单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 5341 - 5355 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5341 | 2024-08-08 |
Semi-Supervised Deep Learning for Cell Type Identification From Single-Cell Transcriptomic Data
2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3173587
PMID:35536811
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研究论文 | 本文提出了一种半监督学习模型SemiRNet，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型 | 使用半监督学习方法，结合少量标记和大量未标记的单细胞转录组数据进行细胞类型识别 | 需要大量未标记的单细胞转录组数据和有限数量的标记数据 | 提高从单细胞转录组数据中识别细胞类型的效率和准确性 | 单细胞转录组数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 循环卷积神经网络（RCNN） | 转录组数据 | 两个大规模单细胞转录组数据集 |
| 5342 | 2024-08-05 |
Assimilating Epigenetics and Transcriptomics for the Identification of Prognostic Novel Biomarkers and Imminent Targets in Colorectal Carcinoma with Therapeutic Potential
2023, Current molecular medicine
IF:2.2Q3
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研究论文 | 本文探讨了表观遗传学和转录组学在结直肠癌中识别预后新生物标志物和潜在治疗靶点的应用 | 研究结合了表观遗传学和转录组学，为结直肠癌的诊断和预后提供了新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 识别结直肠癌的预后新生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌及其相关的表观遗传学和转录组学特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组学 | 单细胞转录组学 | 文本 | NA |
| 5343 | 2024-08-08 |
Deep Nonnegative Matrix Factorization Using a Variational Autoencoder With Application to Single-Cell RNA Sequencing Data
2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3172723
PMID:35511832
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研究论文 | 本文提出了一种基于变分自编码器的深度非负矩阵分解方法，用于单细胞RNA测序数据的分析 | 该方法通过将参数分解为细胞间共享和细胞特异性参数，实现了有效的非线性降维，并引入了对数正则化以提高估计准确性 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和生物学解释性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 多个单细胞样本 |
| 5344 | 2024-08-05 |
Dynamic Autophagy Map in Mouse Female Germ Cells Throughout the Fetal to Postnatal Life
2023-01, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-022-00940-z
PMID:35501593
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研究论文 | 本研究调查了小鼠雌性生殖细胞在胎儿到出生后生活中的自噬动态表达。 | 发现了阶段特异性的自噬相关基因，并绘制了自噬图谱，提供了对小鼠雌性生殖细胞发育自噬调控网络的新见解。 | NA | 研究小鼠雌性生殖细胞中自噬的潜在机制。 | 研究七类生殖细胞的自噬相关基因的动态表达。 | 数字病理学 | 女性不育 | 单细胞RNA-seq, 免疫荧光, 透射电子显微镜 | NA | 基因表达数据 | 七种类型的生殖细胞 |
| 5345 | 2024-08-08 |
scTSSR2: Imputing Dropout Events for Single-Cell RNA Sequencing Using Fast Two-Side Self-Representation
2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3170587
PMID:35476574
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scTSSR2的新型单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补方法，该方法结合了矩阵分解和双侧稀疏自表示技术，用于插补scRNA-seq数据中的缺失事件 | scTSSR2方法在计算速度和内存使用方面具有明显优势，并且在下游实验中表现优于现有的最先进插补方法 | NA | 开发一种高效的scRNA-seq数据插补方法，以提高数据质量和下游分析的准确性 | scRNA-seq数据中的缺失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 双侧稀疏自表示 | 基因表达数据 | NA |
| 5346 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the diversity and biology of valve cells in cardiac valve disease
2023-01, Journal of cardiology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.jjcc.2022.03.012
PMID:35414472
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综述 | 本文综述了心脏瓣膜疾病中瓣膜细胞的多样性和生物学特性，特别关注使用单细胞RNA测序技术发现的瓣膜细胞异质性和功能 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了瓣膜细胞的异质性和功能，为个性化治疗心脏瓣膜疾病提供了新的见解 | 文章主要为综述性质，未提供新的实验数据或研究结果 | 深入理解心脏瓣膜疾病的病理生物学，以开发更好的替代疗法 | 心脏瓣膜疾病中的瓣膜细胞 | 数字病理学 | 心脏瓣膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 5347 | 2024-08-08 |
The immune microenvironment shapes transcriptional and genetic heterogeneity in chronic lymphocytic leukemia
2023-01-10, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2021006941
PMID:35358998
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研究论文 | 本文通过整合批量转录组分析和单细胞RNA测序，研究了慢性淋巴细胞白血病（CLL）中微环境和分子事件的相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序和RNA速度分析揭示了CLL细胞在淋巴结中的命运轨迹，并发现激活的肿瘤细胞亚群与较差的预后相关 | 研究仅限于34名患者，且未探讨所有可能影响CLL进展的遗传和环境因素 | 探究CLL中微环境与分子事件的相互作用及其对疾病进展的影响 | CLL患者的周围血和淋巴结样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全外显子测序（WES） | NA | 转录组数据 | 34名患者 |
| 5348 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals intrahepatic and peripheral immune characteristics related to disease phases in HBV-infected patients
2023-01, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2021-325915
PMID:35361683
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了HBV感染患者肝脏和外周血的免疫特征，揭示了不同疾病阶段免疫细胞的动态变化 | 首次详细描述了HBV感染不同阶段肝脏和外周血中免疫细胞的特征及其相互作用，为理解HBV感染的免疫病理机制提供了新的视角 | 研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证结果的普遍性 | 深入解析HBV感染不同阶段的免疫反应，为开发有效的治疗策略提供科学依据 | HBV感染患者的肝脏和外周血样本 | 数字病理学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 46对肝脏和血液样本来自23名个体 |
| 5349 | 2024-08-08 |
Network-Based Structural Learning Nonnegative Matrix Factorization Algorithm for Clustering of scRNA-Seq Data
2023 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3161131
PMID:35316190
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研究论文 | 本文提出了一种基于网络的结构学习非负矩阵分解算法（SLNMF），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的细胞类型识别和轨迹推断 | SLNMF算法通过构建细胞间的相似网络并利用网络拓扑结构提取细胞的潜在特征，通过结构约束保留网络结构信息，显著提高了细胞类型识别和轨迹推断的性能 | NA | 开发一种新的算法以提高scRNA-seq数据中细胞类型识别和细胞轨迹推断的准确性 | scRNA-seq数据中的细胞类型和细胞轨迹 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解 | SLNMF算法 | scRNA-seq数据 | 14个scRNA-seq数据集，单细胞数量从49到26,484不等 |
| 5350 | 2024-08-05 |
Multisource single-cell data integration by MAW barycenter for Gaussian mixture models
2023-06, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1111/biom.13630
PMID:35220585
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研究论文 | 提出了一种集成多来源单细胞数据聚类结果的新方法 | 通过最小化聚合Wasserstein距离（MAW）来近似Wasserstein度量并计算GMM的重心，克服了现有方法的局限性 | GMM的重心可能不会是一个包含合理数量成分的GMM | 提升多来源单细胞数据的聚类整合效果 | 来自多个来源的单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | NA | Gaussian mixture models (GMM) | NA | RNA-seq | 多个单细胞RNA-seq数据集 |
| 5351 | 2024-08-08 |
Joint gene network construction by single-cell RNA sequencing data
2023-06, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1111/biom.13645
PMID:35184277
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据构建联合基因网络的方法JGNsc，该方法在Gaussian图形模型框架下，通过混合插补过程和非参数变换来处理数据稀疏性问题，并构建跨条件的联合基因网络。 | JGNsc方法结合了贝叶斯零膨胀泊松模型和迭代低秩矩阵补全步骤，有效插补由技术伪影引起的零膨胀计数，并通过非参数变换构建联合Gaussian图形模型。 | 文章未明确提及现有方法的局限性。 | 旨在通过单细胞RNA测序数据构建基因调控网络，以更好地理解人类疾病和性状的潜在遗传结构。 | 研究对象包括髓母细胞瘤和胶质母细胞瘤的临床研究数据。 | 基因组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | Gaussian图形模型 | RNA测序数据 | 文章未明确提及样本数量。 |
| 5352 | 2024-08-08 |
IsoCell: An Approach to Enhance Single Cell Clustering by Integrating Isoform-Level Expression Through Orthogonal Projection
2023 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3147193
PMID:35100120
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研究论文 | 本文提出了一种通过正交投影整合isoform水平表达来增强单细胞聚类的方法IsoCell | 首次提出将isoform水平表达信息与基因水平表达信息结合，以增强单细胞聚类分析 | NA | 探索通过整合isoform水平表达信息来提高单细胞聚类分析的性能 | 单细胞RNA测序数据中的isoform水平表达信息 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 正交投影矩阵 | 基因表达数据 | 十六个scRNA-seq数据集 |
| 5353 | 2024-08-08 |
A Clustering Ensemble Method for Cell Type Detection by Multiobjective Particle Optimization
2023 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3132400
PMID:34860653
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研究论文 | 本文提出了一种基于多目标粒子优化的聚类集成算法CEMP，用于通过单细胞RNA测序数据检测细胞类型 | 引入了一种多子空间投影方法，用于将原始数据映射到低维子空间，以检测复杂的数据结构，并提出了一种聚类集成优化方法 | NA | 开发新的计算方法以揭示细胞群体中的细胞类型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类集成算法 | 基因表达数据 | 9个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 5354 | 2024-08-08 |
Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single cell RNA sequencing
2023-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.11.22.469642
PMID:34845443
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研究论文 | 本文比较了不同单细胞RNA测序方法在检测和定量SARS-CoV-2亚基因组mRNA（sgmRNA）方面的能力，并提出了一种新的数据处理策略scCoVseq。 | 提出了scCoVseq方法，该方法能够明确地定量分配给sgmRNA或基因组RNA（gRNA）的读数，并发现10X 5'结合扩展的R1测序策略能最大化sgmRNA的检测。 | NA | 研究SARS-CoV-2亚基因组mRNA在单细胞水平上的表达，以支持高分辨率研究冠状病毒RNA合成的动态。 | SARS-CoV-2的亚基因组mRNA（sgmRNA） | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 5355 | 2024-08-08 |
A deficient MIF-CD74 signaling pathway may play an important role in immunotherapy-induced hyper-progressive disease
2023-06, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-021-09672-3
PMID:34797429
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究免疫治疗诱导的超进展性疾病（HPD）中的免疫细胞特征 | 首次发现HPD组中CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs）的富集以及CD74-MIF信号通路的缺失 | 研究仅限于体外实验，需要进一步的临床验证 | 探究免疫治疗诱导的超进展性疾病（HPD）的生物学机制 | 从健康对照和肿瘤患者的外周血单个核细胞（PBMC）中分离的CD3+细胞 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 健康对照和接受免疫治疗的肿瘤患者的PBMC样本 |