单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5353 篇文献，本页显示第 3761 - 3780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3761 | 2024-08-05 |
Deep single-cell RNA-seq data clustering with graph prototypical contrastive learning
2023-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad342
PMID:37233193
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研究论文 | 本文提出了一种基于图的原型对比学习方法scGPCL，以改善单细胞RNA-seq数据的聚类结果 | 引入了图神经网络和原型对比学习来充分利用单细胞RNA-seq数据中的关系信息 | 现有研究主要依赖于基于重建的损失，这在数据质量不佳时可能效果不明显 | 提高基于单细胞RNA-seq数据的细胞类型识别的聚类效果 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞表示 | 数字病理 | NA | 图神经网络 | 对比学习 | RNA-seq数据 | 模拟和真实的单细胞RNA-seq数据 |
| 3762 | 2024-08-05 |
Deciphering the tumour immune microenvironment cell by cell
2023-Jun, Immuno-oncology technology
DOI:10.1016/j.iotech.2023.100383
PMID:37234284
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研究论文 | 本文探讨了肿瘤免疫微环境的复杂性以及其与免疫检查点抑制剂的相互作用 | 聚焦于单细胞RNA测序、空间转录组学和空间蛋白质组学，提供了对肿瘤微环境的新理解 | 涉及的多个实验方法可能导致结果解读的复杂性 | 阐明肿瘤微环境在免疫检查点抑制剂治疗中的作用 | 研究肿瘤微环境中不同细胞类型及其相互作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 3763 | 2024-08-07 |
Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours
2023-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06130-4
PMID:37258682
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研究论文 | 本文通过整合77项研究的数据，分析了1,163个肿瘤样本中的转录组内异质性（ITH），揭示了41个共识元程序及其在不同细胞过程中的分布 | 首次大规模整合多个研究的单细胞RNA测序数据，系统地描述了跨多种肿瘤类型的转录组内异质性模式 | NA | 揭示肿瘤内转录组异质性的模式及其在癌症治疗中的挑战 | 1,163个肿瘤样本中的转录组内异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 1,163个肿瘤样本 |
| 3764 | 2024-08-07 |
Spatial analysis of stromal signatures identifies invasive front carcinoma-associated fibroblasts as suppressors of anti-tumor immune response in esophageal cancer
2023-May-31, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02697-y
PMID:37254126
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序、成像质谱流式细胞术和多重免疫荧光染色技术，分析了食管鳞状细胞癌中基质特征的空间分布及其对预后的影响 | 本文揭示了肿瘤侵袭前沿的纤维母细胞与抗肿瘤免疫反应的抑制关系，并验证了基于α-SMA+纤维母细胞和CD163+巨噬细胞的分子预后模型 | NA | 研究食管鳞状细胞癌中肿瘤微环境基质特征的临床和病理生物学意义 | 食管鳞状细胞癌中的肿瘤微环境基质特征 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组测序、成像质谱流式细胞术、多重免疫荧光染色 | NA | 图像 | 具体样本数量未在摘要中明确 |
| 3765 | 2024-08-07 |
Bulk and single-cell transcriptome profiling reveal the metabolic heterogeneity in gastric cancer
2023-05-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-35395-y
PMID:37258571
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞转录组测序，揭示了胃癌中的代谢异质性 | 首次将TCGA-STAD数据集分为两个代谢亚型，并从转录组学、基因组学、肿瘤浸润细胞和单细胞分辨率等多个维度详细阐述了亚型间的差异 | NA | 探索胃癌中的代谢异质性 | 胃癌的代谢亚型及其特征 | 数字病理学 | 胃癌 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用了TCGA-STAD数据集 |
| 3766 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the mediatory role of cancer-associated fibroblast PTN in hepatitis B virus cirrhosis-HCC progression
2023-May-31, Gut pathogens
IF:4.3Q2
DOI:10.1186/s13099-023-00554-z
PMID:37259127
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的PTN在乙型肝炎病毒（HBV）引起的肝硬化-肝细胞癌（HCC）进展中的中介作用 | 发现了PTN作为CAFs的新中介因子，参与调节HBV肝硬化-HCC的进展 | NA | 探索CAFs中调节HBV肝硬化-HCC进展的新中介因子 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）、肝细胞癌（HCC）、乙型肝炎病毒（HBV）感染 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 肝细胞癌（HCC）的单细胞数据被分为多个子集，具体样本数量未详细说明 |
| 3767 | 2024-08-07 |
Unraveling the potential of senescence-related genes in guiding clinical therapy of lung adenocarcinoma patients
2023-May-29, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01073-5
PMID:37246190
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研究论文 | 本研究探讨了衰老相关基因在肺腺癌临床治疗中的潜在作用 | 首次全面揭示了细胞衰老在肺腺癌中的作用，并建立了基于衰老相关基因的风险模型，用于预测肺腺癌的预后和治疗反应 | 研究主要基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，未来需要更多的临床验证 | 探索衰老在肺腺癌进展中的重要作用，并验证衰老相关基因在预测肺腺癌预后和治疗反应中的潜力 | 肺腺癌样本和细胞系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA | 包括一个单细胞RNA测序数据集（GSE149655）和两个批量RNA测序数据集（TCGA和GSE31210） |
| 3768 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals immune suppression and cell states predictive of patient outcomes in rhabdomyosarcoma
2023-05-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38886-8
PMID:37244912
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研究论文 | 该文章使用单细胞转录组学揭示了横纹肌肉瘤中的免疫抑制和可预测患者结果的细胞状态 | 本研究首次将单细胞mRNA测序应用于横纹肌肉瘤，揭示了免疫微环境的作用及其与患者预后的相关性 | 研究的样本量和肿瘤亚型的覆盖可能有限，可能影响结果的普遍适用性 | 探讨横纹肌肉瘤的细胞分化状态与患者预后的关系 | 针对小儿横纹肌肉瘤，分析恶性肿瘤细胞的转录组状态 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞mRNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3769 | 2024-08-07 |
Identification of 12 hub genes associated to the pathogenesis of osteoporosis based on microarray and single-cell RNA sequencing data
2023-May-27, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01116-x
PMID:37243790
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研究论文 | 本研究利用微阵列和单细胞RNA测序数据，识别了与骨质疏松症发病机制相关的12个枢纽基因，并探讨了免疫微环境在此过程中的作用。 | 首次结合微阵列和单细胞RNA测序数据，全面分析了免疫微环境在骨质疏松症发病机制中的作用，并识别了关键的枢纽基因。 | NA | 旨在全面探讨免疫微环境在骨质疏松症发病机制中的作用。 | 骨质疏松症的免疫微环境及相关枢纽基因。 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE35959、GSE7158和GSE13850数据集以及一位骨质疏松症患者的单细胞RNA测序数据。 |
| 3770 | 2024-08-05 |
SMARCB1 regulates a TFCP2L1-MYC transcriptional switch promoting renal medullary carcinoma transformation and ferroptosis resistance
2023-05-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-38472-y
PMID:37236926
|
研究论文 | 该文章研究了SMARCB1如何调节TFCP2L1-MYC转录开关，促进肾髓癌转化和抗铁死亡能力 | 探讨了SMARCB1缺失如何导致肾髓癌细胞的转化及其与抗铁死亡的机制 | 尚未明确肾髓癌的细胞来源及致癌机制 | 研究SMARCB1在肾髓癌转化中的作用及其机制 | 人类肾髓癌的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞数据 | NA |
| 3771 | 2024-08-05 |
scSemiAAE: a semi-supervised clustering model for single-cell RNA-seq data
2023-May-26, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05339-4
PMID:37237310
|
研究论文 | 该研究提出了一个用于单细胞RNA测序数据的半监督聚类模型scSemiAAE | scSemiAAE通过设计一个基于ZINB对抗自编码器的架构，结合了对抗训练和半监督模块，提高了聚类性能 | 未在摘要中具体说明该模型的局限性 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类性能和可解释性 | 包括数千到数万个细胞的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | 深度生成神经网络 | 对抗自编码器 | RNA-seq数据 | 数千到数万个细胞 |
| 3772 | 2024-08-07 |
Cellular-scale proximity labeling for recording cell spatial organization in mouse tissues
2023-05-26, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg6388
PMID:37235653
|
research paper | 本文开发了一种名为QMID的化学策略，用于记录小鼠组织中细胞的空间组织，该策略通过酶激活产生QM亲电体，能够标记邻近细胞而不依赖细胞间接触。 | QMID策略的标记半径与细胞尺寸匹配，能够跨越微米级距离标记邻近细胞，为研究细胞间间接通信和细胞空间组织提供了新的方法。 | NA | 开发一种新的化学策略，用于记录细胞在组织中的空间组织。 | 研究细胞间的空间关系及其对基因表达的影响。 | NA | NA | QMID | NA | single-cell RNA sequencing | 涉及小鼠脾脏中的CD4和CD8 T细胞及其邻近细胞。 |
| 3773 | 2024-08-07 |
Pluripotent stem cell-derived committed cardiac progenitors remuscularize damaged ischemic hearts and improve their function in pigs
2023-May-26, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-023-00302-6
PMID:37236990
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研究论文 | 本文报道了人多能胚胎干细胞衍生的心脏前体细胞（CCPs）在猪心肌梗死模型中的移植效果，显示其在改善心脏功能和心肌再生方面的潜力 | 首次在猪模型中展示了多能干细胞衍生的心脏前体细胞在心肌梗死治疗中的应用，并观察到显著的心功能改善和心肌再生 | 研究中观察到部分猪出现室性心动过速，尽管所有猪均存活且未形成肿瘤 | 探索多能干细胞衍生的心脏前体细胞在心肌梗死治疗中的应用及其对心脏功能的影响 | 人多能胚胎干细胞衍生的心脏前体细胞及其在猪心肌梗死模型中的移植效果 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10头猪 |
| 3774 | 2024-08-05 |
scMEB: a fast and clustering-independent method for detecting differentially expressed genes in single-cell RNA-seq data
2023-May-25, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09374-6
PMID:37231345
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研究论文 | 本文提出了一种新的快速方法scMEB，用于在单细胞RNA-seq数据中检测差异表达基因。 | scMEB方法不依赖于先前的细胞聚类结果，利用已知的稳定表达基因来构建最小包围球，并基于映射基因到超球中心的距离来定义差异表达基因。 | 未提及具体的局限性 | 开发一种准确且快速的方法用于单细胞RNA-seq数据中的差异表达基因检测。 | 使用11个真实数据集评估新提出的方法scMEB的表现。 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 11个真实数据集 |
| 3775 | 2024-08-05 |
A T-cell-related signature for prognostic stratification and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma based on transcriptomics and single-cell sequencing
2023-May-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05344-7
PMID:37231356
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研究论文 | 该研究提出了一种用于肝细胞癌的T细胞相关预后标志。 | 这项研究开发了一种基于T细胞相关基因的预后签名(TRPS)，并且在多个队列中验证了其有效性。 | 该研究可能受到样本选择和外部验证数据集的限制。 | 研究旨在通过转录组学和单细胞测序评估T细胞标志在肝细胞癌中的作用。 | 研究对象为肝细胞癌患者及其T细胞相关标志。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO算法 | 基因组数据 | 181个T细胞标志 |
| 3776 | 2024-08-07 |
PD-1 blockade potentiates neoadjuvant chemotherapy in NSCLC via increasing CD127+ and KLRG1+ CD8 T cells
2023-May-25, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-023-00384-x
PMID:37231145
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研究论文 | 本文研究了PD-1阻断剂与新辅助化疗联合治疗非小细胞肺癌（NSCLC）的机制，通过单细胞RNA测序和多重荧光免疫组化分析，揭示了PD-1阻断剂增强化疗效果的免疫细胞机制。 | 首次详细阐述了PD-1阻断剂通过增加CD127+和KLRG1+ CD8 T细胞来增强新辅助化疗效果的机制，并通过空间分布分析和GEO数据集验证了其有效性。 | 研究样本量相对较小，且仅限于手术切除的新鲜肿瘤样本，可能限制了结果的普遍性。 | 探讨PD-1阻断剂与新辅助化疗联合治疗NSCLC的免疫机制，以提高治疗效果。 | 非小细胞肺癌患者及其免疫细胞在PD-1阻断剂与新辅助化疗联合治疗下的反应。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，多重荧光免疫组化 | NA | 免疫细胞数据 | 7名接受新辅助化疗或新辅助化疗联合PD-1阻断剂的NSCLC患者，以及65名接受新辅助化疗或新辅助化疗联合PD-1阻断剂的NSCLC患者的FFPE组织样本。 |
| 3777 | 2024-08-07 |
Rapid TCR:Epitope Ranker (RAPTER): a primary human T cell reactivity screening assay pairing epitope and TCR at single cell resolution
2023-05-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-35710-7
PMID:37231180
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Rapid TCR:Epitope Ranker (RAPTER)的单细胞RNA测序方法，用于评估功能性T细胞反应性 | RAPTER方法能够以单细胞分辨率定义配对的表位特异性和TCR序列，并包含RNA和蛋白质水平的T细胞表型信息 | NA | 旨在识别T细胞响应的表位，以理解T细胞介导的免疫反应 | 主要使用人源T细胞和抗原呈递细胞(APCs)进行功能性T细胞反应性评估 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-SEQ) | NA | RNA | 涉及低血液体积的主要细胞样本 |
| 3778 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Ferroptosis in the Tumor Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2023-May-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24109092
PMID:37240436
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研究论文 | 本研究调查了清细胞肾细胞癌(TME)肿瘤微环境中的铁死亡作用 | 首次识别与清细胞肾细胞癌预后相关的免疫介导的铁死亡基因 | 样本量相对较小，仅包括七个ccRCC病例 | 探讨铁死亡在清细胞肾细胞癌肿瘤微环境中的作用 | 七个清细胞肾细胞癌病例的单细胞数据 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 7个清细胞肾细胞癌病例 |
| 3779 | 2024-08-05 |
The Effect of Lung Resection for NSCLC on Circulating Immune Cells: A Pilot Study
2023-05-17, Current oncology (Toronto, Ont.)
DOI:10.3390/curroncol30050387
PMID:37232845
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研究论文 | 本研究评估了非小细胞肺癌肺切除术前后循环免疫细胞，特别是调节性T细胞亚群的水平。 | 首次系统地分析了肺切除术对循环免疫细胞，特别是Treg亚群的影响 | 样本量较小，仅包括25名患者且部分数据因技术问题被排除 | 评估非小细胞肺癌肺切除术对循环免疫细胞的影响 | 参与研究的患者是接受非小细胞肺癌肺切除术的患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和TCR测序 | NA | 血液样本 | 共25名患者，最终19名患者参与循环免疫细胞分析 |
| 3780 | 2024-08-05 |
Progress and Challenges of Immunotherapy Predictive Biomarkers for Triple Negative Breast Cancer in the Era of Single-Cell Multi-Omics
2023-May-16, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life13051189
PMID:37240834
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综述 | 本文讨论了三阴性乳腺癌免疫治疗预测生物标志物的进展与挑战 | 本文提出使用单细胞多组学分析来识别新的有效生物标志物，突破了传统生物标志物的局限性 | 本文为综述，未提供原始实验数据或直接研究结果 | 探讨并总结如何通过单细胞多组学分析提升三阴性乳腺癌的生物标志物识别 | 三阴性乳腺癌及其相关的免疫治疗特征 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |