单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 4641 - 4660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4641 | 2024-08-05 |
Complex hierarchical structures in single-cell genomics data unveiled by deep hyperbolic manifold learning
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277068.122
PMID:36849204
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度学习的模型，用于在低维超曲面空间中可视化单细胞RNA-seq数据的复杂层级结构 | 创新点在于提出了scDHMap模型，它优化了用于处理稀疏单细胞计数数据的层级结构可视化 | 现有基于超曲面的方法存在基本限制，尚未针对稀疏单细胞计数数据进行优化 | 研究旨在使用低维超曲面空间可视化单细胞基因组数据中的复杂层次结构 | 研究对象为单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 深度学习模型 | 数据计数矩阵 | 广泛的模拟和真实实验 |
| 4642 | 2024-08-08 |
[Preliminary Results of Single-cell Transcriptome Sequencing in Renal Arterial Lesions of Takayasu Arteritis]
2023-Feb, Zhongguo yi xue ke xue yuan xue bao. Acta Academiae Medicinae Sinicae
DOI:10.3881/j.issn.1000-503X.15006
PMID:36861160
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在Takayasu动脉炎（TA）患者肾动脉病变中的初步应用 | 首次使用scRNA-seq技术探索TA患者肾动脉病变的细胞异质性，并比较了两种不同消化协议对细胞比例的影响 | 样本量较小，仅包括2名TA患者 | 探索scRNA-seq在TA患者肾动脉病变中的应用 | TA患者肾动脉病变的细胞组成 | 数字病理学 | Takayasu动脉炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 2名TA患者，共2920个细胞 |
| 4643 | 2024-08-05 |
Exploring the role of sphingolipid-related genes in clinical outcomes of breast cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1116839
PMID:36860848
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研究论文 | 本研究探讨了与鞘脂相关的基因在乳腺癌临床结果中的作用 | 本研究建立了一个基于七个鞘脂相关基因的乳腺癌预后模型，首次将这些基因与临床结果、肿瘤进展和免疫变化联系起来 | 本研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择和数据完整性方面的局限 | 研究乳腺癌患者临床结果与鞘脂代谢基因的关系 | 乳腺癌患者的临床数据与肿瘤细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序分析 (scRNA-seq), Cox回归分析, Lasso回归分析 | 预后模型 | 基因表达数据、临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌数据 |
| 4644 | 2024-08-05 |
Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to construct prognostic signatures to explore the role of glutamine metabolism in breast cancer
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1135297
PMID:36843602
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq来构建预后特征，以探讨谷氨酸代谢在乳腺癌中的作用 | 提出了一种全新的预后风险特征，基于与谷氨酸代谢相关的基因，能够提高乳腺癌患者的预后预测 | 本研究可能受到公共数据集的限制，可能缺乏特定人群的验证 | 探讨谷氨酸代谢在乳腺癌患者预后中的作用 | 乳腺癌患者，涉及谷氨酸代谢相关基因的研究 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq，单细胞RNA-seq | WGCNA，Cox模型 | 转录组数据 | NA |
| 4645 | 2024-08-05 |
TNFR2 expression predicts the responses to immune checkpoint inhibitor treatments
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1097090
PMID:36865537
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研究论文 | 研究表明TNFR2的表达可以预测癌症患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应 | 提出TNFR2作为预测免疫检查点抑制剂疗效的新生物标志物 | 研究的结果需要进一步验证以加强其可靠性 | 识别新的生物标志物以提高免疫检查点抑制剂疗法的疗效 | 重点研究TNFR2在肿瘤微环境中对免疫检查点抑制剂疗效的影响 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 分析的样本来自全癌症数据库的单细胞RNA-seq数据 |
| 4646 | 2024-08-05 |
iSC.MEB: an R package for multi-sample spatial clustering analysis of spatial transcriptomics data
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad019
PMID:36845201
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研究论文 | 本文介绍了iSC.MEB，一个用于空间转录组数据的多样本空间聚类分析的R软件包 | iSC.MEB结合了经验贝叶斯方法和隐藏马尔可夫随机场，允许用户同时估计批次效应并进行空间聚类 | NA | 提高空间转录组数据的分析能力 | 空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 隐藏马尔可夫随机场 | 转录组数据 | 两个空间转录组数据集 |
| 4647 | 2024-08-05 |
Single-Cell Sequencing Reveals Necroptosis-Related Prognostic Genes of Glioblastoma
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/2926655
PMID:36860730
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研究论文 | 这篇文章探讨了与凋亡相关的预后基因在神经胶质瘤中的作用 | 该研究识别了神经胶质瘤中的凋亡相关基因并构建了一个风险模型，提出了新的预后标志 | 样本仅来自手术样本，可能未能代表所有GBM患者 | 研究胃肠道肿瘤的凋亡作用及其对预后的影响 | 研究对象为神经胶质瘤（GBM）患者的组织样本 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 手术样本分析获得的样本数量未明确提及 |
| 4648 | 2024-08-08 |
High GNG4 predicts adverse prognosis for osteosarcoma: Bioinformatics prediction and experimental verification
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.991483
PMID:36845726
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研究论文 | 本研究旨在阐明GNG4在骨肉瘤中的生物学作用及其预后价值 | 首次通过生物信息学分析和实验验证，确定GNG4在骨肉瘤中的高表达作为致癌基因和可靠的预后标志物 | NA | 阐明GNG4在骨肉瘤中的生物学作用及其预后价值 | GNG4在骨肉瘤中的表达及其对预后的影响 | NA | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 58例骨肉瘤样本 |
| 4649 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the metabolic changes and the prognostic value of malignant hepatocyte subpopulations and predict new therapeutic agents for hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1104262
PMID:36860314
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了恶性肝细胞亚群的代谢变化及其预后价值，并预测了肝细胞癌的新治疗药物 | 利用单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌中的细胞亚群，并通过基因集富集分析探索了不同细胞亚群间的通路异质性 | NA | 探讨肝细胞癌中的代谢变化及其预后价值，并寻找新的治疗策略 | 肝细胞癌的细胞亚群及其代谢变化 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | PCA, UMAP | 转录组数据 | 使用了TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未详细说明 |
| 4650 | 2024-08-08 |
MiRNA and Potential Prognostic Value in Non-Smoking Females with Lung Adenocarcinoma by High-Throughput Sequencing
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S401544
PMID:36860345
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研究论文 | 本研究旨在探索非吸烟女性肺腺癌中的预后相关差异表达miRNA，并建立预后模型 | 构建了一个基于三种差异表达miRNA的新型预后模型，用于预测非吸烟女性肺腺癌的生存情况 | 样本量较小，仅包含8个样本 | 探索非吸烟女性肺腺癌中的预后相关差异表达miRNA并建立预后模型 | 非吸烟女性肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺腺癌 | miRNA测序 | Cox回归分析 | miRNA数据 | 8个非吸烟女性肺腺癌手术样本 |
| 4651 | 2024-08-08 |
Epstein-Barr virus DNA seropositivity links distinct tumoral heterogeneity and immune landscape in nasopharyngeal carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1124066
PMID:36860875
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研究论文 | 研究探讨了Epstein-Barr病毒DNA血清阳性（Sero+）和血清阴性（Sero-）的鼻咽癌（NPC）在肿瘤异质性和免疫景观上的差异 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了Sero+和Sero- NPC在细胞组成和功能上的多细胞生态系统差异 | 研究样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 阐明Epstein-Barr病毒DNA血清状态与鼻咽癌肿瘤微环境特征的关系，为合理免疫治疗策略的发展提供见解 | Epstein-Barr病毒DNA血清阳性和阴性的鼻咽癌患者 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 28,423个细胞来自十个NPC样本和一个非肿瘤鼻咽组织 |
| 4652 | 2024-08-05 |
Single-cell profiling reveals various types of interstitial cells in the bladder
2023-Sep, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13431
PMID:36824020
|
研究论文 | 本研究揭示了膀胱中不同类型的间质细胞及其功能和位置 | 识别了膀胱组织中两种重要的间质细胞类型，并强调了其在正常生理、药物诱导损伤及衰老中的作用 | 该研究可能未探讨所有间质细胞的种类及其相互作用 | 探讨膀胱间质细胞的定位、分子标志物、功能与角色 | 人类、老鼠和大鼠膀胱组织的单细胞数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 人类、老鼠和大鼠的膀胱组织样本 |
| 4653 | 2024-08-08 |
Decellularised spinal cord matrix manipulates glial niche into repairing phase via serglycin-mediated signalling pathway
2023-Sep, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13429
PMID:36807637
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研究论文 | 本文研究了脱细胞脊髓基质（DSCM）通过serglycin介导的信号通路调控神经胶质微环境，促进脊髓损伤修复的机制 | 首次揭示了DSCM通过serglycin介导的信号通路逆转星形胶质细胞成熟，改变胶质微环境进入修复阶段 | NA | 探究DSCM调控胶质微环境在神经-胶质-血管单元中的机制 | 脱细胞脊髓基质（DSCM）、星形胶质细胞、神经前体细胞 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 4654 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of entorhinal cortex reveals widespread disruption of neuropeptide networks in Alzheimer's disease
2023-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.12979
PMID:36825405
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研究论文 | 本研究揭示了阿尔茨海默病中神经肽网络的广泛破坏 | 首次使用单细胞转录组数据明确了阿尔茨海默病中神经肽网络的广泛破坏 | 研究可能受限于样本大小和选择偏差 | 探讨神经肽网络在阿尔茨海默病中的破坏情况 | 阿尔茨海默病中颞叶皮层的神经肽表达情况 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序 | 机器学习 | 转录组数据 | NA |
| 4655 | 2024-08-08 |
GGC repeat expansion in NOTCH2NLC induces dysfunction in ribosome biogenesis and translation
2023-08-01, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awad058
PMID:36825461
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研究论文 | 研究探讨了NOTCH2NLC基因中GGC重复序列扩展导致的神经毒性机制，特别是在神经元内核包涵体病（NIID）中的作用 | 使用患者特异性的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的三维大脑类器官（3DCOs）和细胞模型，揭示了NOTCH2NLC GGC重复序列扩展导致的核仁应激和核糖体生物发生及翻译功能障碍 | NA | 研究NOTCH2NLC基因中GGC重复序列扩展导致的神经毒性机制 | NOTCH2NLC基因中的GGC重复序列扩展及其在神经元内核包涵体病（NIID）中的作用 | 遗传学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 3D大脑类器官（3DCOs） | RNA | 使用患者特异性的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的三维大脑类器官（3DCOs）和细胞模型进行研究 |
| 4656 | 2024-08-05 |
Phylogenetic placement of the protosteloid amoeba Microglomus paxillus identifies another case of sporocarpic fruiting in Discosea (Amoebozoa)
2023 Jul-Aug, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12971
PMID:36825799
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研究论文 | 该文章探讨了原昔体阿米巴Microglomus paxillus的系统发育定位，揭示了Discosea中 sporocarpic fruiting的另一个案例 | 通过单细胞转录组学分析，首次为Microglomus paxillus提供了系统发育信息，阐明了其与Discosea的亲缘关系 | SSU rRNA序列的高度变异性限制了我们在丰富的分类数据集中进一步阐明M. paxillus的系统发育位置 | 澄清sporocarpic fruiting的进化背景 | 原昔体阿米巴Microglomus paxillus的个体样本 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 蛋白编码标记数据 | 229个蛋白编码标记 |
| 4657 | 2024-08-05 |
Heterogeneity and plasticity of epithelial-mesenchymal transition (EMT) in cancer metastasis: Focusing on partial EMT and regulatory mechanisms
2023-Jun, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13423
PMID:36808651
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综述 | 这篇文章总结了癌症转移中上皮-间质转化（EMT）的异质性和动态特性 | 提出了肿瘤细胞如何调节自身以保持特定EMT转化状态的跷跷板模型，并强调了EMT异质性与胃癌预后不良的密切关系 | 文章回顾了EMT信号在临床应用中的当前状态和局限性 | 探讨EMT转化状态在肿瘤转移中的直接和间接作用 | 集中讨论部分EMT的特征、生物标志物和分子机制 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 4658 | 2024-08-05 |
PDPN positive CAFs contribute to HER2 positive breast cancer resistance to trastuzumab by inhibiting antibody-dependent NK cell-mediated cytotoxicity
2023-05, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2023.100947
PMID:36812747
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研究论文 | 本研究识别了一种新的与 trastuzumab 抗药性相关的 PDPN 阳性 CAFs 亚群 | 首次发现 PDPN 阳性 CAFs 在 trastuzumab 抗药性肿瘤组织中富集，并通过分泌免疫抑制因子抑制 NK 细胞介导的 ADCC | 研究中可能未全面评估所有类型的免疫反应和其他潜在的肿瘤微环境因素 | 研究 PDPN 阳性 CAFs 如何影响 HER2 阳性乳腺癌对 trastuzumab 的抗药性 | HER2 阳性乳腺癌患者的肿瘤组织及其 CAFs | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | NA |
| 4659 | 2024-08-05 |
Distinct stage-specific transcriptional states of B cells derived from human tonsillar tissue
2023-04-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.155199
PMID:36809296
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研究论文 | 本文研究了源自人类扁桃体的B细胞的不同阶段特异性转录状态 | 识别出一种我们认为之前未被描述的表达CCL4/CCL3化学趋化因子的B细胞亚群，并提出了一种基于调控网络推断和伪时间建模的计算方法 | 研究可能仅限于来源于扁桃体的B细胞，对其他组织的B细胞状态缺乏比较 | 探索扁桃体来源B细胞的激活和成熟状态 | 扁桃体来源的B细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间建模 | NA | NA |
| 4660 | 2024-08-05 |
CD11c+ macrophages are proangiogenic and necessary for experimental choroidal neovascularization
2023-04-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.168142
PMID:36821388
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研究论文 | 本文研究了CD11c+巨噬细胞在实验性脉络膜新生血管中的促血管生成作用。 | 该研究首次揭示了Spp1+巨噬细胞和CD11c+巨噬细胞的功能特性及其在脉络膜新生血管形成中的重要作用。 | 本文未提及对巨噬细胞异质性研究的临床应用和长期影响的评估。 | 研究CD11c+巨噬细胞在与neovascular AMD相关的脉络膜新生血管中的作用。 | 研究重点是小鼠模型中的免疫细胞和巨噬细胞群体。 | 数字病理学 | 老年性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | 激光诱导脉络膜新生血管模型 | 基因表达数据 | 使用了来自于WT和Ccr2-/-小鼠的免疫细胞样本 |