本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-01-09 |
CD4 T cell Responses in the CNS during SIV infection
2023-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554055
PMID:37662237
|
研究论文 | 本研究通过模拟亚优依从性的抗逆转录病毒疗法(ART)方案,在SIVmac251感染的恒河猴中,探究了CD4 T细胞在中枢神经系统(CNS)中的分布、对感染的反应以及ART启动后的潜在恢复情况 | 首次在SIV感染模型中,利用单细胞RNA测序技术揭示了CNS中CD4 T细胞与病毒转录本的共定位,以及T细胞内抗病毒分子和特定效应程序的显著激活,强调了CD4 T细胞在CNS病毒感染中的功能性参与 | 研究样本量较小(仅10只恒河猴),且ART方案模拟的是亚优依从性,可能无法完全反映人类HIV感染的最佳治疗情况 | 探究SIV感染期间CD4 T细胞在中枢神经系统中的反应、分布及ART后的恢复潜力,以增进对Neuro-HIV病理机制的理解 | SIVmac251感染的恒河猴,包括急性期(4只)和慢性期(6只)的动物 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 10只SIVmac251感染的恒河猴 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-01-08 |
Single-cell profiling of alveolar rhabdomyosarcoma reveals RAS pathway inhibitors as cell-fate hijackers with therapeutic relevance
2023-02-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ade9238
PMID:36753540
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术解析肺泡型横纹肌肉瘤的肿瘤内异质性,揭示了其细胞层级结构,并发现RAF和MEK抑制剂组合可诱导肿瘤细胞向分化状态转变,从而抑制肿瘤生长 | 首次在肺泡型横纹肌肉瘤中系统解析了包含肌肉干细胞样细胞、循环祖细胞和分化细胞的细胞层级结构,并创新性地通过药物筛选发现RAS通路抑制剂可作为“细胞命运劫持者”诱导肿瘤分化 | 研究主要基于患者来源的原代培养细胞,尚未在体内模型或大规模临床样本中全面验证 | 解析肺泡型横纹肌肉瘤的肿瘤内异质性、细胞发育状态与临床结局的关系,并寻找新的治疗策略 | 肺泡型横纹肌肉瘤患者来源的原代培养细胞 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 高内涵成像 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 图像数据 | 患者来源的原代培养细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-01-07 |
ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway in breast cancer
2023-12-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2313693120
PMID:38117852
|
研究论文 | 本文揭示了ENPP1作为先天免疫检查点,通过抑制细胞外cGAMP-STING通路促进乳腺癌生长和转移的机制 | 首次在单细胞水平证明ENPP1通过水解细胞外cGAMP抑制STING通路,是乳腺癌免疫逃逸的关键因子 | 研究主要基于乳腺癌模型,其他癌症类型中的机制尚未完全阐明 | 探究ENPP1在乳腺癌进展中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力 | 乳腺癌细胞、正常组织及患者样本 | 癌症免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量,但包括乳腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-01-07 |
A distinct human cell type expressing MHCII and RORγt with dual characteristics of dendritic cells and type 3 innate lymphoid cells
2023-12-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2318710120
PMID:38109523
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术,识别并表征了人类中一种罕见的具有树突状细胞特征的RORγt细胞亚群,称为RORγt DC样细胞 | 首次在人类中识别出一种独特的RORγt DC样细胞亚群,该细胞兼具树突状细胞和3型先天淋巴样细胞的特征,并展示了其增殖潜力和向CD1c DC2样细胞分化的可塑性 | 研究主要基于体外实验,其在体内免疫稳态、炎症和自身免疫中的具体功能和影响仍需进一步探究 | 探究人类中表达RORγt的抗原呈递细胞亚群的特性、功能及其在免疫调节中的作用 | 人类RORγt DC样细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-01-07 |
Genetic and immune determinants of E. coli liver abscess formation
2023-12-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2310053120
PMID:38096412
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠肝脏脓肿形成的遗传和免疫决定因素,特别是TLR4介导的早期炎症反应在脓肿易感性中的作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,系统性地表征了E. coli肝脏脓肿的免疫细胞组成和遗传基础,并发现TLR4介导的先天免疫反应过度激活是脓肿易感性的关键驱动因素 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证;脓肿形成的具体分子机制和遗传位点仍需进一步探索 | 探究E. coli感染后肝脏脓肿形成的宿主遗传和免疫决定因素 | 小鼠(特别是C57BL品系)的肝脏组织及E. coli细菌 | 空间转录组学 | 肝脏感染 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个小鼠品系(包括C57BL/6N雌性等) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-01-07 |
Interleukin-17-mediated protective cytokine signaling against degeneration of the retinal pigment epithelium
2023-12-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2311647120
PMID:38085785
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脉络膜γδ T细胞通过IL-17信号通路调控视网膜下小胶质细胞代谢重编程,从而保护视网膜色素上皮免受损伤的机制 | 首次在单细胞水平上鉴定脉络膜γδ T细胞为IL-17的主要生产者,并阐明IL-17通过受体介导的级联反应调控小胶质细胞脂质代谢的新保护机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类视网膜疾病中验证;单细胞测序数据可能受样本量和技术限制 | 探究视网膜色素上皮损伤后免疫细胞相互作用的分子机制 | 小鼠脉络膜免疫细胞和视网膜色素上皮细胞 | 单细胞组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量的小鼠脉络膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-01-07 |
Lymph node stromal cell responses to perinatal T cell waves, a temporal atlas
2023-12-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2316957120
PMID:38079541
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠早期淋巴结微环境的时序图谱,揭示了围产期T细胞耐受诱导过程中基质细胞的动态变化及其与T细胞的相互作用 | 首次系统描绘了围产期淋巴结微环境的动态演变图谱,并揭示了α:β T细胞功能障碍对基质细胞的急性影响机制 | 研究局限于小鼠模型,人类围产期淋巴结微环境的可比性尚未验证 | 阐明围产期T细胞耐受诱导过程中淋巴结微环境的动态变化机制 | 小鼠淋巴结基质细胞与围产期T细胞(特别是调节性T细胞) | 单细胞组学 | 免疫耐受相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-01-07 |
Single-cell reconstruction and mutation enrichment analysis identifies dysregulated cardiomyocyte and endothelial cells in congenital heart disease
2023-12-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
研究论文 | 本研究结合基因组学与单细胞转录组学,对先天性心脏病(CHD)进行了综合分析,识别了90个潜在的风险基因,并揭示了心肌细胞和心内膜细胞是主要的CHD相关细胞类型 | 首次将基因组学与CHD单细胞转录组学进行综合分析,识别了6个新的候选CHD基因,并揭示了CHD基因的异质性表达 | NA | 识别先天性心脏病(CHD)的潜在风险基因和相关细胞类型,以理解其表型异质性 | 先天性心脏病(CHD)患者的心脏组织 | 单细胞转录组学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个CHD组织和4个对照组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-01-07 |
Genetic and immune determinants of E. coli liver abscess formation
2023-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.11.543319
PMID:37398354
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠肝脏脓肿形成的遗传和免疫决定因素,特别是TLR4介导的早期炎症反应在脓肿易感性中的作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,系统性地描述了E. coli肝脏脓肿的免疫细胞组成和遗传易感性,并发现TLR4介导的早期炎症反应在脓肿形成与细菌清除之间的权衡机制 | 研究主要基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;脓肿形成的详细分子机制仍需进一步探索 | 探究E. coli肝脏脓肿形成的宿主遗传和免疫决定因素 | 小鼠肝脏组织及E. coli感染模型 | 数字病理学 | 肝脏感染 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多种小鼠品系(如C57BL/6N雌性) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-01-07 |
ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543353
PMID:37333273
|
研究论文 | 本文揭示了ENPP1作为抗癌cGAMP-STING通路中的先天免疫检查点,通过抑制细胞外cGAMP水解和激活免疫抑制性腺苷信号,促进乳腺癌生长和转移 | 首次在单细胞水平上证明ENPP1通过协同抑制cGAMP-STING抗肿瘤免疫和激活免疫抑制性腺苷信号驱动乳腺癌进展,并发现选择性抑制其cGAMP水解活性可恢复旁分泌cGAMP-STING信号 | 研究主要聚焦于乳腺癌,未广泛验证其他癌症类型;机制研究依赖于小鼠模型,临床转化需进一步验证 | 探究ENPP1在肿瘤发生中的分子和细胞机制,特别是其在cGAMP-STING通路中的免疫调节作用 | 乳腺癌细胞、肿瘤微环境中的基质细胞和免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量,但涉及乳腺癌患者数据和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-01-07 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538465
PMID:37163054
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液(PBS-M),用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 | 提出了一种低盐度磷酸盐缓冲液补充D-甘露醇(PBS-M)的方法,能减少细胞死亡和背景mRNA,提高海洋生物单细胞RNA测序的数据质量和细胞状态检测能力 | NA | 改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序兼容性和数据质量 | 海鞘血细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-01-06 |
Single-cell insights into epithelial morphogenesis in the neonatal mouse uterus
2023-12-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2316410120
PMID:38019863
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了新生小鼠子宫上皮细胞的形态发生过程 | 首次在新生儿期小鼠子宫中应用单细胞转录组技术,识别了上皮细胞异质性、新腺体上皮基因以及调控网络 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类或其他哺乳动物;样本时间点限于出生后1至15天 | 阐明新生儿期子宫上皮细胞的成熟、决定和分化的细胞与分子机制 | 新生小鼠子宫的上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠子宫上皮细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2026-01-03 |
Deciphering the immune landscape of head and neck squamous cell carcinoma: A single-cell transcriptomic analysis of regulatory T cell responses to PD-1 blockade therapy
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0295863
PMID:38096229
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,探讨了PD-1阻断疗法(Nivolumab)对头颈鳞状细胞癌中调节性T细胞(Treg)的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了Nivolumab治疗后HNSCC肿瘤微环境中Treg数量增加、抑制活性增强的机制,并识别了CD44-SSP1轴、NKG2C/D-HLA-E轴及KRAS信号通路等关键变化 | 样本量较小(仅4名供体的8个组织),且为观察性研究,需进一步验证机制 | 研究PD-1阻断疗法如何影响HNSCC肿瘤微环境中的Treg细胞 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4名HNSCC供体的8个组织(治疗前后配对样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-01-01 |
Longitudinal multi-functional analysis identified responses of T cells, B cells, and monocytes as hallmarks of immunotherapy tolerance in patients with merkel cell carcinoma
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0293922
PMID:37983224
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了默克尔细胞癌患者外周血中免疫细胞的动态变化,揭示了免疫治疗耐受的机制 | 采用纵向多组学方法,结合单细胞RNA测序和批量RNA数据验证,识别了T细胞耗竭、B细胞失调和单细胞亚群变化作为免疫逃逸的关键标志 | 样本量较小(仅基于四名患者的时间点数据),且主要依赖外周血分析,可能未完全反映肿瘤微环境的变化 | 探究默克尔细胞癌患者免疫治疗耐受的细胞机制和免疫逃逸条件 | 默克尔细胞癌患者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌(默克尔细胞癌) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四名患者的外周血样本,采集自四个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-12-31 |
Novel Populations of Lung Capillary Endothelial Cells and Their Functional Significance
2023-May-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2887159/v1
PMID:37205391
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术,在肺毛细血管内皮细胞中发现了五个具有不同分子特征和功能的新细胞群 | 首次识别出五个新的肺毛细血管内皮细胞群,包括表达特定离子转运蛋白的细胞群、具有再生功能的“根”细胞群以及具有血管生成调节能力的细胞群 | 研究主要基于单细胞转录组学数据,需要进一步的体内功能验证 | 探究肺毛细血管内皮细胞的异质性及其在生理和病理过程中的功能 | 肺毛细血管内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-12-30 |
Unravelling cancer subtype-specific driver genes in single-cell transcriptomics data with CSDGI
2023-12, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011450
PMID:38096269
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为CSDGI的无监督计算方法,用于从单细胞转录组数据中推断癌症亚型特异性驱动基因 | 首次提出在癌症亚型水平上探索驱动基因的方法,并应用了基于低秩残差神经网络的编码器-解码器框架 | 方法依赖于单细胞转录组数据,可能未考虑其他组学层面的信息 | 推断癌症亚型特异性驱动基因以理解肿瘤异质性 | 肿瘤单细胞转录组数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 编码器-解码器框架,低秩残差神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-12-30 |
Molecular traces of Drosophila hemocytes reveal transcriptomic conservation with vertebrate myeloid cells
2023-12, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011077
PMID:38113249
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据比较果蝇血细胞与脊椎动物免疫细胞,揭示果蝇血细胞在转录组层面与脊椎动物骨髓细胞的保守性 | 首次系统性地利用单细胞RNA测序数据进行跨物种比较分析,识别果蝇血细胞中保守的CD基因标记,并验证CG8501(CD59)在吞噬作用中的功能 | 分析基于转录组数据,功能验证有限,且可能未涵盖所有免疫细胞类型或发育阶段 | 探究果蝇血细胞与脊椎动物免疫系统在分子层面的保守性,以理解免疫系统进化 | 果蝇血细胞和脊椎动物免疫细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-12-30 |
A postmeiotically bifurcated roadmap of honeybee spermatogenesis marked by phylogenetically restricted genes
2023-12, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011081
PMID:38048317
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了蜜蜂雄蜂精子发生过程中的转录组学特征,特别是发现了一种与系统发育限制基因相关的减数分裂后分化路径 | 首次在蜜蜂中利用单细胞RNA测序技术,揭示了减数分裂后精子细胞的分化路径,并发现小精子细胞中系统发育限制基因的高表达和突变负荷 | 研究仅基于3天和14天两个时间点的样本,可能未覆盖精子发生的完整动态过程,且样本量有限 | 探究蜜蜂雄蜂精子发生过程中的分子特征,特别是减数分裂后精子细胞的转录组学变化 | 蜜蜂(Apis mellifera)雄蜂的睾丸组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3天和14天龄蜜蜂雄蜂睾丸样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2025-12-30 |
Spatial transcriptomics reveals novel genes during the remodelling of the embryonic human arterial valves
2023-11, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010777
PMID:38011284
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,揭示了人类胚胎动脉瓣在重塑过程中的新基因表达模式 | 首次应用空间转录组学于人类胚胎动脉瓣研究,克服了微小结构解剖难题,并识别出四个小鼠基因组中不存在且与瓣膜发育相关的新基因 | 研究仅基于CS16和CS19两个胚胎阶段,样本量有限,且未涵盖整个胚胎发育周期 | 探究人类胚胎动脉瓣在形态和遗传水平上的形成与重塑机制 | 人类胚胎动脉瓣组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人类胚胎CS16和CS19阶段的动脉瓣样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2025-12-30 |
Attention-based deep clustering method for scRNA-seq cell type identification
2023-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011641
PMID:37948464
|
研究论文 | 本文提出了一种名为AttentionAE-sc的新型注意力融合自编码器方法,用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类和细胞类型识别 | 通过注意力机制融合了基于零膨胀负二项分布和基于图自编码器的两种聚类策略,能够处理数据稀疏性和高维性,无需指定聚类数量 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率,也未讨论对批次效应的处理能力 | 开发一种综合性的深度学习方法,以改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 注意力机制融合的自编码器 | 基因表达数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |