单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4361	2024-08-08	Origins of pathological myofibroblasts in lung fibrosis: insights from lineage tracing mouse models in the single-cell RNA sequencing era 2023-06-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00229.2022 PMID:36976924	综述	本文综述了特发性肺纤维化中病理性肌成纤维细胞的起源，基于单细胞RNA测序时代的鼠系追踪模型	利用鼠系追踪方法和单细胞RNA测序技术，探讨了肺纤维化中病理性肌成纤维细胞的潜在来源	本文为综述性质，未提供具体的实验数据或结果	旨在探讨肺纤维化中病理性肌成纤维细胞的起源	特发性肺纤维化中的病理性肌成纤维细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
4362	2024-08-08	Cell Features Reconstruction from Gene Association Network of Single Cell 2023-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00553-3 PMID:36977959	研究论文	本文提出了一种两级方法来重建单细胞特征，通过将原始基因表达特征转换为基因本体特征和基因相互作用特征	本文创新性地提出了基于细胞网络特征矩阵的基因引力计算方法和基因引力熵指数，用于量化基因间的相互作用和单细胞分化的水平	NA	开发一种新的方法来重建单细胞特征，并量化基因间的相互作用	单细胞基因表达特征	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	八个不同的scRNA-seq数据集
4363	2024-08-08	Bayesian cluster analysis 2023-May-15, Philosophical transactions. Series A, Mathematical, physical, and engineering sciences DOI:10.1098/rsta.2022.0149 PMID:36970819	研究论文	本文概述了贝叶斯聚类分析方法，包括基于模型和基于损失的方法，并讨论了核函数或损失选择以及先验设定的重要性	贝叶斯聚类分析不仅提供点估计，还提供聚类结构和每个聚类内模式的不确定性	文章讨论了有限混合和无限混合在基于模型方法中的争议以及对模型误设的稳健性，但主要关注的是边际后验的聚类数量	研究贝叶斯聚类分析在单细胞RNA测序数据中识别潜在细胞类型以研究胚胎细胞发育的应用	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类和潜在细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	数据	NA
4364	2024-08-08	Epithelial cells activate fibroblasts to promote esophageal cancer development 2023-05-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.03.001 PMID:36963399	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）发展过程中上皮细胞和成纤维细胞之间的信号交流机制。	首次报道了ANXA1在上皮细胞中的表达逐渐减少，并通过FPR2受体影响成纤维细胞的稳态，进而促进ESCC的发展。	研究样本仅来自29名患者，可能影响结果的普遍性。	探讨食管鳞状细胞癌发展过程中上皮细胞和成纤维细胞之间的信号交流机制。	食管鳞状细胞癌的多阶段病变。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	79个多阶段食管病变样本
4365	2024-08-05	TAK1 deficiency promotes liver injury and tumorigenesis via ferroptosis and macrophage cGAS-STING signalling 2023-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100695 PMID:36968217	研究论文	这篇文章探讨了肝细胞缺失TAK1如何通过铁死亡和巨噬细胞cGAS-STING信号通路促进肝损伤和肿瘤发生	文章首次揭示了肝细胞铁死亡引起的氧化DNA损伤如何促进巨噬细胞STING激活，从而加剧肝损伤和肿瘤生成	缺乏对肝细胞铁死亡与巨噬细胞STING激活之间精确机制的深入探讨	研究肝细胞铁死亡在自发性肝损伤、纤维化和肿瘤发生中的作用	TAK1缺失的小鼠模型及体外的主要肝细胞和巨噬细胞	数字病理学	肝癌	RNA-Seq	NA	生物样本	TAK1ΔHEP小鼠
4366	2024-08-08	Single-cell transcriptome analysis of male chicken germ cells reveals changes in signaling pathway-related gene expression profiles during mitotic arrest 2023-05, FEBS open bio IF:2.8Q3 DOI:10.1002/2211-5463.13600 PMID:36961279	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了雄性胚胎鸡生殖细胞在有丝分裂停滞期间信号通路相关基因表达谱的变化。	首次揭示了雄性胚胎鸡生殖细胞在有丝分裂停滞期间多个信号通路的转录水平变化，包括BMP、Notch、JAK-STAT、MAPK、Hedgehog和甲状腺激素信号通路。	NA	理解调控有丝分裂停滞的信号通路，为胚胎生殖细胞发育提供新的见解。	雄性胚胎鸡生殖细胞在有丝分裂停滞期间的信号通路动态。	分子生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
4367	2024-08-08	Temporal multimodal single-cell profiling of native hematopoiesis illuminates altered differentiation trajectories with age 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112304 PMID:36961818	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和表位分析与造血干细胞（HSC）特异性谱系追踪的长期功能评估，揭示了年龄对原生造血分化轨迹的影响。	研究首次结合单细胞转录组和表位分析，揭示了HSC/前体细胞分化结构的定义，与仅基于单细胞RNA测序的近期研究结果不同。	研究主要集中在体外培养和功能评估，对体内动态变化的具体机制仍需进一步探索。	探讨年龄对造血功能的影响及其分子机制。	造血干细胞（HSC）及其分化轨迹。	数字病理学	血液细胞疾病	单细胞转录组分析	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
4368	2024-08-08	Stem cell-based modeling and single-cell multiomics reveal gene-regulatory mechanisms underlying human skeletal development 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112276 PMID:36965484	研究论文	本文通过结合体外诱导人类多能干细胞形成间质细胞和体内通过植入间质细胞于免疫缺陷小鼠肾囊下形成软骨内骨的方法，研究人类骨骼发育的基因调控机制	本文引入了综合方法来模拟人类骨骼发育，并通过单细胞多组学分析揭示了与多个转录因子相关的染色质可及性的动态变化	NA	阐明人类骨骼发育的分子机制	人类骨骼发育的基因调控网络	数字病理学	NA	scRNA-seq, 单细胞多组学	NA	单细胞数据	涉及人类多能干细胞和免疫缺陷小鼠
4369	2024-08-05	Single-cell sequencing reveals peritoneal environment and insights into fibrosis in CAPD patients 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106336 PMID:36968085	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CAPD患者腹膜环境及纤维化的见解	该研究首次识别了CAPD患者腹膜透析液中具有促进纤维化特性的免疫细胞和腹膜间皮细胞的新表型和功能特征	研究的样本量和特定的阶段可能限制了结果的普遍性和适用性	探讨长期腹膜透析患者中腹膜纤维化的机制	不同阶段CAPD患者的腹膜透析液中的细胞组成和转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	六种主要细胞群体样本，具体数量未提供
4370	2024-08-08	Pseudotime dynamics of T cells in pancreatic ductal adenocarcinoma inform distinct functional states within the regulatory and cytotoxic T cells 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106324 PMID:36968070	研究论文	本研究通过基于RNA速度的伪时间分析，探索了胰腺导管腺癌（PDAC）中T细胞的功能动态，以期发现新的治疗策略。	研究揭示了PDAC微环境中T细胞轨迹的多种终端状态，并发现了一部分不向耗竭和衰老状态过渡的T细胞功能分支。	NA	理解PDAC微环境中T细胞的功能动态，以开发替代治疗策略。	胰腺导管腺癌（PDAC）中的T细胞。	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	RNA	来自手术切除的人类PDAC标本。
4371	2024-08-08	Post-injury born oligodendrocytes incorporate into the glial scar and contribute to the inhibition of axon regeneration 2023-04-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201311 PMID:36971369	研究论文	研究探讨了新生成的少突胶质细胞在视神经损伤后是否整合到胶质瘢痕中，并分析了这些细胞对轴突再生的影响	首次通过单细胞RNA测序和免疫组织化学方法研究了损伤后生成的少突胶质细胞在胶质瘢痕中的整合情况，并探讨了去髓鞘饮食对这些细胞的影响及其对轴突再生的促进作用	实验主要集中在视神经损伤模型上，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他类型的神经损伤	探究损伤后生成的少突胶质细胞如何影响轴突再生	损伤后生成的少突胶质细胞及其在胶质瘢痕中的整合情况	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
4372	2024-08-08	Re-generation of cytotoxic γδT cells with distinctive signatures from human γδT-derived iPSCs 2023-04-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.02.010 PMID:36963392	研究论文	本文成功从人源γδT细胞衍生的诱导多能干细胞（iPSCs）中再生了具有独特特征的细胞毒性γδT细胞	iPSC衍生的γδT细胞（iγδTs）能够以主要组织相容性复合体（MHC）非限制性方式杀死多种癌症类型，为γδT细胞免疫治疗提供了一种新的无数量限制的来源	传统的外周血来源γδT细胞扩增困难，限制了其治疗效果	开发一种新的γδT细胞来源，以克服传统γδT细胞扩增的限制	γδT细胞衍生的iPSCs及其衍生的γδT细胞	细胞生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多种癌症类型
4373	2024-08-05	The temporal and spatial signature of microglial transcriptome in neuropathic pain 2023-04-05, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000001899 PMID:36966811	研究论文	本研究分析了神经损伤后小胶质细胞转录组的时间和空间特征。	研究揭示了小胶质细胞在神经损伤后疼痛进展中的时间和空间特异性。	本研究主要集中在大鼠模型中，可能无法完全代表人类神经性疼痛的特征。	本研究旨在探讨小胶质细胞在神经性疼痛中的转录组特征。	研究对象为接受神经损伤的12只大鼠神经性疼痛模型。	数字病理学	神经性疼痛	单细胞测序, 加权基因共表达网络分析	NA	基因表达数据	12只大鼠
4374	2024-08-05	Urea cycle activation triggered by host-microbiota maladaptation driving colorectal tumorigenesis 2023-04-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.03.003 PMID:36963394	研究论文	这篇文章探讨了宿主-微生物群代谢不适应如何影响结直肠癌的发生	首次描述了宿主的尿素循环代谢在结直肠肿瘤发生过程中的显著激活	缺乏大规模临床试验结果来确认发现	研究宿主-微生物群代谢不适应与结直肠癌之间的关系	通过临床分析和多种生物技术对结直肠腺瘤和癌症组织进行研究	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、微生物组分析、代谢组学	小鼠模型	组织样本	结直肠腺瘤和癌症组织的样本
4375	2024-08-05	Con-AAE: contrastive cycle adversarial autoencoders for single-cell multi-omics alignment and integration 2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad162 PMID:36975610	研究论文	本文提出了一种新型框架，通过对比循环对抗自编码器实现单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据的对齐与整合	提出了对比循环对抗自编码器（Con-AAE），能够高效地处理高维且稀疏的单细胞多组学数据	实验环境的限制导致数据通常噪声很高	促进单细胞多组学研究，实现不同空间数据的对齐与整合	单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据	计算机视觉	NA	NA	对抗自编码器	RNA-seq和ATAC-seq数据	多个数据集
4376	2024-08-08	Integrative bulk and single-cell transcriptome profiling analysis reveals IFI27 as a novel interferon-stimulated gene in dengue 2023-04, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28706 PMID:36971141	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞转录组数据，揭示了IFI27作为登革病毒感染中的新型干扰素刺激基因	首次发现IFI27是登革病毒感染中的关键干扰素刺激基因	需要进一步验证IFI27作为登革热诊断标志物和治疗靶点的潜力	确定登革病毒感染中的干扰素刺激基因	登革病毒感染患者的外周血单核细胞	数字病理学	登革热	单细胞RNA测序	支持向量机-递归特征消除算法	转录组数据	登革病毒感染患者和健康志愿者的外周血单核细胞
4377	2024-08-08	A transcriptomic pan-cancer signature for survival prognostication and prediction of immunotherapy response based on endothelial senescence 2023-Mar-28, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-023-00915-5 PMID:36978029	研究论文	本文基于内皮细胞衰老，开发了一种泛癌转录组标志物，用于生存预测和免疫治疗反应预测	首次提出基于内皮细胞衰老的泛癌转录组标志物，用于提高生存预测和免疫治疗反应预测的准确性	NA	开发一种新的生物标志物，用于精准肿瘤学中的生存预测和免疫治疗反应预测	内皮细胞衰老及其在多种癌症中的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	机器学习算法	转录组数据	多种癌症实体的单细胞RNA测序数据
4378	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis and in vitro differentiation of testicular cells reveal novel insights into male sterility of the interspecific hybrid cattle-yak 2023-Mar-27, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09251-2 PMID:36973659	研究论文	这篇文章通过单细胞转录组分析和体外分化研究了牦牛-牛杂交动物的雄性不育新见解	研究表明除了减数分裂停滞外，未分化精原细胞的分化阶段以及其微环境也可能导致雄性杂交不育	对雄性生殖细胞的细胞特性和发育潜力的系统研究仍然不够	探讨牦牛-牛杂交动物雄性不育的细胞特性及其发育潜力	牦牛-牛杂交动物和牦牛的青春期睾丸生殖细胞及其微环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	牦牛-牛杂交动物和牦牛的青春期睾丸细胞
4379	2024-08-08	An integrated single-cell transcriptomic dataset for non-small cell lung cancer 2023-03-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02074-6 PMID:36973297	研究论文	本文介绍了一个包含224,611个细胞的大型综合单细胞转录组数据集，用于研究人类原发性非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤的细胞异质性。	该研究通过锚定方法整合了七个独立的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，并创建了基于跨数据集细胞类型特异性标记的两级注释，以提高数据的可重用性。	NA	旨在提供一个资源，用于在单细胞水平上研究非小细胞肺癌的转录组。	人类原发性非小细胞肺癌肿瘤的细胞。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	224,611个细胞
4380	2024-08-08	Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq reveals dynamic changes in the tumor immune microenvironment of bladder cancer and establishes a prognostic model 2023-03-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04056-z PMID:36973787	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，构建了膀胱癌（BLCA）的预后模型	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，构建了一个新的预后模型，能够更准确地预测膀胱癌患者的生存情况	NA	构建一个预后模型，用于预测膀胱癌患者的生存情况	膀胱癌（BLCA）患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox比例风险模型，LASSO回归模型	RNA测序数据	scRNA-seq数据来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库，bulk RNA-seq数据来自UCSC Xena