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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2025-10-07 |
Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell-cell interactions in metastatic niches
2023-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43855-2
PMID:38052804
|
研究论文 | 开发了一种名为sGRAPHIC的分泌型GFP重组标记系统,用于研究转移灶中癌细胞与邻近组织驻留细胞的相互作用 | 改进了基于分裂GFP的基因编码系统,开发出能高效标记深部组织中与癌细胞相邻的组织驻留细胞的sGRAPHIC技术 | 研究基于小鼠肝脏转移模型,在人类临床应用的转化价值仍需进一步验证 | 阐明转移灶中细胞间相互作用的机制 | 转移灶中的癌细胞和邻近组织驻留细胞(特别是肝细胞) | 单细胞生物学 | 癌症转移 | 单细胞RNA测序,基因编码荧光标记系统 | NA | 单细胞转录组数据,荧光成像数据 | 小鼠肝脏转移模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 762 | 2025-10-07 |
Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates
2023-12-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43420-x
PMID:38042809
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研究论文 | 通过单细胞测序研究猕猴接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后先天免疫与适应性免疫细胞的相互作用动态 | 首次整合分析mRNA-1273疫苗接种后先天免疫细胞与抗原特异性B/T细胞的单细胞转录组和适应性免疫受体 | 研究仅使用非人灵长类动物模型,样本量较小 | 揭示SARS-CoV-2疫苗接种后先天免疫与适应性免疫系统的双向信号传导机制 | 恒河猴的先天免疫细胞和抗原特异性外周B细胞、T细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据、适应性免疫受体数据 | 猕猴免疫细胞样本(包含疫苗接种前和两剂疫苗接种后时间点) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 763 | 2025-10-07 |
Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations
2023-12-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43758-2
PMID:38042900
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研究论文 | 本研究分析了2月龄婴儿在初次免疫接种后的血清学反应和转录组变化 | 首次在婴儿疫苗接种研究中结合全血转录组和单细胞RNA测序,揭示了免疫反应的异质性和可逆的转录变化 | 样本量相对有限,仅观察了短期免疫反应 | 探究婴儿对常规疫苗的免疫反应特征 | 2月龄婴儿 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序, 全血转录组分析 | NA | 转录组数据, 血清学数据 | 两个队列的2月龄婴儿 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 764 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve
2023-12-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43600-9
PMID:38040768
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研究论文 | 提出Redeconve算法,实现空间转录组数据在单细胞分辨率下的解卷积分析 | 首次实现空间转录组数据在单细胞分辨率而非仅细胞类型分辨率下的解卷积 | NA | 开发高分辨率空间转录组数据解卷积方法 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Redeconve算法 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 765 | 2025-10-07 |
Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179
2023-Jun-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1
PMID:37333134
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研究论文 | 本研究探讨了OLIG2抑制剂CT-179在预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发中的作用 | 首次证明OLIG2抑制剂CT-179可通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化过程,靶向治疗耐药性肿瘤干细胞群 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发预防髓母细胞瘤复发的新治疗策略 | Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤 | 癌症研究 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 患者来源类器官、患者来源异种移植肿瘤和基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 766 | 2025-10-07 |
Pancancer analysis reveals the role of disulfidptosis in predicting prognosis, immune infiltration and immunotherapy response in tumors
2023-Dec-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036830
PMID:38206694
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示双硫死亡在肿瘤预后预测、免疫浸润和免疫治疗反应中的作用 | 首次系统性地在33种肿瘤中分析双硫死亡相关基因的表达特征及其与肿瘤免疫微环境、治疗反应的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探索双硫死亡在肿瘤中的生物学作用及其临床意义 | 33种肿瘤的多组学数据 | 生物信息学 | 多种癌症 | 多组学数据分析,单样本基因集富集分析,单细胞测序 | 生物信息学分析算法 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | 33种肿瘤的多组学数据集 | UCSC, STRING, TIMER, TISCH, TCIA | 多组学数据分析,单细胞测序 | UCSC Xena数据库,STRING数据库,TIMER数据库,TISCH数据库,TCIA数据库 | 生物信息学分析平台和数据库 |
| 767 | 2025-10-07 |
Machine learning-based metabolism-related genes signature, single-cell RNA sequencing, and experimental validation in hypersensitivity pneumonitis
2023-Oct-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034940
PMID:37800807
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法识别了过敏性肺炎的代谢相关基因诊断标志物,并验证了其与M2巨噬细胞的关联 | 首次结合机器学习、单细胞RNA测序和实验验证,系统分析了过敏性肺炎中代谢相关基因的诊断价值及其与M2巨噬细胞的关联 | 样本来源仅限于公共数据库和部分实验验证,需要更大样本量进一步验证 | 识别过敏性肺炎的代谢相关基因诊断标志物并研究其与免疫细胞的关系 | 过敏性肺炎患者和健康对照的基因表达数据及外周血样本 | 生物信息学 | 过敏性肺炎 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 流式细胞术, 生物信息学分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自Gene Expression Omnibus数据库的样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 768 | 2025-10-07 |
Bulk RNA-seq and scRNA-seq reveal SLC7A11, a key regulatory molecule of ferroptosis, is a prognostic-related biomarker and highly related to the immune system in lung adenocarcinoma
2023-Sep-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034876
PMID:37713821
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研究论文 | 本研究通过整合分析bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,揭示SLC7A11作为铁死亡关键调控分子在肺腺癌中的预后价值和免疫系统相关性 | 首次系统性地结合bulk和单细胞转录组数据,证实SLC7A11在肺腺癌中的预后价值及其与免疫状态的密切关联 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探讨SLC7A11在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗疗效预测作用 | 肺腺癌组织和正常肺组织 | 生物信息学 | 肺腺癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | Cox回归分析, 基因集富集分析 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 769 | 2025-10-07 |
Relationship between chronic obstructive pulmonary disease and adiponectin concentrations: An updated meta-analysis and single-cell RNA sequencing
2023-Aug-18, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034825
PMID:37603523
|
研究论文 | 通过荟萃分析和单细胞RNA测序探讨慢性阻塞性肺疾病与脂联素浓度的关系 | 结合传统荟萃分析与单细胞测序技术验证脂联素在COPD中的表达差异 | 纳入研究数量有限(18篇文献24项研究),未说明样本量具体数值 | 分析COPD与脂联素浓度的关联性 | COPD患者和健康对照者 | 生物医学研究 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, 荟萃分析 | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 18篇文献24项研究(未提供具体样本数) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | GSE136831数据集 |
| 770 | 2025-10-07 |
Circadian regulation of lung repair and regeneration
2023-08-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.164720
PMID:37463053
|
研究论文 | 本研究探讨生物钟对肺修复和再生的调控机制及其在呼吸道感染恢复中的作用 | 首次揭示生物钟通过不同通路调控肺再生:在气管细胞中通过Wnt/β-catenin通路,在肺泡上皮细胞中通过IL-1β | 未明确说明样本规模,且机制研究主要基于模型系统 | 探究生物钟在肺修复和再生过程中的作用机制 | 人类队列数据、肺类器官、气管细胞、肺泡上皮细胞 | 生物医学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序、类器官培养、病毒感染模型 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | UK Biobank队列数据(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 771 | 2025-10-07 |
GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations
2023-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44017-0
PMID:38092776
|
研究论文 | 提出一种图引导神经张量分解模型GNTD,用于从稀疏空间转录组数据中重建完整空间转录组 | 采用分层张量结构和三层神经网络进行非线性分解,并结合空间位置关系和基因功能关系提升重建准确性 | 未明确说明模型在特定组织类型或技术平台上的局限性 | 开发空间转录组数据重建方法,解决技术限制导致的数据稀疏性问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图引导神经张量分解(GNTD), 神经网络 | 空间基因表达数据 | 22个Visium数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium空间转录组技术, BGI Stereo-seq高分辨率空间转录组技术 |
| 772 | 2025-10-07 |
Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion
2023-12-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43827-6
PMID:38071397
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研究论文 | 本研究揭示了空间几何约束通过触发胶原蛋白IV的异质性表达调控细菌-宿主粘附的机制 | 首次发现几何约束通过空间异质性胶原蛋白表达调控细菌粘附,并提出了胶原抑制剂作为抗生素佐剂的新策略 | 研究主要基于体外微图案化细胞模型,体内复杂性可能未被完全模拟 | 探究空间几何约束对细菌-宿主相互作用的调控机制 | 受几何约束的细胞单层与细菌的相互作用 | 细胞生物学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序, 微图案化技术 | NA | 基因表达数据, 力学测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 773 | 2025-10-07 |
STalign: Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping
2023-12-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43915-7
PMID:38065970
|
研究论文 | 开发了一种名为STalign的空间转录组数据对齐工具,使用微分同胚度量映射技术解决不同切片间的空间对齐问题 | 采用微分同胚度量映射方法处理部分匹配的组织切片和局部非线性扭曲,显著提升了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应关系 | NA | 解决空间转录组数据在不同切片、样本和技术间的比较难题 | 空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,微分同胚度量映射 | 微分同胚度量映射 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 774 | 2025-10-07 |
Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping
2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.534630
PMID:37090640
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研究论文 | 开发了一种名为STalign的空间转录组学数据对齐工具,能够处理部分匹配的组织切片和局部非线性形变 | 使用微分同胚度量映射方法实现空间转录组数据对齐,显著改善了基于标志点的仿射对齐方法 | NA | 解决跨切片、样本和技术的空间转录组数据比较难题 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 微分同胚度量映射 | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 775 | 2025-10-07 |
Unique adipose tissue invariant natural killer T cell subpopulations control adipocyte turnover in mice
2023-12-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44181-3
PMID:38129377
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脂肪组织中恒定自然杀伤T细胞(iNKT)的异质性及其在脂肪细胞更新调控中的关键作用 | 首次发现KLRG1 iNKT细胞是脂肪组织特有的iNKT细胞亚群,并阐明CX3CR1 iNKT细胞通过杀伤肥大炎症脂肪细胞和招募巨噬细胞调控脂肪组织稳态 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究脂肪组织iNKT细胞的异质性及其在脂肪细胞更新调控中的作用机制 | 瘦型和肥胖小鼠的脂肪组织iNKT细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖相关代谢疾病 | 单细胞RNA测序,过继转移实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 瘦型和肥胖小鼠的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 776 | 2025-10-07 |
Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44103-3
PMID:38123534
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研究论文 | 提出基于网络的计算框架CEFCON,用于从单细胞转录组数据中识别控制细胞命运决定的驱动调控因子 | 开发了结合图神经网络和网络控制理论的创新方法,能够构建细胞谱系特异性基因调控网络并识别驱动调控因子 | 方法主要适用于单细胞RNA测序数据,在其他类型单细胞数据上的应用效果需要进一步验证 | 研究细胞命运决定的调控机制 | 小鼠造血干细胞分化过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) with attention mechanism | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 777 | 2025-10-07 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44142-w
PMID:38123561
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术比较斑马鱼视网膜发育和损伤诱导的神经再生过程 | 首次系统比较发育和再生过程中视网膜细胞的基因调控网络差异,发现不同类型视网膜细胞损伤会诱导独特的米勒胶质细胞再生反应 | 研究仅限于斑马鱼模型,结果可能不完全适用于哺乳动物 | 探究视网膜损伤后神经再生的分子机制及其与发育过程的异同 | 斑马鱼视网膜发育和损伤再生过程中的米勒胶质细胞和视网膜祖细胞 | 发育生物学 | 视网膜损伤 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 发育和再生过程中的斑马鱼视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, ATAC测序 | NA | NA |
| 778 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-omics analysis of human testicular germ cell tumor reveals its molecular features and microenvironment
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44305-9
PMID:38123589
|
研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学分析揭示人类睾丸生殖细胞肿瘤的分子特征和微环境 | 首次结合单细胞多组学和空间转录组学技术系统解析精原细胞瘤的分子特征,发现其与原始生殖细胞的基因表达程序相似性,并鉴定TFAP2C在肿瘤侵袭迁移中的关键作用 | 研究样本量有限,主要基于精原细胞瘤样本和细胞系,需要更多验证 | 探索精原细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境组成 | 人类睾丸生殖细胞肿瘤(精原细胞瘤)样本和精原细胞瘤细胞系 | 数字病理学 | 睾丸癌 | 单细胞多组学测序, 空间转录组学, 基因组学分析 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据 | 精原细胞瘤样本和细胞系(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 779 | 2025-10-07 |
Reassessing endothelial-to-mesenchymal transition in mouse bone marrow: insights from lineage tracing models
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44312-w
PMID:38123537
|
研究论文 | 通过谱系追踪模型重新评估小鼠骨髓中内皮-间质转化的发生情况 | 结合单细胞RNA测序与多种谱系追踪模型,首次系统评估内皮细胞向骨髓基质细胞的转化潜力 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证;使用的遗传模型可能存在局限性 | 探究内皮细胞是否通过内皮-间质转化过程贡献于骨髓基质细胞的生成 | 小鼠骨髓中的内皮细胞和骨髓基质细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪,转基因小鼠模型 | NA | 基因表达数据,细胞定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 780 | 2025-10-07 |
Pathway centric analysis for single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data with GSDensity
2023-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44206-x
PMID:38110427
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研究论文 | 介绍GSDensity方法,用于单细胞RNA测序和空间转录组数据的通路中心分析 | 无需进行细胞聚类即可实现通路中心的单细胞和空间转录组数据分析,能够发现现有方法忽略的细胞-通路关联 | NA | 开发新的计算方法来解析高度异质性的单细胞和空间转录组数据 | 小鼠大脑发育过程和人类肿瘤组织 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 图模型 | 单细胞基因表达数据,空间转录组数据 | 六种不同肿瘤类型 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |