单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5081	2024-08-08	The Heterogeneous Cellular States of Glioblastoma Stem Cells Revealed by Single Cell Analysis 2023-03-02, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxac088 PMID:36583266	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序数据，结合谱系和干细胞特性，识别并分析了胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的细胞状态及其与患者临床结果的相关性	首次在人类肿瘤微环境中研究GSCs的细胞状态，并识别出两种不同的GSCs亚群：增殖性GSCs（pGSCs）和静止性GSCs（qGSCs），并构建了一个8基因的预后标志物	NA	揭示胶质母细胞瘤干细胞的异质性及其与肿瘤发展和临床结果的相关性	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）及其细胞状态	数字病理学	脑癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	6个独立的胶质母细胞瘤（GBM）队列
5082	2024-08-05	WZ35 inhibits gastric cancer cell metastasis by depleting glutathione to promote cellular metabolic remodeling 2023-Feb-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2022.216044 PMID:36574880	研究论文	本研究阐明了WZ35通过耗竭谷胱甘肽来促进细胞代谢重塑，从而抑制胃癌细胞转移的机制	WZ35被鉴定为一种新的谷胱甘肽耗竭剂，并发现了在胃癌细胞转移中未被发现的谷胱甘肽耗竭环机制	NA	研究WZ35在胃癌转移中的作用机制	胃癌细胞	数字病理学	胃癌	RNA测序、单细胞测序、代谢质谱等分子实验技术	NA	NA	在体内和体外验证了WZ35的活性和生物安全性
5083	2024-08-05	Early development of esophageal squamous cell cancer: Stem cells, cellular origins and early clone evolution 2023-02-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2022.216047 PMID:36587837	综述	本综述讨论了食管鳞状细胞癌（ESCC）的早期发展，包括干细胞、细胞起源和早期克隆演化的相关内容	介绍了NOTCH1突变的扩展可能激活保守的抗癌机制，并塑造ESCC早期克隆演化的模型	本综述未提供实验数据来直接验证所讨论的假设	提供对ESCC早期发展的集中理解，以为早期肿瘤检测、干预和预防策略奠定基础	讨论食管基底层干细胞的异质性及其与ESCC细胞起源的潜在关系	数字病理学	食管癌	大规模测序和单细胞测序	转基因谱系追踪技术	组织样本	NA
5084	2024-08-05	Rapamycin improves Graves' orbitopathy by suppressing CD4+ cytotoxic T lymphocytes 2023-02-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.160377 PMID:36580373	研究论文	本研究探讨了雷帕霉素在格雷夫斯眼病中的影响	首次证明雷帕霉素通过抑制CD4+细胞毒性T淋巴细胞改善格雷夫斯眼病	可能需要进一步确认雷帕霉素在更大规模患者中的长期效果	探究雷帕霉素在格雷夫斯眼病中的治疗效果	包括小鼠模型和难治性格雷夫斯眼病患者	数字病理学	格雷夫斯眼病	RNA测序	小鼠模型	细胞数据	小鼠模型和多个难治性患者的样本
5085	2024-08-05	Nonnegative spatial factorization applied to spatial genomics 2023-02, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01687-w PMID:36587187	研究论文	本文提出了基于变换高斯过程的非负空间因子分解（NSF）模型，用于空间基因组学的数据分析	NSF模型能够准确恢复真实因子，并且与传统的实值模型相比在预测性能上表现更好	并非所有基因表达模式具有空间相关性，可能影响某些观察值的结果	研究旨在提出一个可以处理空间基因组学数据的新概率维度降低模型	研究对象包括小鼠大脑和肝脏的三组空间转录组数据	数字病理学	NA	非负矩阵分解（NMF）	空间因子分解（NSF）	高维计数数据	涉及到数万个观察值
5086	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of hepatic stellate cells uncover crucial pathways and key regulators involved in non-alcoholic steatohepatitis 2023-Feb-01, Endocrine connections IF:2.6Q3 DOI:10.1530/EC-22-0502 PMID:36562664	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析揭示了与非酒精性脂肪性肝炎相关的肝星状细胞的转录组特征及关键通路。	该研究首次评估了在NASH患者中激活的肝星状细胞的转录组变化，并识别了与其相关的主要功能通路和关键调控因子。	研究中主要集中于肝星状细胞的转录组变化，未能覆盖其他细胞类型在NASH发展中的作用。	本研究旨在识别非酒精性脂肪性肝炎发展过程中肝星状细胞的转录组标记及其功能通路。	研究对象为非酒精性脂肪性肝炎患者的激活和静息肝星状细胞。	数字病理	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NASH患者与健康对照组的多个样本
5087	2024-08-08	A retro-inverso modified peptide alleviated ovalbumin-induced asthma model by affecting glycerophospholipid and purine metabolism of immune cells 2023-Feb, Pulmonary pharmacology & therapeutics IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.pupt.2022.102185 PMID:36563740	研究论文	本文研究了一种经过反向修饰的肽PD00，通过影响免疫细胞的甘油磷脂和嘌呤代谢，减轻了卵清蛋白诱导的哮喘模型中的炎症反应	PD00具有高代谢稳定性，能够显著改善哮喘模型中的气道高反应性和炎症反应	NA	旨在生成一种代谢稳定的抗CD81肽，并评估其抗炎作用及其作用机制	PD00肽及其在卵清蛋白诱导的哮喘模型中的作用	NA	哮喘	超高效液相色谱-串联质谱法，分子对接，表面等离子体共振技术	NA	代谢组学数据，单细胞转录组测序数据	实验使用了不同浓度的PD00（175和350 μg/kg）处理的小鼠，持续10天
5088	2024-08-08	Gasdermin D Deficiency in Vascular Smooth Muscle Cells Ameliorates Abdominal Aortic Aneurysm Through Reducing Putrescine Synthesis 2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204038 PMID:36567267	研究论文	本研究探讨了血管平滑肌细胞中Gasdermin D缺乏对腹主动脉瘤形成的影响及其机制	首次揭示了Gasdermin D通过调节腐胺合成影响腹主动脉瘤形成的机制	NA	研究血管平滑肌细胞中Gasdermin D缺乏对腹主动脉瘤形成的影响	血管平滑肌细胞和腹主动脉瘤	NA	腹主动脉瘤	单细胞转录组分析，代谢组学分析	NA	转录组数据，代谢数据	使用了载脂蛋白E缺陷小鼠模型
5089	2024-08-08	Conditional deletion of Hspa5 leads to spermatogenesis failure and male infertility in mice 2023-Feb-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2022.121319 PMID:36574945	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术和Cre/Loxp系统生成了Hspa5基因的生殖细胞特异性缺失突变体（Hspa5-cKO），探讨了HSPA5在精子发生中的作用	首次通过条件性敲除Hspa5基因，揭示了HSPA5在精子发生中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证HSPA5的作用	探讨HSPA5在精子发生中的功能及其对雄性不育的影响	小鼠的精子发生过程及HSPA5基因的作用	NA	NA	CRISPR/Cas9技术，Cre/Loxp系统，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	P10时Hspa5-cKO小鼠和对照组的睾丸样本
5090	2024-08-08	Intermittent fasting reverses the declining quality of aged oocytes 2023-02-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2022.12.084 PMID:36581058	研究论文	研究探讨间歇性禁食（IF）对老年雌性小鼠卵子质量的影响及其机制	发现间歇性禁食能够通过恢复烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）/Sirt1介导的抗氧化防御系统，改善老年卵子的质量和胚胎发育	NA	研究间歇性禁食对生殖衰老的调节作用及其机制	老年雌性小鼠的卵子	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组	老年雌性小鼠
5091	2024-08-08	Comprehensive analysis identifies ARHGEF6 as a potential prognostic and immunological biomarker in lung adenocarcinoma 2023-Feb, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106448 PMID:36586227	研究论文	本研究通过多种生物信息学工具和统计方法，发现ARHGEF6在肺腺癌中的表达显著下调，并具有高诊断价值和与免疫细胞浸润及免疫检查点的正相关性	首次揭示了ARHGEF6在肺腺癌中的潜在生物学作用，并证实其作为预后和免疫生物标志物的潜力	NA	探索ARHGEF6在肺腺癌中的生物学作用及其作为预后和免疫生物标志物的可能性	ARHGEF6在肺腺癌中的表达及其生物学功能	数字病理学	肺腺癌	生物信息学分析	NA	mRNA和蛋白质表达数据	包括A549和PC-9细胞以及正常肺上皮细胞
5092	2024-08-05	Impaired Human Cardiac Cell Development due to NOTCH1 Deficiency 2023-01-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321398 PMID:36583388	研究论文	本研究探讨了NOTCH1缺失对人类心脏细胞发育的影响	首次揭示了NOTCH1在调节人类心脏谱系决定和心肌细胞增殖中的重要性	研究主要集中于体外实验，缺乏在体内的验证	了解NOTCH1缺失如何影响人类心脏细胞的发展和增殖	使用CRISPR技术删除人类诱导多能干细胞中的NOTCH1	数字病理学	先天性心脏缺陷	CRISPR/Cas9基因编辑	NA	单细胞RNA测序	使用的人类诱导多能干细胞样本数量未具体说明
5093	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing uncovers dynamic roadmap and cell-cell communication during buffalo spermatogenesis 2023-Jan-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105733 PMID:36582818	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了3个月和24个月龄水牛睾丸中的32,000多个细胞，揭示了生殖细胞和体细胞发育的动态基因表达图谱及细胞间通信	首次在水牛模型中揭示了精子发生过程中的动态基因表达图谱和细胞间通信，为家畜优良品种的培育提供了理论基础	NA	揭示水牛精子发生过程中的动态变化和细胞间通信	水牛的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	32,000多个细胞
5094	2024-08-05	Bubble: a fast single-cell RNA-seq imputation using an autoencoder constrained by bulk RNA-seq data 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac580 PMID:36567258	研究论文	提出了一种名为Bubble的快速单细胞RNA-seq插补方法	通过将匹配的bulk RNA-seq数据作为约束，减少了假阳性信号的引入	NA	开发一种识别和插补单细胞RNA-seq数据中缺失事件的方法	采用模拟数据和多种真实的scRNA-seq数据集进行验证	数字病理学	NA	RNA-seq	自动编码器	基因表达数据	使用模拟和几种真实的scRNA-seq数据集进行研究
5095	2024-08-08	SimCH: simulation of single-cell RNA sequencing data by modeling cellular heterogeneity at gene expression level 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac590 PMID:36575569	research paper	本文提出了一种名为SimCH的新型模拟工具，用于评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的计算方法	SimCH采用高斯Copula框架来保留与细胞异质性相关的实验数据的基因共表达，生成的合成计数矩阵与实验数据高度匹配	NA	开发一种灵活且全面的模拟工具，用于评估scRNA-seq分析中的计算方法	单细胞RNA测序数据分析中的计算方法，包括细胞聚类、差异表达基因发现、轨迹推断、批次校正和插补	digital pathology	NA	scRNA-seq	Gaussian Copula	RNA sequencing data	NA
5096	2024-08-08	Inferring gene regulatory networks from single-cell gene expression data via deep multi-view contrastive learning 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac586 PMID:36585783	研究论文	本文提出了一种多视角对比学习模型DeepMCL，用于从多个数据源或时间点的单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	引入深度孪生卷积神经网络和对比损失学习基因对的低维嵌入，并通过注意力机制整合来自不同数据源和邻居基因对的嵌入	NA	推断基因调控网络以理解细胞内复杂的调控机制	单细胞RNA测序数据中的基因表达水平	生物信息学	NA	scRNA-seq	CNN	图像	多个数据源或时间点的单细胞RNA测序数据
5097	2024-08-08	Evaluation of single-cell RNAseq labelling algorithms using cancer datasets 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac561 PMID:36585784	研究论文	本文评估了17种基于细胞和9种基于聚类的单细胞RNA测序（scRNA-seq）标记算法在8个癌症数据集上的表现	首次在大规模癌症数据集上全面评估了多种scRNA-seq标记算法，并提供了算法选择建议	聚类方法在标记恶性细胞亚群时存在基因标记不足的问题	评估和比较不同scRNA-seq标记算法在癌症数据集上的性能	17种基于细胞和9种基于聚类的scRNA-seq标记算法	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	8个癌症数据集
5098	2024-08-08	Genome-wide inference reveals that feedback regulations constrain promoter-dependent transcriptional burst kinetics 2023-01-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1204 PMID:36583343	研究论文	本文开发了一种可解释且可扩展的推理框架，结合实验数据和机制模型，推断转录爆发动力学（大小和频率）及反馈调控	提出了一个结合单细胞RNA测序数据和机制模型的推理框架，用于分析转录爆发动力学和反馈调控	NA	理解静态启动子结构和动态反馈调控如何在全基因组范围内影响转录爆发	胚胎小鼠成纤维细胞的转录爆发动力学和反馈调控	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	胚胎小鼠成纤维细胞
5099	2024-08-05	High-frequency and functional mitochondrial DNA mutations at the single-cell level 2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2201518120 PMID:36577067	研究论文	本研究开发了一种经济有效的单细胞线粒体DNA定向测序方法，并验证了其在老年人样本中的可行性	提出了单细胞测序技术scSTAMP，能够提高针对线粒体DNA突变的检测效率	当前方法的提高效率仍然受到线粒体DNA目标率低的限制	旨在在单细胞层面量化线粒体DNA突变及其相关的致病效应	研究了来自76岁女性的768个B淋巴细胞和768个单核细胞中的线粒体DNA突变	数字病理	老年疾病	线粒体DNA靶向测序	NA	细胞样本	768个B淋巴细胞和768个单核细胞
5100	2024-08-08	Robotic data acquisition with deep learning enables cell image-based prediction of transcriptomic phenotypes 2023-01-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2210283120 PMID:36577074	研究论文	本文开发了一种多功能机器人系统ALPS，用于基于显微镜观察的单细胞RNA测序，并通过深度学习从细胞图像中非侵入性地预测转录组定义的细胞表型	首次实现了通过细胞图像非侵入性地预测转录组定义的细胞表型，为实时确定活细胞的全转录组提供了一种新方法	NA	开发一种新方法，通过细胞图像非侵入性地预测转录组定义的细胞表型	单细胞转录组分析及细胞图像	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	图像	NA