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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2025-10-07 |
SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors
2023-12-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43498-3
PMID:38040699
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研究论文 | 本研究揭示了SMARCB1基因缺失通过激活患者特异性远端致癌增强子驱动恶性横纹肌样瘤发生的机制 | 首次发现SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成染色质环,揭示了MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制 | 研究主要基于患者来源的类器官模型,需要在更广泛的临床样本中验证 | 探究SMARCB1缺失在恶性横纹肌样瘤中如何改变调控景观并驱动肿瘤发生 | 恶性横纹肌样瘤患者来源的类器官组织和患者MRT组织 | 表观遗传学 | 恶性横纹肌样瘤 | 多组学分析、染色体构象捕获、单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq | NA | 基因组学数据、表观遗传学数据、转录组数据 | 患者来源的MRT类器官和患者组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 622 | 2025-10-07 |
PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma
2023-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43381-1
PMID:38030622
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的免疫反应机制 | 首次在单细胞水平揭示PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探索阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的免疫机制 | 晚期肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 623 | 2025-10-07 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope
2023-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43629-w
PMID:38030617
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研究论文 | 提出一种整合空间转录组和单细胞转录组数据的深度生成模型方法SpatialScope | 通过创新的模型和算法设计,能够同时提升测序型ST数据的单细胞分辨率并准确推断成像型ST数据的全转录组表达水平 | NA | 解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 624 | 2025-10-07 |
Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.06.548027
PMID:38076913
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研究论文 | 本研究通过细胞类型定位技术探索阿尔茨海默病中tau病理选择性易感性的细胞基础 | 首次在全脑水平系统研究细胞类型分布与tau病理选择性易感性的关系,发现细胞类型组成比风险基因更能预测tau病理 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 揭示阿尔茨海默病中tau病理区域性易感性的细胞机制 | 小鼠脑组织中的神经元和非神经元细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,细胞类型定位分析,基因本体分析 | MISS(矩阵逆和子集选择)细胞类型定位流程 | 单细胞RNA测序数据,转基因小鼠模型数据 | 12种不同的PS19小鼠模型,5项转基因小鼠研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 625 | 2025-10-07 |
Impact of Memory T Cells on SARS-COV-2 Vaccine Response in Hematopoietic Stem Cell Transplant
2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564259
PMID:37961434
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研究论文 | 评估造血干细胞移植受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫反应特征 | 首次在HSCT受者中结合单细胞RNA测序与TCR/BCR测序分析疫苗无应答机制 | 样本量较小(仅42例患者),缺乏长期随访数据 | 探究造血干细胞移植受者对SARS-CoV-2疫苗的免疫应答机制 | 造血干细胞移植受者和健康对照者 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序,TCR测序,BCR测序,抗体滴度检测 | NA | 单细胞转录组数据,血清学数据 | 42例HSCT受者,5例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 626 | 2025-10-07 |
Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524455
PMID:36789425
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研究论文 | 本研究探索如何通过血液单细胞转录组数据推断头颈癌患者肿瘤免疫微环境状态并预测免疫检查点治疗反应 | 首次证明肿瘤免疫细胞比例和基因表达可从匹配的PBMC单细胞转录组数据推断,并发现肿瘤记忆B细胞与调节性T细胞比例比传统标志物更能预测免疫治疗反应 | 研究样本量有限,需要更大规模验证 | 开发基于血液单细胞转录组的肿瘤免疫微环境推断和免疫治疗反应预测方法 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 单细胞转录组学 | 头颈癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 两个头颈癌患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 外周血单个核细胞单细胞RNA测序 |
| 627 | 2025-10-07 |
Construction of monocyte-related prognosis model based on comprehensive analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq in high-grade serous ovarian cancer
2023-Dec-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036548
PMID:38115318
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研究论文 | 基于批量RNA-seq和单细胞RNA-seq综合分析构建高级别浆液性卵巢癌的单核细胞相关预后模型 | 首次结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据识别单核细胞相关基因并构建HGSOC预后风险模型 | 研究依赖于公共数据库数据,缺乏独立验证队列 | 开发高级别浆液性卵巢癌的预后预测模型并探索单核细胞在肿瘤发展中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 生物信息学分析 | Cox风险比例模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的HGSOC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 628 | 2025-10-07 |
Identification of central genes for endometriosis through integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing analysis
2023-Dec-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036707
PMID:38115253
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序分析识别子宫内膜异位症的核心基因并构建预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,采用细胞通讯分析识别关键细胞亚型,并通过LASSO模型筛选出4个核心基因 | NA | 识别子宫内膜异位症发展的关键基因并构建诊断预测模型 | 子宫内膜异位症相关基因和细胞亚型 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,生物信息学分析 | LASSO模型,WGCNA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 629 | 2025-10-07 |
Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell-cell interactions in metastatic niches
2023-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43855-2
PMID:38052804
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研究论文 | 开发了一种名为sGRAPHIC的分泌型GFP重组标记系统,用于研究转移灶中癌细胞与邻近组织驻留细胞的相互作用 | 改进了基于分裂GFP的基因编码系统,开发出能高效标记深部组织中与癌细胞相邻的组织驻留细胞的sGRAPHIC技术 | 研究基于小鼠肝脏转移模型,在人类临床应用的转化价值仍需进一步验证 | 阐明转移灶中细胞间相互作用的机制 | 转移灶中的癌细胞和邻近组织驻留细胞(特别是肝细胞) | 单细胞生物学 | 癌症转移 | 单细胞RNA测序,基因编码荧光标记系统 | NA | 单细胞转录组数据,荧光成像数据 | 小鼠肝脏转移模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 630 | 2025-10-07 |
Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates
2023-12-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43420-x
PMID:38042809
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研究论文 | 通过单细胞测序研究猕猴接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后先天免疫与适应性免疫细胞的相互作用动态 | 首次整合分析mRNA-1273疫苗接种后先天免疫细胞与抗原特异性B/T细胞的单细胞转录组和适应性免疫受体 | 研究仅使用非人灵长类动物模型,样本量较小 | 揭示SARS-CoV-2疫苗接种后先天免疫与适应性免疫系统的双向信号传导机制 | 恒河猴的先天免疫细胞和抗原特异性外周B细胞、T细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据、适应性免疫受体数据 | 猕猴免疫细胞样本(包含疫苗接种前和两剂疫苗接种后时间点) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 631 | 2025-10-07 |
Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations
2023-12-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43758-2
PMID:38042900
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研究论文 | 本研究分析了2月龄婴儿在初次免疫接种后的血清学反应和转录组变化 | 首次在婴儿疫苗接种研究中结合全血转录组和单细胞RNA测序,揭示了免疫反应的异质性和可逆的转录变化 | 样本量相对有限,仅观察了短期免疫反应 | 探究婴儿对常规疫苗的免疫反应特征 | 2月龄婴儿 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序, 全血转录组分析 | NA | 转录组数据, 血清学数据 | 两个队列的2月龄婴儿 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 632 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve
2023-12-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43600-9
PMID:38040768
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研究论文 | 提出Redeconve算法,实现空间转录组数据在单细胞分辨率下的解卷积分析 | 首次实现空间转录组数据在单细胞分辨率而非仅细胞类型分辨率下的解卷积 | NA | 开发高分辨率空间转录组数据解卷积方法 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Redeconve算法 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 633 | 2025-10-07 |
Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179
2023-Jun-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1
PMID:37333134
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研究论文 | 本研究探讨了OLIG2抑制剂CT-179在预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发中的作用 | 首次证明OLIG2抑制剂CT-179可通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化过程,靶向治疗耐药性肿瘤干细胞群 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发预防髓母细胞瘤复发的新治疗策略 | Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤 | 癌症研究 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 患者来源类器官、患者来源异种移植肿瘤和基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 634 | 2025-10-07 |
Pancancer analysis reveals the role of disulfidptosis in predicting prognosis, immune infiltration and immunotherapy response in tumors
2023-Dec-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036830
PMID:38206694
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示双硫死亡在肿瘤预后预测、免疫浸润和免疫治疗反应中的作用 | 首次系统性地在33种肿瘤中分析双硫死亡相关基因的表达特征及其与肿瘤免疫微环境、治疗反应的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探索双硫死亡在肿瘤中的生物学作用及其临床意义 | 33种肿瘤的多组学数据 | 生物信息学 | 多种癌症 | 多组学数据分析,单样本基因集富集分析,单细胞测序 | 生物信息学分析算法 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | 33种肿瘤的多组学数据集 | UCSC, STRING, TIMER, TISCH, TCIA | 多组学数据分析,单细胞测序 | UCSC Xena数据库,STRING数据库,TIMER数据库,TISCH数据库,TCIA数据库 | 生物信息学分析平台和数据库 |
| 635 | 2025-10-07 |
Machine learning-based metabolism-related genes signature, single-cell RNA sequencing, and experimental validation in hypersensitivity pneumonitis
2023-Oct-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034940
PMID:37800807
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法识别了过敏性肺炎的代谢相关基因诊断标志物,并验证了其与M2巨噬细胞的关联 | 首次结合机器学习、单细胞RNA测序和实验验证,系统分析了过敏性肺炎中代谢相关基因的诊断价值及其与M2巨噬细胞的关联 | 样本来源仅限于公共数据库和部分实验验证,需要更大样本量进一步验证 | 识别过敏性肺炎的代谢相关基因诊断标志物并研究其与免疫细胞的关系 | 过敏性肺炎患者和健康对照的基因表达数据及外周血样本 | 生物信息学 | 过敏性肺炎 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 流式细胞术, 生物信息学分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自Gene Expression Omnibus数据库的样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 636 | 2025-10-07 |
Bulk RNA-seq and scRNA-seq reveal SLC7A11, a key regulatory molecule of ferroptosis, is a prognostic-related biomarker and highly related to the immune system in lung adenocarcinoma
2023-Sep-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034876
PMID:37713821
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研究论文 | 本研究通过整合分析bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,揭示SLC7A11作为铁死亡关键调控分子在肺腺癌中的预后价值和免疫系统相关性 | 首次系统性地结合bulk和单细胞转录组数据,证实SLC7A11在肺腺癌中的预后价值及其与免疫状态的密切关联 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探讨SLC7A11在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗疗效预测作用 | 肺腺癌组织和正常肺组织 | 生物信息学 | 肺腺癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | Cox回归分析, 基因集富集分析 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 637 | 2025-10-07 |
Relationship between chronic obstructive pulmonary disease and adiponectin concentrations: An updated meta-analysis and single-cell RNA sequencing
2023-Aug-18, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000034825
PMID:37603523
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研究论文 | 通过荟萃分析和单细胞RNA测序探讨慢性阻塞性肺疾病与脂联素浓度的关系 | 结合传统荟萃分析与单细胞测序技术验证脂联素在COPD中的表达差异 | 纳入研究数量有限(18篇文献24项研究),未说明样本量具体数值 | 分析COPD与脂联素浓度的关联性 | COPD患者和健康对照者 | 生物医学研究 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, 荟萃分析 | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 18篇文献24项研究(未提供具体样本数) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | GSE136831数据集 |
| 638 | 2025-10-07 |
Circadian regulation of lung repair and regeneration
2023-08-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.164720
PMID:37463053
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研究论文 | 本研究探讨生物钟对肺修复和再生的调控机制及其在呼吸道感染恢复中的作用 | 首次揭示生物钟通过不同通路调控肺再生:在气管细胞中通过Wnt/β-catenin通路,在肺泡上皮细胞中通过IL-1β | 未明确说明样本规模,且机制研究主要基于模型系统 | 探究生物钟在肺修复和再生过程中的作用机制 | 人类队列数据、肺类器官、气管细胞、肺泡上皮细胞 | 生物医学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序、类器官培养、病毒感染模型 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | UK Biobank队列数据(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 639 | 2025-10-07 |
GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations
2023-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44017-0
PMID:38092776
|
研究论文 | 提出一种图引导神经张量分解模型GNTD,用于从稀疏空间转录组数据中重建完整空间转录组 | 采用分层张量结构和三层神经网络进行非线性分解,并结合空间位置关系和基因功能关系提升重建准确性 | 未明确说明模型在特定组织类型或技术平台上的局限性 | 开发空间转录组数据重建方法,解决技术限制导致的数据稀疏性问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图引导神经张量分解(GNTD), 神经网络 | 空间基因表达数据 | 22个Visium数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium空间转录组技术, BGI Stereo-seq高分辨率空间转录组技术 |
| 640 | 2025-10-07 |
Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion
2023-12-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43827-6
PMID:38071397
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研究论文 | 本研究揭示了空间几何约束通过触发胶原蛋白IV的异质性表达调控细菌-宿主粘附的机制 | 首次发现几何约束通过空间异质性胶原蛋白表达调控细菌粘附,并提出了胶原抑制剂作为抗生素佐剂的新策略 | 研究主要基于体外微图案化细胞模型,体内复杂性可能未被完全模拟 | 探究空间几何约束对细菌-宿主相互作用的调控机制 | 受几何约束的细胞单层与细菌的相互作用 | 细胞生物学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序, 微图案化技术 | NA | 基因表达数据, 力学测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |