单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 5141 - 5160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5141 | 2024-08-08 |
Immune response and homeostasis mechanism following administration of BBIBP-CorV SARS-CoV-2 inactivated vaccine
2023-Jan-30, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2022.100359
PMID:36506806
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组测序技术，分析了BBIBP-CorV灭活疫苗接种后的免疫反应和稳态机制 | 发现灭活疫苗不仅诱导了预期的体液免疫，还引发了多种全面的免疫反应，包括单核细胞和T细胞的激活，以及细胞间通信的增强 | NA | 旨在全面理解BBIBP-CorV灭活疫苗引发的系统性免疫反应，以促进更好的疫苗接种策略和新疫苗的设计 | BBIBP-CorV灭活疫苗接种后的免疫反应和稳态机制 | 疫苗学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 5142 | 2024-08-05 |
Improving the performance of single-cell RNA-seq data mining based on relative expression orderings
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac556
PMID:36528803
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研究论文 | 本文构建了一种新的特征矩阵，称为delta rank matrix (DRM)，用于分析单细胞RNA测序数据 | 首次将基因层面的特征转化为相互作用/边缘层面的特征以进行单细胞RNA测序数据分析 | NA | 提升单细胞RNA测序数据挖掘的性能 | 单细胞RNA测序数据及相应的基因交互网络 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | 多种单细胞RNA-seq数据集 |
| 5143 | 2024-08-08 |
RefTM: reference-guided topic modeling of single-cell chromatin accessibility data
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac540
PMID:36513377
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RefTM的参考引导主题模型，用于分析单细胞染色质可及性数据 | RefTM模型不仅利用现有的大量染色质可及性和注释的scCAS数据，还利用单细胞数据分析的主题模型，同时建模参考数据和目标scCAS数据之间的共享生物学变异、scCAS数据的独特生物学变异以及其他已知协变量引起的变异 | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞染色质可及性数据，以更好地识别细胞类型并揭示调控机制 | 单细胞染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞染色质可及性测序（scCAS） | 主题模型 | 单细胞数据 | 数千个单细胞 |
| 5144 | 2024-08-08 |
Direct Reprogramming Improves Cardiac Function and Reverses Fibrosis in Chronic Myocardial Infarction
2023-01-17, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文研究了通过直接重编程技术改善慢性心肌梗死后的心脏功能并逆转纤维化的效果 | 首次证明了在体内通过心脏重编程修复慢性心肌梗死并减少纤维化的能力 | 尚未确定该技术在临床应用中的安全性和有效性 | 探索通过心脏重编程技术修复慢性心肌梗死的可能性 | 慢性心肌梗死后的心脏功能和纤维化 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 直接重编程技术 | NA | 基因表达数据 | 使用转基因小鼠模型进行实验 |
| 5145 | 2024-08-05 |
What has single-cell transcriptomics taught us about long non-coding RNAs in the ventricular-subventricular zone?
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.11.011
PMID:36525965
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研究论文 | 这篇文章分析了单细胞转录组学如何揭示心室-旁脑室区中的长非编码RNA的作用 | 通过对单细胞RNA-seq数据的汇总，发现了与神经干细胞激活和分化相关的长非编码RNA | 大多数长非编码RNA的功能尚未被深入研究 | 探究长非编码RNA在心室-旁脑室区的功能及其在神经发育和病理中的作用 | 心室-旁脑室区中的长非编码RNA | 数字病理学 | 脑病 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 通过汇总当前的单细胞RNA-seq数据分析 |
| 5146 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic and spatial landscapes of the developing human pancreas
2023-01-03, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2022.11.009
PMID:36513063
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研究论文 | 本文展示了正在发育的人类胰腺中各种细胞类型的详细转录组分析以及其空间基因模式 | 整合了单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了不同发育时间点的时空基因级联 | 尚未提及具体的局限性 | 理解人类胰腺发育的过程以及如何生成功能性β细胞 | 发育中的人类胰腺细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5147 | 2024-08-05 |
Benchmarking and integration of methods for deconvoluting spatial transcriptomic data
2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac805
PMID:36515467
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研究论文 | 本文对14种去卷积方法进行了全面评估，探讨其在空间转录组数据分析中的表现. | 提出了一种新的集成学习去卷积方法EnDecon，通过整合多个个体方法以实现更精准的去卷积. | 本文未涉及不同类型细胞的具体生物学机制分析. | 研究空间转录组数据的去卷积方法的评估与整合. | 对四个数据集上的去卷积方法进行评估和比较. | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 集成学习 | 基因表达数据 | 四个数据集 |
| 5148 | 2024-08-05 |
Integrated single-cell transcriptome analysis of CD34 + enriched leukemic stem cells revealed intra- and inter-patient transcriptional heterogeneity in pediatric acute myeloid leukemia
2023-Jan, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-022-05021-4
PMID:36527458
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析儿童急性髓性白血病中CD34+富集白血病干细胞的转录异质性 | 首次揭示了儿童急性髓性白血病白血病干细胞的患者间和患者内转录异质性 | 样本量有限，结果需要在更大队列中验证 | 探索儿童急性髓性白血病中白血病干细胞的转录异质性 | CD34+富集的白血病干细胞 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 28029个急性髓性白血病单细胞 |
| 5149 | 2024-08-05 |
Cross-species cell-type assignment from single-cell RNA-seq data by a heterogeneous graph neural network
2023-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276868.122
PMID:36526433
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研究论文 | 本文提出了一种异构图神经网络模型CAME，用于跨物种单细胞RNA测序数据的细胞类型分配。 | CAME模型利用了非一对一同源基因映射，显著提高了细胞类型特征化的准确性。 | 对非模型物种的细胞身份分配仍然受到基因组注释不足和已知生物标志物有限的限制。 | 探讨跨物种细胞多样性的起源及其进化机制。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分配和基因模块提取。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 异构图神经网络 | RNA-seq数据 | 大规模基准研究中涉及多个物种的细胞类型 |
| 5150 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing provides a high-resolution roadmap for understanding the multicellular compartmentation of specialized metabolism
2023-01, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-022-01291-y
PMID:36522449
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学探讨了Catharanthus roseus叶片中单萜吲哚生物碱的代谢空间组织 | 首次定位了20个单萜吲哚生物碱基因的转录本，更新了单萜吲哚生物碱合成模型 | NA | 探究单细胞分辨率下生物过程的时空分布 | 分析Catharanthus roseus叶片中的单萜吲哚生物碱代谢 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5151 | 2024-08-08 |
Analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq demonstrates the effects of EVI2B or CD361 on CD8+ T cells in osteosarcoma
2023-01, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.1177/15353702221142607
PMID:36511103
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了EVI2B和CD361基因对骨肉瘤中CD8+ T细胞的影响 | 首次揭示了EVI2B基因在骨肉瘤中通过提高CD8 T细胞的浸润比例和促进其杀伤功能，对患者预后有积极作用 | 研究样本量有限，且仅基于免疫评分分组进行分析，可能存在一定的偏倚 | 探讨EVI2B和CD361基因在骨肉瘤中的作用及其对CD8+ T细胞的影响 | 骨肉瘤中的EVI2B和CD361基因及其对CD8+ T细胞的影响 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 85个骨肉瘤样本 |
| 5152 | 2024-08-08 |
scWECTA: A weighted ensemble classification framework for cell type assignment based on single cell transcriptome
2023-01, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106409
PMID:36512878
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研究论文 | 提出了一种名为scWECTA的加权集成分类框架，用于基于单细胞转录组的细胞类型注释 | scWECTA使用五个信息基因集和五个分类器，通过软加权集成框架提高细胞类型识别的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 加权集成分类框架 | 转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 5153 | 2024-08-08 |
A novel Boolean network inference strategy to model early hematopoiesis aging
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.10.040
PMID:36514338
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研究论文 | 本文开发了一种新颖的布尔网络推理策略，用于模拟早期造血干细胞（HSC）分化的老化过程 | 提出了一种基于scRNA-seq数据构建布尔模型的原创策略，用于解释HSC早期激活的动态变化 | NA | 更好地理解控制HSC老化过程中变化机制和因素 | 造血干细胞（HSC）的老化过程及其对早期造血作用的影响 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 布尔模型 | 转录模块或调控网络 | 15个涉及过程动态的选定成分 |
| 5154 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of the role of HPV16-positive macrophages in cervical cancer prognosis
2023-01, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28410
PMID:36519591
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析探讨了HPV16阳性巨噬细胞在宫颈癌预后中的作用 | 首次发现HPV16基因在宫颈癌中的巨噬细胞和CD8 T细胞中表达，并探讨了这些细胞在宫颈癌预后中的潜在价值 | 需要进一步的实验研究来探索HPV免疫细胞的特征和功能 | 研究HPV16阳性巨噬细胞在宫颈癌预后中的作用 | 宫颈癌及其邻近组织的单细胞转录组 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 5155 | 2024-08-08 |
Comparative single-cell transcriptomic analysis reveals differences in signaling pathways in gonadal primordial germ cells between chicken (Gallus gallus) and zebra finch (Taeniopygia guttata)
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201569R
PMID:36520042
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术比较了鸡和斑胸草雀的生殖细胞在早期胚胎发育中的信号通路差异 | 首次针对鸟类进行的跨物种单细胞转录组分析，揭示了在亲缘关系较远的鸟类中生殖细胞发育的差异 | NA | 探讨不同鸟类生殖细胞在早期胚胎发育中的信号通路差异 | 鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞及其周围细胞 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 鸡和斑胸草雀的生殖细胞及其周围细胞 |
| 5156 | 2024-08-08 |
A single-cell transcriptomic atlas characterizes cell types and their molecular features in yak ovarian cortex
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201176RR
PMID:36527406
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术构建了牦牛卵巢皮质的细胞图谱，揭示了不同细胞类型的分子特征 | 首次在牦牛卵巢皮质中构建了包含多种细胞类型的细胞图谱，并确定了各细胞类型的特异性基因 | NA | 阐明牦牛卵巢皮质中不同细胞类型的分子特征，并探讨细胞间的通信网络 | 牦牛卵巢皮质中的细胞类型及其分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多种细胞类型，包括内皮细胞、自然杀伤细胞、基质细胞、平滑肌细胞、卵母细胞、巨噬细胞、上皮细胞和颗粒细胞 |
| 5157 | 2024-08-08 |
Immunosuppressive role of SPP1-CD44 in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma assessed by single-cell RNA sequencing
2023-Aug, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-022-04498-w
PMID:36469154
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了分泌磷蛋白1（SPP1）及其在肝内胆管癌（ICC）肿瘤微环境中通过CD44的免疫抑制作用。 | 首次揭示了SPP1通过CD44在肝内胆管癌肿瘤微环境中对T细胞增殖的抑制作用，并识别了免疫抑制细胞因子TGFβ-3作为CD44的诱导因子。 | 研究基于已发表的转录组数据，可能受限于样本量和数据来源的多样性。 | 旨在阐明SPP1在肝内胆管癌中的生物学功能及其免疫抑制作用。 | 研究对象包括9名患者的肝内胆管癌及其邻近肝组织的细胞。 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 62,770个细胞 |
| 5158 | 2024-08-08 |
FLG Deficiency in Mice Alters the Early-Life CD4+ T-Cell Response to Skin Commensal Bacteria
2023-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2022.10.019
PMID:36496196
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研究论文 | 研究FLG缺陷小鼠在早期生活中对皮肤共生细菌的CD4+ T细胞反应的改变 | 首次揭示了FLG缺陷小鼠在新生儿期皮肤屏障功能微小差异伴随的共生菌特异性CD4反应的偏斜，及其对皮肤免疫稳态的持久影响 | NA | 探讨FLG缺陷是否影响新生儿皮肤屏障功能，并改变共生菌特异性T细胞的质量和功能影响 | FLG缺陷小鼠和野生型小鼠的新生儿皮肤屏障和早期皮肤免疫反应 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | C57BL/6 Flg小鼠和野生型小鼠的新生儿 |
| 5159 | 2024-08-05 |
Testing for Phylogenetic Signal in Single-Cell RNA-Seq Data
2023-04, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2022.0357
PMID:36475926
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研究论文 | 本文首次证明单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据包含足够的进化信号，可用于系统发育分析。 | 首次展示了单细胞RNA测序数据在重建细胞之间的系统发育关系方面的应用潜力。 | 尚需进一步研究以完善和改进这些方法，以全面捕捉癌症中的体细胞进化动态。 | 探讨如何利用单细胞RNA测序数据进行系统发育分析。 | 单细胞RNA测序数据及其在肿瘤细胞中的表达水平和单核苷酸变异(SNV)。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 5160 | 2024-08-08 |
HTNV infection induces activation and deficiency of CD8+MAIT cells in HFRS patients
2023-03-08, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxac111
PMID:36480318
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研究论文 | 研究探讨了汉坦病毒（HTNV）感染对HFRS患者CD8+MAIT细胞的影响 | 首次鉴定了MAIT细胞的基因表达谱，并揭示了HTNV感染期间MAIT细胞激活的分子机制 | NA | 探索HTNV感染期间MAIT细胞的作用和表型 | HFRS患者的CD8+MAIT细胞 | NA | 出血热伴肾综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据 | HFRS患者的CD8+MAIT细胞 |