单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 5001 - 5020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5001 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing identifies a population of human liver-type ILC1s
2023-01-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111937
PMID:36640314
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定出一种具有独特转录、表型和功能特征的人类肝脏型I型固有淋巴细胞（ILC1s）。 | 本研究首次发现并描述了肝脏型ILC1s，其特征与传统的和肝脏驻留的NK细胞以及其他已知的人类ILC1亚群不同。 | NA | 鉴定和分类一种新型的人类跨组织ILC1s。 | 肝脏型I型固有淋巴细胞（ILC1s）及其在不同组织中的分布和功能。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及肝脏、扁桃体和肠道组织中的细胞样本 |
| 5002 | 2024-08-08 |
Cardiac progenitors instruct second heart field fate through Wnts
2023-01-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2217687120
PMID:36649430
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研究论文 | 本文研究了心脏前体细胞（CPCs）通过Wnt信号通路自我调节第二心脏场（SHF）发育的机制 | 首次揭示了CPCs通过Wnt信号通路自我调节SHF发育的机制，并通过遗传操作和scRNA-seq分析验证了这一发现 | NA | 探究Wnt信号通路在第二心脏场发育中的来源及其对心脏前体细胞命运决定的影响 | 心脏前体细胞（CPCs）和第二心脏场（SHF）的发育 | NA | 先天性心脏病 | scRNA-seq | NA | NA | NA |
| 5003 | 2024-08-05 |
High cardiomyocyte diversity in human early prenatal heart development
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105857
PMID:36624836
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研究论文 | 本文研究了人类早期妊娠中心肌细胞的多样性 | 识别出八种类型的发育中心肌细胞，数量是之前识别的两倍，并揭示了其高异质性和独特的依赖于位置的发展特性 | NA | 揭示人类早期妊娠阶段中心肌细胞的特征和异质性 | 人类妊娠6.5-7周的中心肌细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA数据 | NA |
| 5004 | 2024-08-05 |
scDCCA: deep contrastive clustering for single-cell RNA-seq data based on auto-encoder network
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac625
PMID:36631401
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研究论文 | 提出了一种新的深度对比聚类算法scDCCA，用于单细胞RNA测序数据 | scDCCA结合了去噪自动编码器和双重对比学习模块，以更好地提取细胞特征并实现细胞聚类 | NA | 探讨单细胞RNA测序数据中的细胞异质性和疾病 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 去噪自动编码器 | 深度对比聚类 | RNA-seq数据 | 14个真实数据集 |
| 5005 | 2024-08-08 |
Structure-preserved dimension reduction using joint triplets sampling for multi-batch integration of single-cell transcriptomic data
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac608
PMID:36627114
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研究论文 | 本文开发了一种新的结构保留降维（SPDR）方法，通过联合三元组采样来处理多批次单细胞转录组数据的整合问题 | SPDR方法通过考虑批次内和批次间的三元组采样，能够同时去除批次效应并保留数据的固有结构 | NA | 开发一种能够同时去除批次效应并保留数据固有结构的降维方法 | 多批次单细胞转录组数据 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 5006 | 2024-08-05 |
Spatially resolved transcriptomics reveals pro-inflammatory fibroblast involved in lymphocyte recruitment through CXCL8 and CXCL10
2023-01-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81525
PMID:36648332
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研究论文 | 该文章研究了人类口腔黏膜中的细胞组成及其在健康与慢性炎症中的动态变化 | 通过将单细胞RNA测序与空间转录组学结合，揭示了与淋巴细胞招募相关的致炎成纤维细胞 | 缺乏对其他组织或疾病状态的比较，可能影响对广泛应用的理解 | 旨在通过空间转录组学了解口腔慢性疾病的病理机制 | 研究对象为人类口腔黏膜中的特定细胞类型及其空间分布 | 数字病理学 | 口腔慢性炎症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，高分辨率多重荧光杂交 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 5007 | 2024-08-05 |
Lineage-specific regulatory changes in hypertrophic cardiomyopathy unraveled by single-nucleus RNA-seq and spatial transcriptomics
2023-Jan-17, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00490-3
PMID:36646705
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研究论文 | 本研究深入阐明了肥厚型心肌病中特定谱系的病理心脏重塑变化 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学，发现了肥厚型心肌病中基因表达、亚群组成和细胞间通讯的谱系特异性变化 | 本研究的样本可能受限于数量和来源，未来需要更广泛的患者组进行验证 | 分析肥厚型心肌病中与心脏重塑相关的谱系特异性表观调控变化 | 来自肥厚型心肌病患者与健康供体的心脏组织样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序 | NA | 组织样本 | 涉及55,122个细胞核，来源于肥厚型心肌病和健康条件的组织样本 |
| 5008 | 2024-08-05 |
Renal interstitial cells promote nephron regeneration by secreting prostaglandin E2
2023-01-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81438
PMID:36645741
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研究论文 | 本研究揭示肾间质细胞通过分泌前列腺素E2促进肾小管再生的机制 | 首次明确肾间质细胞在肾单位再生中提供原发干细胞的微环境 | 尚未探索其他类型细胞在肾单位再生中的潜在作用 | 探究肾间质细胞与肾单位再生之间的关系 | 肾间质细胞与肾原性干细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 转基因斑马鱼 | NA | NA |
| 5009 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unveils heterogeneity and establishes a novel signature for prognosis and tumor immune microenvironment in ovarian cancer
2023-Jan-16, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-022-01074-1
PMID:36642706
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研究论文 | 这项研究通过整合单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq分析卵巢癌的异质性，并建立了一种新的预后标志物和肿瘤免疫微环境。 | 研究首次提供了基于卵巢癌细胞异质性的七基因预后模型，能够有效预测患者的预后并识别其免疫微环境状态。 | 本研究主要依赖于TCGA和GEO数据集，可能限制了模型的普遍适用性。 | 研究旨在探讨卵巢癌细胞的异质性和建立预后模型。 | 研究对象为卵巢癌患者及其肿瘤细胞。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA-seq | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 使用TCGA和GEO数据集中的样本，具体样本大小未明确说明 |
| 5010 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq integrated with multi-omics reveals SERPINE2 as a target for metastasis in advanced renal cell carcinoma
2023-01-16, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05566-w
PMID:36646679
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研究论文 | 本研究揭示了SERPINE2作为晚期肾细胞癌转移的靶标 | 通过单细胞RNA测序和多组学集成，全面分析了肾细胞癌的转录组和肿瘤微环境 | 该研究可能尚未充分揭示所有肾细胞癌进展的机理 | 识别晚期肾细胞癌转移的新靶标 | 来自八个肾细胞癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和RNA测序 (RNA-seq) | NA | 组织样本 | 八个组织样本来自407名肾细胞癌患者的微阵列 |
| 5011 | 2024-08-08 |
EREG is the core onco-immunological biomarker of cuproptosis and mediates the cross-talk between VEGF and CD99 signaling in glioblastoma
2023-01-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-03883-4
PMID:36647156
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研究论文 | 本研究通过整合大量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了铜死亡激活评分模型（CuAS），并验证了EREG作为核心肿瘤免疫生物标志物在胶质母细胞瘤中的作用 | 首次提出铜死亡（cuproptosis）作为一种新的铜诱导细胞死亡形式，并构建了CuAS模型来评估其对胶质母细胞瘤的预后和治疗潜力 | 需要进一步的临床试验来验证CuAS模型在实际治疗中的效果 | 探索铜死亡在胶质母细胞瘤治疗中的应用潜力 | 胶质母细胞瘤细胞及其相关信号通路 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自The Cancer Genome Atlas和Chinese Glioma Genome Atlas两个队列的数据 |
| 5012 | 2024-08-08 |
Repurposing nitric oxide donating drugs in cancer therapy through immune modulation
2023-Jan-14, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-022-02590-0
PMID:36639681
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研究论文 | 本研究探讨了硝酸氧化物释放药物对免疫健全小鼠肿瘤进展的影响 | 发现低浓度的外源性硝酸氧化物释放药物通过调节T细胞和巨噬细胞抑制肿瘤生长，并证实CD8+ T细胞对抗肿瘤效应至关重要 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探索硝酸氧化物释放药物在癌症治疗中的免疫调节作用 | 硝酸氧化物释放化合物对肿瘤生长的影响及其对脾脏细胞因子和淋巴细胞的调节作用 | NA | 肿瘤 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞因子，淋巴细胞 | 使用了三种不同的小鼠肿瘤模型：B16F1黑色素瘤、LL2肺癌和CT26结肠癌 |
| 5013 | 2024-08-08 |
Transformer for one stop interpretable cell type annotation
2023-01-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-35923-4
PMID:36641532
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的多头自注意力深度学习模型TOSICA，用于可解释的细胞类型注释 | TOSICA模型能够使用生物学可理解的实体（如通路或调节子）进行可解释的细胞类型注释，同时实现快速、准确的注释和批次不敏感的整合 | NA | 开发一种新的深度学习方法，以提高单细胞研究中的注释一致性和可重复性 | 肿瘤浸润免疫细胞和COVID-19中的CD14+单核细胞 | 机器学习 | NA | NA | Transformer | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 5014 | 2024-08-05 |
Clearance of p16Ink4a-positive cells in a mouse transgenic model does not change β-cell mass and has limited effects on their proliferative capacity
2023-01-12, Aging
DOI:10.18632/aging.204483
PMID:36640267
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研究论文 | 该文章探讨了选择性删除p16Ink4a阳性细胞对小鼠β细胞质量和增殖能力的影响 | 研究表明，删除p16Ink4a阳性细胞未对整体β细胞质量产生显著影响，但在某些情况下改善了β细胞功能和增殖能力 | 尽管p16Ink4a阳性细胞的清除在某些小鼠中改善了β细胞的功能，但仍有其他衰老亚群体继续存在并分泌局部SASP | 研究p16Ink4a阳性细胞清除对β细胞质量和增殖能力的影响 | 使用INK-ATTAC小鼠作为衰老清除的转基因模型，研究不同年龄和性别的小鼠 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞测序 | 转基因小鼠 | 生物样本 | 不同年龄和性别的小鼠，含高脂饮食模型和胰岛素受体拮抗剂模型 |
| 5015 | 2024-08-05 |
CD26-negative and CD26-positive tissue-resident fibroblasts contribute to functionally distinct CAF subpopulations in breast cancer
2023-01-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-35793-w
PMID:36635273
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研究论文 | 本研究探讨了不同亚群的癌症相关成纤维细胞(CAFs)在乳腺癌中的起源和功能。 | 揭示了CD26+和CD26-正常成纤维细胞在乳腺癌模型中转变为功能上不同的CAF亚群的过程 | 未提供关于CAF异质性起源的额外临床数据或人类研究的结果 | 研究乳腺癌中CAFs的起源和不同亚群的功能 | 乳腺癌中的CD26阳性和阴性组织驻留成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | 小鼠模型 | NA | 多项小鼠移植研究中涉及的样本数量NA |
| 5016 | 2024-08-08 |
Pericentromeric satellite lncRNAs are induced in cancer-associated fibroblasts and regulate their functions in lung tumorigenesis
2023-01-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05553-1
PMID:36635266
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研究论文 | 研究发现在癌症相关成纤维细胞中诱导的着丝粒周围卫星长非编码RNA调控其在肺癌发生中的功能 | 首次揭示了在肿瘤微环境中，癌症相关成纤维细胞中着丝粒周围卫星DNA的转录，并探讨了这些转录物作为生物标志物或抗癌靶点的潜力 | NA | 探讨着丝粒周围卫星重复序列在肿瘤微环境中成纤维细胞的转录及其在肺癌发生中的作用 | 癌症相关成纤维细胞中的着丝粒周围卫星DNA转录及其功能 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括人类和小鼠的肺腺癌样本，以及体外激活的成纤维细胞 |
| 5017 | 2024-08-08 |
CTLA4+CD4+CXCR5-FOXP3+ T cells associate with unfavorable outcome in patients with chronic HBV infection
2023-01-12, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-022-00537-w
PMID:36635631
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研究论文 | 研究CTLA4+CD4+CXCR5-FOXP3+ T细胞在慢性HBV感染患者中的作用及其与不良预后的关联 | 首次揭示了CTLA4+CD4+CXCR5-FOXP3+ T细胞在慢性HBV感染中的免疫抑制特征及其与HBV DNA水平和治疗预后的正相关性 | 研究仅限于慢性HBV感染患者，未涉及其他类型的病毒性肝炎或其他免疫相关疾病 | 探讨CD4+CXCR5-FOXP3+ T细胞表达CTLA4在慢性HBV感染患者中的作用及其对预后的影响 | 慢性HBV感染患者、HBV相关肝衰竭患者及接受核苷(酸)类似物治疗的慢性乙型肝炎患者 | 免疫学 | 乙型肝炎 | 流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞 | 包括未治疗的慢性HBV感染患者、HBV相关肝衰竭患者及长期随访的慢性乙型肝炎患者 |
| 5018 | 2024-08-08 |
Uncovering perturbations in human hematopoiesis associated with healthy aging and myeloid malignancies at single-cell resolution
2023-01-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.79363
PMID:36629404
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了来自年轻和老年健康个体的造血干细胞和祖细胞（HSPCs），揭示了与健康衰老和髓系恶性肿瘤相关的细胞分化轨迹和基因表达动态变化 | 结合单细胞技术和计算分析工具，研究了早期造血作用等复杂生物系统的多种细胞机制，并解析了与衰老和恶性转化相关的扰动分化轨迹 | NA | 探究与健康衰老和髓系恶性肿瘤相关的造血干细胞和祖细胞的分子机制 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其在健康衰老和髓系恶性肿瘤中的变化 | 数字病理学 | 髓系恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 基因调控网络（GRNs） | 转录组 | 来自年轻和老年健康个体的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）样本 |
| 5019 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals a mechanosensitive injury signaling pathway in early diabetic nephropathy
2023-01-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01145-4
PMID:36627643
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研究论文 | 本研究揭示了早期糖尿病肾病中的机械敏感性损伤信号通路 | 提出机械敏感性转录通路MRTF-SRF在肾小管细胞中激活作为糖尿病肾小管病的新靶标 | 该研究仅在小鼠模型中进行，尚需在人类样本中进一步验证 | 阐明糖尿病肾病初期的细胞和分子基础 | 早期糖尿病肾病的小鼠肾脏细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 2型糖尿病小鼠的多个肾脏细胞样本 |
| 5020 | 2024-08-05 |
Construction of Peptide Library in Mammalian Cells by dsDNA-Based Strategy
2023-Jan-10, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.2c06402
PMID:36643544
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研究论文 | 本研究利用双链DNA构建哺乳动物细胞中的肽库 | 该研究使用终端NNK退化密码子的双链DNA实现AND门遗传电路并生成肽库，这是一个创新的方法 | 本研究的局限性未详细描述 | 研究旨在开发一种新的构建哺乳动物细胞肽库的策略 | 研究对象为哺乳动物细胞中的肽库 | 数字病理学 | NA | PCR反应和细胞转染 | NA | 高通量测序数据 | NA |