单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 621 - 640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2024-09-30 |
Reliable Identification and Interpretation of Single-Cell Molecular Heterogeneity and Transcriptional Regulation using Dynamic Ensemble Pruning
2023-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205442
PMID:37290050
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研究论文 | 提出了一种动态集成剪枝框架（DEPF）用于识别和解释单细胞分子异质性和转录调控 | 开发了基于轮廓系数的指示器来确定双目标函数的优化方向，并设计了双目标果蝇优化算法来动态剪枝低质量的基本聚类 | NA | 解决无监督聚类模型中目标函数优化方向与最终聚类标签不一致的问题 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 自编码器 | 基因表达数据 | 28个真实scRNA-seq数据集和一个大型真实scRNA-seq数据集 |
| 622 | 2024-09-30 |
MAPK inhibitor sensitivity scores predict sensitivity driven by the immune infiltration in pediatric low-grade gliomas
2023-07-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40235-8
PMID:37500667
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研究论文 | 本文研究了MAPK抑制剂敏感性评分在预测儿童低级别胶质瘤免疫浸润驱动敏感性中的作用 | 通过单样本基因集富集分析计算MAPKi敏感性评分，并发现其与免疫细胞浸润和治疗反应相关 | 需要在前瞻性临床试验中验证这些评分 | 开发更复杂的生物标志物以识别可能从MAPK抑制剂治疗中受益的儿童低级别胶质瘤患者 | 儿童低级别胶质瘤及其对MAPK抑制剂的反应 | NA | 儿童低级别胶质瘤 | 单样本基因集富集分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了GDSC数据集和独立的PDX数据集 |
| 623 | 2024-09-30 |
Liver in infections: a single-cell and spatial transcriptomics perspective
2023-Jul-10, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-023-00945-z
PMID:37430371
|
综述 | 本文综述了高吞吐量单细胞技术的发展及其在理解肝脏在感染中的功能方面的应用 | 本文重新定义了我们对肝脏在感染中的功能的理解，并揭示了以前未知的致病途径和疾病机制 | NA | 总结新兴高吞吐量单细胞技术的发展，并重新定义我们对肝脏在感染中的功能的理解 | 肝脏在感染中的功能，包括乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、疟原虫、血吸虫病、内毒素血症和新冠病毒病2019 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 624 | 2024-09-30 |
Spatial Transcriptomics: Technical Aspects of Recent Developments and Their Applications in Neuroscience and Cancer Research
2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202206939
PMID:37026425
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综述 | 本文综述了空间转录组学的最新进展及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 空间转录组学从传统生物学研究转向“原位”生物学，提供了转录组规模的空间信息 | NA | 探讨空间转录组学的技术进展及其在生物医学领域的应用 | 空间转录组学技术及其在神经科学和癌症研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 625 | 2024-09-30 |
Identification of potential resistance mechanisms and therapeutic targets for the relapse of BCMA CAR-T therapy in relapsed/refractory multiple myeloma through single-cell sequencing
2023-May-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00402-5
PMID:37158921
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了BCMA CAR-T治疗后复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境，识别潜在的耐药机制和治疗靶点 | 本研究首次通过单细胞RNA测序深入分析了BCMA CAR-T治疗后复发的耐药机制，并探索了新的治疗靶点 | 研究结果需要进一步的实验验证 | 深入分析BCMA CAR-T治疗后复发的耐药机制，并探索新的治疗靶点 | 复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA数据 | 复发/难治性多发性骨髓瘤患者的骨髓CD45+细胞 |
| 626 | 2024-09-30 |
Novel Human Meningioma Organoids Recapitulate the Aggressiveness of the Initiating Cell Subpopulations Identified by ScRNA-Seq
2023-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205525
PMID:36994665
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术识别出高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群，并通过建立患者来源的脑膜瘤类器官模型，验证了该亚群的侵袭性，并发现了一种潜在的治疗药物 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群，并建立了患者来源的脑膜瘤类器官模型来验证其侵袭性 | NA | 揭示高级别脑膜瘤恶性进展和复发的机制，并寻找新的治疗靶点 | 高级别脑膜瘤中的独特起始细胞亚群及其在肿瘤进展和复发中的作用 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 627 | 2024-09-30 |
Enabling Single-Cell Drug Response Annotations from Bulk RNA-Seq Using SCAD
2023-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204113
PMID:36762572
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研究论文 | 本文提出了一种转移学习模型，利用批量RNA测序数据推断单细胞水平的药物敏感性 | 本文首次提出了一种转移学习模型，通过学习大量公共数据集中的细胞系群体转录组谱和药物基因组信息，推断单细胞水平的药物疗效 | 本文的局限性在于依赖于预临床细胞系数据，可能无法完全反映临床实际情况 | 研究目的是通过单细胞水平的药物敏感性推断，理解抗癌反应异质性和药物抗性的机制 | 研究对象是单细胞和批量RNA测序数据中的药物敏感性 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | 转移学习模型 | 基因表达数据 | 大量公共数据集中的细胞系群体 |
| 628 | 2024-09-30 |
Complex Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Data
2023-Feb, Biochemistry. Biokhimiia
DOI:10.1134/S0006297923020074
PMID:37072324
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的不同方法，讨论了生物信息学工具的优缺点，并提供了成功应用的示例和改进建议 | 强调了创建新的多组学协议以更全面地理解单个细胞的必要性 | 讨论了现有生物信息学工具的优缺点 | 探讨单细胞RNA测序数据分析的方法及其在临床和研究中的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在疾病分子机制分析中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 629 | 2024-09-30 |
A marker gene-based method for identifying the cell-type of origin from single-cell RNA sequencing data
2023, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2023.102196
PMID:37424758
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于标记基因的单细胞RNA测序数据细胞类型识别方法Sargent | Sargent是一种无需转换和聚类的单细胞注释算法，能够快速准确地识别细胞类型起源，并保留了基于聚类的手动注释的灵活性和生物可解释性 | NA | 开发一种能够快速准确识别单细胞RNA测序数据中细胞类型起源的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据和来自人体器官（如PBMC、心脏、肾脏和肺）的单细胞RNA测序数据 |
| 630 | 2024-09-30 |
CD28/PD1 co-expression: dual impact on CD8+ T cells in peripheral blood and tumor tissue, and its significance in NSCLC patients' survival and ICB response
2023-Oct-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02846-3
PMID:37898752
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研究论文 | 研究探讨了CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术分析了CD8+ T细胞在不同组织中的功能状态和转录特征，揭示了CD28在免疫检查点抑制剂反应中的关键作用 | 研究样本仅限于治疗前的非小细胞肺癌患者，可能无法完全代表所有患者的情况 | 探讨CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响 | CD8+ T细胞在周围血液、肿瘤组织和非肿瘤组织中的功能状态和转录特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、多参数流式细胞术 | NA | RNA | 治疗前的非小细胞肺癌患者 |
| 631 | 2024-09-30 |
Mitochondrial dysfunction promotes the transition of precursor to terminally exhausted T cells through HIF-1α-mediated glycolytic reprogramming
2023-10-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42634-3
PMID:37891230
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研究论文 | 研究线粒体功能障碍如何通过HIF-1α介导的糖酵解重编程促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变 | 揭示了线粒体功能障碍是T细胞功能耗竭的细胞内在触发因素，并通过HIF-1α介导的代谢重编程机制促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变 | NA | 探讨线粒体功能障碍在T细胞耗竭中的作用及其分子机制 | 前体T细胞（Tpex）和终末耗竭T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 基因缺陷小鼠模型、单细胞转录组学和代谢组分析 | NA | 转录组数据、代谢数据 | 基因缺陷小鼠 |
| 632 | 2024-09-30 |
stVAE deconvolves cell-type composition in large-scale cellular resolution spatial transcriptomics
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad642
PMID:37862237
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研究论文 | 本文介绍了一种基于变分自编码器框架的方法stVAE，用于解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成 | stVAE能够准确识别细胞类型及其在空间转录组数据中的相对比例，有助于理解细胞群体的异质性及其在组织中的相互作用 | NA | 开发一种新的方法来解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成 | 细胞分辨率空间转录组数据中的细胞类型组成 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 变分自编码器 | 转录组数据 | 五个数据集，涵盖三种不同的生物组织 |
| 633 | 2024-09-30 |
LPS-induced acute neuroinflammation, involving interleukin-1 beta signaling, leads to proteomic, cellular, and network-level changes in the prefrontal cortex of mice
2023-Mar, Brain, behavior, & immunity - health
DOI:10.1016/j.bbih.2023.100594
PMID:36713475
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研究论文 | 研究了外周感染诱导的神经炎症对小鼠前额叶皮层电生理和蛋白质组学的影响 | 首次比较了IL-1β对前额叶皮层锥体细胞和中间神经元的电生理效应，并发现了LPS处理后前额叶皮层电生理和分子水平的显著变化 | NA | 探讨外周感染诱导的急性系统性炎症对前额叶皮层认知功能的影响 | 小鼠前额叶皮层的电生理和蛋白质组学变化 | 神经科学 | NA | 电生理记录、2-D差异凝胶电泳、质谱分析 | NA | 电生理数据、蛋白质组数据 | 雄性小鼠 |
| 634 | 2024-09-30 |
Reconstruction of the tumor spatial microenvironment along the malignant-boundary-nonmalignant axis
2023-02-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36560-7
PMID:36806082
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研究论文 | 开发了一种名为Cottrazm的工具，结合空间转录组学、苏木精和伊红染色图像以及单细胞转录组学，用于描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱 | 首次将空间转录组学与病理学图像和单细胞转录组学结合，以描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱 | NA | 揭示肿瘤空间微环境的结构和功能特征 | 肿瘤边界及其与恶性细胞和非恶性细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学、苏木精和伊红染色、单细胞转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | NA |
| 635 | 2024-09-30 |
Overview of single-cell RNA sequencing analysis and its application to spermatogenesis research
2023 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12502
PMID:36726594
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序分析及其在精子发生研究中的应用 | 单细胞RNA测序识别出成鼠睾丸中的间充质细胞和II型先天淋巴细胞作为新的睾丸细胞类型，以及详细的生殖细胞亚型 | 单细胞RNA测序分析需要广泛的实验技术和生物信息学知识，对许多实验生物学家和临床医生来说难以使用 | 使单细胞RNA测序分析更加普及，并总结了使用该技术在人类和小鼠精子发生研究中获得的最新见解 | 人类和小鼠的精子发生过程 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 636 | 2024-09-28 |
Elucidating dynamic cell lineages and gene networks in time-course single cell differentiation
2023-Dec, Artificial intelligence in the life sciences
DOI:10.1016/j.ailsci.2023.100068
PMID:37426065
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研究论文 | 本文开发了一种名为Cell Smoothing Transformation (CellST)的机器学习框架，用于阐明细胞分化过程中的动态细胞谱系和基因网络 | CellST能够为每个单独细胞构建轨迹并跟踪其行为，不同于现有方法构建单一的细胞群轨迹，并且能够预测较少见的细胞类型的命运 | NA | 追踪细胞分化行为，重建细胞谱系并预测细胞命运 | 单细胞RNA测序数据中的细胞谱系和基因网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 637 | 2024-09-28 |
Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data
2023-11-10, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad002
PMID:37119295
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研究论文 | 本文研究了使用单细胞RNA测序数据在胶质母细胞瘤中应用机器学习算法来分析肿瘤内异质性 | 本文提出了多种机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的比较，以分类不同的细胞群，并展示了最佳模型的生物标志物候选 | 本文未详细讨论所使用算法的具体局限性或可能的改进方法 | 研究机器学习算法在胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据上的应用，以理解肿瘤内异质性并寻找有效的治疗方法 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤核心、肿瘤边缘和正常边缘细胞群 | 机器学习 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 638 | 2024-09-28 |
Multiscale integrative analyses unveil immune-related diagnostic signature for the progression of MASLD
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000298
PMID:37851406
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研究论文 | 本研究通过多尺度综合分析揭示了与MASLD进展相关的免疫相关诊断标志物 | 本研究首次系统整合了66种免疫细胞类型，通过多种分析方法识别出C-X-C motif chemokine receptor 4和dedicator of cytokinesis 8作为MASLD进展的潜在诊断生物标志物，并揭示了其在单细胞水平上的细胞通讯机制 | 本研究主要基于bulk和单细胞RNA-Seq数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对MASLD进展机制的全面理解 | 研究MASLD进展的免疫相关诊断标志物及其分子机制 | MASLD进展中的免疫细胞类型和基因表达变化 | 数字病理学 | 肝病 | RNA-Seq | 机器学习算法 | RNA-Seq数据和临床数据 | 66种免疫细胞类型 |
| 639 | 2024-09-28 |
Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology
2023-Oct-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242015339
PMID:37895019
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研究论文 | 研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育机制的细胞模型 | 首次使用从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）进行单细胞RNA测序，以研究精神分裂症的神经发育机制 | 样本量较小，仅包括两个精神分裂症患者和两个对照组的样本 | 研究精神分裂症的神经发育分子机制 | 从鼻甲中培养的间充质细胞（CNON）及其在精神分裂症中的基因表达 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4个样本，包括2个精神分裂症患者和2个对照组 |
| 640 | 2024-09-28 |
Hematologic Neoplasms Associated with Down Syndrome: Cellular and Molecular Heterogeneity of the Diseases
2023-Oct-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242015325
PMID:37895004
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研究论文 | 本文探讨了唐氏综合症（DS）相关血液肿瘤的细胞和分子异质性 | 利用单细胞多组学技术，如单细胞RNA测序和数字空间分析，提供了对DS相关血液肿瘤细胞和分子异质性的新见解 | 唐氏综合症易患白血病的分子基础尚未完全理解 | 研究唐氏综合症相关血液肿瘤的分子基础和异质性 | 唐氏综合症相关髓系白血病（ML-DS）和急性淋巴细胞白血病（ALL-DS） | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序，数字空间分析 | NA | 单细胞RNA数据，空间数据 | NA |