单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 5221 - 5240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5221 | 2024-08-08 |
The heterogeneity of fibrosis and angiogenesis in endometriosis revealed by single-cell RNA-sequencing
2023-02, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2022.166602
PMID:36400338
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索了异位子宫内膜、同位子宫内膜和正常子宫内膜在分泌期的细胞异质性 | 首次在没有激素药物干扰的情况下，通过单细胞RNA测序技术研究了异位和非异位子宫内膜的细胞异质性 | NA | 探索子宫内膜异位症中纤维化、血管生成和慢性炎症的细胞异质性 | 异位子宫内膜、同位子宫内膜和正常子宫内膜的细胞特性 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 5222 | 2024-08-08 |
Combinatorial perturbation sequencing on single cells using microwell-based droplet random pairing
2023-Jan-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2022.114913
PMID:36395729
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研究论文 | 本文介绍了一种基于微孔滴随机配对技术的单细胞组合扰动测序方法（CP-seq），用于组合药物治疗的研究 | CP-seq技术利用寡核苷酸条码标记药物，通过微流控滴操作实现细胞与药物的随机配对，从而完成组合药物处理和细胞条码标记 | NA | 开发一种高通量且全面的组合扰动筛选技术，以减少药物抗性和疾病复发 | 单细胞的转录组和药物条码 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 微孔利用率达到83% |
| 5223 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016
PMID:36400027
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组技术揭示了改进的人胚胎干细胞分化过程中的发育动态和高质量的中脑细胞类型。 | 该研究识别了在人胚胎干细胞分化为中脑多巴胺神经元过程中重要的发育因素，提供了新的分子定义细胞类型的应用前景。 | 研究中没有提到具体的样本数量和可能的实验室条件限制。 | 探索人胚胎干细胞分化为功能性中脑多巴胺神经元的发育机制。 | 人胚胎干细胞及其分化产生的中脑多巴胺神经元。 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 5224 | 2024-08-08 |
A set-theoretic definition of cell types with an algebraic structure on gene regulatory networks and application in annotation of RNA-seq data
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.015
PMID:36400029
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研究论文 | 本文提出了一种基于集合论的细胞类型定义方法，并将其应用于RNA-seq数据的注释 | 开发了一种新的细胞身份表示方法，能够在不同数据集间进行比较并保留重要的生物学语义 | NA | 旨在改进RNA-seq数据的注释方法，更准确地捕捉细胞类型的普遍特征 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 集合论框架 | RNA-seq数据 | NA |
| 5225 | 2024-08-08 |
scAWMV: an adaptively weighted multi-view learning framework for the integrative analysis of parallel scRNA-seq and scATAC-seq data
2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac739
PMID:36383176
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研究论文 | 提出了一种自适应加权多视角学习框架scAWMV，用于整合来自同一细胞的scRNA-seq和scATAC-seq数据 | scAWMV方法考虑了多组学数据中不同模态的重要性差异以及scRNA-seq和scATAC-seq数据中特征的生物学联系 | NA | 提高揭示细胞异质性的能力 | scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 多视角学习 | 多组学数据 | 四个真实数据集 |
| 5226 | 2024-08-08 |
An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for plant science research
2023-Jan, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2022.111535
PMID:36400127
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研究论文 | 本文开发了一种无需荧光激活细胞分选（FACS）的单核RNA测序（snRNA-seq）方法，用于植物科学研究 | 该方法不依赖于FACS，能够使用冷冻样本，减少偏倚的细胞覆盖和解离诱导的转录伪影，并能区分表皮细胞的不同层次 | NA | 克服植物中单细胞RNA测序（scRNA-seq）由于原生质体分离困难而带来的限制 | 成熟拟南芥植物组织的基因表达调控机制 | 基因组学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | 来自同一批次叶片材料的原生质体和单核RNA测序数据 |
| 5227 | 2024-08-08 |
Astragaloside IV as a novel CXCR4 antagonist alleviates osteoarthritis in the knee of monosodium iodoacetate-induced rats
2023-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2022.154506
PMID:36403512
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研究论文 | 研究探讨了黄芪甲苷IV作为新型CXCR4拮抗剂在单碘乙酸诱导的骨质疏松模型大鼠中减轻膝关节骨质疏松的作用。 | 黄芪甲苷IV被鉴定为一种新型CXCR4拮抗剂，通过阻断Akt信号通路减少CXCL12诱导的ADAMTS4,5过度表达。 | 研究主要集中在动物模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床试验验证其效果。 | 探索黄芪甲苷IV作为CXCR4拮抗剂在骨质疏松治疗中的潜在应用。 | 黄芪甲苷IV对CXCR4信号通路的影响及其在骨质疏松治疗中的作用。 | NA | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 钙响应评估, 批量RNA测序, 蛋白质印迹分析 | NA | RNA序列, 蛋白质 | 包括骨质疏松患者和单碘乙酸诱导的骨质疏松模型大鼠 |
| 5228 | 2024-08-05 |
Cytoskeletal protein SPTA1 mediating the decrease in erectile function induced by high-fat diet via Hippo signaling pathway
2023-03, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.13338
PMID:36374586
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研究论文 | 本研究探讨了细胞骨架蛋白SPTA1在高脂饮食诱导的勃起功能下降中的作用 | 揭示了SPTA1通过激活Hippo信号通路导致勃起功能下降的机制 | 研究主要基于小鼠和大鼠模型，临床应用的直接性待进一步验证 | 探索高脂饮食诱导勃起功能异常的机制 | 正常饮食和高脂饮食下的小鼠阴茎组织 | 数字病理学 | NA | 转录组学、免疫组化、实时定量PCR | NA | 生物组织 | 多只普通大鼠和小鼠样本 |
| 5229 | 2024-08-05 |
Biglycan promotes hepatic fibrosis through activating heat shock protein 47
2023-Feb, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15477
PMID:36371672
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研究论文 | 本研究探讨了大肌糖蛋白（BGN）在肝纤维化中的作用及其机制。 | 确认了BGN通过调节HSP47依赖机制影响肝纤维化和细胞外基质沉积。 | 该研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床相关性需要进一步验证。 | 研究BGN在肝纤维化中的作用及其调控机制。 | 使用人类肝样本、BGN缺失小鼠模型及人类LX-2肝星状细胞模型进行研究。 | 数字病理学 | 肝纤维化 | qRT-PCR, 西方印迹, 免疫共沉淀, 免疫荧光染色 | NA | 生物信息数据, 单细胞RNA-seq数据 | 人类肝样本和BGN缺失小鼠模型, LX-2细胞模型 |
| 5230 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq uncovers cellular heterogeneity and provides a signature for paediatric sleep apnoea
2023-02, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.01465-2022
PMID:36356973
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研究论文 | 这篇文章通过单细胞转录组学分析揭示了阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA）对外周血单核细胞（PBMC）构成的影响 | 提出了一个由32个基因组成的分子特征，可以精确区分OSA患者与各种对照组 | 文章未详细讨论样本大小和选取的具体标准 | 研究OSA对循环免疫细胞异质性的影响 | 外周血单核细胞（PBMC） | 数字病理学 | 睡眠呼吸暂停 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习 | 基因表达数据 | 独立PBMC大规模RNA表达数据集 |
| 5231 | 2024-08-05 |
Human scattered tubular cells represent a heterogeneous population of glycolytic dedifferentiated proximal tubule cells
2023-02, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6029
PMID:36373978
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研究论文 | 本研究表征了人类的散布管细胞（STCs）群体，这是一种在急性肾损伤后数量增加的特殊细胞群体 | 本研究首次揭示了人类STCs是异质性群体，并表明其代谢向糖酵解转变，可能促进肾损伤后的细胞存活 | 研究主要集中于人类STCs的特征，缺乏对其他类型肾细胞的全面比较 | 研究人类散布管细胞（STCs）的特征及其在肾损伤中的角色 | 研究对象为散布管细胞和肾小管上皮细胞 | 数字病理 | 肾脏疾病 | RNA测序 | NA | 组织样本 | 分析了若干人类肾组织样本 |
| 5232 | 2024-08-08 |
Single-cell atlas of epithelial and stromal cell heterogeneity by lobe and strain in the mouse prostate
2023-02, The Prostate
DOI:10.1002/pros.24460
PMID:36373171
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了两种常用小鼠品系（FVB/NJ和C57BL/6J）的6个月龄小鼠前列腺中不同前列腺叶的细胞转录组 | 揭示了基底细胞和腔细胞在小鼠品系和前列腺叶之间存在特定的转录组差异，并发现了三种稀有的独立于品系和叶的细胞群 | NA | 评估组织微环境中细胞类型的复杂相互作用，以理解前列腺疾病的发生和发展及干预机会 | 小鼠前列腺中的上皮细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | FVB/NJ品系2只小鼠，C57BL/6J品系3只小鼠，每只小鼠的前列腺分为前叶、背叶、侧叶和腹叶 |
| 5233 | 2024-08-08 |
Cancer-associated fibroblasts potentiate colorectal cancer progression by crosstalk of the IGF2-IGF1R and Hippo-YAP1 signaling pathways
2023-02, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6033
PMID:36373776
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研究论文 | 本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过IGF2-IGF1R和Hippo-YAP1信号通路的交叉对话促进结直肠癌（CRC）进展的新分子机制 | 发现CAFs分泌的胰岛素样生长因子2（IGF2）通过激活IGF1R和YAP1信号通路促进CRC的肿瘤生长、迁移和侵袭 | NA | 阐明CAF分泌的IGF2在结直肠癌发生中的新分子机制 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）和结直肠癌细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | HCT 116和DLD-1细胞，CRC类器官和体内研究 |
| 5234 | 2024-08-08 |
scHumanNet: a single-cell network analysis platform for the study of cell-type specificity of disease genes
2023-01-25, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1042
PMID:36350625
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研究论文 | 介绍了一个名为scHumanNet的单细胞网络分析平台，用于研究疾病基因的细胞类型特异性 | scHumanNet基于细胞类型特异性基因网络（CGNs）构建，显示出比其他方法更高的细胞功能相关性，并能优先考虑与特定细胞类型相关的基因 | NA | 提高精准医学中细胞类型特异性基因功能的识别 | 单细胞生物学中的细胞类型特异性基因功能 | 生物信息学 | 乳腺癌, 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组数据分析 | 细胞类型特异性基因网络（CGNs） | 基因网络数据 | NA |
| 5235 | 2024-08-05 |
Liver sinusoidal endothelial cells induce BMP6 expression in response to non-transferrin-bound iron
2023-01-19, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022016987
PMID:36351237
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研究论文 | 本文研究了肝窦内皮细胞如何在非转铁蛋白结合的铁的刺激下诱导BMP6表达 | 研究揭示了肝窦内皮细胞内铁感应机制，并提出了Tfr1在低铁条件下的作用 | 在铁挑战下，尽管最终能够诱导Bmp6，但相对于肝脏铁含量的水平有时略低 | 探讨肝窦内皮细胞对系统性铁过载的适应机制 | 使用转铁蛋白受体1特异性缺失的转基因小鼠进行单细胞转录组分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | 转基因小鼠 | mRNA | TfrcTek-Cre和Tfrcfl/fl小鼠 |
| 5236 | 2024-08-05 |
TEDD: a database of temporal gene expression patterns during multiple developmental periods in human and model organisms
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac978
PMID:36350663
|
研究论文 | TEDD是一个关于人类和模式生物在多个发育阶段的时间基因表达模式的数据库。 | 系统策划并整合了来自2760个大样本和超过510万个单细胞的最新和最全面的测序数据集。 | 本研究未提及具体的局限性。 | 研究基因在组织/器官发育以及导致疾病的机制中的作用。 | 涉及481种细胞类型、79种组织类型和92个时间点的基因表达和染色质可及性分析。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 数据集 | 2760个大样本和超过510万个单细胞 |
| 5237 | 2024-08-08 |
NPInter v5.0: ncRNA interaction database in a new era
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1002
PMID:36373614
|
研究论文 | 本文介绍了NPInter数据库的第五次更新，该数据库记录了非编码RNA（ncRNA）与其他生物分子之间的相互作用 | 通过手动文献挖掘和高通量数据处理，ncRNA相互作用条目数量翻倍，并集成了来自iMARGI、ChAR-seq和GRID-seq的全球RNA-DNA相互作用数据，显著增加了RNA-DNA相互作用的记录数量 | NA | 更新和扩展NPInter数据库，以记录更多的ncRNA相互作用，为生物学研究提供有价值的信息 | ncRNA与其他生物分子之间的相互作用 | 生物信息学 | NA | 高通量测序 | NA | 文本 | ncRNA相互作用条目从1,100,618增加到2,596,695，RNA-DNA相互作用从888,915增加到8,329,382 |
| 5238 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals mechanisms of uncontrolled inflammation and glycolysis in decidual stromal cell subtypes in recurrent miscarriage
2023-01-05, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deac240
PMID:36355621
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了反复流产中基质细胞亚型的炎症和糖酵解机制 | 首次鉴定出三种基质细胞亚型，其中炎症型和糖酵解型在反复流产中显著富集，并提出了一个由缺氧压力、失控炎症和异常糖酵解驱动的病理模型 | 单细胞RNA测序的基质样本数量有限，未来研究需要深入的功能研究 | 探究反复流产中基质细胞亚型的存在及其在疾病中的作用 | 基质细胞亚型及其在反复流产中的作用 | NA | 反复流产 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15个早期基质样本，包括5个健康供体和10个反复流产患者 |
| 5239 | 2024-08-05 |
A novel cuproptosis-related gene signature of prognosis and immune microenvironment in head and neck squamous cell carcinoma cancer
2023-Jan, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-022-04471-7
PMID:36376617
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研究论文 | 该研究系统评估了与cuproptosis相关的基因在头颈癌中的表达和遗传变化，并构建了风险模型来预测患者的生存率 | 提出了cuproptosis相关基因的风险模型，并分析了其与免疫微环境的关系 | 本研究尚未在临床应用中进行验证 | 探讨cuproptosis相关基因在头颈鳞状细胞癌患者中的预后价值 | 头颈鳞状细胞癌患者及其非癌性组织样本 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞测序 | Cox回归和Lasso回归模型 | 基因表达数据 | 涉及19个cuproptosis相关基因的头颈鳞状细胞癌和非癌性组织样本 |
| 5240 | 2024-08-08 |
Isolation of Murine Articular Chondrocytes for Single-Cell RNA or Bulk RNA Sequencing Analysis
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2839-3_14
PMID:36355293
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研究论文 | 本文介绍了一种从啮齿动物模型关节中分离软骨细胞的技术，用于单细胞RNA或批量RNA测序分析 | 提出了一种优化的技术，通过一系列酶消化和双阴性选择过程，使用流式细胞术从密集的细胞外基质中分离出软骨细胞 | NA | 开发一种有效的方法来分离软骨细胞，以便进行单细胞RNA测序分析 | 啮齿动物模型的关节软骨细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 流式细胞术 (FACS) | NA | RNA | NA |