单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5161	2024-08-05	TNFα/TNFR1 signal induces excessive senescence of decidua stromal cells in recurrent pregnancy loss 2023-02, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2022.103776 PMID:36495656	研究论文	本文研究了肿瘤坏死因子α（TNFα）在复发性妊娠损失（RPL）中的作用，尤其是它如何诱导决策基质细胞的过度衰老。	本文揭示了TNFα/TNFR1信号通路在RPL患者子宫内膜决策细胞中的作用及其机制，这是以前未被探讨的。	目前的研究可能未涵盖所有影响决策细胞衰老的因素，且样本量相对较小。	研究TNFα如何通过TNFR1信号通路诱导RPL患者决策细胞的过度衰老。	研究对象为复发性妊娠损失患者的决策细胞及正常对照组细胞。	数字病理学	复发性妊娠损失	单细胞测序	体外决策化模型	细胞	6个复发性妊娠损失样本和5个正常对照样本
5162	2024-08-05	Genetics in non-alcoholic fatty liver disease: The role of risk alleles through the lens of immune response 2023-02, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2022.0318 PMID:36472053	综述	这篇文章从免疫系统的视角总结了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和非酒精性脂肪性肝炎（NASH）的遗传学最新进展	强调了基因组技术的新应用，包括单细胞测序和基因表达遗传学，以阐明NAFLD/NASH风险等位基因在调节免疫系统细胞中的潜在作用	NA	研究NAFLD和NASH相关风险变异在调节免疫驱动的肝病严重性中的潜在作用	NAFLD和NASH的遗传学及其与免疫反应的关系	数字病理学	肝脏疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
5163	2024-08-05	Tissue RNA Integrity in Visium Spatial Protocol (Fresh Frozen Samples) 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_8 PMID:36495450	研究论文	本文描述了在新鲜冷冻组织上应用Visium空间转录组协议的关键步骤	提出了在不需要专门仪器的情况下，如何有效处理新鲜冷冻组织以获得空间转录组数据	未提及样本量以及对结果的具体应用限制	阐明如何处理新鲜冷冻组织以保持组织形态学质量和mRNA转录本的完整性	新鲜冷冻组织样本	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
5164	2024-08-05	Practical Considerations for Complex Tissue Dissociation for Single-Cell Transcriptomics 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_19 PMID:36495461	研究论文	本文探讨了复杂组织解离以进行单细胞转录组学的实践考虑	提供了关于组织处理工作流程的关键方面的详细讨论，强调了组织质量检查的重要性	讨论了组织冷冻保存的潜在限制	建立高效的组织处理方案以实现单细胞RNA测序	复杂组织的处理和解离	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
5165	2024-08-05	A MATQ-seq-Based Protocol for Single-Cell RNA-seq in Bacteria 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_4 PMID:36495446	研究论文	本文描述了一种基于MATQ-seq的单细胞RNA-seq实验流程，用于细菌的研究	开发了一种针对细菌的单细胞RNA-seq协议，为研究表型异质性提供了新的方法	未提及具体的局限性	研究细菌在不同环境中表型异质性的转录组特征	主要研究了两种人类病原体：沙门氏菌和铜绿色假单胞菌	数码病理学	NA	MATQ-seq	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
5166	2024-08-05	Plant Single-Cell/Nucleus RNA-seq Workflow 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_6 PMID:36495448	研究论文	本章提供了植物单细胞RNA测序工作流程的关键信息和实验设计的重要步骤	介绍了植物单细胞转录组技术在不同物种和器官的应用，以及其对植物细胞生物功能的解码潜力	缺乏针对特定植物细胞和环境应激响应的具体案例研究	探索植物单细胞转录组技术的应用及其对植物细胞功能的揭示	不同器官和不同物种的植物细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
5167	2024-08-05	Full-Length Single-Cell RNA-Sequencing with FLASH-seq 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_5 PMID:36495447	研究论文	本文开发了一种新的全长单细胞RNA测序方法FLASH-seq，能够检测更多基因，并具有较低的操作时间和较强的定制潜力	FLASH-seq显著提高了基因检测数量，优化了操作流程，并引入了分子识别技术以减少伪影	FLASH-seq的某些变体仍然不使用独特的分子标识符，这可能限制某些分析的精确度	研究开发高效且灵敏的全长单细胞RNA测序技术	研究对象为全长单细胞RNA的测序过程及其变体	数字病理学	NA	RNA测序	NA	NA	NA
5168	2024-08-05	Using "Galaxy-rCASC": A Public Galaxy Instance for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_16 PMID:36495458	研究论文	rCASC是一个模块化的工作流，为单细胞RNA-seq数据分析提供集成环境	将rCASC集成到Galaxy平台，使其可以通过图形用户界面使用，并重构功能以实现与R包的独立性	无法在远程服务器上使用Java前端，限制了其应用场景	为单细胞RNA-seq数据分析提供一个功能齐全的工具	rCASC工具及其在Galaxy平台上的实现	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
5169	2024-08-05	BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System Workflow: From Sample to Multimodal Single-Cell Sequencing Data 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_2 PMID:36495444	研究论文	介绍了BD Rhapsody™单细胞分析系统的工作流程与数据处理	展示了使用BD Rhapsody™系统捕获多模态单细胞信息的创新方法	未提及相关的局限性	旨在提高对复杂生物系统的理解，特别是在单细胞测序方面	单细胞及其多模态信息	数字病理学	肿瘤学	下一代测序 (NGS)	NA	单细胞测序数据	涉及数千个单细胞的样本
5170	2024-08-08	Functional-Feature-Based Data Reduction Using Sparsely Connected Autoencoders 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_11 PMID:36495453	研究论文	本文介绍了一种基于功能特征的数据降维方法，使用稀疏连接的自编码器来改善细胞聚类与其基础细胞生物学之间的联系	提出了一种基于功能特征驱动的数据降维方法，以更好地连接细胞聚类与其基础细胞生物学	NA	改善单细胞RNA测序数据中细胞聚类与基础生物学之间的联系	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器	文本	NA
5171	2024-08-08	Single-Cell RNAseq Clustering 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_12 PMID:36495454	研究论文	本文介绍了如何使用多种聚类工具对单细胞RNA测序转录组数据进行聚类分析	NA	本文提到了聚类过程中存在的一些限制	探讨单细胞RNA测序数据中细胞亚群组织的识别	单细胞RNA测序转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	聚类工具	转录组数据	大量单个细胞
5172	2024-08-08	A Guide to Trajectory Inference and RNA Velocity 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_14 PMID:36495456	研究论文	本文讨论了轨迹推断和RNA速度的概念和理论方面，并展示了如何将这两种方法结合使用，以及在真实数据上的应用案例	本文结合了轨迹推断和RNA速度方法，利用未剪接和剪接的mRNA丰度来推断单个细胞的RNA速度	NA	探讨从单细胞RNA测序数据中研究细胞动态过程的方法	单细胞RNA测序数据中的细胞动态过程，如细胞分化、细胞周期和细胞（去）激活	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
5173	2024-08-08	Integration of scATAC-Seq with scRNA-Seq Data 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_15 PMID:36495457	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）与单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-Seq）数据的整合分析方法	本文首次聚焦于scRNA-Seq与scATAC-Seq数据的结合，以进行人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性的综合分析	NA	研究目的是整合多组学数据，以更好地理解细胞异质性和复杂细胞群体的发现	研究对象是人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	NA	转录组数据, 染色质可及性数据	NA
5174	2024-08-08	Bringing Cell Subpopulation Discovery on a Cloud-HPC Using rCASC and StreamFlow 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_17 PMID:36495459	研究论文	本文介绍了如何利用rCASC和StreamFlow框架在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法	本文引入了新的单细胞RNA测序（scRNA-seq）流程，结合大规模高通量测序，能够在前所未有的分辨率下评估细胞群体和生物系统的基本生物学特性	NA	探讨如何在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法	单细胞RNA测序数据和细胞亚群发现算法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	每次运行可分析数千个细胞
5175	2024-08-05	Microglial INPP5D limits plaque formation and glial reactivity in the PSAPP mouse model of Alzheimer's disease 2023-06, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.12821 PMID:36448627	研究论文	该文章研究了微小胶质细胞中INPP5D基因在阿尔茨海默病小鼠模型中的作用	文章揭示了INPP5D的条件性下调如何增加斑块负担及微小胶质细胞的招募，并鉴定了CST7作为新的斑块标记物	文章未提及研究的局限性	探讨INPP5D在阿尔茨海默病小鼠模型中的功能与影响	使用APPKM670/671NL /PSEN1Δexon9（PSAPP）小鼠模型和Inpp5d基因敲除小鼠进行研究	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	PSAPP小鼠	组织样本	实验涉及3个月大和6个月大小鼠
5176	2024-08-05	Early fate bias in neuroepithelial progenitors of hippocampal neurogenesis 2023-04, Hippocampus IF:2.4Q3 DOI:10.1002/hipo.23482 PMID:36468233	研究论文	本研究报道了小鼠海马发育过程中神经上皮祖细胞的命运偏倚和基因表达程序	揭示了早期神经上皮干细胞向海马特定神经前体细胞或非神经细胞命运的限制	缺乏对早期命运限制机制的深入研究	探究早期神经上皮干细胞与后生神经发生细胞之间的克隆关系	小鼠海马中的神经上皮干细胞及其克隆相关细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	数千个克隆相关细胞
5177	2024-08-05	Single-cell RNA-Seq analysis of diabetic wound macrophages in STZ-induced mice 2023-Mar, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1007/s12079-022-00707-w PMID:36445632	研究论文	本研究对糖尿病伤口中的巨噬细胞进行了单细胞RNA测序分析	识别了一种先前未描述的巨噬细胞群体，并分析了其基因表达和可能的功能	仅在STZ诱导的糖尿病小鼠模型中进行，可能无法完全代表人类情况	研究糖尿病慢性伤口中巨噬细胞的异质性及其在伤口愈合中的作用	糖尿病慢性伤口中的巨噬细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	CD45+免疫细胞，来自17个细胞群体
5178	2024-08-05	Experimental validation of in silico analysis estimated the reverse effect of upregulated hsa-miR-106a-5p and hsa-miR-223-3p on SLC4A4 gene expression in Iranian patients with colorectal adenocarcinoma by RT-qPCR 2023-03, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5499 PMID:36468451	研究论文	本研究利用计算分析和实验技术研究了结肠直肠癌中共表达基因及其相关miRNA网络	首次确认了SLC4A4作为结肠直肠癌的下调核心基因，并识别出hsa-miR-223-3p和hsa-miR-106a-5p作为其特定的核心miRNA	需要进一步的实验数据来支持本研究的结果和验证精确的分子通路	研究结肠直腸癌中的共表达基因及其miRNA网络	伊朗结肠直肠腺癌患者的组织样本及其相关的miRNA	数字病理学	结肠癌	RT-qPCR	加权基因共表达网络算法	转录组数据	从结肠直肠癌患者提取的癌症和相邻正常组织样本
5179	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing of Arabidopsis Leaf Tissues Identifies Multiple Specialized Cell Types: Idioblast Myrosin Cells and Potential Glucosinolate-Producing Cells 2023-Mar-01, Plant & cell physiology DOI:10.1093/pcp/pcac167 PMID:36440710	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了拟南芥叶片组织的转录组，识别并验证了多种特化细胞类型，包括芥子细胞和潜在的硫代葡萄糖苷合成细胞	本研究通过使用单细胞转录组数据和β-葡萄糖醛酸酶启动子分析，发现了新的特异性报告基因，用于芥子细胞和潜在硫代葡萄糖苷合成细胞的鉴定	不同植物发育阶段和细胞类型注释方法的差异限制了研究间的比较	旨在通过单细胞转录组分析，深入了解拟南芥叶片中硫代葡萄糖苷-芥子酶防御系统相关细胞类型的表达特征	拟南芥叶片组织中的特化细胞类型，特别是芥子细胞和硫代葡萄糖苷合成细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	扩展的拟南芥叶片组织中的多个细胞类型
5180	2024-08-08	Single-cell discovery of the scene and potential immunotherapeutic target in hypopharyngeal tumor environment 2023-03, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-022-00567-x PMID:36460803	研究论文	本文构建了首个喉下癌的单细胞转录组图谱，并探索了其潜在机制	首次构建了喉下癌的单细胞转录组图谱，并识别了七种细胞类型，包括上皮细胞和髓系细胞	NA	研究喉下癌的细胞通信机制及其潜在的免疫治疗靶点	喉下癌及其癌旁组织的单细胞转录组数据	数字病理学	喉下癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	17,599个细胞