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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-04-30 |
Tumor PD-L1 engages myeloid PD-1 to suppress type I interferon to impair cytotoxic T lymphocyte recruitment
2023-03-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.02.005
PMID:36917954
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研究论文 | 该研究揭示肿瘤细胞PD-L1通过与髓系细胞PD-1结合,激活SHP2抑制I型干扰素信号通路,从而削弱细胞毒性T淋巴细胞向肺转移灶的募集,促进肿瘤免疫逃逸 | 首次发现肿瘤PD-L1并非直接抑制T细胞活性,而是通过髓系PD-1介导的SHP2-IFN-I-STAT1-CXCL9信号轴调控CTL募集,并证实该机制在肺转移中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅显示相关性,未完全验证机制;未阐明其他肿瘤模型或器官转移中的普适性 | 阐明肿瘤细胞PD-L1在肿瘤免疫逃逸中通过髓系细胞介导的分子机制 | 肿瘤细胞(PD-L1)、髓系细胞(PD-1)、细胞毒性T淋巴细胞、小鼠肺转移模型 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型(未明确具体数量);人癌症患者样本(数量未指定) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-04-29 |
GPCR signaling contributes to immune characteristics of microenvironment and process of EBV-induced lymphomagenesis
2023-11-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2023.09.029
PMID:37798178
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研究论文 | 本篇论文首次对自然杀伤/T细胞淋巴瘤进行了全面的蛋白质基因组学表征,并结合基因组、转录组和蛋白质组数据,揭示了EB病毒基因模式与免疫相关致癌信号通路的关系 | 首次揭示GPCR信号通路在EB病毒诱导的淋巴瘤发生和肿瘤微环境免疫特征中的作用,并发现靶向CCR1能有效清除EB病毒、激活T细胞并杀死淋巴瘤细胞 | 信息不足 | 探究EB病毒诱导的淋巴瘤发生过程中病毒与癌症免疫相互作用的潜在机制 | 自然杀伤/T细胞淋巴瘤(NKTCL) | 机器学习 | 淋巴瘤 | 蛋白质组学、转录组学、基因组学、单细胞转录组 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 信息不足 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-04-29 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Identifies Subclusters with Inflammatory Fibroblast Responses in Localized Scleroderma
2023-Jun-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24129796
PMID:37372943
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析,识别局限性硬皮病中具有炎症性成纤维细胞反应的新亚群 | 首次在局限性硬皮病(LS)患者皮肤中通过单细胞RNA测序技术,识别出12个成纤维细胞亚群,并发现了一个独特的CXCL2/IRF1亚群,具有强烈的炎症基因特征,包括IL-6,以及一个与系统性硬化症肌成纤维细胞相关的SFRP4/PRSS23亚群,同时表达CXCL9/10/11 | 样本量有限(14例LS患者和14例健康对照),且主要为成人患者 | 探索局限性硬皮病中成纤维细胞在炎症和纤维化过程中的作用 | 局限性硬皮病(LS)患者(包括儿童和成人)和健康对照组的皮肤组织中的成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 局限性硬皮病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 14例局限性硬皮病患者和14例健康对照组的皮肤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2026-04-29 |
IRF7 and UNC93B1 variants in an infant with recurrent herpes simplex virus infection
2023-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI154016
PMID:37097753
|
研究报告 | 报告了一名反复感染单纯疱疹病毒1型的婴儿携带IRF7和UNC93B1基因变异,并探讨了其免疫机制 | 首次在一个婴儿中发现IRF7和UNC93B1基因的有害变异与反复HSV-1感染和脑炎相关,并证明了这些变异通过抑制TLR3通路和I型干扰素反应在分子水平上起作用 | 该研究仅涉及单一病例,结果可能不具普遍性;需要更多患者研究来确认IRF7和UNC93B1变异在新生儿HSV易感性中的作用 | 探索新生儿单纯疱疹病毒感染的遗传基础 | 一名患有反复HSV-1感染并发展为脑炎的男性婴儿 | 机器学习 | 单纯疱疹病毒感染 | 全外显子测序,单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 1名婴儿 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-04-28 |
Temporal recording of mammalian development and precancer
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572260
PMID:38187699
|
研究论文 | 利用NSC-seq分子时钟记录哺乳动物发育和癌前病变的细胞事件时序 | 首次开发并验证了一种多用途单细胞CRISPR平台NSC-seq,将分子时钟与细胞状态和谱系信息相结合,实现了对细胞事件时序和克隆性的精准记录 | 未提及具体局限性,但可能包括对CRISPR编辑效率的依赖性以及人类癌前样本分析中的样本代表性 | 开发一种能够记录细胞事件时序和克隆性的分子时钟方法,并应用于哺乳动物发育和癌前病变的研究 | 小鼠胚胎、小鼠腺瘤、人结肠癌前病变 | 数字病理学 | 结肠癌前病变 | NSC-seq(单细胞CRISPR平台)、单细胞多组学分析 | 分子时钟模型 | 单细胞RNA测序数据、克隆分析数据 | 116个单细胞RNA测序数据集和418个人类息肉 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | 10x Chromium | NSC-seq平台 |
| 26 | 2026-04-28 |
Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function
2023-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06549-9
PMID:37730992
|
研究论文 | 该论文通过转基因雪貂模型定义了肺部离子细胞的多样性和功能 | 首次在鼬科动物中建立条件性遗传模型,揭示人类与小鼠间进化保守的肺部离子细胞功能及亚型 | NA | 阐明肺部离子细胞在气道中的生物学功能及其在囊性纤维化中的作用 | 转基因雪貂模型(FOXI1-Cre::ROSA-TG, FOXI1-KO, FOXI1-Cre::CFTR)及囊性纤维化雪貂 | 自然语言处理 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组学、谱系追踪、条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据、谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-04-28 |
LRT: Integrative analysis of scRNA-seq and scTCR-seq data to investigate clonal differentiation heterogeneity
2023-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011300
PMID:37428794
|
研究论文 | 开发LRT框架,整合单细胞RNA测序与单细胞T细胞受体测序数据,研究克隆分化异质性 | 首次提出综合计算框架LRT,整合scRNA-seq和scTCR-seq数据,揭示克隆分化轨迹异质性,弥补单一方法在T细胞克隆分析中的不足 | 研究未涉及其他免疫细胞类型或更大范围的数据验证 | 探索克隆分化轨迹异质性,提供综合分析方法 | CD8+ T细胞和CD4+ T细胞(急性淋巴性脉络丛脑膜炎病毒感染样本) | 机器学习 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | 基因表达数据, TCR序列数据 | CD8+ T细胞和CD4+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 28 | 2026-04-25 |
[Single-cell transcriptome analysis reveals development atlas of mouse molar pulp cells]
2023-May-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析小鼠磨牙发育过程,构建牙髓细胞时空发育图谱 | 首次构建小鼠磨牙牙髓细胞发育的时空图谱,揭示牙髓细胞分化为成熟牙髓细胞和成牙本质细胞的两条发育轨迹 | 仅使用小鼠模型,研究时间点有限(出生后第0、3、7天) | 研究牙齿发育过程中牙髓细胞的发育过程和调控机制 | C57BL/6小鼠的十颗下颌第一磨牙(出生后第0天和第3天)及之前研究中的第7天数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 10颗小鼠下颌第一磨牙(出生后第0天和第3天各5颗) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics平台进行单细胞RNA测序 |
| 29 | 2026-04-24 |
A robust platform for integrative spatial multi-omics analysis to map immune responses to SARS-CoV-2 infection in lung tissues
2023-11, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13679
PMID:37605469
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研究论文 | 开发了一个稳健的空间多组学整合平台,用于分析SARS-CoV-2感染肺组织中的免疫反应 | 通过创新的计算映射方法,首次整合五种组织分析技术(空间转录组学Visium、GeoMx、RNAScope和蛋白质组学CODEX、PhenoImager HT),全面比较病毒感染的肺组织在不同细胞分辨率下的转录组和靶向蛋白质组 | 未在摘要中明确提及 | 理解SARS-CoV-2病毒在肺组织中的分子和细胞反应,尤其是巨噬细胞浸润及其微环境 | COVID-19感染的肺组织样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 组织图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 感染和未感染的肺组织样本,具体数量未说明 | 10x Genomics, NanoString, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 10x Visium, GeoMx, RNAScope, CODEX, PhenoImager HT | 10x Visium用于空间转录组,GeoMx用于数字空间分析,RNAScope用于原位杂交,CODEX用于多重蛋白质成像,PhenoImager HT用于高通量成像 |
| 30 | 2026-04-24 |
Improving cellular phylogenies through the integrated use of mutation order and optimality principles
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.018
PMID:37602230
|
研究论文 | 开发了一种整合突变顺序和最优性原则的计算方法,用于从单细胞测序数据中推断更准确和全面的细胞系统发育 | 首次将标准系统发育最优性原则与序列变异共现模式整合应用,可从错误和缺失碱基较多的单细胞序列数据中产生更扩展和准确的细胞系统发育 | 未提及 | 改进单细胞测序数据的细胞系统发育推断 | 肿瘤细胞和CRISPR/Cas9基因组编辑数据集 | 机器学习 | 癌症(肿瘤) | 单细胞测序 | NA | 单细胞DNA序列 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-04-23 |
Single-cell transcriptomics reveals long noncoding RNAs associated with tumor biology and the microenvironment in pancreatic cancer
2023-Dec, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad055
PMID:38023733
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了胰腺导管腺癌中与肿瘤生物学和微环境相关的长链非编码RNA | 首次在单细胞分辨率下全面评估了PDAC中的lncRNA景观,揭示了在批量分析中被掩盖的、与肿瘤异质性、突变、治疗反应及肿瘤微环境相关的lncRNA | 研究主要基于转录组数据,lncRNA的功能机制仍需后续实验验证 | 探究胰腺导管腺癌中长链非编码RNA在单细胞水平上的表达特征及其与肿瘤生物学和微环境的关系 | 21名胰腺导管腺癌患者的73个多区域样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 21名患者的73个多区域样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-04-23 |
High-dimensional deconstruction of pancreatic cancer identifies tumor microenvironmental and developmental stemness features that predict survival
2023-Oct-19, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-023-00455-z
PMID:37857854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高维基因表达分析,揭示了胰腺导管腺癌肿瘤微环境的细胞状态组成、发育干性特征及其与患者生存的关联 | 首次在诊断时内镜超声引导下细针穿刺活检样本中,结合单细胞和批量RNA测序,系统描绘了PDAC的肿瘤微环境细胞群落和发育干性连续体,并发现其与预后的强相关性 | 样本量相对有限,且依赖于公开数据集进行补充;EUS-FNB样本的细胞获取量和质量可能存在变异 | 解析胰腺导管腺癌肿瘤微环境的高维特征,识别与患者生存相关的细胞状态和发育干性标志 | 胰腺导管腺癌患者组织样本,包括诊断时EUS-FNB样本和手术切除样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | Ecotyper工具(定制版) | 基因表达数据 | 单细胞RNA-seq样本80例(含25例新采集EUS-FNB样本和6例手术样本),批量RNA-seq样本268例 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2026-04-23 |
Autologous humanized PDX modeling for immuno-oncology recapitulates features of the human tumor microenvironment
2023-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-006921
PMID:37487666
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研究论文 | 本研究开发了一种利用患者自体骨髓造血干细胞和祖细胞在MISTRG6小鼠中重建患者造血系统,并移植患者来源的异种移植组织,以建立完全基因匹配的模型来模拟个体肿瘤微环境的方法 | 开发了一种自体人源化PDX模型,利用患者自身的造血干细胞和肿瘤组织在MISTRG6小鼠中重建个体化的肿瘤微环境,克服了传统异种移植模型中的物种差异和个体间变异问题 | 模型依赖于小鼠宿主环境,可能无法完全模拟人体内所有的免疫-肿瘤相互作用;研究样本量未明确说明 | 建立一种能够更准确模拟人类肿瘤微环境并用于临床前药物测试的平台 | 实体瘤患者的骨髓造血干细胞和祖细胞以及患者来源的异种移植组织 | 肿瘤免疫学 | 实体瘤 | 单细胞转录组学 | PDX模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2026-04-22 |
ScRNA-seq revealed targeting regulator of G protein signaling 1 to mediate regulatory T cells in Hepatocellular carcinoma
2023, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.3233/CBM-220226
PMID:36938729
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,发现RGS1在肝细胞癌的调节性T细胞中高表达,并与不良预后相关,提示RGS1可能通过CXCR4信号通路调节Treg功能,是潜在的免疫治疗靶点 | 首次在肝细胞癌中利用单细胞RNA测序数据揭示RGS1在调节性T细胞中的特异性高表达及其与CXCR4信号通路的关联,并发现其与患者临床预后的相关性 | 研究主要基于公共数据库的生物信息学分析和免疫荧光验证,缺乏直接的体内外功能实验验证RGS1的具体调控机制 | 识别肝细胞癌中调节性T细胞的靶向基因,以改善免疫治疗效果 | 肝细胞癌患者的CD4+ T细胞,特别是调节性T细胞 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光分析,转录因子活性推断,基因共表达网络分析,生存分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,免疫荧光图像数据 | 基于两个独立的公共单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-04-20 |
A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis
2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.25.562925
PMID:37986877
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研究论文 | 本研究通过建立胸腺皮质-髓质连续组织轴,并结合多模态单细胞、空间转录组学和高分辨率多重成像图谱,绘制了人类胸腺的空间细胞图谱,揭示了T细胞发育的微观解剖学基础 | 建立了胸腺定量形态学新框架——皮质-髓质轴,并结合多模态空间分析,首次在单细胞分辨率上系统描绘了人类胸腺从胎儿到出生后的空间组织结构 | NA | 绘制人类胸腺的空间细胞图谱,揭示T细胞发育和胸腺上皮细胞组织的微观解剖学基础 | 人类胸腺组织(胎儿期及出生后) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,高分辨率多重成像,单细胞分析 | NA | 空间转录组数据,成像数据,单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | NA | NA |
| 36 | 2026-04-20 |
Protocol for multi-modal single-cell RNA sequencing on M. tuberculosis-infected mouse lungs
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102102
PMID:36853694
|
研究论文 | 本文开发了一种用于M. tuberculosis感染小鼠肺组织的多模态单细胞RNA测序协议 | 同时获取每个感染细胞的转录组、表面标志物表达和细菌表型信息 | NA | 阐明不同免疫细胞如何控制或促进M. tuberculosis感染 | M. tuberculosis感染的小鼠肺组织巨噬细胞 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多模态单细胞分析 | NA | NA |
| 37 | 2026-04-20 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals dual sensing of HIV-1 in blood Axl+ dendritic cells
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106019
PMID:36866043
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了血液中Axl+树突状细胞对HIV-1的双重感知机制 | 首次在血液AxlDC亚群中发现HIV-1可诱导两种不同的广泛转录程序,分别由NF-κB和STAT1/2介导,且病毒进入途径可能决定不同的先天感知通路 | 研究主要关注血液DC亚群,未涉及其他组织或细胞类型对HIV-1的感知机制 | 探究血液树突状细胞亚群对HIV-1的感知和抗病毒反应机制 | 人类血液树突状细胞亚群(特别是AxlDC和cDC2) | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2026-04-18 |
Hypercapnia alters stroma-derived Wnt production to limit β-catenin signaling and proliferation in AT2 cells
2023-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.159331
PMID:36626234
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研究论文 | 本研究探讨高碳酸血症如何通过改变基质细胞Wnt产生,限制AT2细胞的β-catenin信号传导和增殖,从而影响肺损伤修复 | 首次揭示高碳酸血症通过改变PDGFRα+成纤维细胞的Wnt表达,从促进转向拮抗β-catenin信号,进而限制AT2祖细胞功能 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养,人类临床数据有限,且高碳酸血症的具体分子机制仍需进一步验证 | 探究高碳酸血症对肺损伤后修复过程的影响,特别是对肺泡II型细胞增殖和信号通路的调控 | 小鼠模型、肺泡II型细胞、PDGFRα+成纤维细胞、3D类器官培养 | 数字病理学 | 肺疾病 | 空间转录组学、细胞谱系追踪、3D培养 | 小鼠模型 | 转录组数据、空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-04-18 |
Metagenomic and single-cell RNA-Seq survey of the Helicobacter pylori-infected stomach in asymptomatic individuals
2023-02-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.161042
PMID:36810249
|
研究论文 | 本研究通过宏基因组测序、单细胞RNA测序等技术,深入调查了无症状幽门螺杆菌感染者胃部的宿主-微生物群环境 | 首次结合宏基因组和单细胞RNA测序全面描绘无症状幽门螺杆菌感染者胃黏膜的微生物组和免疫细胞图谱,揭示了人类胃黏膜中ILC3s的主导地位及其与特定微生物类群的相关性 | 研究主要关注无症状个体,可能无法完全反映有症状感染者的病理变化;样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 深入表征幽门螺杆菌感染者胃部的宿主-微生物群环境,比较无症状感染者与未感染者的差异 | 人类胃组织样本,包括幽门螺杆菌感染和无症状个体 | 数字病理学 | 幽门螺杆菌感染 | 宏基因组测序, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 荧光显微镜 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | 未明确指定样本数量,但涉及人类胃组织样本 | NA | 宏基因组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-04-17 |
Proteomic and single-cell landscape reveals novel pathogenic mechanisms of HBV-infected intrahepatic cholangiocarcinoma
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106003
PMID:36852159
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和单细胞测序揭示了HBV感染的肝内胆管癌(ICC)的新致病机制,包括细胞间连接减少和上皮-间质转化(EMT)程序增强 | 首次结合全外显子测序、蛋白质组分析和单细胞RNA测序,系统探究HBV感染对ICC的致癌效应,发现细胞间连接水平降低与EMT程序激活的关联 | 样本量相对较小(32例HBV-ICC和89例非HBV-ICC),且为观察性研究,需进一步实验验证机制 | 探究HBV感染在肝内胆管癌(ICC)中的致癌机制和免疫微环境变化 | HBV感染的肝内胆管癌(ICC)患者和非HBV感染的ICC患者 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全外显子测序, 蛋白质组分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 121例患者(32例HBV-ICC, 89例非HBV-ICC) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |