单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 4761 - 4780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4761 | 2024-08-08 |
Profiling the peripheral immune response to ex vivo TNF stimulation in untreated juvenile idiopathic arthritis using single cell RNA sequencing
2023-Feb-15, Pediatric rheumatology online journal
DOI:10.1186/s12969-023-00787-x
PMID:36793127
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了未治疗的幼年特发性关节炎患者在接受体外TNF刺激后的外周免疫反应 | 开发了一种新的分析流程scPool，通过将细胞先汇集到伪细胞中再进行表达分析，有助于区分TNF刺激、JIA疾病状态和个体供体的影响 | 样本量较小，仅包括六名新诊断的JIA儿童和两名健康对照 | 验证单细胞RNA测序技术在个性化转录组学研究中的应用，以表征患者特定的免疫特征 | 未治疗的幼年特发性关节炎患者和健康对照的外周血样本 | 数字病理学 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 六名新诊断的JIA儿童和两名健康对照 |
| 4762 | 2024-08-08 |
Regulon active landscape reveals cell development and functional state changes of human primary osteoblasts in vivo
2023-02-15, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-022-00448-2
PMID:36793138
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据，应用单细胞调控网络推断和聚类方法，识别了人类原代成骨细胞中协同调控基因的模块（regulons），并重建了基于regulon活性的成骨细胞发育轨迹，验证了重要regulons的功能。 | 首次基于细胞regulon活性景观描述了人类成骨细胞在体内的独特特征，并识别了与免疫、细胞增殖和分化相关的关键细胞阶段或亚型。 | NA | 揭示人类成骨细胞在体内的细胞发育和功能状态变化，以及这些变化与骨代谢和相关疾病的关系。 | 人类原代成骨细胞 | 数字病理学 | 骨代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个成骨细胞样本 |
| 4763 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of ascites fluid illustrates heterogeneity and therapy-induced evolution during gastric cancer peritoneal metastasis
2023-02-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36310-9
PMID:36788228
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研究论文 | 该研究描述了胃癌腹腔转移中肿瘤与免疫细胞的单细胞转录组特征 | 揭示了不同类型的单核细胞样树突状细胞的演变及其与抗肿瘤治疗的关系 | 样本量相对较小，仅包含35名患者 | 探讨腹腔液生态系统的异质性及其在胃癌腹腔转移中的角色 | 191,987个来自胃癌腹腔转移患者的癌症/免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞转录组数据 | 35名患者，191,987个细胞 |
| 4764 | 2024-08-05 |
Identification of a hypoxia-related gene prognostic signature in colorectal cancer based on bulk and single-cell RNA-seq
2023-02-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-29718-2
PMID:36781976
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研究论文 | 本研究旨在建立一个与缺氧相关的基因预后签名，以预测结直肠癌患者的总体存活率 | 构建了一个六个缺氧相关基因的预后模型，具有优越的存活率预测能力 | 样本量仅限于TCGA和两个GEO数据集，可能存在一定的局限性 | 研究缺氧相关基因在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其对患者总体存活率的预测能力 | 结直肠癌患者的肿瘤样本和正常样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、RT-PCR | 最小绝对收缩和选择算子回归算法（LASSO） | 基因表达数据 | 涉及十对结直肠癌正常和癌组织样本 |
| 4765 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing identifies disease-associated oligodendrocytes in male APP NL-G-F and 5XFAD mice
2023-02-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36519-8
PMID:36781874
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，在雄性App和5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型及人类死后大脑中，识别出与疾病相关的少突胶质细胞亚群，并探讨了Erk1/2信号通路在其中的作用 | 首次在阿尔茨海默病模型中识别出疾病相关少突胶质细胞亚群，并发现Erk1/2信号通路的异常激活与其功能障碍相关 | NA | 探究少突胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 雄性App和5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型及人类死后大脑中的少突胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 雄性App和5xFAD小鼠及人类死后大脑样本 |
| 4766 | 2024-08-05 |
Distinct tissue niches direct lung immunopathology via CCL18 and CCL21 in severe COVID-19
2023-02-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36333-2
PMID:36774347
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研究论文 | 本研究结合先进成像技术和空间转录组学揭示了严重COVID-19中局部免疫反应的机制 | 提出了促进自我维持和非解决性局部免疫反应的免疫间质相互作用机制 | 关于这一慢性炎症疾病的细胞和分子机制仍不明朗 | 研究严重COVID-19的肺部免疫病理机制 | 严重COVID-19患者的肺部组织微环境 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学 | NA | 成像数据 | NA |
| 4767 | 2024-08-08 |
Repositioning Lomitapide to block ZDHHC5-dependant palmitoylation on SSTR5 leads to anti-proliferation effect in preclinical pancreatic cancer models
2023-Feb-11, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-023-01359-4
PMID:36774350
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研究论文 | 本研究通过比较胰腺癌组织和正常胰腺组织的单细胞转录组数据，发现ZDHHC5是抑制胰腺癌细胞增殖的潜在靶点，并重新定位孤儿药物Lomitapide作为ZDHHC5的抑制剂，以阻断SSTR5的棕榈酰化，从而抑制胰腺癌细胞的生长和增殖。 | 本研究首次证明了使用ZDHHC5的药理抑制剂Lomitapide在胰腺癌中的应用，代表了针对棕榈酰化的新一类靶向治疗。 | NA | 探索抑制胰腺癌细胞增殖的新治疗策略。 | 胰腺癌细胞和正常胰腺细胞。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 胰腺癌组织和正常胰腺组织 |
| 4768 | 2024-08-08 |
Murine neonatal cardiac B cells promote cardiomyocyte proliferation and heart regeneration
2023-Feb-11, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-023-00282-7
PMID:36774363
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研究论文 | 本文研究了新生小鼠心脏B细胞在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用 | 首次阐明了B细胞在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用，并揭示了新生和成年小鼠心脏B细胞功能的差异 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨B细胞在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用 | 新生和成年小鼠的心脏B细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生和成年小鼠 |
| 4769 | 2024-08-08 |
Single Cell Analysis of Human Thyroid Reveals the Transcriptional Signatures of Aging
2023-02-11, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad029
PMID:36791033
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自7名患者的54,726个甲状腺细胞，揭示了与年龄相关的甲状腺转录组变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了人类甲状腺中与年龄相关的特定转录组变化 | 研究样本仅来自7名患者，可能限制了结果的普遍性 | 探究甲状腺上皮细胞中与年龄相关的内分泌功能变化 | 人类甲状腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 54,726个细胞，来自7名患者 |
| 4770 | 2024-08-05 |
A novel cryopreservation and biobanking strategy to study lymphoid tissue stromal cells in human disease
2023-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.06.525604
PMID:36798373
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研究论文 | 本文展示了一种新颖的冷冻保存和生物样本库策略，用于研究人类疾病中的淋巴组织基质细胞 | 采用冷冻保存技术对淋巴组织进行存储，以便于研究非造血性淋巴结基质细胞 | 研究主要依赖于人类扁桃体和淋巴结样本，可能不完全代表其他淋巴组织 | 研究非造血性淋巴结基质细胞在各种人类疾病中的作用 | 人类扁桃体中的淋巴组织片段 | 数字病理学 | 自身免疫疾病，移植物抗宿主病，淋巴增生性疾病 | 冷冻保存 | NA | 组织样本 | 人类扁桃体样本 |
| 4771 | 2024-08-08 |
The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data
2023-Feb-06, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2517698/v1
PMID:36798423
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研究论文 | 本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单的同质IPD（DIPD）偏离，来捕捉由细胞簇产生的每个基因每个细胞的内在异质性 | 本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于scRNA-seq数据，能够揭示传统方法难以发现或需要仔细参数调整才能发现的新的细胞亚型 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以促进下游数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 泊松分布模型 | 基因表达数据 | NA |
| 4772 | 2024-08-05 |
Identification and characterization of a proliferative cell population in estrogen receptor-positive metastatic breast cancer through spatial and single-cell transcriptomics
2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.31.526403
PMID:36778271
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术识别并描述了雌激素受体阳性转移性乳腺癌中的增殖细胞群体 | 首次阐明了在ER + 转移性乳腺癌中独特分布的‘增殖’细胞群体，并揭示其对癌症进展的不同贡献 | 研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能限制了结果的广泛适用性 | 探讨雌激素依赖性肿瘤生长中的细胞群体及其功能多样性 | 针对两种‘ER高’转移性乳腺癌的患者衍生异种移植模型进行研究 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 两种患者来源的异种移植模型 |
| 4773 | 2024-08-05 |
Nociceptor neuroimmune interactomes reveal cell type- and injury-specific inflammatory pain pathways
2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.01.526526
PMID:36778477
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研究论文 | 本文构建了一个全面的受体-配体数据库，并结合单细胞转录组学，以生成特定损伤的神经免疫相互作用组 | 揭示了免疫配体在外周敏感性调节中的新角色，提供了疾病特定的神经免疫通路 | 尽管建立了丰富的数据库，但可能仍未涵盖所有神经免疫通路的多样性 | 系统映射与炎性疼痛相关的神经免疫通路 | 三种不同炎性疼痛条件下的免疫细胞和感觉神经元 | 数字病理学 | 炎性疼痛 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 三种不同炎症疼痛条件下的免疫细胞和感觉神经元 |
| 4774 | 2024-08-08 |
Dissecting the role of cancer-associated fibroblast-derived biglycan as a potential therapeutic target in immunotherapy resistance: A tumor bulk and single-cell transcriptomic study
2023-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1189
PMID:36772945
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞和整体转录组数据，系统评估了癌症患者中成纤维细胞的概况，并探讨了biglycan（BGN）在免疫治疗反应中的表达、生存预测价值及其与免疫治疗反应的关联。 | 揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的重要作用，并发现BGN可能是免疫治疗抵抗的治疗靶点。 | NA | 旨在系统评估癌症患者中成纤维细胞的概况，并探讨biglycan（BGN）在免疫治疗反应中的作用。 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其分泌因子biglycan（BGN）在免疫治疗反应中的作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括来自泛癌队列的整体肿瘤样本和27个单细胞RNA测序队列，以及免疫治疗队列中的三个整体和五个单细胞测序数据集。 |
| 4775 | 2024-08-08 |
Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both tendon fibrosis and regeneration following acute injury
2023-Feb-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.30.526242
PMID:36778469
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研究论文 | 本文通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，识别了来源于表膜的双命运前体细胞群，这些细胞在急性肌腱损伤后参与了肌腱周围的纤维化和再生修复过程。 | 首次识别了来源于表膜的双命运前体细胞群，并揭示了其在肌腱损伤后的纤维化和再生修复中的作用。 | NA | 旨在理解参与肌腱损伤后纤维化和再生修复的细胞群，以开发新的治疗策略。 | 来源于表膜的前体细胞群及其在肌腱损伤后的纤维化和再生修复中的作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 4776 | 2024-08-08 |
Senescent cancer cell vaccines induce cytotoxic T cell responses targeting primary tumors and disseminated tumor cells
2023-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005862
PMID:36792123
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研究论文 | 本文研究了衰老癌细胞疫苗诱导细胞毒性T细胞反应，针对原发性肿瘤和扩散的肿瘤细胞的效果 | 提出了一种基于衰老肿瘤细胞和/或衰老细胞激活的树突状细胞的治疗性疫苗，以改善基因毒性和免疫疗法，并限制复发或转移 | 文章未明确提及具体限制 | 研究衰老癌细胞疫苗在预防和治疗癌症中的作用 | 衰老癌细胞（SnCs）和树突状细胞（DCs） | NA | NA | scRNA-seq, 流式细胞术, T细胞增殖试验 | NA | 细胞 | 使用小鼠CT26结肠癌细胞和4T1乳腺癌细胞进行实验 |
| 4777 | 2024-08-08 |
Atlas-scale single-cell chromatin accessibility using nanowell-based combinatorial indexing
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276655.122
PMID:36792372
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研究论文 | 本文介绍了基于纳米孔的组合索引技术在单细胞染色质可及性测定（sciATAC）中的进展，利用纳米孔芯片实现了低成本下的大规模细胞通量（超过10万个细胞）。 | 该技术通过在PCR索引阶段的5184个纳米孔芯片，实现了52倍的规模提升和每细胞制备成本的降低，同时保持了高覆盖率和低细胞双峰率。 | NA | 旨在开发一种低成本、高效率的单细胞染色质可及性测定技术，以实现大规模细胞通量。 | 研究对象包括小鼠脑组织中的细胞类型和神经亚型，以及与现有scATAC和scRNA-seq数据集的整合。 | 基因组学 | NA | 单细胞组合索引测定（sciATAC） | NA | 染色质可及性数据 | 超过70,000个独特的可及位点，平均每个细胞 |
| 4778 | 2024-08-08 |
Amino acid transporter SLC7A5 regulates Paneth cell function to affect the intestinal inflammatory response
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.24.524966
PMID:36789439
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研究论文 | 本文研究了氨基酸转运蛋白SLC7A5在小鼠肠道上皮细胞中的作用，特别是其对Paneth细胞功能和肠道炎症反应的影响。 | 首次报道了肠道上皮细胞特异性敲除氨基酸转运蛋白SLC7A5，并揭示了其对mTORC1信号通路和细胞增殖的影响。 | NA | 探讨SLC7A5在肠道上皮细胞中的功能及其对肠道炎症反应的影响。 | 小鼠肠道上皮细胞和Paneth细胞。 | NA | NA | scRNA-seq和电子显微镜分析。 | NA | 细胞和分子数据。 | 小鼠模型。 |
| 4779 | 2024-08-05 |
Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524455
PMID:36789425
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研究论文 | 本研究探讨如何从血液中推断肿瘤免疫状态并预测免疫疗法的反应 | 首次通过外周血单核细胞的scRNA-Seq推断肿瘤免疫状态，并发现其能有效预测免疫疗法反应 | 研究可能受限于样本量和特定类型肿瘤的局限性 | 研究肿瘤免疫微环境与免疫疗法反应的关系 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者的外周血单核细胞和肿瘤组织 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | 使用了HNSCC患者的匹配外周血单核细胞和肿瘤组织的数据集 |
| 4780 | 2024-08-08 |
Sample Preparation and Integrative Data Analysis of a Droplet-based Single-Cell ATAC-sequencing Using Murine Thymic Epithelial Cells
2023-Jan-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4588
PMID:36789086
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研究论文 | 本文介绍了使用液滴法单细胞ATAC测序技术（scATAC-seq）对小鼠胸腺上皮细胞（TECs）进行染色质可及性分析的方法和综合数据分析 | 采用液滴法scATAC-seq技术与scRNA-seq数据的综合分析，提高了单细胞水平上表观遗传学特征的分辨率 | NA | 揭示特定生物背景下基因调控机制的表观遗传学景观 | 小鼠胸腺上皮细胞（TECs）的表观遗传学特征 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 特定的小鼠胸腺上皮细胞亚群 |