本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-04-03 |
Single-cell transcriptomic dissection of the cellular and molecular events underlying the triclosan-induced liver fibrosis in mice
2023-02-22, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00441-3
PMID:36814339
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,系统解析了三氯生(TCS)暴露诱导小鼠肝纤维化的细胞和分子机制 | 首次提供了TCS暴露下小鼠肝脏的全面单细胞图谱,揭示了TCS如何调控多种特定细胞类型的活动和命运,以及细胞间配体-受体相互作用,从而促进肝纤维化 | 研究基于小鼠模型和短期TCS暴露,可能无法完全反映人类长期暴露的复杂情况;体外细胞模型的验证仍需进一步扩展 | 阐明TCS在起始阶段诱导肝毒性的潜在细胞和分子机制 | C57BL/6小鼠、正常肝细胞MIHA和肝星状细胞LX-2 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、免疫荧光、Masson三色染色、天狼星红染色、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据、蛋白质数据、代谢物数据 | TCS处理组和对照组小鼠肝脏,超过76,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2026-04-03 |
Targeting macrophagic 17β-HSD7 by fenretinide for the treatment of nonalcoholic fatty liver disease
2023-Jan, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2022.04.003
PMID:36815031
|
研究论文 | 本研究揭示了17β-HSD7通过调节巨噬细胞极化在非酒精性脂肪肝病(NAFLD)发病机制中的作用,并发现芬维A胺可通过抑制该靶点治疗NAFLD | 首次发现17β-HSD7通过增加游离胆固醇含量触发NLRP3炎症小体激活,从而促进巨噬细胞M1极化;首次将FDA批准药物芬维A胺重新用于靶向17β-HSD7治疗NAFLD | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证芬维A胺对NAFLD的疗效 | 探究巨噬细胞极化在NAFLD发病中的调控机制并寻找潜在治疗靶点 | 高脂饮食诱导的NAFLD小鼠模型、肝非实质细胞、巨噬细胞 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型、细胞共培养模型 | 单细胞转录组数据 | 野生型同窝小鼠与巨噬细胞特异性17-HSD7敲除小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-04-02 |
Senescent cancer cell vaccines induce cytotoxic T cell responses targeting primary tumors and disseminated tumor cells
2023-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005862
PMID:36792123
|
研究论文 | 本文研究了衰老癌细胞疫苗通过诱导细胞毒性T细胞反应来靶向原发性肿瘤和播散性肿瘤细胞 | 利用辐射和veliparib处理诱导癌细胞衰老,将其作为疫苗或激活树突状细胞,以增强抗肿瘤免疫反应,特别是针对播散性肿瘤细胞 | 将肿瘤细胞重新注射到患者体内可能不切实际,但研究通过体外激活的树突状细胞解决了这一问题 | 开发基于衰老癌细胞的治疗性疫苗,以改善基因毒性和免疫疗法,并限制肿瘤复发或转移 | 小鼠CT26结肠癌细胞和4T1乳腺癌细胞 | 免疫学 | 癌症 | scRNA-seq, 流式细胞术, T细胞增殖实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-04-01 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
|
研究论文 | 本文通过时间分辨的元分析,识别并验证了人类T细胞激活过程中的共识基因表达特征 | 首次描述了跨T细胞群体的时间分辨基因表达模式,并开发了用于稳健评估T细胞激活的共识生物标志物特征 | NA | 分析不同T细胞群体在激活过程中的时间模式,以开发T细胞激活的共识基因特征 | 人类T细胞 | 自然语言处理 | NA | 元分析,基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2026-04-01 |
Unsupervised removal of systematic background noise from droplet-based single-cell experiments using CellBender
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01943-7
PMID:37550580
|
研究论文 | 本文开发了一种基于深度生成模型的工具CellBender,用于无监督去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声 | 提出了一种基于液滴式检测噪声生成现象学的深度生成模型,能准确区分含细胞与无细胞液滴,学习背景噪声特征,并以端到端方式提供无噪声量化 | NA | 去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声,以提高数据质量 | 液滴式单细胞实验数据,包括scRNA-seq、snRNA-seq和CITE-seq | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、CITE-seq | 深度生成模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 66 | 2026-04-01 |
Lineage plasticity enables low-ER luminal tumors to evolve and gain basal-like traits
2023-03-01, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01621-8
PMID:36859337
|
研究论文 | 本研究揭示了低雌激素受体(ER)表达的管腔型乳腺肿瘤可通过谱系可塑性演化并获得基底样特征 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序证明低ER管腔肿瘤可通过谱系可塑性演化出基底样特征,并发现SOX10是这一过程的关键驱动因子 | 研究主要基于MMTV-PyMT小鼠模型,人类肿瘤中的验证尚需进一步研究 | 探究低ER管腔型乳腺肿瘤如何演化并获得基底样特征的分子机制 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型及乳腺肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | MMTV-PyMT小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-03-31 |
Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in pulmonary post-acute sequelae of SARS-CoV-2
2023-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.31.551349
PMID:37577518
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症(PPASC)中髓系细胞的免疫特征和代谢变化 | 首次在单细胞水平上详细描述了PPASC患者外周血单核细胞中髓系细胞的转录组特征,并发现了与纤维化、免疫抑制和代谢改变相关的基因表达模式 | 样本量相对较小,且主要关注外周血细胞,未直接分析肺部组织;研究为观察性,需进一步功能验证 | 探究SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症(PPASC)的免疫学机制 | SARS-CoV-2感染后出现慢性肺部症状的患者(PPASC)与未感染对照者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过34,139个外周血单核细胞,整合了公开数据集(GSM4509024) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序技术 |
| 68 | 2026-03-31 |
Proteomic Profiling of Fallopian Tube-Derived Extracellular Vesicles Using a Microfluidic Tissue-on-Chip System
2023-Mar-27, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering10040423
PMID:37106610
|
研究论文 | 本研究建立了一个微流控组织芯片系统,用于培养人输卵管上皮细胞并收集其分泌的小细胞外囊泡,首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白,并揭示了这些蛋白与输卵管组织转录组之间的相关性 | 首次利用微流控平台培养人输卵管上皮细胞进行sEV收集,并通过质谱蛋白质组学分析,首次报道了295种常见的hFTE sEV蛋白质,并关联了sEV蛋白谱与组织空间转录组数据 | 研究受限于生物材料的可用性和适当的培养方法,且样本规模可能较小 | 研究人输卵管上皮细胞来源的小细胞外囊泡的蛋白质组成及其功能,探索其在卵巢癌发生和生殖功能中的作用 | 人输卵管上皮细胞及其分泌的小细胞外囊泡 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱蛋白质组学分析,空间转录组学分析 | 微流控组织芯片系统 | 蛋白质组数据,转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | GeoMx Cancer Transcriptome Atlas | NA |
| 69 | 2026-03-29 |
Proteogenomic and V(D)J Analysis of Human Decidual T Cells Highlights Unique Transcriptional Programming and Clonal Distribution
2023-07-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200061
PMID:37195197
|
研究论文 | 本研究利用单细胞多组学技术分析了人类蜕膜T细胞的转录组、蛋白质组和T细胞受体库,揭示了其在母胎界面独特的转录编程和克隆分布 | 首次同时获取单细胞水平的转录组、有限蛋白质组和受体库数据,系统揭示了蜕膜T细胞独特的转录编程特征和克隆多样性降低现象 | 样本量相对有限,蛋白质检测为有限蛋白质组而非全面蛋白质组,功能验证实验不足 | 探究母胎界面免疫耐受机制中T细胞的角色和特性 | 人类蜕膜T细胞和匹配的外周血T细胞 | 单细胞组学 | 生殖免疫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、有限蛋白质数据、T细胞受体序列数据 | 人类蜕膜和外周血T细胞样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-03-29 |
Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281898
PMID:36827401
|
研究论文 | 本文描述了一种从SARS-CoV-2感染细胞中制备非传染性单细胞RNA测序样本的方法,使研究能在BSL2设施中安全进行 | 开发了一种使用甲醇-丙酮固定和灭活SARS-CoV-2的方法,使单细胞RNA测序分析能在较低生物安全级别的设施中进行,扩大了研究社区的可及性 | 方法仅在非洲绿猴肾上皮细胞和原代人肺上皮细胞上测试,可能不适用于所有细胞类型或病毒株,且未评估长期存储对样本质量的影响 | 开发一种安全制备非传染性单细胞RNA测序样本的方法,以促进SARS-CoV-2宿主反应的高通量研究 | SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞(Vero-E6)和原代人肺上皮细胞 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、组织培养感染剂量测定(TCID50)、流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量,但涉及两种细胞类型(Vero-E6细胞和原代人肺上皮细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2026-03-28 |
Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf9941
PMID:37824646
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和多重空间转录组学技术,揭示了人类丘脑发育过程中的分子动态和细胞命运轨迹 | 首次在人类丘脑发育中应用单细胞和空间转录组学,明确了丘脑神经元在妊娠中期的分化及其分子和空间核团组织 | 研究主要聚焦于妊娠中期,未涵盖丘脑发育的完整时间范围,且样本数量有限 | 阐明人类丘脑发育过程中的分子轨迹和细胞命运特化机制 | 人类丘脑发育过程中的神经元细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 72 | 2026-03-28 |
Protocol for using single-cell sequencing to study the heterogeneity of NF1 nerve sheath tumors from clinical biospecimens
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102297
PMID:37167059
|
研究论文 | 本文介绍了一种从神经纤维瘤病1型相关神经鞘肿瘤中获取单细胞悬液,并在10x平台上进行转录组分析的实验方案 | 提出了一种针对临床神经鞘肿瘤样本的单细胞测序实验方案,并整合了生物信息学工具进行发育轨迹构建和比较分析 | 该方案主要针对神经纤维瘤病1型相关肿瘤,可能不适用于其他类型肿瘤,且依赖于10x平台技术 | 研究神经纤维瘤病1型相关神经鞘肿瘤的异质性 | 神经纤维瘤病1型相关的神经鞘肿瘤临床样本 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x平台单细胞转录组分析 |
| 73 | 2026-03-28 |
Differentiation and single-cell RNA-seq analyses of human pluripotent-stem-cell-derived renal organoids
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102314
PMID:37220001
|
研究论文 | 本文介绍了一种将人类多能干细胞分化为肾脏类器官的协议,包括维护、分化、单细胞RNA-seq分析和验证步骤 | 提供了一种快速、可重复的人类肾脏发育和疾病建模模型,并详细描述了使用CRISPR-Cas9同源定向修复进行基因组工程以生成肾脏疾病模型 | NA | 开发人类肾脏发育和疾病建模的协议 | 人类多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA-seq,CRISPR-Cas9 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-03-28 |
Protocol to assess fatal embolism risks from human stem cells
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102268
PMID:37133989
|
研究论文 | 本文提出了一种协议,用于识别人类脂肪来源多能基质细胞(ADSCs)中促栓塞亚群并预测ADSC输注的致命栓塞风险 | 开发了一种结合单细胞RNA-seq数据分析和数学建模的协议,以预测干细胞治疗中的栓塞风险 | 协议细节依赖于先前研究(Yan et al., 2022),可能需进一步验证 | 评估干细胞治疗中的栓塞风险,以提升细胞质量和临床应用安全性 | 人类脂肪来源多能基质细胞(ADSCs) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 数学模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2026-03-28 |
Isolation of human cutaneous immune cells for single-cell RNA sequencing
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102239
PMID:37120815
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人类皮肤中分离高活性免疫细胞用于单细胞RNA测序的协议 | 提出了一种针对人类皮肤屏障特性的高活性免疫细胞分离方法,适用于单细胞RNA测序 | 协议依赖于酶解和流式细胞术,可能对细胞活性有特定要求,且未详细讨论所有潜在技术挑战 | 开发一种从人类皮肤中分离免疫细胞的方法,以支持单细胞RNA测序在炎症性疾病研究中的应用 | 人类皮肤活检样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2026-03-28 |
Protocol for analyzing γδ T cells from the vagina of diet-induced obese mice using single-cell RNA sequencing and flow cytometry
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102278
PMID:37289592
|
研究论文 | 本文介绍了一种在高脂饮食诱导的肥胖小鼠中,通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析阴道γδ T细胞的实验方案 | 开发了针对肥胖小鼠阴道γδ T细胞分析的综合实验方案,结合单细胞RNA测序和流式细胞术,以研究肥胖对生殖器疱疹易感性的影响 | NA | 研究肥胖如何影响生殖器疱疹(由HSV-2引起)的易感性,并分析阴道γδ T细胞在其中的作用 | 高脂饮食诱导的肥胖小鼠的阴道γδ T细胞 | 数字病理学 | 生殖器疱疹 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-03-28 |
Protocol for tumor dissociation and fluorescence-activated cell sorting of human head and neck cancers
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102294
PMID:37149858
|
protocol | 本文描述了一种用于新鲜人类头颈部肿瘤标本解离及荧光激活细胞分选获取活性单细胞的逐步操作方案 | 提供了一种标准化的头颈部肿瘤组织解离与单细胞分选流程,支持下游单细胞RNA测序和三维患者来源类器官生成等应用 | NA | 建立头颈部肿瘤单细胞研究的前处理实验方案 | 人类头颈部肿瘤组织 | digital pathology | head and neck cancer | fluorescence-activated cell sorting (FACS), single-cell RNA sequencing, organoid culture | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-03-28 |
Isolating peripheral blood mononuclear cells from HIV-infected patients for single-cell RNA sequencing and integration analysis
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102222
PMID:37060557
|
研究论文 | 本文介绍了一种从HIV感染患者中分离外周血单个核细胞并进行单细胞RNA测序及整合分析的实验方案 | 结合10x Genomics单细胞测序技术和Illumina NovaSeq平台,对HIV感染患者的PBMCs进行单细胞转录组分析,并整合B细胞亚群功能和BCR受体库轨迹分析 | 未提及样本量大小或具体患者特征,可能限制结果的普适性 | 研究HIV感染对免疫细胞转录组的影响 | HIV感染患者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics protocol, Illumina NovaSeq 6000 | 10x Genomics单细胞测序方案结合Illumina NovaSeq 6000测序平台 |
| 79 | 2026-03-25 |
Graph embedding and Gaussian mixture variational autoencoder network for end-to-end analysis of single-cell RNA sequencing data
2023-01-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100382
PMID:36814845
|
研究论文 | 提出了一种名为autoCell的深度学习框架,用于单细胞RNA测序数据的端到端分析,包括插补、特征提取和疾病相关网络识别 | 结合图嵌入和概率深度高斯混合模型的变分自编码网络,用于处理高维稀疏scRNA-seq数据,并应用于细胞发育轨迹分析和疾病相关细胞鉴定 | 未明确说明模型在大型数据集上的计算效率或与其他先进方法的全面比较 | 开发一种深度学习方法来改善单细胞RNA测序数据的分析,包括插补和特征提取 | 单细胞RNA测序数据,包括模拟数据集和生物学相关数据集,如人类胚胎和阿尔茨海默病样本 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器,高斯混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-03-21 |
Identification of human exTreg cells as CD16+CD56+ cytotoxic CD4+ T cells
2023-10, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01589-9
PMID:37563308
|
研究论文 | 本研究通过整合小鼠模型和人类单细胞测序数据,鉴定并验证了人类exTreg细胞是具有细胞毒性的CD4+ T细胞亚群 | 首次将小鼠模型中的exTreg细胞转录组特征映射到人类单细胞数据,鉴定出CD16+CD56+的细胞毒性CD4+ T细胞作为人类exTreg细胞,并证实其克隆扩增和细胞毒功能 | 研究主要基于转录组和表面标志物分析,对exTreg细胞在动脉粥样硬化中的具体功能机制和临床意义需要进一步验证 | 鉴定人类动脉粥样硬化中由调节性T细胞转化而来的exTreg细胞的分子特征和功能特性 | 小鼠和人类的调节性T细胞(Treg)及其转化形成的exTreg细胞 | 免疫学 | 动脉粥样硬化 | RNA-seq, scRNA-seq, CITE-seq, 流式细胞术, T细胞受体测序, 细胞杀伤实验, CD107a脱颗粒实验 | NA | 转录组数据, 单细胞数据, 流式数据, 序列数据 | 来自FoxP3ROSA26-Apoe小鼠模型的Treg和exTreg细胞,以及人类外周血样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | NA |