单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3821 - 3840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3821 | 2024-08-08 |
An interpretable single-cell RNA sequencing data clustering method based on latent Dirichlet allocation
2023-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad199
PMID:37225419
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研究论文 | 本文提出了一种基于潜在狄利克雷分配（LDA）模型的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类方法 | 引入'细胞-功能-基因'三层框架，通过内置模型方法发现潜在和复杂的基因表达模式，并通过数据驱动的功能解释过程获得生物学上有意义的结果 | NA | 开发一种新的scRNA-seq数据分析方法，以提高细胞聚类的准确性和纯度，并能够精确重建细胞发育轨迹 | scRNA-seq数据集中的细胞聚类和功能解释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 潜在狄利克雷分配（LDA）模型 | 基因表达数据 | 七个基准scRNA-seq数据集和三个复杂公共数据集 |
| 3822 | 2024-08-08 |
In the mouse cortex, oligodendrocytes regain a plastic capacity, transforming into astrocytes after acute injury
2023-07-10, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.04.016
PMID:37220747
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研究论文 | 本文报道了在小鼠大脑皮质中，急性损伤后少突胶质细胞重新获得可塑性，转化为星形胶质细胞的现象 | 首次揭示了急性脑损伤后少突胶质细胞通过激活星形胶质基因，转化为星形胶质细胞的过程 | NA | 研究急性脑损伤后少突胶质细胞的转化机制 | 小鼠大脑皮质中的少突胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了PLP-DsRed1/GFAP-EGFP和PLP-EGFP/GFAP-mRFP1转基因小鼠进行研究 |
| 3823 | 2024-08-05 |
STellaris: a web server for accurate spatial mapping of single cells based on spatial transcriptomics data
2023-07-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad419
PMID:37224539
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研究论文 | 介绍了一个名为STellaris的网络服务器，可以基于空间转录组学数据进行单细胞的空间映射 | STellaris能够根据公共空间转录组学数据的转录组相似性快速为单细胞RNA测序数据分配空间信息 | 未提及具体的限制 | 旨在解密空间相关特征，如细胞间交互作用 | 基于单细胞RNA测序数据与空间转录组学数据进行空间信息的映射 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 101个手动编纂的空间转录组数据集，涵盖823个来自不同器官、发育阶段和病理状态的切片 |
| 3824 | 2024-08-05 |
SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser
2023-07-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad413
PMID:37216588
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研究论文 | 本文介绍了一种名为空间多模态数据浏览器（SMDB）的工具，旨在有效结合空间位置、形态信息和空间转录组学数据。 | SMDB集成了多模态数据，提供了一种新的交互式可视化服务来探索空间转录组学数据。 | NA | 本研究旨在开发一种强大的工具，以帮助研究人员理解细微尺度空间组织与生物功能之间的关系。 | 研究重点为空间转录组学数据及其与组织组成和形态的关系。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 (ST) | NA | 图像 | NA |
| 3825 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal Pathogenesis of Meningeal Lymphatic Dysfunction after Experimental Subarachnoid Hemorrhage
2023-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202301428
PMID:37211686
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研究论文 | 该研究探讨了实验性蛛网膜下腔出血后脑膜淋巴功能障碍的发病机制 | 首次描绘了蛛网膜下腔出血后受损脑膜淋巴管的全景，并提出了通过破坏THBS1和CD47相互作用来保护脑膜淋巴管的新治疗策略 | 该研究未明确说明临床研究的数据和结果是否能直接转化 | 揭示蛛网膜下腔出血后脑膜淋巴管的损伤及其潜在机制 | 脑膜淋巴管及其在蛛网膜下腔出血后的变化 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 3826 | 2024-08-05 |
Coral-algal endosymbiosis characterized using RNAi and single-cell RNA-seq
2023-07, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01397-9
PMID:37217718
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研究论文 | 本研究采用RNA干扰技术和单细胞RNA测序来分析珊瑚与藻类的内共生关系 | 提出了一种RNA干扰方法，揭示了软珊瑚Xenia sp.早期内共生的基因机制，并发现了新的内共生细胞标记LePin | 研究主要集中于特定的软珊瑚物种，可能不适用于所有珊瑚或藻类的内共生关系 | 深入了解海洋气候变化背景下的珊瑚与藻类的内共生机制 | 研究对象为软珊瑚Xenia sp.及其与内共生藻类的关系 | 数字病理学 | NA | RNA干扰, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3827 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing to reveal non-parenchymal cell heterogeneity and immune network of acetaminophen-induced liver injury in mice
2023-07, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-023-03513-4
PMID:37202523
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序探索了小鼠在对乙酰氨基酚诱导的肝损伤中非实质细胞的异质性和免疫网络 | 首次揭示了对乙酰氨基酚诱导的肝损伤早期阶段非实质细胞的异质性及其在免疫网络中的作用 | 样本量较小，仅包含9只小鼠，可能不足以全面反映NPCs的异质性 | 探索对乙酰氨基酚诱导的肝损伤中非实质细胞的作用及其免疫网络 | 小鼠模型中的非实质细胞 | 数字病理学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 9只小鼠（每组3只，使用生理盐水、300mg/kg及750mg/kg的APAP处理） |
| 3828 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing and kidney organoid differentiation
2023-Jul, Clinical and experimental nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1007/s10157-023-02359-5
PMID:37209321
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术对肾脏类器官进行综合分析，以理解肾脏发育和病理 | 首次结合单细胞RNA测序技术对肾脏类器官进行全面细胞类型分类 | 仅限于使用单细胞RNA测序技术，其他技术如免疫组化等未被采用 | 探讨肾脏类器官在理解肾脏发育和病理中的应用 | 人类多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包含多种成熟度的多种细胞类型 |
| 3829 | 2024-08-08 |
Validating a Macrophage Marker Gene Signature (MMGS) in Lung Adenocarcinoma Prognosis and Response to Immunotherapy
2023 Jul-Aug 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000477
PMID:37220007
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据识别肺腺癌中的巨噬细胞标记基因，并构建了一个8基因签名（MMGS），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 首次使用单细胞RNA测序数据构建了一个新的8基因签名（MMGS），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗效果 | NA | 验证巨噬细胞标记基因签名（MMGS）在肺腺癌预后和免疫治疗反应中的有效性 | 肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归分析 | 基因数据 | 465个巨噬细胞标记基因，并在4个独立的GEO队列中验证 |
| 3830 | 2024-08-05 |
Durable remission related to CAR-T persistence in R/R B-ALL and long-term persistence potential of prime CAR-T
2023-Jun-15, Molecular therapy oncolytics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.omto.2023.04.003
PMID:37215385
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研究论文 | 本研究探讨了在未接受桥接骨髓移植的复发难治性急性B细胞淋巴母细胞白血病患者中，CAR-T细胞持久性与长期无病生存率之间的关系 | 发现CAR-T细胞的持久性与患者的长期无病生存率高度相关，并建立了名为PrimeCAR的细胞生产过程 | 未能找到其他影响长期无病生存率的显著因素 | 探索CAR-T治疗后影响复发难治性急性B细胞淋巴母细胞白血病患者长期无病生存的因素 | 复发难治性急性B细胞淋巴母细胞白血病患者 | 数字病理学 | 急性B细胞淋巴母细胞白血病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 初步临床研究中的部分B-ALL和淋巴瘤患者的外周血 |
| 3831 | 2024-08-07 |
[Study of the unique cellular molecular characteristics of moderately intrauterine adhesion based on single-cell RNA sequencing]
2023-Jun-10, Zhonghua yi xue yi chuan xue za zhi = Zhonghua yixue yichuanxue zazhi = Chinese journal of medical genetics
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了中度子宫内粘连的独特细胞分子特征 | 首次详细描述了中度子宫内粘连组织的细胞多样性和异质性，并揭示了各细胞亚群的独特分子特征 | 研究样本量较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性 | 旨在描绘人类子宫内粘连的细胞景观和分子生物学特征，以更好地理解其免疫微环境，并为临床治疗提供新的启示 | 中度子宫内粘连组织及其细胞分子特征 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 四名中度子宫内粘连患者 |
| 3832 | 2024-08-05 |
Correction to 'Spike-in normalization for single-cell RNA-seq reveals dynamic global transcriptional activity mediating anticancer drug response'
2023-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad046
PMID:37206628
|
更正 | 这篇文章对原文进行了更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3833 | 2024-08-07 |
Germ-cell-specific transcriptome analysis illuminates the chromatin and ubiquitin pathway in autism spectrum disorders
2023-06, Autism research : official journal of the International Society for Autism Research
IF:5.3Q1
DOI:10.1002/aur.2939
PMID:37204624
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据集，分析了与自闭症谱系障碍（ASD）相关的染色质和泛素途径 | 首次揭示了germ细胞中表观遗传染色体重塑和泛素-蛋白酶体途径的失调可能是神经发育障碍的风险因素 | 研究仅限于小鼠胚胎干细胞系的单细胞转录组数据，未涉及人类样本 | 探究germ细胞中与自闭症谱系障碍相关的染色质和泛素途径 | 13个细胞系，包括12个与ASD相关的CNVs模型和对照组 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 13个细胞系 |
| 3834 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing data reveals the genetic source of extracellular vesicles in esophageal squamous cell carcinoma
2023-06, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2023.106800
PMID:37217040
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌中的细胞亚群，并追踪了外泌体的遗传来源 | 首次揭示了食管鳞状细胞癌中恶性与非恶性组织外泌体的遗传来源及其与细胞间相互作用的关系 | 研究样本仅包括六名食管鳞状细胞癌患者，可能影响结果的普遍性 | 探究食管鳞状细胞癌中外泌体的细胞来源及未知的分子和细胞机制 | 食管鳞状细胞癌中的外泌体及其细胞来源 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六名食管鳞状细胞癌患者 |
| 3835 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome profiling reveals diverse immune cell populations and their responses to viral infection in the spleen of zebrafish
2023-06, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201505RRRR
PMID:37227178
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了斑马鱼脾脏中多种免疫细胞类型及其对病毒感染的反应 | 首次在斑马鱼脾脏中识别出11种主要的免疫细胞类别及其54种潜在亚型，并展示了这些亚型对鲤春病毒血症病毒感染的不同反应 | NA | 旨在通过比较免疫学研究，增进对脊椎动物免疫系统设计原理的理解 | 斑马鱼脾脏中的免疫细胞类型及其对病毒感染的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 斑马鱼脾脏中的白细胞 |
| 3836 | 2024-08-08 |
Stem cell decoupling underlies impaired lymphoid development during aging
2023-05-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302019120
PMID:37216517
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研究论文 | 研究探讨了衰老过程中造血干细胞（HSCs）在淋巴细胞发育受损中的作用 | 提出衰老小鼠中造血干细胞与造血功能的普遍解耦，而非髓系偏向，是淋巴细胞生成受损的主要原因 | NA | 探究衰老过程中造血干细胞在淋巴细胞发育受损中的具体机制 | 衰老小鼠的造血干细胞及其在淋巴细胞发育中的作用 | 血液学 | NA | 单细胞RNA测序和免疫表型分析（CITE-Seq） | NA | 细胞 | 老年小鼠的造血干细胞 |
| 3837 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of gastric signet ring cell carcinoma reveals cytological and immune microenvironment features
2023-05-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38426-4
PMID:37225691
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胃印戒细胞癌（GSRC），揭示了其细胞学特征和免疫微环境特点 | 首次系统深入地研究了GSRC的细胞学特征和免疫微环境，发现微seminoprotein-beta（MSMB）可作为标记基因用于识别中/低分化腺癌和印戒细胞癌（SRCC） | NA | 探讨GSRC的细胞学特征和免疫微环境，以提高其诊断和治疗准确性 | 胃印戒细胞癌（GSRC）及其细胞和免疫微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 3838 | 2024-08-08 |
Immune stimulation recruits a subset of pro-regenerative macrophages to the retina that promotes axonal regrowth of injured neurons
2023-05-24, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01580-3
PMID:37226256
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研究论文 | 本文研究了视网膜神经节细胞（RGCs）损伤后，炎症刺激如何招募特定亚群的促再生巨噬细胞，促进轴突再生 | 首次揭示了炎症刺激招募的巨噬细胞亚群通过分泌促再生因子，通过旁分泌信号促进轴突再生的机制 | NA | 探讨炎症如何通过调节先天免疫反应促进中枢神经系统（CNS）再生 | 视网膜神经节细胞（RGCs）损伤后的再生过程及巨噬细胞的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序和命运图谱技术 | NA | RNA序列 | 大量单细胞样本 |
| 3839 | 2024-08-08 |
Identification and validation of diagnostic signature genes in non-obstructive azoospermia by machine learning
2023-05-24, Aging
DOI:10.18632/aging.204749
PMID:37227814
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法在非阻塞性无精症中识别并验证了诊断标志基因 | 首次使用Boruta算法和Lasso回归筛选出6个在非阻塞性无精症中低表达的标志基因，并通过LightGBM算法构建模型验证其诊断效能 | NA | 旨在发现非阻塞性无精症的诊断标志基因，以促进其早期诊断 | 非阻塞性无精症及相关基因的表达和调控机制 | 机器学习 | 男性不育 | 机器学习算法（Boruta, Lasso回归, LightGBM）, GSEA算法, 实时定量PCR | LightGBM | 基因表达数据 | 使用了来自GEO数据库的三个训练数据集（GSE45885, GSE45887, GSE108886）和一个外部验证数据集（GSE145467），以及人类睾丸单细胞RNA测序数据集（GSE149512） |
| 3840 | 2024-08-05 |
Identification and validation of CCL2 as a potential biomarker relevant to mast cell infiltration in the testicular immune microenvironment of spermatogenic dysfunction
2023-May-23, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01034-2
PMID:37221631
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研究论文 | 本研究揭示了在生精功能障碍的睾丸免疫微环境中，与CCL2相关的变化 | 首次识别并验证CCL2作为与生精功能障碍相关的潜在生物标志物 | 尚未针对特定的生精障碍类型进行深入探讨 | 研究睾丸免疫微环境中免疫因素与生精功能障碍的关系 | 睾丸的肥大细胞浸润水平及其与生精功能的关联 | 数字病理学 | 生精功能障碍 | 单细胞RNA测序、微阵列数据分析、临床数据分析、组织学/病理学染色 | NA | 临床数据、基因表达数据 | 涉及生精功能障碍的睾丸样本 |