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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-18 |
Single-cell RNAseq analysis of spinal locomotor circuitry in larval zebrafish
2023-11-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89338
PMID:37975797
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析斑马鱼幼体脊髓运动神经元的分子特征及其在游泳行为中的功能差异 | 首次在斑马鱼脊髓运动神经元中发现特定电压依赖性离子通道和突触蛋白组合形成的功能'盒',并揭示其与高速游泳行为的关系 | 研究主要聚焦于斑马鱼模型,结果向其他物种的普适性需要进一步验证 | 探究脊髓运动神经元在游泳行为中的功能差异的分子基础 | 斑马鱼幼体脊髓神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼幼体脊髓神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-11-18 |
A single-cell atlas depicting the cellular and molecular features in human anterior cruciate ligamental degeneration: A single cell combined spatial transcriptomics study
2023-11-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85700
PMID:37970848
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了人类前交叉韧带退变的细胞图谱 | 首次在单细胞和空间水平揭示了韧带退变过程中新的成纤维细胞亚群及其动态轨迹 | 样本量相对有限,需要进一步验证关键发现 | 系统识别人类韧带细胞类型,研究韧带退变过程中的细胞身份、功能和相互作用 | 人类前交叉韧带健康与退变组织 | 空间转录组学 | 韧带退行性疾病 | 单细胞RNA测序,空间RNA测序,免疫组织化学染色,免疫荧光染色 | 计算分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 约49,356个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 63 | 2025-11-18 |
Ruxolitinib improves hematopoietic regeneration by restoring mesenchymal stromal cell function in acute graft-versus-host disease
2023-08-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI162201
PMID:37338986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现芦可替尼可通过JAK2/STAT1通路直接修复骨髓间充质基质细胞功能,从而改善急性移植物抗宿主病相关的造血功能障碍 | 首次揭示急性移植物抗宿主病中骨髓微环境损伤的具体机制,并发现芦可替尼对骨髓间充质基质细胞的直接保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,虽在患者样本中得到验证但样本量有限 | 探究急性移植物抗宿主病中骨髓微环境损伤机制及芦可替尼的治疗作用 | 小鼠模型和患者样本中的骨髓非造血细胞,特别是骨髓间充质基质细胞 | 单细胞测序分析 | 急性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 单倍体MHC匹配移植急性移植物抗宿主病小鼠模型及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-11-18 |
Combined lineage tracing and scRNA-seq reveals unexpected first heart field predominance of human iPSC differentiation
2023-06-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80075
PMID:37284748
|
研究论文 | 开发结合谱系追踪和单细胞RNA测序的系统,揭示人iPSC分化过程中第一心区祖细胞占主导地位 | 首次建立TBX5/MYL2谱系追踪报告系统,结合单细胞RNA测序全面分析hiPSC心脏分化过程 | 研究基于体外iPSC分化模型,不能完全模拟体内胚胎发育环境 | 研究人诱导多能干细胞向心脏细胞分化的发育轨迹和细胞谱系 | 人诱导多能干细胞(hiPSCs)及其分化产生的心脏祖细胞和心肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个独立iPSC细胞系,12个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于寡核苷酸样本多重分析的scRNA-seq技术 |
| 65 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Lrg1在脑缺血再灌注损伤中通过调节多种细胞功能状态的作用机制 | 首次在单细胞水平上系统阐明Lrg1通过调控多种细胞类型功能状态参与脑缺血再灌注损伤的机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究Lrg1在脑缺血再灌注损伤中的具体作用机制 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 单细胞组学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 微血管白蛋白渗漏检测 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 组织染色图像 | 野生型和Lrg1敲除小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-11-16 |
Single-cell transcriptomics reveals the brain evolution of web-building spiders
2023-12, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02238-y
PMID:37919396
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示结网蜘蛛大脑进化机制 | 首次构建结网蜘蛛大脑单细胞图谱,发现蘑菇体样神经元中正选择基因与学习记忆行为的关联 | 仅分析一种结网蜘蛛物种,未涵盖所有蜘蛛多样性 | 探究蜘蛛神经系统如何进化以适应结网捕食策略 | 结网蜘蛛(Hylyphantes graminicola)和两种原始穴居蜘蛛 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,基因组测序,基因富集分析,RNA干扰实验 | NA | 单细胞转录组数据,基因组数据 | 超过30,000个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq,全基因组测序 | NA | NA |
| 67 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas identified a novel fibroblast subpopulation activated to guide oral barrier immunity in periodontitis
2023-11-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88183
PMID:38015204
|
研究论文 | 通过小鼠牙龈单细胞转录组图谱发现新型成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群及其与中性粒细胞、ILC3细胞形成的免疫轴机制 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明牙周炎中口腔屏障免疫异常启动机制 | 小鼠牙周炎模型的牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型牙龈组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-11-16 |
Single-cell RNA sequencing unravels the transcriptional network underlying zebrafish retina regeneration
2023-11-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86507
PMID:37988404
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中穆勒胶质细胞的转录网络和命运决定机制 | 发现了损伤诱导的穆勒胶质细胞分化轨迹,识别出具有穆勒胶质细胞和祖细胞混合身份特征的细胞群体 | 研究仅限于斑马鱼模型,未直接验证在人类视网膜疾病中的适用性 | 研究穆勒胶质细胞反应性与祖细胞产生和神经元分化的分子机制 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞、祖细胞和再生后代细胞 | 单细胞基因组学 | 视网膜营养不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未损伤和光损伤视网膜样本中的穆勒胶质细胞、祖细胞及再生后代 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2025-11-16 |
Mouse gingival single-cell transcriptomic atlas: An activated fibroblast subpopulation guides oral barrier immunity in periodontitis
2023-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.13.536751
PMID:37546811
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建小鼠牙龈细胞图谱,发现一种激活的成纤维细胞亚群在牙周炎中引导口腔屏障免疫反应 | 首次识别出AG成纤维细胞亚群,并揭示其通过AG成纤维细胞-中性粒细胞-ILC3轴启动牙龈炎症的新机制 | 研究基于小鼠模型,人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明牙周炎中异常口腔屏障免疫的启动机制 | 小鼠牙龈组织细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙周炎模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-11-15 |
Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice
2023-12-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86269
PMID:38127424
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示凋亡识别受体在小鼠皮肤组织修复中的调控机制 | 首次在皮肤伤口炎症期间系统描绘细胞动态图谱,发现Axl和Timd4两种胞葬受体在组织修复中的不同作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类糖尿病足伤口数据有限,TLR3非依赖性机制尚未完全阐明 | 探究凋亡细胞识别与清除机制如何调控组织修复过程 | 小鼠皮肤伤口模型和人类糖尿病足伤口样本 | 单细胞生物学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-11-15 |
Single-cell characterization of human GBM reveals regional differences in tumor-infiltrating leukocyte activation
2023-12-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92678
PMID:38127790
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了人类胶质母细胞瘤中肿瘤浸润白细胞的区域差异 | 首次在配对样本中揭示了GBM肿瘤中心、外周浸润区和血液中免疫细胞的区域特异性转录特征 | 样本量较小(仅5例患者),需要更大规模验证 | 解析胶质母细胞瘤肿瘤微环境中免疫细胞的区域异质性 | 人类胶质母细胞瘤患者 | 单细胞组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例原发性GBM患者的配对样本(肿瘤中心、外周浸润区、血液) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2025-11-15 |
Single-cell sequencing highlights heterogeneity and malignant progression in actinic keratosis and cutaneous squamous cell carcinoma
2023-12-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85270
PMID:38099574
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌的异质性及恶性进展机制 | 首次通过单细胞RNA测序全面描绘从正常皮肤到光化性角化病再到侵袭性皮肤鳞癌的完整进展过程,发现基底细胞恶性亚型并鉴定关键驱动基因 | 样本量较小(仅6名患者的13个样本),需要更大规模研究验证发现 | 解析皮肤鳞状细胞癌的发病机制和恶性进展过程 | 光化性角化病、原位鳞状细胞癌、皮肤鳞状细胞癌患者组织样本 | 单细胞测序 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 组织图像 | 6名患者的13个样本,共138,982个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-11-15 |
Neural tube-associated boundary caps are a major source of mural cells in the skin
2023-12-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.69413
PMID:38095361
|
研究论文 | 本研究揭示神经管相关边界帽细胞是小鼠皮肤血管壁细胞的主要来源 | 首次发现边界帽细胞衍生物沿神经迁移至皮肤并分化为血管周细胞和血管平滑肌细胞 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探索边界帽细胞在皮肤血管发育中的新功能 | 小鼠胚胎和新生小鼠的边界帽细胞及其衍生物 | 发育生物学 | NA | Cre报告基因细胞追踪,单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据,细胞追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-11-15 |
Avoiding false discoveries in single-cell RNA-seq by revisiting the first Alzheimer's disease dataset
2023-12-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.90214
PMID:38047913
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研究论文 | 重新分析首个阿尔茨海默病单细胞RNA-seq数据集,通过改进数据处理和差异表达分析方法显著减少假阳性发现 | 采用最佳实践方法重新分析首个AD单核RNA-seq数据,将假发现率0.05下的差异表达基因减少549倍 | 仅针对单个数据集进行重新分析,未涉及其他独立验证数据集 | 评估质量控制和分析方法对疾病相关基因发现的影响,纠正先前研究中的假阳性发现 | 阿尔茨海默病患者脑组织单细胞RNA-seq数据 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-11-15 |
Epicardioid single-cell genomics uncovers principles of human epicardium biology in heart development and disease
2023-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01718-7
PMID:37012447
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研究论文 | 本研究通过人类多能干细胞衍生的心外膜类器官揭示人类心外膜在心脏发育和疾病中的生物学原理 | 开发了自组织人类多能干细胞衍生的心外膜类器官模型,首次实现了左心室壁典型的心外膜和心肌形态、分子和功能模式 | 类器官模型可能无法完全模拟体内真实心脏环境的复杂性 | 探索人类心外膜在心脏发育和疾病中的生物学功能和作用机制 | 人类多能干细胞衍生的心外膜类器官 | 单细胞基因组学 | 心脏疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组测序, 染色质可及性分析 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-11-15 |
SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from single-cell genomics data
2023-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01716-9
PMID:36973557
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研究论文 | 提出SEACells算法,可从单细胞基因组学数据中推断转录和表观基因组细胞状态 | 克服单细胞数据稀疏性,同时保留传统细胞聚类所掩盖的异质性 | NA | 从单细胞测序数据中识别代表高度细粒度细胞状态的元细胞 | 单细胞RNA和ATAC测序数据 | 单细胞基因组学 | COVID-19, 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | SEACells算法 | 单细胞基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-11-15 |
Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development
2023-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01747-2
PMID:37156914
|
研究论文 | 本研究通过多模态时空表型分析探索人类视网膜类器官发育过程 | 开发了可视化工具包整合多组学数据,构建了首个整合空间分割细胞核的多模态视网膜类器官发育图谱 | NA | 研究人类视网膜类器官发育过程中的空间尺度和分子模态特征 | 人类多能干细胞生成的视网膜类器官和原代成人视网膜组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序,染色质可及性测序,多重蛋白成像 | 基因调控网络 | 空间蛋白质组数据,单细胞转录组数据,表观基因组数据 | 视网膜类器官时间序列样本和原代成人视网膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 78 | 2025-11-15 |
Genomic and immune signatures predict clinical outcome in newly diagnosed multiple myeloma treated with immunotherapy regimens
2023-12, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00657-1
PMID:37945755
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研究论文 | 本研究通过整合肿瘤全基因组和微环境单细胞RNA测序数据,揭示了基因组驱动因素和免疫特征对新诊断多发性骨髓瘤患者免疫治疗临床结局的预测价值 | 首次在包含达雷妥尤单抗的免疫治疗方案中,系统整合肿瘤基因组与微环境单细胞测序数据,发现APOBEC突变活性、特定基因缺失和免疫细胞动态变化对治疗反应的预测作用 | 研究基于二期临床试验数据,样本量有限,需要更大规模验证 | 探索影响新诊断多发性骨髓瘤患者接受含达雷妥尤单抗免疫治疗方案临床结局的预测因素 | 新诊断的多发性骨髓瘤患者 | 基因组学 | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 二期临床试验患者队列 | NA | 全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-11-15 |
Microglia promote anti-tumour immunity and suppress breast cancer brain metastasis
2023-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01273-y
PMID:37957324
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因工程小鼠模型揭示了小胶质细胞在乳腺癌脑转移中发挥促炎和抑瘤作用 | 首次明确区分小胶质细胞与其他肿瘤相关巨噬细胞,并发现其在脑转移中独特的免疫促进作用 | 小胶质细胞与其他巨噬细胞的区分在技术上具有挑战性 | 探究小胶质细胞在乳腺癌脑转移中的免疫调节作用 | 小鼠模型和人类小胶质细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌脑转移 | 单细胞RNA测序,基因工程小鼠模型 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2025-11-15 |
Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01685-z
PMID:36879006
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研究论文 | 开发了一种无需微流控设备的单细胞基因组学方法——PIP-seq,通过模板乳化技术实现单细胞封装和条形码标记 | 首次提出基于粒子模板乳化的单细胞测序方法,无需专用微流控设备、专业技术或硬件,仅需涡旋混合器即可完成 | NA | 开发更简单、灵活和可扩展的单细胞测序工作流程 | 小鼠-人类混合细胞、人类乳腺组织细胞、混合表型急性白血病细胞 | 单细胞基因组学 | 乳腺癌、急性白血病 | 单细胞RNA测序、多组学测量 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 数千个样品或数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞多组学 | PIP-seq | 粒子模板即时分区测序,支持微孔板和大体积锥形管等多种乳化格式 |