单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 4321 - 4340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4321 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA sequencing highlights the regulatory role of T cell marker genes Ctla4, Ccl5 and Tcf7 in corneal allograft rejection of mouse model
2023-Apr, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.109911
PMID:37012887
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了小鼠角膜同种异体移植模型中的T细胞标记基因Ctla4、Ccl5和Tcf7的调控作用 | 首次揭示了Ctla4、Ccl5和Tcf7在小鼠角膜同种异体移植排斥反应中的关键作用 | NA | 探究小鼠角膜同种异体移植排斥反应中T细胞介导的机制 | 小鼠角膜同种异体移植模型中的T细胞和角膜组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠角膜组织样本 |
| 4322 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of peripheral blood from high-altitude pulmonary hypertension patients identifies a distinct monocyte phenotype
2023-03-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37527-4
PMID:37002243
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析高海拔肺动脉高压患者的外周血，识别出一种独特的单核细胞表型 | 发现高海拔肺动脉高压患者外周血单核细胞的特定亚群体及其与缺氧诱导转录因子-1α的下调相关 | 关于其他免疫细胞类型的具体影响和机制尚未深入研究 | 探讨高海拔肺动脉高压患者外周循环中的免疫谱系 | 高海拔肺动脉高压患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞转录组学 | NA | 外周血单核细胞 | HAPH患者的外周血单核细胞样本 |
| 4323 | 2024-08-08 |
Brassinosteroid gene regulatory networks at cellular resolution in the Arabidopsis root
2023-03-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf4721
PMID:36996230
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研究论文 | 本文通过时间序列单细胞RNA测序技术，研究了拟南芥根中细胞分辨率下的油菜素内酯基因调控网络，揭示了油菜素内酯在细胞增殖到伸长转变中的作用。 | 本文首次在单细胞分辨率下研究了油菜素内酯在拟南芥根中的基因调控网络，揭示了油菜素内酯信号网络在细胞增殖到伸长转变中的作用。 | NA | 研究油菜素内酯在拟南芥根中细胞分辨率下的基因调控网络及其在细胞生长中的作用。 | 拟南芥根中的油菜素内酯响应基因表达及其在不同细胞类型和发育阶段中的调控网络。 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 不同细胞类型和发育阶段的拟南芥根细胞 |
| 4324 | 2024-08-05 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533980
PMID:36993287
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研究论文 | 本研究提出了一种名为SMASH的方法，用于分析空间转录组数据中的基因空间异质性 | SMASH是一种非参数方法，在计算需求和统计能力之间取得平衡，克服了现有方法的局限 | 未提及具体的局限性 | 旨在识别与细胞/点的空间位置变化相关的空间变异基因 | 采用不同平台的四个空间转录组数据集进行研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 基因表达数据 | 四个不同平台的空间转录组数据集 |
| 4325 | 2024-08-08 |
Reprogramming anchorage dependency by adherent-to-suspension transition promotes metastatic dissemination
2023-03-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-023-01753-7
PMID:36991428
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研究论文 | 本文研究了通过粘附到悬浮转变（AST）机制重新编程固体肿瘤细胞的锚定依赖性，促进肿瘤细胞的转移扩散 | 发现了一种生物现象AST，通过特定的造血转录调节因子将粘附细胞重新编程为悬浮细胞，这一机制被固体肿瘤细胞利用以扩散成循环肿瘤细胞（CTCs） | NA | 探索肿瘤细胞转移扩散过程中锚定依赖性的重新编程机制 | 乳腺癌和黑色素瘤的小鼠异种移植模型及新发转移患者的原发肿瘤、CTCs和转移瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 组织染色 | NA | RNA | 乳腺癌和黑色素瘤的小鼠异种移植模型及新发转移患者的样本 |
| 4326 | 2024-08-08 |
Clinical and biological heterogeneities in triple-negative breast cancer reveals a non-negligible role of HER2-low
2023-03-30, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01639-y
PMID:36998014
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研究论文 | 本研究探讨了HER2-low在三阴性乳腺癌（TNBC）中的临床和生物学特性 | 首次详细比较了HER2-low和HER2-negative TNBC在临床特征和肿瘤生物学特性上的差异 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 探究HER2-low在三阴性乳腺癌中的临床和生物学影响 | 251名三阴性乳腺癌患者，包括157名HER2-low和94名HER2-negative患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 251名患者，其中157名HER2-low和94名HER2-negative |
| 4327 | 2024-08-08 |
Understanding host response to infectious salmon anaemia virus in an Atlantic salmon cell line using single-cell RNA sequencing
2023-Mar-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09254-z
PMID:36991327
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了大西洋鲑鱼细胞系在感染传染性鲑鱼贫血病毒（ISAV）后的转录组变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术深入研究了ISAV感染早期阶段的宿主-病毒相互作用 | NA | 深入理解大西洋鲑鱼在ISAV感染期间的细胞反应和宿主-病毒相互作用 | 大西洋鲑鱼细胞系在ISAV感染后的转录组变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了鲑鱼头部肾脏（SHK-1）细胞在ISAV感染后24小时、48小时和96小时的样本 |
| 4328 | 2024-08-08 |
Supervised learning of high-confidence phenotypic subpopulations from single-cell data
2023-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533712
PMID:36993424
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研究论文 | 开发了一种名为PENCIL的监督学习框架，用于从单细胞数据中识别与表型相关的亚群 | 首次在框架中嵌入特征选择功能，实现同时选择信息特征和识别细胞亚群，提高了表型亚群识别的准确性 | NA | 准确识别从异质细胞群中与表型相关的细胞亚群，揭示驱动生物或临床表型的潜在机制 | 单细胞数据中的细胞亚群 | 机器学习 | NA | 监督学习 | PENCIL框架 | 单细胞数据 | 分析了100万个细胞 |
| 4329 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics of adult skin VE-cadherin expressing lineages during hair cycle
2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.22.533784
PMID:36993228
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研究论文 | 本研究揭示了在毛发生长周期中成体皮肤内表现VE-钙粘附蛋白的细胞的单细胞转录组学变化 | 该研究首次通过单细胞RNA测序技术深入分析了皮肤内VE-钙粘附蛋白表达细胞在毛发生长周期各阶段的动态 | 研究只涉及了小鼠模型，结果可能在其他物种中不完全适用 | 探讨成体皮肤内血管内皮系细胞在毛发生长周期中的动态变化 | 主要研究表现VE-钙粘附蛋白的内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | FACS分选的VE-钙粘附蛋白表达细胞（确切样本量未提供） |
| 4330 | 2024-08-05 |
Inference of single cell profiles from histology stains with the Single-Cell omics from Histology Analysis Framework (SCHAF)
2023-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533680
PMID:36993643
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研究论文 | 本研究开发了一个名为SCHAF的框架，能够从H&E组织图像生成空间分辨率的单细胞组学数据集 | 该研究利用对抗性机器学习方法，将组织切片的H&E图像与单细胞RNA测序数据有效结合，提供了单细胞的空间信息 | 本文主要集中于肺癌和转移性乳腺癌样本，可能限制了其方法的广泛适用性 | 探讨如何从组织切片获取单细胞的分子信息和空间结构 | 研究对象为来自肺癌和转移性乳腺癌的人类肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌、转移性乳腺癌 | 对抗性机器学习 | NA | 图像 | 两个类型的人类肿瘤样本 |
| 4331 | 2024-08-08 |
An evaluation of statistical differential analysis methods in single-cell RNA-seq data
2023-Mar-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2670717/v1
PMID:36993457
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研究论文 | 本文评估了五种开源流行方法在单细胞RNA测序数据中进行基因差异表达分析的性能 | 本文通过模拟研究和真实数据示例，评估了五种方法在不同样本大小、分布假设和数据中零比例下的表现 | NA | 评估单细胞RNA测序数据中基因差异表达分析方法的性能 | 单细胞RNA测序数据中的基因差异表达分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同样本大小，包括每组100个样本 |
| 4332 | 2024-08-08 |
HIV-1 Vpr combats the PU.1-driven antiviral response in primary human macrophages
2023-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.21.533528
PMID:36993393
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研究论文 | 研究探讨了HIV-1辅助蛋白Vpr在人类原代巨噬细胞中对抗PU.1驱动的抗病毒反应的作用 | 发现Vpr通过靶向主转录调节因子PU.1，重编程HIV感染的巨噬细胞基因表达，并揭示了Vpr在非旁观者巨噬细胞中通过PU.1非依赖机制对抗HIV感染的固有免疫反应 | 未观察到PU.1对HIV基因转录的直接影响 | 阐明Vpr在HIV感染原代巨噬细胞中的作用 | HIV-1辅助蛋白Vpr和PU.1在HIV感染中的作用 | NA | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 原代人类巨噬细胞 |
| 4333 | 2024-08-05 |
Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen
2023-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.14.532457
PMID:36993565
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研究论文 | 该文章探讨了顺式调控元件如何影响转录时间和噪声 | 研究揭示了影响转录特点的调控蛋白和表观遗传特征的组合 | 对不同转录特征控制所需的全貌尚未完全理解 | 确定与雌激素处理相关的转录时序和噪声的基因组预测因子 | 涉及雌激素处理条件下的单细胞RNA测序结果 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组表达数据 | 在雌激素处理的时间过程中进行了单细胞分析 |
| 4334 | 2024-08-08 |
CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T anti-tumor immunity
2023-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.14.532655
PMID:36993364
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研究论文 | 本文通过利用细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4（CTLA-4）细胞质尾（CT）的内吞特性，重新编程嵌合抗原受体（CAR）功能，显著增强了CAR-T细胞的疗效 | 通过将CTLA-4 CT融合到CAR的C端，实现了CAR-T细胞的渐进性细胞毒性增加，同时减少了激活和促炎细胞因子的产生 | NA | 探索通过合成CTLA-4 CT融合来改进CAR-T细胞功能的新策略 | 嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）及其在肿瘤治疗中的应用 | 生物技术 | 白血病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 4335 | 2024-08-05 |
Analysis of RNA processing directly from spatial transcriptomics data reveals previously unknown regulation
2023-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.13.532412
PMID:36993757
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研究论文 | 本研究直接分析了空间转录组数据中的RNA处理，揭示了之前未知的调节机制 | 首次将ReadZS和SpliZ方法应用于空间转录组数据，以分析RNA处理的空间定位 | 主要集中在小鼠的大脑和肾脏数据，可能无法代表其他组织类型 | 研究空间转录组数据中的RNA处理及其空间调节机制 | 使用小鼠脑和肾脏样本中的RNA数据进行分析 | 数字病理学 | NA | 空间转录组 | NA | RNA数据 | 小鼠脑和肾脏样本 |
| 4336 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome profiling of the vaginal epithelium reveals the heterogeneity of suprabasal cells
2023-Mar, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbad006
PMID:37007744
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4337 | 2024-08-08 |
Immune Factors Drive Expression of SARS-CoV-2 Receptor Genes Amid Sexual Disparity
2023-02-28, Viruses
DOI:10.3390/v15030657
PMID:36992366
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研究论文 | 研究探讨了性别差异在SARS-CoV-2感染中的分子机制，并识别了与性别相关的基因特征 | 首次识别了一个6基因特征，该特征在男性和女性中表达差异显著，并显示出区分COVID-19重症监护患者与非重症患者的潜在预后价值 | 研究主要基于小鼠和人类数据集，可能需要更多跨物种验证 | 探索与性别和COVID-19发病机制相关的分子特征，以开发更有效的干预措施 | SARS-CoV-2感染中的性别差异及其分子机制 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠和人类临床数据 |
| 4338 | 2024-08-05 |
Lack of association between leptin concentrations and cystic fibrosis: A meta-analysis and regression
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1126129
PMID:36992806
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meta-analysis | 本综述旨在评估囊性纤维化患者与非囊性纤维化对照组之间的瘦素状态的定量差异 | 研究表明囊性纤维化患者与健康个体在瘦素水平上没有显著差异，揭示了瘦素在囊性纤维化病理生理学中的作用的局限性 | 本研究未能确定瘦素与第一秒用力呼气容量（FEV1）之间的关联，且在不同细胞中肺泡灌洗液中瘦素及瘦素受体的表达水平较低 | 评估囊性纤维化与瘦素浓度之间的关联 | 共纳入919名囊性纤维化患者和397名对照组，以分析瘦素水平 | NA | 囊性纤维化 | 系统评价 | 固定效应或随机效应模型 | NA | 919名囊性纤维化患者和397名对照组 |
| 4339 | 2024-08-05 |
Prognostic signatures of sphingolipids: Understanding the immune landscape and predictive role in immunotherapy response and outcomes of hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1153423
PMID:37006285
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研究论文 | 本研究旨在识别影响肝细胞癌预后的关键鞘脂基因，并建立可靠的预后模型 | 提出了一个六基因特征和一个诺莫图，提供了鞘脂相关基因与免疫微环境之间的联系，揭示了新的免疫治疗策略 | 研究主要依赖于数据集，不同数据源之间的整合可能导致偏差 | 识别肝细胞癌中的关键鞘脂基因并开发预后模型 | 肝细胞癌患者的鞘脂基因及其在肿瘤微环境中的影响 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | LASSO-Cox分析、单细胞测序、机器学习 | 诺莫图 | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA、GEO和ICGC的数据集 |
| 4340 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Mononuclear Cell Populations in Skeletal Muscle
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3036-5_26
PMID:36995608
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研究论文 | 本文探讨了骨骼肌中单核细胞群体的转录组分析 | 使用了基于液滴的单细胞RNA测序技术以揭示肌肉内细胞类型的身份 | 没有具体提到研究的局限性 | 研究骨骼肌组织的细胞组成及各细胞群体之间的异质性 | 骨骼肌中的单核细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |