单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2024-09-14 |
Pitfalls and opportunities for applying latent variables in single-cell eQTL analyses
2023-02-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02873-5
PMID:36823676
|
研究论文 | 本文探讨了在单细胞eQTL分析中应用潜在变量的陷阱和机遇 | 本文首次系统评估了PEER和PCA在单细胞eQTL分析中的表现，并提出了改进方法以提高eGenes的发现能力 | 本文主要集中在PEER和PCA方法的评估，未涵盖其他潜在变量方法 | 评估和改进在单细胞eQTL分析中使用潜在变量的方法 | 单细胞RNA-seq数据中的潜在变量应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | PCA, PEER | 基因表达数据 | 不同细胞类型的单细胞RNA-seq数据 |
| 602 | 2024-09-14 |
ASGARD is A Single-cell Guided Pipeline to Aid Repurposing of Drugs
2023-02-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36637-3
PMID:36813801
|
研究论文 | 提出了一种名为ASGARD的单细胞引导药物再利用管道，通过定义药物评分来推荐药物，考虑所有细胞簇以解决每个患者内的细胞间异质性 | ASGARD在单药治疗方面显示出比基于大量细胞的药物再利用方法更好的平均准确性，并且在细胞簇级别的预测方法中也表现出色 | NA | 开发一种用于精准医学的单细胞引导药物再利用推荐工具 | 单细胞RNA测序数据和药物再利用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | Triple-Negative-Breast-Cancer患者样本 |
| 603 | 2024-09-14 |
Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer
2023-02-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36559-0
PMID:36810839
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于从单细胞多组学数据中推断生物网络的深度学习方法DeepMAPS | DeepMAPS通过使用异构图和多头图变换器，在局部和全局上下文中学习细胞和基因之间的关系，从而有效地推断不同细胞类型中的活性生物网络及其对外部刺激的响应 | NA | 开发一种能够从单细胞多组学数据中有效推断生物网络的工具 | 单细胞多组学数据中的生物网络 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学 | 多头图变换器 | 单细胞多组学数据 | 包括肺肿瘤白细胞CITE-seq数据和匹配的弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤scRNA-seq和scATAC-seq数据 |
| 604 | 2024-09-14 |
Cell-type deconvolution of bulk RNA-Seq from kidney using opensource bioinformatic tools
2023-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528258
PMID:36824792
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用开源生物信息学工具从肾脏组织中进行bulk RNA-Seq细胞类型反卷积的方法 | 提出了一种用户友好的开源方法，利用已发表的单细胞RNA-Seq数据作为参考，评估bulk RNA-Seq数据中异质组织的细胞类型组成 | 该方法依赖于已有的单细胞RNA-Seq数据作为参考，可能不适用于所有类型的组织或样本 | 旨在解决传统bulk RNA-Seq无法评估异质组织中细胞类型组成的问题，以区分生物差异和技术差异 | 研究对象为雌性和雄性狒狒的肾脏皮质bulk RNA-Seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 雌性狒狒样本8个，雄性狒狒样本9个 |
| 605 | 2024-09-14 |
Modeling Blast Crisis Using Mutagenized Chronic Myeloid Leukemia-Derived Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs)
2023-02-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040598
PMID:36831265
|
研究论文 | 本文通过使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，特别是爆炸危机（BC-CML），以识别新的治疗靶点 | 首次使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，并识别出CD25作为CML进展的标志物 | 研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证 | 模拟CML的进展并识别新的治疗靶点 | 慢性髓性白血病（CML）的诱导多能干细胞（iPSCs） | 细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三组CML来源的iPSC细胞系，分别进行60天的ENU处理，并在造血分化第12天进行分析 |
| 606 | 2024-09-14 |
Inducible disruption of Tet genes results in myeloid malignancy, readthrough transcription, and a heterochromatin-to-euchromatin switch
2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2214824120
PMID:37406303
|
研究论文 | 本文研究了在小鼠基因组中诱导性删除所有三个TET基因对骨髓恶性肿瘤、转录通读和异染色质到常染色质转换的影响 | 本文首次揭示了TET酶在DNA去甲基化之外的作用，包括增加转录通读和改变三维基因组组织 | 本文主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究TET酶缺乏对体内基因表达和基因组组织的影响 | 小鼠基因组中的TET基因和骨髓细胞 | NA | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个骨髓细胞样本 |
| 607 | 2024-09-14 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Mouse Testicular Germ Cells Reveals Important Role of Phosphorylated GRTH/DDX25 in Round Spermatid Differentiation and Acrosome Biogenesis during Spermiogenesis
2023-Feb-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043127
PMID:36834539
|
研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序分析小鼠睾丸生殖细胞，揭示了磷酸化GRTH/DDX25在圆形精子细胞分化和顶体生物发生中的重要作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞，揭示了磷酸化GRTH在精子细胞分化和顶体形成中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种 | 探讨GRTH在不同精子发生阶段对生殖细胞发育的影响 | 小鼠睾丸生殖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞 |
| 608 | 2024-09-14 |
Combined Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal the Metabolic Evolvement of Breast Cancer during Early Dissemination
2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205395
PMID:36594618
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌早期扩散过程中代谢变化的动态过程 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌细胞在早期扩散过程中从糖酵解向氧化磷酸化的转变 | 研究样本量较小，仅包括四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结 | 揭示乳腺癌早期扩散过程中的代谢变化 | 乳腺癌细胞及其在早期扩散过程中的代谢变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 65,968个细胞，来自四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结 |
| 609 | 2024-09-14 |
TCR-engineered adoptive cell therapy effectively treats intracranial murine glioblastoma
2023-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006121
PMID:36808076
|
研究论文 | 本文研究了TCR工程化的细胞疗法在治疗小鼠脑胶质母细胞瘤中的有效性 | 首次在临床前胶质瘤模型中生成了针对内源性新抗原的TCR转基因小鼠，并展示了新抗原特异性T细胞的转移治疗潜力 | MISTIC T细胞疗法在具有异质性mImp3表达的肿瘤小鼠中失效，展示了靶向治疗在多克隆人类肿瘤中的障碍 | 研究TCR工程化细胞疗法在治疗脑胶质母细胞瘤中的潜力 | 小鼠脑胶质母细胞瘤模型GL261 | 数字病理学 | 脑胶质母细胞瘤 | 单细胞PCR、流式细胞术、单细胞RNA测序、全外显子和RNA测序 | TCR转基因小鼠 | 基因组数据 | 多个GL261-bearing小鼠样本 |
| 610 | 2024-09-14 |
Human ureteric bud organoids recapitulate branching morphogenesis and differentiate into functional collecting duct cell types
2023-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01429-5
PMID:36038632
|
研究论文 | 本文描述了从人类多能干细胞（hPSCs）高效、无血清分化为输尿管芽（UB）类器官和功能性集合管细胞的方法 | 本文首次展示了从hPSCs高效分化为UB类器官和功能性集合管细胞，并展示了其在三维基质中形成分支形态发生的能力 | NA | 研究旨在开发一种高效的方法，将人类多能干细胞分化为功能性输尿管和集合管上皮细胞，以促进肾脏再生医学 | 人类多能干细胞（hPSCs）及其分化产物输尿管芽（UB）类器官和集合管细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 611 | 2024-09-14 |
Statistical Power Analysis for Designing Bulk, Single-Cell, and Spatial Transcriptomics Experiments: Review, Tutorial, and Perspectives
2023-01-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13020221
PMID:36830591
|
综述 | 本文综述了批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学实验设计中的统计功效分析 | 本文首次系统地讨论了三种基因表达谱技术（批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学）的统计功效分析，并提供了现有工具的综述和建议 | 目前尚无针对高通量空间转录组学的统计功效分析工具，因此本文仅探讨了影响功效分析的因素 | 探讨不同基因表达谱技术在实验设计中的统计功效分析 | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 612 | 2024-09-14 |
Fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-Jan-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2485985/v1
PMID:36747625
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型方法，用于标准化和整合单细胞转录组数据 | MASI通过细胞类型标记而非模型推断进行整合，能够在个人笔记本电脑上注释约一百万个细胞，为单细胞研究提供了一种廉价的计算替代方案 | NA | 开发一种快速且计算成本低的工具，用于标准化细胞类型注释和整合单细胞转录组数据 | 单细胞转录组数据的标准化和整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 无模型方法 | 基因表达矩阵 | 约一百万个细胞 |
| 613 | 2024-09-14 |
Multimodal mapping of cell types and projections in the central nucleus of the amygdala
2023-01-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.84262
PMID:36661218
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，系统地分析了中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 开发了新的方法将EASI-FISH与5-plex逆行轴突标记结合，揭示了中央杏仁核的空间分子组织结构和远距离轴突投射网络 | NA | 系统地研究中央杏仁核中的细胞类型及其投射，揭示其空间分子组织结构和功能 | 中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 荧光原位杂交 (EASI-FISH), 逆行轴突标记 | NA | 基因表达数据 | 约30,000个分子定义的中央杏仁核神经元 |
| 614 | 2024-09-14 |
Marker-free characterization of full-length transcriptomes of single live circulating tumor cells
2023-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276600.122
PMID:36414416
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为unCTC的R包，用于从单细胞转录组数据中无偏倚地识别和表征循环肿瘤细胞 | 提出了名为DDLK的深度字典学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类，以及基于表达的拷贝数变异推断和组合标记验证恶性表型的方法 | NA | 开发一种无偏倚的方法来识别和表征循环肿瘤细胞，以更好地理解转移性癌症的生物学特性、监测疾病进展和疾病管理 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名患者的循环肿瘤细胞 |
| 615 | 2024-09-13 |
Gestational ozone inhalation elicits maternal cardiac dysfunction and transcriptional changes to placental pericytes and endothelial cells
2023-11-28, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfad092
PMID:37695302
|
研究论文 | 研究了孕期臭氧吸入对母体心脏功能和胎盘细胞转录变化的影响 | 首次揭示了孕期臭氧暴露对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的显著影响 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨孕期臭氧暴露对母体心血管功能和胎盘发育的影响 | 孕期吸入臭氧对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 孕期第10.5天暴露于1PPM臭氧或过滤空气的小鼠样本 |
| 616 | 2024-09-13 |
Human-specific genetics: new tools to explore the molecular and cellular basis of human evolution
2023-10, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-022-00568-4
PMID:36737647
|
综述 | 本文综述了利用现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组测序数据，以及新兴的单细胞测序、基因操作和干细胞培养技术，来探索人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响 | 本文介绍了利用单细胞测序、基因操作和干细胞培养等新兴技术，结合基因组测序数据，来研究人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响 | 由于大量低效应大小的遗传变化、细胞类型水平上发育差异的有限描述以及缺乏实验模型，将人类特异性遗传变化与物种差异联系起来一直具有挑战性 | 理解人类特异性遗传变化如何影响人类的形态、认知和代谢变化，从而揭示人类进化的分子和细胞基础 | 现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组，以及人类特异性遗传变化对人类进化分子和细胞基础的影响 | 基因组学 | NA | 单细胞测序、基因操作、干细胞培养 | NA | 基因组数据 | 现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组样本 |
| 617 | 2024-09-13 |
Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis
2023-Oct, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01240-7
PMID:37798545
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性，并发现了一种仅存在于骨骺中的新型内皮细胞亚型 | 首次定义了骨髓内皮细胞的空间异质性，并识别出一种新型内皮细胞亚型，即次生骨化内皮细胞，该细胞在骨骺中特有 | NA | 揭示骨髓内皮细胞的复杂性和其在骨形成及造血中的作用 | 骨髓内皮细胞及其在骨骺中的新型亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 618 | 2024-09-13 |
Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture
2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.28.550873
PMID:37546772
|
研究论文 | 本文研究了人类皮质类器官（hCO）在不同研究站点之间的可重复性，揭示了细胞类型组成和结构的稳定性 | 首次评估了使用统一协议在多个站点生成的人类皮质类器官的可重复性 | 研究中发现了类器官大小和形态的跨站点差异，以及代谢和细胞应激的差异 | 评估人类皮质类器官在不同研究站点之间的可重复性，为神经发育障碍的建模提供基础 | 人类皮质类器官的细胞类型组成和结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、三维荧光成像、相位对比成像、qPCR和流式细胞术 | NA | 细胞 | 三个独立研究组使用一个诱导多能干细胞（iPSC）系生成的类器官 |
| 619 | 2024-09-13 |
Batch alignment of single-cell transcriptomics data using deep metric learning
2023-02-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36635-5
PMID:36810607
|
研究论文 | 本文开发了一种基于深度度量学习的scRNA-seq数据批次对齐模型scDML | scDML能够去除批次效应，提高聚类性能，准确恢复真实细胞类型，并在不同物种和组织中表现优于现有方法 | NA | 解决scRNA-seq数据中的批次效应问题，提高细胞类型检测的准确性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 深度度量学习 | 深度度量学习模型 | 转录组数据 | 涉及不同物种和组织的多个数据集 |
| 620 | 2024-09-13 |
Spatial transcriptomics analysis of zone-dependent hepatic ischemia-reperfusion injury murine model
2023-02-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04564-0
PMID:36804628
|
研究论文 | 本研究结合组织病理学检查与空间转录组学，分析了小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型的区域依赖性损伤模式及其相关分子变化 | 揭示了肝组织中对缺血再灌注损伤最敏感的区域，并预测了celastrol通过诱导缺血预处理来保护肝脏免受缺血再灌注损伤的机制 | NA | 探讨缺血再灌注损伤与肝脏异质性之间的关系 | 小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |