单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 4021 - 4040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4021 | 2024-08-08 |
Inferring cell diversity in single cell data using consortium-scale epigenetic data as a biological anchor for cell identity
2023-06-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad307
PMID:37125641
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研究论文 | 本文介绍了TRIAGE-Cluster和TRIAGE-ParseR方法，利用全基因组表观遗传数据识别单细胞RNA测序数据中的细胞多样性 | 提出了基于全基因组表观遗传数据和加权密度估计的细胞类型聚类方法，以及评估基因表达排名列表的机器学习方法 | NA | 开发新的方法来解析单细胞RNA测序数据中的细胞多样性和基因调控 | 单细胞RNA测序数据中的细胞多样性和基因调控 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 多种生物样本 |
| 4022 | 2024-08-08 |
Single-cell landscape analysis unravels molecular programming of the human B cell compartment in chronic GVHD
2023-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169732
PMID:37129971
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了在慢性移植物抗宿主病（cGVHD）中人类B细胞分区的分子编程 | 发现了在cGVHD患者中与健康或感染个体相比，记忆B细胞分区的显著转录差异，包括潜在致病性的非典型B细胞（ABCs）的扩展 | NA | 理解在异基因造血干细胞移植（allo-HCT）中B细胞的分子编程 | 从患者中纯化的B细胞 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 大量纯化的B细胞 |
| 4023 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq with spatial transcriptomics to create an atlas of human diabetic kidney disease
2023-06, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202202013RR
PMID:37130011
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序和空间转录组分析探索糖尿病肾病的细胞群体和相互作用 | 首次将单细胞RNA-seq与空间转录组学结合，以创建人类糖尿病肾病的细胞图谱 | 样本量和数据范围可能限制了研究结果的广泛适用性 | 研究糖尿病肾病中细胞群体及其相互作用 | 来自糖尿病患者的肾脏标本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组分析 | NA | 组织标本 | 糖尿病患者的肾脏标本（具体样本数量未提供） |
| 4024 | 2024-08-05 |
Perivascular localized cells commit erythropoiesis in PDGF-B-expressing solid tumors
2023-06, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12423
PMID:37120719
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研究论文 | 该研究探讨了肿瘤微环境中血管周围局部细胞如何影响红细胞生成 | 揭示了肿瘤组织中血管周围局部细胞参与红细胞生成的新机制 | 缺乏对人类肿瘤的直接临床验证 | 了解肿瘤组织中血管周围细胞对红细胞生成的影响 | 小鼠衍生的血管周围局部细胞和肿瘤微环境中的血液生成过程 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序、qPCR、ELISA | NA | 细胞、基因表达数据 | 小鼠模型的特定细胞样本 |
| 4025 | 2024-08-05 |
Time-resolved single-cell transcriptomics reveals the landscape and dynamics of hepatic cells in sepsis-induced acute liver dysfunction
2023-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100718
PMID:37122356
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研究论文 | 该论文揭示了脓毒症诱导的急性肝功能障碍中肝细胞的细胞异质性和动态调节 | 首次在单细胞分辨率下展示了主要非肝实质细胞在脓毒症进展中的动态转录组景观和相互作用 | 当前研究仍未完全阐明脓毒症诱导的急性肝功能障碍的所有发病机制 | 探讨脓毒症诱导的急性肝功能障碍中主要非肝实质细胞的动态及其相互作用 | 脓毒症小鼠模型中的主要非肝实质细胞亚群 | 数字病理学 | 脓毒症诱导的急性肝功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 控制组和脓毒症小鼠的主要肝非实质细胞的转录组分析 |
| 4026 | 2024-08-08 |
Applications of single-cell RNA sequencing in drug discovery and development
2023-06, Nature reviews. Drug discovery
DOI:10.1038/s41573-023-00688-4
PMID:37117846
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在药物发现和开发中的应用 | scRNA-seq技术通过细胞亚型分类提高了对疾病的理解，促进了目标识别和功能基因组学筛选，增强了目标认证和优先级排序 | 讨论了scRNA-seq技术在制药行业实施中的持续挑战 | 展示scRNA-seq方法在药物发现和开发关键步骤中的应用 | scRNA-seq技术在药物发现和开发中的应用 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 4027 | 2024-08-08 |
Triple immune modulator therapy for aberrant hyperinflammatory responses in severe COVID-19
2023-06, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109628
PMID:37119951
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研究论文 | 评估双重（糖皮质激素和托珠单抗）和三重（加上巴瑞替尼）免疫调节疗法对严重COVID-19的临床有效性 | 首次探讨三重免疫调节疗法（糖皮质激素、托珠单抗和巴瑞替尼）对严重COVID-19患者30天恢复的影响，并通过单细胞RNA测序分析其对异常免疫反应的调节作用 | 回顾性队列研究，可能存在选择偏倚和信息偏倚 | 评估双重和三重免疫调节疗法对严重COVID-19的临床效果 | 严重COVID-19患者及其免疫反应 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 4028 | 2024-08-08 |
Identifying Aging and Alzheimer Disease-Associated Somatic Variations in Excitatory Neurons From the Human Frontal Cortex
2023-Jun, Neurology. Genetics
DOI:10.1212/NXG.0000000000200066
PMID:37123987
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研究论文 | 本文通过对比全基因组测序（WGS）数据和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，设计了一个体细胞突变检测流程，并应用于76名参与者的数据集，以识别与年龄和阿尔茨海默病（AD）相关的体细胞变异。 | 本文首次结合scRNA-seq和WGS数据，成功检测出与AD和年龄相关的体细胞突变，并提供了新的见解。 | NA | 研究阿尔茨海默病（AD）与体细胞突变积累之间的关系，以理解AD的病因。 | 主要关注人类前额叶皮层中的兴奋性神经元。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据，转录组数据 | 76名参与者 |
| 4029 | 2024-08-08 |
DNMT3AR882H accelerates angioimmunoblastic T-cell lymphoma in mice
2023-06, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-023-02699-2
PMID:37127775
|
研究论文 | 本文研究了DNMT3A突变在血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）中的作用，特别是在小鼠模型中的影响 | 首次报道了DNMT3A突变在AITL中的功能作用，并通过单细胞转录组分析揭示了其分子机制 | NA | 探讨DNMT3A突变在AITL中的功能作用及其分子机制 | DNMT3A突变对AITL的影响，以及其对Tfh细胞和B细胞分化的影响 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠淋巴结样本 |
| 4030 | 2024-08-05 |
SSNMDI: a novel joint learning model of semi-supervised non-negative matrix factorization and data imputation for clustering of single-cell RNA-seq data
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad149
PMID:37122068
|
研究论文 | 本文提出了一种新颖的联合学习模型SSNMDI，用于对单细胞RNA测序数据进行数据填充和聚类 | 在单细胞RNA测序领域首次结合数据填充、部分标签信息、维度降低和聚类 | NA | 旨在改善单细胞RNA测序数据的聚类性能 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 非负矩阵分解 (NMF) | NA | 数据集 | 14个数据集 |
| 4031 | 2024-08-08 |
Expansion of macrophage and liver sinusoidal endothelial cell subpopulations during non-alcoholic steatohepatitis progression
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106572
PMID:37124414
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展过程中肝脏非实质细胞（NPCs）的异质性，并识别了与NASH进展相关的特定亚群。 | 发现了一种具有潜在调节巨噬细胞积累和促进NASH发展功能的Itgad/Fcrl5巨噬细胞亚群，以及可能参与病理性血管生成和炎症调节的Egr1和Ly6a肝窦内皮细胞（LSECs）亚群。 | NA | 探索非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展中肝脏非实质细胞的异质性并识别特定亚群。 | 肝脏非实质细胞（NPCs）及其在NASH进展中的作用。 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 4032 | 2024-08-08 |
Direct neuronal reprogramming by temporal identity factors
2023-05-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2122168120
PMID:37126716
|
研究论文 | 研究通过条件基因表达系统，探索时间身份转录因子在终末分化细胞中的神经重编程能力 | 首次发现早期时间身份转录因子Ikzf1和Ikzf4能够直接将Müller胶质细胞转化为iONL细胞，并能在体外将胚胎成纤维细胞重编程为诱导神经元 | NA | 探究时间身份因子是否能重编程终末分化细胞的身份 | 小鼠视网膜胶质细胞和胚胎成纤维细胞 | 神经科学 | NA | 条件基因表达系统，遗传谱系追踪，免疫组织化学，单细胞转录组和多组学分析 | NA | 细胞 | 小鼠视网膜胶质细胞和胚胎成纤维细胞 |
| 4033 | 2024-08-08 |
BUSZ: compressed BUS files
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad295
PMID:37129540
|
研究论文 | 本文描述了一种针对BUS文件的压缩方案及其在BUStools软件中的实现 | 该压缩算法在保持比gzip更小的文件大小的同时，实现了更快的压缩和解压缩速度 | NA | 开发一种高效的BUS文件压缩算法 | 533个来自scRNA-seq实验的BUS文件 | NA | NA | NA | NA | 文件 | 533个BUS文件，总大小为1TB |
| 4034 | 2024-08-05 |
Improved T cell receptor antigen pairing through data-driven filtering of sequencing information from single cells
2023-05-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81810
PMID:37133356
|
研究论文 | 本文提出了一种数据驱动的方法以改进T细胞受体（TCR）抗原配对。 | 该研究创新性地开发了ITRAP方法，有效过滤了单细胞测序数据中的技术伪影，提升了TCR-pMHC序列数据的特异性和灵敏度。 | 研究中未提及样本的长期验证和在不同生物背景下的适用性。 | 本研究旨在通过优化数据处理来提升T细胞受体及其对应抗原配对分析的准确性。 | 研究对象为16名健康供体的10种不同病毒特异性T细胞反应。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序（SCseq） | NA | 序列数据 | 4135个单细胞 |
| 4035 | 2024-08-05 |
Explainable multi-task learning for multi-modality biological data analysis
2023-05-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37477-x
PMID:37137905
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的多任务深度神经网络UnitedNet，用于分析单细胞多模态数据 | 此研究提出的UnitedNet能够整合多种分析任务，提供对单细胞多模态生物数据的全面分析 | 目前方法可能仍然无法处理所有类型的生物数据，未提及具体的局限性 | 研究旨在通过多模态数据分析深入理解基因调控如何驱动生物多样性 | 本文研究对象为单细胞多模态生物数据 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 多任务深度神经网络 | 多模态数据 | 应用于多种多模态数据集（如Patch-seq、多重ATAC+基因表达和空间转录组学） |
| 4036 | 2024-08-05 |
scRNASequest: an ecosystem of scRNA-seq analysis, visualization, and publishing
2023-May-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09332-2
PMID:37131143
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研究论文 | 本文介绍了scRNASequest，一个用于单细胞RNA-seq数据分析、可视化和发布的半自动化工作流程 | 创新点在于提供了一个端到端的分析流程，支持多种数据预处理和细胞类型标签转移方法 | 尚未提到具体的限制 | 旨在实现单细胞RNA测序数据分析的标准化和自动化，以发现生物学见解 | 针对单细胞RNA-seq数据进行处理和分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 4037 | 2024-08-05 |
An optimized graph-based structure for single-cell RNA-seq cell-type classification based on non-linear dimension reduction
2023-May-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09344-y
PMID:37127578
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据的新的聚类方法SCEA | SCEA利用基于MLP的编码器和图注意力自动编码器实现细胞和基因嵌入，能够同时获得细胞低维表示和聚类结果 | 尚未提及该方法在不同类型数据上的适用性 | 本研究旨在提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性 | 研究对象为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | MLP, 图注意力自动编码器 | 数据集 | 多个真实的scRNA-seq数据集 |
| 4038 | 2024-08-05 |
Understanding Long-Term Survival of Patients with Ovarian Cancer-The Tumor Microenvironment Comes to the Forefront
2023-05-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-0333
PMID:37128849
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研究论文 | 本研究探讨了影响卵巢癌患者长期生存的肿瘤微环境因素 | 首次使用空间转录组学和单细胞RNA测序技术研究卵巢癌患者的肿瘤微环境 | 未能找到统一的解释说明不同患者生存率差异的原因 | 理解高等级浆液性卵巢癌患者的长期生存的生物学基础 | 研究高等级浆液性卵巢癌患者的肿瘤微环境和相关细胞群体 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 长短期生存者的卵巢肿瘤样本 |
| 4039 | 2024-08-05 |
Protocol to assess fatal embolism risks from human stem cells
2023-May-01, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102268
PMID:37133989
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研究论文 | 本文介绍了一种识别和预测人类脂肪来源多能间充质干细胞（ADSCs）形成致命栓塞风险的协议 | 创新之处在于开发了一个数学模型来预测ADSC的栓塞风险 | NA | 本研究旨在增强干细胞质量评估和临床应用的预测能力 | 研究对象为人类脂肪来源的多能间充质干细胞（ADSCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 数学模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 4040 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomic analysis of Sonic hedgehog medulloblastoma identifies that the loss of heterogeneity and promotion of differentiation underlies the response to CDK4/6 inhibition
2023-05-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01185-4
PMID:37127652
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研究论文 | 该研究利用空间转录组学分析了Sonic hedgehog medulloblastoma，揭示了异质性丧失和分化促进与CDK4/6抑制剂反应的关系 | 创新点在于整合空间基因表达与组织病理学注释，首次在肿瘤内细胞层面上描绘了CDK4/6抑制剂的反应 | 该研究未详细探讨不同肿瘤亚组间的反应差异 | 研究的目的是理解Sonic hedgehog medulloblastoma对CDK4/6抑制剂的反应机制 | 研究对象为SHH患者衍生的medulloblastoma模型中的细胞 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 使用人类与小鼠细胞的混合系统及其在完整脑肿瘤切片中的界面进行分析 |