、基因扰动技术、空间转录组学、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-12-05 |
Neuronal types in the mouse amygdala and their transcriptional response to fear conditioning
2023-12, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01469-3
PMID:37884748
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了成年小鼠杏仁核在恐惧学习和记忆巩固过程中的细胞类型分类，并识别出130种神经元类型及其空间分布 | 首次在恐惧学习背景下，利用单细胞转录组学构建了小鼠杏仁核的详细细胞类型图谱，并揭示了特定神经元亚群在恐惧记忆编码和检索中的转录响应 | 研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；单细胞测序技术可能无法捕获所有低丰度转录本 | 探究杏仁核在恐惧学习和记忆巩固过程中的神经元类型及其转录响应机制 | 成年小鼠杏仁核的神经元细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括天真和恐惧条件化的小鼠样本，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-12-05 |
High-Salt Diet Causes Defective Oocyte Maturation and Embryonic Development to Impair Female Fertility in Mice
2023-12, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.202300401
PMID:37863820
|
研究论文 | 本研究探讨高盐饮食对小鼠卵母细胞成熟、胚胎发育及雌性生育力的影响及其机制 | 首次揭示高盐饮食通过破坏卵母细胞自噬、凋亡水平和线粒体功能，导致卵母细胞减数分裂停滞、受精失败和早期胚胎发育缺陷，从而损害雌性生育力 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证；机制研究主要基于转录组数据，需进一步实验验证 | 探究高盐饮食对雌性生殖细胞发育及生育力的影响机制 | C57BL/6雌性小鼠的卵母细胞、胚胎及生育力指标 | 生殖生物学 | 生育力障碍 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | C57BL/6雌性小鼠（对照组与高盐饮食组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-12-04 |
Ursa: A Comprehensive Multiomics Toolbox for High-Throughput Single-Cell Analysis
2023-12-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msad267
PMID:38091963
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为Ursa的自动化单细胞多组学R软件包，旨在为非生物信息学专家提供一站式单细胞分析解决方案 | 开发了首个集成6种自动化单细胞组学和空间转录组学工作流程的综合工具箱，通过自动化流程降低生物信息学分析门槛 | 未提及该工具包在特定疾病数据集上的验证效果，也未说明与现有工具的基准比较结果 | 开发易用的生物信息学工具以加速单细胞多组学研究，弥合生物信息学专家与非专家之间的技术鸿沟 | 单细胞多组学数据分析工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学分析 | 自动化分析流程 | 基因组学、转录组学、表观遗传学、蛋白质组学、免疫组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2025-12-04 |
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02035-2
PMID:37813989
|
研究论文 | 本文介绍了scPoli，一种用于整合单细胞数据集以支持跨样本多尺度分析的开源学习方法 | 提出了一种开放世界学习框架，能够整合异构队列数据，学习样本和细胞的表示，适用于数据整合、标签转移和参考映射 | 未明确说明方法在处理极大规模数据集时的计算效率或特定技术限制 | 开发一种工具以整合人群水平的单细胞图谱数据，实现样本与细胞数据的关联分析 | 肺和外周血单核细胞的单细胞图谱数据，包括约780万个细胞和2375个样本 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成模型 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 约780万个细胞，来自2375个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-12-04 |
Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2023-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01455-9
PMID:37845544
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了小鼠前额叶皮层在细胞类型组成和基因表达模式上的独特性，并识别了调节慢性疼痛的特定神经元亚型和环路 | 首次通过空间分辨单细胞转录组分析，系统描绘了成年小鼠前额叶皮层的细胞与环路组织，并发现了其与邻近皮层区域的差异，以及神经元亚型在慢性疼痛中的特异性作用 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；空间转录组学技术可能受分辨率限制，影响细胞亚型精细识别 | 解码前额叶皮层在认知、情感、执行功能和疼痛处理等多样功能中的细胞与环路组织机制 | 成年小鼠的前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | 慢性疼痛 | 空间分辨单细胞转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，基于成年小鼠前额叶皮层组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-12-04 |
DNA-binding protein PfAP2-P regulates parasite pathogenesis during malaria parasite blood stages
2023-11, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01497-6
PMID:37884813
|
研究论文 | 本研究鉴定并表征了恶性疟原虫中一个关键的AP2转录因子PfAP2-P，揭示了其在疟原虫血液阶段发育、致病性和有性阶段转换中的调控作用 | 首次系统性地揭示了PfAP2-P作为上游转录调控因子，在疟原虫血液阶段发育周期中两个不同时间点的表达高峰及其对多种致病相关基因的调控机制 | 研究主要基于体外实验和测序数据，体内功能验证和具体调控通路的分子机制仍需进一步探索 | 探究疟原虫血液阶段发育中转录因子对致病性的调控机制 | 恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）及其AP2转录因子PfAP2-P | 分子生物学与寄生虫学 | 疟疾 | 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-12-04 |
A new Bayesian factor analysis method improves detection of genes and biological processes affected by perturbations in single-cell CRISPR screening
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02017-4
PMID:37770710
|
研究论文 | 本文提出了一种名为引导稀疏因子分析（GSFA）的新统计方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，以提高检测受遗传扰动影响的基因和生物过程的效率 | GSFA通过推断代表共调控基因或基因模块的潜在因子，并借用这些因子的信息来推断遗传扰动对单个基因的影响，从而在检测扰动效应方面比现有方法具有更高的统计功效 | NA | 开发一种统计方法以更有效地分析单细胞CRISPR筛选数据，检测受遗传扰动影响的基因和生物过程 | 单细胞CRISPR筛选数据，具体来自人类CD8 T细胞和神经祖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | 贝叶斯因子分析，引导稀疏因子分析（GSFA） | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-12-04 |
The cellular states and fates of shed intestinal cells
2023-11, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00905-9
PMID:37857731
|
研究论文 | 本研究通过批量及单细胞RNA测序分析雄性小鼠肠道粪便洗涤物，揭示了脱落肠上皮细胞在肠道腔内的存活状态及功能 | 首次证明脱落肠上皮细胞在肠道腔内保持活性，并上调独特的抗菌程序，同时识别了免疫细胞的脱落现象及其在结肠炎中的增加 | 技术限制先前阻碍了对脱落肠细胞状态和命运的研究，本研究可能受限于小鼠模型和粪便样本的复杂性 | 探究脱落肠细胞的细胞状态、命运及其在肠道腔内的潜在功能 | 雄性小鼠的肠道粪便洗涤物中的脱落肠上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性小鼠肠道粪便洗涤物样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-12-04 |
Learning single-cell perturbation responses using neural optimal transport
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01969-x
PMID:37770709
|
研究论文 | 本文提出CellOT框架，利用最优传输理论和输入凸神经网络架构，从非配对分布中学习单个细胞对扰动的响应 | 结合最优传输理论与输入凸神经网络，首次实现从非配对单细胞数据中学习异质性扰动响应 | 方法依赖于单细胞测量需破坏细胞的限制，仅能处理非配对分布数据 | 预测单细胞在化学、遗传或机械扰动下的分子响应 | 单个细胞 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, 多重蛋白质成像技术 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质成像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-12-04 |
Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury
2023-10-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2023.07.024
PMID:37533253
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了间充质干细胞在缺血性急性肾损伤治疗中的细胞和分子机制 | 首次使用无偏单细胞RNA测序解析MSC治疗AKI的详细修复机制，并发现MSC来源的miR-26a-5p通过抑制Zeb2表达来抑制促纤维化TECs和免疫细胞招募 | 研究基于IRI模型，可能无法完全反映所有类型AKI的机制；单细胞测序数据为观察性，需进一步功能验证 | 探究间充质干细胞治疗缺血性急性肾损伤的细胞和分子机制 | 缺血再灌注损伤（IRI）模型小鼠的肾脏组织细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | IRI模型小鼠（有/无MSC治疗）的肾脏单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |