单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5355 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2024-10-16 |
Acute ischemia induces spatially and transcriptionally distinct microglial subclusters
2023-12-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01257-5
PMID:38082331
|
研究论文 | 研究急性缺血诱导的微胶质亚群及其转录特征 | 发现了与中风相关的微胶质亚群，并定义了它们的空间分布和功能特征 | NA | 探讨中风后微胶质细胞的异质性及其机制 | 中风后小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、RNAscope、免疫荧光、基因集变异分析（GSVA）、上游调控分析（IPA）、RT-qPCR、shRNA介导的敲低、靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | MCAO小鼠的三个时间点样本 |
| 402 | 2024-10-16 |
Dynamic profiling of immune microenvironment during anti-PD-1 immunotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: the IPRICE study
2023-Dec-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11672-x
PMID:38066522
|
研究论文 | 研究旨在通过动态分析免疫微环境，识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 采用多学科方法，包括空间转录组学和单细胞RNA测序，以深入了解免疫疗法的抗性和反应机制 | 研究为单中心、前瞻性、非随机、开放标签的干预性临床试验，样本量有限 | 识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 54名接受PD-1免疫疗法的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、医学影像 | 54名复发/转移性头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 403 | 2024-10-16 |
Quartets enable statistically consistent estimation of cell lineage trees under an unbiased error and missingness model
2023-Dec-01, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-023-00248-w
PMID:38041123
|
研究论文 | 研究了在肿瘤细胞进化历史重建中，基于四元组（quartets）的方法在面对无偏误差和缺失数据模型时的统计一致性 | 提出了基于四元组的方法，证明了其在高度未解析的模型树和定义为假阴性分支数量的误差情况下的统计一致性 | 文章主要集中在理论分析，未详细讨论实际应用中的具体实施和效果 | 研究肿瘤进化历史的重建方法，特别是在面对单细胞测序数据中的稀疏性和错误时的有效性 | 肿瘤细胞的进化树重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 四元组（quartets） | 分子序列 | 四细胞 |
| 404 | 2024-10-16 |
Single-Cell Profiling of Premature Neonate Airways Reveals a Continuum of Myeloid Differentiation
2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0293OC
PMID:37643399
|
研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析极早产新生儿气道中的细胞类型，揭示了髓系分化的连续性 | 首次在极早产新生儿气道中进行单细胞RNA测序，识别出髓系细胞的不同分化轨迹 | 研究样本量较小，仅限于极早产新生儿，且依赖于临床干预的采样方法 | 探索单细胞RNA测序在极早产新生儿气道细胞类型分析中的应用 | 极早产新生儿气道中的细胞类型及其髓系分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名极早产新生儿 |
| 405 | 2024-10-16 |
A SELECTIVE REVIEW OF RECENT DEVELOPMENTS IN SPATIALLY VARIABLE GENE DETECTION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Nov-23, ArXiv
PMID:38045476
|
综述 | 本文综述了近年来在空间转录组学中检测空间变异基因（SVG）的最新进展 | 本文总结了多种新方法和创新概念，用于检测空间变异基因 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中空间变异基因检测的重要性 | 空间变异基因（SVG） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 406 | 2024-10-16 |
Latent feature extraction with a prior-based self-attention framework for spatial transcriptomics
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277891.123
PMID:37903634
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研究论文 | 本文提出了一种基于先验的自注意力框架PAST，用于空间转录组学中的潜在特征提取 | PAST是首个集成参考数据分析空间转录组数据的方法，通过贝叶斯神经网络整合先验信息，自注意力机制捕捉空间模式，并采用涟漪行走采样策略实现可扩展应用 | NA | 开发一种有效的方法来表征空间转录组数据中的空间域，以促进下游分析和生物学解释 | 空间转录组数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 贝叶斯神经网络 | 变分图卷积自编码器 | 转录组数据 | 多个技术生成的数据集 |
| 407 | 2024-10-16 |
Mapping oto-pharyngeal development in a human inner ear organoid model
2023-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201871
PMID:37796037
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研究论文 | 研究使用人类内耳类器官模型绘制耳咽发育的时间线 | 开发了一种使用多能干细胞的三维培养模型，用于研究人类内耳发育，并建立了内耳类器官发育图谱（IODA） | 研究中仍有许多细胞类型未被定义，且类器官模型与体内发育存在潜在差异 | 旨在绘制内耳类器官的体外发育时间线，以理解其发育机制 | 人类内耳类器官的发育过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在分化过程的前36天内，对10个阶段的样本进行了单细胞RNA测序 |
| 408 | 2024-10-16 |
Transcript accumulation rates in the early Caenorhabditis elegans embryo
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi1270
PMID:37611097
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研究论文 | 本文研究了早期秀丽隐杆线虫胚胎中转录积累速率 | 首次在全基因组范围内测量了早期胚胎中单细胞分辨率的转录积累速率，并识别了与高转录速率相关的核心启动子元件 | 研究仅限于早期胚胎阶段，且未涵盖所有发育基因 | 估计早期胚胎中合子mRNA的积累速率，并理解转录动力学如何驱动发育决策 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎中的转录积累速率 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序和单分子转录成像 | NA | RNA序列数据 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎的单细胞样本 |
| 409 | 2024-10-16 |
Impaired PPARγ activation by cadmium exacerbates infection-induced lung injury
2023-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166608
PMID:36928191
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研究论文 | 研究揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ激活的抑制作用，加剧了感染诱导的肺损伤 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ基因表达的影响，并发现ERK激活介导的PPARγ降解加剧了肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨环境重金属暴露与肺部疾病之间的关系，特别是感染诱导的肺损伤 | 肺部巨噬细胞、PPARγ基因、ERK激活 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类样本 |
| 410 | 2024-10-16 |
Bacterial droplet-based single-cell RNA-seq reveals antibiotic-associated heterogeneous cellular states
2023-02-16, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.01.002
PMID:36708705
|
研究论文 | 介绍了一种名为BacDrop的高可扩展性细菌单细胞RNA测序技术，用于研究抗生素压力下的细胞异质性 | BacDrop技术克服了细菌单细胞RNA测序的许多挑战，能够处理数千到数百万个细胞，并揭示了抗生素压力下的细胞异质性 | NA | 研究细菌在抗生素压力下的细胞异质性 | 肺炎克雷伯菌临床分离株及其对抗生素压力的异质性反应 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千到数百万个细菌细胞 |
| 411 | 2024-10-15 |
STmut: a framework for visualizing somatic alterations in spatial transcriptomics data of cancer
2023-11-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03121-6
PMID:38037084
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STmut的新软件，用于在Visium空间转录组数据中可视化体细胞点突变、等位基因不平衡和拷贝数变异 | STmut软件的创新之处在于它能够在空间转录组数据中可视化体细胞突变和拷贝数变异 | FFPE平台的化学性质不允许分析单核苷酸变异 | 本文旨在为空间转录组数据添加遗传维度，并描述不同数据类型的局限性 | 本文研究了新鲜冷冻Visium数据、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）Visium数据以及有无匹配DNA测序数据的肿瘤 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 涉及新鲜冷冻Visium数据、FFPE Visium数据以及有无匹配DNA测序数据的肿瘤样本 |
| 412 | 2024-10-15 |
Lobular Carcinoma of the Breast: A Comprehensive Review with Translational Insights
2023-Nov-20, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15225491
PMID:38001750
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综述 | 本文综述了乳腺浸润性小叶癌的多个病理方面及其转化特征 | 探讨了空间转录组学和其他高复杂度技术在肿瘤微环境特征和最新研究成果中的应用 | NA | 深入理解乳腺浸润性小叶癌的独特实体及其在个性化治疗时代的新治疗选择 | 乳腺浸润性小叶癌的病理特征、遗传途径、生物学特性及治疗策略 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 413 | 2024-10-15 |
Integrated multi-omics single cell atlas of the human retina
2023-Nov-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3471275/v1
PMID:38014002
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研究论文 | 本文构建了一个综合的多模态人类视网膜单细胞图谱 | 本文首次整合了人类视网膜的转录组和染色质可及性数据，揭示了超过110种细胞类型，并细化了细胞本体论，识别了特异性标记基因和基因调控网络 | NA | 构建一个综合的多模态人类视网膜单细胞图谱，以促进对视网膜功能和病理的理解 | 人类视网膜的单细胞转录组和染色质可及性 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据和染色质可及性数据 | 来自55名捐赠者的约240万细胞，其中包括140万未发表的数据点 |
| 414 | 2024-10-15 |
What Links Chronic Kidney Disease and Ischemic Cardiomyopathy? A Comprehensive Bioinformatic Analysis Utilizing Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data with Machine Learning
2023-Nov-16, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life13112215
PMID:38004354
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研究论文 | 本研究通过整合公开的bulk和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法揭示慢性肾病与缺血性心肌病之间的分子机制 | 本研究首次整合bulk和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法识别出13个候选基因，并构建了诊断模型用于CKD相关ICM的诊断 | 本研究主要依赖公开数据，未涉及体内实验验证候选基因的功能 | 揭示慢性肾病与缺血性心肌病之间的分子机制 | 慢性肾病和缺血性心肌病 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序 | 高斯朴素贝叶斯模型 | RNA测序数据 | 两个ICM心脏组织数据集和一个CKD外周血单核细胞数据集 |
| 415 | 2024-10-15 |
Human brain single nucleus cell type enrichments in neurodegenerative diseases
2023-Nov-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3390225/v1
PMID:38014237
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研究论文 | 本文研究了神经退行性疾病中人脑单核细胞类型的富集情况 | 利用全基因组关联研究、单细胞测序数据和批量表达研究，识别了神经退行性疾病中重要的细胞类型和基因 | NA | 识别神经退行性疾病中重要的细胞类型和基因，以促进治疗靶点的开发 | 阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症和帕金森病的脑组织 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个脑区组织的多样本 |
| 416 | 2024-10-15 |
Identification of Cellular Compositions in Different Microenvironments and Their Potential Impacts on Hematopoietic Stem Cells HSCs Using Single-Cell RNA Sequencing with Systematical Confirmation
2023-Nov-02, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life13112157
PMID:38004297
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地确认了不同微环境中细胞组成的识别及其对造血干细胞（HSCs）的潜在影响 | 首次系统地研究了不同微环境中细胞组成对HSCs的影响，并结合多种技术验证了研究结果 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果的普适性可能有限 | 探讨不同微环境中细胞组成对造血干细胞的影响及其调控机制 | 造血干细胞（HSCs）及其微环境中的单核细胞（MNCs） | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 包括小鼠胎儿肝脏单核细胞（FL-MNCs）、骨髓单核细胞（BM-MNCs）和培养的胎儿肝脏基质细胞 |
| 417 | 2024-10-15 |
The heterocellular heart: identities, interactions, and implications for cardiology
2023-07-26, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-023-01000-6
PMID:37495826
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综述 | 本文综述了心脏的异质细胞特性，包括主要的心脏细胞类型及其在稳态中的作用，并讨论了这些细胞间相互作用对心脏病学基础研究和治疗干预的潜在影响 | 利用单细胞测序技术识别心脏细胞的细微差异，并重新探讨了细胞身份的定义 | NA | 探讨心脏异质细胞特性及其对心脏病学的影响 | 心脏中的主要细胞类型及其相互作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 418 | 2024-10-14 |
Single-cell transcriptomic atlas of distinct early immune responses induced by SARS-CoV-2 Proto or its variants in rhesus monkey
2023-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.432
PMID:38020713
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2原型及其变种在恒河猴模型中诱导的早期免疫反应的单细胞转录组图谱 | 首次在非人灵长类动物模型中系统分析了SARS-CoV-2原型及其变种诱导的早期免疫反应的动态变化 | 研究仅限于恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类 | 揭示SARS-CoV-2及其变种在感染早期诱导的免疫反应动态变化 | SARS-CoV-2原型及其Alpha、Beta和Delta变种在恒河猴中的免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 恒河猴模型中的外周血单核细胞 |
| 419 | 2024-10-14 |
Exploration of the molecular mechanism of intercellular communication in paediatric neuroblastoma by single-cell sequencing
2023-11-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-47796-0
PMID:37990103
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和转录组测序构建了一个与神经母细胞瘤患者预后相关的细胞间通讯相关基因模型，以实现精准管理 | 开发了一个基于21个基因的预测模型，用于神经母细胞瘤的预后评估 | 需要进一步的外部验证和临床试验来确认模型的有效性和适用性 | 构建和验证一个基于细胞间通讯相关基因的预后模型，以预测神经母细胞瘤患者的预后 | 神经母细胞瘤患者的单细胞数据和转录组数据 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞测序 | Lasso回归 | 基因表达数据 | 来自基因表达综合数据库的神经母细胞瘤患者单细胞数据 |
| 420 | 2024-10-14 |
Functional genomics in Spiralia
2023-11-17, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad036
PMID:37981859
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综述 | 本文综述了螺旋动物基因表达调控的五个方面，旨在揭示动物基因组功能中的祖先和衍生特征 | 本文填补了螺旋动物基因组功能研究的知识空白，特别是染色质可及性、DNA甲基化、组蛋白翻译后修饰和基因组结构方面的研究 | 目前对螺旋动物基因表达调控的研究仍处于初级阶段，尤其是染色质可及性、DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰等方面的研究 | 揭示动物基因组功能中的祖先和衍生特征，并探讨其对社会的潜在影响 | 螺旋动物的基因表达调控机制 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA |