单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 721 - 740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-10-06 |
TimiGP: An R package to depict the tumor microenvironment from bulk transcriptomics
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102742
PMID:38019649
|
研究论文 | 介绍TimiGP R软件包，用于从批量转录组数据推断肿瘤微环境中免疫细胞间的相互作用及其与患者预后的关联 | 开发基于基因对的肿瘤免疫微环境分析方法，能够从批量基因表达数据推断细胞间相互作用 | NA | 开发分析肿瘤微环境中免疫细胞相互作用及其临床意义的计算工具 | 肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，批量转录组测序 | NA | 基因表达数据，生存数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 722 | 2025-10-06 |
Protocol for nuclear dissociation of the adult C. elegans for single-nucleus RNA sequencing and its application for mapping environmental responses
2023-12-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102756
PMID:38043054
|
研究论文 | 本文介绍了一种适用于成年秀丽隐杆线虫的单核RNA测序实验方案 | 开发了针对成年秀丽隐杆线虫的单核RNA测序方案，克服了单细胞RNA测序在该模型生物中遇到的困难 | NA | 建立适用于秀丽隐杆线虫的单核RNA测序方法，用于研究环境刺激响应 | 成年秀丽隐杆线虫 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 723 | 2025-10-06 |
Heterogeneous murine peribiliary glands orchestrate compartmentalized epithelial renewal
2023-12-04, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.004
PMID:37909044
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠肝外胆管中异质性胆管周围腺体通过分区化机制协调上皮更新的细胞层次结构 | 首次通过无标记和靶向克隆命运图谱证明肝外胆管存在分区化更新机制，不同位置的胆管细胞承担不同的更新功能 | 研究仅限于小鼠模型，人类胆管系统可能存在差异 | 探索肝外胆管上皮稳态更新的细胞身份和多重性机制 | 小鼠肝外胆管及其周围腺体 | 单细胞生物学 | 胆道疾病 | 单细胞测序, 克隆命运图谱, 轨迹分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 命运图谱数据 | 小鼠胆管组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 724 | 2025-10-06 |
Alpha-1 adrenergic signaling drives cardiac regeneration via extracellular matrix remodeling transcriptional program in zebrafish macrophages
2023-11-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.011
PMID:37875117
|
研究论文 | 本研究揭示了α-1肾上腺素能信号通过调控巨噬细胞表型分化激活细胞外基质重塑转录程序，从而驱动斑马鱼心脏再生的机制 | 首次发现α-1肾上腺素能受体通过调控巨噬细胞表型分化激活细胞外基质重塑程序，并阐明其通过midkine介导的旁分泌信号激活胶原-12表达成纤维细胞的分子机制 | 研究仅限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物系统中验证 | 探究肾上腺素能信号在心脏修复过程中调控免疫反应和再生能力的分子机制 | 斑马鱼心脏再生模型中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，药理学干预，遗传操作 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 725 | 2025-10-06 |
The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on Clinical Manifestation, Immune Response, and Viral Dynamics in SARS-CoV-2 Coinfection
2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.15.567132
PMID:38014096
|
研究论文 | 本研究探讨SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2共感染的临床表现、免疫反应和病毒动态的影响 | 首次在受控环境中直接研究慢性SIV感染导致的免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响 | 样本量较小（仅2只猪尾猕猴），属于初步研究 | 评估免疫缺陷状态下SARS-CoV-2共感染的临床和病毒学特征 | 慢性感染SIVmac239的猪尾猕猴 | 传染病学 | HIV/AIDS, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床观察数据 | 2只SIV感染的猪尾猕猴，与先前发表的SIV未感染队列比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 726 | 2025-10-06 |
A protocol to analyze single-cell RNA-seq data from Mycobacterium tuberculosis-infected mice lung
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102544
PMID:37659083
|
研究论文 | 提出一种分析结核分枝杆菌感染小鼠肺部单细胞RNA测序数据的标准化流程 | 开发了专门针对肺部淋巴细胞群体的单细胞RNA测序数据分析流程，特别针对感染与健康状态的比较分析 | 未明确说明样本数量和技术重复情况，依赖已处理数据而非原始数据 | 建立标准化分析流程以解析肺部淋巴细胞在结核感染中的变化 | 健康与结核分枝杆菌感染小鼠的肺部淋巴细胞 | 生物信息学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 727 | 2025-10-06 |
Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539
PMID:37659082
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上免疫检查点的实验方案 | 开发了从胰腺导管腺癌肝转移患者中分离循环肿瘤细胞并进行单细胞RNA测序以识别免疫检查点的标准化流程 | NA | 建立有效的免疫治疗方案以预防肿瘤转移 | 胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 728 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491
PMID:37581982
|
研究论文 | 本文提供了一种利用单细胞RNA测序技术分析啮齿动物血液阶段疟原虫发育阶段特异性基因表达调控的方案 | 首次应用单细胞RNA测序技术于疟原虫血液阶段研究，克服了传统批量RNA测序无法区分发育阶段特异性基因调控的局限 | NA | 建立疟原虫血液阶段发育特异性基因表达分析的方法学 | 啮齿动物血液阶段的疟原虫(Plasmodium chabaudi chabaudi AS)感染的红色血细胞 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序，FACS分选 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 729 | 2025-10-06 |
Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13
PMID:36255703
|
研究方法论文 | 详细介绍从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法学 | 提供了针对胸腺基质细胞分离优化的组织解离方案 | NA | 开发胸腺基质细胞分离方法以支持下游分析 | 人类和小鼠的胸腺组织 | 单细胞分析 | 免疫系统疾病 | 组织解离、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 730 | 2025-10-06 |
Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447
PMID:37453069
|
研究论文 | 介绍一种利用空间注释单细胞测序分析体外肿瘤异质性的实验方案 | 结合活细胞成像和光图案化照明技术，实现特定区域细胞的空间标记和单细胞RNA测序 | 目前主要应用于体外肿瘤模型，尚未在组织切片中广泛应用 | 开发空间解析的肿瘤异质性分析技术 | 体外培养的肿瘤细胞系 | 单细胞测序技术 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 活细胞成像, 光激活标记 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间成像数据 | 多种细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 731 | 2025-10-06 |
Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387
PMID:37379219
|
研究论文 | 提出一种用于分析单细胞RNA测序数据中跨多个时间点和细胞类型的高变基因的计算工作流程 | 开发了能够同时分析多个时间点和细胞类型中高变基因的计算框架，重点关注与生物学通路相关的基因动态表达 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中高变基因在多个时间点和细胞类型中的表达特征 | 登革热病毒和COVID-19数据集中的免疫细胞类型 | 生物信息学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 732 | 2025-10-06 |
Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383
PMID:37393609
|
研究论文 | 本文提出了一种从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离存活肿瘤细胞并进行单细胞转录组分析的实验方案 | 开发了从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离存活肿瘤细胞进行单细胞转录组分析的完整实验流程 | NA | 建立胶质母细胞瘤单细胞水平的研究方法 | 人源体外胶质母细胞瘤培养物中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 733 | 2025-10-06 |
Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357
PMID:37314922
|
研究论文 | 本文提出了一种优化的单细胞RNA测序方案，用于研究哺乳动物着床前发育过程中的早期基因组激活 | 改进了单细胞标记逆转录协议，优化了逆转录酶、cDNA扩增酶、裂解缓冲液和纯化步骤，适用于手工挑选的单细胞或数十至数百个细胞 | NA | 开发优化的单细胞RNA测序方案以研究基因表达 | 哺乳动物着床前发育阶段的细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 单个细胞至数百个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于单细胞标记逆转录协议的改进方法 |
| 734 | 2025-10-06 |
Optimized protocol for mouse footpad immune cell isolation for single-cell RNA sequencing and flow cytometry
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102409
PMID:37402171
|
研究论文 | 本文提出了一种优化的小鼠足垫免疫细胞分离方案，用于单细胞RNA测序和流式细胞术分析 | 开发了专门针对小鼠足垫组织的免疫细胞分离方案，能够在保持高细胞活力的前提下获得可靠的单细胞悬液 | NA | 建立适用于单细胞RNA测序的小鼠足垫免疫细胞分离和制备方法 | 小鼠足垫组织中的白细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术，酶组织消化 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 735 | 2025-10-06 |
Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449
PMID:37459235
|
研究论文 | 介绍从人类肝母细胞瘤组织中分离高活性肝细胞和免疫细胞的实验方案 | 开发了基于Percoll密度梯度离心的单细胞分离方案，适用于人类肝母细胞瘤组织 | 方案主要针对肝母细胞瘤组织，对其他组织类型的适用性需要进一步验证 | 建立从人类肝母细胞瘤组织中分离高质量单细胞的标准化流程 | 人类肝母细胞瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 736 | 2025-10-06 |
Protocol to isolate human normal and neoplastic pancreatic cells for single-cell omic analyses
2023-09-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102464
PMID:37480562
|
研究论文 | 本文介绍了一种从正常和肿瘤人类胰腺组织中分离单细胞的实验方案 | 提供了专门针对人类胰腺组织（包括正常和肿瘤样本）的单细胞分离标准化流程 | NA | 建立高质量的人类胰腺单细胞分离方法，用于后续单细胞组学分析 | 人类正常和肿瘤胰腺组织 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞分离技术 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | 10x Genomics platform | NA |
| 737 | 2025-10-06 |
exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.24.533888
PMID:37034624
|
研究论文 | 开发了一种名为exFINDER的计算方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞接收的外部通讯信号 | 首次提出能够识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号的方法，而现有方法仅能推断数据中已测量细胞发送的信号 | NA | 开发计算工具以识别细胞接收的外部通讯信号 | 单细胞转录组测序数据中的细胞通讯信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | exFINDER算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 738 | 2025-10-06 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.26.523391
PMID:36747870
|
研究论文 | 开发了一个基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子 | 利用互信息捕获非线性细胞-细胞和基因-基因关系，能够识别传统表达分析难以检测的隐藏驱动因子 | 仅基于scRNA-seq数据，未整合多组学数据验证 | 从单细胞组学数据中识别调控细胞状态的隐藏转录和信号驱动因子 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息框架 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 739 | 2025-10-06 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1
PMID:36747874
|
研究论文 | 开发了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子 | 利用互信息捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，能够识别常规表达分析难以检测的隐藏驱动因子 | 未在摘要中明确说明具体限制 | 解决单细胞组学数据稀疏性问题，识别调控细胞状态的隐藏转录和信号驱动因子 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息框架 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 740 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016
PMID:36400027
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研究论文 | 本研究通过改进人类胚胎干细胞分化方案，获得高质量中脑细胞类型并揭示其发育动态 | 发现层粘连蛋白-511、双重WNT激活联合GSK3β抑制和FGF8b能改善中脑模式化，并首次通过单细胞转录组分析显示与内源性人类腹侧中脑相似的发育动态 | 未提及具体样本数量限制，研究主要聚焦于体外分化系统 | 优化人类胚胎干细胞向中脑多巴胺能神经元的分化方案并验证细胞类型质量 | 人类胚胎干细胞(hESCs)及其分化产物 | 单细胞生物学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |