单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5354 篇文献，本页显示第 4661 - 4680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4661 | 2024-08-05 |
DZIP1 expressed in fibroblasts and tumor cells may affect immunosuppression and metastatic potential in gastric cancer
2023-Apr, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.109886
PMID:36805200
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研究论文 | 本研究探讨了DZIP1在胃癌中的作用及其在免疫抑制和转移潜力中的影响 | 发现DZIP1在肿瘤相关成纤维细胞和恶性上皮细胞中上调，并参与肿瘤微环境的形成 | 该研究可能受限于单细胞测序的样本选择和数据解析 | 研究DZIP1如何影响胃癌的免疫抑制环境和转移过程 | 研究对象包括肿瘤相关成纤维细胞和恶性胃癌细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 4662 | 2024-08-08 |
Novel TCF21high pericyte subpopulation promotes colorectal cancer metastasis by remodelling perivascular matrix
2023-04, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-327913
PMID:36805487
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤周细胞（TPCs）的异质性及其对结直肠癌（CRC）转移的影响 | 发现了新的TCF21high周细胞亚群，该亚群通过重塑血管周围基质促进结直肠癌的肝转移 | NA | 研究肿瘤周细胞在血行转移中的作用及其对结直肠癌转移的影响 | 结直肠癌患者的肿瘤周细胞及其与肝转移的关系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫沉淀测序、亚硫酸氢盐测序 | NA | RNA序列 | 从结直肠癌患者中分离的肿瘤周细胞，包括有和无肝转移的患者 |
| 4663 | 2024-08-08 |
Cell selectivity in succinate receptor SUCNR1/GPR91 signaling in skeletal muscle
2023-04-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism
DOI:10.1152/ajpendo.00009.2023
PMID:36812387
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研究论文 | 研究探讨了琥珀酸受体SUCNR1在骨骼肌中的细胞选择性和信号传导机制 | 首次揭示了SUCNR1在人类骨骼肌中不表达于肌肉纤维，而是与巨噬细胞群体共存，且M2极化巨噬细胞对SUCNR1激动剂有响应 | 研究未明确琥珀酸激活SUCNR1的具体细胞间通信方向性 | 旨在阐明SUCNR1在人类骨骼肌中的表达特性及其在运动适应性反应中的作用 | 人类骨骼肌中的SUCNR1表达及其在细胞层面的响应 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 荧光RNAscope | NA | 转录组数据 | 涉及人类骨骼肌、免疫、脂肪和肝脏组织样本 |
| 4664 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of the mouse and primate ovaries reveals oocyte-specific expression patterns of risk genes in ovarian aging
2023-Apr, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.209
PMID:36818017
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4665 | 2024-08-08 |
An artificial intelligence network-guided signature for predicting outcome and immunotherapy response in lung adenocarcinoma patients based on 26 machine learning algorithms
2023-Apr, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13409
PMID:36822595
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研究论文 | 本研究基于26种机器学习算法，通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了一种肿瘤浸润免疫细胞相关的特征评分，用于预测肺腺癌患者的生存结果和免疫治疗反应 | 本研究首次开发了一种基于免疫细胞特异性基因的模型，该模型在预测肺腺癌患者的生存结果和免疫治疗反应方面表现优于先前建立的168种特征 | NA | 开发一种新的生物标志物，用于预测肺腺癌患者的生存结果和免疫治疗反应 | 肺腺癌患者的生存结果和免疫治疗反应 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 五个独立数据集的肺腺癌患者 |
| 4666 | 2024-08-08 |
scSTAR reveals hidden heterogeneity with a real-virtual cell pair structure across conditions in single-cell RNA sequencing data
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad062
PMID:36813563
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研究论文 | 本文介绍了scSTAR方法，通过构建真实-虚拟细胞对结构，分析跨条件下的单细胞RNA测序数据中的细胞状态转换 | scSTAR方法通过最大化两个特征空间之间的协方差，使用偏最小二乘法和最小平方误差方法，克服了现有方法在细胞状态短期演化上的限制 | NA | 研究细胞状态转换在时间解析生物现象中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态转换 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 偏最小二乘法，最小平方误差方法 | RNA测序数据 | 11种癌症数据来自The Cancer Genome Atlas Program |
| 4667 | 2024-08-05 |
HSP70 regulates lipid metabolism of decidual macrophages to maintain normal pregnancy
2023-03, Journal of reproductive immunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jri.2023.103829
PMID:36805906
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研究论文 | 本研究探讨了HSP70如何通过调节决策巨噬细胞的脂质代谢维持正常妊娠 | 揭示了HSP70在维持正常妊娠中的新机制，尤其是在反复流产患者的巨噬细胞功能调节中 | 仅限于使用单细胞测序数据，缺乏大规模临床样本验证 | 研究HSP70在维持正常妊娠和调节决策巨噬细胞代谢中的角色 | 研究对象为正常妊娠和反复流产患者的决策巨噬细胞 | 数字病理学 | 反复流产 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3579个巨噬细胞 |
| 4668 | 2024-08-08 |
CLAIRE: contrastive learning-based batch correction framework for better balance between batch mixing and preservation of cellular heterogeneity
2023-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad099
PMID:36821425
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研究论文 | 本文介绍了一种基于对比学习的批量校正框架CLAIRE，旨在优化批量混合与细胞异质性保留之间的平衡 | 提出了两种互补策略：构建策略和细化策略，以改进正样本对的适当性，从而实现更优的混合-异质性权衡 | NA | 改进单细胞RNA测序数据集整合中的批量效应去除与生物异质性保留 | 单细胞RNA测序数据集的批量校正 | 机器学习 | NA | 对比学习 | 深度神经网络 | RNA测序数据 | 涉及六个真实数据集 |
| 4669 | 2024-08-08 |
scGCL: an imputation method for scRNA-seq data based on graph contrastive learning
2023-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad098
PMID:36825817
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研究论文 | 本文提出了一种基于图对比学习的scRNA-seq数据插补方法scGCL | scGCL结合图对比学习和零膨胀负二项分布（ZINB）来估计缺失值，并通过对比学习总结全局和局部语义信息，增强目标节点的表示 | NA | 旨在减少scRNA-seq数据的技术噪声并促进下游分析 | scRNA-seq数据的基因表达水平插补 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 图对比学习 | 自编码器 | scRNA-seq数据 | 14个scRNA-seq数据集 |
| 4670 | 2024-08-08 |
Microglial subpopulations with distinct transcriptome signatures vary across brain regions in the resting mouse brain
2023-Mar, Journal of pharmacological sciences
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.jphs.2022.12.010
PMID:36828616
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在静息状态下的脑中识别出具有独特转录组特征的微胶质亚群，并探讨了这些亚群在不同脑区的分布及其与微胶质激活的关系 | 首次揭示了静息状态下脑中微胶质亚群的异质性及其与微胶质激活的关系 | NA | 探究微胶质亚群在生理条件下的异质性及其与微胶质激活的关系 | 小鼠脑中的微胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 4671 | 2024-08-05 |
Transcriptome age of individual cell types in Caenorhabditis elegans
2023-02-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2216351120
PMID:36812209
|
研究论文 | 本研究分析了线虫在发育过程中个体细胞类型的转录组年龄 | 首次探讨了小时glass模式与不同细胞类型转录组年龄变异的关系 | 未深入研究特定细胞在转录组年龄变化中的作用 | 研究线虫在发育不同阶段的转录组年龄 | 线虫的各种细胞类型 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 128种神经元类型的转录组数据 |
| 4672 | 2024-08-08 |
Defining and targeting tumor-associated macrophages in malignant mesothelioma
2023-02-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2210836120
PMID:36821580
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研究论文 | 本文研究了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在恶性间皮瘤中的起源和治疗靶点 | 首次鉴定了两种不同的巨噬细胞群体，并证实了通过条件性删除Dicer1基因选择性耗竭M2样TAM可以促进肿瘤排斥 | NA | 开发恶性间皮瘤的治疗靶点 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAM）及其在恶性间皮瘤中的作用 | NA | 恶性间皮瘤 | 转录组和单细胞RNA测序分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠腹腔和胸腔中的两种巨噬细胞群体 |
| 4673 | 2024-08-08 |
Integrated multi-omics analyses and functional validation reveal TTK as a novel EMT activator for endometrial cancer
2023-02-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-03998-8
PMID:36829176
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研究论文 | 本研究通过综合多组学分析和功能验证，揭示了TTK作为子宫内膜癌中新的上皮-间质转化（EMT）激活因子的新角色。 | 首次全面研究了与子宫内膜癌发展相关的癌症-睾丸抗原（CTA）基因的表达和临床意义，并发现了TTK在子宫内膜癌中的新致癌功能。 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能需要进一步的实验验证。 | 探讨TTK在子宫内膜癌中的临床相关性、生物学作用和分子机制。 | 子宫内膜癌样本和细胞。 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 生物信息学方法 | NA | 基因组、转录组和表观遗传数据 | 使用了来自TCGA数据库的子宫内膜癌样本和GEO数据库的单细胞数据。 |
| 4674 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome profiling of the stepwise progression of head and neck cancer
2023-02-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36691-x
PMID:36828832
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研究论文 | 该文章研究了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）从正常组织到转移肿瘤的逐步演进过程中的肿瘤细胞异质性及其相互作用 | 通过单细胞RNA测序，提出了在白斑病变中可以识别出病理检查未检测到的原位癌细胞，并揭示了与不良预后相关的细胞类型亚群 | 在摘要中未提及任何具体的研究限制 | 阐明HNSCC进程中细胞间相互作用的病理生物学新见解 | 人头颈部鳞状细胞癌的肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 4675 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing in orthopedic research
2023-Feb-24, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00245-0
PMID:36828839
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研究论文 | 本文总结了单细胞RNA测序技术在骨科疾病研究中的应用，包括细胞亚群、基因及其在疾病发展中的潜在机制 | 介绍了单细胞RNA测序技术在骨科疾病研究中的新应用，提供了细胞异质性、新细胞亚型、功能性子簇、潜在分子机制、细胞命运转换和细胞间相互作用的信息 | NA | 深入阐明骨科疾病的具体机制，并提供新的治疗策略 | 骨科疾病，包括骨关节炎、腰椎间盘突出、类风湿性关节炎、骨折、肌腱损伤、脊髓损伤、异位骨化、骨肉瘤等 | 数字病理学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因数据 | NA |
| 4676 | 2024-08-08 |
Transcriptomic profiling of the developing brain revealed cell-type and brain-region specificity in a mouse model of prenatal stress
2023-Feb-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09186-8
PMID:36829105
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研究论文 | 本研究使用RNA-seq技术探索了孕期慢性不可预测的轻度应激（CUMS）暴露后小鼠胎儿大脑基因表达的变化 | 首次提供了孕期慢性应激后整个胎儿大脑转录组改变的无偏数据源，并报告了发育中大脑在应对孕期环境压力时的细胞类型和脑区特异性的脆弱性 | NA | 探索孕期应激对小鼠胎儿大脑基因表达的影响及其细胞类型和脑区特异性 | 小鼠胎儿大脑在孕期慢性应激后的基因表达变化 | 数字病理学 | 精神障碍 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠胎儿大脑样本 |
| 4677 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals niche-specific enrichment and vulnerabilities of radial glial stem-like cells in malignant gliomas
2023-02-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36707-6
PMID:36823172
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研究论文 | 本研究揭示了恶性胶质瘤中放射状胶质干细胞样细胞的特定栖息地富集和脆弱性。 | 通过结合短读和长读空间转录组学，首次对胶质瘤潜在的细胞状态和栖息地特征进行了空间剖析。 | 缺乏对空间组织在疾病进展中的时间动态分析。 | 研究恶性胶质瘤不同栖息地中的细胞状态和调控程序。 | 主要研究放射状胶质干细胞样细胞及其在胶质瘤栖息地的富集情况。 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 空间转录组学 | 人类神经干细胞衍生的正位胶质瘤模型 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 4678 | 2024-08-05 |
The amniotic fluid proteome changes with term labor and informs biomarker discovery in maternal plasma
2023-02-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-28157-3
PMID:36823217
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研究论文 | 本文利用一种适配体基础平台表征了1,310种羊水蛋白，并发现其在足月分娩时发生显著变化 | 提出了羊水蛋白组在足月分娩期间的变化，并为生物标志物的发现提供了新的见解 | 未系统评估羊水蛋白变化与母体血浆中蛋白质变化之间的具体机制 | 探索足月分娩期间羊水蛋白组的变化及其在母体血浆中的反映 | 主要研究对象为羊水中的蛋白质及其与母体血浆中的变化 | 数字病理学 | NA | 适配体基础平台 | NA | 蛋白质组数据 | 1,310种羊水蛋白 |
| 4679 | 2024-08-05 |
Reconstructing clonal tree for phylo-phenotypic characterization of cancer using single-cell transcriptomics
2023-02-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36202-y
PMID:36813776
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研究论文 | 本研究介绍了一种整合大规模基因组数据与单细胞RNA测序数据的高保真克隆树重建方法 | 提出了PhylEx方法，能够以较高的准确性重建克隆树，并超越了现有的表达聚类方法 | 尚未提及具体的局限性 | 通过重建克隆树以深入了解癌症的演化机制和功能状态 | 研究对象为高分级浆液性卵巢癌细胞系及乳腺癌数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据和RNA测序数据 | 合成数据和特征明确的高分级浆液性卵巢癌细胞系数据集 |
| 4680 | 2024-08-05 |
Metagenomic and single-cell RNA-Seq survey of the Helicobacter pylori-infected stomach in asymptomatic individuals
2023-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.161042
PMID:36810249
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研究论文 | 本研究深入描述了无症状Helicobacter pylori感染者的胃部微生物和免疫细胞环境 | 发现无症状H. pylori感染者胃部ILC3s占主导地位，且NKp44+ ILC3s比例显著增加 | 研究主要集中于无症状个体，可能无法普遍适用于其他人群 | 深入了解H. pylori感染时胃部微生物群和免疫细胞的变化 | 无症状H. pylori感染者和未感染者的胃组织样本 | 数字病理学 | NA | 宏基因组测序、单细胞RNA测序、流式细胞术、荧光显微镜 | NA | 组织样本 | 收集了人类胃组织样本 |