单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4501	2024-08-05	Crosstalk between Mesenchymal Stem Cells and Cancer Stem Cells Reveals a Novel Stemness-Related Signature to Predict Prognosis and Immunotherapy Responses for Bladder Cancer Patients 2023-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24054760 PMID:36902193	研究论文	该文章揭示了间充质干细胞与癌干细胞之间的相互作用，并发展出一种与干性相关的特征以预测膀胱癌患者的预后和免疫治疗反应	首次识别了三种间充质干细胞和癌干细胞亚群，并开发了新颖的干性相关特征用于预后和免疫治疗反应预测	尚未明确所有潜在的治疗靶点，且所使用的数据集有限	该研究的目的是解读间充质干细胞与癌干细胞的通信网络，并识别潜在的治疗靶点	研究对象包括膀胱癌中的间充质干细胞和癌干细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	两个数据集（GSE130001和GSE146137）以及两个PD-(L)1处理的队列（IMvigor210和Rose2021UC）
4502	2024-08-05	A Unified Deep Learning Framework for Single-Cell ATAC-Seq Analysis Based on ProdDep Transformer Encoder 2023-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24054784 PMID:36902216	研究论文	提出了一种基于ProdDep Transformer编码器的统一深度学习框架用于分析单细胞ATAC-Seq数据	引入了PROTRAIT框架，结合了语法捕捉和细胞嵌入学习以实现对单细胞染色质可及性的预测	可能对特定类型的scATAC-seq数据集的适用性有局限，未详细讨论其他数据集的适用性	开发一个统一的深度学习框架以分析单细胞ATAC-Seq数据	单细胞转座酶可接近染色质分析的数据	数字病理学	NA	NA	ProdDep Transformer	scATAC-seq数据	基于Buenrostro2018数据集的实验，涉及超过一百万个细胞
4503	2024-08-05	CRYAA and GJA8 promote visual development after whisker tactile deprivation 2023-Mar, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e13897 PMID:36915480	研究论文	本研究探讨了触觉剥夺对视觉发展的影响	首次揭示了CRYAA和GJA8在触觉剥夺后对视力恢复的作用	未涉及触觉剥夺对其他感官的综合影响	研究触觉剥夺对视觉发展的影响及其机制	年轻小鼠及人类胚胎视网膜单细胞测序数据	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	生物样本	使用了年轻小鼠的视网膜样本和人类胚胎的单细胞数据
4504	2024-08-05	Single-cell sequencing reveals that endothelial cells, EndMT cells and mural cells contribute to the pathogenesis of cavernous malformations 2023-03, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-023-00962-w PMID:36914857	研究论文	本文通过单细胞 RNA 测序分析了与中央神经系统渗透的 cavernous malformations (CMs) 相关的细胞类型	首次在 CMs 中以单细胞水平识别了内皮细胞向间充质细胞转变（EndMT）细胞，并预测了转录因子 SPI1 作为 EndMT 的新驱动因子	研究只针对12个人类 CM 样本和3个对照样本，样本量相对较小	进一步理解 CMs 的疾病机制和治疗策略	从人类 CM 样本中分析未选择的可存活细胞，并对不同细胞类型及其相互作用进行评估	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)	NA	细胞	12个 CM 样本和3个对照样本，共112,670个高质量细胞
4505	2024-08-08	A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution 2023-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.27.530299 PMID:36909601	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、免疫组织化学和功能实验，比较了BCi-NS1.1细胞系和原代细胞衍生的HAE培养模型在细胞异质性和基因表达上的差异	首次全面比较了BCi-NS1.1细胞系和原代细胞衍生的HAE培养模型在基因表达和先天免疫功能上的差异	未观察到BCi-NS1.1 HAE培养模型与原代细胞在流感病毒感染敏感性上的显著差异	评估BCi-NS1.1细胞系衍生的HAE培养模型在呼吸道感染疾病研究中的应用价值	BCi-NS1.1细胞系和原代细胞衍生的HAE培养模型	NA	呼吸道感染疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
4506	2024-08-08	Single-cell analysis of CX3CR1 + cells reveal a pathogenic role for BIRC5 + myeloid proliferating cells driven by Staphylococcus aureus leukotoxins 2023-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.27.529760 PMID:36909517	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，揭示了在感染过程中，由金黄色葡萄球菌白细胞毒素驱动的BIRC5阳性骨髓增殖细胞在CX3CR1阳性细胞中的致病作用。	本研究首次通过单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，揭示了BIRC5阳性骨髓增殖细胞在感染中的致病作用，并发现这些细胞的扩增与组织损伤毒素的存在有关。	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨在感染过程中，特定类型的骨髓细胞如何影响疾病进程。	CX3CR1阳性细胞和BIRC5阳性骨髓增殖细胞。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠模型中的CX3CR1阳性细胞
4507	2024-08-05	Mitochondria-Associated Endoplasmic Reticulum Membrane (MAM) Is a Promising Signature to Predict Prognosis and Therapies for Hepatocellular Carcinoma (HCC) 2023-Feb-24, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm12051830 PMID:36902617	研究论文	这篇文章探讨了线粒体相关内质网膜(MAM)在肝细胞癌(HCC)预后和治疗中的潜在作用	研究首次详细探讨了MAM在HCC中的重要性并建立了MAM评分来预测患者预后	研究仅使用了特定数据集作为训练集，可能限制了发现的广泛适用性	旨在评估MAM评分在HCC患者预后和免疫治疗反应中的价值	研究对象为肝细胞癌患者及其肿瘤相关细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，基因共表达网络	NA	基因表达数据	使用了TCGA-LIHC、ICGC及多个GEO数据集进行分析
4508	2024-08-08	The CXCL10/CXCR3 Pathway Contributes to the Synergy of Thermal Ablation and PD-1 Blockade Therapy against Tumors 2023-Feb-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15051427 PMID:36900218	研究论文	研究探讨了热消融与PD-1阻断疗法联合治疗肿瘤的协同作用及其机制	首次揭示了CXCL10/CXCR3轴在热消融与抗PD-1疗法联合治疗中的作用，并提出该信号通路的激活可能增强这种联合治疗的协同效应	NA	研究热消融与PD-1阻断疗法联合治疗肿瘤的协同作用及其机制	肿瘤组织中的浸润性免疫细胞及热消融治疗后的变化	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	肿瘤携带小鼠的肿瘤组织与对照肿瘤组织
4509	2024-08-05	Cell-Type-Specific Gene Regulatory Networks of Pro-Inflammatory and Pro-Resolving Lipid Mediator Biosynthesis in the Immune System 2023-Feb-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24054342 PMID:36901771	研究论文	本研究探讨了免疫系统中促炎和促解决脂质介质合成的细胞类型特异性基因调控网络	首次系统地绘制了与PIM和SPM合成相关的细胞类型特异性基因调控网络	尽管识别了基因调控网络，但具体的调控机制仍需进一步研究	研究脂质介质在免疫反应中的基因调控及其细胞类型特异性	以免疫细胞为研究对象，关注PIM和SPM的合成路径	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习方法	基因表达数据	大规模单细胞数据集
4510	2024-08-08	Single-Cell RNA Transcriptome Profiling of Liver Cells of Short-Term Alcoholic Liver Injury in Mice 2023-Feb-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24054344 PMID:36901774	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠短期酒精性肝损伤中肝脏细胞的转录组变化	首次在单细胞水平上揭示了酒精性肝损伤中不同肝脏细胞类型的分子和细胞机制	NA	探讨酒精性肝损伤的细胞和分子机制	小鼠肝脏细胞	数字病理学	酒精性肝病	单细胞RNA测序	NA	转录组	51,619个肝脏单细胞
4511	2024-08-05	Important Cells and Factors from Tumor Microenvironment Participated in Perineural Invasion 2023-Feb-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15051360 PMID:36900158	研究论文	本研究总结了肿瘤微环境中参与神经侵犯的细胞和因素	提供了关于神经侵犯的新见解，探讨了神经与肿瘤之间的相互作用	没有明确提到研究的限制	旨在总结神经侵犯的分子介质和发病机制	肿瘤微环境及其中的细胞和信号分子	数字病理学	肿瘤	单细胞空间转录组学	NA	NA	NA
4512	2024-08-05	Self-synchronization of reinjected droplets for high-efficiency droplet pairing and merging 2023, Microsystems & nanoengineering IF:7.3Q1 DOI:10.1038/s41378-023-00502-6 PMID:36910256	研究论文	本文开发了一种微流体设计，实现了再注入液滴的自我同步。	创新之处在于通过阻塞T形接头的液滴提高流体阻力，实现液滴的自动配对。	在频率不匹配达到10%时，尽管同步效率达到100%，但在液滴大小不均和流速波动的情况仍然可能存在局限。	研究高效液滴配对与合并技术。	研究对象为再注入的液滴及其在电场下的合并能力。	数字病理学	NA	微流体技术	NA	液滴	多组（具体数量未说明），包含酶/底物，单细胞和单颗粒
4513	2024-08-05	KLF5 inhibition potentiates anti-PD1 efficacy by enhancing CD8+ T-cell-dependent antitumor immunity 2023, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.82182 PMID:36923542	研究论文	本文探讨了KLF5抑制如何通过增强CD8+ T细胞依赖的抗肿瘤免疫来增强抗PD1疗效	发现了KLF5介导的免疫抑制的新机制，并确定了靶向KLF5/COX2/PGE2轴作为关键的免疫治疗敏感化因子	研究主要在小鼠模型中进行，临床应用尚待进一步验证	探究KLF5在肿瘤免疫逃逸中的作用及其作为潜在治疗靶点的可行性	使用KLF5缺失/过表达肿瘤细胞移植的小鼠模型	数字病理学	NA	RNA测序, 免疫组化, 西方印迹, 实时PCR, ELISA, 胶体光谱法, 染色质免疫沉淀, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	在小鼠模型中使用了不同的肿瘤细胞系
4514	2024-08-05	Nidogen-2 (NID2) is a Key Factor in Collagen Causing Poor Response to Immunotherapy in Melanoma 2023, Pharmacogenomics and personalized medicine DOI:10.2147/PGPM.S399886 PMID:36908806	研究论文	本研究探讨了Nidogen-2（NID2）在黑色素瘤免疫治疗反应差的关键作用。	本研究首次将NID2与黑色素瘤的胶原表型相联系，并阐明了其在肿瘤微环境中限制CD8+ T细胞接近肿瘤细胞的作用。	研究主要基于公共数据库的基因表达数据，可能缺乏临床样本的广泛验证。	揭示胶原如何影响黑色素瘤患者对免疫治疗的反应。	黑色素瘤患者的胶原表现及其与免疫治疗反应的关系。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序、第二代测序	NA	基因表达数据	从公共数据库中合成的数据，包括来自GEO和TCGA的数据集
4515	2024-08-08	Dissection of tumor antigens and immune landscape in clear cell renal cell carcinoma: Preconditions for development and precision medicine of mRNA vaccine 2023-01, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2023100 PMID:36899527	研究论文	本研究旨在识别透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的潜在肿瘤抗原，并确定其免疫亚型，以指导mRNA疫苗的开发和精准医疗	本研究首次在ccRCC中探讨了mRNA疫苗的潜在肿瘤抗原LRP2，并分析了其与抗原呈递细胞的浸润关系	研究主要基于TCGA数据库和cBioPortal网站的数据，可能存在样本选择偏倚和数据解读的局限性	识别ccRCC的潜在肿瘤抗原并确定其免疫亚型，以开发针对性的mRNA疫苗	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其肿瘤抗原和免疫亚型	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用了来自TCGA数据库的基因组和临床数据，具体样本数量未明确
4516	2024-08-08	Identification of immune subtypes of melanoma based on single-cell and bulk RNA sequencing data 2023-01, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2023138 PMID:36899565	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序数据，评估和分析了黑色素瘤样本中免疫细胞的丰度，并构建了一个高预测价值的免疫细胞风险评分模型，用于识别黑色素瘤患者的免疫特征	本研究首次结合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个基于免疫细胞的预测模型，并识别了五个潜在的治疗靶点	NA	研究黑色素瘤的免疫亚型及其预测价值	黑色素瘤样本中的免疫细胞及其在疾病预后中的作用	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归分析	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
4517	2024-08-08	Phenotypes and Functions of Human Dendritic Cell Subsets in the Tumor Microenvironment 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2938-3_2 PMID:36905506	综述	本文综述了人类树突状细胞亚型在肿瘤微环境中的表型、功能及定位	利用流式细胞术、免疫荧光技术以及单细胞RNA测序和成像质谱细胞术等高输出技术来研究树突状细胞亚型	NA	探讨树突状细胞亚型在肿瘤微环境中的作用	人类树突状细胞亚型的表型、功能及在肿瘤微环境中的定位	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序, 成像质谱细胞术	NA	细胞	NA
4518	2024-08-08	Harnessing Single-Cell RNA Sequencing to Identify Dendritic Cell Types, Characterize Their Biological States, and Infer Their Activation Trajectory 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2938-3_22 PMID:36905526	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术（scRNAseq）来识别树突状细胞类型，描述其生物学状态，并推断其激活轨迹	本文提供了一个scRNAseq分析流程，并附带了一个完整的GitHub教程，旨在帮助实验室和生物信息学研究人员利用scRNAseq数据解析树突状细胞或其他细胞类型的生物学特性	对于新用户来说，选择合适的分析策略和计算工具可能具有挑战性，且需要特定的、稳健的和可行的策略来注释细胞类型和激活状态	更好地理解树突状细胞生物学并将其应用于临床，确定哪些树突状细胞类型和激活状态组合介导哪些功能以及如何介导	树突状细胞的类型、功能和调控，以及其生理激活状态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA序列	从正常或肿瘤携带的小鼠肺部分离的单核吞噬细胞的公共数据集
4519	2024-08-08	Characterization of Developmental Trajectories of Dendritic Cell Hematopoiesis Through Single-Cell RNA Sequencing Methods 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2938-3_23 PMID:36905527	研究论文	本文介绍了使用单细胞RNA测序技术处理小鼠骨髓以追踪树突状细胞分化轨迹的工作流程	本文提供了一个起点，帮助初入树突状细胞发育和细胞发展轨迹分析领域的研究人员	NA	追踪树突状细胞的分化轨迹	小鼠骨髓中的树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
4520	2024-08-08	Upregulation of APOC1 Promotes Colorectal Cancer Progression and Serves as a Potential Therapeutic Target Based on Bioinformatics Analysis 2023, Journal of oncology DOI:10.1155/2023/2611105 PMID:36908705	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了APOC1基因在结直肠癌（CRC）中的表达模式及其生物学功能，并评估了其在CRC发展中的作用。	本研究首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了APOC1在CRC组织中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中过表达，并通过体外敲低方法验证了APOC1抑制对CRC细胞生长和迁移的影响。	研究主要集中在体外实验，未来需要进一步的体内实验来验证APOC1作为治疗靶点的有效性。	研究APOC1基因在结直肠癌中的表达及其对疾病进展的影响，并探索其作为潜在治疗靶点的可能性。	APOC1基因在结直肠癌中的表达及其与疾病进展的关系。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括结直肠癌组织、周围正常结直肠组织、肝转移癌组织和正常肝组织。