单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-06	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-12, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序技术鉴定人脑周细胞的特异性标志物	首次使用EasySci单细胞转录组测序方法发现SLC6A12和SLC19A1作为人脑周细胞的新标志物，并验证其抗体在FFPE组织中的适用性	在其他人体器官（肾、肺、肝、肌肉）的探索性样本中免疫组化未显示相同的周细胞样染色模式	鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物	人和小鼠脑部不同区域的单细胞RNA表达谱及FFPE人脑组织	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组化	NA	单细胞转录组数据、蛋白质数据、图像数据	人和小鼠多个脑区域样本及多器官（脑、肾、肺、肝、肌肉）FFPE组织样本
22	2025-09-05	Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival 2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.26.554953 PMID:37693470	研究论文	通过单细胞RNA测序分析斑马鱼Rohon-Beard神经元，揭示其分为三个亚类并证实Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用	首次在单细胞水平定义Rohon-Beard神经元的三个分子亚类，并发现Fgf通路抑制可导致轴突缺陷和细胞死亡，同时验证Sarm1缺失可缓解药物神经毒性	研究聚焦斑马鱼幼虫阶段，哺乳动物系统的直接适用性需进一步验证	探究外周感觉神经元的分子分类机制及Fgf信号通路的功能	斑马鱼幼虫期的Rohon-Beard神经元	神经科学	周围神经病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、药理学抑制、遗传学操作	NA	单细胞转录组数据	斑马鱼幼虫Rohon-Beard神经元单细胞样本
23	2025-09-01	Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data 2023-11-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03099-1 PMID:37974276	研究论文	开发了一种名为Cytomulate的CyTOF数据模拟算法，用于支持细胞计数方法的评估与开发	能够准确捕捉CyTOF数据的多种特征，并在学习整体数据分布方面优于单细胞RNA-seq方法及生成模型	NA	提供可重现且准确的CyTOF数据模拟，为方法开发和评估奠定基础	CyTOF数据	计算生物学	NA	CyTOF（飞行时间质谱流式细胞术）	生成模型	细胞计数数据	NA
24	2025-08-31	Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP 2023-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43256-5 PMID:37963892	研究论文	提出一种名为BSP的非参数模型，用于从二维或三维空间转录组数据中识别空间可变基因	通过比较两个空间粒度的基因表达模式，实现维度无关且快速鲁棒的空间可变基因识别	NA	开发能够有效处理二维和三维空间转录组数据的空间可变基因识别方法	空间转录组数据中的基因表达模式	生物信息学	癌症、神经系统疾病、类风湿关节炎、肾脏疾病	空间转录组技术	非参数模型BSP	空间转录组数据	经过大量模拟测试并在多个疾病领域的实际数据中得到验证
25	2025-08-31	Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis 2023-10-20, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01728-6 PMID:37858214	研究论文	开发了一个名为scMayoMap的易用工具及其配套数据库scMayoMapDatabase，用于单细胞RNA测序数据分析中的细胞类型注释	提供了一个无需标记训练数据集或预定义标记基因集的用户友好型细胞注释工具，并通过跨平台和组织类型的48个独立数据集验证了其有效性	NA	开发一个快速准确的单细胞RNA测序细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	48个独立scRNA-seq数据集
26	2025-08-30	Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues 2023-Sep, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-023-00507-1 PMID:37946872	研究论文	开发SAHMI计算方法，从哺乳动物组织单细胞测序数据中识别真实微生物信号并过滤污染物	提出首个专门用于从标准转录组测序中区分真实微生物核酸与污染物的计算工具SAHMI	NA	解决宿主-微生物组生态系统研究中微生物信号与污染物区分的技术难题	哺乳动物组织中的微生物核酸	生物信息学	NA	单细胞测序、空间基因组测序、转录组测序	NA	基因组测序数据	NA
27	2025-08-29	Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification 2023-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01685-z PMID:36879006	研究论文	提出一种无需微流控设备的单细胞基因组学方法，基于模板乳化实现高效单细胞封装和条形码标记	开发了粒子模板乳化技术，仅需涡旋仪即可生成均匀液滴乳液，摆脱了对专业微流控设备和硬件的依赖	NA	开发更简单、灵活且可扩展的单细胞测序工作流程	单细胞（包括小鼠-人类混合样本、人类乳腺组织和混合表型急性白血病细胞）	基因组学	乳腺癌、急性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学测量	NA	基因组数据、转录组数据	数千个样本或数百万个细胞
28	2025-08-29	Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways 2023-07-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007 PMID:37339634	研究论文	本研究探讨胰腺弹性蛋白酶（PE）通过影响机械信号和PAR2通路调控β细胞存活及其在2型糖尿病中的作用	首次发现PE在T2D患者中上调并通过抑制机械信号和PAR2通路负调控β细胞存活，并鉴定出telaprevir作为有效PE抑制剂	NA	识别β细胞营养因子并开发对抗糖尿病的治疗策略	人类和啮齿类动物的β细胞及T2D患者的胰岛	糖尿病研究	2型糖尿病	高通量筛选、磷酸抗体微阵列、单细胞RNA测序	NA	分子和细胞生物学数据	人类T2D患者胰岛及啮齿类动物模型
29	2025-08-29	deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq 2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.536275 PMID:37090649	研究论文	介绍一种用于单细胞RNA测序数据样本解复用的新型计算算法deMULTIplex2	基于标签交叉污染物理机制构建统计模型，采用广义线性模型和期望最大化算法实现高精度样本识别	NA	开发能够处理大规模、噪声数据和样本不平衡的单细胞样本解复用算法	单细胞RNA测序数据中的样本标签和细胞标签	生物信息学	NA	scRNA-seq	广义线性模型, 期望最大化算法	测序数据	大规模和具有挑战性的单细胞数据集
30	2025-08-12	Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380 PMID:37950869	research paper	通过整合22个单细胞RNA测序库进行荟萃分析，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物	整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化图谱，并发现了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用	NA	研究人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究	人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞谱系	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, 基因组关联研究(GWAS), 空间成像分析	NA	单细胞RNA测序数据, 基因组数据, 空间成像数据	118,578个细胞来自22个scRNA-seq库
31	2025-08-12	A single-cell CRISPRi platform for characterizing candidate genes relevant to metabolic disorders in human adipocytes 2023-09-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00148.2023 PMID:37486064	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR干扰和单细胞RNA测序的CROP-Seq平台，用于研究人类脂肪细胞的代谢紊乱相关候选基因	开发了CROP-Seq这一无假设工具，能同时研究多个候选基因在脂肪生成过程中的转录结果	研究仅基于SGBS细胞系，可能无法完全代表体内脂肪细胞的行为	鉴定与代谢疾病相关的脂肪生成和脂肪细胞功能的新调控因子	人类前脂肪细胞SGBS细胞系	基因组学	代谢疾病	CROP-Seq（CRISPR干扰与单细胞RNA测序结合技术）	KRAB-dCas9系统	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用SGBS细胞系在不同时间点进行实验
32	2025-08-10	Neural stem cells persist to generate new neurons in the hippocampus of adult and aged human brain - Fiction or accurate? 2023-12, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2023.102133 PMID:38000512	综述	本文回顾了过去四十年关于成年神经发生的研究，探讨了其在脑可塑性、认知功能和神经系统疾病中的作用	总结了成年神经发生研究的关键里程碑、方法学进展和争议，并提出了未来研究方向	成年人类海马体中神经发生的存在尚未完全确认，需要更多大规模研究验证	探讨成年神经发生的现象及其在神经系统功能和疾病中的作用	成年和老年人类海马体中的神经发生	神经科学	神经系统疾病（如癫痫和阿尔茨海默病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	分子生物学数据	大量研究（具体数量未提及）
33	2025-08-10	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别并验证了原发性开角型青光眼(POAG)的关键生物标志物和潜在治疗靶点	首次通过整合mRNA微阵列数据、单细胞RNA测序数据和多种生物信息学分析方法，确定了FN1、GPX3和VAV3作为POAG的关键核心基因	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	寻找POAG的新型生物标志物和潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)	生物信息学	青光眼	mRNA微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
34	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.29.534769 PMID:37034687	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了不同阶段前列腺癌小鼠模型与野生型小鼠的间质细胞，揭示了间质细胞在前列腺癌进展中的作用	识别了8个转录和功能上不同的间质细胞群体，并构建了一个能预测前列腺癌转移进展的基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证相对有限	探究间质细胞在前列腺癌进展中的作用及其分子机制	前列腺癌小鼠模型和人类前列腺癌样本	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四种基因工程小鼠模型(GEMMs)及对应野生型小鼠，以及人类肿瘤样本
35	2025-08-08	Adult skin fibroblast state change in murine wound healing 2023-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-27152-4 PMID:36650180	研究论文	本研究通过分析小鼠皮肤伤口愈合过程中的单细胞RNA测序数据，探讨了成纤维细胞的异质性及其在伤口愈合中的作用	发现了一个特定的成纤维细胞亚群（cluster 3），该亚群在伤口皮肤中显著增加，并具有促进上皮间质转化（EMT）和血管生成的特征	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究皮肤伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性及其功能	小鼠皮肤伤口愈合过程中的成纤维细胞	生物医学	伤口愈合	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个时间点（第2、4、7、14天）的小鼠皮肤样本
36	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572214 PMID:38187768	research paper	本文介绍了一个名为Escort的框架，用于评估单细胞RNA测序数据是否适合进行轨迹推断，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动的方法减少轨迹推断中的不确定性和决策负担	未提及具体的性能比较或实际应用案例	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
37	2025-08-04	Mitochondrial integrated stress response controls lung epithelial cell fate 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06423-8 PMID:37558881	研究论文	本研究探讨了线粒体综合应激反应在肺上皮细胞命运调控中的作用	揭示了线粒体复合物I通过NAD再生调控细胞命运的新机制，并发现酵母NADH脱氢酶可挽救发育缺陷	研究主要基于小鼠模型，人类细胞中的适用性尚需验证	探究肺上皮细胞命运决定的代谢调控机制	小鼠肺上皮细胞（AT1和AT2细胞）	细胞生物学	肺发育异常	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用转基因小鼠）
38	2025-08-03	Enrichment of a neutrophil-like monocyte transcriptional state in glioblastoma myeloid suppressor cells 2023-Dec-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3793353/v1 PMID:38234734	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了胶质母细胞瘤（GBM）患者血液中单核髓源性抑制细胞（M-MDSC）的异质性，并发现了一种类似于中性粒细胞样单核细胞（NeuMo）的转录状态富集现象	发现了GBM患者M-MDSC中NeuMo转录状态的富集现象，并创建了量化这一状态的算法，同时揭示了地塞米松等药物对这一状态的影响	研究主要基于转录组数据，缺乏对M-MDSC功能特性的直接验证	探究胶质母细胞瘤中M-MDSC的异质性及其与免疫抑制的关系	胶质母细胞瘤、肺癌和头颈癌患者的M-MDSC	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	来自GBM、肺癌和头颈癌患者的M-MDSC样本
39	2025-07-29	Tobacco smoke exposure recruits inflammatory airspace monocytes that establish permissive lung niches for Mycobacterium tuberculosis 2023-12-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg3451 PMID:38055798	research paper	该研究探讨了烟草烟雾如何通过招募炎症性空气单核细胞，为结核分枝杆菌建立有利的肺部微环境	研究发现吸烟者肺部富集未成熟的炎症性单核细胞，这些细胞表现出与慢性阻塞性肺疾病相似的状态，并确定了CD93作为这些单核细胞的标记物	研究主要基于吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞，可能无法完全反映所有吸烟者的肺部情况	揭示吸烟如何增加结核病易感性的机制	吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、功能实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据	当前吸烟者和从未吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞
40	2025-07-29	CGCom: a framework for inferring Cell-cell Communication based on Graph Neural Network 2023-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.10.566642 PMID:38014057	研究论文	介绍了一种基于图神经网络（GNN）的细胞间通讯推断框架CGCom，利用空间转录组学数据、配体-受体信息和下游分子调控信息来预测细胞间通讯	CGCom利用细胞邻近信息和特定细胞对之间的学习，减少假阳性，提高预测准确性	目前仅在鼠胚胎seqFISH数据集上进行了验证，尚未在其他数据集或生物系统中测试	开发一种高精度的细胞间通讯推断方法	鼠胚胎细胞	生物信息学	NA	空间转录组学	GNN	空间转录组数据	鼠胚胎seqFISH数据集