单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2024-09-28	TissUUmaps 3: Improvements in interactive visualization, exploration, and quality assessment of large-scale spatial omics data 2023-May, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e15306 PMID:37131430	研究论文	本文介绍了TissUUmaps 3在交互式可视化、探索和大规模空间组学数据质量评估方面的改进	TissUUmaps 3通过优化减少了交互数据探索的时间和成本，显著提高了对大规模多重数据集的处理能力	NA	改进大规模空间组学数据的交互式可视化和探索工具	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
542	2024-09-28	Comparison of transformations for single-cell RNA-seq data 2023-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01814-1 PMID:37037999	研究论文	本文比较了四种用于单细胞RNA测序数据转换的方法，并评估了它们在模拟和真实数据上的表现	本文提出了四种基于不同理论基础的数据转换方法，并发现简单的对数变换结合伪计数和主成分分析在实际应用中表现最佳	目前的理论分析在实际性能基准测试中存在局限性	比较不同数据转换方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果	单细胞RNA测序数据的转换方法	生物信息学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	模拟数据和真实世界数据
543	2024-09-28	Pan-cancer classification of single cells in the tumour microenvironment 2023-03-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37353-8 PMID:36959212	研究论文	本文介绍了一种名为scATOMIC的模块化注释工具，用于恶性与非恶性细胞的分类，并展示了其在肿瘤微环境中的应用	scATOMIC通过训练超过30万细胞的数据，定义了19种常见癌症的泛癌参考，采用分层方法，优于当前的分类方法	NA	开发一种高精度的细胞分类工具，以深入理解肿瘤微环境中的细胞机制	恶性与非恶性细胞的分类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过30万癌症、免疫和基质细胞，以及225个肿瘤活检样本，包含超过35万癌症和多种肿瘤微环境细胞
544	2024-09-28	Location, location, location: mapping the lymphoma tumor microenvironment using spatial transcriptomics 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1258245 PMID:37869076	研究论文	本文总结了当前空间转录组技术及其在淋巴瘤研究中的应用，以揭示淋巴瘤肿瘤微环境中的复杂细胞相互作用	空间转录组技术提供了基因表达的全面分析，弥补了单细胞RNA测序缺乏空间信息的局限	目前研究主要集中在技术总结和初步应用，尚未深入探讨具体的治疗策略	深入理解淋巴瘤肿瘤微环境，识别关键的淋巴瘤与免疫细胞相互作用，为个性化治疗提供基础	淋巴瘤肿瘤微环境中的免疫与非免疫细胞及其相互作用	数字病理学	淋巴瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
545	2024-09-28	Vancomycin-induced gut microbial dysbiosis alters enteric neuron-macrophage interactions during a critical period of postnatal development 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1268909 PMID:37901245	研究论文	研究万古霉素引起的肠道微生物失调如何影响新生期关键阶段的肠神经-巨噬细胞相互作用	首次揭示了新生期万古霉素暴露通过影响巨噬细胞数量和表型，进而改变肠神经系统发育的机制	研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨万古霉素引起的肠道微生物失调对新生期肠神经-巨噬细胞相互作用的影响	新生期小鼠的肠神经系统和巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	新生期小鼠
546	2024-09-28	Using combined single-cell gene expression, TCR sequencing and cell surface protein barcoding to characterize and track CD4+ T cell clones from murine tissues 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1241283 PMID:37901204	研究论文	本文描述了从鼠类组织中分离scRNA/TCR-seq兼容的CD4 T细胞的方法，并详细介绍了细胞处理、质量控制、样本多路复用和测序策略，以及从测序数据生成的生物信息学分析流程	本文结合了单细胞基因表达、TCR测序和细胞表面蛋白条形码技术，以无偏的方式研究细胞转录程序及其异质性	NA	开发和优化从鼠类组织中分离和分析CD4 T细胞克隆的方法	鼠类组织中的CD4 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序	NA	基因表达数据	鼠类皮肤、脾脏和淋巴结中的CD4 T细胞
547	2024-09-28	Single-cell profiling reveals immune disturbances landscape and HLA-F-mediated immune tolerance at the maternal-fetal interface in preeclampsia 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1234577 PMID:37854606	研究论文	研究揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱以及HLA-F介导的免疫耐受	首次通过单细胞RNA测序揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱，并探讨了HLA-F在母胎免疫耐受中的作用	研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的临床数据或动物模型	探讨子痫前期中母胎界面免疫紊乱的机制及HLA-F的作用	子痫前期的母胎界面免疫状态及HLA-F的功能	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	101,250个细胞样本
548	2024-09-27	Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq data reveals dynamic changes in tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and leads to the establishment of a neutrophil-related prognostic model 2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03567-4 PMID:38006433	研究论文	研究分析了肝细胞癌中单细胞测序和批量RNA测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在肿瘤微环境中的动态变化，并建立了一个与中性粒细胞相关的预后模型	首次通过单细胞测序数据识别出271个肿瘤相关中性粒细胞的标记基因，并基于TCGA数据建立了包含八个基因的预后模型	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题	探索肿瘤相关中性粒细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用，并建立预后模型	肝细胞癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	12个肝细胞癌肿瘤核心和5个肝细胞癌癌旁组织
549	2024-09-27	Unraveling intratumoral complexity in metastatic dermatofibrosarcoma protuberans through single-cell RNA sequencing analysis 2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03577-2 PMID:37938367	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示转移性皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内复杂性	利用单细胞RNA测序技术揭示了皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性，并提供了全面的单细胞转录组图谱	NA	揭示皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性和分子机制	皮肤纤维肉瘤的原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本	数字病理学	皮肤纤维肉瘤	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入分析	RNA	原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本
550	2024-09-27	Defects in microvillus crosslinking sensitize to colitis and inflammatory bowel disease 2023-Oct-09, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202357084 PMID:37691494	研究论文	研究探讨了微绒毛交叉连接缺陷在结肠炎和炎症性肠病中的作用	首次揭示了微绒毛交叉连接缺陷与肠道屏障功能受损及结肠炎易感性之间的关系	研究仅在动物模型和小部分患者样本中进行，需进一步验证其在人类中的普遍性	探究微绒毛交叉连接在肠道屏障功能和结肠炎中的作用	CDHR5缺陷小鼠和溃疡性结肠炎患者	NA	炎症性肠病	电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	CDHR5缺陷小鼠、溃疡性结肠炎患者
551	2024-09-27	Machine learning-based metabolism-related genes signature, single-cell RNA sequencing, and experimental validation in hypersensitivity pneumonitis 2023-Oct-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000034940 PMID:37800807	研究论文	本文通过机器学习算法筛选与代谢相关的基因特征，结合单细胞RNA测序和实验验证，研究了过敏性肺炎中代谢相关基因与M2巨噬细胞的关系	本文首次通过机器学习算法筛选出NPR3、GPX3和SULF1作为过敏性肺炎的诊断特征生物标志物，并发现SULF1表达与M2巨噬细胞比例呈正相关	本文主要依赖于基因表达数据和实验验证，未涉及临床样本的广泛验证	识别基于代谢相关基因的诊断特征生物标志物，并研究其与过敏性肺炎患者中M2巨噬细胞的相关性	过敏性肺炎患者与健康对照组的代谢相关基因表达差异及M2巨噬细胞的浸润状态	机器学习	过敏性肺炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、流式细胞术	机器学习算法	基因表达矩阵	健康对照组与过敏性肺炎患者
552	2024-09-27	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of capsaicin in the treatment of sepsis-induced liver injury 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.395 PMID:37808269	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了辣椒素对脓毒症诱导的肝损伤中不同细胞类型的动态响应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用及其机制	正常小鼠、盲肠结扎穿刺诱导的脓毒症模型小鼠和辣椒素处理的小鼠的肝细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	86,830个肝细胞
553	2024-09-27	Single-cell assignment using multiple-adversarial domain adaptation network with large-scale references 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100577 PMID:37751689	研究论文	介绍了一种名为SELINA的单细胞RNA-seq数据注释框架，利用多对抗域适应网络和预先整理的参考图谱进行细胞类型注释	提出了SELINA框架，通过多对抗域适应网络消除批次效应，并使用合成少数类过采样技术增强稀有细胞类型的注释	NA	开发一种能够准确注释单细胞RNA-seq数据的自动化框架	单细胞RNA-seq数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	多对抗域适应网络	单细胞RNA-seq数据	170万细胞，涵盖230种不同的人类细胞类型
554	2024-09-27	Generation and molecular characterization of human pluripotent stem cell-derived pharyngeal foregut endoderm 2023-09-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.024 PMID:37751684	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞高效生成咽前肠内胚层的方法，并对其进行了分子表征	开发了一种高效的逐步分化方法，并引入了计算分类工具CellMatch，用于确认细胞成熟度	NA	研究与咽部发育和器官发生相关的人类综合征，并提供疾病相关位点和基因调控网络的研究方法	人类咽前肠内胚层及其衍生物	NA	NA	转录组分析、染色质分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
555	2024-09-27	Inferring single-cell transcriptomic dynamics with structured latent gene expression dynamics 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100581 PMID:37708894	研究论文	本文提出了一种名为LatentVelo的方法，利用深度学习计算单细胞RNA测序数据的基因表达动态的低维表示	LatentVelo通过变分自编码器将细胞嵌入潜在空间，并使用神经常微分方程在基于动态的潜在空间中建模分化动态，能够推断潜在的调节状态以模拟多个谱系	NA	开发一种新的方法来推断单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器，神经常微分方程	单细胞RNA测序数据	NA
556	2024-09-27	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558548 PMID:37786667	研究论文	本文提出了一种基于图深度学习模型的方法，用于联合细胞分割和分子注释，以解决空间转录组学数据中的细胞边界确定问题	本文提出的方法利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，并通过转移图嵌入作为多模态输入的一部分来丰富基因关系	NA	解决空间转录组学数据中的细胞分割和注释问题	空间转录组学数据中的细胞分割和分子注释	机器学习	NA	图深度学习	图深度学习模型	空间转录组学数据	涉及多种空间技术和组织类型的数据
557	2024-09-27	A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558462 PMID:37786704	研究论文	本研究通过多组学方法识别并验证了26个基因的表达特征，这些基因在胃肠道化生（GIM）的高风险前体细胞中表达，可能预示胃癌（GC）的风险	本研究首次通过多组学整合方法识别出26个基因的表达特征，这些基因在GIM的高风险前体细胞中表达，为胃癌的预防和早期检测提供了新的分子标志物	本研究样本量较小，且仅限于特定的GIM和GC样本，未来需要更大规模的验证	识别胃肠道化生（GIM）中高风险胃癌（GC）前体的分子标志物，以改进癌症预防策略	胃肠道化生（GIM）和胃癌（GC）的临床和基因组数据	基因组学	胃癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、单分子多重荧光原位杂交（smFISH）	NA	基因表达数据	共涉及303个GIM样本、198个癌症基因组图谱样本、40个scRNA-seq数据样本和5个空间验证样本
558	2024-09-27	Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina 2023-Sep-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3294233/v1 PMID:37790324	研究论文	研究斑马鱼视网膜损伤后神经再生的基因调控网络	揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的差异，以及视网膜再生与发育之间的差异	NA	探讨斑马鱼视网膜损伤后神经再生的机制及其与发育过程的异同	斑马鱼视网膜损伤后的神经再生过程	发育生物学	NA	单核RNA测序和单细胞RNA测序，ATAC测序	NA	基因表达数据	发育和再生视网膜样本
559	2024-09-27	Single-cell multi-omics defines the cell-type-specific impact of splicing aberrations in human hematopoietic clonal outgrowths 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.012 PMID:37582363	研究论文	本文通过整合基因型转录组学（GoT）与长读长单细胞转录组学和蛋白质组学，研究了人类造血克隆性增殖中剪接异常的细胞类型特异性影响	本文创新性地应用了GoT-Splice技术，结合单细胞多组学分析，揭示了SF3B1突变在不同造血祖细胞群体中的隐秘3'剪接位点使用情况及其在红细胞分化过程中的阶段特异性异常剪接	本文主要集中在SF3B1突变相关的骨髓增生异常综合征（MDS）患者样本，未来研究可以扩展到其他类型的血液疾病和突变	研究剪接因子突变在人类造血克隆性增殖中的细胞类型特异性影响	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	基因型转录组学（GoT）、长读长单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	转录组、表面蛋白、体细胞突变、RNA剪接	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞样本
560	2024-09-27	TGF-β1 mediates tumor immunosuppression aggravating at the late stage post-high-light-dose photodynamic therapy 2023-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03479-3 PMID:37351605	研究论文	本研究探讨了光动力疗法（PDT）后肿瘤微环境中免疫状态的动态变化，揭示了高剂量PDT诱导的早期免疫激活和晚期免疫抑制的机制	首次系统阐述了高剂量PDT后免疫抑制的机制，并提出了TGF-β阻断治疗策略作为逆转免疫抑制的潜在组合策略	研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未进行临床试验验证	揭示光动力疗法后肿瘤免疫抑制的机制，并提出改进策略	光动力疗法后的肿瘤微环境及免疫状态变化	肿瘤学	肿瘤	光动力疗法	NA	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量