单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-20	Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2023-Nov-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1 PMID:37961666	研究论文	该研究揭示了减重手术通过肝脏脂质相关巨噬细胞（LAMs）改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	发现减重手术（VSG）以不依赖体重减轻的方式改善MASH，并明确了TREM2在巨噬细胞修复功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究减重手术改善MASH的免疫调节机制	肥胖和代谢综合征患者的肝脏脂质相关巨噬细胞	医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（小鼠实验）
42	2025-05-20	Single-cell RNA-sequencing of stria vascularis cells in the adult Slc26a4-/- mouse 2023-06-15, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-023-01549-0 PMID:37322474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成年Slc26a4-/-小鼠耳蜗血管纹细胞的基因表达，揭示了与内淋巴pH调节相关的细胞类型和分子机制	首次在Slc26a4-/-小鼠模型中通过单细胞RNA测序鉴定了表达pendrin的梭形细胞及其pH调节相关基因表达特征	研究仅限于小鼠模型，人类Pendred综合征的病理机制可能需要进一步验证	鉴定pendrin表达细胞中的pH调节因子并阐明耳蜗内淋巴pH失调的细胞致病机制	野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞	单细胞转录组学	听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	野生型和Slc26a4-/-小鼠的耳蜗血管纹细胞样本
43	2025-05-19	Glioblastoma initiation, migration, and cell types are regulated by core bHLH transcription factors ASCL1 and OLIG2 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.560206 PMID:37873200	research paper	该研究探讨了核心bHLH转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始、迁移和细胞类型调控中的作用	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤细胞异质性和层级结构中的调控机制，以及它们在肿瘤形成和迁移中的动态作用	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的具体机制仍需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤发生和发展中的功能	胶质母细胞瘤（GBM）和胶质瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
44	2025-05-18	Identifying Fibrogenic Cells Following Salivary Gland Obstructive Injury 2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.09.531751 PMID:36945483	research paper	研究通过实验诱导小鼠颌下唾液腺纤维化反应，探讨了Gli1信号在纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术鉴定了与纤维化相关的基质细胞亚群，并揭示了Gli1信号在唾液腺纤维化中的有限作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号的作用较小，可能忽略了其他重要信号通路	探讨唾液腺梗阻性损伤后纤维化反应的细胞和信号机制	雌性小鼠的颌下唾液腺	分子生物学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
45	2025-05-18	Identifying fibrogenic cells following salivary gland obstructive injury 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1190386 PMID:37287453	研究论文	本研究探讨了唾液腺梗阻性损伤后纤维化细胞的识别及其在纤维化过程中的作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了Gli1和PDGFRα基质细胞在唾液腺纤维化中的作用，并发现这些细胞对机械损伤诱导的纤维化变化贡献较小	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号和Gli1细胞对纤维化的贡献较小，可能需要探索其他信号通路	识别唾液腺梗阻性损伤后参与纤维化的基质细胞和信号通路	雌性小鼠颌下唾液腺	细胞生物学	唾液腺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 导管结扎手术	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
46	2025-05-16	Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development 2023-12-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012 PMID:37972593	研究论文	研究转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控作用	揭示了NFYa在调控心脏代谢和增殖中的节点作用，以及其与辅因子SP2在转录水平上激活相关基因的新机制	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的验证	探究NFYa在胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控机制	小鼠胎儿心脏中的心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	空间转录组分析和单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
47	2025-05-16	Protocol for isolation of signet ring cells from human gastric mucosa 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102695 PMID:37925632	研究论文	本文提出了一种从人类胃黏膜中分离印戒细胞的高活力悬浮液方案	提供了一种新的高活力印戒细胞悬浮液制备协议，适用于多种后续应用如免疫组化染色、流式细胞术和单细胞测序	未提及该方案在临床样本中的验证效果或适用范围	开发一种从胃黏膜组织中分离印戒细胞的标准化流程	人类胃黏膜组织中的印戒细胞	数字病理学	胃癌	免疫组化染色、流式细胞术、单细胞测序	NA	组织样本	未明确说明样本数量
48	2025-05-16	Protocol to combine brain sections from multiple mice into a single block for spatial transcriptomic analyses 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102617 PMID:37742175	研究论文	提出一种将多个小鼠大脑切片合并到单个空间转录组学载玻片上的协议	通过将不同大脑的海马区冷冻切片合并成单个冷冻块，减少了所需试剂的数量	NA	提高空间转录组学分析的样本处理效率并降低成本	小鼠大脑海马区切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据和空间标记	多个小鼠大脑切片
49	2025-05-16	Single-cell isolation from full-thickness human intestinal tissue resections for single-cell RNA sequencing 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102686 PMID:37925636	研究论文	本文提出了一种从全层肠道组织切除中分离单细胞的方案，用于单细胞RNA测序	开发了一种从全层肠道组织中分离单细胞的详细方案，包括预处理标本、分离固有层和肌肉层、红细胞裂解等步骤	未提及该方案的适用性限制或潜在问题	开发一种从全层肠道组织中分离单细胞的标准化方案	全层肠道组织切除样本	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序, 10× Chromium平台	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
50	2025-05-16	Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601 PMID:37742177	研究论文	提出了一种用于原位多光谱成像的协议，以绘制组织冷冻切片中髓系细胞异质性	结合多光谱成像技术，保留细胞和分子背景，同时识别细胞类型和亚群	需要参考Goossens等人的研究以获取完整执行细节	开发一种协议来映射髓系细胞在组织中的异质性	组织冷冻切片中的髓系细胞	数字病理学	NA	多光谱成像	NA	图像	NA
51	2025-05-16	Protocol for PPP1R15A-inhibited mouse model establishment with subcutaneous B16F1 tumor and single-cell analysis 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102616 PMID:37756156	研究论文	本文提出了一种建立PPP1R15A抑制小鼠模型的协议，用于探索Sephin1对B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响	使用单细胞转录组和TCR文库构建技术，整合表达和TCR数据，进行基因分化、调控网络和细胞间通讯分析	具体实验细节和操作步骤需参考Wang等人的完整研究	探索PPP1R15A抑制剂Sephin1对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响	B16F1皮下肿瘤小鼠模型	生物医学研究	肿瘤	单细胞转录组测序、TCR测序	小鼠模型	测序数据	NA
52	2025-05-16	Protocol for isolating single cells from human pancreatic cancer tissues and analyzing major immune cell populations using flow cytometry 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102679 PMID:37910511	研究论文	本文提出了一种从人类胰腺癌组织中分离单细胞并使用流式细胞术分析主要免疫细胞群的方案	提供了一种详细的胰腺癌组织免疫细胞分离和分析流程，适用于单细胞RNA测序等相关研究	未提及样本量的具体信息，且依赖于Zhang等人(2023)的详细执行步骤	开发一种标准化流程用于胰腺癌免疫细胞研究	人类胰腺癌组织中的免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
53	2025-05-16	TimiGP: An R package to depict the tumor microenvironment from bulk transcriptomics 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102742 PMID:38019649	研究论文	介绍了一个名为TimiGP的R包，用于从批量转录组数据中描绘肿瘤微环境	开发了一个基于基因对的肿瘤免疫微环境分析工具，能够推断细胞间相互作用并揭示免疫细胞相对丰度与患者预后的关联	NA	探索肿瘤微环境中不同免疫细胞类型的临床相关性，以揭示癌症复杂性并开发治疗方法	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序，批量基因表达分析	NA	基因表达数据，生存数据	NA
54	2025-05-16	Protocol for nuclear dissociation of the adult C. elegans for single-nucleus RNA sequencing and its application for mapping environmental responses 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102756 PMID:38043054	研究论文	介绍了一种用于成年秀丽隐杆线虫核分离的单核RNA测序（snRNA-seq）协议，并应用于酒精暴露环境下的转录组分析	提出了一种克服秀丽隐杆线虫单细胞RNA测序困难的单核RNA测序协议	未提及具体样本量或实验验证的局限性	开发适用于秀丽隐杆线虫的单核RNA测序方法，以研究外部刺激下的细胞反应	成年秀丽隐杆线虫	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
55	2025-05-16	Heterogeneous murine peribiliary glands orchestrate compartmentalized epithelial renewal 2023-12-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.004 PMID:37909044	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了胆管外分支中腺体的异质性及其在胆管上皮更新中的作用	首次明确了胆管外腺体中不同位置胆管细胞的更新机制及其在组织维持中的作用	研究仅限于小鼠模型，人类胆管系统的可比性尚需验证	阐明胆管外分支上皮更新的细胞机制	小鼠胆管外分支腺体及其上皮细胞	细胞生物学	胆管疾病	无标记克隆命运追踪、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
56	2025-05-16	Neural plate progenitors give rise to both anterior and posterior pituitary cells 2023-12-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.018 PMID:37683631	research paper	该研究挑战了垂体腺细胞仅来源于非神经外胚层的传统观点，揭示了神经板前体细胞对垂体前后叶细胞的贡献以及垂体细胞间的相互作用	研究发现神经板前体细胞（斑马鱼her4.3+和小鼠Sox1+）不仅贡献于神经垂体细胞，还贡献于部分腺垂体细胞，揭示了垂体细胞分化的新机制	研究主要基于斑马鱼和小鼠模型，人类垂体发育是否遵循相同机制尚需验证	探究垂体细胞的起源和分化机制	斑马鱼和小鼠的垂体细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、遗传追踪	NA	基因表达数据	斑马鱼和小鼠垂体细胞
57	2025-05-16	Alpha-1 adrenergic signaling drives cardiac regeneration via extracellular matrix remodeling transcriptional program in zebrafish macrophages 2023-11-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.011 PMID:37875117	research paper	本文研究了α-1肾上腺素能信号通过调节斑马鱼巨噬细胞的细胞外基质重塑转录程序驱动心脏再生的机制	揭示了肾上腺素能信号通过巨噬细胞表型多样化和细胞外基质重塑转录程序调控心脏再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	探究肾上腺素能信号在心脏修复中的作用机制	斑马鱼心脏巨噬细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞转录组学	斑马鱼模型	转录组数据	NA
58	2025-05-16	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on Clinical Manifestation, Immune Response, and Viral Dynamics in SARS-CoV-2 Coinfection 2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.15.567132 PMID:38014096	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2共感染的临床表现、免疫反应和病毒动态的影响	首次在控制环境下直接评估慢性HIV感染相关的免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），且未观察到临床疾病迹象	评估免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	两只长期感染SIVmac239的猪尾猕猴（PTM）	免疫学	HIV感染和COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	临床数据、病毒动力学数据和免疫反应数据	两只猪尾猕猴
59	2025-05-15	A protocol to analyze single-cell RNA-seq data from Mycobacterium tuberculosis-infected mice lung 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102544 PMID:37659083	研究论文	本文提出了一种分析来自结核分枝杆菌感染小鼠肺部的单细胞RNA测序数据的协议	提供了一套详细的步骤，用于下载处理后的scRNA-seq数据、整合不同条件下的样本、进行聚类分析，并识别淋巴样细胞亚型、差异分析和通路富集分析	NA	开发一种协议，用于深入评估健康和结核分枝杆菌感染小鼠肺部淋巴细胞群体	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部淋巴细胞	生物信息学	结核病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部细胞
60	2025-05-15	Enrichment of carcinogen-driven "mitochondria-primed" human skin stem cells and their identification using single-cell analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102545 PMID:37690024	研究论文	本文描述了一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞（mpSCs）的方案，用于其表征和应用	提出了一种使用环境致癌物2,3,7,8-四氯二苯并二噁英在皮肤角质形成细胞谱系中富集mpSCs，并通过单细胞转录组学和单细胞显微镜分析相关干细胞标记物表达来鉴定mpSCs的方法	NA	开发一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞的方案	人类皮肤干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学, 单细胞显微镜分析	NA	单细胞数据	NA