单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-10-21	Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in post-acute sequelae of SARS-CoV-2 patients with persistent respiratory symptoms 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1268510 PMID:38259488	研究论文	研究了COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的髓系细胞特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19后遗症患者中髓系细胞的转录组特征	样本量较小，仅包括3名患者和1名对照组	探讨COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的免疫反应和细胞特征	COVID-19后遗症患者的外周血单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	3名COVID-19后遗症患者和1名对照组
362	2024-10-21	nPCA: a linear dimensionality reduction method using a multilayer perceptron 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1290447 PMID:38259616	研究论文	提出了一种使用多层感知器的线性降维方法nPCA，旨在保留原始数据的线性投影并生成更好的降维结果	nPCA方法结合了深度学习和线性投影，能够在降维过程中保留更多原始数据的信息，是对传统PCA方法的改进	文章未详细讨论nPCA方法在处理大规模数据时的性能和计算效率	开发一种新的线性降维方法，能够在保留线性投影的同时生成更好的降维结果	nPCA算法在10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集上的性能	机器学习	NA	多层感知器	多层感知器	数据集	10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集
363	2024-10-21	Revelations in Thymic Epithelial Cell Biology and Heterogeneity from Single-Cell RNA Sequencing and Lineage Tracing Methodologies 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2740-2_2 PMID:36374449	研究论文	本文总结了通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术在胸腺上皮细胞生物学和异质性方面的发现	揭示了胸腺上皮细胞的异质性，包括新发现的mTEC亚群、mTEC基因表达的多样性以及从胚胎到成年阶段的TEC变化	需要实验方法如谱系追踪和重聚胸腺器官培养来验证scRNA-Seq数据的假说	探讨胸腺上皮细胞的生物学特性和异质性	胸腺上皮细胞（TECs）及其亚群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	多个胸腺上皮细胞样本
364	2024-10-20	Insect Insights at the Single-Cell Level: Technologies and Applications 2023-12-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13010091 PMID:38201295	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在昆虫研究中的应用，重点介绍了其在生物学应用中的进展、当前挑战及未来机遇	scRNA-seq技术在昆虫研究中揭示了细胞类型的复杂性和异质性，发现了新的细胞类型及其相互关系	当前挑战包括技术复杂性和数据分析的难度	探讨单细胞RNA测序技术在昆虫研究中的应用及其未来发展	昆虫细胞类型及其功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
365	2024-10-20	Cephalopod-omics: Emerging Fields and Technologies in Cephalopod Biology 2023-Dec-29, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icad087 PMID:37370232	研究论文	本文总结了头足类生物学新兴领域和技术的最新见解，强调了跨学科合作的重要性	利用最新的测序、成像和基因操作技术，推动了头足类生物学的研究进展	头足类生物学仍有许多未探索的领域，如大脑、养殖条件和复杂基因组等	探讨头足类生物学中的关键问题，并总结新兴领域的最新进展	头足类生物的比较基因组学、调控基因组学、基因操作、单细胞转录组学、宏基因组学和微生物相互作用	基因组学	NA	测序、成像、基因操作	NA	基因组数据	超过40名来自世界各地的研究人员参与了讨论
366	2024-10-20	Interpretable trajectory inference with single-cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) testing 2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.19.572477 PMID:38187622	研究论文	提出了一种名为scLANE的单细胞线性自适应负二项表达测试方法，用于解释性轨迹推断	scLANE测试基于可解释的广义线性模型，并通过经验选择的基样条处理非线性变化，同时扩展到估计方程和混合模型以适应复杂的实验设计	NA	解决现有轨迹差异表达技术在解释性和生物学结论上的主观性问题	单细胞RNA-seq数据的基因表达动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	多个生物数据集
367	2024-10-20	Human disease-specific cell signatures in non-lesional tissue in Multiple Sclerosis detected by single-cell and spatial transcriptomics 2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.20.572491 PMID:38187779	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，分析多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化	首次在多发性硬化症患者的非病变组织中检测到细胞类型特异性变化，并验证了这些变化与疾病病理过程的相关性	样本量相对较小，且仅限于特定脑区的研究	探讨多发性硬化症患者非病变组织中的细胞类型变化及其与疾病病理过程的关系	多发性硬化症患者的非病变脑组织	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	共78个样本，包括15个对照个体、8个多发性硬化症患者和5个其他伴有脱髓鞘病理的个体
368	2024-10-20	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572214 PMID:38187768	研究论文	本文开发了一种名为Escort的框架，用于评估单细胞RNA测序数据对轨迹推断的适用性，并量化分析决策对轨迹属性的影响	Escort框架通过数据驱动的评估方法，减少了轨迹推断中的不确定性，并减轻了研究人员在选择适当方法和参数时的负担	NA	解决单细胞RNA测序轨迹推断中选择适当方法和参数的不确定性问题	单细胞RNA测序数据及其在轨迹推断中的适用性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
369	2024-10-20	Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570603 PMID:38106230	研究论文	本文对三种商业化的成像空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的表现进行了系统性基准测试	首次对三种商业化iST平台在FFPE组织中的相对技术性能和生物学性能进行了全面比较	不同平台在细胞分割错误频率和下游生物分析的子聚类程度方面存在差异	评估和比较不同成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能	三种商业化iST平台在23种肿瘤和正常组织类型中的表现	数字病理学	NA	成像空间转录组学（iST）	NA	基因数据	23种肿瘤和正常组织类型的组织微阵列（TMAs）
370	2024-10-20	SpaceWalker enables interactive gradient exploration for spatial transcriptomics data 2023-12-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100645 PMID:37972590	研究论文	介绍了一种名为SpaceWalker的视觉分析工具，用于探索空间转录组学数据的局部梯度结构	SpaceWalker能够实时识别转录组学相似的细胞，并通过空间投影突出组织结构特征，支持多种空间转录组学协议	NA	开发一种工具，帮助研究人员在空间转录组学数据中发现生物学相关的特征	空间转录组学数据的局部梯度结构	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	多切片3D全脑数据
371	2024-10-20	Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina 2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.570629 PMID:38168320	研究论文	研究了蛋白磷酸酶在鸡视网膜中调节Müller胶质细胞向Müller胶质细胞来源的前体细胞转化的作用	首次探讨了蛋白磷酸酶在Müller胶质细胞转化过程中的作用，并发现DUSP1/6和PP2C磷酸酶的抑制促进了前体细胞的形成，而PP2B磷酸酶的抑制则抑制了这一过程	研究主要集中在鸡视网膜，未涉及其他物种或组织	探讨蛋白磷酸酶在视网膜中Müller胶质细胞向前体细胞转化过程中的作用	鸡视网膜中的Müller胶质细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鸡视网膜样本
372	2024-10-20	Scaling up single-cell RNA-seq data analysis with CellBridge workflow 2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad760 PMID:38113416	研究论文	本文介绍了一种名为CellBridge的自动化工作流程，旨在简化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的标准流程	CellBridge通过集成先进的计算方法，简化了scRNA-seq数据分析流程，无需专业计算知识，加速了大规模scRNA-seq数据的发现	NA	简化单细胞RNA测序数据分析流程，使其适用于高容量环境和应用	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
373	2024-10-20	Ursa: A Comprehensive Multiomics Toolbox for High-Throughput Single-Cell Analysis 2023-Dec-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msad267 PMID:38091963	研究论文	介绍了一个名为Ursa的综合性单细胞多组学工具箱，用于高通量单细胞分析	提供了6个自动化的单细胞组学和空间转录组学工作流程，涵盖基因组学、转录组学、表观遗传学、蛋白质组学和免疫组学	主要面向缺乏生物信息学专业知识的科学家，可能不适用于高级用户	旨在为科学家提供一个易于使用的生物信息学工具，以加速他们的研究潜力	单细胞水平的多组学数据分析	生物信息学	NA	单细胞多组学分析	NA	单细胞数据	NA
374	2024-10-20	Single-Cell RNA Sequencing Reveals That Adaptation of Human Aortic Endothelial Cells to Antiproliferative Therapies Is Modulated by Flow-Induced Shear Stress 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319283 PMID:37732484	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了人类主动脉内皮细胞在抗增殖疗法中的适应性受到流体剪切应力的调节	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了流体剪切应力对内皮细胞在抗增殖疗法中适应性的调节作用	研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证	探讨内皮细胞在不同应激条件下的转录组变化及其对药物治疗的响应	人类主动脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人类主动脉内皮细胞在不同流体剪切应力和药物刺激下的单细胞样本
375	2024-10-20	Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data 2023-10-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.08.004 PMID:37751736	review	本文综述了单细胞基因组学数据在细胞随机系统生物学中的应用	提出了一个统一的数学框架，用于整合单分子生物随机性和基因组学技术变异	NA	探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用	RNA转录过程和微流控单细胞RNA测序的封装及文库构建步骤	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
376	2024-10-20	A distal lung organoid model to study interstitial lung disease, viral infection and human lung development 2023-07, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-023-00827-6 PMID:37165073	研究论文	本文描述了一种将人类多能干细胞定向分化为远端肺类器官的策略	该方法能够重现肺发育过程，并生成具有分支形态、几乎无非肺内胚层谱系、含有间质且能重现间质性肺疾病的类器官	NA	研究间质性肺疾病、病毒感染和人类肺发育	人类多能干细胞定向分化为远端肺类器官	干细胞研究	间质性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	类器官生成时间约40天，可维持超过180天
377	2024-10-20	Perivascular cells induce microglial phagocytic states and synaptic engulfment via SPP1 in mouse models of Alzheimer's disease 2023-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01257-z PMID:36747024	研究论文	研究探讨了在阿尔茨海默病模型中，周围血管细胞通过SPP1诱导小胶质细胞吞噬状态和突触吞噬的作用	首次揭示了SPP1在周围血管细胞与小胶质细胞间对话中的功能，调节小胶质细胞介导的突触吞噬	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨阿尔茨海默病中突触丢失的机制	小胶质细胞、周围血管细胞、突触	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
378	2024-10-20	A guidebook of spatial transcriptomic technologies, data resources and analysis approaches 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.01.016 PMID:38213887	review	本文详细介绍了空间转录组技术的开发、数据资源和分析方法	本文整合了大量空间转录组数据，并介绍了多种计算方法来分析空间转录组数据，为研究人员提供了全面的指导	NA	帮助研究人员选择最适合其目标的空间转录组技术，并整合数据以促进数据的可访问性和可用性	空间转录组技术、数据资源和分析方法	基因组学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
379	2024-10-20	Role of mitochondria-bound HK2 in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1103231 PMID:37529037	研究论文	研究线粒体结合的HK2在类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞中的作用	首次提出线粒体结合的HK2是类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞表型的关键调控因子	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中验证	探讨线粒体结合的HK2在类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞中的作用及其潜在治疗策略	类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
380	2024-10-19	Comprehensive analysis of the potential biological significance of cuproptosis-related gene LIPT2 in pan-cancer prognosis and immunotherapy 2023-12-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50039-x PMID:38129565	研究论文	本文分析了铜死亡相关基因LIPT2在泛癌预后和免疫治疗中的潜在生物学意义	首次全面评估了LIPT2基因在多种癌症中的表达水平及其对预后的影响，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用	研究主要基于生物信息学方法，缺乏实验验证	探讨LIPT2在泛癌中的生物学功能及其在预后和免疫治疗中的潜在意义	LIPT2基因在多种癌症中的表达及其对预后和免疫治疗的影响	NA	NA	生物信息学方法，单细胞测序	NA	基因表达数据，突变数据，甲基化数据，免疫状态数据	涉及多种癌症类型的样本