单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3741	2024-08-05	Single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq reveal reliable diagnostic and prognostic biomarkers for CRC 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04882-0 PMID:37247080	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序和整体RNA测序数据，以选择结肠直肠癌（CRC）的诊断和预后生物标志物	首次将单细胞RNA测序与整体RNA测序相结合，识别出结肠直肠癌的特异性基因和生物标志物	本研究可能缺乏后续临床验证，且样本量需要进一步扩大	为结肠直肠癌的发展提供可靠的诊断和预后生物标志物	结肠直肠癌相关的上皮特异性基因	数字病理学	结肠直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和整体RNA测序	LASSO-Cox回归和两步法回归	基因表达数据	使用了1063个共享差异表达基因（DEGs）
3742	2024-08-05	Integrated single-cell RNA-seq analysis revealed podocyte injury through activation of the BMP7/AMPK/mTOR mediated autophagy pathway 2023-Sep-01, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2023.110559 PMID:37247809	研究论文	本研究揭示了BMP7通过激活AMPK/mTOR介导的自噬通路引起的足细胞损伤	首次证明了BMP7参与ADR诱导的足细胞损伤并阐明了其潜在机制	尚未进行临床试验以验证实验结果	探索由足细胞损伤引起的肾病综合征的病理机制	主要以足细胞为研究对象，探讨其在肾病综合征中的作用	数字病理	肾病综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)以及生物信息学分析	NA	基因表达数据	在体外建立的ADR诱导足细胞损伤模型
3743	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analysis of the embryogenic callus clarifies the spatiotemporal developmental trajectories of the early somatic embryo in Dimocarpus longan 2023-09, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.16319 PMID:37235696	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序分析，揭示了龙眼胚性愈伤组织中细胞的时空发育轨迹及其在体细胞胚胎发生过程中的细胞分化路径	首次在单细胞水平上解析了龙眼体细胞胚胎发生的分子机制，并揭示了关键转录调控因子在细胞命运决定中的作用	NA	探究龙眼体细胞胚胎发生的分子机制及其细胞分化路径	龙眼胚性愈伤组织的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	龙眼胚性愈伤组织中的高度异质性细胞被分为12个假定集群
3744	2024-08-07	Differential regulation of IL-17A and IL-17F via STAT5 contributes to psoriatic disease 2023-09, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.03.035 PMID:37244461	研究论文	本文研究了IL-17A和IL-17F在银屑病中的调控机制及其在疾病中的作用	开发了一种新的细胞因子捕获技术，结合染色质免疫沉淀测序和RNA测序，以更好地理解IL-17A和IL-17F的表达调控	NA	阐明IL-17A和IL-17F在银屑病中的调控机制	IL-17A和IL-17F在银屑病中的表达及其对炎症细胞群体的影响	NA	银屑病	单细胞RNA测序，染色质免疫沉淀测序，RNA测序	NA	组织样本，细胞	来自患者的病变皮肤组织样本
3745	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on T-cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04881-1 PMID:37244876	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出基于T细胞标记基因的签名，用于预测膀胱癌的预后和免疫治疗反应	本研究首次在膀胱癌中利用T细胞标记基因构建了一个新的预后签名，并验证了其在不同队列中的有效性	NA	开发一个基于T细胞标记基因的预后签名，用于预测膀胱癌患者的预后和免疫治疗反应	膀胱癌患者的单细胞和批量RNA测序数据	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	训练队列、测试队列和GEO队列分别包含不同数量的样本
3746	2024-08-07	scLiverDB: a Database of Human and Mouse Liver Transcriptome Landscapes at Single-Cell Resolution 2023-09, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202201421 PMID:37259264	research paper	本文介绍了scLiverDB数据库，该数据库用于解析人和小鼠肝脏在单细胞分辨率下的转录组景观，涵盖多种肝脏疾病、细胞类型和发展阶段。	scLiverDB是首个专门针对人和小鼠肝脏转录组的数据库，提供了单细胞分辨率下的细胞类型、细胞异质性和基因表达的详细信息。	NA	开发一个专门的数据库，用于解析人和小鼠肝脏在不同疾病和发展阶段的单细胞转录组景观。	人和小鼠的肝脏细胞及其在不同疾病和发展阶段的转录组信息。	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	transcriptome	62个数据集，包含9,050个样本和1,741,734个细胞
3747	2024-08-07	Elevated Mast Cell Abundance Is Associated with Enrichment of CCR2+ Cytotoxic T Cells and Favorable Prognosis in Lung Adenocarcinoma 2023-08-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-3140 PMID:37249584	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了肺腺癌（LUAD）患者的样本，全面描述了LUAD浸润性肥大细胞的特征	发现肥大细胞在LUAD中表现出功能异质性，并与CCR2+细胞毒性T细胞的招募有关，这可能是一种新的免疫治疗策略	研究结果显示肥大细胞和CCR2+细胞毒性T细胞的浸润与手术后良好预后相关，但未与化疗后生存改善相关	探究肥大细胞在肺腺癌中的调控和功能，以发现重新编程肿瘤微环境的潜在治疗策略	肺腺癌（LUAD）中的肥大细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	多个肺腺癌（LUAD）患者样本
3748	2024-08-05	Small Gene Networks Delineate Immune Cell States and Characterize Immunotherapy Response in Melanoma 2023-08-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0563 PMID:37229623	研究论文	该文章探讨了小基因网络如何区分免疫细胞状态并特征化黑色素瘤的免疫治疗反应	提出了一种新的方法，通过转录因子指导的共表达网络从大规模RNA测序数据中解构免疫功能状态	研究仅包括19个治疗过免疫检查点抑制剂的转移性黑色素瘤样本，样本量较小	研究免疫细胞在黑色素瘤中的状态及其与免疫治疗反应的关系	研究对象为CD45+免疫细胞以及接受免疫检查点抑制剂治疗的黑色素瘤样本	数字病理学	黑色素瘤	RNA测序	NA	RNA数据	19个（发现数据集）和209个（验证数据集）黑色素瘤样本
3749	2024-08-05	p53 deacetylation alleviates calcium oxalate deposition-induced renal fibrosis by inhibiting ferroptosis 2023-Aug, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2023.114925 PMID:37236026	研究论文	该研究揭示了p53去乙酰化如何通过抑制铁死亡减轻钙草酸盐沉积引起的肾纤维化	本研究首次将p53去乙酰化与钙草酸盐诱导的肾纤维化及其对铁死亡的调控联系起来	本研究未能完全阐明钙草酸盐引起的肾纤维化的所有机制	探讨钙草酸盐结石引起的肾纤维化机制及其与铁死亡的关系	重点研究肾结石患者及高草酸尿症小鼠中p53及铁死亡的表现	数字病理学	肾脏疾病	RNA-seq, 单细胞测序, 西方印迹分析	NA	NA	在慢性肾病患者和HK-2细胞系中进行的实验
3750	2024-08-07	The single-cell landscape of alternative transcription start sites of diabetic retina 2023-08, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2023.109520 PMID:37236522	研究论文	本研究通过基于5'-标签的单细胞RNA测序技术，分析了糖尿病视网膜中细胞类型特异性的替代转录起始位点（TSS）事件及其相关转录因子，并探讨了这些变化与糖尿病视网膜病变的关系	首次在单细胞水平上全面分析了糖尿病视网膜中不同细胞类型的替代TSS使用情况，并识别了可能的早期糖尿病视网膜病变标志物	NA	探究糖尿病视网膜中细胞类型特异性的替代TSS事件及其与疾病的关系	糖尿病视网膜中的细胞类型特异性替代TSS事件	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
3751	2024-08-07	The multifaceted roles of CD4+ T cells and MHC class II in cancer surveillance 2023-08, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2023.102345 PMID:37245413	研究论文	本文讨论了CD4+ T细胞和MHC II类分子在癌症监测中的多方面作用	通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤中几种不同的CD4 T细胞分化状态，包括与有利或不利结果相关的细胞毒性和调节性亚群	NA	探讨肿瘤微环境中的细胞网络如何促进或阻碍CD4 T细胞的癌症监测	CD4+ T细胞和MHC II类分子在癌症监测中的作用	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3752	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals that HSD17B2 in cancer-associated fibroblasts promotes the development and progression of castration-resistant prostate cancer 2023-07-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216244 PMID:37244445	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了癌症相关成纤维细胞中的HSD17B2在去势抵抗性前列腺癌发展中的作用	首次发现HSD17B2在癌症相关成纤维细胞中的表达与去势抵抗性前列腺癌的迁移、侵袭和去势抵抗性有关	研究主要在体外进行，需要进一步的体内实验验证HSD17B2作为治疗靶点的有效性	探讨癌症相关成纤维细胞在去势抵抗性前列腺癌发展中的作用及HSD17B2的潜在治疗价值	去势抵抗性前列腺癌和激素敏感性前列腺癌样本中的单细胞转录组	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个去势抵抗性前列腺癌样本和两个激素敏感性前列腺癌样本
3753	2024-08-05	Old and newly synthesized histones are asymmetrically distributed in Drosophila intestinal stem cell divisions 2023-Jul-05, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202256404 PMID:37255015	研究论文	本文报道了Drosophila肠道干细胞分裂过程中旧的和新合成的组蛋白H3和H4的不对称分配	研究揭示了组蛋白的非对称遗传对细胞命运基因Delta表达模式的影响	尚未探讨其他潜在的影响因素或机制	探讨组蛋白的不对称遗传在细胞身份确定中的生物学意义	Drosophila肠道干细胞及其细胞分裂过程	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3754	2024-08-05	Novel synergistic mechanism of 11-keto-β-boswellic acid and Z-Guggulsterone on ischemic stroke revealed by single-cell transcriptomics 2023-07, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106803 PMID:37230158	研究论文	本研究揭示了11-keto-β-boswellic酸和Z-Guggulsterone对缺血性脑卒中的协同机制	建立了一种创新的药物-基因协同调控模式，并且找到了Spp1作为KBA-Z-GS的枢纽靶点	未在临床中验证研究结果	探索11-keto-β-boswellic酸和Z-Guggulsterone在缺血性脑卒中中的协同作用及其机制	缺血性脑卒中相关的细胞类型，尤其是小胶质细胞和星形胶质细胞	数字病理学	缺血性脑卒中	单细胞转录组学	NA	细胞	KBA-Z-GS处理的缺血半影中的十四种细胞类型
3755	2024-08-07	Integrative analysis reveals marker genes for intestinal mucosa barrier repairing in clinical patients 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106831 PMID:37250791	研究论文	本研究旨在识别肠道修复的生物标志物，并为改善肠道炎症或损伤后的功能恢复和预后表现提供潜在的治疗线索	通过大规模筛选多个转录组和单细胞RNA测序数据集，识别出10个潜在的肠道屏障修复标志基因，并在临床研究中验证了这些基因的表达与肠道功能恢复的关联	NA	识别肠道修复的生物标志物，改善肠道炎症或损伤后的功能恢复和预后表现	炎症性肠病患者的肠道修复标志基因	数字病理学	炎症性肠病	scRNA-seq	NA	转录组数据	11名接受回肠切除术的患者
3756	2024-08-05	Silicon chambers for enhanced incubation and imaging of microfluidic droplets 2023-Jun-13, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d2lc01143c PMID:37255014	研究论文	这篇文章展示了硅材料在微流体液滴成像和培养中的应用	提出了使用硅作为液滴腔体的理想材料，优于常用的PDMS	未明确讨论硅相较于其他材料的长期稳定性	旨在提升微流体液滴的成像和培养效果	使用约150,000个液滴的多重数字分析	微流体学	NA	NA	NA	NA	大约150,000个液滴
3757	2024-08-05	Exceeding 80% Efficiency of Single-Bead Encapsulation in Microdroplets through Hydrogel Coating-Assisted Close-Packed Ordering 2023-06-13, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.3c00425 PMID:37233805	研究论文	本文提出了一种高效的单微珠包裹在微滴中的方法，效率超过80%	引入了水凝胶涂层辅助的紧密包装排序策略，显著提高了微珠加载效率，且对原材料微珠选择不敏感	该策略虽然对微珠的选择不敏感，但尚未测试其他类型微珠的实际应用效果	旨在提高微滴中单微珠的高效封装能力，以促进单细胞基因组学和数字免疫测定等高通量分析	研究对象为聚苯乙烯微珠和HEK293T细胞	数字病理学	NA	微流体装置，水凝胶涂层	NA	实验数据	单个30微米聚苯乙烯微珠的实验，和HEK293T细胞与分散条形码微珠共同包裹的实验
3758	2024-08-05	Deconvolution of spatial sequencing provides accurate characterization of hESC-derived DA transplants in vivo 2023-Jun-08, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2023.04.008 PMID:37251982	研究论文	本文通过空间转录组分析探讨了人在体内来源于人胚胎干细胞的多巴胺移植物的特征	首次开展对完全分化的移植物进行空间转录组分析，发现其多巴胺能特征的成熟性	对移植物成熟后的转录组分析仍需进一步探讨	旨在精确表征源自人胚胎干细胞的多巴胺移植物	研究对象为在体内的人胚胎干细胞衍生的多巴胺移植物	数字病理学	帕金森病	空间转录组学	NA	转录组数据	重复的植入物样本
3759	2024-08-05	IndepthPathway: an integrated tool for in-depth pathway enrichment analysis based on single-cell sequencing data 2023-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad325 PMID:37243667	研究论文	该文章开发了一个整合工具IndepthPathway，用于基于单细胞转录组的数据进行深入的通路富集分析	文章创新性地提出了加权概念签名富集分析方法，专门针对单细胞转录组的通路富集分析，能够处理高噪音和低基因覆盖的问题	文章没有明确提到具体的局限性	研究旨在提升单细胞测序数据中通路分析的科学严谨性	研究对象为单细胞转录组数据和与之匹配的整体RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	加权概念签名富集分析	基因表达数据	使用了模拟技术变异和dropout的基因表达特征的scRNA-seq数据，以及匹配的单细胞和整体RNAseq数据的真实数据集
3760	2024-08-05	Myelin dysfunction drives amyloid-β deposition in models of Alzheimer's disease 2023-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06120-6 PMID:37258678	研究论文	该文章探讨了髓鞘功能障碍如何促进阿尔茨海默病中淀粉样β沉积的过程	首次提出髓鞘完整性的丧失可能是神经元淀粉样β沉积的上游风险因素	文章主要基于小鼠模型，临床适用性可能存在局限性	研究髓鞘功能障碍在阿尔茨海默病发病机制中的作用	阿尔茨海默病小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病	基因组学，单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	多种小鼠模型，具体样本量未明确提及