单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 5350 篇文献，本页显示第 561 - 580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-10-06 |
exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.24.533888
PMID:37034624
|
研究论文 | 开发了一种名为exFINDER的计算方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞接收的外部通讯信号 | 首次提出能够识别单细胞转录组数据中细胞接收的外部信号的方法，而现有方法仅能推断数据中已测量细胞发送的信号 | NA | 开发计算工具以识别细胞接收的外部通讯信号 | 单细胞转录组测序数据中的细胞通讯信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | exFINDER算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 562 | 2025-10-06 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.26.523391
PMID:36747870
|
研究论文 | 开发了一个基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子 | 利用互信息捕获非线性细胞-细胞和基因-基因关系，能够识别传统表达分析难以检测的隐藏驱动因子 | 仅基于scRNA-seq数据，未整合多组学数据验证 | 从单细胞组学数据中识别调控细胞状态的隐藏转录和信号驱动因子 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息框架 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 563 | 2025-10-06 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1
PMID:36747874
|
研究论文 | 开发了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子 | 利用互信息捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，能够识别常规表达分析难以检测的隐藏驱动因子 | 未在摘要中明确说明具体限制 | 解决单细胞组学数据稀疏性问题，识别调控细胞状态的隐藏转录和信号驱动因子 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 互信息框架 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 564 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016
PMID:36400027
|
研究论文 | 本研究通过改进人类胚胎干细胞分化方案，获得高质量中脑细胞类型并揭示其发育动态 | 发现层粘连蛋白-511、双重WNT激活联合GSK3β抑制和FGF8b能改善中脑模式化，并首次通过单细胞转录组分析显示与内源性人类腹侧中脑相似的发育动态 | 未提及具体样本数量限制，研究主要聚焦于体外分化系统 | 优化人类胚胎干细胞向中脑多巴胺能神经元的分化方案并验证细胞类型质量 | 人类胚胎干细胞(hESCs)及其分化产物 | 单细胞生物学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 565 | 2025-10-06 |
Epigenomic landscape exhibits interferon signaling suppression in the patient of myocarditis after BNT162b2 vaccination
2023-06-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36070-y
PMID:37264110
|
研究论文 | 通过表观基因组分析揭示BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者外周血单核细胞中干扰素信号通路抑制现象 | 首次追踪BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者外周血单核细胞的染色质动态变化 | 研究样本量有限，仅为单例患者分析 | 探究BNT162b2疫苗接种后心肌炎副作用的免疫学机制 | BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎患者的外周血单核细胞 | 表观基因组学 | 心肌炎 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | 纵向研究 | 单细胞表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | 1例心肌炎患者 | 10x Genomics | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞染色质可及性测序与单细胞RNA测序并行分析 |
| 566 | 2025-10-06 |
The pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for PGC and male germline development
2023-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.23.529824
PMID:36865339
|
研究论文 | 本研究揭示了Tex10通过精细调控Wnt信号通路在原始生殖细胞特化和精子发生中的关键作用 | 首次发现Tex10通过结合H3K4me3标记的Wnt负调控基因来精细调控Wnt信号通路，影响PGC特化和精子发生 | NA | 探究Tex10在原始生殖细胞特化和精子发生中的发育功能 | 原始生殖细胞样细胞、条件性基因敲除小鼠模型 | 发育生物学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序、条件性基因敲除 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 567 | 2025-10-07 |
SPACEL: deep learning-based characterization of spatial transcriptome architectures
2023-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43220-3
PMID:37990022
|
研究论文 | 介绍基于深度学习的空间转录组架构表征工具SPACEL，用于分析多个空间转录组切片数据 | 开发了首个集成细胞类型反卷积、空间域识别和3D对齐的深度学习工具包 | 未明确说明在特定组织类型或技术平台上的性能限制 | 解决多个空间转录组切片的联合分析和3D组织架构重建的挑战 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 多层感知机, 图卷积网络, 对抗学习 | mRNA表达数据, 空间坐标数据 | 模拟和真实空间转录组数据集，涉及多种组织和ST技术 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 568 | 2025-10-07 |
Brain-to-gut trafficking of alpha-synuclein by CD11c+ cells in a mouse model of Parkinson's disease
2023-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43224-z
PMID:37981650
|
研究论文 | 本研究揭示了帕金森病小鼠模型中α-突触核蛋白通过CD11c+细胞从大脑向回肠运输的机制 | 首次证明CD11c+细胞在大脑与肠道间运输α-突触核蛋白的机制，并发现回肠CD11c+细胞具有小胶质细胞样特征 | 研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性动物；研究结果需在人类中进一步验证 | 探究帕金森病中α-突触核蛋白聚集体的传播机制 | 帕金森病小鼠模型中的CD11c+细胞和α-突触核蛋白 | 神经科学 | 帕金森病 | 免疫组织化学，单细胞RNA测序，光转换蛋白示踪 | NA | 基因表达数据，蛋白质定位数据 | 雄性小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 569 | 2025-10-06 |
Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment
2023-11-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43038-z
PMID:37978291
|
研究论文 | 开发了一种名为INSPIRE-seq的方法，用于在肿瘤微环境中筛选免疫细胞结合纳米抗体 | 首次提出利用纳米抗体库和二代测序技术并行富集能够穿透肿瘤微环境的免疫细胞结合纳米抗体 | NA | 开发筛选靶向肿瘤微环境中免疫细胞表位的纳米抗体技术 | 肿瘤微环境中的免疫细胞，包括树突状细胞等亚型 | 合成生物学 | 肿瘤 | 二代测序，单细胞RNA测序，免疫荧光，结构建模与对接 | NA | 测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 570 | 2025-05-09 |
scDREAMER for atlas-level integration of single-cell datasets using deep generative model paired with adversarial classifier
2023-11-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43590-8
PMID:38012145
|
研究论文 | 介绍了一种名为scDREAMER的数据集成框架，用于整合异质性单细胞测序数据集 | 结合深度生成模型和对抗训练，支持无监督和有监督的数据集成，能够处理批次效应、细胞类型分布不均等问题 | 未提及具体的技术限制或应用范围的局限性 | 开发一个高效的框架来整合跨组织、时间和条件的单细胞测序数据集 | 单细胞测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 深度生成模型与对抗分类器 | 单细胞测序数据 | 六个真实基准数据集和一个包含100万细胞的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 571 | 2025-05-09 |
Detection of isoforms and genomic alterations by high-throughput full-length single-cell RNA sequencing in ovarian cancer
2023-11-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43387-9
PMID:38012143
|
研究论文 | 通过高通量全长单细胞RNA测序在卵巢癌中检测异构体和基因组改变 | 使用长读长单细胞RNA测序技术，提高了PacBio测序深度至每个细胞12,000读长，捕获了152,000个异构体，其中52,000个是先前未报道的 | 研究样本仅来自三名卵巢癌患者，样本量较小 | 理解癌症的复杂背景，提供单细胞分辨率的基因型-表型信息 | 卵巢癌患者的临床样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq），PacBio测序 | NA | RNA测序数据 | 三名卵巢癌患者的临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 572 | 2025-05-09 |
Robust mapping of spatiotemporal trajectories and cell-cell interactions in healthy and diseased tissues
2023-11-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43120-6
PMID:38007580
|
研究论文 | 开发了三种计算统计算法，整合空间转录组学的多种数据类型，以增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解 | 提出了基于空间图的方法PSTS、空间约束的两级置换测试SCTP以及基于神经网络的插补方法stSME，用于建模细胞间相互作用和纠正技术噪声 | NA | 增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解 | 细胞过程、细胞间相互作用 | 空间转录组学 | 癌症、脑损伤 | 空间转录组学 | 神经网络、基于图的方法 | 基因表达数据、物理距离数据、组织形态数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 573 | 2025-05-09 |
The extrafollicular B cell response is a hallmark of childhood idiopathic nephrotic syndrome
2023-11-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43504-8
PMID:37996443
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了儿童特发性肾病综合征（INS）中B细胞的异常反应特征 | 首次在儿童INS中发现了以非滤泡性B细胞反应为主的免疫扰动，并识别了特定的B细胞亚群扩增 | 样本量较小（13名INS患儿和24名健康对照），且仅分析了血液样本 | 探究儿童特发性肾病综合征的免疫发病机制 | 儿童特发性肾病综合征患者和健康对照的B细胞 | 免疫学 | 肾病综合征 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 13名INS患儿和24名健康对照的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 574 | 2025-05-09 |
Mouse models of pediatric high-grade gliomas with MYCN amplification reveal intratumoral heterogeneity and lineage signatures
2023-11-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43564-w
PMID:38001143
|
research paper | 该研究通过构建基因工程小鼠模型，模拟人类MYCN扩增的儿童高级别胶质瘤，揭示了肿瘤的分子特征和潜在治疗选项 | 首次构建了模拟人类HGG-MYCN的小鼠模型，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤内异质性和谱系特征 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探索MYCN扩增的儿童高级别胶质瘤的肿瘤发生机制和分子特征，寻找潜在治疗选项 | 基因工程小鼠模型和人类肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序，高通量药物筛选 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据，药物反应数据 | 未明确说明小鼠数量，但使用了小鼠和人类肿瘤细胞进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 575 | 2025-05-09 |
Vector-borne Trypanosoma brucei parasites develop in artificial human skin and persist as skin tissue forms
2023-11-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43437-2
PMID:37996412
|
研究论文 | 该研究通过人工人类皮肤模型和采采蝇自然感染，详细描述了布氏锥虫在皮肤中的发育过程及其进入可逆静止状态的特性 | 首次使用先进的人工人类皮肤模型和单细胞RNA测序技术，揭示了布氏锥虫在皮肤中的发育时序及其可逆静止状态 | 研究依赖于人工皮肤模型，可能无法完全模拟自然感染环境 | 探究布氏锥虫在人类皮肤中的发育过程及其持久感染机制 | 布氏锥虫及其在人工人类皮肤中的发育 | 寄生虫学 | 锥虫病 | 单细胞RNA测序 | 人工人类皮肤模型 | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 576 | 2025-05-09 |
Single-cell epigenomics and spatiotemporal transcriptomics reveal human cerebellar development
2023-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43568-6
PMID:37993461
|
研究论文 | 通过单细胞表观基因组学和时空转录组学揭示人类小脑发育的分子调控网络 | 结合单细胞转录组学、空间转录组学和单细胞染色质可及性状态，系统描绘了人类胎儿小脑发育的时空景观 | 研究主要关注人类胎儿小脑发育，可能不适用于其他物种或成体小脑 | 揭示人类小脑发育的分子调控机制及其与神经精神疾病的关联 | 人类胎儿小脑 | 基因组学 | 神经精神疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞染色质可及性分析 | NA | 单细胞RNA-seq数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 人类胎儿小脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 577 | 2025-10-07 |
SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors
2023-12-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43498-3
PMID:38040699
|
研究论文 | 本研究揭示了SMARCB1基因缺失通过激活患者特异性远端致癌增强子驱动恶性横纹肌样瘤发生的机制 | 首次发现SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成染色质环，揭示了MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制 | 研究主要基于患者来源的类器官模型，需要在更广泛的临床样本中验证 | 探究SMARCB1缺失在恶性横纹肌样瘤中如何改变调控景观并驱动肿瘤发生 | 恶性横纹肌样瘤患者来源的类器官组织和患者MRT组织 | 表观遗传学 | 恶性横纹肌样瘤 | 多组学分析、染色体构象捕获、单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq | NA | 基因组学数据、表观遗传学数据、转录组数据 | 患者来源的MRT类器官和患者组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 578 | 2025-10-07 |
PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma
2023-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43381-1
PMID:38030622
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的免疫反应机制 | 首次在单细胞水平揭示PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性 | 样本量有限，需要更大规模研究验证发现 | 探索阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的免疫机制 | 晚期肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 579 | 2025-10-07 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope
2023-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43629-w
PMID:38030617
|
研究论文 | 提出一种整合空间转录组和单细胞转录组数据的深度生成模型方法SpatialScope | 通过创新的模型和算法设计，能够同时提升测序型ST数据的单细胞分辨率并准确推断成像型ST数据的全转录组表达水平 | NA | 解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 空间转录组数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 580 | 2025-10-07 |
Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.06.548027
PMID:38076913
|
研究论文 | 本研究通过细胞类型定位技术探索阿尔茨海默病中tau病理选择性易感性的细胞基础 | 首次在全脑水平系统研究细胞类型分布与tau病理选择性易感性的关系，发现细胞类型组成比风险基因更能预测tau病理 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 揭示阿尔茨海默病中tau病理区域性易感性的细胞机制 | 小鼠脑组织中的神经元和非神经元细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，细胞类型定位分析，基因本体分析 | MISS（矩阵逆和子集选择）细胞类型定位流程 | 单细胞RNA测序数据，转基因小鼠模型数据 | 12种不同的PS19小鼠模型，5项转基因小鼠研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |