单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 5350 篇文献，本页显示第 741 - 760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2025-01-01 |
Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq identified cancer-associated fibroblasts-related signature as a prognostic factor for immunotherapy in NSCLC
2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03428-0
PMID:37010552
|
研究论文 | 本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并构建了一个基于CAF的风险模型，用于预测NSCLC患者的预后和免疫治疗反应 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于CAF的风险模型，并验证了其在NSCLC患者预后和免疫治疗反应中的预测价值 | 研究结果主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究来验证其临床应用的可靠性 | 探索CAF在NSCLC中的临床意义和生物学功能，并构建一个基于CAF的风险模型用于预测患者的预后和免疫治疗反应 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | RNA测序数据，单细胞RNA测序数据 | 四个独立的NSCLC队列 | NA | NA | NA | NA |
| 742 | 2025-01-01 |
CiTSA: a comprehensive platform provides experimentally supported signatures of cancer immunotherapy and analysis tools based on bulk and scRNA-seq data
2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03414-6
PMID:36912931
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为CiTSA的综合平台，该平台提供了基于实验支持的癌症免疫治疗签名和分析工具，支持批量RNA测序和单细胞RNA测序数据 | 首次提供了一个实验支持的癌症免疫治疗签名基准数据集，并开发了CiTSA平台，集成了878个条目，涵盖412个签名和30种癌症类型 | 未提及具体的研究局限性 | 为研究人员提供一个全面的资源，以发现和分析癌症免疫治疗的签名，并进一步探索其机制 | 癌症免疫治疗的签名，包括基因、细胞和免疫治疗之间的关联 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 878个条目，涵盖30种癌症类型 | NA | NA | NA | NA |
| 743 | 2024-12-24 |
scFseCluster: a feature selection-enhanced clustering for single-cell RNA-seq data
2023-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302103
PMID:37788907
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scFseCluster的新型计算框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | scFseCluster通过量子松鼠搜索算法进行特征选择，提取最优基因集，从而提高细胞聚类的性能 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子松鼠搜索算法 | 基因表达数据 | 八个基准单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 744 | 2024-12-24 |
High-quality single-cell transcriptomics from ovarian histological sections during folliculogenesis
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202301929
PMID:37722727
|
研究论文 | 本文开发了一种名为DRaqL的新方法，用于从卵巢组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，揭示了卵泡发生过程中的转录组异质性 | DRaqL方法实现了从酒精固定组织切片中进行高效的单细胞RNA测序，其效率与新鲜分离细胞的测序相当，并能有效进行外显子-外显子连接分析 | NA | 开发一种高效的方法，用于从组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，以研究卵泡发生过程中的转录组异质性 | 小鼠卵巢组织切片中的卵母细胞和颗粒细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 (RNA-seq) | NA | 转录组数据 | 小鼠卵巢组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 745 | 2024-12-24 |
A targeted sequencing extension for transcript genotyping in single-cell transcriptomics
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202301971
PMID:37696578
|
研究论文 | 本文评估了一种直接的靶向测序方法，作为高吞吐量液滴单细胞RNA测序的扩展，用于转录基因分型 | 本文提出了一种新的靶向测序扩展方法，结合了特定基因座分型与高吞吐量单细胞RNA测序，填补了现有方法的空白 | 本文未详细讨论该方法在不同细胞类型或复杂组织中的适用性 | 研究如何通过靶向测序扩展方法，结合基因型信息与基因表达数据，来研究遗传变异的影响 | 单细胞RNA测序中的转录基因分型 | 基因组学 | NA | 靶向测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 746 | 2024-12-24 |
c-JUN is a barrier in hESC to cardiomyocyte transition
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302121
PMID:37604584
|
研究论文 | 本文研究了c-JUN在人胚胎干细胞向心肌细胞转化中的作用 | 首次揭示了c-JUN通过调节H3K4me3修饰和染色质可及性来调控心肌细胞命运 | NA | 探讨c-JUN在人心肌细胞分化中的调控作用 | 人胚胎干细胞及其向心肌细胞的分化 | NA | NA | ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 747 | 2024-12-23 |
Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa
2023-09-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054
PMID:37656622
|
研究论文 | 本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序，探讨了视网膜色素变性（RP）中视锥细胞的代谢转录组响应 | 首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来，揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略 | 研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组，未深入探讨其他细胞类型的响应机制 | 探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系 | 视网膜色素变性中的视锥细胞 | NA | 视网膜色素变性 | 质谱分析，单细胞RNA测序 | NA | 代谢物，转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 748 | 2024-12-21 |
K-Nearest-Neighbors Induced Topological PCA for Single Cell RNA-Sequence Data Analysis
2023-Oct-23, ArXiv
PMID:37961744
|
研究论文 | 本文提出了一种基于k近邻持久拉普拉斯技术的拓扑主成分分析方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | 本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种新的拓扑主成分分析方法，并通过k近邻持久拉普拉斯技术提高了方法的鲁棒性 | 本文未提及具体的局限性 | 开发一种新的维度降低和特征选择方法，以解决单细胞RNA测序数据中的多尺度和多类别异质性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 拓扑主成分分析 | 基因表达数据 | 11个不同的单细胞RNA测序基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 749 | 2024-12-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs
2023-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3232360/v1
PMID:37609233
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术描述了未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了犬骨肉瘤的细胞和分子异质性，并发现犬和人类骨肉瘤的细胞组成具有高度保守性 | 研究仅限于6只未治疗的犬骨肉瘤样本，样本量较小 | 更好地定义骨肉瘤的肿瘤微环境复杂性，并为转化免疫肿瘤学研究提供细胞和分子路线图 | 未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6只未治疗的犬骨肉瘤样本，共分析了35,310个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 750 | 2024-12-18 |
Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain
2023-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.20.549873
PMID:37503039
|
研究论文 | 本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了慈鲷鱼端脑的空间解析转录图谱，并比较了慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域 | 本文揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞群之间的显著转录相似性，为脊椎动物前脑的组织和进化提供了新的见解 | NA | 研究脊椎动物前脑的组织和进化 | 慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域 | NA | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 751 | 2024-12-17 |
SPADE: Spatial Deconvolution for Domain Specific Cell-type Estimation
2023-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.14.536924
PMID:37131788
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的比例 | SPADE通过结合单细胞RNA测序数据、空间位置信息和组织学信息，能够成功识别现有反卷积方法未能识别的细胞类型特定空间模式 | 本文仅展示了在合成数据和鸡心脏发育数据集上的应用，未来需要在更多不同类型的数据集上验证其有效性 | 开发一种能够准确估计异质组织中细胞类型空间分布的方法 | 细胞类型的空间分布及其在复杂生物系统中的变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 反卷积方法 | 基因表达数据 | 合成数据和鸡心脏发育数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 752 | 2024-12-15 |
Transitional cell states sculpt tissue topology during lung regeneration
2023-11-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.10.001
PMID:37922879
|
研究论文 | 研究探讨了肺再生过程中过渡细胞状态在组织重塑和重组中的作用 | 发现了SFRP1和RUNX1标记的过渡状态在组织重塑和重组中的关键作用，并揭示了RUNX1是纤维母细胞状态的关键驱动因子 | NA | 揭示肺再生过程中过渡细胞状态的作用及其在组织重塑中的机制 | 肺组织中的过渡细胞状态及其在再生过程中的作用 | 数字病理学 | 肺疾病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个损伤模型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 753 | 2024-12-15 |
Tumor Niche Network-Defined Subtypes Predict Immunotherapy Response of Esophageal Squamous Cell Cancer
2023-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.15.528539
PMID:36824935
|
研究论文 | 本研究通过整合69名食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境单细胞转录组数据，定义了不同的ESCC亚型，并预测了免疫治疗反应 | 提出了基于肿瘤微环境转录网络的ESCC亚型分类方法，并验证了其对免疫治疗反应的预测能力 | NA | 研究食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征，并预测免疫检查点阻断疗法的反应 | 食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 69名食管鳞状细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 754 | 2024-12-13 |
Single-cell transcriptomics reveals long noncoding RNAs associated with tumor biology and the microenvironment in pancreatic cancer
2023-Dec, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad055
PMID:38023733
|
研究论文 | 研究通过单细胞转录组学揭示了与胰腺癌肿瘤生物学和微环境相关的长链非编码RNA | 首次使用单细胞转录组数据全面评估了胰腺导管腺癌中的长链非编码RNA景观，并揭示了肿瘤内在生物学和肿瘤微环境中lncRNA的作用 | 研究仅限于胰腺导管腺癌，且样本量相对较小 | 探讨长链非编码RNA在胰腺导管腺癌中的作用及其与肿瘤内在生物学和微环境的关系 | 胰腺导管腺癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 21名胰腺导管腺癌患者的73个多区域样本 | NA | NA | NA | NA |
| 755 | 2024-12-13 |
The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose
2023-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh1168
PMID:37656796
|
研究论文 | 研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响 | 首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证 | 研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用 | 探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力 | 不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000 | NA | NA | NA | NA |
| 756 | 2024-12-13 |
Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina
2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.03.539288
PMID:37205402
|
研究论文 | 研究了Six3和Six6在调控小鼠视网膜多能祖细胞的身份和发育轨迹中的作用 | 通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞分化中的协同调控作用，并发现了新的候选基因 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证这些发现 | 探讨Six3和Six6在视网膜发育中的分子机制，为视网膜再生治疗提供理论基础 | 小鼠视网膜中的多能祖细胞及其分化轨迹 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胚胎小鼠眼杯样本 | NA | NA | NA | NA |
| 757 | 2024-12-12 |
scMIC: A Deep Multi-Level Information Fusion Framework for Clustering Single-Cell Multi-Omics Data
2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3317272
PMID:37725723
|
研究论文 | 提出了一种名为scMIC的深度多层次信息融合框架，用于聚类单细胞多组学数据 | 该框架能够整合细胞的属性信息和潜在的结构关系，减少不同组学之间的冗余信息，并通过多重协同监督聚类策略提高聚类精度 | NA | 提高单细胞多组学数据聚类的准确性 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习框架 | 多组学数据 | 七个单细胞多组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 758 | 2024-12-12 |
scGCC: Graph Contrastive Clustering With Neighborhood Augmentations for scRNA-Seq Data Analysis
2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3319551
PMID:37751336
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scGCC的图对比聚类模型，用于单细胞RNA测序数据分析，旨在解决高维度、稀疏性和批次效应等问题 | 引入图注意力网络（GAT）进行细胞表示学习，并提出了五种数据增强方法以提高聚类性能和鲁棒性 | 未提及具体局限性 | 开发一种新的图自监督对比学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图对比学习模型 | 数据 | 14个真实世界数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 759 | 2024-12-12 |
Single-cell transcriptomics suggest distinct upstream drivers of IL-17A/F in hidradenitis versus psoriasis
2023-09, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.05.012
PMID:37271319
|
研究论文 | 研究比较了化脓性汗腺炎（HS）和银屑病中T17细胞的转录组及其与邻近免疫细胞亚群的配体-受体相互作用 | 首次揭示了HS和银屑病中T17细胞的不同上游驱动因素，特别是IL-1β在HS中的主导作用 | 研究仅限于皮肤样本，未涵盖全身免疫反应 | 探讨化脓性汗腺炎和银屑病中T17细胞的转录组特征及其驱动机制 | 化脓性汗腺炎和银屑病中的T17细胞及其与邻近免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 12,300个来自8个化脓性汗腺炎皮肤样本的免疫细胞，19,525个来自11个银屑病皮肤样本的细胞，以及11,920个来自10个对照皮肤样本的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 760 | 2024-12-11 |
Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear cell renal cell carcinoma tumor microenvironment
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.16.567457
PMID:38014063
|
研究论文 | 研究探讨了免疫治疗抵抗的透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中整合素和IV型胶原蛋白的空间耦合增加 | 首次使用细胞分辨率的空间转录组学技术，结合空间基因集富集分析和自相关分析，揭示了免疫治疗暴露的肿瘤微环境中整合素和IV型胶原蛋白的高表达耦合 | 研究样本量较小，仅包括21个患者样本，可能影响结果的普适性 | 探讨免疫治疗抵抗的透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中分子机制 | 透明细胞肾细胞癌肿瘤及其微环境中的整合素和IV型胶原蛋白 | 数字病理学 | 肾癌 | 空间转录组学、空间分子成像、多重免疫荧光 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 21个患者样本 | NA | NA | NA | NA |