单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2024-08-23	Tertiary lymphoid structures correlate with enhancement of antitumor immunity in esophageal squamous cell carcinoma 2023-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02396-7 PMID:37604932	研究论文	本文研究了三级淋巴结构（TLSs）与食管鳞状细胞癌（ESCC）预后及肿瘤免疫微环境（TIME）的关系	首次探讨了TLSs在ESCC中的预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本量有限，且仅限于ESCC组织	探讨TLSs在ESCC中的预后意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	180例ESCC组织样本及14例ESCC组织的单细胞RNA测序	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	180例ESCC组织样本及14例ESCC组织
702	2024-08-23	Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity 2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.17.553733 PMID:37645822	研究论文	研究探讨了肥胖状态下膈肌功能障碍与血栓调节蛋白-1（THBS1）的关系	首次揭示THBS1在肥胖诱导的膈肌纤维脂肪性基质扩张和收缩功能障碍中的作用	研究仅在动物模型中进行，需要进一步的人体研究验证	探究肥胖状态下膈肌功能障碍的病理生理机制	肥胖小鼠的膈肌功能	NA	肥胖	单细胞转录组学	NA	转录组数据	野生型和敲除小鼠的膈肌样本
703	2024-08-21	Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567715 PMID:38014078	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，分析了来自非糖尿病捐赠者的人体胰岛和胰岛移植物中的α细胞和β细胞的异质性和命运转换	首次揭示了人体胰岛中α细胞和β细胞的亚型及其在α-β细胞转换中的具体作用，并发现了多个新的α细胞亚群及其转录组特征	研究主要集中在非糖尿病捐赠者的胰岛和胰岛移植物，未涵盖更多样化的样本，如其他疾病状态下的胰岛	探究人体胰岛中α细胞和β细胞的异质性及其在α-β细胞转换中的具体作用	人体胰岛中的α细胞和β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	来自非糖尿病捐赠者的人体胰岛和胰岛移植物
704	2024-08-21	Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles 2023-05-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01179-2 PMID:37127706	研究论文	本研究利用单核RNA测序（snRNA-seq）技术分析了人胰岛细胞，识别了新的基因集并区分了β细胞亚群及其动态转录组特征	本研究首次使用snRNA-seq技术结合pre-mRNA分析，准确识别了人胰岛细胞群体及其动态转录组特征，并发现了一组新的非经典基因标记	NA	通过snRNA-seq技术分析人胰岛细胞，识别新的基因集并区分β细胞亚群及其动态转录组特征	人胰岛细胞及其β细胞亚群	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA序列	来自同一供体的新鲜人胰岛细胞
705	2024-08-20	Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Role for Reactive Oxygen Species and Peroxiredoxins in Fatty Acid-Induced Rat β-Cell Proliferation 2023-01-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db22-0121 PMID:36191509	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了脂肪酸诱导的大鼠β细胞增殖的转录机制	首次揭示了活性氧物种和过氧化物酶在脂肪酸诱导的β细胞增殖中的关键作用	研究仅限于大鼠模型，且未探讨其他脂肪酸类型对β细胞增殖的影响	探究脂肪酸诱导β细胞增殖的分子机制	大鼠胰岛β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了大鼠胰岛样本，具体数量未详述
706	2024-08-18	Alterations in the preneoplastic breast microenvironment of BRCA1/2 mutation carriers revealed by spatial transcriptomics 2023-May-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.24.542078 PMID:37292816	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究了BRCA1/2基因突变携带者癌前乳腺组织中乳腺上皮细胞分化的缺陷及其微环境的改变	发现了β1-整合素介导的自分泌信号在BRCA1和BRCA2缺陷乳腺上皮细胞中的差异，并揭示了突变携带者乳腺组织中上皮-基质旁分泌信号的增强	NA	深入理解肿瘤发生的生理过程，为高风险患者设计创新的乳腺癌化学预防策略	BRCA1/2基因突变携带者的癌前乳腺组织和非携带者的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
707	2024-08-18	MD-ALL: an Integrative Platform for Molecular Diagnosis of B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia 2023-Apr-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2798895/v1 PMID:37090504	研究论文	介绍MD-ALL平台，该平台基于基因表达谱和关键遗传改变，提供敏感且准确的B-细胞急性淋巴母细胞白血病分类	MD-ALL平台整合了关键遗传病变，包括序列突变、大规模拷贝数变异和基因重排，实现全面的B-ALL分类	NA	开发一个用户友好的平台，用于B-细胞急性淋巴母细胞白血病的综合、准确和全面分类	B-细胞急性淋巴母细胞白血病的分类	数字病理学	白血病	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	2,955个B-ALL RNA测序样本和974个验证样本
708	2024-08-17	Upregulation of exosome secretion from tumor-associated macrophages plays a key role in the suppression of anti-tumor immunity 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113224 PMID:37805922	研究论文	本文报道了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)分泌的外泌体在抑制抗肿瘤免疫中的关键作用	首次揭示了TAMs通过增加外泌体分泌来抑制CD8 T细胞的增殖和功能，并提出靶向外泌体作为改善免疫疗法的潜在策略	NA	探讨肿瘤相关巨噬细胞分泌的外泌体在抑制抗肿瘤免疫中的作用及机制	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、外泌体、CD8 T细胞	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及患者黑色素瘤组织和小鼠黑色素瘤模型
709	2024-08-17	Spatial transcriptomic profiling of coronary endothelial cells in SARS-CoV-2 myocarditis 2023, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2023.1118024 PMID:36968839	研究论文	本研究利用数字空间转录组学技术，探讨了严重COVID-19患者冠状动脉内皮细胞和心肌细胞的编程变化。	本研究首次采用空间转录组学技术，在保留心脏解剖结构和未改变的局部SARS-CoV-2表达的情况下，进行了原位转录组分析。	研究样本量较小，且仅基于尸检心脏组织，可能限制了结果的普遍性。	旨在研究严重COVID-19患者冠状动脉内皮细胞和心肌细胞的编程变化。	严重COVID-19患者的冠状动脉内皮细胞和心肌细胞。	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	组织	控制组4例，COVID-19组8例
710	2024-08-16	APOE deficiency impacts neural differentiation and cholesterol biosynthesis in human iPSC-derived cerebral organoids 2023-08-21, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03444-y PMID:37605285	研究论文	研究探讨了APOE缺乏对人类iPSC衍生的脑类器官神经分化和胆固醇生物合成的影响	通过单细胞RNA测序揭示了APOE缺乏通过调节多个细胞和分子途径影响脑脂质稳态，并发现APOE缺乏导致脑类器官中细胞组成的改变	NA	阐明APOE缺乏对脑类器官中细胞类型特异性效应的影响	人类iPSC衍生的脑类器官及其APOE缺乏的iPSC衍生的脑类器官	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用人类父母iPSC系及其同源APOE缺乏（APOE-/-）iPSC系衍生的三维（3-D）脑类器官
711	2024-08-16	Single-cell profiling reveals immune aberrations in progressive idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Apr-29, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.04.29.23289296 PMID:37163015	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，详细描述了特发性肺纤维化患者外周血免疫系统的变化	首次在单细胞分辨率下详细描述了特发性肺纤维化患者外周血细胞群体的变化，并揭示了与疾病进展和生存率相关的免疫细胞亚群	NA	提供特发性肺纤维化稳定期和进展期外周免疫系统的变化图谱	特发性肺纤维化患者的外周血单个核细胞	数字病理学	肺纤维化	10x Chromium 5' 单细胞RNA测序	NA	细胞	38份外周血单个核细胞样本，来自25名特发性肺纤维化患者和13名匹配的对照
712	2024-08-15	Characterization of Wnt signaling pathway under treatment of Lactobacillus acidophilus postbiotic in colorectal cancer using an integrated in silico and in vitro analysis 2023-12-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50047-x PMID:38151510	研究论文	本研究通过整合计算和体外实验分析，探讨了乳酸菌酸ophilus后生物制剂对结直肠癌中Wnt信号通路的影响	首次采用单细胞RNA测序和深度学习方法ExpiMap分析结直肠癌中的差异表达基因，并研究了乳酸菌酸ophilus后生物制剂对其的影响	研究仅限于HT-29细胞系，未来研究应扩展到其他细胞系和临床试验	探讨乳酸菌酸ophilus后生物制剂对结直肠癌中Wnt信号通路的影响及其治疗潜力	结直肠癌中的差异表达基因及乳酸菌酸ophilus后生物制剂对其的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、实时定量PCR(RT-qPCR)、流式细胞术	NA	基因表达数据	HT-29细胞系及正常邻近组织
713	2024-08-15	Microglia promote anti-tumour immunity and suppress breast cancer brain metastasis 2023-Dec, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01273-y PMID:37957324	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和基因工程小鼠模型，发现脑部常驻的微胶质细胞在乳腺癌脑转移中起到抗炎和抑制肿瘤的作用	首次明确微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的肿瘤抑制作用，并发现其在人类微胶质细胞中的保守性	NA	探讨微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	微胶质细胞在乳腺癌脑转移中的功能及其对患者预后的影响	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用基因工程小鼠模型和人类样本进行研究
714	2024-08-14	Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2023-Dec-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1 PMID:38106071	研究论文	研究探讨了Trem2R47H突变对非神经元和神经元细胞空间转录组的影响	首次通过单细胞空间转录组技术分析Trem2R47H突变对细胞类型特异性转录组变化的影响	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	确定Trem2R47H突变对转录失调的具体影响	小鼠大脑中的非神经元和神经元细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	MERFISH空间转录组技术	NA	转录组数据	15个小鼠大脑切片，包括野生型、Trem2R47H、5xFAD和Trem2R47H; 5xFAD基因型
715	2024-08-14	First-in-human clinical trial of personalized neoantigen vaccines as early intervention in untreated patients with lymphoplasmacytic lymphoma 2023-Sep-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3315017/v1 PMID:37790486	临床试验	本文报道了一项针对淋巴浆细胞性淋巴瘤（LPL）患者的个性化新抗原疫苗的首次人体临床试验，旨在早期干预未治疗的患者	该研究首次在人体中测试了一种新型治疗性DNA异型新抗原疫苗，并观察到疫苗对肿瘤免疫微环境的积极影响	研究样本量较小，且未探讨与其他治疗策略的联合应用	评估个性化新抗原疫苗在未治疗淋巴浆细胞性淋巴瘤患者中的安全性和有效性	淋巴浆细胞性淋巴瘤患者	NA	淋巴瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	9名患者
716	2024-08-14	Spatial Transcriptomic Cell-type Deconvolution Using Graph Neural Networks 2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.10.532112 PMID:37333198	研究论文	本文介绍了一种基于图神经网络的细胞类型反卷积模型STdGCN，用于空间转录组数据的细胞类型解析	STdGCN是首个结合单细胞RNA测序数据表达谱和空间转录组数据空间定位信息进行细胞类型反卷积的模型	NA	开发一种新的方法来解析空间转录组数据中的细胞类型	空间转录组数据中的细胞类型	机器学习	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	图神经网络	转录组数据	多个空间转录组数据集，包括人类乳腺癌Visium数据集和人类心脏空间转录组数据集
717	2024-08-14	Early Deregulation of Cholangiocyte NR0B2 During Primary Sclerosing Cholangitis 2023, Gastro hep advances DOI:10.1016/j.gastha.2022.07.023 PMID:39130146	研究论文	本文通过PubMed数据挖掘，研究了原发性硬化性胆管炎（PSC）中胆管细胞NR0B2的早期失调，并探讨了其与代谢和癌前重编程的关系。	首次揭示了PSC中胆管细胞NR0B2的早期失调及其在代谢和癌前重编程中的作用，并提出了针对NR0B2的治疗策略。	NA	研究PSC中胆管细胞NR0B2的早期失调及其在疾病进展中的作用。	胆管细胞NR0B2的表达及其在PSC中的作用。	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学	NA	转录组数据	多个PSC肝脏转录组训练和验证队列，FXR激动剂或FXR敲除小鼠肝脏转录组，Abcb4-/-小鼠PSC模型肝脏单细胞转录组。
718	2024-08-13	Early transcriptomic signatures and biomarkers of renal damage due to prolonged exposure to embedded metal 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09806-9 PMID:37058270	研究论文	本文研究了长期暴露于嵌入金属导致的肾脏损伤的早期转录组特征和生物标志物	结合高通量转录组学和深度学习技术，有效识别受金属暴露影响的肾细胞，并发现miRNA-423作为早期系统性标志物	NA	研究长期暴露于有毒重金属导致的肾脏损伤的早期分子特征	肾脏组织和血清样本中的RNA	数字病理学	肾脏损伤	RNA测序	随机森林	RNA	使用大鼠模型进行实验
719	2024-08-13	Hyperhomocysteinemia lowers serum testosterone concentration via impairing testosterone production in Leydig cells 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09819-4 PMID:37495868	研究论文	研究报告了高同型半胱氨酸血症（HHcy）通过影响睾丸间质细胞（LCs）中的睾酮生成，导致血清睾酮水平降低	首次揭示了HHcy通过下调关键转录因子Nr5a1及其相关基因，影响睾酮合成，并发现了新的细胞群——巨噬细胞样睾丸间质细胞（McLCs）	NA	探讨高同型半胱氨酸血症对睾酮生成的影响及其机制	高同型半胱氨酸血症小鼠的睾丸间质细胞	NA	男性不育	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	高同型半胱氨酸血症小鼠
720	2024-08-13	Trps1 acts as a regulator of Sf-1 transcription and testosterone synthesis in mouse Leydig cells 2023-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-023-09823-8 PMID:37531013	研究论文	本研究探讨了Trps1基因在小鼠Leydig细胞中对睾酮合成的影响及其机制	首次揭示了Trps1通过调节Sf-1转录和组蛋白乙酰化影响睾酮合成	NA	探索睾酮生物合成中的关键因素，为疾病研究和临床治疗提供新视角	小鼠Leydig细胞中的Trps1基因及其对睾酮合成的影响	NA	男性不育	单细胞RNA测序分析	NA	RNA	小鼠Leydig细胞