单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4201	2024-08-08	Multi-omics integrative analysis reveals the role of tumor necrosis factor superfamily member 4 in keloidal scarring 2023, American journal of translational research IF:1.7Q4 PMID:37056826	研究论文	本研究通过多组学整合分析，揭示了肿瘤坏死因子超家族成员4（TNFSF4）在瘢痕疙瘩中的上调表达及其生物学意义	首次在多组学水平上揭示了TNFSF4在瘢痕疙瘩中的上调表达及其对细胞间对话和间质成纤维细胞转录组的影响	NA	旨在识别瘢痕疙瘩中异常表达的免疫分子并探索其可能的生物学意义	瘢痕疙瘩中的免疫分子表达及TNFSF4的作用	数字病理学	瘢痕疙瘩	免疫基因测序、微阵列数据集、高通量测序数据集、甲基化微阵列数据集、实时定量PCR分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4202	2024-08-08	M1 Microglia-derived Exosomes Promote Activation of Resting Microglia and Amplifies Proangiogenic Effects through Irf1/miR-155-5p/Socs1 Axis in the Retina 2023, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.79784 PMID:37063422	研究论文	本研究利用公开的单细胞RNA测序数据集，揭示了M1小胶质细胞通过外泌体促进M0小胶质细胞活化并增强其促血管生成能力的作用机制	本研究首次阐明了M1小胶质细胞通过外泌体传递miR-155-5p信号，抑制Socs1并激活NFκB途径，从而放大促血管生成效应的分子机制	NA	揭示小胶质细胞在视网膜新生血管疾病中的病理生理和分子机制，为临床视网膜新生血管的治疗提供新的靶向策略	小胶质细胞及其在视网膜血管生成中的作用	NA	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4203	2024-08-08	SIRT1 promotes glucolipid metabolic conversion to facilitate tumor development in colorectal carcinoma 2023, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.76704 PMID:37063423	研究论文	本文研究了SIRT1在结直肠癌中促进糖脂代谢转换以促进肿瘤发展的机制	首次揭示了SIRT1在结直肠癌细胞中作为糖脂代谢转换的关键调节因子，并证明了其在肿瘤进展中的重要作用	NA	探究结直肠癌细胞中糖脂代谢转换的机制及其在肿瘤发展中的作用	结直肠癌细胞、裸鼠异种移植模型和临床结直肠癌样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA测序（RNA-Seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）、Seahorse代谢分析、免疫印迹、免疫荧光和免疫组织化学（IHC）	NA	RNA	包括癌症细胞系、裸鼠异种移植模型和临床结直肠癌样本
4204	2024-08-08	Single-cell RNA and transcriptome sequencing profiles identify immune-associated key genes in the development of diabetic kidney disease 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1030198 PMID:37063851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序，识别与糖尿病肾病（DKD）发展相关的免疫相关关键基因。	本研究首次通过单细胞RNA测序和转录组测序技术，识别出与DKD发展密切相关的关键基因，并揭示了免疫细胞在DKD中的新发病机制。	本研究主要基于公共数据集进行分析，未来需要更多的临床样本验证这些发现。	发现用于预测糖尿病肾病发展的非侵入性和敏感的免疫相关生物标志物。	糖尿病肾病（DKD）及其相关的免疫细胞和关键基因。	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（ScRNA-seq），转录组测序	NA	基因表达数据	35名DKD患者和35名健康对照
4205	2024-08-08	Etiology of end-stage liver cirrhosis impacts hepatic natural killer cell heterogenicity 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1137034 PMID:37063898	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了不同病因导致肝硬化的终末期肝脏中自然杀伤细胞的异质性	首次揭示了疾病病因对肝硬化期间自然杀伤细胞行为的影响	NA	探讨疾病病因对肝硬化期间自然杀伤细胞异质性的影响	肝硬化终末期肝脏中的自然杀伤细胞	数字病理学	肝硬化	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非酒精性脂肪性肝炎、慢性丙型肝炎感染和原发性硬化性胆管炎患者的肝硬化终末期肝脏样本
4206	2024-08-08	PIK3C2A is a prognostic biomarker that is linked to immune infiltrates in kidney renal clear cell carcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1114572 PMID:37063922	研究论文	本文研究了PIK3C2A在肾透明细胞癌中的表达模式及其作为预后生物标志物的意义，并探讨了其与肿瘤免疫浸润的关系	首次揭示了PIK3C2A在肾透明细胞癌中的预后价值及其与免疫细胞浸润水平的关联	NA	探讨PIK3C2A在肾透明细胞癌中的预后作用及其与肿瘤免疫的关系	PIK3C2A在肾透明细胞癌中的表达及其对患者生存的影响	数字病理学	肾癌	scRNA-seq, Western blot	NA	基因表达数据	多个数据集和TCGA数据库中的样本
4207	2024-08-08	Prognostic value of autophagy-related genes based on single-cell RNA-sequencing in colorectal cancer 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1109683 PMID:37065476	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据评估自噬相关基因在结直肠癌中的预后价值和潜在功能	开发了一种基于11个关键自噬相关基因的风险模型，这些基因可能作为结直肠癌的潜在治疗靶点	NA	评估自噬相关基因在结直肠癌中的预后价值	结直肠癌患者的自噬相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	16,270个细胞
4208	2024-08-08	PDGF-D-induced immunoproteasome activation and cell-cell interactions 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.03.047 PMID:37066124	研究论文	本研究探讨了血小板源性生长因子-D（PDGF-D）在视网膜色素上皮（RPE）细胞中过表达对免疫蛋白酶体活性和细胞间相互作用的影响	首次揭示了PDGF-D过表达显著上调关键免疫蛋白酶体基因，增加RPE细胞的抗原处理/呈递能力，并发现PDGF-D过表达的RPE-脉络膜组织中配体-受体对数量显著增加，表明细胞间相互作用增强	NA	研究PDGF-D在眼部疾病中的作用及其对眼部细胞和细胞间相互作用的影响	视网膜色素上皮细胞和PDGF-D过表达的RPE-脉络膜组织	数字病理学	眼部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用PDGF-D过表达的RPE细胞的小鼠模型
4209	2024-08-05	Standardization and Interpretation of RNA-sequencing for Transplantation 2023-10-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004558 PMID:37026702	review	本文回顾了RNA测序实验流程，讨论了RNA测序中的常用术语，并建议跨多个研究的标准化方法	探讨RNA测序在肾脏移植领域的最新应用及其生物信息学工作流程，并讨论该技术的局限性	指出RNA-seq技术在移植研究中的限制，可能影响结果并需要多样化的方法	旨在标准化RNA-seq的使用并提升其在肾脏移植研究中的有效性	重点研究肾脏移植中的RNA测序应用，包括大规模和单细胞RNA测序	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	RNA数据	NA
4210	2024-08-08	Gene therapy restores the transcriptional program of hematopoietic stem cells in Fanconi anemia 2023-10-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282418 PMID:37021532	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了接受基因治疗的范可尼贫血患者的骨髓中，经基因矫正和未矫正的造血干细胞与祖细胞（HSPC）的共存情况，发现基因治疗能够恢复范可尼贫血HSPC的转录程序，使其与健康供体的HSPC相似	首次展示了基因治疗能够挽救遗传性疾病患者HSPC转录程序的缺陷，特别是在范可尼贫血中，该疾病以骨髓衰竭和癌症易感性为特征	NA	探究基因治疗是否能够逆转范可尼贫血患者造血干细胞与祖细胞中受影响的分子通路	范可尼贫血患者的造血干细胞与祖细胞	NA	范可尼贫血	单细胞RNA测序	NA	RNA	基因治疗后的范可尼贫血患者的骨髓样本
4211	2024-08-08	Targeting PPAR-gamma counteracts tumour adaptation to immune-checkpoint blockade in hepatocellular carcinoma 2023-09, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-328364 PMID:37019619	research paper	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）患者对免疫检查点抑制剂治疗产生耐药性的机制，并发现PPARγ/VEGF-A介导的肿瘤微环境免疫抑制是关键因素	首次揭示了PPARγ通过上调VEGF-A促进骨髓源性抑制细胞（MDSC）扩张和CD8+ T细胞功能障碍，从而导致肿瘤对免疫检查点抑制剂产生耐药性	NA	研究肝细胞癌对免疫检查点抑制剂治疗的耐药机制	肝细胞癌模型及患者肿瘤样本	digital pathology	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据和免疫数据	两个免疫治疗耐药的HCC模型，15名对pembrolizumab耐药的HCC患者
4212	2024-08-08	Discovery of cellular and genetic signatures of immune tolerance in kidney transplant recipients through single cell RNA sequencing analysis 2023-09, HLA IF:5.9Q1 DOI:10.1111/tan.15061 PMID:37038287	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肾移植受者中移植操作耐受性的细胞和遗传特征	首次通过单细胞RNA测序技术，分析了肾移植受者外周血单个核细胞中的细胞分布和基因表达差异，揭示了移植操作耐受性的独特细胞和遗传特征	样本量较小，仅包括12名肾移植受者，可能影响结果的普遍性	揭示肾移植受者中移植操作耐受性的细胞和遗传特征	肾移植受者的外周血单个核细胞	数字病理学	肾移植	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12名肾移植受者，包括4名移植操作耐受性受者，4名稳定移植物功能受者，4名活检证实的移植物排斥受者
4213	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing for Studying Human Cancers 2023-08-10, Annual review of biomedical data science IF:7.0Q1 DOI:10.1146/annurev-biodatasci-020722-091857 PMID:37040737	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类癌症研究中的应用及其在癌症生物学中的进展	scRNA-seq技术已应用于多种癌症类型和多样化的研究设计，以增进对肿瘤生物学、肿瘤微环境和治疗反应的理解	scRNA-seq技术在癌症研究中面临特定的计算挑战	回顾scRNA-seq在癌症生物学中的进展并讨论其计算挑战	单细胞RNA测序技术及其在癌症研究中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	数千个scRNA-seq研究
4214	2024-08-05	Identification of HDAC4 as a potential therapeutic target and prognostic biomarker for ZFTA-fused ependymomas 2023-08, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-023-00616-z PMID:37041276	研究论文	本研究识别了HDAC4作为ZFTA融合的脑室上皮肿瘤的潜在治疗靶标和预后生物标志物	首次分析了HDAC家族在脑室上皮肿瘤中的作用，并确立了HDAC4作为预后指标	尚未阐明HDAC家族其他成员在脑室上皮肿瘤中的具体角色	研究HDAC家族在脑室上皮肿瘤中的生物学作用	ZFTA融合的脑室上皮肿瘤样本	数字病理学	脑室上皮瘤	单细胞RNA测序、定量实时聚合酶链反应、免疫组化	NA	转录组数据	十八个HDAC基因的样本
4215	2024-08-08	Functional specialization of short-lived and long-lived macrophage subsets in human tonsils 2023-07-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230002 PMID:37036425	研究论文	本文研究了人类扁桃体中巨噬细胞的功能特化，并识别出三种具有不同表型、转录组、生命周期和功能的亚群	首次详细描述了人类扁桃体中巨噬细胞的异质性及其功能特化，揭示了CD36hi巨噬细胞通过产生Activin A刺激T滤泡辅助细胞的机制	研究仅限于非疾病状态下的扁桃体组织，未涉及疾病状态下的情况	探究人类扁桃体中巨噬细胞的特性和功能	人类扁桃体中的巨噬细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	非人类灵长类动物的扁桃体样本
4216	2024-08-05	Predictive significance of PRR11 in prognosis and immune infiltration of glioma patients 2023-07, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23539 PMID:37036189	研究论文	本研究探讨了PRR11在胶质瘤患者预后和免疫浸润中的预测意义	PRR11被认为是胶质瘤患者诊断和预后的新型可靠预测因子，且涉及细胞周期、转录因子以及免疫浸润等机制	尚不清楚PRR11在胶质瘤中的具体作用机制，且样本来源于多个数据集，可能影响一致性	研究PRR11在胶质瘤患者中的诊断和预后价值	胶质瘤患者的临床资料和细胞系	数字病理	胶质瘤	单细胞测序(scRNA-seq)	NA	临床数据和细胞系	多个数据集和两个细胞系(U251和LN229)
4217	2024-08-05	exFINDER: identify external communication signals using single-cell transcriptomics data 2023-06-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad262 PMID:37026478	研究论文	本文提出了一种名为exFINDER的方法，用于识别单细胞转录组数据中细胞接收到的外部通信信号	exFINDER利用信号通路的先验知识，首次识别了细胞从外部系统接收到的信号	目前研究主要依赖于现有的单细胞转录组数据，可能受数据质量和充分性的限制	研究目的在于揭示单细胞转录组数据中的外部信号及其对目标基因的激活作用	涉及单细胞转录组(scRNA-seq)数据，应用于不同物种的细胞数据集	数字病理学	NA	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	数据集中的转录组数据	NA
4218	2024-08-08	Oncogenic signaling is coupled to colorectal cancer cell differentiation state 2023-06-05, The Journal of cell biology IF:7.4Q1 DOI:10.1083/jcb.202204001 PMID:37017636	研究论文	本文通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，研究了结直肠癌发展过程中肿瘤信号传导与细胞分化状态的关系	首次使用质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，构建了结直肠癌发展过程中肿瘤信号传导与细胞分化状态的高维单细胞图谱	NA	探究结直肠癌发展过程中肿瘤信号传导与细胞分化状态的关系	结直肠癌细胞的分化状态及其与肿瘤信号传导的关系	数字病理学	结直肠癌	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	使用了同基因人类结肠类器官和患者来源的癌症类器官样本
4219	2024-08-05	iBRIDGE: A Data Integration Method to Identify Inflamed Tumors from Single-cell RNA-Seq Data and Differentiate Cell Type-Specific Markers of Immune-Cell Infiltration 2023-06-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0283 PMID:37023414	研究论文	本文介绍了一种名为iBRIDGE的方法，通过整合参考的bulk RNA-seq数据与恶性肿瘤的单细胞RNA-seq数据，以识别T细胞炎症的肿瘤。	iBRIDGE方法首次能够从单细胞RNA-seq数据中识别具有T细胞炎症的肿瘤患者，并识别特定的细胞类型标记。	本研究未提及具体的临床试验或外部验证数据，可能影响结果的广泛适用性。	研究旨在开发一种方法以从单细胞RNA-seq数据中识别肿瘤微环境中的T细胞浸润。	研究对象为恶性细胞、单核细胞和成纤维细胞。	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	使用了两个匹配的bulk数据集进行分析
4220	2024-08-05	Integrative Single-Cell Transcriptomics and Epigenomics Mapping of the Fetal Retina Developmental Dynamics 2023-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202206623 PMID:37017569	研究论文	本研究探讨了人类胚胎眼样本中视网膜发育的单细胞转录组学和表观基因组学机制	首次整合单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序研究视网膜前体细胞的异质性及发育轨迹	研究样本仅限于9-26周的胚胎眼，可能不完全代表整个视网膜发育过程	了解在视网膜发育过程中基因表达和染色质可及性背后的机制	人类胚胎眼样本中的视网膜前体细胞及其向主要视网膜细胞类型的分化轨迹	数字病理学	眼部疾病	单细胞RNA测序和单细胞可及染色质测序	NA	单细胞转录组数据	9-26周的人类胚胎眼样本