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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2025-10-07 |
Binned multinomial logistic regression for integrative cell-type annotation
2023-Dec, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/23-aoas1769
PMID:40206429
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研究论文 | 提出一种分箱多项逻辑回归方法,用于整合不同分辨率标签的单细胞数据集进行细胞类型注释 | 开发了能够整合具有不一致分辨率标签的多个数据集的统一模型,解决了现有监督学习方法在此方面的挑战 | 需要解决非凸优化问题,计算复杂度可能较高 | 开发自动化的细胞类型注释方法,整合多数据集的不一致标签 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 分箱多项逻辑回归,块近端梯度下降算法 | 基因表达数据 | 10个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 622 | 2025-10-07 |
Hematopoietic stem and progenitor cells confer cross-protective trained immunity in mouse models
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107596
PMID:37664586
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研究论文 | 本研究揭示了造血干细胞和祖细胞通过训练免疫机制在不同病原体间提供交叉保护作用 | 发现HSPCs对感染产生异质性反应,可诱导骨髓源性巨噬细胞功能增强并产生针对不同病原体的交叉保护 | 研究仅限于小鼠模型,特异性反应和负责细胞类型仍需进一步明确 | 探究造血干细胞和祖细胞在训练免疫中的作用机制和交叉保护效应 | 小鼠造血干细胞和祖细胞及衍生的巨噬细胞 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 623 | 2025-10-07 |
Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis
2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02829-3
PMID:37344856
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了孕酮通过Id2/Pim1轴减轻Th17细胞致病性来治疗自身免疫性葡萄膜炎的机制 | 首次构建了孕酮治疗实验性自身免疫性葡萄膜炎的高维免疫图谱,揭示了孕酮通过调节Id2/Pim1轴和IL-23/Th17/GM-CSF信号通路改善Th17/Treg失衡的新机制 | 研究仅限于动物模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 624 | 2025-10-07 |
Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues
2023-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05795-1
PMID:36922587
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研究论文 | 开发两种空间表观基因组-转录组联合分析技术,实现在同一组织切片上同时检测染色质可及性与基因表达或组蛋白修饰与基因表达 | 首次实现空间分辨的全基因组表观基因组与转录组联合分析,突破现有单组学检测限制 | 技术分辨率接近单细胞水平但尚未完全达到单细胞精度 | 探索表观遗传机制在组织中控制转录表型和细胞动态的机制 | 胚胎和幼年小鼠大脑、成年人类大脑组织 | 空间多组学 | NA | 空间表观基因组学、空间转录组学、染色质可及性测序、组蛋白修饰检测 | NA | 空间组学数据、基因表达数据、表观遗传数据 | 小鼠胚胎和幼年大脑、成年人类大脑组织样本 | NA | 空间表观基因组学、空间转录组学、单细胞多组学 | NA | NA |
| 625 | 2025-10-07 |
Toll-Like Receptor 4 Agonist Injection With Concurrent Radiotherapy in Patients With Metastatic Soft Tissue Sarcoma: A Phase 1 Nonrandomized Controlled Trial
2023-12-01, JAMA oncology
IF:22.5Q1
DOI:10.1001/jamaoncol.2023.4015
PMID:37824131
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研究论文 | 评估TLR4激动剂GLA-SE联合放疗治疗转移性软组织肉瘤的安全性、疗效和免疫调节作用 | 首次在转移性软组织肉瘤患者中研究瘤内注射TLR4激动剂GLA-SE联合放疗的免疫治疗策略 | 单中心非随机对照试验,样本量较小(12例患者) | 评估TLR4激动剂联合放疗在转移性软组织肉瘤中的安全性和免疫调节效果 | 转移性软组织肉瘤患者 | 临床医学 | 软组织肉瘤 | 免疫组织化学,T细胞受体测序,单细胞测序 | NA | 临床数据,测序数据 | 12例患者 | NA | TCR测序,单细胞测序 | NA | NA |
| 626 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics of Mtb/HIV Co-Infection
2023-09-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12182295
PMID:37759517
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综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学技术研究结核分枝杆菌/艾滋病共感染的免疫图谱进展 | 系统总结了单细胞RNA测序在揭示结核/艾滋病共感染中宿主-病原体相互作用和免疫异质性的创新应用 | 作为综述文章,不涉及原始实验数据,主要基于已有研究进行总结分析 | 探讨单细胞转录组学在结核/艾滋病共感染研究中的应用价值 | 结核分枝杆菌和艾滋病病毒的共感染机制及免疫反应 | 单细胞组学 | 结核病/艾滋病共感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 627 | 2025-10-07 |
Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401
2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235
PMID:37463058
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研究论文 | 评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗联合来那度胺维持治疗在自体造血细胞移植后对多发性骨髓瘤患者的疗效 | 首次在随机II期试验中评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗的免疫反应和临床效果 | 未能在移植后1年显示完全缓解率的统计学显著改善 | 评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者的免疫应答和临床疗效 | 多发性骨髓瘤患者 | 肿瘤免疫治疗 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组测序, DC/MM融合疫苗技术 | 随机对照试验 | 临床数据, 免疫学数据, 转录组数据 | 203名入组患者, 140名随机分组患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 628 | 2025-10-07 |
A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolic profiles in SARS-CoV-2 and HIV-1 infections
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1105673
PMID:36992700
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据比较SARS-CoV-2和HIV-1感染中免疫反应的相似性和差异性 | 开发新型共识单细胞注释方法,首次系统比较两种不同病理生理学病毒感染的单细胞免疫图谱 | 样本量相对较小(仅20名患者),仅使用已发表的单细胞RNA测序数据 | 揭示SARS-CoV-2和HIV-1感染中免疫反应和代谢特征的异同 | COVID-19患者、HIV-1感染者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 病毒感染疾病 | 单细胞RNA测序 | 共识单细胞注释方法 | 单细胞RNA测序数据 | 111,566个单PBMCs,来自7名COVID-19患者、10名HIV-1感染者和3名健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 629 | 2025-10-07 |
Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain
2023-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-022-00335-4
PMID:37118510
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研究论文 | 开发基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟,用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程 | 首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟,能够量化转录组年轻化 | 研究仅基于小鼠模型,样本量相对有限 | 开发细胞类型特异性衰老时钟来表征大脑神经发生区域的衰老和年轻化 | 小鼠大脑室下区神经发生区域 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 单细胞转录组数据 | 28只小鼠,覆盖从年轻到老年的不同年龄段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 630 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107703
PMID:37701814
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠膀胱癌模型,识别具有预后相关性的性别特异性转录特征 | 首次在单细胞水平系统比较雄性和雌性膀胱癌肿瘤微环境的转录差异,并验证了BBN模型在研究人类膀胱癌性别差异中的相关性 | 研究基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探究膀胱癌性别差异的分子机制并识别预后相关标志物 | BBN诱导的小鼠膀胱癌模型 | 单细胞转录组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | BBN诱导的小鼠膀胱癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 631 | 2025-10-07 |
Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease
2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.12.23295440
PMID:37745408
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研究论文 | 本研究使用空间转录组学技术分析海马区tau病理相关的转录特征,比较原发性年龄相关tau病和阿尔茨海默病的分子变化 | 首次在PART和AD中识别出与神经元内tau病理相关的两个新型基因表达特征,并发现两种疾病具有相似的转录变化 | 样本量较小(仅16例),仅关注海马CA1锥体神经元,结果需要在更大样本和更广泛脑区验证 | 探索PART和AD中神经元内tau病理相关的分子变化及其相似性 | 人类海马组织样本,包括6例PART、6例AD和4例对照病例 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 16例人类海马组织样本(6例PART、6例AD、4例对照) | NA | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组学平台 |
| 632 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium
2023-Jun, European journal of protistology
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978
PMID:37080141
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了草履虫细胞分裂过程中关键调控基因的表达模式 | 首次在单细胞真核生物草履虫中利用单细胞转录组技术系统揭示细胞分裂相关枢纽基因 | 研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum物种,未验证枢纽基因的具体功能机制 | 探索纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制 | Paramecium cf. multimicronucleatum(多小核草履虫)细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 633 | 2025-10-07 |
CTLA4 protects against maladaptive cytotoxicity during the differentiation of effector and follicular CD4+ T cells
2023-07, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-023-01027-8
PMID:37161048
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示CTLA4在调控CD4+ T细胞分化过程中抑制细胞毒性表型形成的作用机制 | 首次发现CD57标记的CD4+ T细胞具有细胞毒性功能,并证明CTLA4是调控该表型的关键因子 | 样本量有限,主要聚焦于原发性抗体缺陷症患者 | 探究CTLA4在CD4+ T细胞分化过程中的保护作用机制 | 原发性抗体缺陷症患者的CD57+ CD4+ T细胞 | 免疫学 | 原发性抗体缺陷症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 匹配的血液和扁桃体样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 634 | 2025-10-07 |
Regulation of c-SMAC formation and AKT-mTOR signaling by the TSG101-IFT20 axis in CD4+ T cells
2023-05, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-023-01008-x
PMID:37029318
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现IFT20-TSG101轴通过调控SMAC形成来调节CD4+ T细胞的AKT-mTOR信号通路 | 首次揭示IFT20与TSG101相互作用促进SMAC形成并调节AKT-mTOR信号通路的机制 | 研究主要关注CD4+ T细胞,未涉及其他免疫细胞类型 | 探究CD4+ T细胞中SMAC形成的调控机制及其对细胞活化的影响 | CD4+ T细胞和小鼠模型 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 635 | 2025-10-07 |
Dendritic cell subsets in cancer immunity and tumor antigen sensing
2023-05, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-023-00990-6
PMID:36949244
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综述 | 本文综述了树突状细胞在肿瘤免疫和肿瘤抗原识别中的作用机制及治疗潜力 | 整合单细胞RNA测序分析揭示树突状细胞的表型获得、转录状态和功能程序 | NA | 探讨树突状细胞捕获和激活肿瘤细胞抗原的机制及肿瘤微环境对其功能的调控 | 树突状细胞及其在肿瘤免疫中的作用 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 636 | 2025-10-07 |
Type I interferon signaling facilitates resolution of acute liver injury by priming macrophage polarization
2023-02, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-022-00966-y
PMID:36596875
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了I型干扰素在急性肝损伤中通过调控髓系细胞分化促进肝脏修复的作用机制 | 首次发现I型干扰素依赖的三向通讯通路,涉及中间修复性巨噬细胞、衰老中性粒细胞和Trem2+修复性巨噬细胞的相互作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明I型干扰素在乙酰氨基酚过量诱导的急性肝损伤中对髓系细胞功能的调控机制 | 肝脏CD11b+髓系细胞,包括巨噬细胞和中性粒细胞 | 单细胞生物学 | 急性肝损伤 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 批量转录组数据 | 野生型和STAT2 T403A突变小鼠的肝脏CD11b+细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 637 | 2025-10-07 |
Dissection of Cellular Communication between Human Primary Osteoblasts and Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells in Osteoarthritis at Single-Cell Resolution
2023-Aug-30, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc22101
PMID:37105556
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术解析了人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞通讯机制 | 首次在单细胞水平系统揭示了成骨细胞与骨髓间充质干细胞之间的细胞通讯网络,并发现了一个新的前成骨细胞亚型 | 研究主要基于转录组数据分析,需要进一步的实验验证细胞通讯机制 | 探究人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞通讯 | 人类原发性成骨细胞和骨髓间充质干细胞 | 单细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 638 | 2025-10-07 |
Potential Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease from Genetic Studies
2023-04-15, Biology
DOI:10.3390/biology12040602
PMID:37106802
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综述 | 通过单细胞测序和空间基因组学研究阿尔茨海默病的潜在分子机制 | 整合单细胞测序和空间基因组学数据,将AD分子机制差异归纳为四大关键类别并识别新的分子失衡原因 | 采用叙述性综述方法,缺乏系统性meta分析 | 识别阿尔茨海默病分子失衡的共同原因及其潜在机制 | 阿尔茨海默病相关分子机制 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间基因组学 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 639 | 2025-10-07 |
Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma
2023-03-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37211-7
PMID:36973268
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研究论文 | 通过多组学方法揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物、表观遗传调控和空间异质性 | 首次整合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学数据,鉴定出20个肿瘤特异性标志物并发现铜蓝蛋白在肿瘤-间质相互作用中的新功能 | 样本量相对有限(34例snRNA-seq,28例snATAC-seq),需要在更大队列中验证发现 | 阐明透明细胞肾细胞癌的进展标志物和关键通路 | 人类透明细胞肾细胞癌标本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | 多组学整合分析 | 基因组, 转录组, 表观基因组, 蛋白质组, 空间转录组 | 34例snRNA-seq样本,28例snATAC-seq样本 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 640 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq identified novel genes involved in primordial follicle formation
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1285667
PMID:38149096
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定参与原始卵泡形成的新基因和配体-受体相互作用 | 首次发现ANXA7和GTF2F1在原始卵泡形成中的功能作用,以及Mdk-Sdc1配体-受体相互作用的关键机制 | 样本量有限,人类胎儿卵巢仅使用25周样本,功能验证主要在小鼠模型中进行 | 探索原始卵泡形成的分子机制及其与早发性卵巢功能不全的关系 | 小鼠和人类卵巢组织,93例POI患者和465例对照 | 单细胞组学 | 早发性卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序,全外显子组测序,全基因组测序,免疫荧光,体外卵巢培养 | NA | 单细胞转录组数据,基因组数据 | 93例POI病例和465例对照,25周人类胎儿卵巢 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序,全基因组测序 | NA | NA |