单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4221	2024-08-05	Integrative single-cell sequencing analysis distinguishes survival-associated cells from the breast cancer microenvironment 2023-06, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5892 PMID:37021816	研究论文	本研究通过单细胞测序分析辨别出与生存相关的乳腺癌微环境细胞	使用Scissor技术整合单细胞和大样本数据，识别出乳腺癌微环境中影响患者生存的细胞亚群	在表型相关的亚群体识别方面存在挑战	识别乳腺癌微环境中的预后细胞群体以提高对乳腺癌的机制理解	研究乳腺癌微环境中细胞类型及其生存相关性	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	NA	NA
4222	2024-08-08	Promotion of astrocyte-neuron glutamate-glutamine shuttle by SCFA contributes to the alleviation of Alzheimer's disease 2023-06, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2023.102690 PMID:37018970	研究论文	本文研究了短链脂肪酸（SCFA）促进星形胶质细胞-神经元谷氨酸-谷氨酰胺穿梭，从而减轻阿尔茨海默病（AD）的作用机制。	首次揭示了SCFA通过促进谷氨酸-谷氨酰胺穿梭在细胞水平上抵抗氧化损伤，并通过长期饮食补充改善APP/PS1小鼠的认知障碍。	NA	探讨SCFA对阿尔茨海默病的缓解作用及其机制。	SCFA对阿尔茨海默病的影响，以及其在星形胶质细胞-神经元谷氨酸-谷氨酰胺穿梭中的作用。	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	九个月的APPswe/PS1dE9（APP/PS1）小鼠饮食补充实验
4223	2024-08-08	PTTG1 promotes CD34+CD45+ cells to repair the pulmonary vascular barrier via activating the VEGF-bFGF/PI3K/AKT/eNOS signaling pathway in rats with phosgene-induced acute lung injury 2023-Jun, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2023.114654 PMID:37018988	研究论文	本研究探讨了PTTG1通过激活VEGF-bFGF/PI3K/AKT/eNOS信号通路促进CD34+CD45+细胞修复光气诱导的急性肺损伤大鼠肺血管屏障的作用。	首次揭示了PTTG1在CD34+CD45+细胞修复肺血管屏障中的作用及其机制。	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人体试验；PTTG1过表达对减轻P-ALI的效果无显著差异。	探究PTTG1在CD34+CD45+细胞修复光气诱导的急性肺损伤大鼠肺血管屏障中的作用及机制。	CD34+CD45+细胞、PTTG1、VEGF-bFGF/PI3K/AKT/eNOS信号通路。	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠模型
4224	2024-08-08	KGLRR: A low-rank representation K-means with graph regularization constraint method for Single-cell type identification 2023-Jun, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2023.107862 PMID:37031647	研究论文	本文提出了一种基于低秩表示模型的新方法KGLRR，用于单细胞类型识别，该方法结合了低秩表示与K均值聚类，并引入了图正则化约束以提高聚类质量	KGLRR方法通过结合低秩表示和K均值聚类，并引入图正则化约束，能够更准确地捕捉单细胞数据的聚类信息	NA	研究疾病机制中单细胞类型识别的关键步骤	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	低秩表示模型	单细胞数据	使用模拟和真实单细胞数据集进行测试
4225	2024-08-08	Precision medicine in systemic lupus erythematosus 2023-06, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-023-00948-y PMID:37041269	研究论文	本文探讨了系统性红斑狼疮（SLE）的精准医疗，分析了其临床表现的多样性和治疗反应的差异性	文章提出了通过解析SLE的细胞和分子异质性来促进分层治疗建议和精准医疗的发展	NA	研究旨在通过解析SLE的异质性来推动精准医疗的发展	研究对象包括SLE相关的基因、表型相关位点以及影响基因表达的表观遗传变异	NA	系统性红斑狼疮	流式细胞术、质谱细胞术、转录组学、微阵列分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据、细胞功能数据	NA
4226	2024-08-08	Dissecting aortic aneurysm in Marfan syndrome is associated with losartan-sensitive transcriptomic modulation of aortic cells 2023-05-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.168793 PMID:37022786	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了马凡综合征小鼠模型中胸主动脉瘤相关转录组变化，发现了一种与洛沙坦敏感的转录组调控相关的特定细胞亚群。	首次在马凡综合征小鼠模型中识别出两种特定的主动脉细胞亚群，并揭示了这些细胞在胸主动脉瘤发展中的动态变化。	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	旨在深入理解导致胸主动脉瘤和急性主动脉夹层的病理机制。	马凡综合征小鼠模型中的主动脉细胞。	数字病理学	马凡综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Fbn1mgR/mgR小鼠的主动脉细胞
4227	2024-08-08	Accurate and interpretable gene expression imputation on scRNA-seq data using IGSimpute 2023-05-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad124 PMID:37039664	研究论文	本文介绍了一种名为IGSimpute的方法，用于在scRNA-seq数据中准确且可解释地恢复缺失值	IGSimpute通过引入可解释的实例级基因选择层（GSL），在保持高准确性的同时提供了可解释性	NA	提高scRNA-seq数据中缺失值恢复的准确性和可解释性	scRNA-seq数据中的基因表达缺失值	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及17个数据集，包括心脏和大动脉以及四肢肌肉组织
4228	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Unique Alterations in the Immune Panorama and Treg Subpopulations in Mice during the Late Stages of Echinococcus granulosus Infection 2023-05-16, Infection and immunity IF:2.9Q2 DOI:10.1128/iai.00029-23 PMID:37039643	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和免疫组库测序技术，分析了健康和感染细粒棘球蚴的小鼠脾脏及外周血单个核细胞中的53,298个细胞，揭示了感染晚期小鼠免疫全景和调节性T细胞亚群的独特改变。	本研究首次详细描述了细粒棘球蚴感染晚期小鼠免疫细胞的全谱变化，包括先前研究中未被重视的细胞亚群。	NA	研究细粒棘球蚴感染晚期小鼠免疫系统的变化，特别是调节性T细胞亚群的负向免疫调节作用。	健康和感染细粒棘球蚴的小鼠脾脏及外周血单个核细胞。	数字病理学	寄生虫病	单细胞RNA测序，免疫组库测序	NA	细胞	53,298个细胞
4229	2024-08-05	Recent advances in single-cell subcellular sampling 2023-May-02, Chemical communications (Cambridge, England) DOI:10.1039/d3cc00573a PMID:37039236	研究论文	文章探讨了单细胞技术在亚细胞采样中的最新进展	引入了微侵入性分析工具，避免了细胞裂解，提升了活细胞分析的可行性	当前技术限制了广泛的单细胞追踪和应用	研究如何有效去除活细胞内容物以进行下游分析	重点关注单细胞的化学成分及其动态分析	数字病理学	NA	单细胞分析技术	NA	NA	NA
4230	2024-08-05	Deep Multi-Constraint Soft Clustering Analysis for Single-Cell RNA-Seq Data via Zero-Inflated Autoencoder Embedding 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3240253 PMID:37022218	研究论文	本研究提出了一种基于零膨胀自动编码器嵌入的单细胞多约束深度软聚类分析框架	提出了一种新的细胞级紧凑性约束，通过考虑相似细胞之间的关联来强调聚类之间的紧凑性	未提及具体的限制	研究单细胞RNA-seq数据的聚类问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	零膨胀负二项模型	加权软K均值算法	单细胞RNA测序数据	十一组单细胞RNA-seq数据集
4231	2024-08-05	scENT for Revealing Gene Clusters From Single-Cell RNA-Seq Data 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3242260 PMID:37022879	研究论文	本文提出了一种新颖的深度学习框架scENT，用于从单细胞RNA-seq数据中识别显著的基因簇	scENT集成了在单细胞RNA-seq数据学习过程中引入扰动，以提高其对高维数据的鲁棒性和性能	目前的方法尚未充分开发以探讨具有生物学意义的基因级簇	探索基因与人类疾病之间的关系并识别重要的基因簇	基于患者的阿尔茨海默病和脑转移的公共实验单细胞RNA-seq数据	数字病理	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	NA
4232	2024-08-05	Role of stemness-related genes TIMP1, PGF, and SNAI1 in the prognosis of colorectal cancer through single-cell RNA-seq 2023-05, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5833 PMID:37017587	研究论文	本研究分析了与癌症干性相关的预后基因TIMP1、PGF和SNAI1在结直肠癌中的作用	识别了与结直肠癌预后相关的新的干性基因，可能成为结直肠癌的潜在治疗靶点	研究可能缺乏多中心验证和临床试验进一步确认	分析基于单细胞RNA测序数据的结直肠癌干性相关预后基因	研究结直肠癌（CRC）中的干性相关基因及其预后	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	单个细胞轨迹模型	基因表达数据	7916个差异表达基因（CRC和正常组织）
4233	2024-08-08	ScCCL: Single-Cell Data Clustering Based on Self-Supervised Contrastive Learning 2023 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3241129 PMID:37022258	研究论文	本文提出了一种基于自监督对比学习的单细胞数据聚类方法ScCCL	ScCCL通过随机遮蔽基因表达并添加高斯噪声，利用动量编码器结构提取特征，并在实例级和聚类级对比学习模块中应用对比学习，提高了聚类效果	NA	探索单细胞RNA测序数据在细胞层面的异质性，并改进聚类计算方法	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	对比学习	基因表达数据	多个公共数据集
4234	2024-08-08	A Personalized Low-Rank Subspace Clustering Method Based on Locality and Similarity Constraints for scRNA-seq Data Analysis 2023-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3247723 PMID:37027680	研究论文	本文提出了一种基于局部和相似性约束的个性化低秩子空间聚类方法PLRLS，用于单细胞RNA测序数据分析	引入局部结构约束以捕捉数据的局部结构信息，并利用分数函数提取细胞间的相似性信息，增强了模型的聚类性能	NA	开发针对scRNA-seq数据特性的聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	低秩表示（LRR）	表达谱	实际scRNA-seq数据集
4235	2024-08-08	Deciphering the immune heterogeneity dominated by natural killer cells with prognostic and therapeutic implications in hepatocellular carcinoma 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106872 PMID:37030269	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了肝细胞癌中自然杀伤细胞的标记基因，并基于这些基因建立了预测预后和免疫治疗效果的签名	首次通过单细胞RNA测序技术识别了80个与预后相关的自然杀伤细胞标记基因，并建立了基于五个基因的预后签名-NKscore，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗效果	NA	研究肝细胞癌中自然杀伤细胞的异质性及其对预后和治疗的影响	肝细胞癌患者的自然杀伤细胞及其在免疫微环境中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO-COX和逐步回归分析	基因数据	使用TCGA-LIHC数据集进行分析
4236	2024-08-08	Myocardial Biomechanics and the Consequent Differentially Expressed Genes of the Left Atrial Ligation Chick Embryonic Model of Hypoplastic Left Heart Syndrome 2023-May, Annals of biomedical engineering IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s10439-023-03187-0 PMID:37032398	研究论文	本研究通过有限元建模和单细胞RNA测序分析了左心房结扎（LAL）鸡胚心脏模型中的心肌生物力学和基因表达变化	首次详细描述了LAL模型中心肌生物力学的变化及其对基因表达的影响	NA	旨在阐明左心发育不良综合征（HLHS）模型中的心肌生物力学和基因表达变化	鸡胚心脏模型中的心肌生物力学和基因表达	数字病理学	先天性心脏病	有限元建模，单细胞RNA测序	有限元模型	图像，基因表达数据	鸡胚心脏样本，包括LAL和对照组
4237	2024-08-08	Effects of Univariate Stiffness and Degradation of DNA Hydrogels on the Transcriptomics of Neural Progenitor Cells 2023-04-26, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.2c13373 PMID:37029734	研究论文	研究使用DNA及其对映体制备的单一刚度调节水凝胶对神经前体细胞命运决策的影响	采用DNA及其对映体制备具有单一刚度调节的水凝胶，实现了对细胞微环境机械特性的精确操控	研究主要关注水凝胶的刚度和降解对细胞行为的影响，未涉及其他可能的机械信号调节因素	探究细胞外基质（ECM）模拟水凝胶的机械信号如何调节神经前体细胞的行为	神经前体细胞（NPCs）及其在三维环境中的命运决策	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序技术	NA	RNA	一系列具有不同刚度的DNA水凝胶
4238	2024-08-08	Nanoplastics Shape Adaptive Anticancer Immunity in the Colon in Mice 2023-04-26, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.3c00644 PMID:37043775	研究论文	本研究探讨了纳米塑料（NPs）对小鼠肠道微环境和结直肠癌发展的影响	首次揭示了口服聚乙烯纳米塑料通过破坏溶酶体引发IL-1β产生巨噬细胞的活化，进而影响结肠Treg和Th17细胞的分化，促进肿瘤生长	研究仅限于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探究纳米塑料摄入与结直肠癌发生之间的潜在联系	纳米塑料对肠道微环境和结直肠癌的影响	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
4239	2024-08-08	Nodal coordinates the anterior-posterior patterning of germ layers and induces head formation in zebrafish explants 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112351 PMID:37018074	研究论文	本文展示了通过应用区域性Nodal梯度于斑马鱼动物极外植体，可以生成模拟原肠运动关键细胞运动的结构，并评估了该结构的细胞命运动态和模式化过程。	首次展示了通过区域性Nodal梯度诱导斑马鱼外植体形成前-后模式化的胚层和头部结构，并鉴定了具有轴诱导能力的Nodal靶基因。	NA	研究如何完全模拟原肠运动细胞运动和协调胚层模式化以诱导头部形成的方法。	斑马鱼动物极外植体及其细胞命运和模式化过程。	发育生物学	NA	单细胞转录组分析和原位杂交技术	NA	基因表达数据	105个Nodal靶基因中的14个具有轴诱导能力，其中5个在斑马鱼胚胎腹侧过表达时能诱导完整或部分头部结构。
4240	2024-08-08	Elements of divergence in germline determination in closely related species 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106402 PMID:37020963	研究论文	本研究通过阶段匹配的单细胞RNA测序数据集，比较了两种近缘海胆物种的原始生殖细胞（PGCs）中的基因表达差异	揭示了两种海胆物种在生殖细胞基因表达上的多种差异，并发现了一种3'UTR元件在限制关键基因产物转录后调控中的作用	NA	探讨近缘物种间生殖细胞决定过程中的差异	两种海胆物种的原始生殖细胞（PGCs）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	两种海胆物种的原始生殖细胞（PGCs）