单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2024-09-17 |
TREM2+ and interstitial-like macrophages orchestrate airway inflammation in SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques
2023-04-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37425-9
PMID:37024448
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研究论文 | 研究利用恒河猴模型探讨SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中免疫细胞的作用 | 首次在恒河猴模型中详细描述了SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中巨噬细胞亚群的作用，并评估了JAK1/2抑制剂baricitinib的治疗效果 | 研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨SARS-CoV-2感染引起的严重COVID-19的免疫病理机制 | SARS-CoV-2感染的恒河猴模型中的气道炎症和巨噬细胞亚群 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 恒河猴模型中的气道细胞 |
| 542 | 2024-09-17 |
Differentiation trajectories of the Hydra nervous system reveal transcriptional regulators of neuronal fate
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.531610
PMID:36993575
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序和轨迹推断，全面描述了水螅神经系统在成年期的分子特征，包括神经元亚型的转录变化和基因调控网络的构建 | 首次详细描述了水螅成年神经系统中的神经元亚型及其转录变化，并发现了新的神经元特异性基因调控区域和神经元亚型间的转分化途径 | NA | 研究水螅神经系统发育和再生的分子机制 | 水螅的神经系统及其神经元亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 543 | 2024-09-17 |
Cellcano: supervised cell type identification for single cell ATAC-seq data
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37439-3
PMID:37012226
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研究论文 | 开发了一种名为Cellcano的计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的细胞类型识别 | 提出了基于两轮监督学习算法的Cellcano方法，解决了参考数据与目标数据之间的分布偏移问题，提高了预测性能 | 未提及 | 开发适用于单细胞ATAC-seq数据的监督细胞类型识别方法 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 监督学习算法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 50个精心设计的细胞类型识别任务 |
| 544 | 2024-09-17 |
STGRNS: an interpretable transformer-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data
2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad165
PMID:37004161
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的可解释方法STGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 提出了基因表达基序技术，将基因对转换为连续子向量，作为Transformer编码器的输入，避免了网络中缺失的相位特异性调控，提高了不同类型单细胞转录组数据中基因调控网络推断的准确性 | NA | 解决从单细胞转录组数据中推断基因调控网络时面临的细胞异质性问题 | 单细胞转录组数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 21个静态和27个时间序列单细胞转录组数据集 |
| 545 | 2024-09-17 |
Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review
2023-Apr, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475
PMID:37034356
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤患者肿瘤内异质性方面的应用 | 利用单细胞RNA测序技术分析了18个不同阶段的骨肉瘤病变，揭示了肿瘤内存在的不同细胞群和基因特征 | NA | 探讨单细胞RNA测序在骨肉瘤治疗中的潜在应用 | 骨肉瘤患者的肿瘤内异质性 | 数字病理学 | 骨癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 150,000个细胞，来自18个病变 |
| 546 | 2024-09-17 |
Machine Learning for Uncovering Biological Insights in Spatial Transcriptomics Data
2023-Mar-29, ArXiv
PMID:37033464
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研究论文 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文未具体提及研究中的局限性 | 探讨机器学习在空间转录组学数据中揭示生物学见解的应用 | 空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 深度学习 | 空间转录组学数据 | NA |
| 547 | 2024-09-17 |
Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534295
PMID:37034711
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研究论文 | 研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育病因学的细胞模型 | 首次比较了从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系与中鼻甲活检样本的单细胞RNA测序数据，并将其与嗅觉神经上皮的数据进行了比较 | 研究仅限于特定的细胞系和样本，可能无法完全代表精神分裂症的复杂性 | 探讨精神分裂症神经发育分子机制的生物模型 | 从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系和中鼻甲活检样本 | 细胞生物学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个CNON细胞系和两个中鼻甲活检样本 |
| 548 | 2024-09-17 |
Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells
2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.27.534442
PMID:37034703
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于在单细胞水平上量化磷酸化胞内和核内蛋白质，并将其活性与顺式调控元件和转录靶点联系起来 | Phospho-seq通过简化的台式抗体偶联方法创建大型定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合 | NA | 开发一种可扩展且灵活的方法，用于在单细胞水平上同时分析细胞信号状态和其他分子模式 | 磷酸化胞内和核内蛋白质、顺式调控元件、转录靶点 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 蛋白质 | 细胞系、诱导多能干细胞、3个月大的脑类器官 |
| 549 | 2024-09-17 |
Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527053
PMID:36993340
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研究论文 | 本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于优化已知细胞类型的基因选择，以实现目标空间转录组学 | 提出了一种新的计算方法gpsFISH，通过建模和调整平台效应来优化基因选择，超越了现有方法 | 现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术之间的平台效应 | 开发一种新的基因选择方法，以优化目标空间转录组学中的基因检测 | 基因面板的选择，以优化已知细胞类型的检测 | 空间转录组学 | NA | 计算方法 | NA | 转录组数据 | NA |
| 550 | 2024-09-17 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533713
PMID:36993544
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因 | BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够处理二维和三维空间转录组数据，具有更高的准确性、鲁棒性和效率 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在空间转录组数据中识别空间变异基因 | 二维和三维空间转录组数据中的空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 非参数模型 | 基因表达数据 | NA |
| 551 | 2024-09-17 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification
2023-Mar-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2687726/v1
PMID:36993309
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于从二维和三维空间转录组数据中识别空间变异基因 | BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从二维和三维空间转录组数据中有效识别空间变异基因 | 空间变异基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非参数模型 | 转录组数据 | 多种类型的空间转录组技术在癌症、神经科学、类风湿性关节炎和肾脏研究中的应用 |
| 552 | 2024-09-17 |
Pioneer factor ASCL1 cooperates with the mSWI/SNF complex at distal regulatory elements to regulate human neural differentiation
2023-03-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.350269.122
PMID:36931659
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研究论文 | 研究了先驱转录因子ASCL1与mSWI/SNF复合物在远端调控元件上的相互作用，以调节人类神经分化 | 揭示了ASCL1在人类神经发生中激活长程调控元件的新机制，并发现了其染色质重塑功能依赖于合作伙伴ATPase活性 | NA | 探讨先驱转录因子ASCL1在人类神经分化中的作用及其与mSWI/SNF复合物的相互作用 | ASCL1在人类神经分化中的功能及其与mSWI/SNF复合物的相互作用 | 基因表达调控 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 553 | 2024-09-17 |
Diabetes mellitus induces a novel inflammatory network involving cancer progression: Insights from bioinformatic analysis and in vitro validation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1149810
PMID:37033970
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研究论文 | 研究探讨了糖尿病与癌症之间的关联，构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，并通过生物信息学分析和体外实验验证了其机制 | 首次构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，揭示了糖尿病如何增加肿瘤发生和发展的机制 | 需要进一步的研究来验证和扩展这些发现 | 探讨糖尿病与癌症之间的分子机制 | 糖尿病相关基因与癌症相关基因的关联 | 生物信息学 | 糖尿病 | 生物信息学分析、单细胞测序、体外实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 包括结肠腺癌在内的多种肿瘤样本 |
| 554 | 2024-09-17 |
Monoacylglycerol lipase regulates macrophage polarization and cancer progression in uveal melanoma and pan-cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1161960
PMID:37033945
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研究论文 | 研究探讨了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤和泛癌中的作用及其对巨噬细胞极化和癌症进展的影响 | 首次揭示了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并提出了基于脂质代谢的风险模型 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨脂质代谢在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并开发基于脂质代谢的风险模型 | 葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 共识聚类分析、ESTIMATE分析、TIMER分析、ssGSEA分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、单细胞测序分析 | 风险模型 | 基因表达数据 | 80名葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者的数据 |
| 555 | 2024-09-17 |
Single-cell and long-read sequencing to enhance modelling of splicing and cell-fate determination
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.03.023
PMID:37066125
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综述 | 本文综述了单细胞和长读长测序技术在剪接和细胞命运决定建模中的最新进展 | 结合单细胞和长读长测序技术，提供了新的机会来建模细胞命运决定 | NA | 探讨单细胞和长读长测序技术在细胞命运决定和剪接建模中的应用 | 单细胞和长读长测序数据，以及相关的计算算法和数学模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序，长读长测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 556 | 2024-09-16 |
Mechanical stimuli-induced CCL2 restores adult mouse cells to regenerate hair follicles
2023-Jun-13, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2023.03.002
PMID:37020681
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研究论文 | 研究机械刺激如何通过CCL2介导的微环境调控机制促进成年小鼠毛囊再生 | 首次揭示了机械刺激通过CCL2介导的化学信号通路促进毛囊再生的机制 | NA | 探讨机械刺激诱导毛囊再生的机制 | 成年小鼠的皮肤细胞和毛囊 | NA | NA | RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及多个时间点的皮肤细胞样本和毛囊移植实验 |
| 557 | 2024-09-16 |
Age or lifestyle-induced accumulation of genotoxicity is associated with a length-dependent decrease in gene expression
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106368
PMID:37013186
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研究论文 | 研究探讨了基因长度与基因表达在衰老过程中的关系 | 发现了基因长度依赖的基因表达下降与衰老相关的普遍现象，并揭示了紫外线辐射和吸烟暴露对基因表达的影响 | 研究主要基于小鼠和人类的数据，可能需要更多物种和数据来验证结论 | 探讨DNA损伤积累与基因表达变化在衰老中的作用 | 基因长度与基因表达的关系 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类的多个组织和细胞类型 |
| 558 | 2024-09-16 |
Clinical, genetic, epidemiologic, evolutionary, and functional delineation of TSPEAR-related autosomal recessive ectodermal dysplasia 14
2023-04-13, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2023.100186
PMID:37009414
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研究论文 | 本文详细描述了TSPEAR相关常染色体隐性外胚层发育不良14型的临床特征、遗传变异、流行病学、进化历史和功能机制 | 首次结合AlphaFold预测结构分析和单细胞RNA测序数据，揭示了TSPEAR蛋白在牙釉质结中的作用及其与wnt10a的相互作用 | 研究主要基于基因数据和模型动物，缺乏直接的人体功能验证 | 探讨TSPEAR在胚层发育中的作用及其相关疾病的机制 | TSPEAR基因及其相关的外胚层发育不良14型 | 遗传学 | 外胚层发育不良 | AlphaFold结构预测、单细胞RNA测序、基因组数据分析 | NA | 基因组数据、RNA测序数据 | 100000个基因组项目数据、多个群体的创始变异分析 |
| 559 | 2024-09-16 |
Unraveling Psychiatric Disorders through Neural Single-Cell Transcriptomics Approaches
2023-03-22, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14030771
PMID:36981041
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综述 | 本文综述了通过单细胞和单核转录组技术揭示精神障碍分子和细胞异质性的最新进展 | 强调了非神经元细胞在精神障碍病理中的重要作用 | NA | 更新当前关于大脑转录组的发现，并探讨在抑郁症、压力、神经退行性疾病、精神分裂症、阿片类药物使用障碍以及酒精和精神兴奋剂滥用中识别的转录组改变的分子研究 | 人类和动物模型中的精神障碍 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞和单核转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 560 | 2024-09-16 |
The cell type composition of the adult mouse brain revealed by single cell and spatial genomics
2023-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531307
PMID:36945580
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研究论文 | 本文通过结合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱 | 首次全面揭示了成年小鼠大脑中各神经解剖结构的细胞类型组成，并开发了一个用于遗传访问每种细胞类型的框架 | NA | 构建成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱 | 成年小鼠大脑中的细胞类型及其在神经解剖结构中的位置 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 整个小鼠大脑 |