单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-09-27	Epstein-Barr virus evades restrictive host chromatin closure by subverting B cell activation and germinal center regulatory loci 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112958 PMID:37561629	研究论文	研究EB病毒如何通过改变B细胞激活和生发中心调控位点的染色质可及性来逃避宿主的限制	首次捕捉到EB病毒感染期间单个B细胞的动态染色质景观，并整合了scATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq数据进行基因组范围的cis-调控预测	NA	研究EB病毒如何通过改变染色质可及性来逃避宿主的限制	EB病毒感染的B细胞及其染色质可及性	数字病理学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq	NA	基因组数据	单个B细胞
562	2024-09-27	The brain's dark transcriptome: Sequencing RNA in distal compartments of neurons and glia 2023-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2023.102725 PMID:37196598	综述	本文综述了单细胞数据和亚转录组数据在哺乳动物大脑中的应用，探讨了细胞和亚细胞多样性的发展	本文介绍了大脑中'暗转录组'的概念，即位于细胞体之外的亚转录组，这些转录组在脑发育和功能中起重要作用	本文主要讨论了单细胞RNA测序在捕捉远离细胞体的转录本方面的局限性	探讨大脑中细胞和亚细胞多样性的发展，并介绍新兴技术在亚转录组发现中的应用	哺乳动物大脑中的神经元和胶质细胞的亚转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
563	2024-09-27	Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112676 PMID:37342910	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析拟南芥叶片对丁香假单胞菌感染的响应	首次通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥叶片在感染丁香假单胞菌后的细胞异质性	研究仅限于拟南芥叶片对丁香假单胞菌的响应，未涉及其他植物或病原体	探讨植物叶片在病原体感染下的细胞异质性及其响应机制	拟南芥叶片在丁香假单胞菌感染下的单细胞响应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过11,000个单细胞样本
564	2024-09-27	Independent prognostic biomarker FERMT3 associated with immune infiltration and immunotherapy response in glioma 2023, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2023.2264325 PMID:37795794	研究论文	研究探讨了FERMT3作为胶质瘤独立预后生物标志物及其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系	首次揭示了FERMT3在胶质瘤中的独立预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关联	研究主要基于现有数据集和临床组织样本的分析，缺乏大规模前瞻性临床试验验证	探讨FERMT3在胶质瘤中的预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系	胶质瘤患者的FERMT3表达及其与免疫细胞浸润和免疫治疗反应的关系	数字病理学	脑肿瘤	免疫组化、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	组织样本、基因表达数据	多个数据集和临床组织样本
565	2024-09-27	Preparing Arabidopsis thaliana root protoplasts for cryo electron tomography 2023, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2023.1261180 PMID:37810374	研究论文	本文描述了一种用于冷冻电子断层扫描（cryo-ET）的拟南芥根原生质体制备工作流程	首次将原生质体用于冷冻电子显微镜（cryo-EM）和冷冻电子断层扫描（cryo-ET）研究	整个工作流程从植物生长到倾斜系列采集可能需要几个月时间	开发一种新的方法，将植物原生质体作为冷冻电子断层扫描的工具	拟南芥根原生质体	NA	NA	冷冻电子显微镜（cryo-EM）、冷冻电子断层扫描（cryo-ET）、冷冻聚焦离子束铣削（cryo-FIB）	NA	NA	NA
566	2024-09-27	New insight into the role of fibroblasts in the epithelial immune microenvironment in the single-cell era 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1259515 PMID:37809065	综述	本文综述了单细胞时代下成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了成纤维细胞在表皮免疫微环境中的功能和空间异质性及其与其他细胞类型的相互作用	NA	总结成纤维细胞在炎症性皮肤病表皮免疫微环境中的最新进展，并讨论其在纤维化和非纤维化炎症性皮肤病中的不同功能和分子机制	成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用	NA	炎症性皮肤病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST)	NA	RNA	NA
567	2024-09-27	Spatially and temporally distinct patterns of expression for VPS10P domain receptors in human cerebral organoids 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1229584 PMID:37842085	研究论文	研究了人类大脑类器官中VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式	首次在人类大脑类器官中详细描述了VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式，并揭示了其在不同细胞类型和亚细胞定位中的独特功能	研究主要基于类器官模型，可能与真实的人类大脑环境存在差异	探讨VPS10P域受体在人类大脑发育和神经退行性疾病中的作用	VPS10P域受体在人类大脑类器官中的表达模式	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
568	2024-09-27	A hub gene signature as a therapeutic target and biomarker for sepsis and geriatric sepsis-induced ARDS concomitant with COVID-19 infection 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1257834 PMID:37822934	研究论文	研究探讨了COVID-19感染与老年脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）之间的分子机制，并识别了潜在的治疗靶点和生物标志物	揭示了COVID-19与脓毒症之间的189个差异表达基因，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别出关键的枢纽基因和模块	研究主要基于生物信息学和系统生物学方法，缺乏临床试验验证	阐明COVID-19与脓毒症在老年患者中的相互作用，识别潜在的治疗干预措施	COVID-19感染、脓毒症及其诱发的ARDS在老年患者中的分子机制	生物信息学	脓毒症	生物信息学、系统生物学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了小鼠脓毒症-ARDS模型和老年脓毒症诱发ARDS患者的血液样本
569	2024-09-26	Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations 2023-11-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531 PMID:37948512	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和代谢分析，定义了小鼠和人类黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在不同器官中的群体，并比较了其转录组和代谢状态的差异	首次详细比较了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的转录组和代谢状态，揭示了MAIT17和MAIT1细胞在代谢上的显著差异	研究主要集中在小鼠和人类的MAIT细胞，未涉及其他物种的MAIT细胞	研究小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体定义及其发育路径	小鼠和人类的黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类的多个器官样本
570	2024-09-26	Metabolic diversity of tumor-infiltrating T cells as target for anti-immune therapeutics 2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03540-1 PMID:37733059	综述	本文讨论了肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在精准免疫治疗中的潜在应用	本文强调了T细胞代谢多样性在精准免疫治疗中的重要性，并探讨了代谢靶向药物的潜在应用	NA	探讨肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤浸润性T细胞及其代谢状态	肿瘤学	NA	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	NA
571	2024-09-26	Role of single-cell ferroptosis regulation in intercellular communication and skin cutaneous melanoma progression and immunotherapy 2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03504-5 PMID:37638981	研究论文	研究了铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响	首次使用非负矩阵分解方法分析铁死亡相关肿瘤微环境细胞簇，揭示了细胞间通信对肿瘤发展和免疫治疗的重要性	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差	探讨铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	皮肤黑色素瘤患者的肿瘤微环境细胞簇	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	RNA	多个皮肤黑色素瘤患者的样本
572	2024-09-26	Multi-omics approach reveals dysregulated genes during hESCs neuronal differentiation exposure to paracetamol 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107755 PMID:37731623	研究论文	研究了扑热息痛对人类胚胎干细胞神经分化过程中基因表达和表观遗传变化的影响	首次通过多组学方法研究扑热息痛对早期人类神经发育模型的影响，并揭示了扑热息痛诱导的染色质开放性变化与基因表达的关联	研究仅限于体外模型，需要进一步验证其在体内的相关性和长期影响	探讨扑热息痛对早期人类神经发育的潜在影响及其因果关系	人类胚胎干细胞在神经分化过程中暴露于扑热息痛后的基因表达和表观遗传变化	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	基因表达数据和表观遗传数据	人类胚胎干细胞样本
573	2024-09-26	Single-cell RNA sequencing of retina revealed novel transcriptional landscape in high myopia and underlying cell-type-specific mechanisms 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.372 PMID:37746666	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析高度近视和对照组小鼠视网膜，揭示了高度近视进展中各细胞类型的参与机制	发现了高度近视视网膜中一种新的杆状细胞亚群，并揭示了高度近视视网膜中神经元和胶质细胞的异常相互作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示高度近视视网膜的转录组景观及其细胞类型特异性机制	高度近视和对照组小鼠的视网膜	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	高度近视和对照组小鼠的视网膜样本
574	2024-09-26	Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs 2023-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-023-02590-w PMID:37640912	研究论文	研究探讨了基因表达与COVID-19结果共定位的罕见性及其在不同细胞状态、细胞类型和器官中的影响	使用孟德尔随机化（MR）方法分析单细胞和批量RNA测序数据，评估基因表达与COVID-19结果的共定位情况	大多数基因表达与COVID-19结果的共定位可能是由于连锁不平衡导致的假阳性，共定位在不同细胞类型、细胞刺激和器官中高度可变且有时不一致	确定影响COVID-19结果的基因位点，并探讨基因表达与疾病结果共定位的影响因素	COVID-19严重性和易感性，以及基因表达与疾病结果的共定位	基因组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	孟德尔随机化（MR）	RNA	NA
575	2024-09-26	Towards Universal Cell Embeddings: Integrating Single-cell RNA-seq Datasets across Species with SATURN 2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.526939 PMID:36778387	研究论文	本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型和RNA表达来整合不同物种的单细胞RNA测序数据	SATURN能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，重新定义了跨物种分析的差异表达，并展示了其在跨物种注释转移和细胞类型识别中的有效性	NA	开发一种能够整合跨物种单细胞RNA测序数据的方法，以揭示细胞类型的进化保守性和多样性	跨物种的单细胞RNA测序数据，包括三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	涉及三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据
576	2024-09-26	Novel human pluripotent stem cell-derived hypothalamus organoids demonstrate cellular diversity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107525 PMID:37646018	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）衍生出的下丘脑类器官分化协议，用于模拟该脑区的细胞多样性	首次建立了从hPSCs衍生出的下丘脑类器官分化协议，并使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了成熟下丘脑类器官中多样化的神经元和非神经元细胞类型	NA	研究下丘脑的发育及其在疾病建模中的应用，以开发针对下丘脑相关疾病的新疗法	人类多能干细胞衍生的下丘脑类器官及其细胞多样性	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了一个带有酪氨酸羟化酶（TH）-TdTomato报告基因的hPSC系，用于多巴胺能神经元（DNs）和其他TH表达细胞的研究
577	2024-09-26	MoleculeExperiment enables consistent infrastructure for molecule-resolved spatial omics data in bioconductor 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad550 PMID:37698995	研究论文	本文介绍了一个名为MoleculeExperiment的R/Bioconductor包，用于处理分子级空间组学数据	开发了MoleculeExperiment包，标准化了不同成像技术下的分子级数据，并简化了数据转换过程	NA	开发一个一致的数据结构标准，用于分子级空间组学数据的分析	分子级空间组学数据	生物信息学	NA	成像技术	NA	分子级数据	NA
578	2024-09-26	Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomes with graph autoencoder model 2023-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010942 PMID:37703293	研究论文	提出了一种基于图自编码器的深度学习模型DeepRIG，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	DeepRIG模型通过构建先验调控图并利用图自编码器嵌入全局调控信息，能够准确重建基因调控网络并超越现有方法	NA	推断单细胞转录组数据中的基因调控网络	基因调控关系和多基因协作关联	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图自编码器	基因表达数据	涉及人类外周血单核细胞和三阴性乳腺癌样本
579	2024-09-26	Omni-Seg: A Scale-Aware Dynamic Network for Renal Pathological Image Segmentation 2023-09, IEEE transactions on bio-medical engineering DOI:10.1109/TBME.2023.3260739 PMID:37030838	研究论文	提出了一种名为Omni-Seg的尺度感知动态网络，用于肾病理图像的语义分割	引入了一种新颖的尺度感知控制器，将动态神经网络从单尺度扩展到多尺度；采用半监督一致性正则化方法，将未标注组织类型的跨尺度相关性建模到一个端到端的训练范式中；展示了在人类肾脏图像上训练的模型可以直接应用于小鼠肾脏图像，无需重新训练	NA	解决肾病理图像中由于对象尺度异质性导致的分割难题	肾病理图像中的六种组织类型	计算机视觉	NA	NA	动态神经网络	图像	150,000个人类病理图像块，涵盖六种组织类型，三种不同分辨率
580	2024-09-26	Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas 2023-09, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00876-x PMID:37697055	研究论文	本文介绍了一个跨条件的小鼠胰岛单细胞RNA测序图谱（MIA），整合了来自九个scRNA-seq数据集的超过30万个细胞，用于探索和计算查询	揭示了疾病进展中的新细胞状态以及先前提出的标记基因之间的跨出版物差异	NA	确定小鼠β细胞在一生中和糖尿病中的身份	小鼠胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	超过30万个细胞，来自56个样本，包括不同年龄、性别和糖尿病模型