单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3801	2024-08-07	CD16+ monocytes are involved in the hyper-inflammatory state of Prader-Willi Syndrome by single-cell transcriptomic analysis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1153730 PMID:37251380	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了CD16+单核细胞在Prader-Willi综合征（PWS）患者中过度炎症状态的作用	首次在单细胞水平上扩展了我们对PWS外周免疫细胞的了解	NA	探讨PWS患者中CD16+单核细胞在过度炎症状态中的作用	PWS患者的外周免疫细胞	NA	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高维流式细胞术（CyTOF）	NA	细胞	健康对照组13人，PWS患者10人，scRNA-seq和CyTOF分析中PWS患者6人，健康对照组12人
3802	2024-08-07	Identification of the shared gene signatures and molecular mechanisms between multiple sclerosis and non-small cell lung cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1180449 PMID:37251402	研究论文	本研究旨在识别多发性硬化症（MS）和非小细胞肺癌（NSCLC）之间的共享基因特征和分子机制	本研究首次识别了MS和NSCLC之间最显著的共享基因PDE4A，并探讨了其在NSCLC患者中的表达及其对患者预后的影响和分子机制	本研究的局限性在于对MS和NSCLC之间分子机制的研究尚不完全	识别MS和NSCLC之间的共享基因特征、共享局部免疫微环境和分子机制	多发性硬化症（MS）和非小细胞肺癌（NSCLC）	NA	多发性硬化症，非小细胞肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个GEO数据集，包括GSE19188，GSE214334，GSE199460，和GSE148071
3803	2024-08-07	Identification of a chemoresistance-related prognostic gene signature by comprehensive analysis and experimental validation in pancreatic cancer 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1132424 PMID:37251940	研究论文	本研究通过综合分析和实验验证，在胰腺癌中识别出与化疗耐药相关的预后基因特征	开发了一个与化疗耐药相关的五基因特征，并构建了一个预测诺模图，该特征不仅是一个独立的预后因子，还是一个预测化疗耐药、肿瘤突变负荷和免疫细胞的生物标志物	NA	旨在识别调控化疗耐药的关键基因，并开发一个与化疗耐药相关的基因特征用于预后预测	胰腺癌细胞系和基因表达数据	数字病理学	胰腺癌	RT-qPCR, Western blot, CCK-8	LASSO Cox风险模型	基因表达数据	30个胰腺癌细胞系，四个GEO数据集（GSE28735, GSE62452, GSE85916, GSE102238）
3804	2024-08-07	Chondrocyte-like cells in nucleus pulposus and articular chondrocytes have similar transcriptomic profiles and are paracrine-regulated by hedgehog from notochordal cells and subchondral bone 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1151947 PMID:37255604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，探讨了椎间盘核（NP）中的软骨细胞样细胞（CLCs）与关节软骨细胞之间的转录组相似性及其调控机制	首次揭示了CLCs和部分关节软骨细胞具有相似的基因表达谱，并受来自脊索细胞和软骨下骨的旁分泌刺猬蛋白调控	研究样本仅限于三岁猕猴，且未包括软骨下骨样本进行单细胞RNA测序	阐明NP和软骨细胞中的细胞调控机制	椎间盘核中的软骨细胞样细胞和关节软骨细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三岁猕猴的关节软骨和椎间盘核样本
3805	2024-08-07	Gene representation in scRNA-seq is correlated with common motifs at the 3' end of transcripts 2023, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2023.1120290 PMID:37255988	研究论文	研究探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中基因表达的稀疏性及其与转录本3'端常见motif的关系	发现了一组在scRNA-seq中经常被低估的基因，并观察到这些基因的3'端富集了poly(T) motif，这可能是导致它们在scRNA-seq中被低估的机制	研究依赖于公共数据源，可能存在数据质量和样本多样性的限制	探究scRNA-seq中是否存在更容易被低估的基因以及这些基因的共同特征	单细胞RNA测序数据中的基因表达及其与转录本3'端motif的关系	数字病理学	NA	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	53个人类样本
3806	2024-08-07	Mast cell marker gene signature: prognosis and immunotherapy response prediction in lung adenocarcinoma through integrated scRNA-seq and bulk RNA-seq 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1189520 PMID:37256127	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，开发了一种与肥大细胞相关的基因（MRGs）签名，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的预后和免疫治疗反应	首次通过scRNA-seq技术确定肥大细胞特异性标记基因，并开发了一种新的MRGs签名，用于区分LUAD患者的高风险和低风险群体	研究主要基于数据分析，需要进一步的临床试验验证其临床应用效果	研究肥大细胞在肺腺癌预后和免疫治疗反应中的作用	肺腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及多个训练和验证队列，具体样本数量未详细说明
3807	2024-08-05	TGF-β-p-STAT1-LAIR2 axis has a "self-rescue" role for exhausted CD8+ T cells in hepatocellular carcinoma 2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht) DOI:10.1007/s13402-023-00830-9 PMID:37223874	研究论文	本研究探讨了TGF-β在肝细胞癌中对CD8+ T细胞功能的影响	发现TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴具有CD8+ T细胞的“自我拯救”机制	该“自我拯救”机制在TGF-β刺激下存在时间和剂量限制，容易被更强的抑制信号掩盖	研究TGF-β对肝细胞癌中CD8+ T细胞的调控效应及分子机制	主要研究肝细胞癌中浸润的CD8+ T细胞	数字病理学	肝癌	流式细胞术, 质量细胞术, 免疫组化, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 高通量测序的可转置酶可接近染色质检测, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因测定	NA	NA	NA
3808	2024-08-05	Differential Effects of Ontamalimab Versus Vedolizumab on Immune Cell Trafficking in Intestinal Inflammation and Inflammatory Bowel Disease 2023-Nov-24, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjad088 PMID:37208197	研究论文	本研究探讨了Ontamalimab与Vedolizumab在肠道炎症和炎症性肠病中的免疫细胞迁移的不同影响	Ontamalimab展现出独特且更广泛的作用机制，超出Vedolizumab的机制	研究的结果基于小鼠实验模型，可能无法完全预测临床应用中的效果	探索Ontamalimab的作用机制并与Vedolizumab进行比较	研究对象包括活跃的炎症性肠病患者中的MAdCAM-1表达及其在小鼠模型中的作用	数字病理学	炎症性肠病	RNA测序, 免疫组化, 荧光显微镜	NA	单细胞RNA测序	使用了小鼠模型进行实验，具体样本数量未明确说明
3809	2024-08-07	Engineered human Diamond-Blackfan anemia disease model confirms therapeutic effects of clinically applicable lentiviral vector at single-cell resolution 2023-11-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282068 PMID:37199130	研究论文	本研究利用CRISPR-Cas9和同源定向修复技术生成可追踪的RPS19缺陷细胞模型，以单细胞分辨率研究临床适用慢病毒载体的治疗效果	开发了一种温和的纳米吸管递送平台，用于编辑人类脐带血来源的CD34+造血干细胞和祖细胞中的RPS19基因，并首次通过单细胞RNA测序分析鉴定了特定的红系祖细胞及其异常细胞周期状态	NA	验证临床适用慢病毒载体在单细胞分辨率下的治疗效果	RPS19缺陷细胞模型及人类脐带血来源的CD34+造血干细胞和祖细胞	基因编辑	骨髓衰竭症	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	人类脐带血来源的CD34+造血干细胞和祖细胞
3810	2024-08-07	CellEnBoost: A Boosting-Based Ligand-Receptor Interaction Identification Model for Cell-to-Cell Communication Inference 2023-10, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2023.3278685 PMID:37216267	研究论文	本文开发了一种基于Boosting的配体-受体相互作用识别模型CellEnBoost，用于细胞间通信的推断	CellEnBoost模型结合了Light梯度提升机和AdaBoost以及卷积神经网络，用于预测和过滤配体-受体相互作用，并通过结合细胞间通信强度测量和单细胞RNA测序数据进行验证	NA	旨在识别肿瘤微环境中癌细胞自身及癌细胞与正常细胞间的通信，以帮助理解癌症的发生、发展和转移	细胞间通信及配体-受体相互作用	机器学习	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	CNN	数据集	收集了四个配体-受体相互作用数据集
3811	2024-08-08	A Carboxy-terminal Smarcb1 Point Mutation Induces Hydrocephalus Formation and Affects AP-1 and Neuronal Signalling Pathways in Mice 2023-Oct, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-023-01361-5 PMID:37219662	研究论文	本文通过建立一个新的携带羧基端Smarcb1 c.1148del点突变的小鼠模型，研究了该突变对小鼠大脑发育的影响。	首次探讨了特定非截断型Smarcb1突变的影响，并通过磁共振成像、组织学和单细胞RNA测序技术进行了深入分析。	仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。	研究SMARCB1突变对神经发育的影响及其相关表型。	携带羧基端Smarcb1 c.1148del点突变的小鼠。	神经科学	神经发育障碍	磁共振成像、组织学、单细胞RNA测序	小鼠模型	图像、组织切片、RNA序列	新生突变小鼠的脑组织
3812	2024-08-08	Single-cell transcriptomic data reveal the increase in extracellular matrix organization and antigen presentation abilities of fibroblasts and smooth muscle cells in patients with pelvic organ prolapse 2023-Oct, International urogynecology journal IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00192-023-05539-9 PMID:37222740	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了盆腔器官脱垂患者阴道壁中成纤维细胞和平滑肌细胞的细胞特性变化	首次揭示了盆腔器官脱垂患者中成纤维细胞和平滑肌细胞的细胞外基质组织和抗原呈递能力增强的现象	研究样本量较小，仅包括5例盆腔器官脱垂患者和5例对照组	探索盆腔器官脱垂中成纤维细胞和平滑肌细胞的细胞特性，以增进对盆腔器官脱垂分子机制的理解	盆腔器官脱垂患者的成纤维细胞和平滑肌细胞	数字病理学	盆腔器官脱垂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5例盆腔器官脱垂患者和5例对照组
3813	2024-08-05	Early cortical oligodendrocyte precursor cells are transcriptionally distinct and lack synaptic connections 2023-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24388 PMID:37226895	研究论文	研究早期皮层少突胶质前体细胞的转录特征及其缺乏突触连接的情况	首次明确表明早期胚胎少突胶质前体细胞在转录上与后天细胞显著不同且缺乏突触输入	未能直接展示突触信号对少突胶质前体细胞发展的影响	探究早期少突胶质前体细胞在胚胎大脑中的功能和分子特征	小鼠胚胎阶段的少突胶质前体细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠胚胎阶段的少突胶质前体细胞
3814	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis reveals heterogeneity of the patterns of responsive genes and cell communications in liver cell populations of zebrafish exposed to polystyrene nanoplastics 2023-Sep-01, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2023.164082 PMID:37207780	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了聚苯乙烯纳米塑料暴露后斑马鱼肝脏细胞群体中的异质性响应模式和细胞通讯模式	本研究首次阐明了纳米塑料暴露对斑马鱼肝脏细胞群体的异质性响应模式，并通过单细胞转录组学分析揭示了细胞间的特殊相互作用	NA	探索纳米塑料对斑马鱼肝脏细胞的细胞毒性及其异质性响应模式	斑马鱼肝脏细胞群体	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	九种细胞类型
3815	2024-08-08	Integrated mass spectrometry imaging and single-cell transcriptome atlas strategies provide novel insights into taxoid biosynthesis and transport in Taxus mairei stems 2023-09, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.16315 PMID:37219365	研究论文	本研究结合质谱成像和单细胞转录组图谱技术，探索了红豆杉茎中紫杉醇生物合成及运输的精确分布和转录调控	开发了一种单细胞策略来筛选紫杉醇生物合成调控的新转录因子，并提出了潜在的紫杉醇转运蛋白候选基因	NA	揭示紫杉醇在红豆杉茎中的分布及其生物合成途径的细胞特异性转录调控机制	红豆杉茎中的紫杉醇生物合成及运输	NA	NA	MALDI-IMS分析, 单细胞RNA测序	NA	图像, 转录组	涉及红豆杉茎的多个细胞类型
3816	2024-08-07	Bestrophin3 Deficiency in Vascular Smooth Muscle Cells Activates MEKK2/3-MAPK Signaling to Trigger Spontaneous Aortic Dissection 2023-08-15, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.122.063029 PMID:37203562	研究论文	研究探讨了Bestrophin3在血管平滑肌细胞中的缺乏如何通过激活MEKK2/3-MAPK信号通路引发主动脉夹层	揭示了Bestrophin3在调控血管平滑肌细胞表型转换和主动脉结构完整性中的关键作用，并提出Best3-MEKK2/3信号通路作为治疗主动脉夹层的新靶点	NA	研究Bestrophin3在血管疾病中的作用及其机制	血管平滑肌细胞和内皮细胞中的Bestrophin3缺乏	心血管疾病	主动脉夹层	单细胞RNA测序，蛋白质组学分析，共免疫沉淀结合质谱	NA	RNA，蛋白质	包括Best3SMKO和Best3ECKO小鼠模型，以及人类主动脉夹层样本
3817	2024-08-07	Single-cell RNA seq identifies Plg-RKT-PLG as signals inducing phenotypic transformation of scar-associated macrophage in liver fibrosis 2023-08, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2023.166754 PMID:37207518	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，揭示了肝纤维化过程中瘢痕相关巨噬细胞（SAMs）的表型转化机制，并发现Plg-RKT-PLG信号在这一过程中起关键作用	首次揭示了Plg-RKT-PLG信号在肝纤维化过程中瘢痕相关巨噬细胞表型转化中的作用	NA	旨在表征瘢痕相关巨噬细胞并阐明其在肝纤维化过程中的转化机制	瘢痕相关巨噬细胞（SAMs）及其在肝纤维化中的作用	数字病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	RNA	使用胆管结扎（BDL）和四氯化碳（CCl）诱导的小鼠肝纤维化模型
3818	2024-08-08	ScRNA-seq links dental fibroblasts heterogeneity with mechanoresponsiveness 2023-Aug, Journal of periodontal research IF:3.4Q1 DOI:10.1111/jre.13139 PMID:37221903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了人类牙周韧带（PDL）和牙髓（DP）的细胞异质性及其与机械应答特性的关系	本研究首次揭示了PDL中存在一种特定的机械应答性成纤维细胞亚型，并阐明了其分子机制	NA	旨在解析牙源性软组织的细胞异质性和独特的机械应答特性及其分子机制	人类牙周韧带（PDL）和牙髓（DP）的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类牙周韧带（PDL）和牙髓（DP）的细胞样本
3819	2024-08-07	Peripheral immune mapping and multi-omics analysis in Pd-1 inhibitor-induced myocarditis 2023-07-27, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad056 PMID:37202883	研究论文	研究PD-1抑制剂诱导的心肌炎的临床特征和多组学特征	通过单细胞RNA测序、流式细胞术、蛋白质组学和脂质组学分析，揭示了PD-1抑制剂诱导的心肌炎患者外周血T细胞的组成变化和炎症反应	NA	深入理解PD-1抑制剂诱导的心肌炎的病理生理机制	46名肿瘤患者和16名PD-1抑制剂诱导的心肌炎患者	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、蛋白质组学、脂质组学	NA	细胞、蛋白质、脂质	46名肿瘤患者和16名PD-1抑制剂诱导的心肌炎患者
3820	2024-08-05	CIForm as a Transformer-based model for cell-type annotation of large-scale single-cell RNA-seq data 2023-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad195 PMID:37200157	研究论文	本研究开发了一种基于Transformer的CIForm方法，用于对大规模单细胞RNA-seq数据进行细胞类型注释	提出了一种新颖的监督学习方法CIForm，旨在处理大规模数据集中的细胞类型注释问题	研究中未提及具体的数据集规模和多样性限制	本研究旨在提高单细胞RNA-seq分析中对细胞类型的准确注释	研究对象为多种单细胞RNA-seq数据集中的细胞类型	数字病理学	NA	RNA-seq	Transformer	单细胞RNA-seq数据	NA