单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 621 - 640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2024-09-13 |
Single-cell pair-wise relationships untangled by composite embedding model
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106025
PMID:36824286
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SPRUCE的可扩展机器学习方法，用于解析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通信模式 | 本文提出的SPRUCE方法能够系统地确定单细胞RNA-seq数据中的常见细胞间通信模式，并揭示了肿瘤异质性的一部分可以通过差异交互模式而非静态标记基因表达来更好地理解 | NA | 研究肿瘤微环境中的细胞间通信模式 | 乳腺癌数据集中的细胞间通信模式 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 复合嵌入模型 | RNA-seq数据 | 多个乳腺癌数据集 |
| 622 | 2024-09-13 |
Genomic and microenvironmental heterogeneity shaping epithelial-to-mesenchymal trajectories in cancer
2023-02-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36439-7
PMID:36774358
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录组信号评估单个肿瘤中EMT转变的方法，并应用于7180个上皮来源的肿瘤，识别出具有预后和治疗价值的三种宏观状态 | 本文创新性地提出了评估EMT转变的方法，并结合空间转录组学和单细胞数据集，深入探讨了EMT转变的空间异质性和与肿瘤微环境中细胞的相互作用模式 | 本文主要基于转录组数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对EMT转变机制的全面理解 | 研究EMT转变的分子标志物及其在癌症进展中的作用 | 上皮来源的肿瘤及其EMT转变过程 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 7180个上皮来源的肿瘤样本 |
| 623 | 2024-09-13 |
SampleQC: robust multivariate, multi-cell type, multi-sample quality control for single-cell data
2023-02-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02859-3
PMID:36765378
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研究论文 | 介绍了一种名为SampleQC的单细胞RNA测序数据质量控制方法，该方法通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差 | 引入了一种新的质量控制方法SampleQC，通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，相比现有方法提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据质量控制方法，以提高对稀有细胞类型的检测敏感性并减少偏差 | 单细胞RNA测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 867,000个细胞，172个样本 |
| 624 | 2024-09-13 |
ZBTB12 is a molecular barrier to dedifferentiation in human pluripotent stem cells
2023-02-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36178-9
PMID:36759523
|
研究论文 | 本文报道了ZBTB12作为人类多能干细胞去分化分子屏障的作用 | 首次揭示了ZBTB12在防止人类多能干细胞去分化中的关键作用，并阐明了其通过调节HERVH和lncRNAs表达的机制 | NA | 探讨细胞命运单向转变的分子机制 | 人类多能干细胞及其去分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 625 | 2024-09-13 |
Common molecular features of H3K27M DMGs and PFA ependymomas map to hindbrain developmental pathways
2023-02-09, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01514-z
PMID:36759899
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研究论文 | 本文研究了H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征，并将其映射到后脑发育途径 | 通过比较基因组、整体转录组、染色质相关特征和单细胞RNA测序数据，发现了两种肿瘤类别的共同分子特征 | NA | 探讨H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征及其与后脑发育途径的关系 | H3K27M DMG和PFA室管膜瘤 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、染色质相关数据 | NA |
| 626 | 2024-09-13 |
In vivo imaging of inflammatory response in cancer research
2023-Feb-07, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-023-00261-x
PMID:36750856
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综述 | 本文综述了使用双光子激发显微镜（2P-IVM）进行活体成像技术，以揭示癌症微环境中细胞间相互作用的研究现状 | 讨论了红移指示剂和光遗传学工具在2P-IVM中的潜在应用，并强调了2P-IVM在单细胞转录组学和数据驱动研究时代中的关键作用 | 体外重现肿瘤微环境中的动态事件尚未实现 | 总结2P-IVM在癌症研究中的应用，并探讨其未来发展方向 | 癌症微环境中的炎症反应和细胞间相互作用 | 数字病理学 | 癌症 | 双光子激发显微镜（2P-IVM） | NA | 图像 | NA |
| 627 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptome analysis reveals liver injury induced by glyphosate in mice
2023-Feb-04, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-023-00426-z
PMID:36739397
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了草甘膦对小鼠肝脏的损伤效应 | 首次生成了草甘膦暴露小鼠肝脏的单细胞RNA测序图谱，揭示了草甘膦引起的细胞组成变化、转录改变以及细胞间通讯失调 | NA | 探讨草甘膦对肝脏的毒性及其分子机制 | 草甘膦处理和未处理的小鼠肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 草甘膦处理和未处理的小鼠肝脏组织样本 |
| 628 | 2024-09-13 |
ScRNA-seq and ST-seq in liver research
2023-Feb-03, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-022-00152-5
PMID:36732412
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST-seq）在肝脏研究中的应用及其对肝脏发育、再生和疾病研究的贡献 | 探讨了scRNA-seq和ST-seq，特别是ST-seq，在肝脏研究中的新机遇 | 讨论了ST-seq在肝脏研究中的局限性，包括敏感性、获取精确单细胞信息的能力有限以及数据处理方法等问题 | 探索scRNA-seq和ST-seq在肝脏研究中的进展及其对基础问题的研究潜力 | 肝脏发育、再生和疾病 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 629 | 2024-09-13 |
Integrated Single-Cell (Phospho-)Protein and RNA Detection Uncovers Phenotypic Characteristics and Active Signal Transduction of Human Antibody-Secreting Cells
2023-02, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2023.100492
PMID:36623694
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研究论文 | 本文结合体外分化B细胞为抗体分泌细胞（ASCs）的方法与多组学单细胞测序技术，检测和量化免疫球蛋白亚类特异性表面标记、转录组和信号转导通路成分 | 本文创新性地整合了mRNA、蛋白质表达和磷酸化蛋白质检测，形成了一个综合数据集，并揭示了不同ASCs在分泌不同抗体时的差异特征 | NA | 深入理解人类抗体分泌细胞的表型特征和活性信号转导 | 人类抗体分泌细胞（ASCs） | NA | NA | 多组学单细胞测序技术 | NA | mRNA、蛋白质表达、磷酸化蛋白质 | NA |
| 630 | 2024-09-13 |
Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport
2023-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01728-4
PMID:36690742
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为COMMOT的方法，用于在空间转录组学中推断细胞间通信，考虑了不同配体和受体物种之间的竞争以及细胞间的空间距离 | 开发了一种集体最优传输方法来处理复杂的分子相互作用和空间约束，并引入了下游分析工具来推断空间信号方向性和受信号调控的基因 | NA | 推断空间转录组学中的细胞间通信 | 细胞间通信、空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 最优传输方法 | 机器学习模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和八个使用五种不同技术获得的空间数据集 |
| 631 | 2024-09-13 |
A topographic atlas defines developmental origins of cell heterogeneity in the human embryonic lung
2023-02, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-01064-x
PMID:36646791
|
研究论文 | 本文创建了一个早期人类肺发育的综合地形图谱，揭示了细胞异质性的发育起源 | 本文首次整合了单细胞RNA测序和空间转录组学，创建了一个交互式网络平台，展示了细胞分化和成熟的基因表达程序 | NA | 阐明人类胚胎肺中细胞异质性的起源和生成机制 | 早期人类肺发育中的83种细胞状态及其空间发育轨迹 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 632 | 2024-09-13 |
The Single-Cell Landscape of Intratumoral Heterogeneity and The Immunosuppressive Microenvironment in Liver and Brain Metastases of Breast Cancer
2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202203699
PMID:36529697
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研究论文 | 研究描述了乳腺癌肝和脑转移瘤的单细胞景观，揭示了免疫抑制微环境的复杂性 | 首次全面解析了乳腺癌肝和脑转移瘤的肿瘤内异质性和免疫抑制微环境 | NA | 探讨抗PD-1/L1耐药的潜在机制，并为这些患者开发更有效的免疫治疗策略 | 乳腺癌肝和脑转移瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 44,473个细胞 |
| 633 | 2024-09-13 |
Optimizing the design of spatial genomic studies
2023-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.29.526115
PMID:36778332
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研究论文 | 本文探讨了空间基因组学实验设计的优化问题 | 提出了针对空间基因组学实验设计的优化方法，适用于构建组织的空间基因组图谱和定位感兴趣区域 | 未提及具体限制 | 优化空间基因组学实验设计 | 空间基因组学实验中的组织切片选择 | 基因组学 | NA | 空间转录组学和空间蛋白质组学 | NA | 基因组数据 | 多个空间基因组数据集 |
| 634 | 2024-09-13 |
MetaSEM: Gene Regulatory Network Inference from Single-Cell RNA Data by Meta-Learning
2023-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24032595
PMID:36768917
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研究论文 | 本文提出了一种基于元学习的单细胞RNA数据基因调控网络推断框架MetaSEM | 通过元学习解决高维稀疏数据特征导致的参数优化问题，并采用少样本解决方案应对标签数据不足的问题 | NA | 旨在通过元学习方法推断基因调控网络中的调控因子 | 单细胞RNA数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 元学习 | 结构方程模型（SEM） | 单细胞RNA数据 | 小规模数据 |
| 635 | 2024-09-13 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.26.523391
PMID:36747870
|
研究论文 | 开发了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的驱动因子 | scMINER能够捕捉非线性细胞间和基因间关系，并推断驱动因子活性，系统基准测试显示其在区分相似细胞类型方面优于流行的单细胞聚类算法 | NA | 解决单细胞组学数据稀疏性问题，识别隐藏的转录和信号驱动因子 | 单细胞RNA测序数据中的隐藏驱动因子和细胞内网络重构 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息 | 基因表达数据 | 超过6000个转录和信号驱动因子 |
| 636 | 2024-09-13 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1
PMID:36747874
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的驱动因子 | scMINER通过捕获细胞间和基因间的非线性关系，能够更准确地进行无监督聚类分析和细胞类型特异性推断，不依赖于有限的转录因子结合基序，能够对超过6000个转录和信号驱动因子进行定量活动评估 | NA | 开发一种新的计算框架，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的驱动因子和网络重构 | 单细胞RNA-seq数据中的隐藏驱动因子和细胞内网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息 | 单细胞RNA-seq数据 | 超过6000个转录和信号驱动因子 |
| 637 | 2024-09-13 |
Defining T cell receptor repertoires using nanovial-based affinity and functional screening
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524440
PMID:36711524
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研究论文 | 利用含有腔体的凝胶微粒（纳米小瓶）进行亲和力和功能筛选，定义T细胞受体库 | 开发了一种基于纳米小瓶的亲和力和功能筛选方法，能够高精度地链接TCR序列与目标抗原，并识别出比标准技术更具特异性的功能性TCR库 | NA | 定义具有治疗潜力的T细胞受体库 | T细胞受体（TCR）及其对特定抗原的反应 | 免疫学 | NA | 微流控乳液单细胞测序 | NA | TCR序列 | NA |
| 638 | 2024-09-13 |
Benchmarking cell-type clustering methods for spatially resolved transcriptomics data
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac475
PMID:36410733
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研究论文 | 本文评估了15种聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型聚类效果 | 本文首次使用半合成数据集评估了空间和组织学信息对细胞聚类的影响 | 空间和组织学信息的引入并未在所有数据集中一致提高聚类效果 | 评估不同聚类方法在空间转录组数据中的细胞类型识别效果 | 空间转录组数据的细胞类型聚类 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 聚类方法 | 基因表达数据、空间位置数据、组织学图像 | 七个半合成数据集 |
| 639 | 2024-09-13 |
Osteoblast-intrinsic defect in glucose metabolism impairs bone formation in type II diabetic mice
2023-Jan-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.16.524248
PMID:36711657
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研究论文 | 研究了II型糖尿病小鼠模型中成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷对骨形成的影响 | 首次揭示了成骨细胞内在的葡萄糖代谢缺陷是糖尿病性骨质疏松的潜在原因，并提出了可能的治疗靶点 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 探讨II型糖尿病与骨骼脆弱性之间的机制 | II型糖尿病小鼠的骨组织和成骨细胞 | NA | 糖尿病 | 稳定同位素示踪、Seahorse分析、单细胞RNA测序 | NA | 骨组织、骨髓间充质细胞、成骨细胞 | II型糖尿病小鼠模型 |
| 640 | 2024-09-13 |
Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat
2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.12.523826
PMID:36712056
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研究论文 | 开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络 | 首次提出NeuronChat方法，结合手动整理的神经信号分子相互作用数据库，用于推断和分析神经元间的通信网络 | NA | 开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络 | 神经元间的通信网络 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集 |