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当前共找到 5351 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-12-30 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
|
研究论文 | 本文提出了一种名为MIGGRI的两阶段方法，利用多实例图神经网络从果蝇空间表达图像中推断基因调控网络 | 创新点包括采用多实例图神经网络模型，结合对比学习从空间表达图像中提取调控特征，并应用于半监督学习，以处理图像集合的复杂性和多实例特性 | NA | 研究目的是从空间表达图像中推断基因调控网络，以更精细地描述转录因子与靶基因之间的相互作用 | 研究对象是果蝇胚胎的空间基因表达图像 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 42 | 2025-12-30 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-10, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010983
PMID:37862362
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研究论文 | 本文提出了一种名为SMASH的非参数方法，用于在空间转录组学数据中识别空间可变基因，以平衡计算效率和统计功效 | SMASH方法在计算需求和统计功效之间实现了平衡，相比现有方法具有更高的统计功效和鲁棒性 | NA | 识别空间转录组学数据中与细胞/点空间位置共变的基因，以理解复杂组织的结构和功能特征 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 空间转录组学数据 | 四个来自不同平台的空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 43 | 2025-12-30 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533980
PMID:36993287
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SMASH的非参数方法，用于高效识别空间转录组数据中的空间变异基因，以平衡计算需求和统计功效 | SMASH方法在计算效率和统计功效之间取得了平衡，相比现有方法在模拟场景中表现出更优的统计能力和鲁棒性 | NA | 开发一种可扩展的方法来分析空间转录组数据中基因的空间异质性，识别与细胞/点空间位置共变表达的空间变异基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 空间转录组数据 | 四个来自不同平台的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 44 | 2025-12-29 |
Impact of chemotherapeutic agents on liver microenvironment: oxaliplatin create a pro-metastatic landscape
2023-Sep-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02804-z
PMID:37697332
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研究论文 | 本研究探讨了奥沙利铂对肝脏微环境的影响，发现其通过诱导免疫抑制促进结直肠癌肝转移 | 首次利用单细胞RNA测序揭示奥沙利铂如何改变肝脏免疫微环境，并证明T细胞补充可逆转其促转移效应 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未涉及其他化疗药物的比较 | 探究奥沙利铂对肝脏预转移微环境的影响及其在结直肠癌肝转移中的作用机制 | BALB/c和BALB/c-nude小鼠模型、CT26细胞系、结直肠癌患者样本 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、LDH检测、细胞增殖与凋亡实验、荟萃分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、临床荟萃数据 | 小鼠模型及结直肠癌患者样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2025-12-24 |
Alk1 acts in non-endothelial VE-cadherin+ perineurial cells to maintain nerve branching during hair homeostasis
2023-09-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40761-5
PMID:37699906
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、谱系追踪和基因靶向技术，揭示了皮肤VE-钙黏蛋白细胞在毛囊稳态中的细胞和分子动态，并发现了一种非内皮性间充质神经周细胞类型 | 首次描述了一种非典型VE-钙黏蛋白细胞群，即非内皮性间充质神经周细胞，并揭示了Alk1在该细胞中维持神经分支稳态的新作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚需进一步研究 | 探究皮肤VE-钙黏蛋白细胞在毛囊稳态中的细胞和分子机制 | 小鼠皮肤VE-钙黏蛋白细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、基因靶向 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-12-24 |
Constructing a full, multiple-layer interactome for SARS-CoV-2 in the context of lung disease: Linking the virus with human genes and microbes
2023-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011222
PMID:37410793
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研究论文 | 本研究通过开发MLCrosstalk统计建模方法，构建了SARS-CoV-2在肺部疾病背景下的全多层互作网络，整合病毒、人类基因和微生物数据 | 首次提出基于潜在狄利克雷分配的MLCrosstalk方法，超越已知蛋白质互作，构建包含miRNA、人类蛋白编码基因和外源微生物的完整SARS-CoV-2互作组 | 方法依赖患者样本数据的共现模式，可能受样本选择和测序技术限制，且网络推断需要进一步实验验证 | 构建SARS-CoV-2感染的全互作网络，以促进COVID-19新药开发、区分长新冠特征并识别器官病理学标志 | SARS-CoV-2病毒、人类蛋白编码基因、microRNAs（miRNAs）及外源微生物（如Rothia mucilaginosa和Prevotella melaninogenica） | 生物信息学 | COVID-19 | 统计建模、网络传播分析、单细胞测序数据验证 | 潜在狄利克雷分配（LDA） | 多源组学数据（微生物、基因、miRNA、蛋白质互作） | 未明确指定样本数量，基于患者样本数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 47 | 2025-12-24 |
Single-cell transcriptomics of adult skin VE-cadherin expressing lineages during hair cycle
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.22.533784
PMID:36993228
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠毛发周期中表达VE-cadherin的皮肤细胞群体，揭示了血管内皮细胞在毛发生长过程中的动态变化 | 首次在单细胞分辨率下比较了毛发周期静止期和生长期中VE-cadherin表达细胞的转录组变化，发现了持续增殖的内皮细胞亚群和与血管重塑相关的代谢改变 | 研究仅针对VE-cadherin表达细胞群体，未涵盖皮肤中所有细胞类型；使用小鼠模型的结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 探究成年皮肤中血管内皮细胞谱系在毛发周期中的细胞和分子动力学变化 | 通过Cdh5-CreER遗传标记的VE-cadherin表达细胞，包括血液和淋巴管结构细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 单细胞转录组数据 | 从毛发周期静止期（telogen）和生长期（anagen）分选的VE-cadherin表达细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 48 | 2025-12-24 |
Systematic single cell RNA sequencing analysis reveals unique transcriptional regulatory networks of Atoh1-mediated hair cell conversion in adult mouse cochleae
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0284685
PMID:38079436
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了成年小鼠耳蜗中Atoh1介导的毛细胞转换过程中的独特转录调控网络 | 采用多种高通量测序分析工具（WGCNA、SCENIC、ARACNE和VIPER）构建独立的表达模块，并识别出多个转换阶段，发现了包括Nhlh1、Lhx3、Barhl1和Nfia在内的关键调控因子 | 研究基于现有数据集（Yamashita等人，2018年）进行分析，可能受限于原始数据的质量和样本量，且主要关注成年小鼠模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性需进一步验证 | 探究成年哺乳动物耳蜗中毛细胞再生的调控机制，特别是Atoh1诱导的支持细胞向毛细胞转换过程 | 成年小鼠耳蜗中的支持细胞和毛细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基于Yamashita等人（2018年）和Kolla等人（2020年）的公开数据集，具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-12-23 |
Single-cell RNA-sequencing profiles reveal the developmental landscape of the Manihot esculenta Crantz leaves
2023-12-30, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad500
PMID:37706525
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了木薯叶片的单细胞转录组图谱，揭示了其细胞发育景观和光合特性 | 首次在木薯叶片中应用单细胞RNA测序技术，识别了15个细胞簇和120个候选标记基因，并构建了细胞发育轨迹图，发现了6个与细胞分化命运相关的基因 | NA | 在细胞水平上研究木薯叶片的结构和光合特性，为提升木薯产量和营养提供理论基础 | 木薯（Manihot esculenta Crantz）叶片 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 11,177个高质量叶片细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics drives a new era in plant research
2023-12, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.16437
PMID:37651723
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2025-12-23 |
Identification and validation of prognostic and tumor microenvironment characteristics of necroptosis index and BIRC3 in clear cell renal cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16643
PMID:38130918
|
研究论文 | 本研究通过分析TCGA和GEO数据库，识别了与坏死性凋亡相关的基因簇和预后模型，并验证了枢纽基因BIRC3在透明细胞肾细胞癌中的表达及其对细胞增殖、迁移和侵袭的调控作用 | 首次构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并深入探讨了BIRC3基因在ccRCC免疫微环境中的关键作用 | 研究主要依赖公共数据库数据，缺乏大规模临床样本验证，且实验部分仅限于细胞系水平 | 探索坏死性凋亡在透明细胞肾细胞癌中的调控机制及其临床意义 | 透明细胞肾细胞癌患者数据、细胞系及单细胞测序数据 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞测序、定量实时PCR、CCK8实验、transwell实验、伤口愈合实验 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | TCGA和GEO数据库中的ccRCC患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2025-12-23 |
Proximal tubule cells in blood and urine as potential biomarkers for kidney disease biopsy
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16499
PMID:38077419
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了肾炎患者的肾脏组织、外周血单核细胞和尿液中的细胞异质性，发现近端小管细胞在血液和尿液中的存在可作为肾脏疾病潜在的微创诊断标志物 | 首次通过单细胞RNA测序在肾炎患者的外周血和尿液中鉴定出近端小管细胞，并发现其与肾脏组织中的炎症性近端小管细胞具有高度相似的基因表达谱，提出了替代侵入性肾活检的潜在微创诊断方法 | 研究样本量较小（仅4名患者），且仅针对肾炎患者，结果在其他肾脏疾病中的普适性有待验证 | 探索肾脏疾病的病理机制并开发微创诊断方法 | 肾炎患者的肾脏组织、外周血单核细胞和尿液样本 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4名肾炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-12-20 |
The role of LSM1 in breast cancer: Shaping metabolism and tumor-associated macrophage infiltration
2023-12, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2023.107008
PMID:37995895
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研究论文 | 本研究探讨LSM1在乳腺癌中的作用，揭示其作为诊断和预后标志物的潜力，并分析其对代谢和肿瘤免疫微环境的影响 | 首次通过多组学方法将LSM1鉴定为晚期乳腺癌的诊断标志物，并利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术分析其与免疫细胞的关联 | 研究样本量相对较小（54例患者活检），且需要进一步验证LSM1在更大队列中的临床应用价值 | 探究LSM1在乳腺癌临床病理、肿瘤免疫微环境和精准肿瘤学中的潜在作用 | 乳腺癌患者组织样本（包括活检和组织微阵列）以及乳腺癌细胞系 | 数字病理 | 乳腺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 生物信息学分析 | NA | 转录组数据, 图像数据 | 54例乳腺癌患者活检和组织微阵列 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2025-12-20 |
Identification of cytokine-induced cell communications by pan-cancer meta-analysis
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16221
PMID:38054018
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研究论文 | 本研究通过单细胞和泛癌水平转录组学整合，识别了细胞因子介导的细胞间通讯，并构建了全面的细胞因子-受体图谱 | 开发了一种单细胞方法主动表达62对细胞因子-受体对，揭示了稳定的细胞因子介导的细胞通讯，涉及84种细胞因子和受体，并在泛癌水平进行了整合分析 | 研究基于转录组学数据，可能未完全捕捉蛋白质水平的相互作用；样本量虽大，但某些癌症类型可能代表性不足 | 揭示不同癌症中细胞因子介导的细胞间通讯机制及其在癌症发展和治疗反应中的作用 | 41,900个细胞，涵盖25种癌症类型，以及来自TCGA的10,967个样本，涉及32种癌症类型 | 生物信息学 | 泛癌 | 单细胞转录组学，泛癌meta分析，功能富集分析，共突变分析 | NA | 单细胞转录组数据，TCGA突变数据，临床生存数据 | 41,900个细胞（25种癌症类型），10,967个样本（32种TCGA癌症类型） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2025-12-20 |
Elucidating the role of nicotinamide N-methyltransferase-p53 axis in the progression of chronic kidney disease
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16301
PMID:37953778
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研究论文 | 本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）在慢性肾病（CKD）进展中的作用，特别是其通过p53轴促进肾间质纤维化的机制 | 首次通过单细胞转录组测序（scRNA-seq）发现NNMT在纤维母细胞中特异性增加，并揭示了NNMT通过调节p53的DNA甲基化和磷酸化促进纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠UUO模型和体外细胞实验，尚未在人类临床样本中验证，且NNMT的具体下游信号通路仍需进一步阐明 | 阐明NNMT在慢性肾病肾间质纤维化中的作用机制，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠（UUO模型）和培养的肾间质纤维母细胞（NRK-49F） | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 小鼠肾脏组织（UUO与假手术组对比）及培养细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-12-17 |
Unagi: Deep Generative Model for Deciphering Cellular Dynamics and In-Silico Drug Discovery in Complex Diseases
2023-Dec-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3676579/v1
PMID:38196613
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研究论文 | 本文介绍了一种名为UNAGI的深度生成神经网络，用于分析时间序列单细胞转录组数据，以解码复杂疾病中的细胞动态并进行计算机药物发现 | UNAGI是一种专门针对时间序列单细胞转录组数据设计的深度生成模型，能够捕获疾病进展中的复杂细胞动态，并增强药物扰动建模和发现能力 | NA | 开发一种计算工具，用于详细分析疾病进展并进行靶向计算机药物干预 | 时间序列单细胞转录组数据，特别是来自特发性肺纤维化（IPF）患者和COVID数据集的数据 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序 | 深度生成神经网络 | 时间序列单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 57 | 2025-12-13 |
Determinants of Survival with Combined HER2 and PD-1 Blockade in Metastatic Esophagogastric Cancer
2023-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-3769
PMID:37406106
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研究论文 | 本研究探讨了在转移性食管胃癌中，联合使用HER2和PD-1阻断疗法（帕博利珠单抗、曲妥珠单抗和化疗）的生存决定因素，并评估了多种生物标志物和测序技术 | 通过整合89Zr-曲妥珠单抗PET、血浆循环肿瘤DNA动态监测和单细胞RNA测序，揭示了患者内基因组异质性对治疗反应的影响，并识别了与治疗抵抗相关的转录程序 | 研究基于相对较小的样本量（如MSK队列n=226），且为观察性研究，可能受限于回顾性数据分析和潜在的选择偏倚 | 识别转移性食管胃癌患者在接受HER2和PD-1联合阻断疗法时的预后生物标志物和抵抗机制 | 转移性食管胃癌患者，包括接受帕博利珠单抗、曲妥珠单抗和化疗联合治疗的患者以及MSK队列中的曲妥珠单抗治疗患者 | 数字病理学 | 食管胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全外显子测序、循环肿瘤DNA（ctDNA）监测、89Zr-曲妥珠单抗PET成像 | 多变量Cox回归模型 | 影像数据（PET）、基因组数据（ctDNA、scRNA-seq、全外显子测序） | MSK队列中226名曲妥珠单抗治疗患者，以及来自MSK和三星的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2025-12-13 |
Dipeptidyl peptidase 4 inhibition sensitizes radiotherapy by promoting T cell infiltration
2023, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2023.2268257
PMID:37849962
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研究论文 | 本研究揭示了放疗未能有效诱导T细胞浸润的机制，并提出通过抑制DPP4来增强放疗疗效的策略 | 首次发现树突状细胞在放疗后高表达DPP4是限制T细胞浸润的关键因素，并提出DPP4抑制剂联合放疗可增强抗肿瘤免疫 | 研究主要基于临床前模型，尚未在大型临床试验中验证；机制研究主要聚焦于DPP4对趋化因子的调控 | 探究放疗联合免疫治疗的增效机制，寻找增强放疗诱导抗肿瘤免疫应答的新策略 | 肺癌和黑色素瘤患者样本、肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺癌、黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2025-12-12 |
Cytotoxic CD4+ tissue-resident memory T cells are associated with asthma severity
2023-12-08, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.09.003
PMID:37865091
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，揭示了严重哮喘患者气道中CD4+组织驻留记忆T细胞的异质性及其与疾病严重性的关联 | 首次在严重哮喘患者气道中发现CD103+ CD4+ TRM细胞显著增加，并揭示其具有细胞毒性和促炎非TH2细胞因子表达特征 | 样本量相对较小（30例患者），且未明确这些TRM细胞的具体功能机制或治疗靶点 | 探究严重哮喘中除TH2细胞外的其他CD4+ T细胞亚群在气道炎症和重塑中的作用 | 从30名轻度和严重哮喘患者的支气管肺泡灌洗样本中分离的CD4+ T细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 30例患者（轻度和严重哮喘），超过50,000个气道CD4+ T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2025-12-12 |
Decreased oxidative stress response and oxidant detoxification of skin during aging
2023-12, Mechanisms of ageing and development
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.mad.2023.111878
PMID:37827221
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和微阵列转录组数据，探讨了皮肤细胞在衰老过程中氧化应激反应和氧化剂解毒能力的变化，并筛选出可能调控皮肤衰老的关键氧化应激相关基因 | 首次在单细胞水平上系统比较了年轻与老年皮肤中不同类型细胞的氧化应激反应和解毒能力差异，并识别出ANXA1和APOE作为潜在的关键调控基因 | 研究主要基于转录组数据分析，缺乏蛋白质水平和功能实验验证；样本量可能有限；未考虑环境因素（如紫外线）的交互影响 | 阐明皮肤衰老过程中氧化应激反应和氧化剂解毒能力的变化机制，识别关键调控基因 | 人类皮肤细胞（包括角质形成细胞、黑色素细胞、血管内皮细胞、成纤维细胞、淋巴管内皮细胞和免疫细胞） | 单细胞组学 | 皮肤衰老 | 单细胞RNA测序, 微阵列转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |