单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5352 篇文献，本页显示第 4201 - 4220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4201 | 2024-08-05 |
Standardization and Interpretation of RNA-sequencing for Transplantation
2023-10-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004558
PMID:37026702
|
review | 本文回顾了RNA测序实验流程，讨论了RNA测序中的常用术语，并建议跨多个研究的标准化方法 | 探讨RNA测序在肾脏移植领域的最新应用及其生物信息学工作流程，并讨论该技术的局限性 | 指出RNA-seq技术在移植研究中的限制，可能影响结果并需要多样化的方法 | 旨在标准化RNA-seq的使用并提升其在肾脏移植研究中的有效性 | 重点研究肾脏移植中的RNA测序应用，包括大规模和单细胞RNA测序 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | RNA数据 | NA |
| 4202 | 2024-08-08 |
Gene therapy restores the transcriptional program of hematopoietic stem cells in Fanconi anemia
2023-10-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2022.282418
PMID:37021532
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接受基因治疗的范可尼贫血患者的骨髓中，经基因矫正和未矫正的造血干细胞与祖细胞（HSPC）的共存情况，发现基因治疗能够恢复范可尼贫血HSPC的转录程序，使其与健康供体的HSPC相似 | 首次展示了基因治疗能够挽救遗传性疾病患者HSPC转录程序的缺陷，特别是在范可尼贫血中，该疾病以骨髓衰竭和癌症易感性为特征 | NA | 探究基因治疗是否能够逆转范可尼贫血患者造血干细胞与祖细胞中受影响的分子通路 | 范可尼贫血患者的造血干细胞与祖细胞 | NA | 范可尼贫血 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 基因治疗后的范可尼贫血患者的骨髓样本 |
| 4203 | 2024-08-08 |
Targeting PPAR-gamma counteracts tumour adaptation to immune-checkpoint blockade in hepatocellular carcinoma
2023-09, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2022-328364
PMID:37019619
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research paper | 本研究探讨了肝细胞癌（HCC）患者对免疫检查点抑制剂治疗产生耐药性的机制，并发现PPARγ/VEGF-A介导的肿瘤微环境免疫抑制是关键因素 | 首次揭示了PPARγ通过上调VEGF-A促进骨髓源性抑制细胞（MDSC）扩张和CD8+ T细胞功能障碍，从而导致肿瘤对免疫检查点抑制剂产生耐药性 | NA | 研究肝细胞癌对免疫检查点抑制剂治疗的耐药机制 | 肝细胞癌模型及患者肿瘤样本 | digital pathology | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据和免疫数据 | 两个免疫治疗耐药的HCC模型，15名对pembrolizumab耐药的HCC患者 |
| 4204 | 2024-08-08 |
Discovery of cellular and genetic signatures of immune tolerance in kidney transplant recipients through single cell RNA sequencing analysis
2023-09, HLA
IF:5.9Q1
DOI:10.1111/tan.15061
PMID:37038287
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肾移植受者中移植操作耐受性的细胞和遗传特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术，分析了肾移植受者外周血单个核细胞中的细胞分布和基因表达差异，揭示了移植操作耐受性的独特细胞和遗传特征 | 样本量较小，仅包括12名肾移植受者，可能影响结果的普遍性 | 揭示肾移植受者中移植操作耐受性的细胞和遗传特征 | 肾移植受者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 肾移植 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12名肾移植受者，包括4名移植操作耐受性受者，4名稳定移植物功能受者，4名活检证实的移植物排斥受者 |
| 4205 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing for Studying Human Cancers
2023-08-10, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类癌症研究中的应用及其在癌症生物学中的进展 | scRNA-seq技术已应用于多种癌症类型和多样化的研究设计，以增进对肿瘤生物学、肿瘤微环境和治疗反应的理解 | scRNA-seq技术在癌症研究中面临特定的计算挑战 | 回顾scRNA-seq在癌症生物学中的进展并讨论其计算挑战 | 单细胞RNA测序技术及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 数千个scRNA-seq研究 |
| 4206 | 2024-08-05 |
Identification of HDAC4 as a potential therapeutic target and prognostic biomarker for ZFTA-fused ependymomas
2023-08, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-023-00616-z
PMID:37041276
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研究论文 | 本研究识别了HDAC4作为ZFTA融合的脑室上皮肿瘤的潜在治疗靶标和预后生物标志物 | 首次分析了HDAC家族在脑室上皮肿瘤中的作用，并确立了HDAC4作为预后指标 | 尚未阐明HDAC家族其他成员在脑室上皮肿瘤中的具体角色 | 研究HDAC家族在脑室上皮肿瘤中的生物学作用 | ZFTA融合的脑室上皮肿瘤样本 | 数字病理学 | 脑室上皮瘤 | 单细胞RNA测序、定量实时聚合酶链反应、免疫组化 | NA | 转录组数据 | 十八个HDAC基因的样本 |
| 4207 | 2024-08-08 |
Functional specialization of short-lived and long-lived macrophage subsets in human tonsils
2023-07-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230002
PMID:37036425
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研究论文 | 本文研究了人类扁桃体中巨噬细胞的功能特化，并识别出三种具有不同表型、转录组、生命周期和功能的亚群 | 首次详细描述了人类扁桃体中巨噬细胞的异质性及其功能特化，揭示了CD36hi巨噬细胞通过产生Activin A刺激T滤泡辅助细胞的机制 | 研究仅限于非疾病状态下的扁桃体组织，未涉及疾病状态下的情况 | 探究人类扁桃体中巨噬细胞的特性和功能 | 人类扁桃体中的巨噬细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 非人类灵长类动物的扁桃体样本 |
| 4208 | 2024-08-05 |
Predictive significance of PRR11 in prognosis and immune infiltration of glioma patients
2023-07, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.23539
PMID:37036189
|
研究论文 | 本研究探讨了PRR11在胶质瘤患者预后和免疫浸润中的预测意义 | PRR11被认为是胶质瘤患者诊断和预后的新型可靠预测因子，且涉及细胞周期、转录因子以及免疫浸润等机制 | 尚不清楚PRR11在胶质瘤中的具体作用机制，且样本来源于多个数据集，可能影响一致性 | 研究PRR11在胶质瘤患者中的诊断和预后价值 | 胶质瘤患者的临床资料和细胞系 | 数字病理 | 胶质瘤 | 单细胞测序(scRNA-seq) | NA | 临床数据和细胞系 | 多个数据集和两个细胞系(U251和LN229) |
| 4209 | 2024-08-05 |
exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data
2023-06-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad262
PMID:37026478
|
研究论文 | 本文提出了一种名为exFINDER的方法，用于识别单细胞转录组数据中细胞接收到的外部通信信号 | exFINDER利用信号通路的先验知识，首次识别了细胞从外部系统接收到的信号 | 目前研究主要依赖于现有的单细胞转录组数据，可能受数据质量和充分性的限制 | 研究目的在于揭示单细胞转录组数据中的外部信号及其对目标基因的激活作用 | 涉及单细胞转录组(scRNA-seq)数据，应用于不同物种的细胞数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) | NA | 数据集中的转录组数据 | NA |
| 4210 | 2024-08-08 |
Oncogenic signaling is coupled to colorectal cancer cell differentiation state
2023-06-05, The Journal of cell biology
IF:7.4Q1
DOI:10.1083/jcb.202204001
PMID:37017636
|
研究论文 | 本文通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，研究了结直肠癌发展过程中肿瘤信号传导与细胞分化状态的关系 | 首次使用质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，构建了结直肠癌发展过程中肿瘤信号传导与细胞分化状态的高维单细胞图谱 | NA | 探究结直肠癌发展过程中肿瘤信号传导与细胞分化状态的关系 | 结直肠癌细胞的分化状态及其与肿瘤信号传导的关系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 使用了同基因人类结肠类器官和患者来源的癌症类器官样本 |
| 4211 | 2024-08-05 |
iBRIDGE: A Data Integration Method to Identify Inflamed Tumors from Single-cell RNA-Seq Data and Differentiate Cell Type-Specific Markers of Immune-Cell Infiltration
2023-06-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0283
PMID:37023414
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研究论文 | 本文介绍了一种名为iBRIDGE的方法，通过整合参考的bulk RNA-seq数据与恶性肿瘤的单细胞RNA-seq数据，以识别T细胞炎症的肿瘤。 | iBRIDGE方法首次能够从单细胞RNA-seq数据中识别具有T细胞炎症的肿瘤患者，并识别特定的细胞类型标记。 | 本研究未提及具体的临床试验或外部验证数据，可能影响结果的广泛适用性。 | 研究旨在开发一种方法以从单细胞RNA-seq数据中识别肿瘤微环境中的T细胞浸润。 | 研究对象为恶性细胞、单核细胞和成纤维细胞。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 使用了两个匹配的bulk数据集进行分析 |
| 4212 | 2024-08-05 |
Integrative Single-Cell Transcriptomics and Epigenomics Mapping of the Fetal Retina Developmental Dynamics
2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202206623
PMID:37017569
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研究论文 | 本研究探讨了人类胚胎眼样本中视网膜发育的单细胞转录组学和表观基因组学机制 | 首次整合单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序研究视网膜前体细胞的异质性及发育轨迹 | 研究样本仅限于9-26周的胚胎眼，可能不完全代表整个视网膜发育过程 | 了解在视网膜发育过程中基因表达和染色质可及性背后的机制 | 人类胚胎眼样本中的视网膜前体细胞及其向主要视网膜细胞类型的分化轨迹 | 数字病理学 | 眼部疾病 | 单细胞RNA测序和单细胞可及染色质测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9-26周的人类胚胎眼样本 |
| 4213 | 2024-08-05 |
Integrative single-cell sequencing analysis distinguishes survival-associated cells from the breast cancer microenvironment
2023-06, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.5892
PMID:37021816
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析辨别出与生存相关的乳腺癌微环境细胞 | 使用Scissor技术整合单细胞和大样本数据，识别出乳腺癌微环境中影响患者生存的细胞亚群 | 在表型相关的亚群体识别方面存在挑战 | 识别乳腺癌微环境中的预后细胞群体以提高对乳腺癌的机制理解 | 研究乳腺癌微环境中细胞类型及其生存相关性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 4214 | 2024-08-08 |
Promotion of astrocyte-neuron glutamate-glutamine shuttle by SCFA contributes to the alleviation of Alzheimer's disease
2023-06, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2023.102690
PMID:37018970
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研究论文 | 本文研究了短链脂肪酸（SCFA）促进星形胶质细胞-神经元谷氨酸-谷氨酰胺穿梭，从而减轻阿尔茨海默病（AD）的作用机制。 | 首次揭示了SCFA通过促进谷氨酸-谷氨酰胺穿梭在细胞水平上抵抗氧化损伤，并通过长期饮食补充改善APP/PS1小鼠的认知障碍。 | NA | 探讨SCFA对阿尔茨海默病的缓解作用及其机制。 | SCFA对阿尔茨海默病的影响，以及其在星形胶质细胞-神经元谷氨酸-谷氨酰胺穿梭中的作用。 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 九个月的APPswe/PS1dE9（APP/PS1）小鼠饮食补充实验 |
| 4215 | 2024-08-08 |
PTTG1 promotes CD34+CD45+ cells to repair the pulmonary vascular barrier via activating the VEGF-bFGF/PI3K/AKT/eNOS signaling pathway in rats with phosgene-induced acute lung injury
2023-Jun, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.114654
PMID:37018988
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研究论文 | 本研究探讨了PTTG1通过激活VEGF-bFGF/PI3K/AKT/eNOS信号通路促进CD34+CD45+细胞修复光气诱导的急性肺损伤大鼠肺血管屏障的作用。 | 首次揭示了PTTG1在CD34+CD45+细胞修复肺血管屏障中的作用及其机制。 | 研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人体试验；PTTG1过表达对减轻P-ALI的效果无显著差异。 | 探究PTTG1在CD34+CD45+细胞修复光气诱导的急性肺损伤大鼠肺血管屏障中的作用及机制。 | CD34+CD45+细胞、PTTG1、VEGF-bFGF/PI3K/AKT/eNOS信号通路。 | 数字病理学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠模型 |
| 4216 | 2024-08-08 |
KGLRR: A low-rank representation K-means with graph regularization constraint method for Single-cell type identification
2023-Jun, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种基于低秩表示模型的新方法KGLRR，用于单细胞类型识别，该方法结合了低秩表示与K均值聚类，并引入了图正则化约束以提高聚类质量 | KGLRR方法通过结合低秩表示和K均值聚类，并引入图正则化约束，能够更准确地捕捉单细胞数据的聚类信息 | NA | 研究疾病机制中单细胞类型识别的关键步骤 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩表示模型 | 单细胞数据 | 使用模拟和真实单细胞数据集进行测试 |
| 4217 | 2024-08-08 |
Precision medicine in systemic lupus erythematosus
2023-06, Nature reviews. Rheumatology
DOI:10.1038/s41584-023-00948-y
PMID:37041269
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研究论文 | 本文探讨了系统性红斑狼疮（SLE）的精准医疗，分析了其临床表现的多样性和治疗反应的差异性 | 文章提出了通过解析SLE的细胞和分子异质性来促进分层治疗建议和精准医疗的发展 | NA | 研究旨在通过解析SLE的异质性来推动精准医疗的发展 | 研究对象包括SLE相关的基因、表型相关位点以及影响基因表达的表观遗传变异 | NA | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术、质谱细胞术、转录组学、微阵列分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、细胞功能数据 | NA |
| 4218 | 2024-08-08 |
Dissecting aortic aneurysm in Marfan syndrome is associated with losartan-sensitive transcriptomic modulation of aortic cells
2023-05-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.168793
PMID:37022786
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了马凡综合征小鼠模型中胸主动脉瘤相关转录组变化，发现了一种与洛沙坦敏感的转录组调控相关的特定细胞亚群。 | 首次在马凡综合征小鼠模型中识别出两种特定的主动脉细胞亚群，并揭示了这些细胞在胸主动脉瘤发展中的动态变化。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 旨在深入理解导致胸主动脉瘤和急性主动脉夹层的病理机制。 | 马凡综合征小鼠模型中的主动脉细胞。 | 数字病理学 | 马凡综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | Fbn1mgR/mgR小鼠的主动脉细胞 |
| 4219 | 2024-08-08 |
Accurate and interpretable gene expression imputation on scRNA-seq data using IGSimpute
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad124
PMID:37039664
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IGSimpute的方法，用于在scRNA-seq数据中准确且可解释地恢复缺失值 | IGSimpute通过引入可解释的实例级基因选择层（GSL），在保持高准确性的同时提供了可解释性 | NA | 提高scRNA-seq数据中缺失值恢复的准确性和可解释性 | scRNA-seq数据中的基因表达缺失值 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及17个数据集，包括心脏和大动脉以及四肢肌肉组织 |
| 4220 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Unique Alterations in the Immune Panorama and Treg Subpopulations in Mice during the Late Stages of Echinococcus granulosus Infection
2023-05-16, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00029-23
PMID:37039643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和免疫组库测序技术，分析了健康和感染细粒棘球蚴的小鼠脾脏及外周血单个核细胞中的53,298个细胞，揭示了感染晚期小鼠免疫全景和调节性T细胞亚群的独特改变。 | 本研究首次详细描述了细粒棘球蚴感染晚期小鼠免疫细胞的全谱变化，包括先前研究中未被重视的细胞亚群。 | NA | 研究细粒棘球蚴感染晚期小鼠免疫系统的变化，特别是调节性T细胞亚群的负向免疫调节作用。 | 健康和感染细粒棘球蚴的小鼠脾脏及外周血单个核细胞。 | 数字病理学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序，免疫组库测序 | NA | 细胞 | 53,298个细胞 |