单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 4401 - 4420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4401 | 2024-08-05 |
GoM DE: interpreting structure in sequence count data with differential expression analysis allowing for grades of membership
2023-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.03.531029
PMID:36945441
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研究论文 | 本文扩展了差异表达分析方法，以允许细胞部分归属于多个组，称为会员等级差异表达（GoM DE） | 该研究通过GoM DE方法改进了单细胞测序数据集中结构的解释能力，尤其是在处理部分归属的细胞时 | 本文未明确讨论方法在其他类型测序数据集上的适用性 | 研究旨在提高对单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据集中各主题的注释能力 | 主要研究单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据集 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, ATAC-seq | NA | 序列计数数据 | NA |
| 4402 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals Müller glia coordinate retinal intercellular communication during light/dark adaptation via thyroid hormone signaling
2023-08-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwad007
PMID:36930538
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠视网膜在光照与黑暗适应过程中的细胞类型特异性转录组变化 | 首次揭示了Müller胶质细胞在光照与黑暗适应过程中通过甲状腺激素信号协调视网膜细胞间通讯的作用 | NA | 探究视网膜细胞在光照与黑暗适应过程中的细胞和分子水平上的相互作用 | 小鼠视网膜细胞在光照与黑暗适应过程中的转录组变化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠视网膜细胞 |
| 4403 | 2024-08-05 |
RHAMM marks proliferative subpopulation of human colorectal cancer stem cells
2023-Jul, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15795
PMID:36945114
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研究论文 | 本研究报告了RHAMM在结直肠癌干细胞亚群中的表达 | 发现RHAMM作为结直肠癌干细胞特定标记物，能够识别具有高度增殖特性的细胞亚群 | 未在不同类型的肿瘤中验证RHAMM的作用 | 识别结直肠癌干细胞的特征分子以理解肿瘤异质性 | 探讨人结直肠癌组织中的RHAMM+CD44+细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | 类器官模型 | 细胞 | 人结直肠癌组织中的RHAMM+CD44+细胞 |
| 4404 | 2024-08-08 |
Multiple Fibroblast Subtypes Contribute to Matrix Deposition in Pulmonary Fibrosis
2023-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0292OC
PMID:36927333
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了肺纤维化模型中不同成纤维细胞亚型的基因特征，并探讨了它们在肺纤维化中的作用 | 首次确认了多种成纤维细胞亚型在肺纤维化中的作用，并识别了特定细胞表面蛋白，有助于开发针对肺纤维化的治疗策略 | NA | 探讨成纤维细胞亚型在肺纤维化中的作用，并为开发治疗肺纤维化的药物提供新思路 | 肺纤维化模型中的成纤维细胞亚型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括小鼠模型和人类肺纤维化疾病样本 |
| 4405 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rubber tree response to early powdery mildew infection
2023-07, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.14585
PMID:36929646
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了橡胶树叶片在白粉病早期感染过程中的转录组变化 | 首次构建了橡胶树叶片的单细胞图谱，并揭示了白粉病感染下细胞群的独特基因表达模式 | NA | 探究橡胶树在白粉病早期感染下的细胞和分子响应机制 | 橡胶树叶片在白粉病感染下的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及10种细胞类型 |
| 4406 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling identifies a novel human polyclonal unconventional T cell lineage
2023-06-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20220942
PMID:36939517
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术，鉴定了人类血液中一种新的多克隆非传统T细胞系 | 首次在人类血液中发现并描述了一种新的非传统T细胞系，该细胞系具有独特的转录组特征和多克隆TCR谱 | NA | 鉴定和描述人类血液中的非传统T细胞系 | 非传统T细胞系及其在血液和肠道组织中的分布 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 4407 | 2024-08-08 |
CCL5-producing migratory dendritic cells guide CCR5+ monocytes into the draining lymph nodes
2023-06-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20222129
PMID:36946983
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研究论文 | 研究探讨了树突状细胞（DCs）和单核细胞在淋巴结中的迁移机制，特别是CCL5产生的迁移性树突状细胞如何引导CCR5+单核细胞进入引流淋巴结（LNs）。 | 首次揭示了迁移性树突状细胞通过分泌CCL5引导CCR5+单核细胞进入淋巴结的机制。 | 研究主要集中在稳态和吸入多种病原体相关分子模式（PAMPs）后的情况，未涵盖所有可能的生理和病理条件。 | 阐明树突状细胞和单核细胞在淋巴结中的迁移和功能机制。 | 树突状细胞（DCs）和单核细胞在淋巴结中的迁移和功能。 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及多种基因缺陷小鼠模型 |
| 4408 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Unifies Developmental Programs of Esophageal and Gastric Intestinal Metaplasia
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-0824
PMID:36929873
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序构建了整个胃肠道的图谱，包括生理正常和病理状态，以研究食管和胃的肠上皮化生的发展轨迹。 | 本文首次展示了食管和胃的肠上皮化生共享分子特征，并提出了这些病变在分子水平上的相似性，为共同的检测和治疗策略提供了可能。 | NA | 研究食管和胃的肠上皮化生的发展轨迹及其分子相似性。 | 食管和胃的肠上皮化生（BE-IM和GIM）及其相关病理状态。 | 数字病理学 | 胃肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及整个胃肠道的生理正常和病理状态样本 |
| 4409 | 2024-08-05 |
IL-6 in the infarcted heart is preferentially formed by fibroblasts and modulated by purinergic signaling
2023-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI163799
PMID:36943408
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研究论文 | 本文研究了心肌梗死后IL-6的主要来源及其调节机制。 | 发现心脏成纤维细胞是IL-6的主要来源，并揭示了腺苷信号在IL-6产生中的调节作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，缺乏大规模临床数据支持。 | 本研究旨在探讨心肌梗死后IL-6的细胞来源及其调节机制。 | 研究对象为小鼠和人类心肌梗死后的心脏细胞。 | 心血管疾病 | 心肌梗死 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 蛋白质，RNA | 小鼠和人类心脏样本 |
| 4410 | 2024-08-05 |
DNER and GNL2 are differentially m6A methylated in periodontitis in comparison with periodontal health revealed by m6A microarray of human gingival tissue and transcriptomic analysis
2023-Jun, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.13117
PMID:36941720
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研究论文 | 这项研究旨在探讨牙周炎患者与健康对照者之间牙龈组织中N6-甲基腺苷（m6A）甲基化的表观基因组模式差异，并识别潜在生物标志物 | 本研究揭示了独特的m6A表观转录组，识别并验证了两个与牙周炎相关的生物标志物（DNER和GNL2） | 本研究的样本数量有限，仅包括八名参与者，可能影响结果的普遍性 | 研究牙周炎与健康之间牙龈组织中m6A甲基化的差异 | 研究对象为诊断为牙周炎的患者及健康对照者 | 数字病理 | 牙周炎 | m6A微阵列 | NA | 基因表达数据 | 8名参与者（4名牙周炎患者和4名健康对照者） |
| 4411 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing reveals the transcriptional landscape of ND-42 mediated spermatid elongation via mitochondrial derivative maintenance in Drosophila testes
2023-06, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2023.102671
PMID:36933391
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了ND-42通过维持线粒体衍生物在果蝇睾丸中精子细胞伸长的转录景观 | 首次揭示了ND-42在精子细胞伸长过程中对线粒体衍生物维持的新型调控机制 | NA | 探究果蝇精子细胞伸长过程中线粒体的调控机制 | 果蝇睾丸中的精子细胞和线粒体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15个不同的细胞集群 |
| 4412 | 2024-08-08 |
Mural cell composition and functional analysis in the healing process of human gingiva from periodontal intrabony defects
2023-Jun, Archives of oral biology
IF:2.2Q2
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研究论文 | 评估人类牙龈组织中壁细胞群的组成和功能 | 识别并确认了两种壁细胞亚群，RGS5+THY1+和ACTA2+MYH11+，并通过单细胞RNA测序和组织学染色进行了验证 | 研究样本仅限于七名牙周炎（Ⅲ期）患者，可能影响结果的普遍性 | 研究牙龈组织愈合过程中壁细胞的组成和功能 | 人类牙龈组织中的壁细胞 | NA | 牙周病 | 单细胞RNA测序（10X基因组学） | NA | 基因表达数据 | 七名牙周炎（Ⅲ期）患者 |
| 4413 | 2024-08-05 |
A universal framework for single-cell multi-omics data integration with graph convolutional networks
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad081
PMID:36929841
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研究论文 | 本研究提出了一种基于图卷积网络的单细胞多组学数据整合的通用框架 | 创新性地提出了GCN-SC框架，利用互近邻算法和图卷积网络有效整合不同的单细胞组学数据 | 未提及特定的局限性 | 旨在解决单细胞多组学数据整合中的挑战 | 涉及六个不同的单细胞数据集 | 数字病理学 | NA | 图卷积网络 | GCN | 单细胞组学数据 | 六个数据集 |
| 4414 | 2024-08-08 |
SoCube: an innovative end-to-end doublet detection algorithm for analyzing scRNA-seq data
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad104
PMID:36941114
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SoCube的新型深度学习算法，用于精确检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的双峰现象 | SoCube提出了一种新颖的3D复合特征嵌入策略，并构建了多核、多通道的CNN集成架构，以提高双峰检测的泛化性能 | NA | 开发一种能够精确检测scRNA-seq数据中双峰现象的新算法 | scRNA-seq数据中的双峰现象 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | CNN | 基因表达数据 | NA |
| 4415 | 2024-08-08 |
Prioritizing prognostic-associated subpopulations and individualized recurrence risk signatures from single-cell transcriptomes of colorectal cancer
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad078
PMID:36946415
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRankXMBD的计算框架，用于从结直肠癌的单细胞转录组数据中优先识别与预后相关的细胞亚群，并开发了个体化的复发风险基因对签名。 | scRankXMBD框架通过基因对的相对表达顺序在单细胞转录组数据中优先识别预后相关细胞亚群，与现有五种方法相比，具有更高的精确度和一致性。 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）由于成本高昂，在大规模队列中的应用受限，且大多数单细胞实验缺乏临床表型信息。 | 开发一种新的计算框架，用于从单细胞转录组数据中识别结直肠癌患者的预后相关细胞亚群和个体化复发风险签名。 | 结直肠癌患者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 计算框架 | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 4416 | 2024-08-08 |
Neuronal identity defines α-synuclein and tau toxicity
2023-05-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.02.033
PMID:36948206
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研究论文 | 本文探讨了人类大脑数据集中细胞类型特异性的α-突触核蛋白和tau表达，并利用果蝇大脑的全脑单细胞RNA测序研究了不同细胞环境对α-突触核蛋白或tau毒性的反应 | 发现了与α-突触核蛋白或tau表达水平无关的差异性神经元脆弱性，并预测了人类神经元亚型对病理性α-突触核蛋白或tau的内在易感性 | NA | 确定哪些细胞环境对α-突触核蛋白或tau毒性反应最强烈，并揭示神经退行性相关毒性蛋白的修饰因子 | 人类大脑中的α-突触核蛋白和tau表达，以及果蝇大脑中的神经元类型 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过200种活神经元类型 |
| 4417 | 2024-08-08 |
The Cellular Landscape of Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension Revealed by Single-Cell Sequencing: Therapeutic Implications?
2023-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202302-0326ED
PMID:36952236
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4418 | 2024-08-05 |
Interference of sympathetic overactivation restores limbal stem/progenitor cells function and accelerates corneal epithelial wound healing in diabetic mice
2023-May, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.114523
PMID:36931034
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研究论文 | 本文探讨了交感神经过度激活对糖尿病小鼠角膜上皮再生和角膜缘干/祖细胞功能的影响 | 首次揭示了交感神经过度激活通过NE-Adrb2-Shh信号通路影响糖尿病角膜缘干/祖细胞功能和上皮再生 | 尚未完全阐明糖尿病角膜病变的发病机制，样本限制于动物模型 | 研究交感神经过度激活在糖尿病角膜上皮再生中的作用 | 糖尿病小鼠及人类角膜中的角膜缘干/祖细胞 | 数字病理学 | 糖尿病角膜病 | 单细胞测序和实时PCR | NA | NA | 糖尿病小鼠和人类角膜样本 |
| 4419 | 2024-08-05 |
Gender differences in smoking-induced changes in the tumor immune microenvironment
2023-05-01, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2023.109579
PMID:36933758
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研究论文 | 本研究评估了性别和吸烟对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次揭示了吸烟对肿瘤免疫微环境的性别特异性差异 | 研究可能受到公开数据集的局限，不能完全代表所有癌症患者 | 探讨吸烟对肿瘤免疫微环境的影响与性别的关系 | 分析男性和女性癌症患者中吸烟对免疫细胞类型的影响 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因组数据 | TCGA数据集（n = 2724），expO数据集（n = 1118），单细胞RNA-seq（n = 14） |
| 4420 | 2024-08-05 |
METTL3 (Methyltransferase Like 3)-Dependent N6-Methyladenosine Modification on Braf mRNA Promotes Macrophage Inflammatory Response and Atherosclerosis in Mice
2023-05, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318451
PMID:36951060
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研究论文 | 本研究探讨了METTL3对巨噬细胞中Braf mRNA的N6-甲基腺苷修饰如何促进小鼠的炎症反应和动脉粥样硬化 | 首次揭示了METTL3在巨噬细胞中促进超脂血症诱导的动脉粥样硬化和炎症反应的作用 | 本研究主要基于小鼠模型，临床相关性尚待进一步验证 | 阐明METTL3在巨噬细胞中的作用及其对动脉粥样硬化进展的影响 | 使用Mettl3fl/fl Lyz2cre Apoe-/-小鼠模型来研究巨噬细胞中的METTL3 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、m6A甲基化RNA免疫沉淀测序、qPCR | NA | RNA | Mettl3fl/fl Lyz2cre Apoe-/-小鼠和对照小鼠，各组涉及数十只小鼠 |