单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4581	2024-08-08	Single-cell gene set enrichment analysis and transfer learning for functional annotation of scRNA-seq data 2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad024 PMID:36879897	研究论文	本文开发了两种新方法——单细胞基因集富集分析（scGSEA）和单细胞映射器（scMAP），用于自动化单细胞转录组数据的细胞功能注释	scGSEA结合潜在数据表示和基因集富集分数以单细胞分辨率检测协调的基因活性；scMAP使用迁移学习技术将新细胞重新定位并情境化到参考细胞图谱中	大多数现有方法依赖于最初为批量RNA测序开发的技术，或仅利用从细胞聚类中识别的标记基因进行监督注释	克服现有细胞功能注释方法的局限性，自动化单细胞转录组数据的注释过程	单细胞转录组数据的细胞功能注释	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序	迁移学习	单细胞转录组数据	使用模拟和真实数据集进行验证
4582	2024-08-05	Single-cell RNA-seq analysis reveals dual sensing of HIV-1 in blood Axl+ dendritic cells 2023-Feb-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106019 PMID:36866043	研究论文	本研究揭示了HIV-1在血液Axl+树突状细胞中的双重感知机制	首次识别了血液AxlDC亚群的特殊能力来识别和复制HIV-1并启动不同的转录程序	没有明显的局限性信息	研究Axl+树突状细胞对HIV-1的抗病毒响应	主要研究人类原代血液树突状细胞的不同亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	主要针对多种血液树突状细胞亚群，具体样本数量未明
4583	2024-08-05	resVAE ensemble: Unsupervised identification of gene sets in multi-modal single-cell sequencing data using deep ensembles 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1091047 PMID:36875765	研究论文	提出了一种使用深度集成的无监督基因集识别方法。	使用自编码器的集成和随后的排名聚合提取共识特征，从而减少偏倚。	缺乏样本量和具体应用案例的实例验证。	旨在改进单细胞测序数据分析中的功能标识。	不同模态的单细胞测序数据。	数字病理学	NA	深度学习	集成自编码器	测序数据	使用了不同模态的数据集，具体样本数量未说明
4584	2024-08-05	The intestine: A highly dynamic microenvironment for IgA plasma cells 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1114348 PMID:36875083	综述	本文章讨论了肠道上皮细胞与IgA浆细胞的空间相互作用及其对IgA浆细胞生成、归巢和寿命的潜在贡献	介绍了空间转录组学作为一种新技术，用于解决肠道IgA浆细胞生物学中的未解问题	NA	探讨肠道微环境对IgA浆细胞的影响及其生物学特性	IgA浆细胞和肠道上皮细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	NA	NA
4585	2024-08-08	Destin2: Integrative and cross-modality analysis of single-cell chromatin accessibility data 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1089936 PMID:36873935	研究论文	提出了一种名为Destin2的新型统计和计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的跨模态降维、聚类和轨迹重建	Destin2通过整合来自峰可及性、基序偏差分数和伪基因活性的细胞水平表观基因组数据，学习共享流形，并进行聚类和/或轨迹推断	NA	开发一种跨模态分析方法，用于单细胞染色质可及性数据的整合和分析	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	ATAC-seq	NA	单细胞数据	实际scATAC-seq数据集
4586	2024-08-08	Precision immunointerception of EGFR-driven tumorigenesis for lung cancer prevention 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1036563 PMID:36875137	研究论文	本研究针对常见的EGFR突变，开发了一种多肽疫苗E Vax，并在小鼠模型中评估了其预防EGFR突变驱动的肺癌发生的效果	开发了一种针对EGFR L858R、T790M和Del19突变的多肽疫苗E Vax，并证明了其在小鼠模型中有效预防肺癌发生	研究结果主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发和评估针对EGFR突变的新型疫苗，以预防肺癌的发生	EGFR突变驱动的肺癌	数字病理学	肺癌	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	NA	使用了同基因和遗传工程改造的EGFR突变驱动的小鼠肺癌模型
4587	2024-08-08	A novel autophagy-related long non-coding RNAs signature predicting progression-free interval and I-131 therapy benefits in papillary thyroid carcinoma 2023, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2023-0660 PMID:36880066	研究论文	本研究旨在探讨自噬相关长非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的预后和预测价值	构建了一个新的六长非编码RNA签名，用于预测甲状腺乳头状癌患者的无进展间隔和I-131治疗效益	NA	探索自噬相关长非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的预后和预测价值	甲状腺乳头状癌患者的自噬相关基因和长非编码RNA表达数据	数字病理学	甲状腺癌	长非编码RNA分析	NA	基因表达数据	来自TCGA数据库的甲状腺乳头状癌患者数据
4588	2024-08-08	Defining Selective Neuronal Resilience and Identifying Targets of Neuroprotection and Axon Regeneration Using Single-Cell RNA Sequencing: Computational Approaches 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3012-9_2 PMID:36881293	研究论文	本文描述了一种计算工作流程，用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）的小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）在视神经压迫（ONC）后的表达谱	本文采用监督分类方法，通过迭代策略从损伤反应中解卷积类型特异性基因签名，以识别与恢复力相关的分子标志物	NA	旨在识别46种分子定义的RGC类型之间的生存动态差异及其相关分子特征	小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）在视神经压迫后的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	监督分类方法	基因表达数据	六个时间点的RGCs scRNA-seq数据
4589	2024-08-08	Defining Selective Neuronal Resilience and Identifying Targets for Neuroprotection and Axon Regeneration Using Single-Cell RNA Sequencing: Experimental Approaches 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3012-9_1 PMID:36881292	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了轴突损伤后不同神经元类型的生存和基因表达变化	利用单细胞RNA测序技术，系统地追踪轴突损伤后的神经元生存和基因表达变化	NA	识别区分具有恢复力和易感性的神经元群体的分子特征，揭示神经保护和轴突再生的潜在靶点	神经元类型在神经退行性疾病中的不同影响	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用小鼠视网膜作为实验样本
4590	2024-08-08	Effects of Dlx2 overexpression on the genes associated with the maxillary process in the early mouse embryo 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1085263 PMID:36891149	研究论文	研究Dlx2过表达对小鼠早期胚胎上颌突相关基因的影响	通过bulk RNA-Seq、scRNA-Seq和CUT&Tag分析，全面揭示了Dlx2过表达对上颌突早期发育的转录调控效应	NA	阐明Dlx2在颅面发育中的转录调控作用	小鼠早期胚胎上颌突的发育	发育生物学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, CUT&Tag	NA	RNA	E10.5上颌突的小鼠胚胎
4591	2024-08-08	scRNA-seq reveals aging-related immune cell types and regulators in vaginal wall from elderly women with pelvic organ prolapse 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1084516 PMID:36891295	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了老年女性盆腔器官脱垂患者阴道壁中与年龄相关的免疫细胞类型及其关键调控因子	首次探讨了盆腔器官脱垂患者盆腔微环境中与年龄相关的差异，并发现了新的细胞类型和关键调控因子	NA	揭示盆腔器官脱垂患者盆腔微环境中与年龄相关的免疫细胞类型及其关键调控因子	老年女性盆腔器官脱垂患者的阴道壁	数字病理学	盆腔器官脱垂	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	包括对照组（<60岁）、年轻盆腔器官脱垂组（<60岁）和老年盆腔器官脱垂组（>60岁）
4592	2024-08-08	Ferroptosis Suppressor Protein 1 Inhibition Promotes Tumor Ferroptosis and Anti-tumor Immune Responses in Liver Cancer 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.03.001 PMID:36893885	研究论文	研究探讨了铁死亡抑制蛋白1（FSP1）在肝细胞癌（HCC）中的表达及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了FSP1在HCC中的高表达及其通过抑制铁死亡促进肿瘤生长的机制，并发现FSP1抑制剂能有效减少HCC负担并增强免疫浸润	研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的临床试验验证FSP1抑制剂的疗效和安全性	探索FSP1作为HCC治疗新靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）及其治疗	数字病理学	肝癌	逆转录定量聚合酶链反应，染色质免疫沉淀，单细胞RNA测序	NA	RNA	包括人类HCC和配对非肿瘤组织样本，以及使用 hydrodynamic tail vein injection 模型的动物实验
4593	2024-08-05	Integrative Analysis Revealed LINC00847 as a Potential Target of Tumor Immunotherapy 2023-Oct, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-023-04387-z PMID:36864364	研究论文	本研究揭示了LINC00847作为肿瘤免疫治疗潜在靶点的可能性	通过分析单细胞RNA-seq数据，首次发现LINC00847与LUAD患者的免疫细胞浸润相关，并可能影响PD-L1的表达	本研究集中于单一癌症类型，缺乏对其他类型癌症的验证	识别肺腺癌的潜在生物标志物，以促进生物标志物驱动的治疗和改善治疗结果	研究了LUNG癌症中与免疫细胞浸润相关的长非编码RNA	数字病理学	肺癌	RNA-seq	NA	生物数据	从单细胞RNA-seq数据集中筛选了四个与LUAD预后相关的lncRNA
4594	2024-08-05	Single-cell RNA-Seq reveals transcriptional regulatory networks directing the development of mouse maxillary prominence 2023-09, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2023.02.008 PMID:36841529	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了小鼠上颌突发育过程中的转录调控网络	研究中识别了与间充质命运转变相关的一系列关键转录因子，并推导了由这些转录因子指导的基因调控网络	尽管揭示了转录调控网络，但具体的机制尚未完全阐明	研究小鼠上颌发育过程中转录动态及其调控机制	探索小鼠上颌突中神经嵴来源的间充质的发育及其转录网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约28,000个细胞
4595	2024-08-05	Single-cell transcriptomics implicates the FEZ1-DKK1 axis in the regulation of corneal epithelial cell proliferation and senescence 2023-Sep, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13433 PMID:36851859	研究论文	本研究揭示了FEZ1-DKK1轴在角膜上皮细胞增殖和衰老调控中的作用	首次通过单细胞转录组学揭示了FEZ1和DKK1作为角膜干/祖细胞增殖和衰老的重要调节因子	未深入探讨其他可能参与角膜上皮细胞调控的因子	研究角膜干/祖细胞增殖和衰老的调控机制	多次传代的角膜干/祖细胞及其相关轴	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	NA	多次传代的初级角膜干/祖细胞
4596	2024-08-05	Transcriptional and open chromatin analysis of bovine skeletal muscle development by single-cell sequencing 2023-Sep, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13430 PMID:36855961	研究论文	该研究通过单细胞测序分析了牛骨骼肌发育的转录和开放染色质特征	采用scRNA-seq和scATAC-seq揭示了牛骨骼肌不同细胞类型和转录调控的动态特征	未提及具体限制	理解牛骨骼肌发育过程中的细胞异质性和转录及表观遗传调控	发育阶段的牛骨骼肌细胞类型及其分子特征	数字病理学	NA	scRNA-seq和scATAC-seq	NA	基因表达数据	在三个发育阶段识别的多种细胞类型，包括脂肪细胞、内皮细胞等
4597	2024-08-05	Cell-type profiling of the sympathetic nervous system using spatial transcriptomics and spatial mapping of mRNA 2023-08, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.577 PMID:36840366	研究论文	本研究使用空间转录组学和mRNA的空间映射，分析了交感神经系统的细胞类型轮廓	创新性地结合了Slide-seq空间转录组学和单细胞RNA-seq，揭示了周围交感神经节内的神经祖细胞的分子特征	技术限制仍然妨碍了神经祖细胞群体的分子鉴定	探索交感神经系统的分子组成和细胞类型特征	新鲜冷冻小鸡躯干组织中神经祖细胞的分子鉴定	数字病理学	NA	Slide-seq空间转录组学、单细胞RNA-seq、HiPlex RNAscope荧光原位杂交	NA	组织样本	新鲜冷冻小鸡躯干组织样本
4598	2024-08-05	RNA helicase DHX15 exemplifies a unique dependency in acute leukemia 2023-08-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282066 PMID:36861414	研究论文	该研究探讨了RNA解旋酶DHX15在急性淋巴细胞白血病中的独特依赖性	首次系统性评估了DHX15作为T-ALL依赖因子的独特功能及其在肿瘤细胞存活和白血病发生中的重要性	目前仍不清楚其它潜在的RNA结合蛋白在T-ALL转化中的角色	研究DHX15在T细胞急性淋巴母细胞白血病中的作用及其机制	T细胞急性淋巴母细胞白血病及相关小鼠模型	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	功能分析，转录组学	小鼠模型	转录组数据	多个小鼠T-ALL模型
4599	2024-08-08	SCMcluster: a high-precision cell clustering algorithm integrating marker gene set with single-cell RNA sequencing data 2023-07-17, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad004 PMID:36848584	研究论文	本文提出了一种名为SCMcluster的高精度单细胞聚类算法，该算法结合标记基因集与单细胞RNA测序数据进行特征提取和构建集成聚类模型	SCMcluster算法通过整合两个细胞标记数据库与scRNA-seq数据进行特征提取，并构建基于共识矩阵的集成聚类模型，提高了聚类精度	NA	开发一种高精度的单细胞聚类算法，以解决单细胞RNA测序数据中的噪声和稀疏性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成聚类模型	基因表达数据	两个scRNA-seq数据集，分别来自人和小鼠组织
4600	2024-08-05	A Circular RNA Expressed from the FAT3 Locus Regulates Neural Development 2023-Jun, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-023-03253-7 PMID:36840844	研究论文	这篇文章探讨了来自FAT3位点的环状RNA在神经发育中的调节作用	首次展示circFAT3在神经干细胞分化过程中对细胞类型形成和神经元发育的关键调控	关于circFAT3在脑发育中具体机制的理解仍然有限	研究circFAT3在神经发育中的功能	人类胚胎干细胞及其分化为神经前体细胞的过程	数字病理学	NA	RNA测序	NA	单细胞转录组数据	30和90天分化的脑类器官