单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-08-07	RNA visualization and single-cell transcriptomics: methods and applications 2023 Jun-Oct, Transcription DOI:10.1080/21541264.2023.2286761 PMID:38047544	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
362	2025-01-25	Single-Cell RNA sequencing investigation of female-male differences under PAD conditions 2023, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2023.1251141 PMID:37745110	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了在PAD条件下男女之间的差异，特别是内皮细胞在受到不同机械刺激下的基因表达变化	首次结合d-flow和硬度两个因素，研究其对内皮细胞表型的影响，并探讨了性别在这些过程中的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索性别对PAD相关促动脉粥样硬化通路的影响	内皮细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
363	2025-01-24	Using single-cell RNA sequencing to generate predictive cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development 2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2307451120 PMID:37523539	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNAseq）数据集生成预测性细胞类型特异性split-GAL4试剂的高效管道（scMarco），用于发育过程中的细胞类型特异性标记	利用现有的发育单细胞RNA测序数据集选择split-GAL4的基因对，提供了一种高效且预测性的管道（scMarco），基于原生基因调控元件在发育的任何时间生成细胞类型特异性的split-GAL4系	需要大量时间和资源筛选增强子表达模式的组合	生成细胞类型特异性工具，用于发育过程中不同细胞类型的靶向操作	发育中的视觉系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
364	2025-01-24	Therapy-associated remodeling of pancreatic cancer revealed by single-cell spatial transcriptomics and optimal transport analysis 2023-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546848 PMID:37425692	研究论文	本文利用高复杂度单细胞空间转录组学和解剖学方法，研究了人类胰腺癌中多细胞邻域和细胞间相互作用的重塑，特别是与特定恶性亚型和新辅助化疗/放疗相关的重塑	开发了SCOTIA（空间约束最优运输交互分析），这是一种包含空间距离和配体-受体基因表达成本函数的最优运输模型，用于揭示治疗响应中的配体-受体相互作用变化	研究结果需要进一步验证，特别是在其他类型的癌症和疾病中的应用	研究胰腺癌肿瘤微环境中细胞间相互作用的重塑及其对治疗响应的影响	人类胰腺癌中的多细胞邻域和细胞间相互作用	数字病理学	胰腺癌	高复杂度单细胞空间转录组学	最优运输模型（SCOTIA）	单细胞空间转录组数据	NA
365	2025-01-23	Molecular and spatial landmarks of early mouse skin development 2023-10-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.07.015 PMID:37591247	研究论文	本文通过单细胞转录组学、空间细胞类型分配和细胞谱系追踪技术，解构了早期胚胎小鼠皮肤的关键发育过程	揭示了早期皮肤发育中的细胞多样性和组织架构，发现了毛囊诱导、肌肉支持和筋膜形成的成纤维细胞的时空出现，以及PCM肌肉的形成、无周细胞覆盖的血管萌芽和皮肤中最早的肥大细胞和树突状免疫细胞的定居	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类皮肤发育	探索早期皮肤发育过程中的细胞类型多样性和组织架构的形成	早期胚胎小鼠皮肤	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间细胞类型分配、细胞谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	早期胚胎小鼠皮肤样本
366	2025-01-23	Epigenetic Induction of Smooth Muscle Cell Phenotypic Alterations in Aortic Aneurysms and Dissections 2023-09-19, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.063332 PMID:37555319	研究论文	本研究探讨了主动脉瘤和夹层（AAD）中平滑肌细胞（SMC）表型转换的转录组和表观遗传动态	揭示了SMC从收缩表型向增殖、细胞外基质产生和炎症表型转变的表观遗传机制，并识别了IRF3在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨主动脉瘤和夹层中平滑肌细胞表型转换的机制	小鼠和人类主动脉瘤和夹层组织中的平滑肌细胞	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	小鼠模型和人类主动脉瘤和夹层组织样本
367	2025-01-23	Machine Learning Reveals Synovial Fibroblast Genes Associated with Pain Affect Sensory Nerve Growth in Rheumatoid Arthritis 2023-Aug-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.08.17.23294232 PMID:37662384	研究论文	本文通过机器学习方法揭示了与类风湿性关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因，这些基因影响感觉神经的生长	使用了一种新的机器学习方法——基于图的基因表达模块识别（GbGMI），来识别与疼痛相关的基因模块，并验证了这些基因在早期未治疗的类风湿性关节炎患者中的表达	研究样本主要来自长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者，可能不适用于其他类型的关节炎或疾病阶段	研究类风湿性关节炎疼痛的分子机制，特别是滑膜成纤维细胞基因与感觉神经生长的关系	类风湿性关节炎患者的滑膜组织和感觉神经元	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	GbGMI	基因表达数据	长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者的滑膜活检样本
368	2025-01-23	Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39210-0 PMID:37365178	研究论文	本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用	首次在神经母细胞瘤骨髓转移的背景下，结合单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞的角色及其与肿瘤微环境的相互作用	样本量较小，仅包括11名患者和5名年龄匹配的无转移对照	研究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制，特别是单核细胞在其中的作用	神经母细胞瘤患者的骨髓样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	NA	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据	11名神经母细胞瘤患者和5名年龄匹配的无转移对照的骨髓样本
369	2025-01-22	Proximal immune-epithelial progenitor interactions drive chronic tissue sequelae post COVID-19 2023-Nov-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3587418/v1 PMID:38077031	研究论文	本文研究了COVID-19后急性后遗症（PASC）的长期生理后果，特别是呼吸系统PASC的病理生理机制	通过空间转录组学和成像技术，发现了免疫细胞与上皮祖细胞之间的失调近端相互作用，这在呼吸系统PASC中独特存在，而在急性COVID-19或特发性肺纤维化（IPF）中不存在	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨COVID-19后急性后遗症（PASC）的病理生理机制，特别是呼吸系统PASC的驱动因素	PASC患者的肺功能异常和/或病毒感染介导的肺纤维化	病理生理学	COVID-19后遗症	空间转录组学、成像技术	小鼠模型	转录组数据、图像数据	三个独立的PASC患者临床队列
370	2025-01-19	Expansion spatial transcriptomics 2023-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01911-1 PMID:37349575	研究论文	本文介绍了一种扩展空间转录组学方法，通过组织清除和扩展来提高空间分辨率，并在小鼠脑样本中展示了其效果	通过组织清除和扩展技术克服了传统捕获阵列空间分辨率受限的问题，实现了更高的空间分辨率	目前仅在小鼠脑样本中进行了验证，尚未在其他组织或物种中广泛应用	提高空间转录组学的空间分辨率，以更精确地解析组织中的基因表达	小鼠脑组织	空间转录组学	NA	扩展空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠脑样本
371	2025-01-19	Generation and Functional Analysis of Defective Viral Genomes during SARS-CoV-2 Infection 2023-06-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00250-23 PMID:37074178	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2感染过程中缺陷病毒基因组（DVGs）的生成及其与宿主抗病毒免疫反应的关系	首次揭示了SARS-CoV-2 DVGs在自然感染中的干扰素刺激活性，并确定了DVG重组的新热点	需要进一步研究DVG生成的机制及其如何调节宿主反应和感染结果	探讨SARS-CoV-2感染过程中DVGs的生成和功能	COVID-19患者的感染和尸检肺组织	病毒学	COVID-19	RNA-seq, NGS	NA	RNA-seq数据	COVID-19患者的感染和尸检肺组织样本
372	2025-01-19	scRNA-Seq and imaging mass cytometry analyses unveil iNKT cells-mediated anti-tumor immunity in pancreatic cancer liver metastasis 2023-05-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216149 PMID:36990268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术分析，揭示了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	首次全面探索了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的作用，并揭示了α-半乳糖神经酰胺（αGC）激活iNKT细胞后对肿瘤微环境中免疫细胞的全局变化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	胰腺癌肝转移小鼠模型中的iNKT细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），成像质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，成像质谱流式细胞术数据	超过30,000个免疫细胞
373	2025-01-19	Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0281898 PMID:36827401	研究论文	本文描述了一种从SARS-CoV-2感染的上皮细胞中制备非传染性单细胞RNA测序（scRNAseq）样本的方法	提出了一种在BSL2设施中安全进行scRNAseq分析的方法，使更多研究人员能够进行SARS-CoV-2细胞的分子分析	需要进一步验证该方法在其他类型细胞和病毒中的适用性	开发一种安全的方法，用于在较低生物安全级别的实验室中研究SARS-CoV-2感染的细胞	SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞（Vero-E6）和分化在气液界面上的人肺上皮细胞	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA数据	非洲绿猴肾上皮细胞和人肺上皮细胞
374	2025-01-16	Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169584 PMID:37606045	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫改变，这些改变可能与疾病差异有关	使用多组学方法（包括细胞组成、信号传导、表观遗传学和蛋白质组学）全面评估了SLE患者和健康对照者的免疫表型，揭示了种族相关的免疫差异	研究主要关注黑人和白人患者之间的差异，未涉及其他种族或更广泛的人群	揭示系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫表型差异，以解释疾病严重性和病程的不同	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、单细胞转录组学、蛋白质组学、多重可溶性介质水平检测	NA	细胞组成、信号传导、表观遗传学、蛋白质组学数据	黑人和白人SLE患者及健康对照者
375	2025-01-16	Single-cell RNA sequencing reveals distinct T cell populations in immune-related adverse events of checkpoint inhibitors 2023-01-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100868 PMID:36513074	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAEs）中T细胞的不同群体	首次使用单细胞RNA测序技术分析抗PD-1治疗期间循环T细胞的细胞变化，识别出与不同irAEs相关的特定T细胞亚群	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨抗PD-1治疗中免疫相关不良事件的细胞基础	癌症患者的循环T细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	K近邻网络图绘制布局	RNA序列数据	未明确说明
376	2025-01-16	The slan antigen identifies the prototypical non-classical CD16+-monocytes in human blood 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1287656 PMID:37965335	研究论文	本文通过转录组、蛋白质组、细胞表面标志物和细胞因子产生分析，比较了人类外周血中slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞的特征，证明slan+/NC-单核细胞更符合非经典单核细胞的典型特征	首次通过转录组和蛋白质组分析，证明slan+/NC-单核细胞比slan-/NC-单核细胞更能代表非经典单核细胞的典型特征	研究未涉及slan+/NC-单核细胞在疾病中的具体功能和作用机制	研究人类外周血中非经典单核细胞的典型特征	人类外周血中的slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞	免疫学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据, 细胞表面标志物数据	人类外周血单核细胞样本
377	2025-01-15	Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice 2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.10.570890 PMID:38105996	研究论文	本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9基础的双色荧光报告系统，用于在活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性	引入了dual-enSERT技术，能够在任何遗传背景的活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性，并结合单细胞转录组学在细胞分辨率上表征变异增强子等位基因	NA	研究人类先天性障碍相关的非编码变异的功能分析	与肢体多指症、自闭症和颅面畸形相关的增强子变异	基因功能分析	先天性障碍	Cas9基础的双色荧光报告系统（dual-enSERT），单细胞转录组学	NA	基因表达数据	活体小鼠胚胎
378	2025-01-15	Transcriptomic research in atherosclerosis: Unravelling plaque phenotype and overcoming methodological challenges 2023-Dec, Journal of molecular and cellular cardiology plus DOI:10.1016/j.jmccpl.2023.100048 PMID:39802625	综述	本文综述了转录组学在动脉粥样硬化研究中的应用，探讨了其在揭示斑块表型及克服方法学挑战方面的潜力	强调了转录组学研究在理解动脉粥样硬化斑块表型中的价值，并讨论了单细胞测序和多组学数据整合及机器学习在提升研究深度方面的最新进展	研究结果的可重复性低和程序缺乏标准化是该领域面临的主要挑战	通过转录组学研究深入理解动脉粥样硬化的分子机制，推动个性化和以患者为中心的医疗保健	动脉粥样硬化斑块	生物信息学	心血管疾病	bulk或单细胞测序	机器学习	转录组数据	NA
379	2025-01-14	Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis 2023-12, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1123 PMID:38156385	研究论文	本文通过生物信息学和系统生物学分析揭示了COVID-19与骨关节炎之间的相互作用	首次通过生物信息学方法系统地分析了COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，并筛选出关键基因、miRNAs、转录因子和潜在药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现的临床意义	探索COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，寻找潜在的治疗靶点	COVID-19患者和骨关节炎患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19, 骨关节炎	RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 免疫浸润分析	NA	基因表达数据	74个共同差异表达基因，外部数据集和OA小鼠模型验证
380	2025-01-14	Size matters: the impact of nucleus size on results from spatial transcriptomics 2023-04-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04129-z PMID:37081484	研究论文	本文研究了连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响，特别是在人类死后大脑中的应用	提出了连续切片数据整合（CSDI）方法，以提高空间转录组学数据的聚类和解卷积准确性	研究主要针对人类死后大脑，可能不适用于其他组织或活体样本	探讨连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响	人类死后大脑	空间转录组学	NA	Visium Spatial Gene Expression (ST), 单核RNA-seq	NA	空间转录组学数据	人类死后大脑样本