单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-09-26	Multi-omics approach reveals dysregulated genes during hESCs neuronal differentiation exposure to paracetamol 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107755 PMID:37731623	研究论文	研究了扑热息痛对人类胚胎干细胞神经分化过程中基因表达和表观遗传变化的影响	首次通过多组学方法研究扑热息痛对早期人类神经发育模型的影响，并揭示了扑热息痛诱导的染色质开放性变化与基因表达的关联	研究仅限于体外模型，需要进一步验证其在体内的相关性和长期影响	探讨扑热息痛对早期人类神经发育的潜在影响及其因果关系	人类胚胎干细胞在神经分化过程中暴露于扑热息痛后的基因表达和表观遗传变化	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	基因表达数据和表观遗传数据	人类胚胎干细胞样本
362	2024-09-26	Single-cell RNA sequencing of retina revealed novel transcriptional landscape in high myopia and underlying cell-type-specific mechanisms 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.372 PMID:37746666	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析高度近视和对照组小鼠视网膜，揭示了高度近视进展中各细胞类型的参与机制	发现了高度近视视网膜中一种新的杆状细胞亚群，并揭示了高度近视视网膜中神经元和胶质细胞的异常相互作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示高度近视视网膜的转录组景观及其细胞类型特异性机制	高度近视和对照组小鼠的视网膜	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	高度近视和对照组小鼠的视网膜样本
363	2024-09-26	Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs 2023-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-023-02590-w PMID:37640912	研究论文	研究探讨了基因表达与COVID-19结果共定位的罕见性及其在不同细胞状态、细胞类型和器官中的影响	使用孟德尔随机化（MR）方法分析单细胞和批量RNA测序数据，评估基因表达与COVID-19结果的共定位情况	大多数基因表达与COVID-19结果的共定位可能是由于连锁不平衡导致的假阳性，共定位在不同细胞类型、细胞刺激和器官中高度可变且有时不一致	确定影响COVID-19结果的基因位点，并探讨基因表达与疾病结果共定位的影响因素	COVID-19严重性和易感性，以及基因表达与疾病结果的共定位	基因组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	孟德尔随机化（MR）	RNA	NA
364	2024-09-26	Towards Universal Cell Embeddings: Integrating Single-cell RNA-seq Datasets across Species with SATURN 2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.526939 PMID:36778387	研究论文	本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型和RNA表达来整合不同物种的单细胞RNA测序数据	SATURN能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，重新定义了跨物种分析的差异表达，并展示了其在跨物种注释转移和细胞类型识别中的有效性	NA	开发一种能够整合跨物种单细胞RNA测序数据的方法，以揭示细胞类型的进化保守性和多样性	跨物种的单细胞RNA测序数据，包括三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	涉及三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据
365	2024-09-26	Novel human pluripotent stem cell-derived hypothalamus organoids demonstrate cellular diversity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107525 PMID:37646018	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）衍生出的下丘脑类器官分化协议，用于模拟该脑区的细胞多样性	首次建立了从hPSCs衍生出的下丘脑类器官分化协议，并使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了成熟下丘脑类器官中多样化的神经元和非神经元细胞类型	NA	研究下丘脑的发育及其在疾病建模中的应用，以开发针对下丘脑相关疾病的新疗法	人类多能干细胞衍生的下丘脑类器官及其细胞多样性	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了一个带有酪氨酸羟化酶（TH）-TdTomato报告基因的hPSC系，用于多巴胺能神经元（DNs）和其他TH表达细胞的研究
366	2024-09-26	MoleculeExperiment enables consistent infrastructure for molecule-resolved spatial omics data in bioconductor 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad550 PMID:37698995	研究论文	本文介绍了一个名为MoleculeExperiment的R/Bioconductor包，用于处理分子级空间组学数据	开发了MoleculeExperiment包，标准化了不同成像技术下的分子级数据，并简化了数据转换过程	NA	开发一个一致的数据结构标准，用于分子级空间组学数据的分析	分子级空间组学数据	生物信息学	NA	成像技术	NA	分子级数据	NA
367	2024-09-26	Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomes with graph autoencoder model 2023-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010942 PMID:37703293	研究论文	提出了一种基于图自编码器的深度学习模型DeepRIG，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	DeepRIG模型通过构建先验调控图并利用图自编码器嵌入全局调控信息，能够准确重建基因调控网络并超越现有方法	NA	推断单细胞转录组数据中的基因调控网络	基因调控关系和多基因协作关联	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图自编码器	基因表达数据	涉及人类外周血单核细胞和三阴性乳腺癌样本
368	2024-09-26	Omni-Seg: A Scale-Aware Dynamic Network for Renal Pathological Image Segmentation 2023-09, IEEE transactions on bio-medical engineering DOI:10.1109/TBME.2023.3260739 PMID:37030838	研究论文	提出了一种名为Omni-Seg的尺度感知动态网络，用于肾病理图像的语义分割	引入了一种新颖的尺度感知控制器，将动态神经网络从单尺度扩展到多尺度；采用半监督一致性正则化方法，将未标注组织类型的跨尺度相关性建模到一个端到端的训练范式中；展示了在人类肾脏图像上训练的模型可以直接应用于小鼠肾脏图像，无需重新训练	NA	解决肾病理图像中由于对象尺度异质性导致的分割难题	肾病理图像中的六种组织类型	计算机视觉	NA	NA	动态神经网络	图像	150,000个人类病理图像块，涵盖六种组织类型，三种不同分辨率
369	2024-09-26	Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas 2023-09, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00876-x PMID:37697055	研究论文	本文介绍了一个跨条件的小鼠胰岛单细胞RNA测序图谱（MIA），整合了来自九个scRNA-seq数据集的超过30万个细胞，用于探索和计算查询	揭示了疾病进展中的新细胞状态以及先前提出的标记基因之间的跨出版物差异	NA	确定小鼠β细胞在一生中和糖尿病中的身份	小鼠胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	超过30万个细胞，来自56个样本，包括不同年龄、性别和糖尿病模型
370	2024-09-26	Reconstruction of Single-Cell Trajectories Using Stochastic Tree Search 2023-01-26, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes14020318 PMID:36833245	研究论文	本文提出了一种基于随机树搜索的单细胞轨迹重建方法	引入了一种基于惩罚似然框架的随机树搜索算法，旨在在大规模非凸树空间中寻找全局最优解	NA	提高单细胞轨迹重建的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机树搜索算法	基因表达数据	NA
371	2024-09-26	A review on deep learning applications in highly multiplexed tissue imaging data analysis 2023, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2023.1159381 PMID:37564726	综述	本文综述了深度学习在高度多重组织成像数据分析中的应用及其对肿瘤学的影响	强调了使用高度多重图像（空间蛋白质组数据）相对于单染色传统组织病理学图像的优势，能够提供更深层次的机制性生物信息	未提及具体的技术局限性	探讨深度学习与空间组学技术结合在肿瘤学中的应用及其对临床决策和患者护理质量的影响	深度学习在生物医学图像分析中的应用，包括细胞分割、细胞表型识别、癌症预后和治疗预测	计算机视觉	肿瘤学	深度学习	NA	图像	NA
372	2024-09-26	Cell type-specific interaction analysis using doublets in scRNA-seq 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad120 PMID:37745004	研究论文	本文开发了一种名为CIcADA的管道，用于在scRNA-seq数据中识别和分析具有生物学意义的二聚体	本文提出了一种新的方法CIcADA，用于分析scRNA-seq数据中的二聚体，揭示了这些二聚体在免疫反应基因表达上调中的作用	目前CIcADA方法的实现仅作为一个R包提供，尚未在CRAN上发布	研究scRNA-seq数据中的二聚体在细胞间信号和过程中的生物学意义	scRNA-seq数据中的二聚体及其在肿瘤微环境中免疫细胞间的相互作用	单细胞测序	肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个scRNA-seq肿瘤数据集
373	2024-09-25	Unique activities of two overlapping PAX6 retinal enhancers 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302126 PMID:37643867	研究论文	研究了两个重叠的PAX6视网膜增强子的精确细胞类型和调控活性	通过活体成像和单细胞RNA测序技术，揭示了两个重叠增强子在不同细胞类型中的时空活性差异	缺乏对增强子在正常活性状态下精确细胞类型和发育阶段的理解	探讨重叠增强子在视网膜发育中的功能	PAX6基因的两个视网膜增强子HS5和NRE	NA	NA	活体成像和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	双增强子报告斑马鱼胚胎
374	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and intercellular communication of hepatic stellate cells and macrophages during liver fibrosis 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.378 PMID:37724132	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了肝星状细胞和巨噬细胞在肝纤维化过程中的异质性和细胞间通讯	首次在单细胞水平上揭示了肝星状细胞和巨噬细胞在肝纤维化中的异质性和相互调节网络，并发现了一种促纤维化的Thbs1+巨噬细胞亚群	研究仅限于小鼠和人类样本，未涉及其他物种	揭示肝纤维化过程中肝星状细胞和巨噬细胞的异质性和细胞间通讯	肝星状细胞和巨噬细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自正常和纤维化小鼠肝脏的非实质细胞
375	2024-09-25	Integrative analysis of single-cell RNA-seq and ATAC-seq reveals heterogeneity of induced pluripotent stem cell-derived hepatic organoids 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107675 PMID:37680467	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析，揭示了诱导多能干细胞衍生的肝类器官的异质性	本文首次在单细胞水平上整合了RNA测序和ATAC测序数据，揭示了肝类器官在不同分化状态下的转录组和表观基因组特征	本文主要集中在肝类器官的研究，未涉及其他类型的类器官或组织	深入了解类器官的转录组和表观基因组特征，并探讨其在肝脏发育中的调控网络	诱导多能干细胞衍生的肝类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据和表观基因组数据	两种状态的肝类器官（可扩展和更分化的）
376	2024-09-25	Determinants of Survival with Combined HER2 and PD-1 Blockade in Metastatic Esophagogastric Cancer 2023-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-3769 PMID:37406106	研究论文	报告了在转移性食管胃癌中使用pembrolizumab、trastuzumab和化疗（PTC）的II期研究的更新临床结果，并结合了独立Memorial Sloan Kettering（MSK）队列的结果	通过89Zr-trastuzumab PET、scRNA-seq和连续ctDNA与CT成像，识别了治疗前患者内基因组异质性对无进展生存期（PFS）的负面影响，并发现了与治疗耐药性相关的基因表达特征	NA	评估在转移性食管胃癌中使用pembrolizumab、trastuzumab和化疗（PTC）的临床效果，并识别预测治疗反应和耐药性的生物标志物	转移性食管胃癌患者	数字病理学	食管胃癌	PET成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、循环肿瘤DNA（ctDNA）分析	NA	基因组数据、影像数据	226名接受trastuzumab治疗的MSK患者
377	2024-09-25	scPlant: A versatile framework for single-cell transcriptomic data analysis in plants 2023-09-11, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2023.100631 PMID:37254480	研究论文	本文介绍了一个名为scPlant的多功能框架，用于植物单细胞转录组数据的分析	scPlant框架提供了一个端到端的解决方案，涵盖了从基本数据处理到高级分析任务的功能，并集成了多种可视化工具	NA	开发一个多功能框架，用于植物单细胞转录组数据的分析	植物单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
378	2024-09-25	Cell specialization and coordination in Arabidopsis leaves upon pathogenic attack revealed by scRNA-seq 2023-09-11, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2023.100676 PMID:37644724	研究论文	使用单细胞RNA测序技术研究拟南芥叶片在病原体攻击下的细胞特化和协调反应	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片在病原体攻击下的细胞特化和协调反应，并识别了不同细胞类型的转录重编程和调控因子	研究仅限于拟南芥叶片和特定的病原体Pseudomonas syringae DC3000，可能不适用于其他植物或病原体	探讨植物在病原体攻击下的防御反应中不同细胞类型的特化和协调机制	拟南芥叶片在病原体Pseudomonas syringae DC3000攻击下的细胞反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	三组独立的生物学重复样本
379	2024-09-25	TISSUE: uncertainty-calibrated prediction of single-cell spatial transcriptomics improves downstream analyses 2023-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.25.538326 PMID:37162839	研究论文	本文介绍了一种名为TISSUE的通用框架，用于估计空间基因表达预测的不确定性，并提供不确定性感知的下游推理方法	TISSUE框架能够提供校准良好的预测区间，并显著降低差异基因表达分析的假发现率，改善聚类和可视化效果，以及监督学习模型的性能	NA	解决单细胞空间转录组学中基因表达预测的不确定性问题，并提高下游分析的准确性	单细胞空间转录组学数据中的基因表达预测及其不确定性估计	数字病理学	NA	空间基因表达预测	NA	转录组数据	涉及11个基准数据集和一个MERFISH空间转录组数据集
380	2024-09-25	The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modelling of single-cell RNA data 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad497 PMID:37572301	研究论文	本文介绍了一种名为深度生成解码器（DGD）的新模型，通过最大后验估计直接计算模型参数和表示，用于单细胞RNA数据的建模	DGD模型能够处理复杂的参数化潜在分布，而变分自编码器通常使用固定的正态分布，因为添加其他类型的复杂性较高	NA	改进单细胞RNA数据的低维表示学习	单细胞RNA数据	机器学习	NA	最大后验估计	深度生成解码器（DGD）	单细胞RNA数据	多个单细胞数据集