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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-09-20
Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics
2023-03-10, Cells IF:5.1Q2
综述 本文综述了利用单细胞转录组学揭示胆管癌肿瘤生态系统异质性的研究进展 系统总结了单细胞RNA测序在胆管癌肿瘤生态系统异质性研究中的应用,并提出了未来方向和潜在临床应用 讨论了当前研究的局限性 研究胆管癌肿瘤生态系统的异质性及各种细胞成分之间的相互作用 胆管癌肿瘤生态系统中的肿瘤细胞、基质细胞和浸润免疫细胞 单细胞转录组学 胆管癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
22 2026-09-18
High-throughput identification of Toxoplasma gondii effector proteins that target host cell transcription
2023-10-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1
研究论文 该论文结合CRISPR敲除筛选与双宿主-微生物单细胞RNA测序(dual perturb-seq)鉴定弓形虫调控宿主细胞转录的效应蛋白。 开发了dual perturb-seq方法,首次结合CRISPR筛选与单细胞RNA测序同时解析宿主和病原体转录组,发现新效应蛋白TgGRA59和TgSOS1。 未明确提及 鉴定弓形虫效应蛋白及其调控宿主细胞转录的分子机制。 弓形虫(Toxoplasma gondii)和宿主细胞。 机器学习 弓形虫病 CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium NA
23 2026-09-18
Drivers of heterogeneity in synovial fibroblasts in rheumatoid arthritis
2023-07, Nature immunology IF:27.7Q1
研究论文 该研究通过单细胞多组学技术揭示了类风湿关节炎炎症关节中成纤维样滑膜细胞异质性的驱动因素 结合配对的单细胞RNA和ATAC测序、多重成像及空间转录组学,揭示髓系和T细胞来源的细胞因子局部暴露驱动四种不同的FLS状态,其中部分状态与皮肤和结肠等其他疾病组织的成纤维细胞状态相似 摘要中未明确提及研究的具体局限性 探索类风湿关节炎炎症关节中成纤维样滑膜细胞异质性的驱动因素,以及定居细胞与浸润细胞之间的局部通讯机制 类风湿关节炎患者炎症关节中的成纤维样滑膜细胞及浸润的髓系和T细胞 单细胞多组学 类风湿关节炎 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,多重成像,空间转录组学,体外细胞外在因子信号建模 NA 单细胞转录组数据,单细胞表观遗传数据,图像数据,空间转录组数据 NA 10x Genomics single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics 10x Chromium, 10x Visium NA
24 2026-09-18
Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina
2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过对Six3条件性敲除且Six6胚系敲除的小鼠胚胎眼杯进行单细胞RNA测序,识别细胞簇并推断发育轨迹,揭示Six3和Six6共同调控多能视网膜祖细胞的身份和发育轨迹 首次在Six3和Six6双敲除背景下利用单细胞RNA测序解析视网膜祖细胞的转录组和发育轨迹,发现了两种主要的发育轨迹(睫状缘和视网膜神经元),并揭示了Six3和Six6共同调控Fgf和Wnt信号通路的相反梯度以平衡眼杯的中央-外周模式化 研究仅基于小鼠胚胎模型,未在人类视网膜中验证;单细胞RNA测序可能遗漏低表达基因;未进行功能实验验证新候选基因的具体作用机制 揭示Six3和Six6在早期视网膜发育过程中共同调控多能视网膜祖细胞身份和发育轨迹的分子机制 小鼠胚胎眼杯中的视网膜祖细胞,包括对照组和Six3/Six6双敲除组 单细胞组学、发育生物学 失明、视网膜疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
25 2026-09-18
Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles
2023-05-01, Genome medicine IF:10.4Q1
研究论文 该论文通过单核RNA测序(snRNA-seq)分析人类胰岛细胞,识别了新的基因标记,并区分了具有动态转录组特征的β细胞亚群。 1. 使用snRNA-seq技术,兼容冷冻样本,消除解离诱导的转录应激反应,并利用内含子序列信息识别pre-mRNA转录本;2. 发现了人类胰岛内分泌细胞中新的非经典基因标记,如ZNF385D、TRPM3等;3. 通过整合scRNA-seq和snRNA-seq数据,区分了三个β细胞亚群(β1、β2、β3),并揭示了它们在体外和体内的动态转录组状态;4. 发现富含INS mRNA的β1亚群在体内成为主要亚群。 摘要中未明确提及研究的局限性。 利用单核RNA测序技术,更准确地识别人类胰岛细胞类型、亚群及其在体内的动态转录组特征。 人类胰岛细胞,包括体外培养的胰岛细胞和移植到免疫缺陷小鼠体内的人类胰岛。 单细胞转录组学 糖尿病 单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA测序数据 来自同一供体的人类胰岛细胞(新鲜和冷冻样本),以及移植到免疫缺陷小鼠体内的人类胰岛。具体样本量未在摘要中明确。 NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA 使用GRCh38-2020-A文库进行分析
26 2026-09-16
m6A regulator-mediated RNA methylation modification remodels immune microenvironment in dilated cardiomyopathy
2023-10, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过单样本基因集富集分析、单细胞RNA测序和Dox诱导的DCM小鼠模型,揭示IGFBP2介导的m6A RNA甲基化修饰重塑扩张型心肌病的免疫微环境并增加其风险 首次提出并验证IGFBP2介导的m6A RNA甲基化修饰通过增强CD8 T淋巴细胞、NK细胞、单核细胞和B淋巴细胞浸润以及激活检查点、MHC-I和T细胞共刺激信号通路来恶化免疫微环境,从而增加DCM风险 摘要中未提及具体局限性 验证m6A RNA甲基化是否导致扩张型心肌病免疫微环境紊乱,并探索其潜在机制 扩张型心肌病患者心肌组织、单细胞RNA测序数据、Dox诱导的DCM小鼠模型 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序, ssGSEA, qPCR, 免疫荧光染色, 超声心动图, MASSON染色 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
27 2026-09-14
A parathyroid hormone/salt-inducible kinase signaling axis controls renal vitamin D activation and organismal calcium homeostasis
2023-05-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究发现甲状旁腺激素通过抑制盐诱导激酶(SIK)活性来调控肾脏中Cyp27b1表达和1,25-维生素D的生成,揭示了PTH/SIK/CRTC信号轴在钙稳态中的作用 首次揭示了盐诱导激酶(SIK)作为PTH信号下游的关键调控因子,通过CRTC2介导肾脏Cyp27b1基因增强子的结合来调控1,25-维生素D的合成,并证明SIK抑制剂可促进CKD-MBD模型中的维生素D生成 研究主要基于小鼠模型和胚胎干细胞来源的肾脏类器官,缺乏人体临床试验数据验证SIK抑制剂在CKD-MBD患者中的疗效和安全性 探究PTH依赖性维生素D激活的信号机制,明确SIK在肾脏1,25-维生素D生成及机体钙稳态调控中的作用 小鼠模型、人胚胎干细胞来源的肾脏类器官、足细胞损伤慢性肾病-矿物质骨病(CKD-MBD)模型 机器学习, 数字病理学 慢性肾病-矿物质骨病, 心血管疾病 单细胞转录组学, 全组织转录组学 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
28 2026-09-13
Potential Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease from Genetic Studies
2023-04-15, Biology
综述 本文通过叙述性综述分析了基于单细胞测序或空间基因组学的阿尔茨海默病分子机制研究,将分子机制差异归纳为性别特异性、早发性、衰老和免疫系统通路四个主要类别 从单细胞测序和空间基因组学研究中系统总结阿尔茨海默病的分子机制,并提出将分子失衡原因分为四大类的新视角 采用叙述性综述而非系统综述或荟萃分析,可能缺乏全面性和定量综合 识别阿尔茨海默病中分子失衡的常见原因及其潜在机制,为后续研究提供方向 阿尔茨海默病相关的分子机制研究 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞测序, 空间基因组学 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
29 2026-09-10
Itaconate-producing neutrophils regulate local and systemic inflammation following trauma
2023-10-23, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 该研究通过代谢组学和单细胞RNA测序,发现创伤后肌腱损伤部位产生的衣康酸主要由成熟中性粒细胞分泌,并调节局部和全身炎症,外源性衣康酸具有治疗潜力 首次识别出成熟中性粒细胞而非巨噬细胞是创伤后衣康酸的主要生产者,并揭示其通过循环至骨髓调节造血和系统性炎症的新机制 未明确提及研究局限性 探究肌腱损伤修复过程中代谢谱的变化及其对愈合结果的影响,并评估衣康酸的免疫调节作用 肌腱损伤组织、中性粒细胞、骨髓造血祖细胞 数字病理学 肌腱损伤 单细胞RNA测序、代谢组学 不适用 单细胞转录组数据、代谢组数据 未明确提及样本数量 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
30 2026-09-10
Macrophage-mediated PDGF Activation Correlates With Regenerative Outcomes Following Musculoskeletal Trauma
2023-08-01, Annals of surgery IF:7.5Q1
研究论文 本研究旨在识别与肌肉骨骼创伤后再生或纤维化愈合相关的巨噬细胞亚群和基因特征。 通过整合多种肌肉骨骼损伤模型的单细胞RNA测序数据,识别出与再生或纤维化愈合相关的特异性巨噬细胞亚群,并揭示血小板衍生生长因子信号在再生条件中的增强作用,为预测纤维化反应和调节愈合微环境提供新靶点。 研究基于小鼠模型,需进一步验证在人类中的适用性;分析依赖于已有数据集,可能引入批次效应或模型差异。 识别与肌肉骨骼创伤后再生或纤维化愈合相关的巨噬细胞亚群和基因特征。 小鼠肌肉骨骼损伤模型中的巨噬细胞亚群及其与间充质祖细胞的相互作用。 转录组学 肌肉骨骼损伤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 多个小鼠肌肉骨骼损伤模型的单细胞RNA测序数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
31 2026-09-09
TRIBAL: Tree Inference of B cell Clonal Lineages
2023-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一种新方法TRIBAL,用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆谱系树,并整合同种型数据以提高系统发育推断准确性。 将同种型数据纳入B细胞谱系推断,减少仅考虑受体序列时的系统发育不确定性,并共同捕获体细胞突变和类别转换。 未明确提及局限性。 开发新方法TRIBAL,从scRNA-seq数据中推断B细胞克隆谱系树,以增强对B细胞进化机制和类别转换动力学的理解。 B细胞克隆谱系及其同种型转换。 免疫学与单细胞生物信息学 不适用 单细胞RNA测序、B细胞受体序列分析、系统发育推断 系统发育树模型 单细胞RNA测序数据及B细胞受体序列 实验数据集及真实scRNA-seq数据集(具体规模未提及) 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
32 2026-09-09
MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法,用于从单细胞测序数据中准确鉴定信息性线粒体突变,并推断细胞谱系 MitoTracer能够自动识别克隆信息性线粒体突变,并具有较高的灵敏度和特异性,优于现有方法,且兼容多种单细胞测序平台 未在摘要中明确提及,可能需要对更多数据类型或平台进行验证 开发一种工具,以准确捕捉线粒体突变并追踪细胞谱系,应用于癌症进化研究 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)样本,包括BRAF突变癌细胞和实验谱系测序数据 生物信息学, 机器学习 癌症(BRAF突变相关) 单细胞测序分析,线粒体突变检测 计算算法(未指定具体模型类型) 单细胞测序数据(scRNA-seq, scATAC-seq) 未明确提及具体样本数量 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 未明确提及具体平台 未明确提及,但提及与多个单细胞测序平台兼容
33 2026-09-09
Unraveling Neuronal Identities Using SIMS: A Deep Learning Label Transfer Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍SIMS,一种用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具,能够高效准确地进行细胞类型分类 提出SIMS,一种端到端的数据高效机器学习流程,具有可扩展性和可解释性,在复杂数据集(如大脑)中达到或超越现有最先进算法的性能 摘要中未明确提及局限性 开发并验证SIMS工具,用于单细胞数据的离散分类,并应用于多种大脑组织场景 成人大脑皮层、海马体、发育中大脑及皮层类器官的单细胞数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序 深度学习模型(具体类型未详述) 单细胞基因表达数据 涉及多个单细胞数据集,包括成人和发育中大脑及皮层类器官样本,具体数量未在摘要中说明 NA NA NA NA
34 2026-09-06
Recent insights into the pathogenesis and therapeutic targets of chronic liver diseases
2023-Oct, eGastroenterology
评论 本文总结了2022年虚拟举行的第五届中美肝脏学会/华人生物学家协会 hepatology 分会年会上的报告,重点关注酒精相关肝病、非酒精性脂肪性肝病和肝癌的基础与转化研究进展 总结了年会中关于非编码RNA、自噬、肝外信号、巨噬细胞等在肝脏疾病中的作用,以及单细胞RNA测序在肝病研究中的应用 因是会议亮点摘要,可能缺乏详细的方法学描述和具体数据 概述慢性肝病(包括病毒性肝炎、酒精相关肝病和非酒精性脂肪性肝病)的最新发病机制和治疗靶点研究进展 慢性肝病,包括病毒性肝炎、酒精相关肝病、非酒精性脂肪性肝病和肝癌 数字病理学 慢性肝病、酒精相关肝病、非酒精性脂肪性肝病、肝癌 NA NA 文本 不适用 NA 单细胞RNA测序 NA NA
35 2026-09-04
Inflammatory Activity of Epithelial Stem Cell Variants from Cystic Fibrosis Lungs Is Not Resolved by CFTR Modulators
2023-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1
研究论文 本研究探讨囊性纤维化肺部上皮干细胞变异体的炎症活性,并评估CFTR调节剂对其影响 首次在囊性纤维化肺中发现多种炎症性干细胞变异体,并证明CFTR功能恢复不能解决其炎症活性 研究基于终末期肺移植样本,样本量有限,可能无法代表早期疾病阶段 确定CF肺部是否存在致病性干细胞变异体,并评估CFTR调节剂对这些变异体的影响 来自囊性纤维化患者的终末期肺组织中的上皮干细胞 数字病理学 囊性纤维化 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 4例囊性纤维化患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
36 2026-09-04
scAnno: a deconvolution strategy-based automatic cell type annotation tool for single-cell RNA-sequencing data sets
2023-05-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
research paper 开发了scAnno,一种基于去卷积策略的自动化细胞类型注释工具,用于单细胞RNA测序数据集,并在多个数据集上验证其高准确性 首次利用去卷积策略进行自动化细胞类型注释,无需先验信息即可准确识别细胞类型特异性基因 未提供具体局限性信息 开发并验证一种准确、稳健的自动化细胞类型注释工具,以支持单细胞RNA测序数据分析 人类和小鼠单细胞RNA测序数据集,包括外周血单个核细胞等 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 逻辑回归 基因表达数据 30种人类细胞类型和50个人类组织,26种小鼠细胞类型和50个小鼠组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
37 2026-09-03
Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single-cell RNA sequencing
2023-Oct-17, Microbiology spectrum IF:3.7Q2
研究论文 本文比较了不同单细胞RNA测序文库制备方法和测序策略,以检测SARS-CoV-2 RNA,并开发了一套数据处理流程,用于量化病毒基因组RNA和亚基因组mRNA的明确序列读取,从而在单细胞水平增强对冠状病毒RNA生物学的研究 开发了一种最大化检测SARS-CoV-2亚基因组mRNA的工作流程,并能够识别非经典和低丰度的病毒RNA,同时区分感染细胞与旁观细胞的宿主基因表达差异 未明确提及,但可能受限于样本类型和测序深度对低丰度RNA检测的影响 优化单细胞RNA测序策略以明确检测SARS-CoV-2亚基因组mRNA,并探索病毒基因表达模式及其对宿主细胞的影响 SARS-CoV-2感染的细胞,包括感染细胞和旁观细胞 单细胞测序 COVID-19 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
38 2026-09-02
Spatial Single Cell Analysis of Proteins in 2D Human Gastruloids Using Iterative Immunofluorescence
2023-Oct, Current protocols
研究论文 本文介绍了一种迭代免疫荧光方案和计算流程,用于在2D人类胃泌素样结构中同时分析超过27种蛋白质的空间表达和细胞信号活动 通过迭代免疫荧光大大提高了多重检测能力,结合计算流程实现空间共定位分析,并能与单细胞RNA测序技术结合 文章未提及具体局限性,但可能涉及实验复杂性或通量限制 深入理解发育过程中多种信号通路如何协同指导细胞命运的空间和时间组织 2D人类胃泌素样结构 计算生物学、发育生物学 不适用 迭代免疫荧光、单细胞蛋白质表达分析 聚类分析 图像 未明确说明 NA 免疫荧光 NA 迭代免疫荧光协议,支持生成微图案多孔载玻片
39 2026-09-02
RETROFIT: Reference-free deconvolution of cell-type mixtures in spatial transcriptomics
2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一种无需单细胞参考的贝叶斯方法RETROFIT,用于空间转录组数据中细胞类型混合物的解卷积,并在合成和真实数据集上验证其性能。 RETROFIT是一种参考自由的贝叶斯方法,不依赖单细胞转录组参考,能够产生稀疏且可解释的解卷积结果,优于现有参考依赖和参考自由方法。 未明确提及 开发一种参考自由的细胞类型解卷积方法,以准确估计空间转录组数据中每个位置的细胞类型组成和基因表达重建。 空间转录组数据,包括合成数据集和来自Slide-seq和Visium平台的真实ST数据,以及人类肠道发育ST数据。 生物信息学 NA 空间转录组学 贝叶斯模型 空间基因表达数据 包含合成数据集和真实ST数据集(Slide-seq和Visium),以及人类肠道发育ST数据 10x Genomics, NA(Slide-seq可能涉及其他平台) 空间转录组学 10x Visium, Slide-seq Slide-seq和Visium平台
40 2026-09-01
ScRNA-seq revealed targeting regulator of G protein signaling 1 to mediate regulatory T cells in Hepatocellular carcinoma
2023, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3
研究论文 通过单细胞RNA测序分析,发现RGS1在肝细胞癌调节性T细胞中高表达,并可能通过CXCR4信号调节Treg功能,成为免疫治疗的潜在靶点 首次利用两个独立的单细胞RNA测序数据集整合分析,揭示了RGS1在Tregs中的特异性高表达及其与不良预后和CXCR4信号通路的相关性,并通过多重免疫荧光验证 未明确提及,但可能受限于公共数据集的样本量和生物信息学分析的验证程度 识别靶向Tregs以改善肝细胞癌免疫治疗结局的基因 肝细胞癌中的CD4+ T细胞,特别是调节性T细胞(Tregs) 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、多重免疫荧光 NA 单细胞基因表达数据、免疫荧光图像 两个独立的公共scRNA-seq数据集,以及用于验证的肿瘤和癌旁组织样本(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
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