单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3901 - 3920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3901 | 2024-08-08 |
P-CSN: single-cell RNA sequencing data analysis by partial cell-specific network
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad180
PMID:37170676
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研究论文 | 本文提出了一种新的部分细胞特异性网络方法（p-CSN），用于单细胞RNA测序数据分析，通过基于部分独立性的统计方法消除c-CSN的奇异性，并进一步提出单细胞网络熵（scNEntropy）来量化细胞状态 | 提出了基于部分独立性统计的p-CSN方法，有效减少了c-CSN在网络构建中的假阴性问题，并优化了下游分析性能 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析方法，提高基因-基因关联的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达和基因-基因关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | p-CSN | 基因表达数据 | 多个数据集 |
| 3902 | 2024-08-08 |
scAnno: a deconvolution strategy-based automatic cell type annotation tool for single-cell RNA-sequencing data sets
2023-05-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad179
PMID:37183449
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研究论文 | 开发了一种基于去卷积策略的自动化细胞类型注释工具scAnno，用于单细胞RNA测序数据集 | scAnno通过联合去卷积策略和逻辑回归，能够在没有先验信息的情况下准确识别细胞类型特异性基因，并提供了人类和鼠类的参考基因表达谱 | NA | 开发一种自动化细胞类型注释工具，以提高单细胞RNA测序数据集的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归 | 基因表达数据 | 人类30种细胞类型和50种组织，鼠类26种细胞类型和50种组织 |
| 3903 | 2024-08-08 |
Natural γδT17 cell development and functional acquisition is governed by the mTORC2-c-Maf-controlled mitochondrial fission pathway
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106630
PMID:37192973
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研究论文 | 本文探讨了mTORC2通过调控c-Maf表达控制γδT17细胞功能命运承诺的内在代谢机制 | 首次揭示了mTORC2通过调节Drp1介导的线粒体分裂和线粒体功能障碍，影响γδT17细胞的发育和功能获取 | NA | 研究γδT17细胞发育的内在代谢机制 | γδT17细胞的发育和功能获取 | NA | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 3904 | 2024-08-08 |
Exploring the role of pyroptosis in shaping the tumor microenvironment of colorectal cancer by bulk and single-cell RNA sequencing
2023-May-18, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-02897-8
PMID:37198617
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序探索了焦亡在结直肠癌肿瘤微环境中的作用 | 首次在批量和单细胞RNA测序水平上全面调查了焦亡在结直肠癌中的作用 | NA | 研究焦亡在结直肠癌中的机制及其对治疗的影响 | 结直肠癌样本及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | RNA-seq数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库和The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的结直肠癌样本 |
| 3905 | 2024-08-05 |
Celloscope: a probabilistic model for marker-gene-driven cell type deconvolution in spatial transcriptomics data
2023-05-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02951-8
PMID:37198601
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研究论文 | 本文提出了一种新的概率模型Celloscope，用于从空间转录组数据中进行细胞类型的解混合 | Celloscope利用既有的标记基因知识进行细胞类型解混合，这是一种创新的方法 | NA | 研究空间转录组数据中不同细胞类型的空间排列 | 针对小鼠脑组织和前列腺组织的细胞类型进行解混合 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | 概率模型 | 基因表达数据 | NA |
| 3906 | 2024-08-05 |
Cellular population dynamics shape the route to human pluripotency
2023-05-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37270-w
PMID:37198156
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研究论文 | 人类细胞重编程到诱导性多能性是一个低效的过程，本研究探讨了细胞亚群及其相互作用 | 研究通过微流控技术和时间多组学识别并解决不同细胞亚群及其相互作用，指出HGF/MET/STAT3轴是重编程的强效增强因子 | 研究主要依赖微流控系统，而在常规培养皿中需要外源供应HGF以提高效率 | 探究细胞重编程中重要的中间阶段及其功能 | 不同细胞亚群及其在重编程过程中的相互作用 | 生物医学 | NA | 微流控技术, 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 3907 | 2024-08-08 |
scBrainMap: a landscape for cell types and associated genetic markers in the brain
2023-05-17, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baad035
PMID:37195696
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研究论文 | 本文介绍了scBrainMap数据库，该数据库收录了多种物种大脑细胞类型及其相关遗传标记 | scBrainMap数据库通过单细胞转录组技术，提供了高分辨率的大脑细胞类型分类，并包含了跨物种、跨脑区和疾病状态的数据 | NA | 旨在解析大脑细胞组成的多样性及其特性 | 大脑细胞类型及其遗传标记 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 基因数据 | 包含6,577,222个单细胞，涉及14个物种、124个脑区和20种不同的疾病状态 |
| 3908 | 2024-08-05 |
ACSL4 serves as a novel prognostic biomarker correlated with immune infiltration in Cholangiocarcinoma
2023-May-16, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-10903-5
PMID:37193981
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研究论文 | 本研究探讨了ACSL4在胆管癌中的预后价值和潜在功能 | ACSL4作为胆管癌的新型预后生物标志物，首次揭示了其与免疫浸润细胞的相关性 | 本研究的局限性在于缺乏临床验证和具体的机制研究 | 研究ACSL4在胆管癌中的预后价值及其可能的功能 | 胆管癌（CHOL）患者 | 数字病理学 | 胆管癌 | 西方印迹、qPCR、EdU实验、CCK8实验、穿透实验和伤口愈合实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 利用TCGA和GEO数据库中的胆管癌数据集，具体样本量未提及 |
| 3909 | 2024-08-08 |
Intratumoral erythroblastic islands restrain anti-tumor immunity in hepatoblastoma
2023-05-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101044
PMID:37196629
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了13名未经治疗的肝母细胞瘤患者的肿瘤微环境，发现异常积累的红细胞岛（EBIs）与肝母细胞瘤的生存率呈负相关，并揭示了EBIs通过LGALS9/TIM3轴抑制树突状细胞功能，从而影响抗肿瘤T细胞免疫反应的机制。 | 首次发现红细胞岛在肿瘤中的功能，并揭示了其通过特定分子轴抑制树突状细胞功能，影响抗肿瘤免疫反应的机制。 | 研究样本仅限于13名未经治疗的肝母细胞瘤患者，可能需要更大样本量来验证结果的普遍性。 | 探讨肝母细胞瘤肿瘤微环境中红细胞岛的功能及其对免疫反应的影响。 | 肝母细胞瘤患者的肿瘤微环境及红细胞岛的功能。 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 13名未经治疗的肝母细胞瘤患者 |
| 3910 | 2024-08-05 |
Methanol fixation is the method of choice for droplet-based single-cell transcriptomics of neural cells
2023-05-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04834-x
PMID:37188816
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研究论文 | 本研究系统比较了不同固定方法对神经细胞单细胞转录组学的影响 | 确定了甲醇固定作为滴度单细胞转录组学实验的首选方法 | 未详细探讨其他类型细胞在不同固定方法下的适用性 | 比较不同样本保存方法对神经细胞转录组学的影响 | 来源于诱导多能干细胞的神经细胞和胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA分子 | NA |
| 3911 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the vascular smooth muscle cell phenotypic landscape in aortic aneurysm
2023-05-15, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-023-01120-5
PMID:37189183
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研究论文 | 本研究揭示了主动脉瘤中血管平滑肌细胞的表型景观和分化轨迹 | 首次使用单细胞RNA测序分析了主动脉瘤中不同表型的血管平滑肌细胞及其潜在功能 | 未讨论血管平滑肌细胞表型变化在主动脉瘤发展中的具体机制 | 分析主动脉瘤中血管平滑肌细胞的表型景观和分化特征 | 主要研究主动脉瘤中的血管平滑肌细胞及其不同表型 | 数字病理学 | 主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 共分析了12个主动脉瘤样本和5个正常主动脉样本 |
| 3912 | 2024-08-05 |
Multiplexed single-cell transcriptome analysis reveals molecular characteristics of monkey pluripotent stem cell lines
2023-May-15, Journal of Zhejiang University. Science. B
DOI:10.1631/jzus.B2200440
PMID:37190891
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研究论文 | 这篇文章介绍了一种多重单细胞测序技术，用于分析猴子多能干细胞的分子特征 | 首次在非人灵长类细胞中应用多重单细胞测序技术，展示了人类干细胞培养条件向猴子细胞的转化 | 未提供关于样本数量和具体的操作细节的详细信息 | 旨在探索猴子多能干细胞的分子特征及其培养条件 | 猴子多能干细胞系 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 3913 | 2024-08-05 |
Multi-label transcriptional classification of colorectal cancer reflects tumor cell population heterogeneity
2023-05-15, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01176-5
PMID:37189167
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研究论文 | 本文研究了多标签转录分类如何反映结直肠癌肿瘤细胞群体的异质性 | 首次应用多标签CRIS分类器，展示了结直肠癌样本可以被分配多个亚型，提供了额外的临床和生物学相关信息 | 缺乏不同癌症类型的验证，需要扩展到其他癌症类型和分类系统 | 探讨CRIS分类器的多标签分配是否能提供更多临床和生物学的相关信息 | 606个结直肠癌患者来源的异种移植（PDX）样本及相关RNA-seq数据集 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 606个结直肠癌患者来源的异种移植样本 |
| 3914 | 2024-08-08 |
Novel CH25H+ and OASL+ microglia subclusters play distinct roles in cerebral ischemic stroke
2023-May-15, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02799-6
PMID:37183260
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了脑缺血性卒中后微胶质细胞的转录变化及其在卒中治疗中的潜在作用 | 首次鉴定出CH25H+和OASL+微胶质细胞亚群，并揭示了它们在脑缺血性卒中中的不同作用 | NA | 探讨脑缺血性卒中后微胶质细胞的转录变化及其在卒中治疗中的潜在作用 | 微胶质细胞亚群在脑缺血性卒中的作用 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用脑缺血组织和假手术小鼠的脑组织进行单细胞RNA测序，以及Ch25h-/-小鼠进行功能研究 |
| 3915 | 2024-08-08 |
Author Correction: Identification of a differentiation-related prognostic nomogram based on single-cell RNA sequencing in clear cell renal cell carcinoma
2023-May-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-34897-z
PMID:37188750
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3916 | 2024-08-08 |
An exploratory study for tuft cells in the breast and their relevance in triple-negative breast cancer: the possible relationship of SOX9
2023-May-13, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-10949-5
PMID:37179317
|
研究论文 | 本研究探讨了乳腺中的簇状细胞及其在三阴性乳腺癌中的相关性，特别是SOX9的可能关系 | 首次发现簇状细胞样表达特征在三阴性乳腺癌中的存在，并通过免疫组化证实了簇状细胞在正常人乳腺中的存在 | 研究样本量有限，需要进一步的大规模研究来验证结果 | 探索簇状细胞在乳腺中的存在及其在三阴性乳腺癌中的作用 | 簇状细胞、三阴性乳腺癌、SOX9 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 组织样本 | 4例先前报道的POU2F3阳性浸润性乳腺癌、1853例新的浸润性乳腺癌、15例非肿瘤性乳腺组织 |
| 3917 | 2024-08-08 |
High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq
2023-05-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38409-5
PMID:37173341
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research paper | 本文开发了一种基于液滴的snRNA测序技术（snRandom-seq），用于固定石蜡包埋（FFPE）组织中的单核RNA测序 | snRandom-seq技术具有较低的双重率（0.3%），更高的RNA覆盖率，并能检测更多的非编码RNA和新生RNA | NA | 开发一种适用于FFPE组织的高通量单核RNA测序技术 | FFPE组织中的单核RNA | digital pathology | liver cancer | snRNA-seq | NA | RNA | 一个临床FFPE人肝癌样本 |
| 3918 | 2024-08-08 |
Publisher Correction: Modeling group heteroscedasticity in single-cell RNA-seq pseudo-bulk data
2023-May-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02965-2
PMID:37173797
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3919 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals homogeneity and heterogeneity of the cytopathological mechanisms in different etiology-induced AKI
2023-05-11, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05830-z
PMID:37169762
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了不同病因诱导的急性肾损伤（AKI）中细胞病理机制的均一性和异质性 | 本研究构建了一个包含20种细胞类型的多模型AKI单细胞测序图谱，并发现了新型AKI内皮损伤生物标志物S100a6 | 研究主要在小鼠模型上进行，可能存在物种间差异 | 探讨不同病因诱导的急性肾损伤的细胞病理机制 | 小鼠模型，包含五种常见的AKI病因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 包含80,689个高质量细胞 |
| 3920 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the local cell landscape in mouse epididymal initial segment during aging
2023-May-11, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-023-00345-9
PMID:37170325
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年小鼠附睾头段（IS）的细胞景观，揭示了与年龄相关的细胞和分子变化 | 首次揭示了小鼠附睾头段在衰老过程中存在炎症老化状态，这与男性近端生殖道的普遍低免疫反应模式相反 | NA | 探究衰老过程中小鼠附睾头段的局部细胞和分子变化 | 年轻和老年小鼠的附睾头段组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 共获取了来自年轻和老年小鼠附睾头段组织的10,027个细胞 |