单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-22	Complement C1q essential for aeroallergen sensitization via CSF1R+ conventional dendritic cells type 2 2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.07.016 PMID:37562753	研究论文	本研究揭示了补体C1q通过CSF1R+常规2型树突状细胞在气源性过敏原致敏中的关键作用	首次发现C1q在CSF1R+cDC2s中的选择性富集及其通过C1q-LRP1轴介导过敏反应的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩大	阐明CSF1R+cDC2s识别吸入过敏原的分子机制	小鼠肺树突状细胞和人类支气管肺泡灌洗样本	免疫学	过敏性肺部炎症	单细胞RNA测序、基因敲除模型、过敏原激发试验	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质检测数据	小鼠模型和人类BAL样本（具体数量未明确说明）
62	2025-07-22	Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM 2023-Sep-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05476-w PMID:37726653	research paper	提出了一种名为DeTREM的新方法，用于改进基于单核RNA测序数据的脑组织细胞类型去卷积分析	DeTREM通过补偿细胞类型特征与批量RNA测序数据集之间的测序差异，提高了预测细胞类型比例的准确性	主要针对脑组织数据，其他组织类型的适用性未经验证	改进脑组织细胞类型定量分析的准确性	人类脑组织RNA测序数据	生物信息学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量RNA测序	DeTREM, MuSiC, SCDC, CIBERSORTx	RNA测序数据	模拟和真实人类脑组织数据集
63	2025-07-22	CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity 2023-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01571-5 PMID:37500885	研究论文	本研究通过融合CTLA-4细胞质尾部（CCT）到CAR-T细胞的CAR末端，显著增强了CAR-T细胞的抗肿瘤效果	利用CTLA-4细胞质尾部的内吞特性重新编程CAR功能，显著提高CAR-T细胞在体内的疗效	研究主要针对白血病模型，未在其他类型癌症中验证	提高CAR-T细胞的抗肿瘤免疫效果	CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	单细胞RNA测序、流式细胞术	CAR-T细胞模型	基因表达数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量
64	2025-07-22	Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet 2023-08-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-39890-0 PMID:37558676	研究论文	探讨高脂饮食（HFD）如何通过上调疾病相关星形胶质细胞（DAA）和小胶质细胞标记物，增加阿尔茨海默病（AD）和2型糖尿病的风险	首次发现C4b作为星形胶质细胞特异性标记物，在高脂饮食和AD中均上调，并揭示了DAA与GABA能神经元之间的潜在相互作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类AD数据，可能不完全反映人类疾病的全貌	探索高脂饮食、糖尿病和阿尔茨海默病之间的分子联系	高脂饮食喂养的小鼠和人类AD患者的大脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及高脂饮食小鼠和人类AD患者的大脑样本
65	2025-07-22	An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells 2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.06.552169 PMID:37609218	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序图谱全面注释了果蝇视觉系统中胶质细胞，并研究了它们从幼虫到成虫阶段的发育轨迹	发现了胶质细胞体与断裂过程的转录组差异，并鉴定了特定mRNA在细胞体或细胞过程中的定位	研究仅针对果蝇视觉系统，可能不适用于其他生物或神经系统	理解胶质细胞的发育和功能	果蝇视觉系统中的胶质细胞	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	mRNA测序数据	发育中的果蝇视觉系统胶质细胞（幼虫到成虫阶段）
66	2025-07-22	CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES 2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002137 PMID:37179249	研究论文	本研究基于焦亡相关基因构建了脓毒症诊断模型，并鉴定了与预后相关的巨噬细胞亚群	首次基于焦亡相关基因构建脓毒症诊断风险评分模型，并发现与预后相关的巨噬细胞亚群	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立队列验证	探索焦亡在脓毒症中的潜在预后和诊断价值	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	bulk RNA测序, scRNA-seq	逻辑回归分析, LASSO回归分析	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的测序数据
67	2025-07-22	Single-Cell Transcriptome Analysis Identifies Subclusters with Inflammatory Fibroblast Responses in Localized Scleroderma 2023-Jun-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24129796 PMID:37372943	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了局限性硬皮病中具有炎症性成纤维细胞反应的亚群	首次在局限性硬皮病中利用单细胞RNA测序技术识别了12个成纤维细胞亚群，并发现了一个独特的CXCL2/IRF1炎症性成纤维细胞亚群	样本量相对较小（14例患者和14例对照），且主要关注皮肤组织	探究局限性硬皮病的成纤维细胞亚群及其基因表达特征	局限性硬皮病患者的皮肤组织	数字病理学	局限性硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	14例局限性硬皮病患者（包括儿童和成人）和14例健康对照
68	2025-07-22	CX3CR1+ Macrophage Facilitates the Resolution of Allergic Lung Inflammation via Interacting CCL26 2023-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202209-1670OC PMID:36790376	research paper	本研究探讨了CX3CR1+巨噬细胞通过与CCL26相互作用促进过敏性肺部炎症消退的机制	揭示了CCL26-CXCR通路在嗜酸性过敏性肺部炎症消退中的关键作用，并发现CXCR巨噬细胞通过分泌C1q促进嗜酸性粒细胞清除	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普适性需要进一步验证	探究组织驻留巨噬细胞在嗜酸性肺部炎症消退过程中的细胞机制	人类和小鼠的肺泡巨噬细胞(AM)亚群	免疫学	过敏性肺部疾病	质谱流式细胞技术、单细胞RNA测序、生物物理和免疫学分析	条件性CCL26敲除转基因小鼠模型	单细胞RNA测序数据、质谱流式数据	人类支气管肺泡灌洗液样本和小鼠模型
69	2025-07-22	Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours 2023-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06130-4 PMID:37258682	研究论文	该研究通过整合77项不同研究的数据，分析了1,163个肿瘤样本中的转录组瘤内异质性（ITH），识别出41个共识元程序，并映射到11个转录ITH的标志中	整合了大量单细胞RNA测序数据，首次系统性地描述了跨多种肿瘤类型的转录组瘤内异质性，并识别出共识元程序和转录ITH的标志	研究依赖于已有数据集，可能受到原始数据质量和样本选择的限制	系统性地描述和分析跨多种肿瘤类型的转录组瘤内异质性	1,163个肿瘤样本，涵盖24种肿瘤类型	癌症基因组学	多种癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	1,163个肿瘤样本
70	2025-07-22	A single-cell gene expression atlas of human follicular aspirates: Identification of leukocyte subpopulations and their paracrine factors 2023-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201746RR PMID:36934419	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析人类卵泡抽吸物中的基因表达图谱，识别白细胞亚群及其旁分泌因子	首次在人类排卵卵泡中识别出13种细胞群，包括10种白细胞亚群，并揭示了这些白细胞亚群通过分泌因子影响颗粒细胞功能的新机制	样本量较小（仅4名IVF患者），且仅针对特定人群（IVF患者）进行研究	探究人类排卵卵泡中白细胞亚群的组成及其与卵泡细胞的相互作用机制	人类卵泡抽吸物中的细胞群	单细胞转录组学	生殖系统疾病	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	4名IVF患者的卵泡抽吸物
71	2025-07-22	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与转录调控元件和目标联系起来	开发了一种简化的抗体偶联方法，创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究细胞内蛋白质动态变化及其与转录调控的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq, 抗体偶联	NA	单细胞蛋白质组、表观基因组和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和脑类器官
72	2025-07-22	CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.09.527751 PMID:36798324	research paper	介绍了一种名为CPA-Perturb-seq的多重扰动筛选数据集，用于研究42种已知的CPA调控因子如何影响多聚腺苷酸化位点的选择	开发了CPA-Perturb-seq数据集和APARENT-Perturb多任务深度神经网络，用于预测扰动响应性并揭示不同调控复合物之间的相互作用	NA	理解蛋白质如何调控多聚腺苷酸化位点的选择	42种已知的CPA调控因子	生物信息学	NA	3' scRNA-seq	multi-task deep neural network (APARENT-Perturb)	scRNA-seq数据	NA
73	2025-07-22	Losartan controls immune checkpoint blocker-induced edema and improves survival in glioblastoma mouse models 2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2219199120 PMID:36724255	研究论文	研究发现免疫检查点抑制剂(ICBs)在胶质母细胞瘤患者和小鼠模型中引发脑水肿，并证明血管紧张素受体阻滞剂洛沙坦能预防这种水肿并改善治疗效果	首次揭示ICBs引发脑水肿的机制，并发现洛沙坦能预防水肿并重编程肿瘤微环境，提高生存率	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探索ICBs在胶质母细胞瘤治疗中的副作用机制及解决方案	胶质母细胞瘤小鼠模型及部分患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、活体成像、CD8 T细胞阻断研究	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本量，涉及小鼠模型和部分患者数据
74	2025-07-22	Neonatal hyperoxia induces activated pulmonary cellular states and sex-dependent transcriptomic changes in a model of experimental bronchopulmonary dysplasia 2023-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00252.2022 PMID:36537711	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探究了高氧环境对新生小鼠肺部发育的影响及其性别依赖性分子和细胞编程	发现了高氧诱导的肺泡上皮细胞新型亚群及性别依赖的转录组变化，揭示了高氧对肺部细胞状态的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过体外实验验证	探究高氧环境对新生儿支气管肺发育不良(BPD)的分子机制影响	新生小鼠肺部细胞和人类新生儿肺细胞	单细胞转录组学	支气管肺发育不良	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量(小鼠和人类细胞)
75	2025-07-21	Single-Molecule Spatial Transcriptomics of Human Thoracic Aortic Aneurysms Uncovers Calcification-Related CARTPT-Expressing Smooth Muscle Cells 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319329 PMID:37823268	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞转录组成像技术，揭示了人类胸主动脉瘤(TAA)组织中罕见的平滑肌细胞(SMC)类型	首次在人类TAA样本中发现了一种空间分布独特的CARTPT表达SMC亚型，并揭示了其在男性TAA样本中的富集现象	研究样本量有限，且仅针对胸主动脉瘤这一特定疾病	探索人类胸主动脉瘤组织中平滑肌细胞的异质性及其与钙化的关系	人类胸主动脉瘤组织样本及性别匹配的对照样本	数字病理	心血管疾病	单分子空间转录组测序、免疫测定、组织染色	NA	单细胞转录组数据、图像数据	多个人类TAA样本及对照样本，每个样本捕获数千个细胞
76	2025-07-21	Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad 2023-11-15, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioad096 PMID:37561446	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞测序分析，定义了斑马鱼双潜能性腺中不同关键细胞类型的出现	首次描述了斑马鱼双潜能性腺中血管和淋巴管发育的并发过程，并发现性腺中的淋巴管内皮细胞可能来源于血管内皮细胞	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性尚需验证	阐明斑马鱼早期双潜能性腺发育过程中关键细胞类型的出现及其相互作用	斑马鱼幼虫的双潜能性腺	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞测序分析	NA	基因表达数据、细胞成像数据	斑马鱼幼虫性腺样本（具体数量未明确说明）
77	2025-07-21	Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2023-10-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03073-x PMID:37875977	研究论文	本文对九种现有的单细胞多组学数据整合方法进行了基准测试，评估了多组学数据在分析单模态数据中的指导作用以及这些方法从单模态数据中发现峰-基因关联的能力	首次系统地评估了多组学数据在单模态数据整合中的作用，并强调了多组学数据中足够数量的细胞核对于准确细胞类型注释的重要性	研究结果依赖于特定数据集，且未考虑所有可能的单细胞多组学整合方法	评估单细胞RNA测序和ATAC测序数据的联合整合算法，以提高细胞类型和状态注释的准确性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单核ATAC测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种数据集
78	2025-07-21	The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296700 PMID:37873287	研究论文	本研究探讨了改进的样本处理工作流程对基于深度学习的空间转录组学评估的影响	提出了一种改进的样本处理工作流程，结合Visium CytAssist检测的灵活性，实现了自动H&E染色、高分辨率全玻片成像以及多患者组织切片的多重分析	研究仅基于13例pT3期结直肠癌患者的小样本队列，且深度学习方法在空间转录组学中的应用仍面临高昂成本	提升空间转录组学工作流程的可靠性、分辨率和可扩展性，以更好地理解肿瘤生物学和改善临床结果	结直肠癌患者的组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学、Visium CytAssist检测	Inceptionv3	图像、基因表达数据	13例pT3期结直肠癌患者
79	2025-07-21	Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296701 PMID:37873186	研究论文	本研究探讨了通过整合单细胞组织学和转录组数据，从结肠癌患者的全切片图像中推断空间mRNA表达模式的可行性	开发了一种细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，提高了空间分子分析的分辨率	初步结果需要严格的验证，包括与病理学家合作精确识别不同细胞类型，并使用更复杂的检测方法如Xenium以获得更深层次的亚细胞见解	研究结肠癌肿瘤异质性	pT3期结直肠癌患者的全切片图像	数字病理学	结肠癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	细胞图神经网络	图像，转录组数据	NA
80	2025-07-21	Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry 2023-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39895-3 PMID:37422469	研究论文	提出了一种名为CeLEry的监督深度学习算法，利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中细胞的空间位置	CeLEry算法通过变分自编码器进行数据增强，提高了方法的鲁棒性，能够克服scRNA-seq数据中的噪声，并能够推断细胞在多个层次上的空间起源	NA	解决单细胞RNA测序中细胞物理关系缺失的问题，恢复细胞的空间位置信息	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	监督深度学习算法, 变分自编码器	基因表达数据, 空间位置数据	多个数据集，包括脑组织和癌症组织