单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2024-09-11	ImmCluster: an ensemble resource for immunology cell type clustering and annotations in normal and cancerous tissues 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac922 PMID:36271790	研究论文	介绍了一个名为ImmCluster的资源，用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在正常和癌变组织中	整合了来自九种健康组织和17种癌症类型的超过100万免疫细胞数据，并开发了一种集成方法以提供比单个方法更一致的细胞聚类	NA	开发一个资源用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在癌症微环境中	免疫细胞的聚类和注释	生物信息学	癌症	单细胞转录组测序	集成方法	基因表达数据	超过100万免疫细胞
662	2024-09-11	Single-cell multi-omics integration for unpaired data by a siamese network with graph-based contrastive loss 2023-Jan-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-05126-7 PMID:36600199	研究论文	本文提出了一种基于孪生网络和图对比损失的单细胞多组学数据整合方法MinNet	MinNet是一种新颖的深度学习框架，用于单细胞多组学测序数据的整合，在基准测试中表现优异，特别适用于整合具有批次和生物变异的数据集	NA	研究目的是开发一种能够有效整合不同模态单细胞组学数据的方法	研究对象包括scRNA-seq、scATAC-seq和抗原数据	机器学习	NA	单细胞多组学测序	孪生网络	单细胞数据	涉及多个基准数据集和COVID-19数据集
663	2024-09-11	Liver-resident CD8+ T cells in viral hepatitis: not always good guys 2023-01-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI165033 PMID:36594469	研究论文	研究了在慢性HBV感染中，非特异性CD8+ T细胞对肝脏免疫病理的影响	应用肝穿刺活检和单细胞RNA测序技术，定义了一组与肝脏损伤相关的非病毒特异性CD8+ T细胞	非特异性旁观者CD8+ T细胞的确切性质仍未明确	探讨HBV特异性CD8+ T细胞在病毒控制中的作用及其在持续感染中的失败机制	HBV特异性CD8+ T细胞和非特异性旁观者CD8+ T细胞	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
664	2024-09-11	The heterogeneity of cellular senescence: insights at the single-cell level 2023-01, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2022.04.011 PMID:35599179	综述	本文综述了细胞衰老的异质性，并强调了在单细胞水平上研究衰老细胞的重要性	本文介绍了通过单细胞RNA测序和单核RNA测序等高通量技术在单细胞水平上研究衰老细胞的新方法	NA	探讨细胞衰老的异质性及其在衰老和病理条件中的作用	衰老细胞及其在不同细胞类型和组织中的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序、单核RNA测序	NA	RNA	NA
665	2024-09-10	SARS-CoV-2 niches in human placenta revealed by spatial transcriptomics 2023-09-08, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2023.06.003 PMID:37423216	研究论文	研究利用空间转录组学揭示了SARS-CoV-2在人类胎盘中的微环境	首次利用空间转录组学技术生成高分辨率的胎盘转录图谱，揭示了SARS-CoV-2在胎盘微环境中的动态响应	样本量较小，仅包括少数健康对照和COVID-19感染者	探究SARS-CoV-2在人类胎盘中的微环境及其对胎盘功能的影响	人类胎盘中的SARS-CoV-2感染及其转录组变化	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组	13个胎盘样本，包括4个健康对照、4个无症状感染者和5个有症状感染者
666	2024-09-10	Durable alveolar engraftment of PSC-derived lung epithelial cells into immunocompetent mice 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.016 PMID:37625412	研究论文	本文研究了多能干细胞衍生的肺上皮细胞在免疫活性小鼠中的持久植入	首次实现了多能干细胞衍生的肺上皮祖细胞在免疫活性小鼠中的持久植入，并展示了其在肺损伤修复中的潜力	NA	探索多能干细胞衍生的肺上皮细胞在肺损伤修复中的应用	多能干细胞衍生的肺上皮祖细胞在免疫活性小鼠中的植入和成熟	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
667	2024-09-10	SOX2-positive retinal stem cells are identified in adult human pars plicata by single-cell transcriptomic analyses 2023-Feb, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.198 PMID:36582303	研究论文	通过单细胞转录组分析在成人人类睫状体区（pars plicata）中鉴定出SOX2阳性视网膜干细胞	首次通过单细胞RNA测序技术在成人人类睫状体区中鉴定出SOX2阳性视网膜干细胞，并验证了其增殖和分化潜力	研究仅限于成人人类睫状体区，未涉及其他眼部区域或不同年龄段	探索成人人类眼部组织中是否存在内源性视网膜干细胞，并评估其治疗视网膜疾病的潜力	成人人类睫状体区、睫状体平坦部、视网膜色素上皮、虹膜和神经视网膜中的细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	成人人类眼部组织的多个亚区域
668	2024-09-10	Pevonedistat, a Nedd8-activating enzyme inhibitor, in combination with ibrutinib in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2023-01-11, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-022-00763-w PMID:36631449	研究论文	研究了Pevonedistat（一种Nedd8激活酶抑制剂）与Ibrutinib联合治疗复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病的安全性与初步疗效	首次评估了Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效，并使用scRNA-Seq分析了Pevonedistat对NFκB信号通路的下调作用	研究样本量较小，且仅限于复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者	评估Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者	NA	非霍奇金淋巴瘤	scRNA-Seq	NA	NA	18名患者，包括8名套细胞淋巴瘤患者和4名慢性淋巴细胞白血病患者
669	2024-09-10	Protocol for Classification Single-Cell PBMC Types from Pathological Samples Using Supervised Machine Learning 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3239-0_4 PMID:37258906	研究论文	本文描述了一种使用监督机器学习方法对来自病理样本的单细胞PBMC类型进行分类的协议	本文提出了一种使用监督机器学习方法对单细胞转录组数据进行分类的新协议，相比传统的无监督聚类或结合无监督和监督方法的手动校正，该方法具有更高的准确性和效率	本文的示例主要集中在10× Genomics技术上，尽管适用于其他单细胞转录组平台的数据，但可能需要针对不同平台进行调整	开发一种高效准确的监督机器学习方法，用于对病理样本中的单细胞PBMC类型进行分类	单细胞外周血单核细胞（PBMC）及其在病理状态下的分类	机器学习	NA	单细胞转录组学（SCT）	监督机器学习模型	基因表达数据	NA
670	2024-09-10	Concordance of MERFISH spatial transcriptomics with bulk and single-cell RNA sequencing 2023-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201701 PMID:36526371	研究论文	本文比较了MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性	MERFISH技术在单细胞分辨率下直接将单细胞身份映射到空间位置，并能独立解析不同的细胞类型和空间结构	计算整合Tabula Muris Senis图谱并未增强MERFISH的结果	评估MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性	小鼠肝脏和肾脏的细胞类型和空间结构	空间转录组学	NA	MERFISH	NA	RNA	小鼠肝脏和肾脏样本
671	2024-09-08	Single-cell transcriptomics supports presence of cryptic species and reveals low levels of population genetic diversity in two testate amoebae morphospecies with large population sizes 2023-11-02, Evolution; international journal of organic evolution DOI:10.1093/evolut/qpad158 PMID:37672006	研究论文	研究分析了两种形态种的单细胞转录组数据，评估了其种群遗传多样性	首次使用单细胞转录组数据研究不可培养的异养原生生物的种群遗传学，揭示了隐秘物种的存在	研究样本仅来自新英格兰沼泽，可能无法代表所有种群	评估两种形态种的种群遗传多样性，揭示隐秘物种的存在	两种形态种的单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	72个单细胞转录组数据，来自两种形态种
672	2024-09-08	Loss of autism-candidate CHD8 perturbs neural crest development and intestinal homeostatic balance 2023-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201456 PMID:36375841	研究论文	本文研究了CHD8基因突变对神经嵴发育和肠道稳态平衡的影响	首次揭示了CHD8基因突变与神经嵴发育、肠道稳态以及自闭症相关胃肠道症状之间的因果关系	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在人类中验证	探讨CHD8基因突变对神经嵴发育和肠道稳态的影响及其与自闭症相关胃肠道症状的关系	CHD8基因突变对神经嵴细胞、肠道神经和胶质前体细胞、肠道稳态以及免疫平衡的影响	发育生物学	自闭症	单细胞测序	NA	转录组数据	斑马鱼模型
673	2024-09-08	Single-cell RNA-seq analysis to identify potential biomarkers for diagnosis, and prognosis of non-small cell lung cancer by using comprehensive bioinformatics approaches 2023-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2022.101571 PMID:36401966	研究论文	通过单细胞RNA测序数据和生物信息学方法，识别非小细胞肺癌的潜在生物标志物	利用单细胞RNA测序数据和生物信息学技术，识别了12个关键基因及其相关的转录因子和miRNA，这些基因在非小细胞肺癌的诊断和预后中具有潜在作用	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	识别非小细胞肺癌的诊断和预后生物标志物	非小细胞肺癌的基因生物标志物及其调控因子和信号通路	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据
674	2024-09-07	Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy 2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002 PMID:37746243	研究论文	研究了在小鼠杜氏肌营养不良模型中，AAV介导的先天性和适应性免疫反应	开发了一种双剂量AAV9模型，更好地模拟了人类对AAV的免疫反应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	研究AAV介导的免疫反应，并开发改进的临床前模型	AAV9介导的免疫反应及其在小鼠模型中的表现	NA	杜氏肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
675	2024-09-07	Remodeling of the osteoimmune microenvironment after biomaterials implantation in murine tibia: Single-cell transcriptome analysis 2023-Apr, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2022.10.009 PMID:36311047	研究论文	研究了在小鼠胫骨中植入生物材料后骨免疫微环境的重组，通过单细胞转录组分析揭示了不同细胞群的异质性和动态变化	首次通过单细胞转录组分析揭示了植入材料对骨免疫微环境的影响，并探讨了中性粒细胞在骨整合中的作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	探讨生物材料植入后骨免疫微环境的重组及其对骨整合的影响	小鼠胫骨中植入不锈钢和钛合金生物材料后的骨免疫微环境	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	40043个细胞，分为五个不同组
676	2024-09-07	Correspondence analysis for dimension reduction, batch integration, and visualization of single-cell RNA-seq data 2023-01-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-26434-1 PMID:36681709	研究论文	本文介绍了一种基于对应分析（CA）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维、批次整合和可视化方法	提出了一种基于对应分析（CA）的替代PCA的方法，避免了log转换对数据的扭曲，并提出了五种CA的适应性改进，这些改进在计算细胞嵌入时表现更好或与标准CA和glmPCA相当	NA	改进单细胞RNA测序数据的降维和批次整合方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	对应分析（CA）	基因表达数据	9个数据集
677	2024-09-06	Radiotherapy-Induced Neurocognitive Impairment Is Driven by Heightened Apoptotic Priming in Early Life and Prevented by Blocking BAX 2023-10-13, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1337 PMID:37470810	研究论文	本文研究了放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并发现通过阻断BAX可以预防这种损伤	开发了一种新的放射治疗诱导神经认知功能障碍的小鼠模型，并发现BAX在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并寻找预防方法	放射治疗对不同年龄段小鼠神经认知功能的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
678	2024-09-06	Transcriptomic profiling of cardiac tissues from SARS-CoV-2 patients identifies DNA damage 2023-03, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13577 PMID:36107637	研究论文	研究分析了SARS-CoV-2患者心脏组织的转录组图谱，发现DNA损伤相关基因的上调	首次揭示了SARS-CoV-2感染患者心脏组织中DNA损伤和修复相关基因的上调，并通过γ-H2Ax免疫组化进一步验证	样本量较小，且仅包括SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者，可能影响结果的普适性	探讨SARS-CoV-2感染对心脏组织的分子影响	SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	7例SARS-CoV-2患者、2例pH1N1患者和6例对照组患者的心脏组织
679	2024-09-06	Differential cell composition and split epidermal differentiation in human palm, sole, and hip skin 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.111994 PMID:36732947	研究论文	研究通过批量和单细胞RNA测序分析了人类手掌、脚底和臀部皮肤的细胞组成和表皮分化差异	揭示了手掌和脚底皮肤中免疫环境的改变，以及特定成纤维细胞在细胞间通信中的关键作用	NA	探讨手掌和脚底皮肤的转录程序及其独特性	人类手掌、脚底和臀部皮肤	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及手掌、脚底和臀部皮肤的多个样本
680	2024-09-06	Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain 2023-01, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-022-00335-4 PMID:37118510	研究论文	开发基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和再生	首次开发了基于单细胞转录组数据的高分辨率衰老时钟，并展示了其在量化转录组再生中的应用	NA	量化大脑神经发生区域的衰老和再生	小鼠大脑的神经发生区域	数字病理学	NA	单细胞转录组学	回归模型	转录组数据	28只小鼠，年龄从年轻到老年