单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5352 篇文献，本页显示第 4301 - 4320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4301 | 2024-08-08 |
An immunometabolism subtyping system identifies S100A9+ macrophage as an immune therapeutic target in colorectal cancer based on multiomics analysis
2023-04-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.100987
PMID:36990096
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研究论文 | 本研究通过免疫代谢分型系统，在结直肠癌中识别出S100A9+巨噬细胞作为免疫治疗的新靶点 | 开发了一种免疫代谢分型系统，并发现S100A9+巨噬细胞在免疫抑制的肿瘤微环境中起关键作用 | NA | 研究肿瘤微环境中的免疫代谢及其对结直肠癌免疫治疗反应的影响 | 结直肠癌患者及其肿瘤微环境中的免疫代谢特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多组学分析 | NA | 单细胞转录组 | 训练队列和验证队列的结直肠癌患者 |
| 4302 | 2024-08-05 |
Temporal tracking of microglial and monocyte single-cell transcriptomics in lethal flavivirus infection
2023-04-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01547-4
PMID:37016414
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研究论文 | 本研究首次定义了小胶质细胞和单核细胞在致命黄病毒感染过程中单细胞转录组的响应 | 揭示了小胶质细胞和单核细胞在严重神经炎症中的时间特异性转录适应及其在抗病毒免疫反应中的作用 | 目前尚未明确定义小胶质细胞在此反应中的具体贡献 | 探讨小胶质细胞和单核细胞在西尼罗病毒脑炎中的免疫反应 | 研究小胶质细胞和单核细胞在神经炎症中的不同角色 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA序列数据 | NA |
| 4303 | 2024-08-05 |
Structure-preserving visualization for single-cell RNA-Seq profiles using deep manifold transformation with batch-correction
2023-04-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04662-z
PMID:37016133
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研究论文 | 本文提出了一种通用的可视化方法，称为深度可视化（DV），用于处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的降维和可视化 | 该方法能够在统一框架中同时处理数据的固有结构和批次效应，适用于不同应用领域和数据规模的多种数据集 | 尚未提及具体的限制 | 研究旨在提供一种能保持数据结构并处理批次效应的可视化方法 | 本文研究对象为不同应用场景的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 深度可视化（DV） | 结构图学习 | 数据集的2D或3D可视化 | 九个复杂组织数据集 |
| 4304 | 2024-08-08 |
Kernelized multiview signed graph learning for single-cell RNA sequencing data
2023-Apr-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05250-y
PMID:37016281
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研究论文 | 本文提出了一种基于多视角带符号图学习的联合估计多个基因调控网络的方法，用于单细胞RNA测序数据 | 本文创新性地采用了图信号处理（GSP）和核化方法，通过优化基因表达的总变化并确保学习到的网络之间的相似性，提高了基因调控网络恢复的性能 | NA | 旨在更好地描述在不同但相关条件下单细胞基因调控网络 | 单细胞基因调控网络 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 带符号图学习 | 基因表达数据 | NA |
| 4305 | 2024-08-05 |
Retinoic acid signaling modulation guides in vitro specification of human heart field-specific progenitor pools
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36764-x
PMID:37012244
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研究论文 | 本文研究了视黄酸信号调节如何指导人类心脏领域特异性前体细胞的体外特化 | 揭示了视黄酸信号调节如何指导人类多能干细胞形成具有不同命运潜力的心脏领域特异性前体细胞 | 未提及 | 提高对人类心脏发育与先天性心脏畸形的理解 | 研究了来自患有左心发育不全综合征患者的前体细胞的转录调控失调 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 基因标记、单细胞转录组学、外源性人鼠胚胎嵌合体 | NA | 细胞数据 | NA |
| 4306 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq of heart reveals intercellular communication drivers of myocardial fibrosis in diabetic cardiomyopathy
2023-04-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80479
PMID:37010266
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研究论文 | 本文研究了糖尿病心肌病中心肌纤维化的细胞间通信驱动因素 | 首次在单细胞分辨率下识别了促纤维化微环境中的关键配体-受体相互作用，提出了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病的情况 | 探讨糖尿病心肌纤维化的发病机制及治疗靶点 | 糖尿病小鼠心脏中的纤维母细胞和巨噬细胞等细胞类型 | 数字病理学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 糖尿病小鼠的心脏细胞样本 |
| 4307 | 2024-08-08 |
Lung development and regeneration: newly defined cell types and progenitor status
2023-Apr-03, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-022-00149-0
PMID:37009950
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综述 | 本文综述了肺发育和再生的当前理解，特别强调了多组学方法和单细胞转录组学在解析细胞参与者和分子信号方面的作用 | 本文引入了多组学方法和单细胞转录组学来深入解析肺发育和再生过程中的细胞和分子机制 | NA | 探讨肺发育过程和再生能力的当前理解 | 肺发育和再生的细胞和分子过程 | NA | NA | 多组学方法，单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 4308 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies a signature based on macrophage marker genes involved in prostate cancer prognosis and treatment responsiveness
2023-Apr-03, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01037-9
PMID:37010617
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个基于巨噬细胞标记基因的签名，用于预测前列腺癌患者的预后和治疗反应性 | 首次开发并验证了一个新的巨噬细胞相关签名（MRS），能够准确预测患者生存结果，评估免疫特征，推断治疗益处，并为个性化治疗提供辅助工具 | NA | 构建一个基于巨噬细胞标记基因的签名，用于预测前列腺癌患者的预后和治疗反应性 | 前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习 | RNA-Seq数据 | 1056名前列腺癌患者 |
| 4309 | 2024-08-05 |
IL-33-induced keratoconjunctivitis is mediated by group 2 innate lymphoid cells in mice
2023-Apr, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2022.10.003
PMID:37010996
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研究论文 | 本文研究了IL-33诱导的小鼠角结膜炎的免疫细胞机制 | 首次确认IL-33诱导的角结膜炎中，群体2先天淋巴细胞（ILC2）在疾病过程中发挥关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类的病理过程 | 探究IL-33诱导的角结膜炎中哪些免疫细胞参与该疾病的机制 | 小鼠，特别是IL-33转基因小鼠和Rag2缺失小鼠 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 多只小鼠，具体样本数未指明 |
| 4310 | 2024-08-08 |
Multi-modal profiling of peripheral blood cells across the human lifespan reveals distinct immune cell signatures of aging and longevity
2023-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104514
PMID:37005201
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研究论文 | 研究分析了外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞数据，揭示了人类衰老和长寿中免疫细胞的特定特征 | 识别了与长寿相关的特定细胞类型特征，包括与年龄相关的基因表达变化和仅在百岁老人PBMCs中表达的基因 | 样本量相对较小，且主要集中在百岁老人群体 | 探索人类衰老和极端长寿中的免疫特异性模式 | 外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞数据 | 7名百岁老人（平均年龄106岁）和52名年轻至老年（20-89岁）的人 |
| 4311 | 2024-08-08 |
The immune cell landscape and response of Marek's disease resistant and susceptible chickens infected with Marek's disease virus
2023-04-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-32308-x
PMID:37005445
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了马立克病抗性和易感鸡脾细胞的免疫细胞类型及其对马立克病病毒感染的反应 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了马立克病抗性和易感鸡的免疫细胞类型及其对病毒感染的反应 | NA | 旨在深入了解特定免疫细胞类型及其对马立克病病毒感染的反应，以改进马立克病的控制 | 马立克病抗性和易感鸡的脾细胞 | NA | 马立克病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 14,378个细胞 |
| 4312 | 2024-08-08 |
SPI1-mediated autophagy of peripheral blood monocyte cells as a mechanism for sepsis based on single-cell RNA sequencing
2023-Apr, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.109909
PMID:37012859
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序技术，分析了外周血单核细胞在脓毒症中的自噬机制 | 首次揭示了SPI1通过抑制ANXA1转录来增强单核细胞自噬，从而参与脓毒症的机制 | NA | 旨在分析外周血单核细胞在脓毒症中的自噬机制 | 外周血单核细胞（PBMCs）在脓毒症中的自噬机制 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 来自脓毒症患者的PBMC样本 |
| 4313 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA sequencing highlights the regulatory role of T cell marker genes Ctla4, Ccl5 and Tcf7 in corneal allograft rejection of mouse model
2023-Apr, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.109911
PMID:37012887
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了小鼠角膜同种异体移植模型中的T细胞标记基因Ctla4、Ccl5和Tcf7的调控作用 | 首次揭示了Ctla4、Ccl5和Tcf7在小鼠角膜同种异体移植排斥反应中的关键作用 | NA | 探究小鼠角膜同种异体移植排斥反应中T细胞介导的机制 | 小鼠角膜同种异体移植模型中的T细胞和角膜组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠角膜组织样本 |
| 4314 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of peripheral blood from high-altitude pulmonary hypertension patients identifies a distinct monocyte phenotype
2023-03-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37527-4
PMID:37002243
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析高海拔肺动脉高压患者的外周血，识别出一种独特的单核细胞表型 | 发现高海拔肺动脉高压患者外周血单核细胞的特定亚群体及其与缺氧诱导转录因子-1α的下调相关 | 关于其他免疫细胞类型的具体影响和机制尚未深入研究 | 探讨高海拔肺动脉高压患者外周循环中的免疫谱系 | 高海拔肺动脉高压患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞转录组学 | NA | 外周血单核细胞 | HAPH患者的外周血单核细胞样本 |
| 4315 | 2024-08-08 |
Brassinosteroid gene regulatory networks at cellular resolution in the Arabidopsis root
2023-03-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf4721
PMID:36996230
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研究论文 | 本文通过时间序列单细胞RNA测序技术，研究了拟南芥根中细胞分辨率下的油菜素内酯基因调控网络，揭示了油菜素内酯在细胞增殖到伸长转变中的作用。 | 本文首次在单细胞分辨率下研究了油菜素内酯在拟南芥根中的基因调控网络，揭示了油菜素内酯信号网络在细胞增殖到伸长转变中的作用。 | NA | 研究油菜素内酯在拟南芥根中细胞分辨率下的基因调控网络及其在细胞生长中的作用。 | 拟南芥根中的油菜素内酯响应基因表达及其在不同细胞类型和发育阶段中的调控网络。 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 不同细胞类型和发育阶段的拟南芥根细胞 |
| 4316 | 2024-08-05 |
SMASH: Scalable Method for Analyzing Spatial Heterogeneity of genes in spatial transcriptomics data
2023-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533980
PMID:36993287
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研究论文 | 本研究提出了一种名为SMASH的方法，用于分析空间转录组数据中的基因空间异质性 | SMASH是一种非参数方法，在计算需求和统计能力之间取得平衡，克服了现有方法的局限 | 未提及具体的局限性 | 旨在识别与细胞/点的空间位置变化相关的空间变异基因 | 采用不同平台的四个空间转录组数据集进行研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 非参数方法 | 基因表达数据 | 四个不同平台的空间转录组数据集 |
| 4317 | 2024-08-08 |
Reprogramming anchorage dependency by adherent-to-suspension transition promotes metastatic dissemination
2023-03-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-023-01753-7
PMID:36991428
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研究论文 | 本文研究了通过粘附到悬浮转变（AST）机制重新编程固体肿瘤细胞的锚定依赖性，促进肿瘤细胞的转移扩散 | 发现了一种生物现象AST，通过特定的造血转录调节因子将粘附细胞重新编程为悬浮细胞，这一机制被固体肿瘤细胞利用以扩散成循环肿瘤细胞（CTCs） | NA | 探索肿瘤细胞转移扩散过程中锚定依赖性的重新编程机制 | 乳腺癌和黑色素瘤的小鼠异种移植模型及新发转移患者的原发肿瘤、CTCs和转移瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 组织染色 | NA | RNA | 乳腺癌和黑色素瘤的小鼠异种移植模型及新发转移患者的样本 |
| 4318 | 2024-08-08 |
Clinical and biological heterogeneities in triple-negative breast cancer reveals a non-negligible role of HER2-low
2023-03-30, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01639-y
PMID:36998014
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研究论文 | 本研究探讨了HER2-low在三阴性乳腺癌（TNBC）中的临床和生物学特性 | 首次详细比较了HER2-low和HER2-negative TNBC在临床特征和肿瘤生物学特性上的差异 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 探究HER2-low在三阴性乳腺癌中的临床和生物学影响 | 251名三阴性乳腺癌患者，包括157名HER2-low和94名HER2-negative患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 251名患者，其中157名HER2-low和94名HER2-negative |
| 4319 | 2024-08-08 |
Understanding host response to infectious salmon anaemia virus in an Atlantic salmon cell line using single-cell RNA sequencing
2023-Mar-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09254-z
PMID:36991327
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了大西洋鲑鱼细胞系在感染传染性鲑鱼贫血病毒（ISAV）后的转录组变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术深入研究了ISAV感染早期阶段的宿主-病毒相互作用 | NA | 深入理解大西洋鲑鱼在ISAV感染期间的细胞反应和宿主-病毒相互作用 | 大西洋鲑鱼细胞系在ISAV感染后的转录组变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了鲑鱼头部肾脏（SHK-1）细胞在ISAV感染后24小时、48小时和96小时的样本 |
| 4320 | 2024-08-08 |
Supervised learning of high-confidence phenotypic subpopulations from single-cell data
2023-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.23.533712
PMID:36993424
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研究论文 | 开发了一种名为PENCIL的监督学习框架，用于从单细胞数据中识别与表型相关的亚群 | 首次在框架中嵌入特征选择功能，实现同时选择信息特征和识别细胞亚群，提高了表型亚群识别的准确性 | NA | 准确识别从异质细胞群中与表型相关的细胞亚群，揭示驱动生物或临床表型的潜在机制 | 单细胞数据中的细胞亚群 | 机器学习 | NA | 监督学习 | PENCIL框架 | 单细胞数据 | 分析了100万个细胞 |