单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2024-09-15 |
Dissecting insect cell heterogeneity during influenza VLP production using single-cell transcriptomics
2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2023.1143255
PMID:36949887
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了在流感病毒样颗粒生产过程中昆虫细胞的异质性 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了昆虫细胞在感染和生产流感病毒样颗粒过程中的异质性及其相关生物机制 | NA | 揭示昆虫细胞在生产流感病毒样颗粒过程中的异质性及其对治疗性蛋白质生产的影响 | 昆虫细胞在生产流感病毒样颗粒过程中的异质性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个昆虫细胞样本 |
| 582 | 2024-09-15 |
Deletion of the murine ortholog of human 9p21.3 locus promotes atherosclerosis by increasing macrophage proinflammatory activity
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1113890
PMID:36950286
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研究论文 | 研究探讨了小鼠9p21.3位点同源基因缺失对动脉粥样硬化的影响及其机制 | 首次揭示了小鼠9p21.3位点同源基因缺失通过增加巨噬细胞的促炎活性促进动脉粥样硬化的机制 | NA | 研究小鼠9p21.3位点同源基因在动脉粥样硬化中的作用 | 小鼠9p21.3位点同源基因缺失对动脉粥样硬化斑块大小和形态的影响 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 12周高脂饮食后的Ldlr -/- ApoB 100/100小鼠 |
| 583 | 2024-09-15 |
Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing
2023, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2023.1133917
PMID:36910196
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研究论文 | 本文开发了一种单细胞扩增基因组长读序列组装（scALA）工作流程，用于从人类肠道微生物样本中获取未培养细菌的完整环状单细胞扩增基因组（cSAGs） | scALA工作流程通过减少序列偏差和连续组装，生成了完整的环状cSAGs，揭示了宿主间共享的菌株特异性结构变异 | NA | 研究未培养细菌的特征，揭示物种内多样性 | 人类肠道微生物中的未培养细菌 | 基因组学 | NA | 单细胞长读序列 | NA | 基因组数据 | 12个人类粪便样本，包括两个共同居住组，生成了16个cSAGs |
| 584 | 2024-09-15 |
Single-cell RNA-seq analysis identifies distinct myeloid cells in a case with encephalitis temporally associated with COVID-19 vaccination
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.998233
PMID:36911677
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研究论文 | 本文报道了一例与COVID-19疫苗接种相关的脑炎病例，并通过单细胞RNA测序分析了外周免疫系统的独特免疫特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出与COVID-19疫苗接种相关的脑炎急性期特有的髓系细胞亚群 | 研究仅限于外周血单核细胞，未涉及中枢神经系统的细胞 | 阐明与COVID-19疫苗接种相关的自身免疫性炎症中的免疫失调机制 | 与COVID-19疫苗接种相关的脑炎病例中的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括急性期和缓解期的患者样本以及健康对照组样本 |
| 585 | 2024-09-15 |
Preterm birth leads to a decreased number of differentiated podocytes and accelerated podocyte differentiation
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1142929
PMID:36936687
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研究论文 | 本研究探讨了早产对足细胞数量和分化的影响及其潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示了早产对足细胞数量和分化的影响 | 研究仅限于大鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨早产对足细胞数量和分化的影响及其潜在机制 | 早产大鼠模型中的足细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 早产大鼠和足月大鼠各一组 |
| 586 | 2024-09-15 |
A novel liver zonation phenotype-associated molecular classification of hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1140201
PMID:36936935
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研究论文 | 本研究基于肝脏分区的特征，提出了一种新的肝细胞癌分子分类方法 | 首次识别了94个人类肝细胞特异性分区标记，并基于这些标记将肝细胞癌分为三个亚群 | NA | 探索肝细胞癌的分区特征，并基于此提出新的分类方法 | 肝细胞癌及其分区特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解共识聚类 | RNA-seq数据 | 616个肝细胞癌样本用于训练，285个肝细胞癌样本用于验证 |
| 587 | 2024-09-15 |
Identification and validation of the cellular senescence-related molecular subtypes of triple negative breast cancer via integrating bulk and single-cell RNA sequencing data
2023, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:36895975
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研究论文 | 本文通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别并验证了三阴性乳腺癌中与细胞衰老相关的分子亚型 | 本文首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别出与细胞衰老相关的分子亚型，并验证了其与免疫检查点阻断疗法反应的关系 | 本文仅使用了18个样本进行验证，样本量较小，可能影响结果的普适性 | 识别与细胞衰老相关的分子亚型，并验证其作为三阴性乳腺癌对免疫检查点阻断疗法反应的潜在预测因子 | 三阴性乳腺癌样本及其对免疫检查点阻断疗法的反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA | 18个三阴性乳腺癌样本 |
| 588 | 2024-09-14 |
Contribution of collagen XIII to lung function and development of pulmonary fibrosis
2023-12-12, BMJ open respiratory research
IF:3.6Q1
DOI:10.1136/bmjresp-2023-001850
PMID:38568728
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研究论文 | 研究胶原蛋白XIII在肺功能和肺纤维化发展中的作用 | 首次探讨了胶原蛋白XIII在肺纤维化中的表达及其对肺功能的影响 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证 | 探讨胶原蛋白XIII在肺功能和肺纤维化发展中的作用及其机制 | 胶原蛋白XIII在肺组织中的定位及其功能 | NA | 肺纤维化 | 免疫染色 | NA | 组织样本 | 5例特发性肺纤维化样本和正常及纤维化小鼠肺组织 |
| 589 | 2024-09-14 |
TRIBAL: Tree Inference of B cell Clonal Lineages
2023-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.27.568874
PMID:38076836
|
研究论文 | 介绍了一种名为TRIBAL的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆谱系的进化历史 | TRIBAL方法通过结合同种型数据来减少仅考虑受体序列时的系统发育不确定性，从而更准确地推断B细胞谱系树 | NA | 推断B细胞克隆谱系的进化历史，以更好地理解疫苗反应、疾病进展和治疗性抗体的识别 | B细胞克隆谱系的进化历史 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 590 | 2024-09-14 |
ConSpaS: a contrastive learning framework for identifying spatial domains by integrating local and global similarities
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad395
PMID:37965808
|
研究论文 | 本文提出了一种名为ConSpaS的新型节点表示学习框架，通过整合局部和全局相似性来精确解码空间域 | ConSpaS框架结合了图自编码器（GAE）和对比学习（CL），通过无增强机制构建全局正样本和半简单采样策略定义负样本，有效提高了空间域识别的准确性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间转录组学中空间域识别的准确性 | 空间转录组学中的空间域 | 生物信息学 | NA | 对比学习（CL） | 图自编码器（GAE） | 基因表达数据 | 多种组织类型和技术平台 |
| 591 | 2024-09-14 |
Cardiac Pericytes Acquire a Fibrogenic Phenotype and Contribute to Vascular Maturation After Myocardial Infarction
2023-09-12, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 研究心肌梗死后心脏周细胞获得纤维化表型并参与血管成熟的过程 | 首次揭示了心肌梗死后周细胞在纤维化修复中的作用及其表型变化 | 周细胞特异性TGF-β受体2敲除对心肌纤维化重塑的影响不显著 | 探讨心肌梗死后周细胞的命运及其在心肌疾病中的作用 | 心脏周细胞及其在心肌梗死后的表型变化 | NA | 心血管疾病 | 聚合酶链反应阵列、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用NG2Dsred;PDGFRαEGFP周细胞:成纤维细胞双报告小鼠和可诱导的NG2CreER小鼠进行研究 |
| 592 | 2024-09-14 |
Prenatal low-dose methylmercury exposure causes premature neuronal differentiation and autism-like behaviors in a rodent model
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106093
PMID:36843845
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研究论文 | 研究探讨了孕期低剂量甲基汞暴露对小鼠神经发育和自闭症样行为的影响 | 首次揭示了孕期甲基汞暴露导致皮质放射状胶质前体细胞（RGPs）直接分化为皮质神经元，跳过中间祖细胞阶段，并发现二甲双胍可通过CREB/CBP相互作用逆转这一过程 | 研究仅在动物模型中进行，结果需在人类中进一步验证 | 探讨孕期甲基汞暴露对自闭症谱系障碍（ASD）发病的影响及其潜在机制 | 孕期暴露于甲基汞的小鼠及其神经发育和行为 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠和胚胎小鼠皮质样本 |
| 593 | 2024-09-14 |
Single-cell and bulk RNA sequencing identifies T cell marker genes score to predict the prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-03-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-30972-7
PMID:36878969
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索了T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者总生存期和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力 | 本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的生物标志物TMGS，用于预测PDAC患者的预后和治疗反应 | 本研究仅基于特定数据集进行分析，TMGS的泛化能力和在其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探索T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | LASSO-Cox回归 | RNA测序数据 | 多组学数据 |
| 594 | 2024-09-14 |
Return of the Tbx5; lineage-tracing reveals ventricular cardiomyocyte-like precursors in the injured adult mammalian heart
2023-Mar-03, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-023-00280-9
PMID:36869039
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研究论文 | 本文通过发育方法和单细胞RNA测序技术，在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出一种表达Tbx5的心室心肌细胞样前体细胞群 | 首次在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出Tbx5表达的心室心肌细胞样前体细胞群，并发现其转录谱更接近于新生儿而非胚胎心肌细胞前体 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中验证 | 寻找能够进行心脏再生的细胞群，以解决心脏移植的局限性 | 成年哺乳动物心脏损伤后的心肌细胞再生能力 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 595 | 2024-09-14 |
Further refining the boundaries of the hippocampus CA2 with gene expression and connectivity: Potential subregions and heterogeneous cell types
2023-03, Hippocampus
IF:2.4Q3
DOI:10.1002/hipo.23508
PMID:36786207
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评论 | 本文回顾了海马体CA2区域的基因表达和连接性，并探讨了潜在的亚区域和异质细胞类型 | 利用DropViz单细胞转录组学和Mouse Connectome Project连接组学数据，提出了CA2区域细胞类型异质性和连接性的潜在差异 | NA | 探讨海马体CA2区域的基因表达和连接性，识别和表征潜在的亚区域 | 海马体CA2区域的基因表达和连接性 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 596 | 2024-09-14 |
Spatially informed clustering, integration, and deconvolution of spatial transcriptomics with GraphST
2023-03-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36796-3
PMID:36859400
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GraphST的图自监督对比学习方法，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积 | GraphST结合了图神经网络和自监督对比学习，通过最小化空间相邻点的嵌入距离来学习信息丰富且具有区分性的点表示，从而优于现有方法 | NA | 开发一种新的分析工具，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积 | 空间转录组学数据中的基因表达谱 | 生物信息学 | NA | 图神经网络，自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 多个组织类型和技术平台的数据 |
| 597 | 2024-09-14 |
SGLT2 inhibitors mitigate kidney tubular metabolic and mTORC1 perturbations in youth-onset type 2 diabetes
2023-03-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164486
PMID:36637914
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研究论文 | 研究探讨了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用 | 首次通过单细胞RNA测序和形态学数据分析了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中的分子机制 | 研究样本量较小，且仅限于青年2型糖尿病患者 | 探讨SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用 | 青年2型糖尿病患者的肾脏组织 | NA | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16名青年2型糖尿病患者和健康对照组 |
| 598 | 2024-09-14 |
De-novo reconstruction and identification of transcriptional gene regulatory network modules differentiating single-cell clusters
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad018
PMID:36879901
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DiNiro的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建和识别区分单细胞簇的转录基因调控网络模块 | DiNiro方法能够揭示新的、相关的和深入的机制模型，不仅预测而且解释差异性细胞基因表达程序 | NA | 开发一种新的计算方法，从单细胞RNA测序数据中直接学习差异性调控疾病机制 | 单细胞RNA测序数据中的转录基因调控网络模块 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 599 | 2024-09-14 |
Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat
2023-02-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36800-w
PMID:36854676
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研究论文 | 开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络 | 引入了NeuronChat，一种基于单细胞表达数据推断神经元间通信网络的新方法，并结合了人工整理的神经信号分子相互作用数据库 | NA | 开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络 | 神经元间的通信网络及其在不同生物背景下的变化 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集 |
| 600 | 2024-09-14 |
Single-cell gene regulatory network prediction by explainable AI
2023-02-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1212
PMID:36629274
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的深度学习方法scGeneRAI，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 本文提出的方法能够从单细胞层面重建基因调控网络，而现有最先进的方法只能预测细胞群体的平均网络 | NA | 通过单细胞基因调控网络的预测，揭示肿瘤细胞和正常上皮细胞的特征网络模式，并识别特定患者肿瘤细胞中的子网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因数据 | 一组人类肺癌的单细胞RNA测序数据 |