单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4221	2024-08-05	Recent advances in single-cell subcellular sampling 2023-May-02, Chemical communications (Cambridge, England) DOI:10.1039/d3cc00573a PMID:37039236	研究论文	文章探讨了单细胞技术在亚细胞采样中的最新进展	引入了微侵入性分析工具，避免了细胞裂解，提升了活细胞分析的可行性	当前技术限制了广泛的单细胞追踪和应用	研究如何有效去除活细胞内容物以进行下游分析	重点关注单细胞的化学成分及其动态分析	数字病理学	NA	单细胞分析技术	NA	NA	NA
4222	2024-08-05	Deep Multi-Constraint Soft Clustering Analysis for Single-Cell RNA-Seq Data via Zero-Inflated Autoencoder Embedding 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3240253 PMID:37022218	研究论文	本研究提出了一种基于零膨胀自动编码器嵌入的单细胞多约束深度软聚类分析框架	提出了一种新的细胞级紧凑性约束，通过考虑相似细胞之间的关联来强调聚类之间的紧凑性	未提及具体的限制	研究单细胞RNA-seq数据的聚类问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	零膨胀负二项模型	加权软K均值算法	单细胞RNA测序数据	十一组单细胞RNA-seq数据集
4223	2024-08-05	scENT for Revealing Gene Clusters From Single-Cell RNA-Seq Data 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3242260 PMID:37022879	研究论文	本文提出了一种新颖的深度学习框架scENT，用于从单细胞RNA-seq数据中识别显著的基因簇	scENT集成了在单细胞RNA-seq数据学习过程中引入扰动，以提高其对高维数据的鲁棒性和性能	目前的方法尚未充分开发以探讨具有生物学意义的基因级簇	探索基因与人类疾病之间的关系并识别重要的基因簇	基于患者的阿尔茨海默病和脑转移的公共实验单细胞RNA-seq数据	数字病理	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	NA
4224	2024-08-05	Role of stemness-related genes TIMP1, PGF, and SNAI1 in the prognosis of colorectal cancer through single-cell RNA-seq 2023-05, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5833 PMID:37017587	研究论文	本研究分析了与癌症干性相关的预后基因TIMP1、PGF和SNAI1在结直肠癌中的作用	识别了与结直肠癌预后相关的新的干性基因，可能成为结直肠癌的潜在治疗靶点	研究可能缺乏多中心验证和临床试验进一步确认	分析基于单细胞RNA测序数据的结直肠癌干性相关预后基因	研究结直肠癌（CRC）中的干性相关基因及其预后	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	单个细胞轨迹模型	基因表达数据	7916个差异表达基因（CRC和正常组织）
4225	2024-08-08	ScCCL: Single-Cell Data Clustering Based on Self-Supervised Contrastive Learning 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3241129 PMID:37022258	研究论文	本文提出了一种基于自监督对比学习的单细胞数据聚类方法ScCCL	ScCCL通过随机遮蔽基因表达并添加高斯噪声，利用动量编码器结构提取特征，并在实例级和聚类级对比学习模块中应用对比学习，提高了聚类效果	NA	探索单细胞RNA测序数据在细胞层面的异质性，并改进聚类计算方法	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	对比学习	基因表达数据	多个公共数据集
4226	2024-08-08	A Personalized Low-Rank Subspace Clustering Method Based on Locality and Similarity Constraints for scRNA-seq Data Analysis 2023-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3247723 PMID:37027680	研究论文	本文提出了一种基于局部和相似性约束的个性化低秩子空间聚类方法PLRLS，用于单细胞RNA测序数据分析	引入局部结构约束以捕捉数据的局部结构信息，并利用分数函数提取细胞间的相似性信息，增强了模型的聚类性能	NA	开发针对scRNA-seq数据特性的聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	低秩表示（LRR）	表达谱	实际scRNA-seq数据集
4227	2024-08-08	Regulation of c-SMAC formation and AKT-mTOR signaling by the TSG101-IFT20 axis in CD4+ T cells 2023-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01008-x PMID:37029318	研究论文	研究探讨了TSG101-IFT20轴在CD4+ T细胞中调控c-SMAC形成和AKT-mTOR信号通路的机制	首次揭示了IFT20与TSG101相互作用促进SMAC形成，进而放大AKT-mTOR信号通路的作用	研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在人体中进行验证	探究CD4+ T细胞中SMAC形成的调控机制及其对AKT-mTOR信号通路的影响	CD4+ T细胞及其在适应性免疫系统中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
4228	2024-08-08	Deciphering the immune heterogeneity dominated by natural killer cells with prognostic and therapeutic implications in hepatocellular carcinoma 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106872 PMID:37030269	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了肝细胞癌中自然杀伤细胞的标记基因，并基于这些基因建立了预测预后和免疫治疗效果的签名	首次通过单细胞RNA测序技术识别了80个与预后相关的自然杀伤细胞标记基因，并建立了基于五个基因的预后签名-NKscore，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗效果	NA	研究肝细胞癌中自然杀伤细胞的异质性及其对预后和治疗的影响	肝细胞癌患者的自然杀伤细胞及其在免疫微环境中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO-COX和逐步回归分析	基因数据	使用TCGA-LIHC数据集进行分析
4229	2024-08-08	Myocardial Biomechanics and the Consequent Differentially Expressed Genes of the Left Atrial Ligation Chick Embryonic Model of Hypoplastic Left Heart Syndrome 2023-May, Annals of biomedical engineering IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s10439-023-03187-0 PMID:37032398	研究论文	本研究通过有限元建模和单细胞RNA测序分析了左心房结扎（LAL）鸡胚心脏模型中的心肌生物力学和基因表达变化	首次详细描述了LAL模型中心肌生物力学的变化及其对基因表达的影响	NA	旨在阐明左心发育不良综合征（HLHS）模型中的心肌生物力学和基因表达变化	鸡胚心脏模型中的心肌生物力学和基因表达	数字病理学	先天性心脏病	有限元建模，单细胞RNA测序	有限元模型	图像，基因表达数据	鸡胚心脏样本，包括LAL和对照组
4230	2024-08-08	Effects of Univariate Stiffness and Degradation of DNA Hydrogels on the Transcriptomics of Neural Progenitor Cells 2023-04-26, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.2c13373 PMID:37029734	研究论文	研究使用DNA及其对映体制备的单一刚度调节水凝胶对神经前体细胞命运决策的影响	采用DNA及其对映体制备具有单一刚度调节的水凝胶，实现了对细胞微环境机械特性的精确操控	研究主要关注水凝胶的刚度和降解对细胞行为的影响，未涉及其他可能的机械信号调节因素	探究细胞外基质（ECM）模拟水凝胶的机械信号如何调节神经前体细胞的行为	神经前体细胞（NPCs）及其在三维环境中的命运决策	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序技术	NA	RNA	一系列具有不同刚度的DNA水凝胶
4231	2024-08-08	Nanoplastics Shape Adaptive Anticancer Immunity in the Colon in Mice 2023-04-26, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.3c00644 PMID:37043775	研究论文	本研究探讨了纳米塑料（NPs）对小鼠肠道微环境和结直肠癌发展的影响	首次揭示了口服聚乙烯纳米塑料通过破坏溶酶体引发IL-1β产生巨噬细胞的活化，进而影响结肠Treg和Th17细胞的分化，促进肿瘤生长	研究仅限于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探究纳米塑料摄入与结直肠癌发生之间的潜在联系	纳米塑料对肠道微环境和结直肠癌的影响	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
4232	2024-08-08	Nodal coordinates the anterior-posterior patterning of germ layers and induces head formation in zebrafish explants 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112351 PMID:37018074	研究论文	本文展示了通过应用区域性Nodal梯度于斑马鱼动物极外植体，可以生成模拟原肠运动关键细胞运动的结构，并评估了该结构的细胞命运动态和模式化过程。	首次展示了通过区域性Nodal梯度诱导斑马鱼外植体形成前-后模式化的胚层和头部结构，并鉴定了具有轴诱导能力的Nodal靶基因。	NA	研究如何完全模拟原肠运动细胞运动和协调胚层模式化以诱导头部形成的方法。	斑马鱼动物极外植体及其细胞命运和模式化过程。	发育生物学	NA	单细胞转录组分析和原位杂交技术	NA	基因表达数据	105个Nodal靶基因中的14个具有轴诱导能力，其中5个在斑马鱼胚胎腹侧过表达时能诱导完整或部分头部结构。
4233	2024-08-08	Elements of divergence in germline determination in closely related species 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106402 PMID:37020963	研究论文	本研究通过阶段匹配的单细胞RNA测序数据集，比较了两种近缘海胆物种的原始生殖细胞（PGCs）中的基因表达差异	揭示了两种海胆物种在生殖细胞基因表达上的多种差异，并发现了一种3'UTR元件在限制关键基因产物转录后调控中的作用	NA	探讨近缘物种间生殖细胞决定过程中的差异	两种海胆物种的原始生殖细胞（PGCs）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	两种海胆物种的原始生殖细胞（PGCs）
4234	2024-08-05	Structural and functional properties of mSWI/SNF chromatin remodeling complexes revealed through single-cell perturbation screens 2023-04-20, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2023.03.013 PMID:37028419	研究论文	本文揭示了mSWI/SNF染色质重塑复合体的结构和功能特性	通过单细胞干扰筛选，首次明确了mSWI/SNF亚单位在基因表达中的独特贡献	对于某些亚单位的特定功能和与疾病的关联尚未完全定义	研究mSWI/SNF复合体的组成亚单位对基因调控和病理的影响	针对mSWI/SNF亚单位的个体及组合进行CRISPR-Cas9敲除筛选	数字病理学	癌症	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	NA	RNA	人类肿瘤样本的表达谱
4235	2024-08-08	Identification of a broadly fibrogenic macrophage subset induced by type 3 inflammation 2023-04-14, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.add8945 PMID:37027478	研究论文	本研究利用人类肝脏和肺部的单细胞RNA测序数据，识别出一种在III型炎症诱导下产生的新型广泛纤维化巨噬细胞亚群	首次识别出一种高度特异性的巨噬细胞群体，并赋予其在跨物种和组织中的促纤维化作用	NA	旨在识别人类纤维化组织中的关键巨噬细胞群体，以开发新的纤维化治疗方法	人类和鼠类的肝脏及肺部纤维化中的巨噬细胞	NA	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和鼠类的肝脏及肺部样本
4236	2024-08-08	CD34+ cell-derived fibroblast-macrophage cross-talk drives limb ischemia recovery through the OSM-ANGPTL signaling axis 2023-04-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add2632 PMID:37043578	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术，研究了CD34+细胞在缺血肢体恢复中的作用及其与巨噬细胞的相互作用。	首次提供了人类和小鼠正常及缺血肢体组织的精确单细胞图谱，并揭示了骨髓来源的巨噬细胞在缺血部位的迁移及其在组织再生中的作用。	NA	探讨CD34+细胞在缺血肌肉微环境中的分化潜力和功能角色。	CD34+细胞及其在缺血肢体恢复中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的正常及缺血肢体组织
4237	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing highlights intratumor heterogeneity and intercellular network featured in adamantinomatous craniopharyngioma 2023-04-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adc8933 PMID:37043580	研究论文	本研究通过整合分析44,038个单细胞转录组数据，揭示了 adamantinomatous craniopharyngioma（ACP）中的肿瘤内异质性和肿瘤微环境（TME）特征	本研究首次定义了四种主要的肿瘤细胞状态，揭示了ACP的组织病理学特征和未知的细胞图谱，并识别出与免疫浸润和神经损伤相关的独特少突胶质细胞谱系	NA	揭示adamantinomatous craniopharyngioma（ACP）的肿瘤内异质性和肿瘤微环境特征，以改善临床诊断和治疗策略	adamantinomatous craniopharyngioma（ACP）的细胞图谱和生物学特征	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	44,038个单细胞
4238	2024-08-05	Single-cell transcriptomics in ovarian cancer identify a metastasis-associated cell cluster overexpressed RAB13 2023-04-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04094-7 PMID:37046345	研究论文	本研究通过单细胞转录组学研究卵巢癌中的转移相关细胞群体，并识别出其过表达的RAB13	本研究首次发现C4细胞亚群与卵巢癌转移及预后不良密切相关，并确认RAB13为其关键标记基因	研究的样本数量较少，可能对结果的泛化能力产生影响	研究卵巢癌的转移机制及找到新的治疗靶点	卵巢癌患者的肿瘤细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	NA	细胞数据	12个样本
4239	2024-08-05	Predictive and robust gene selection for spatial transcriptomics 2023-04-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37392-1 PMID:37045821	研究论文	本文介绍了一种灵活的深度学习框架PERSIST，用于为空间转录组学研究挑选信息丰富的基因目标	本文的创新点在于提出了PERSIST框架，能够通过参考scRNA-seq数据优化选择小型基因面板	没有提到具体的限制因素	研究空间转录组学中如何优化基因选择	包含不同脑区、物种和scRNA-seq技术的数据集	数字病理学	NA	深度学习	PERSIST	基因表达数据	涉及不同脑区和物种的多组数据集
4240	2024-08-05	PUREE: accurate pan-cancer tumor purity estimation from gene expression data 2023-04-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04764-8 PMID:37041233	研究论文	本文开发了PUREE，一个从肿瘤基因表达数据中推断肿瘤纯度的工具	PUREE采用弱监督学习方法，能够对未见肿瘤类型和群体的肿瘤样本进行泛化预测	NA	研究肿瘤纯度及其对肿瘤异质性的影响	7864个固体肿瘤样本的基因表达数据	数字病理学	NA	RNA-seq	弱监督学习	基因表达数据	7864个固体肿瘤样本