单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5352 篇文献，本页显示第 4021 - 4040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4021 | 2024-08-08 |
BUSZ: compressed BUS files
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad295
PMID:37129540
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研究论文 | 本文描述了一种针对BUS文件的压缩方案及其在BUStools软件中的实现 | 该压缩算法在保持比gzip更小的文件大小的同时，实现了更快的压缩和解压缩速度 | NA | 开发一种高效的BUS文件压缩算法 | 533个来自scRNA-seq实验的BUS文件 | NA | NA | NA | NA | 文件 | 533个BUS文件，总大小为1TB |
| 4022 | 2024-08-05 |
Improved T cell receptor antigen pairing through data-driven filtering of sequencing information from single cells
2023-05-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81810
PMID:37133356
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研究论文 | 本文提出了一种数据驱动的方法以改进T细胞受体（TCR）抗原配对。 | 该研究创新性地开发了ITRAP方法，有效过滤了单细胞测序数据中的技术伪影，提升了TCR-pMHC序列数据的特异性和灵敏度。 | 研究中未提及样本的长期验证和在不同生物背景下的适用性。 | 本研究旨在通过优化数据处理来提升T细胞受体及其对应抗原配对分析的准确性。 | 研究对象为16名健康供体的10种不同病毒特异性T细胞反应。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序（SCseq） | NA | 序列数据 | 4135个单细胞 |
| 4023 | 2024-08-05 |
Explainable multi-task learning for multi-modality biological data analysis
2023-05-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37477-x
PMID:37137905
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的多任务深度神经网络UnitedNet，用于分析单细胞多模态数据 | 此研究提出的UnitedNet能够整合多种分析任务，提供对单细胞多模态生物数据的全面分析 | 目前方法可能仍然无法处理所有类型的生物数据，未提及具体的局限性 | 研究旨在通过多模态数据分析深入理解基因调控如何驱动生物多样性 | 本文研究对象为单细胞多模态生物数据 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 多任务深度神经网络 | 多模态数据 | 应用于多种多模态数据集（如Patch-seq、多重ATAC+基因表达和空间转录组学） |
| 4024 | 2024-08-05 |
scRNASequest: an ecosystem of scRNA-seq analysis, visualization, and publishing
2023-May-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09332-2
PMID:37131143
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研究论文 | 本文介绍了scRNASequest，一个用于单细胞RNA-seq数据分析、可视化和发布的半自动化工作流程 | 创新点在于提供了一个端到端的分析流程，支持多种数据预处理和细胞类型标签转移方法 | 尚未提到具体的限制 | 旨在实现单细胞RNA测序数据分析的标准化和自动化，以发现生物学见解 | 针对单细胞RNA-seq数据进行处理和分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 4025 | 2024-08-05 |
An optimized graph-based structure for single-cell RNA-seq cell-type classification based on non-linear dimension reduction
2023-May-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09344-y
PMID:37127578
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据的新的聚类方法SCEA | SCEA利用基于MLP的编码器和图注意力自动编码器实现细胞和基因嵌入，能够同时获得细胞低维表示和聚类结果 | 尚未提及该方法在不同类型数据上的适用性 | 本研究旨在提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性 | 研究对象为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | MLP, 图注意力自动编码器 | 数据集 | 多个真实的scRNA-seq数据集 |
| 4026 | 2024-08-05 |
Understanding Long-Term Survival of Patients with Ovarian Cancer-The Tumor Microenvironment Comes to the Forefront
2023-05-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0333
PMID:37128849
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研究论文 | 本研究探讨了影响卵巢癌患者长期生存的肿瘤微环境因素 | 首次使用空间转录组学和单细胞RNA测序技术研究卵巢癌患者的肿瘤微环境 | 未能找到统一的解释说明不同患者生存率差异的原因 | 理解高等级浆液性卵巢癌患者的长期生存的生物学基础 | 研究高等级浆液性卵巢癌患者的肿瘤微环境和相关细胞群体 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 长短期生存者的卵巢肿瘤样本 |
| 4027 | 2024-08-05 |
Protocol to assess fatal embolism risks from human stem cells
2023-May-01, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102268
PMID:37133989
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研究论文 | 本文介绍了一种识别和预测人类脂肪来源多能间充质干细胞（ADSCs）形成致命栓塞风险的协议 | 创新之处在于开发了一个数学模型来预测ADSC的栓塞风险 | NA | 本研究旨在增强干细胞质量评估和临床应用的预测能力 | 研究对象为人类脂肪来源的多能间充质干细胞（ADSCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 数学模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 4028 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomic analysis of Sonic hedgehog medulloblastoma identifies that the loss of heterogeneity and promotion of differentiation underlies the response to CDK4/6 inhibition
2023-05-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01185-4
PMID:37127652
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研究论文 | 该研究利用空间转录组学分析了Sonic hedgehog medulloblastoma，揭示了异质性丧失和分化促进与CDK4/6抑制剂反应的关系 | 创新点在于整合空间基因表达与组织病理学注释，首次在肿瘤内细胞层面上描绘了CDK4/6抑制剂的反应 | 该研究未详细探讨不同肿瘤亚组间的反应差异 | 研究的目的是理解Sonic hedgehog medulloblastoma对CDK4/6抑制剂的反应机制 | 研究对象为SHH患者衍生的medulloblastoma模型中的细胞 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 使用人类与小鼠细胞的混合系统及其在完整脑肿瘤切片中的界面进行分析 |
| 4029 | 2024-08-05 |
The immunopeptidome landscape associated with T cell infiltration, inflammation and immune editing in lung cancer
2023-05, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00548-5
PMID:37127787
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研究论文 | 本研究探索了与肺癌中T细胞浸润、炎症和免疫编辑相关的免疫肽组景观 | 首次比较高炎症和非炎症肿瘤中的免疫肽组谱，发现新抗原在CD3CD8 T细胞排斥肿瘤中的HLA-I展示热点内频率较高 | 样本大小较小，仅涵盖8名患者，需要更大样本量的研究以验证结果 | 研究肺癌中免疫肽组与T细胞浸润和免疫编辑的关系 | 研究对象为8名肺癌患者的肿瘤区域和邻近非恶性肺组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫肽组学、基因组学、大规模及空间转录组学 | NA | 组织样本 | 8名肺癌患者的61个肿瘤区域和相邻非恶性肺组织 |
| 4030 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analyses reveal critical roles of RNA splicing during leukemia progression
2023-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002088
PMID:37130348
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了RNA剪接在白血病进展中的关键作用 | 首次在单细胞水平上详细解析了RNA剪接因子在白血病发展不同阶段的作用，并发现了与不良预后相关的特定剪接因子 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类白血病中的普遍性需要进一步验证 | 探究RNA剪接在白血病发生发展过程中的作用 | 白血病前细胞和白血病细胞的单细胞转录组 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠模型中的白血病前细胞和白血病细胞 |
| 4031 | 2024-08-08 |
Sleep loss potentiates Th17-cell pathogenicity and promotes autoimmune uveitis
2023-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1250
PMID:37132178
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研究论文 | 研究睡眠损失（SL）如何影响Th17细胞的致病性和促进自身免疫性葡萄膜炎的发展 | 首次揭示了睡眠损失通过IL-23Th17GM-CSF反馈机制促进Th17细胞分化和致病性，以及髓样细胞的激活，从而加剧自身免疫性葡萄膜炎 | 研究样本量较小，仅包括六名健康受试者和实验小鼠模型 | 探讨睡眠损失与免疫系统和自身免疫疾病之间的关系 | 人类和小鼠的免疫细胞，特别是效应CD4+ T细胞和髓样细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 质谱细胞术、单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 血液单核细胞、淋巴结细胞的scRNA-seq数据 | 六名健康受试者和实验小鼠模型 |
| 4032 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq uncovers dynamic processes orchestrated by RNA-binding protein DDX43 in chromatin remodeling during spermiogenesis
2023-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38199-w
PMID:37120627
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研究论文 | 该研究揭示了RNA结合蛋白DDX43在精子发生过程中的染色质重塑中的动态过程 | 首次识别RNA解旋酶DDX43作为精子发生过程中染色质重塑的关键调节因子 | 研究主要集中于小鼠模型，可能对其他物种的适用性有限 | 探讨DDX43在精子发生过程中染色质重塑的作用 | 研究了缺失Ddx43或表达Ddx43 ATP酶失活突变体的生殖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型中的多个生殖细胞样本 |
| 4033 | 2024-08-05 |
Reconstruction of the cell pseudo-space from single-cell RNA sequencing data with scSpace
2023-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38121-4
PMID:37120608
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研究论文 | 本文提出了一种方法，通过重建细胞的伪空间来识别空间变异的细胞亚群体 | 创新之处在于提出了单细胞空间位置相关的共同嵌入方法，能够基于空间转录组参考重建细胞的空间信息 | 在某些情况下，可能依赖于特定的空间转录组参考数据 | 研究旨在识别细胞的空间变异性及其亚群体 | 研究对象包括不同组织中单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症（黑色素瘤）和COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物数据集（模拟和真实数据集） | 涉及多个复杂组织样本如脑皮层、小肠绒毛等 |
| 4034 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the fragility of male spermatogenic cells to Zika virus-induced complement activation
2023-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38223-z
PMID:37120617
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了Zika病毒感染小鼠睾丸细胞的影响，揭示了生精细胞对Zika病毒感染的脆弱性及其与补体系统激活的关系 | 首次揭示了Zika病毒感染通过激活补体系统影响生精细胞，并评估了补体抑制剂和S100A4抑制剂对保护睾丸功能的效果 | NA | 探讨Zika病毒对男性生殖健康的影响及其机制 | Zika病毒感染的小鼠睾丸细胞和北方猪尾猕猴 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和北方猪尾猕猴 |
| 4035 | 2024-08-05 |
MASI enables fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-04-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04820-3
PMID:37117305
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型集成方法，旨在对单细胞转录组数据进行标准化和集成。 | MASI方法在细胞类型注释和数据集成速度方面表现优于其他已建立的方法。 | 本研究未明确提及具体的局限性。 | 本研究的目的是提高单细胞转录组数据的研究包容性，通过标准化细胞类型注释和数据集成。 | 研究对象为来自不同研究实验室的单细胞转录组数据集。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞转录组数据 | 约100万个细胞 |
| 4036 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing analysis fibrosis provides insights into the pathobiological cell types and cytokines of radiation-induced pulmonary fibrosis
2023-Apr-28, BMC pulmonary medicine
IF:2.6Q2
DOI:10.1186/s12890-023-02424-5
PMID:37118713
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析放射诱导的肺纤维化的细胞类型和细胞因子 | 首次提供了放射诱导肺纤维化中细胞类型和细胞因子变化的具体数据 | 研究仅使用了鼠模型，可能限制了对人类疾病的直接推论 | 揭示放射诱导的肺纤维化的病理生物学机制 | 对照组和接受放射治疗的小鼠肺部细胞进行分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 小鼠样本，包含对照组（0 Gy）和放射治疗组（20 Gy） |
| 4037 | 2024-08-08 |
An ERK-dependent molecular switch antagonizes fibrosis and promotes regeneration in spiny mice (Acomys)
2023-04-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf2331
PMID:37126559
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研究论文 | 本文研究了刺鼠（Acomys）中ERK依赖的分子开关如何对抗纤维化并促进组织再生 | 揭示了ERK信号在不同再生能力哺乳动物中的活性差异，并发现了纤维母细胞生长因子和ErbB信号作为再生上游ERK调控因子 | NA | 探索驱动哺乳动物组织再生的核心信号通路 | 刺鼠的皮肤和复杂肌肉骨骼组织的再生机制 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 4038 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of immune cells after marathon and symptom-limited cardiopulmonary exercise
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106532
PMID:37123249
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研究论文 | 本文研究了马拉松和症状限制性的心肺运动对免疫细胞的影响。 | 本文首次通过单细胞RNA测序分析了剧烈运动后外周血单核细胞的反应，揭示了免疫细胞的时序变化。 | 研究主要集中在运动后的短期影响，未深入探讨长期影响。 | 探索剧烈运动对免疫功能的影响及相关机制。 | 外周血单核细胞（PBMCs）在马拉松及心肺运动测试后的变化。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 细胞数据 | 所有参与者的PBMC样本 |
| 4039 | 2024-08-05 |
General anesthetic action profile on the human prefrontal cortex cells through comprehensive single-cell RNA-seq analysis
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106534
PMID:37123239
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了全身麻醉药物对人类前额叶皮层细胞的作用特征 | 提供了麻醉药物在前额叶皮层对不同细胞类型的影响的全面蓝图 | 研究主要集中在胎儿前额叶皮层细胞，可能不完全适用于成人或其他脑区 | 揭示全身麻醉药物对人类前额叶皮层细胞的分子和细胞作用 | 使用的研究对象是人类胎儿前额叶皮层的混合细胞群 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4040 | 2024-08-05 |
Single-cell temporal dynamics reveals the relative contributions of transcription and degradation to cell-type specific gene expression in zebrafish embryos
2023-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.20.537620
PMID:37131717
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研究论文 | 该研究揭示了斑马鱼胚胎中转录和降解对细胞特异性基因表达的相对贡献 | 引入动力学模型量化不同细胞类型中mRNA转录和降解的调节速率 | 对在多样化细胞身份下，系统性剖析mRNA转录和降解的调控仍然具有挑战性 | 研究胚胎发育过程中细胞特异性基因表达的调控机制 | 斑马鱼胚胎中的细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 动力学模型 | 转录组数据 | 斑马鱼胚胎的多个细胞 |