单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 4421 - 4440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4421 | 2024-08-08 |
SoCube: an innovative end-to-end doublet detection algorithm for analyzing scRNA-seq data
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad104
PMID:36941114
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SoCube的新型深度学习算法，用于精确检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的双峰现象 | SoCube提出了一种新颖的3D复合特征嵌入策略，并构建了多核、多通道的CNN集成架构，以提高双峰检测的泛化性能 | NA | 开发一种能够精确检测scRNA-seq数据中双峰现象的新算法 | scRNA-seq数据中的双峰现象 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | CNN | 基因表达数据 | NA |
| 4422 | 2024-08-08 |
Prioritizing prognostic-associated subpopulations and individualized recurrence risk signatures from single-cell transcriptomes of colorectal cancer
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad078
PMID:36946415
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRankXMBD的计算框架，用于从结直肠癌的单细胞转录组数据中优先识别与预后相关的细胞亚群，并开发了个体化的复发风险基因对签名。 | scRankXMBD框架通过基因对的相对表达顺序在单细胞转录组数据中优先识别预后相关细胞亚群，与现有五种方法相比，具有更高的精确度和一致性。 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）由于成本高昂，在大规模队列中的应用受限，且大多数单细胞实验缺乏临床表型信息。 | 开发一种新的计算框架，用于从单细胞转录组数据中识别结直肠癌患者的预后相关细胞亚群和个体化复发风险签名。 | 结直肠癌患者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 计算框架 | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 4423 | 2024-08-08 |
Neuronal identity defines α-synuclein and tau toxicity
2023-05-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.02.033
PMID:36948206
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研究论文 | 本文探讨了人类大脑数据集中细胞类型特异性的α-突触核蛋白和tau表达，并利用果蝇大脑的全脑单细胞RNA测序研究了不同细胞环境对α-突触核蛋白或tau毒性的反应 | 发现了与α-突触核蛋白或tau表达水平无关的差异性神经元脆弱性，并预测了人类神经元亚型对病理性α-突触核蛋白或tau的内在易感性 | NA | 确定哪些细胞环境对α-突触核蛋白或tau毒性反应最强烈，并揭示神经退行性相关毒性蛋白的修饰因子 | 人类大脑中的α-突触核蛋白和tau表达，以及果蝇大脑中的神经元类型 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过200种活神经元类型 |
| 4424 | 2024-08-08 |
The Cellular Landscape of Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension Revealed by Single-Cell Sequencing: Therapeutic Implications?
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202302-0326ED
PMID:36952236
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4425 | 2024-08-05 |
Interference of sympathetic overactivation restores limbal stem/progenitor cells function and accelerates corneal epithelial wound healing in diabetic mice
2023-May, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.114523
PMID:36931034
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研究论文 | 本文探讨了交感神经过度激活对糖尿病小鼠角膜上皮再生和角膜缘干/祖细胞功能的影响 | 首次揭示了交感神经过度激活通过NE-Adrb2-Shh信号通路影响糖尿病角膜缘干/祖细胞功能和上皮再生 | 尚未完全阐明糖尿病角膜病变的发病机制，样本限制于动物模型 | 研究交感神经过度激活在糖尿病角膜上皮再生中的作用 | 糖尿病小鼠及人类角膜中的角膜缘干/祖细胞 | 数字病理学 | 糖尿病角膜病 | 单细胞测序和实时PCR | NA | NA | 糖尿病小鼠和人类角膜样本 |
| 4426 | 2024-08-05 |
Gender differences in smoking-induced changes in the tumor immune microenvironment
2023-05-01, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2023.109579
PMID:36933758
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研究论文 | 本研究评估了性别和吸烟对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次揭示了吸烟对肿瘤免疫微环境的性别特异性差异 | 研究可能受到公开数据集的局限，不能完全代表所有癌症患者 | 探讨吸烟对肿瘤免疫微环境的影响与性别的关系 | 分析男性和女性癌症患者中吸烟对免疫细胞类型的影响 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因组数据 | TCGA数据集（n = 2724），expO数据集（n = 1118），单细胞RNA-seq（n = 14） |
| 4427 | 2024-08-05 |
METTL3 (Methyltransferase Like 3)-Dependent N6-Methyladenosine Modification on Braf mRNA Promotes Macrophage Inflammatory Response and Atherosclerosis in Mice
2023-05, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318451
PMID:36951060
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研究论文 | 本研究探讨了METTL3对巨噬细胞中Braf mRNA的N6-甲基腺苷修饰如何促进小鼠的炎症反应和动脉粥样硬化 | 首次揭示了METTL3在巨噬细胞中促进超脂血症诱导的动脉粥样硬化和炎症反应的作用 | 本研究主要基于小鼠模型，临床相关性尚待进一步验证 | 阐明METTL3在巨噬细胞中的作用及其对动脉粥样硬化进展的影响 | 使用Mettl3fl/fl Lyz2cre Apoe-/-小鼠模型来研究巨噬细胞中的METTL3 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、m6A甲基化RNA免疫沉淀测序、qPCR | NA | RNA | Mettl3fl/fl Lyz2cre Apoe-/-小鼠和对照小鼠，各组涉及数十只小鼠 |
| 4428 | 2024-08-08 |
Dissecting the heterogeneities of the tumor microenvironment between metastatic and nonmetastatic primary colorectal cancer patients by single-cell RNA sequencing
2023-May-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.121576
PMID:36933827
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了转移性和非转移性结直肠癌患者的肿瘤微环境异质性 | 揭示了转移性结直肠癌中癌细胞和成纤维细胞的特定亚型及其功能和分化特征 | 研究仅限于单细胞水平的数据分析，未涉及临床治疗效果的验证 | 深入研究结直肠癌转移的驱动因素，以提高预测和预防结直肠癌转移的方法和药物 | 转移性和非转移性结直肠癌患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 50,462个单细胞来自20个原发性结直肠癌样本，包括40,910个非转移性结直肠癌细胞和9552个转移性结直肠癌细胞 |
| 4429 | 2024-08-08 |
A single-cell census of mouse limb development identifies complex spatiotemporal dynamics of skeleton formation
2023-04-10, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.02.013
PMID:36931270
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠前肢发育过程中的细胞状态，揭示了骨骼形成的复杂时空动态模式 | 首次识别出一种原始的肢芽前体细胞，并展示了它们在三维空间中非连续的复杂分化模式 | NA | 探索小鼠肢体发育过程中骨骼形成的时空动态 | 小鼠前肢发育中的细胞分化过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个发育中的小鼠前肢样本 |
| 4430 | 2024-08-08 |
ROS Induction Targets Persister Cancer Cells with Low Metabolic Activity in NRAS-Mutated Melanoma
2023-04-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1826
PMID:36946761
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了NRAS突变型黑色素瘤细胞通过采用间充质表型和静息代谢程序来抵抗MEK抑制剂诱导的细胞应激，并发现这些细胞对ROS诱导高度敏感，提出联合使用ROS诱导剂和MEK抑制剂可以有效抑制肿瘤生长和转移。 | 本文首次揭示了NRAS突变型黑色素素瘤细胞通过代谢适应抵抗MEK抑制剂，并发现ROS诱导剂可以作为新的治疗策略。 | 本文主要基于体外实验和异种移植模型，需要进一步的临床试验验证。 | 探索NRAS突变型黑色素瘤的治疗新策略。 | NRAS突变型黑色素瘤细胞及其代谢适应性。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 多组学分析 | NA | RNA测序数据 | 62个人类转移性黑色素瘤样本和486个癌细胞系 |
| 4431 | 2024-08-05 |
scMCs: a framework for single-cell multi-omics data integration and multiple clusterings
2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad133
PMID:36929930
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研究论文 | 提出了一种单细胞数据融合的多重聚类方法scMCs，能够同时建模单细胞转录组学和表观遗传学数据，并探索多种不同的聚类 | scMCs通过挖掘特定于组学和跨组学一致的表示，并将其融合为共同嵌入表示，从而加强了聚类的多样性和质量 | 该方法的局限性在于当前尚未解决所有单细胞数据的噪音和稀疏性问题 | 该研究旨在整合单细胞多组学数据，以揭示不同细胞类型和状态的调控基础 | 研究对象为单细胞转录组学和表观遗传学数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞数据 | NA |
| 4432 | 2024-08-05 |
A comparative gene expression matrix in Apoe-deficient mice identifies unique and atherosclerotic disease stage-specific gene regulation patterns in monocytes and macrophages
2023-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本研究探讨了缺乏载脂蛋白E的小鼠中单核细胞和巨噬细胞在动脉粥样硬化过程中基因表达的变化 | 提供了特定病变和病程阶段的基因调控模式的比较目录，揭示了不同细胞类型的基因调控交汇程度意外地低 | 仅在小鼠模型中进行研究，且数据的广泛适用性尚待验证 | 描述动脉粥样硬化过程中巨噬细胞和单核细胞的基因表达变化 | 模型小鼠中的主动脉巨噬细胞、腹膜巨噬细胞和循环单核细胞 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 缺乏载脂蛋白E的小鼠样本和动脉粥样硬化斑块来自小鼠和人类 |
| 4433 | 2024-08-08 |
A single-cell transcriptome atlas profiles early organogenesis in human embryos
2023-04, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01108-w
PMID:36928764
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研究论文 | 本研究通过分析超过180,000个单细胞转录组，生成了一个包含313个集群的综合图谱，涵盖18个发育系统，并结合空间转录组数据，揭示了人类胚胎早期器官发生中未被充分认识的细胞类型及其分子和空间结构。 | 本研究首次生成了人类胚胎早期器官发生的单细胞转录组图谱，结合空间转录组数据，揭示了先前未被充分认识的细胞类型及其分子和空间结构。 | NA | 揭示人类胚胎早期器官发生的细胞多样性和分子结构。 | 4-6周的人类胚胎及其器官发生过程。 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过180,000个单细胞 |
| 4434 | 2024-08-08 |
A single-cell gene expression atlas of human follicular aspirates: Identification of leukocyte subpopulations and their paracrine factors
2023-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201746RR
PMID:36934419
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类卵泡抽吸物中的基因表达，识别了白细胞亚群及其旁分泌因子 | 首次在人类卵泡中详细描述了白细胞亚群及其与卵泡细胞的相互作用，并揭示了多种白细胞衍生因子对卵泡细胞功能的直接影响 | 研究样本仅来自四名IVF患者，可能限制了结果的普遍性 | 探索人类卵泡中白细胞亚群及其与卵泡细胞的相互作用，以及这些相互作用对卵泡功能的影响 | 人类卵泡抽吸物中的白细胞亚群及其基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四名IVF患者的卵泡抽吸物 |
| 4435 | 2024-08-08 |
A Single-Cell RNA-Sequencing Analysis of Distinct Subsets of Synovial Macrophages in Rheumatoid Arthritis
2023-Apr, DNA and cell biology
IF:2.6Q2
DOI:10.1089/dna.2022.0509
PMID:36940312
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析类风湿性关节炎患者滑膜组织中巨噬细胞的不同亚群及其分子特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出类风湿性关节炎滑膜组织中三种巨噬细胞亚群，并分析了它们的分子特征和空间分布 | 研究仅限于分析巨噬细胞的亚群和分子特征，未涉及这些亚群在临床治疗中的具体应用 | 旨在识别类风湿性关节炎滑膜组织中特定的巨噬细胞亚群及其特征，为治疗类风湿性关节炎提供理论基础 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜细胞样本 |
| 4436 | 2024-08-08 |
Evaluate the developmental competence of human 8-cell embryos by single-cell RNA sequencing
2023-04-01, Reproduction & fertility
DOI:10.1530/RAF-22-0119
PMID:36943184
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术评估了人类8细胞胚胎的发育能力，分析了基因表达与胚胎发育能力之间的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了8细胞胚胎中基因表达与发育能力之间的关联，并识别了324个差异表达基因 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定患者群体 | 探讨人类8细胞胚胎的基因表达与发育能力之间的关系 | 人类8细胞胚胎的单个卵裂球 | 生殖医学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 20个卵裂球来自7名患者，10个卵裂球来自4名患者 |
| 4437 | 2024-08-08 |
Investigating Thymic Epithelial Cell Diversity Using Systems Biology
2023-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200610
PMID:36947816
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综述 | 本文综述了利用系统生物学方法研究胸腺上皮细胞多样性的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术揭示胸腺上皮细胞的异质性及其在T细胞发育中的作用 | NA | 探讨胸腺上皮细胞的新亚型及其在支持T细胞发育中的多样性 | 胸腺上皮细胞及其在T细胞发育中的作用 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 4438 | 2024-08-08 |
Single-cell and spatial transcriptomics during human organogenesis
2023-04, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01113-z
PMID:36949166
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4439 | 2024-08-05 |
AllenDigger, a Tool for Spatial Expression Data Visualization, Spatial Heterogeneity Delineation, and Single-Cell Registration Based on the Allen Brain Atlas
2023-Mar-30, The journal of physical chemistry. A
DOI:10.1021/acs.jpca.3c00145
PMID:36926884
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研究论文 | 本文介绍了一种用于空间基因表达数据可视化和单细胞注册的工具AllenDigger | 开发了一个工具包，可以方便地收集和预处理来自Allen脑图谱的表达数据，并允许可视化和表征大脑的空间异质性 | 本文讨论了一些技术挑战和尚不成熟的数据分析方法 | 研究空间转录组学在生物学中的应用，特别是大脑的空间基因表达 | 研究对象为小鼠大脑在不同发育阶段的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 机器学习方法 | 图像 | NA |
| 4440 | 2024-08-05 |
JAK-STAT activation contributes to cytotoxic T cell-mediated basal cell death in human chronic lung allograft dysfunction
2023-03-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.167082
PMID:36946463
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研究论文 | 该研究探讨了JAK-STAT信号通路在慢性肺移植物功能障碍中的作用 | 首次确定了JAK-STAT信号传导激活导致气道基底细胞死亡的机制 | 缺乏临床试验数据以支持研究发现 | 阐明慢性肺移植物功能障碍的发病机制 | 人类慢性肺移植物功能障碍患者的肺移植物组织 | 数字病理学 | 肺移植物功能障碍 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | NA | 组织样本 | 组成慢性肺移植物功能障碍患者的多个组织样本 |