单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 4461 - 4480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4461 | 2024-08-05 |
Analysis of Single-Cell RNA-seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_6
PMID:36929075
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研究论文 | 本章节描述了单细胞RNA测序数据的标准分析工作流程和相关工具 | 介绍了一套标准工作流程并提供代码示例以指导分析 | 没有提及分析工具的具体限制 | 提供单细胞RNA测序数据分析的工具和方法 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 数据分析 | NA |
| 4462 | 2024-08-05 |
Innate immune biology in age-related macular degeneration
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1118524
PMID:36926522
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综述 | 这篇文章讨论了先天免疫系统在年龄相关性黄斑变性中的作用 | 探讨了最近在单细胞转录组学方面的发展，帮助推进对年龄相关性黄斑变性的理解和治疗 | 未提及具体的研究限制 | 研究年龄相关性黄斑变性中的先天免疫生物学 | 探讨感染在年龄相关性黄斑变性中的具体成分和作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 4463 | 2024-08-05 |
A Primer on Preprocessing, Visualization, Clustering, and Phenotyping of Barcode-Based Spatial Transcriptomics Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_7
PMID:36929076
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研究论文 | 本文回顾了基于条形码的空间转录组数据的预处理、可视化、聚类和表型分析的算法 | 聚焦于分析基于条形码的RNA定量技术，并探讨其分析面临的挑战和未满足的需求 | 未详细讨论每种算法的具体实现细节 | 旨在探讨空间转录组(ST)数据分析中的关键步骤和现存挑战 | 主要关注空间转录组数据，特别是条形码基础的RNA量化技术 | 数字病理学 | 复杂疾病 | 条形码空间转录组技术 | NA | RNA定量数据 | NA |
| 4464 | 2024-08-05 |
Multi-omics Data Deconvolution and Integration: New Methods, Insights, and Translational Implications
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_1
PMID:36929070
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研究论文 | 本文讨论了多组学数据解卷积和整合的新方法及其转化意义 | 提出了新的统计方法，旨在不断提高对人类基因组及其下游结果的理解 | 在数据整合和转化应用方面仍面临挑战 | 深入理解人类基因组的变化和动态调控 | 来自基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组的数据 | 数字病理学 | NA | 新测定技术 | NA | 多组学数据 | 大规模异质样本 |
| 4465 | 2024-08-05 |
Identification of copper metabolism-related subtypes and establishment of the prognostic model in ovarian cancer
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1145797
PMID:36950684
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研究论文 | 本文研究铜代谢相关基因对卵巢癌预后的影响，识别了不同的铜代谢亚型，并建立了预后模型 | 首次建立了一个铜代谢相关基因预后特征签名，用于预测卵巢癌患者的生存期 | 缺乏大规模临床试验的验证，外部验证主要依赖于GSE63885队列 | 探讨铜代谢基因在卵巢癌预后评估中的作用 | 卵巢癌患者及其铜代谢相关基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、定量实时PCR（qRT-PCR） | Lasso-Cox模型 | 基因表达数据 | TCGA和GSE63885队列中的多名卵巢癌患者 |
| 4466 | 2024-08-05 |
A theoretical framework of immune cell phenotypic classification and discovery
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1128423
PMID:36936975
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研究论文 | 提出了一个基于基因可塑性的免疫细胞表型分类的理论框架 | 提出了通过表型可分层和基因可塑性来分类免疫细胞的创新性方法 | 研究主要依赖于转录组数据分析，可能未考虑所有免疫细胞的复杂性 | 研究免疫细胞的多样化表型及其内在调控机制 | 人类CD4及CD8单阳性T细胞、B细胞、自然杀伤细胞和单核细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成千上万的已知免疫表型 |
| 4467 | 2024-08-05 |
Trends and Potential of Machine Learning and Deep Learning in Drug Study at Single-Cell Level
2023, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0050
PMID:36930772
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评论 | 本文回顾了机器学习和深度学习在单细胞药物研究中的应用前景 | 探讨了单细胞药物敏感性分析与单细胞测序数据分析之间的技术差距 | 主要集中在已有的单细胞数据上，可能忽略了其他关键因素 | 探索单细胞数据水平上药物研究的趋势和潜力 | 分析癌细胞系和单细胞数据中的药物研究应用 | 机器学习 | 癌症 | 机器学习技术 | 深度学习 | 单细胞数据 | NA |
| 4468 | 2024-08-05 |
Cell-Type Deconvolution of Bulk DNA Methylation Data with EpiSCORE
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_3
PMID:36929072
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研究论文 | 本文介绍了使用EpiSCORE法进行大规模DNA甲基化数据的细胞类型反卷积 | 提出了一种基于参考的方法EpiSCORE，利用单细胞RNA-Seq数据的高分辨率特性 | 未提及具体的限制 | 通过计算方法有效解析大规模DNA甲基化数据中的细胞类型异质性 | 涉及到多种不同细胞类型的组织样本 | 数字病理学 | NA | NA | NA | DNA甲基化数据 | NA |
| 4469 | 2024-08-05 |
Autophagy-related gene LAPTM4B promotes the progression of renal clear cell carcinoma and is associated with immunity
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1118217
PMID:36937841
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研究论文 | 本研究证明自噬相关基因LAPTM4B在肾透明细胞癌的肿瘤免疫微环境中起关键作用 | 首次将LAPTM4B基因与肾透明细胞癌的自噬和免疫微环境关联起来 | 研究未涉及更大样本量或长期随访数据 | 探索肾透明细胞癌中的自噬机制及其免疫微环境 | 基于TCGA-KIRC队列分析和细胞实验，研究LAPTM4B在肾细胞癌中的作用 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序、western blot | NA | 基因表达数据 | 分析TCGA-KIRC队列，细胞实验未明确样本数量 |
| 4470 | 2024-08-08 |
Characterization of immature ovarian teratomas through single-cell transcriptome
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1131814
PMID:36936909
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了未成熟卵巢畸胎瘤的异质性、进化轨迹和细胞间通讯 | 首次在单细胞水平上揭示了未成熟卵巢畸胎瘤的异质性和进化过程，并探讨了免疫细胞在肿瘤微环境中的作用 | 研究样本量有限，且仅限于未成熟卵巢畸胎瘤 | 探究未成熟卵巢畸胎瘤的单细胞水平特征及其在肿瘤微环境中的作用 | 未成熟卵巢畸胎瘤及其衍生的干细胞系 | 数字病理学 | 恶性生殖细胞肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 共分析了22,153个细胞，来自三个患者样本 |
| 4471 | 2024-08-08 |
Construction of a lipid metabolism-related risk model for hepatocellular carcinoma by single cell and machine learning analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1036562
PMID:36936948
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和机器学习算法构建了一个与脂质代谢相关基因（LMRGs）有关的风险模型，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后 | 首次使用单细胞RNA测序和批量RNA测序构建LMRG相关风险评分模型，为HCC患者的预测、预防和个性化医疗提供新策略 | NA | 开发一种新的LMRG预后模型，并研究其在预测、预防和个性化医学中的应用 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归 | RNA测序数据 | 使用TCGA和ICGC数据集中的HCC样本 |
| 4472 | 2024-08-08 |
Identification of genes related to immune enhancement caused by heterologous ChAdOx1-BNT162b2 vaccines in lymphocytes at single-cell resolution with machine learning methods
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1131051
PMID:36936955
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析了异源ChAdOx1-BNT162b2疫苗在淋巴细胞中诱导的免疫增强相关基因 | 首次详细研究了异源疫苗接种策略对不同免疫细胞类型基因表达的影响，并利用多种高级特征选择方法和分类算法构建了计算框架 | NA | 探讨异源ChAdOx1-BNT162b2疫苗接种策略对免疫反应的影响机制 | 异源和同源疫苗接种后的淋巴细胞基因表达差异 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 决策树, 随机森林 | 基因表达数据 | 3654个B细胞, 8212个CD4 T细胞, 5608个CD8 T细胞 |
| 4473 | 2024-08-08 |
Regulation of microglia function by neural stem cells
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1130205
PMID:36937181
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综述 | 本文综述了神经干细胞（NPCs）如何通过调节小胶质细胞的生物学功能来发挥免疫调节作用 | 探讨了NPCs在发育、损伤和退化中枢神经系统中调节小胶质细胞命运的作用，并回顾了NPCs特异性介质对小胶质细胞生物学的调节作用 | NA | 探讨NPCs在中枢神经系统再生和修复中的免疫调节作用 | 神经干细胞（NPCs）和小胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序和其他'omics' | NA | NA | NA |
| 4474 | 2024-08-08 |
Hepatocellular carcinoma subtypes based on metabolic pathways reveals potential therapeutic targets
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1086604
PMID:36937389
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研究论文 | 本研究通过分析肝细胞癌（HCC）患者的单细胞RNA测序数据，识别了基于代谢途径的HCC亚型，并筛选了潜在的治疗靶点 | 首次基于代谢途径对HCC细胞进行亚型分类，并揭示了与免疫抑制微环境相关的代谢亚型 | NA | 研究HCC的代谢异质性及其与治疗结果的关系 | HCC患者的肝细胞癌组织及其代谢特征 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 48名HCC患者和14名健康对照 |
| 4475 | 2024-08-08 |
Identification of anoikis-related molecular patterns to define tumor microenvironment and predict immunotherapy response and prognosis in soft-tissue sarcoma
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1136184
PMID:36937870
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研究论文 | 本研究通过分析34个与细胞凋亡相关的基因在软组织肉瘤中的表达模式，揭示了其在肿瘤微环境中的作用及对免疫治疗反应和预后的预测价值 | 本研究首次建立了基于细胞凋亡相关基因的评分系统，用于预测软组织肉瘤患者的预后和免疫治疗反应 | NA | 探究细胞凋亡在软组织肉瘤中的分子机制及其对免疫治疗反应和预后的影响 | 软组织肉瘤患者的细胞凋亡相关基因表达及临床特征 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 基因组和转录组分析 | 无监督共识聚类分析 | 基因表达数据 | 34个细胞凋亡相关基因在泛癌和软组织肉瘤患者中的分析 |
| 4476 | 2024-08-08 |
ScRNA-seq revealed targeting regulator of G protein signaling 1 to mediate regulatory T cells in Hepatocellular carcinoma
2023, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.3233/CBM-220226
PMID:36938729
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了调节性T细胞在肝细胞癌中的基因表达，特别是RGS1基因的作用 | 首次揭示了RGS1在调节性T细胞中的高表达与肝细胞癌患者不良预后相关，并可能通过CXCR4信号通路调节Treg功能 | NA | 旨在识别用于靶向调节性T细胞以改善肝细胞癌治疗效果的基因 | 调节性T细胞在肝细胞癌中的基因表达 | digital pathology | 肝细胞癌 | scRNA-seq | NA | RNA | 两个独立的公共scRNA-seq数据集 |
| 4477 | 2024-08-08 |
scAnnotate: an automated cell-type annotation tool for single-cell RNA-sequencing data
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad030
PMID:36949780
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scAnnotate的自动化细胞类型注释工具，该工具利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的dropout信息进行细胞类型区分 | scAnnotate是首个明确利用dropout信息进行细胞注释的方法，通过混合模型描述每个基因的边际分布，并结合集成机器学习方法进行细胞类型注释 | NA | 开发一种能够充分利用scRNA-seq数据中dropout信息的自动化细胞类型注释工具 | scRNA-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 混合模型 | 基因表达数据 | 14个真实的scRNA-seq数据集 |
| 4478 | 2024-08-08 |
Prognostic and immunological characteristics of CDK1 in lung adenocarcinoma: A systematic analysis
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1128443
PMID:36950551
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研究论文 | 本文系统分析了CDK1在肺腺癌中的预后和免疫学特征 | 首次全面评估了26种CDKs在肺腺癌中的表达谱和预后特征，并深入探讨了CDK1与临床特征及肿瘤免疫微环境因素的关系 | NA | 阐明CDKs在肺腺癌中的临床意义及其与肿瘤免疫微环境的相互作用 | CDK1在肺腺癌中的表达、预后特征及其与免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA表达、体细胞突变、拷贝数变异和单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 涉及多个公共数据集中的样本 |
| 4479 | 2024-08-05 |
Impact of dual-baculovirus infection on the Sf9 insect cell transcriptome during rAAV production using single-cell RNA-seq
2023-09, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28377
PMID:36919374
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研究论文 | 本研究分析了双昆虫病毒感染对Sf9昆虫细胞在rAAV生产期间的转录组的影响 | 首次应用单细胞RNA测序(scRNA-seq)于IC-BEVS，揭示了细胞群体中个体细胞的显著变异 | 在感染24小时后，仅29.4%的细胞包含生产rAAV2颗粒所需的所有三个转基因，说明双昆虫病毒系统的局限性 | 研究昆虫细胞在rAAV生产中的转录组变化及其对产品品质的影响 | Sf9昆虫细胞及其在生产rAAV2过程中的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |
| 4480 | 2024-08-05 |
Single-cell Sequence Analysis Combined with Multiple Machine Learning to Identify Markers in Sepsis Patients: LILRA5
2023-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-023-01803-8
PMID:36920635
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研究论文 | 本文通过单细胞测序分析结合多种机器学习方法识别脓毒症患者的标志物LILRA5。 | 提出了结合单细胞层面和多种机器学习算法来识别脓毒症相关的标志基因，特别是LILRA5的诊断价值，表明LILRA5在脓毒症患者中的潜在应用。 | 本研究的样本量有限，主要集中在某些数据集的外部验证，可能不代表所有脓毒症患者的特征。 | 本研究旨在深入探索脓毒症患者的特定细胞亚群与疾病标志物。 | 研究对象为脓毒症感染的外周血单细胞，重点关注脓毒症表型的单核细胞。 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞测序 | 随机森林、支持向量机、最小绝对收缩和选择算子 | 细胞数据 | 29个外周血单细胞测序数据，包括来自10个脓毒症样本和19个健康样本的66,283个细胞 |