单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 561 - 580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2024-09-16 |
Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics
2023-03-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12060862
PMID:36980203
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综述 | 本文综述了通过单细胞转录组学揭示胆管癌肿瘤生态系统的异质性 | 利用单细胞RNA测序技术详细描述了肿瘤内基质和恶性细胞的异质性，提供了肿瘤和基质细胞（包括浸润性免疫细胞）的表型和功能多样性的新视角 | 讨论了当前研究中的局限性，并提出了未来的研究方向和潜在的临床应用 | 探讨胆管癌肿瘤生态系统中细胞成分的异质性及其相互作用 | 胆管癌肿瘤生态系统中的细胞异质性及其相互作用 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 562 | 2024-09-16 |
Sensitive cluster-free differential expression testing
2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.08.531744
PMID:36945506
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研究论文 | 本文介绍了一种无聚类的差异表达测试框架miloDE，用于单细胞RNA测序数据 | 提出了miloDE框架，通过利用单细胞数据的图表示法，将相对同质的相邻细胞分配到重叠的邻域中，从而避免了传统聚类方法的局限性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中差异表达测试的敏感性和特异性 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据和真实数据，真实数据涉及缺乏Tal1的嵌合小鼠胚胎和特发性肺纤维化患者中的巨噬细胞 |
| 563 | 2024-09-16 |
A cellular taxonomy of the adult human spinal cord
2023-02-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.007
PMID:36731429
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研究论文 | 本文通过单核RNA测序结合空间转录组学和抗体验证，对成人脊髓进行了细胞分类 | 首次对成人脊髓进行了详细的细胞分类，并发现了与肌萎缩侧索硬化症（ALS）相关的基因特征 | 研究主要集中在成人脊髓，未涉及其他年龄段或病理状态 | 揭示成人脊髓的细胞多样性及其在人类疾病中的作用 | 成人脊髓中的神经元和胶质细胞 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单核RNA测序、空间转录组学、抗体验证 | NA | RNA序列 | 29个胶质细胞簇和35个神经元簇 |
| 564 | 2024-09-16 |
Integrative network-based analysis on multiple Gene Expression Omnibus datasets identifies novel immune molecular markers implicated in non-alcoholic steatohepatitis
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1115890
PMID:37008925
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研究论文 | 本研究通过整合多个GEO数据集，利用网络生物学方法识别与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新型免疫分子标记 | 首次通过整合多个GEO数据集，利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与NASH相关的免疫响应模块，并验证了关键基因在临床样本和NASH小鼠模型中的表达 | 研究依赖于公开的GEO数据集，可能存在数据质量和样本代表性的局限性 | 探索与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新基因 | 非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的基因和免疫分子标记 | 生物信息学 | 肝病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 五个独立的GEO数据集 |
| 565 | 2024-09-15 |
BK Channels Function in Nematocyst Discharge from Vibration-Sensitive Cnidocyte Supporting Cell Complexes of the Sea Anemone Diadumene lineata
2023-10, The Biological bulletin
DOI:10.1086/730702
PMID:38976849
|
研究论文 | 研究了海葵Diadumene lineata中BK通道在振动敏感型刺细胞支持细胞复合体中的功能 | 首次在非两侧对称动物中证明了BK通道的功能 | NA | 验证BK通道在海葵刺细胞释放中的作用 | 海葵Diadumene lineata的刺细胞支持细胞复合体 | 生物学 | NA | RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 566 | 2024-09-15 |
Single-cell RNA sequencing reveals maturation trajectory in human pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes in engineered tissues
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106302
PMID:36950112
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研究论文 | 研究了人类多能干细胞衍生的心肌细胞在不同工程化心脏组织配置中的成熟轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序比较了不同工程化心脏组织中心肌细胞的基因表达和功能特征，揭示了心肌细胞成熟与组织复杂性之间的关系 | 研究仅限于特定的工程化心脏组织配置，未涵盖所有可能的组织类型 | 探讨人类多能干细胞衍生的心肌细胞在不同工程化心脏组织中的成熟过程 | 人类多能干细胞衍生的心肌细胞及其在不同工程化心脏组织中的成熟情况 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三种工程化心脏组织配置和一种对照组 |
| 567 | 2024-09-15 |
Increased RTN3 phenocopies nonalcoholic fatty liver disease by inhibiting the AMPK-IDH2 pathway
2023-Apr, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.226
PMID:36925557
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研究论文 | 研究探讨了RTN3在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的作用及其机制 | 首次描述了RTN3在肝脏组织中的作用，并揭示了其通过抑制AMPK-IDH2途径影响NAFLD的机制 | 研究主要基于公共数据集、患者样本和动物模型，缺乏大规模临床试验验证 | 探索RTN3在非酒精性脂肪肝病中的作用及其分子机制 | RTN3在NAFLD患者、高脂饮食小鼠和氧化低密度脂蛋白处理的L02细胞中的表达及作用 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括NAFLD患者、高脂饮食小鼠和L02细胞 |
| 568 | 2024-09-15 |
A comprehensive benchmarking with practical guidelines for cellular deconvolution of spatial transcriptomics
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37168-7
PMID:36941264
|
研究论文 | 本文对18种现有的细胞反卷积方法进行了全面的基准测试，并提供了实用的选择指南 | 本文通过评估准确性、鲁棒性和可用性，对18种方法进行了全面的比较，并提供了决策树风格的指南和推荐 | NA | 评估和比较现有的细胞反卷积方法，并提供选择指南 | 18种细胞反卷积方法和50个真实世界及模拟数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 50个真实世界和模拟数据集 |
| 569 | 2024-09-15 |
Benchmarking integration of single-cell differential expression
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37126-3
PMID:36944632
|
研究论文 | 本文对46种单细胞差异表达分析工作流程进行了基准测试，评估了批次效应、测序深度和数据稀疏性对其性能的影响 | 首次系统性地评估了多种单细胞差异表达分析方法在不同条件下的表现，并提出了在特定条件下表现优异的方法 | 研究主要集中在模拟数据和真实数据上的表现，未涉及实际临床应用中的验证 | 评估不同单细胞差异表达分析方法在处理批次效应、测序深度和数据稀疏性方面的性能 | 46种单细胞差异表达分析工作流程 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个批次的数据 |
| 570 | 2024-09-15 |
Key transcription factors influence the epigenetic landscape to regulate retinal cell differentiation
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad026
PMID:36715342
|
研究论文 | 研究揭示了关键转录因子如何影响表观遗传景观以调控视网膜细胞分化 | 通过scATAC-seq和CUT&Tag技术，系统分析了早期视网膜细胞分化过程中表观遗传景观的变化，并揭示了关键转录因子在调控基因表达中的作用 | NA | 深入理解中枢神经系统发育过程中神经细胞类型的形成机制 | 视网膜细胞分化过程中的表观遗传变化和关键转录因子的调控作用 | NA | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag | NA | 基因表达数据 | NA |
| 571 | 2024-09-15 |
Hierarchical cell-type identifier accurately distinguishes immune-cell subtypes enabling precise profiling of tissue microenvironment with single-cell RNA-sequencing
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad006
PMID:36681937
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因集分析的分层细胞类型识别工具HiCAT，用于单细胞RNA测序数据中免疫细胞亚型的精确注释 | HiCAT通过三层分类树结构，逐级识别主要类型、次要类型和子集，显著提高了免疫细胞亚型识别的准确性 | NA | 开发一种能够准确区分免疫细胞亚型并用于组织微环境精确分析的工具 | 免疫细胞亚型及其在组织微环境中的作用 | 单细胞RNA测序 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 572 | 2024-09-15 |
Resolving the lineage relationship between malignant cells and vascular cells in glioblastomas
2023-03-16, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac006
PMID:36929001
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤中恶性细胞与血管细胞之间的谱系关系 | 首次通过单细胞RNA测序和拷贝数变异分析，揭示了胶质母细胞瘤细胞与血管细胞的谱系差异，排除了胶质母细胞瘤细胞向血管细胞转分化的可能性 | 研究仅限于小鼠模型和人类样本的单细胞分析，未涉及其他动物模型或更广泛的临床样本 | 探讨胶质母细胞瘤中恶性细胞与血管细胞的谱系关系，为靶向治疗提供理论依据 | 胶质母细胞瘤中的恶性细胞和血管细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个遗传性胶质母细胞瘤小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本 |
| 573 | 2024-09-15 |
SMPD1 expression profile and mutation landscape help decipher genotype-phenotype association and precision diagnosis for acid sphingomyelinase deficiency
2023-Mar-13, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-023-00272-1
PMID:36907956
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研究论文 | 研究探讨了酸性鞘磷脂酶缺乏症（ASMD）的基因型-表型关联和精准诊断 | 首次阐明了SMPD1基因突变对细胞类型和组织水平的影响，为NPD的基因型-表型关联提供了新的见解 | NA | 探索NPD的基因型-表型关联和病理生理特征 | 酸性鞘磷脂酶缺乏症（ASMD）患者 | 遗传学 | 罕见遗传病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 144例NPD患者 |
| 574 | 2024-09-15 |
Interpretable and context-free deconvolution of multi-scale whole transcriptomic data with UniCell deconvolve
2023-03-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36961-8
PMID:36906603
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研究论文 | 介绍了一种名为UniCell: Deconvolve Base (UCDBase)的预训练深度学习模型，用于无上下文参考数据的多尺度全转录组数据的去卷积 | 提出了一个预训练的、可解释的深度学习模型UCDBase，能够在没有上下文参考数据的情况下对空间、bulk-RNA-Seq和scRNA-Seq数据进行细胞类型分数的去卷积和细胞身份预测 | NA | 开发一种新的深度学习模型，用于多尺度全转录组数据的去卷积和细胞身份预测 | 空间、bulk-RNA-Seq和scRNA-Seq数据中的细胞类型分数和细胞身份 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习模型 | 转录组数据 | 训练数据包括来自898项研究的超过2800万个注释的单细胞，涵盖840种独特的细胞类型 |
| 575 | 2024-09-15 |
Adipose tissue at single-cell resolution
2023-03-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.02.002
PMID:36889280
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在脂肪组织中的应用，重点介绍了从单细胞和单核转录组学中获得的生物学见解 | 利用单细胞转录组学技术，深入解析了脂肪组织中细胞类型的多样性和细胞状态的变化 | NA | 探讨单细胞转录组学在脂肪组织研究中的应用及其对组织可塑性的贡献 | 小鼠和人类脂肪组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类脂肪组织样本 |
| 576 | 2024-09-15 |
Mitochondrial metabolism of the facultative parasite Chilodonella uncinata (Alveolata, Ciliophora)
2023-Mar-07, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-023-05695-3
PMID:36882771
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研究论文 | 研究了Chilodonella uncinata的线粒体形态和代谢特征 | 首次研究了Chilodonella uncinata的线粒体代谢 | 仅基于单细胞转录组数据进行分析，缺乏实验验证 | 描述Chilodonella uncinata线粒体的形态特征和代谢特性 | Chilodonella uncinata的线粒体 | NA | NA | 荧光染色、透射电子显微镜、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 单个Chilodonella uncinata细胞 |
| 577 | 2024-09-15 |
DiSiR: fast and robust method to identify ligand-receptor interactions at subunit level from single-cell RNA-sequencing data
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad030
PMID:36968431
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DiSiR的快速且稳健的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别亚基水平的配体-受体相互作用 | DiSiR不仅能够分析现有的配体-受体相互作用数据库，还能识别未在数据库中列出的相互作用，并且相比其他基于排列的方法（如CellPhoneDB和ICELLNET）表现更优 | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，特别是多亚基配体激活受体的信号通路 | 单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 排列方法 | RNA测序数据 | 模拟数据和真实数据（包括COVID肺部和类风湿性关节炎滑膜的单细胞RNA测序数据） |
| 578 | 2024-09-15 |
A cuproptosis-related signature for predicting the prognosis of gastric cancer
2023-Feb-28, Journal of gastrointestinal oncology
IF:2.0Q3
DOI:10.21037/jgo-23-62
PMID:36915443
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研究论文 | 本文研究了铜死亡相关基因在胃癌中的表达及其对胃癌预后的预测作用 | 首次构建了铜死亡相关基因的特征，用于预测胃癌的预后 | NA | 研究铜死亡相关基因在胃癌中的作用及其对胃癌预后的预测价值 | 胃癌患者及铜死亡相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | NA |
| 579 | 2024-09-15 |
NF-κB in monocytes and macrophages - an inflammatory master regulator in multitalented immune cells
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1134661
PMID:36911661
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综述 | 本文综述了核因子κB（NF-κB）在单核细胞和巨噬细胞中的作用，这些细胞是多才多艺的免疫细胞，在炎症中起着主调控因子的作用 | 利用单细胞测序和细胞命运图谱等新技术，探讨了NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的新问题 | NA | 总结NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的当前研究成果 | NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的作用 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 580 | 2024-09-15 |
Altered gene expression in excitatory neurons is associated with Alzheimer's disease and its higher incidence in women
2023 Jan-Mar, Alzheimer's & dementia (New York, N. Y.)
DOI:10.1002/trc2.12373
PMID:36873924
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研究论文 | 重新分析单细胞转录组数据，揭示阿尔茨海默病中兴奋性神经元基因表达的变化与性别差异的关系 | 解决了先前研究中关于阿尔茨海默病中主要受影响的细胞类型和细胞通路的矛盾，并揭示了兴奋性神经元在性别特异性分析中的重要作用 | NA | 重新分析单细胞转录组数据，以解决和扩展以往关于阿尔茨海默病中基因表达变化的研究 | 阿尔茨海默病患者的兴奋性神经元基因表达变化及性别差异 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | MAST | 基因表达数据 | 三个单细胞转录组数据集和来自Gene Expression Omnibus的皮质bulk AD数据集 |