单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2024-09-20	Multimodal single cell analysis infers widespread enhancer co-activity in a lymphoblastoid cell line 2023-05-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04954-4 PMID:37237005	研究论文	本文利用单细胞技术分析了淋巴母细胞系中增强子的共活性	首次在单细胞水平上研究了增强子对同一基因的共活性，并预测了增强子之间的关联	研究仅基于单一细胞系，预测的增强子关联需要进一步的功能验证	探究增强子在基因表达调控中的共活性模式	人类淋巴母细胞系中的增强子和基因表达	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据和染色质状态数据	24,844个单细胞
702	2024-09-20	Subcellular spatially resolved gene neighborhood networks in single cells 2023-05-22, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100476 PMID:37323566	研究论文	本文介绍了一种用于分析亚细胞基因邻近关系的空间解析基因邻域网络（spaGNN）管道	提出了一种新的空间解析基因邻域网络（spaGNN）方法，用于分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系	NA	开发一种新的方法来分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系，并展示其在细胞类型分类任务中的应用	亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系	数字病理学	NA	荧光原位杂交（FISH）	机器学习	图像	使用了成纤维细胞、U2-OS细胞和间充质干细胞（MSCs）的FISH数据
703	2024-09-20	Deciphering tumor ecosystems at super resolution from spatial transcriptomics with TESLA 2023-05-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.03.008 PMID:37164011	研究论文	本文介绍了一种名为TESLA的机器学习框架，用于在空间转录组学中以像素级分辨率进行组织注释	TESLA整合了组织学信息和基因表达，直接在组织学图像上注释异质性免疫和肿瘤细胞，并检测独特的肿瘤微环境特征，如三级淋巴结构	本文主要展示了TESLA在癌症中的应用，未详细探讨其在其他疾病中的应用	开发一种能够以高分辨率解析肿瘤微环境的空间转录组学方法	肿瘤微环境中的细胞群体及其丰度、组成和空间位置	机器学习	癌症	空间转录组学	机器学习框架	图像	NA
704	2024-09-20	Applying causal discovery to single-cell analyses using CausalCell 2023-05-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.81464 PMID:37129360	研究论文	本文介绍了CausalCell工作流程和平台，用于在单细胞分析中应用因果发现	开发了CausalCell平台，通过基准测试四种因果发现方法，并分析多个单细胞RNA测序数据集，提出在大多数情况下基于约束的PC算法与基于核的条件独立性测试效果最佳	评估和选择因果发现方法以及开发和执行适当的工作流程仍然存在挑战	将因果发现应用于单细胞分析，以解决科学问题中的因果关系	单细胞RNA测序数据中的因果交互	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PC算法	单细胞RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
705	2024-09-20	Single-cell characteristics and malignancy regulation of alpha-fetoprotein-producing gastric cancer 2023-05, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5883 PMID:37017469	研究论文	研究了甲胎蛋白产生型胃癌的单细胞特征及其恶性调控因子	首次在单细胞水平上描述了甲胎蛋白产生型胃癌的特征，并发现DKK1与AFP表达和恶性表型相关	NA	在单细胞水平上描述甲胎蛋白产生型胃癌的特征，并识别调控AFP表达和恶性的因子	甲胎蛋白产生型胃癌的单细胞特征及其恶性调控因子	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两个甲胎蛋白产生型胃癌患者的肿瘤样本
706	2024-09-20	Uncovering the spatial landscape of molecular interactions within the tumor microenvironment through latent spaces 2023-04-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.03.004 PMID:37080163	研究论文	本文介绍了一种名为SpaceMarkers的生物信息学算法，用于通过空间转录组数据的潜在空间分析推断细胞间相互作用引起的分子变化	SpaceMarkers算法通过空间转录组数据推断肿瘤微环境中细胞间相互作用引起的分子变化，并结合单细胞RNA测序数据进行迁移学习，进一步量化特定细胞类型中的分子变化	NA	研究肿瘤微环境中细胞间相互作用引起的分子变化	肿瘤微环境中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	潜在空间分析	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
707	2024-09-20	Single-cell transcriptomes in the heart: when every epigenome counts 2023-03-17, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac040 PMID:35325060	综述	本文综述了心脏中单细胞转录组学的研究进展，探讨了细胞异质性的生物学意义及其在心脏功能和疾病中的作用	本文通过全面分析心脏中的单细胞转录组学数据，提出了新的心脏功能模型和假设，并讨论了新兴的表观基因组学方法与单细胞RNA测序的结合	NA	探讨心脏中单细胞转录组学的生物学意义及其在心脏功能和疾病中的作用	心脏中的单细胞转录组学数据和新兴的表观基因组学方法	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
708	2024-09-20	Fibrotic immune microenvironment remodeling mediates superior anti-tumor efficacy of a nano-PD-L1 trap in hepatocellular carcinoma 2023-01-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2022.09.012 PMID:36146933	研究论文	研究报道了一种纳米PD-L1陷阱基因在治疗肝纤维化相关肝细胞癌中的优越疗效	首次报道了纳米PD-L1陷阱基因在肝纤维化相关肝细胞癌治疗中的应用，相比传统单克隆抗体，其诱导的肿瘤消退更大且无毒性	研究主要基于动物模型，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨纳米PD-L1陷阱基因在肝纤维化相关肝细胞癌治疗中的疗效及机制	肝纤维化相关肝细胞癌及其微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个临床队列的单细胞RNA测序数据
709	2024-09-19	MIOX inhibits autophagy to regulate the ROS -driven inhibition of STAT3/c-Myc-mediated epithelial-mesenchymal transition in clear cell renal cell carcinoma 2023-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2023.102956 PMID:37977044	研究论文	研究探讨了MIOX基因在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其抑制STAT3/c-Myc介导的上皮-间质转化（EMT）的机制	首次揭示了MIOX通过抑制自噬来调节ROS水平，从而抑制STAT3/c-Myc介导的EMT，进而影响ccRCC的进展	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的人体临床试验数据	探讨MIOX在透明细胞肾细胞癌中的作用及其分子机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其相关基因MIOX	NA	肾细胞癌	scRNA-seq	NA	RNA	包括ccRCC患者的肿瘤组织和配对的邻近肾组织，以及体外和体内的ccRCC细胞
710	2024-09-19	Single-cell RNA sequencing of intestinal crypts reveals vital events in damage repair and the double-edged sword effect of the Wnt3/β-catenin pathway in irradiated mice 2023-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2023.102942 PMID:37918127	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了不同时间点（第一天、第三天和第五天）接受13 Gy和15 Gy腹部辐射暴露后的小肠隐窝，探讨了损伤修复过程中的关键事件以及Wnt3/β-catenin通路的多重效应	本研究首次揭示了Wnt3/β-catenin通路在辐射暴露后损伤修复中的双重作用，并提出了肠道隐窝干细胞与巨噬细胞通过MIF-CD74/CD44轴相互作用可能加剧辐射损伤的新观点	本研究主要依赖于单细胞RNA测序和生物信息学分析，缺乏对Wnt3/β-catenin通路和MIF-CD74/CD44轴的直接调控实验	探讨辐射暴露后小肠隐窝损伤修复的关键事件及Wnt3/β-catenin通路的多重效应	小肠隐窝细胞在不同辐射剂量下的基因表达变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	接受13 Gy和15 Gy腹部辐射暴露的小鼠小肠隐窝细胞
711	2024-09-19	Stemness signature and targeted therapeutic drugs identification for Triple Negative Breast Cancer 2023-11-20, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02709-8 PMID:37985782	研究论文	本研究旨在分析三阴性乳腺癌（TNBC）的癌症干细胞相关基因特征，以确定患者的危险分层和预后特征	本研究应用一类别逻辑回归（OCLR）算法计算TNBC患者的干细胞指数，并建立了基于16个基因的预后特征，通过分子对接筛选出针对预测基因的小分子化合物	NA	分析TNBC的癌症干细胞相关基因特征，确定患者的危险分层和预后特征	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	生物信息学	乳腺癌	一类别逻辑回归（OCLR）算法、Cox回归分析、LASSO回归分析、分子对接	NA	基因表达数据、scRNA-seq数据	TCGA和METABRIC合并数据集、GSE176078数据集
712	2024-09-19	Cancer-associated fibroblasts in early-stage lung adenocarcinoma correlate with tumor aggressiveness 2023-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-43296-3 PMID:37848457	研究论文	研究早期肺腺癌中癌症相关成纤维细胞与肿瘤侵袭性的关系	首次发现早期肺腺癌中ADH1B癌症相关成纤维细胞的数量与肿瘤侵袭性呈负相关，并发现其与特定的细胞外基质和免疫细胞特征相关	研究仅基于早期肺腺癌样本，结果可能不适用于其他阶段或类型的肺癌	探讨早期肺腺癌中癌症相关成纤维细胞对肿瘤侵袭性的影响，以改进诊断和治疗策略	早期肺腺癌患者的组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	早期肺腺癌患者的组织样本
713	2024-09-19	PLA2G2E-mediated lipid metabolism triggers brain-autonomous neural repair after ischemic stroke 2023-10-04, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.06.024 PMID:37490917	研究论文	研究揭示了PLA2G2E介导的脂质代谢在缺血性脑损伤后触发脑自主神经修复的机制	首次发现PLA2G2E通过生成二高-γ-亚麻酸（DGLA）触发脑自主神经修复，并确定15-羟基-二十碳三烯酸（15-HETrE）作为促进功能恢复的关键代谢物	NA	阐明脑损伤后脑自主恢复的内在机制	PLA2G2E、二高-γ-亚麻酸（DGLA）及其代谢物15-羟基-二十碳三烯酸（15-HETrE）在脑损伤后的作用	NA	脑卒中	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、表观遗传分析	NA	RNA	NA
714	2024-09-19	OX40L-expressing recombinant modified vaccinia virus Ankara induces potent antitumor immunity via reprogramming Tregs 2023-08-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221166 PMID:37145142	研究论文	本文报道了一种通过理性工程改造的重组MVA病毒，该病毒表达OX40L并能有效诱导抗肿瘤免疫，通过重新编程肿瘤微环境中的调节性T细胞（Tregs）	通过删除vaccinia E5R基因并表达Flt3L和OX40L，成功设计了一种能够重新编程肿瘤微环境中Tregs的重组MVA病毒	NA	开发一种新的癌症免疫治疗方法，通过重新编程肿瘤微环境中的Tregs来增强抗肿瘤免疫	肿瘤微环境中的调节性T细胞（Tregs）	癌症免疫治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
715	2024-09-19	Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06367-z PMID:37532934	研究论文	研究探讨了Netrin-1在子宫内膜癌中的上调及其通过抗Netrin-1抗体NP137抑制肿瘤生长和上皮-间质转化（EMT）的机制	首次在临床试验中验证了Netrin-1阻断剂NP137在子宫内膜癌中的疗效，并展示了其通过抑制EMT来增强标准治疗效果的潜力	研究主要基于小鼠模型和一期临床试验，样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨Netrin-1在子宫内膜癌中的作用及其阻断剂NP137的临床应用潜力	子宫内膜癌患者及其肿瘤组织	NA	子宫内膜癌	RNA测序（RNA-seq），空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	RNA	14名晚期子宫内膜癌患者
716	2024-09-19	Evaluation of genetic demultiplexing of single-cell sequencing data from model species 2023-08, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202301979 PMID:37197983	研究论文	评估基因型基础的单细胞测序数据去复用技术在不同模型物种中的应用	提出了一种基因型基础的去复用技术，适用于非同基因的模型物种，减少了成本并增加了实验的可重复性和多样性	该方法的局限性在于需要单细胞测序数据和从头转录组资源	研究基因型基础的去复用技术在不同模型物种中的适用性	从斑马鱼到非人灵长类等多种非同基因的模型物种	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因型数据	多个个体混合的单细胞测序数据
717	2024-09-19	Origin and segregation of the human germline 2023-08, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201706 PMID:37217306	研究论文	研究人类原始生殖细胞（PGCs）在体外模型中的动态变化，并结合体内数据进行深入分析	揭示了人类原始生殖细胞命运决定的关键分子特征，并展示了TFAP2A在PGC命运中的重要作用	主要依赖于体外模型和非人类灵长类动物的数据，缺乏直接的人类胚胎研究	探讨人类生殖细胞与体细胞分离的机制	人类原始生殖细胞（PGCs）和胚胎后端的转录相似的TFAP2A阳性前体细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	包括人类和非人类灵长类动物的体内数据，以及体外模型的数据
718	2024-09-19	Pharmacological targeting of netrin-1 inhibits EMT in cancer 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06372-2 PMID:37532929	研究论文	本文研究了通过药物抑制netrin-1来抑制癌症中的上皮间质转化（EMT）	首次提出了通过药物抑制netrin-1来靶向EMT的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探索通过药物抑制netrin-1来抑制癌症中的EMT	皮肤鳞状细胞癌（SCC）和A549人类癌细胞	NA	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠皮肤鳞状细胞癌模型和A549人类癌细胞系
719	2024-09-19	Integrated Multi-omics Analysis of Early Lung Adenocarcinoma Links Tumor Biological Features with Predicted Indolence or Aggressiveness 2023-07, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0373 PMID:37501683	研究论文	本文研究了早期肺腺癌的生物学特征与预测的惰性或侵袭性之间的关系	通过整合多组学数据，揭示了放射组学与肿瘤生物学之间的关联，为区分惰性和侵袭性肺腺癌提供了新的见解	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨早期肺腺癌惰性或侵袭性的生物学决定因素	早期肺腺癌患者及其肿瘤特征	数字病理学	肺癌	CyTOF, RNA-seq	NA	图像, 基因表达数据	92名肺腺癌患者
720	2024-09-19	ADEPT: Autoencoder with differentially expressed genes and imputation for robust spatial transcriptomics clustering 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106792 PMID:37235055	研究论文	本文介绍了一种基于图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法ADEPT，用于提高空间转录组数据的聚类鲁棒性	ADEPT通过图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法，显著提高了空间转录组数据在不同平台上的聚类性能	NA	开发一种鲁棒的聚类方法，以提高空间转录组数据在不同平台上的分析效果	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图自编码器	基因表达数据	NA